3EKYA

Crystal structure of wild-type hiv protease in complex with the inhibitor, atazanavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
molecule keywords Protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ekyA00
2P3BA 2FNSA 4ACXA 4Y38A 4FM6A 4B72A 1B6PA 4L7JA 1ZLFA 4QJAA 3OUDB 2IGXA 2PSGA 4Q1WA 5P01A 3EBZA 3DV1A 2VIZA 2I1AA 3L59A 2G22A 4FSLA 3TOHA 2F80A 3VEUA 5P36A 4FL8A 1XDHA 4Y3LA 3WSJA 3ST5A 4JOOA 4AA8A 5OYTA 4FM8A 4D83A 5P7HA 4I0GA 2ZHSA 3H0BA 5P78A 4I12A 2PWCA 5P6PA 3PVKA 5OZFA 3QI1A 3EKPA 4M8XA 3R4BA 4ZEAA 1HIIA 1GVXA 2VKMA 4JP9A 1LYBA 5KOSA 3NDXA 3SM2A 5P2SA 5P6AA 1ENTE 3NUJA 3UFLA 5P5NA 4I0ZA 2PH6A 2G1NA 5P6BA 1EC2A 4JPEA 3GI4A 4XXSA 1IVPA 5P5MA 2V11C 3HLOA 5P1DA 2O4PA 4DJUA 1EEDP 4J17A 5IE1A 2O4LA 4B70A 2G24A 3D3TA 4R95A 5P34A 5P6LA 4Y3PA 5P2VA 5CLMA 1CZIE 5P3XA 3KT2A 3JW2A 5P7PA 1FQ8A 2BJUA 6APRE 2QHCA 3OQDA 4Z4XA 4F74A 1MSMA 5OZ4A 3RVIA 5P0CA 5P5AA 1PPKE 1W6IA 5P3PA 3IGBA 4ZPEA 4LXMA 1YTGA 3QP0A 3AUPA 5P0GA 5OZ0A 3BVAA 5KR8A 5P6WA 3ZMGA 5P7DA 5OZZA 4YD7A 4YD4A 5JFUA 1ODWA 3TPLA 1K1TA 3M9FA 4YDGA 1HRNA 1E82E 2IKOA 3ZKXA 4FCOA 3EL4A 3LPJA 5P84A 3KM4A 4Y3MA 3Q3TA 4Z22A 5P2DA 1J71A 5P8HA 3OUAA 3I7EA 5P07A 5P1TA 4CMSA 3OQ7A 4Q5MA 2HS2A 1ER8E 1ME6A 3TTPA 3OU4B 1KJ7A 2HB3A 5P7VA 5P0HA 3D1YA 5APRE 5P4QA 3SFCA 3KF0A 5P5QA 5I3XA 2QNQA 5P6DA 3CMSA 4N00A 5OZGA 5P5JA 1C70A 3EL0A 3VFBA 1HSHA 2QI0A 1AIDA 5P7CA 5OZ9A 5P0FA 4Y43A 1D4YA 5P6OA 3OXCA 3URJA 4I0DA 3DUYA 5AHAA 5KQYA 5P1AA 3CYWA 4PZXA 3KFSA 5P3GA 5P3KA 3HDKA 5P1LA 5BRYA 2OHKA 3MWSA 5P6TA 2ZJMA 4Z50A 3NWXA 1MTBA 5OZEA 1AZ5A 4LP9A 4YCYA 2CEJA 1PSAA 3D1ZA 2RMPA 4Y3DA 1HVIA 3O9HA 1D4JA 4LAPA 5P51A 4GMIA 3T11A 5P2JA 1MUIA 1XE6A 1FFIC 1MT9A 5OZ2A 5P0TA 2JYSA 3HAUA 5P46A 3N3IA 3LZSA 2AZBA 3FIVA 5AH6A 2VJ9A 1TSQA 2ZE1A 1AXAA 5KOQA 1EPLE 5P39A 5P5XA 1DP5A 5P1SA 5P1KA 3OXXA 4Y5AA 1XS7D 5I3WA 1DIFA 4UPJA 3ZPSA 1YTJA 2QD8A 2QZXA 3UDJA 5HU0A 3HZCA 4QJ9A 2AZ8A 3PGIA 4BFDA 2I4UA 3OGQA 3ZKSA 4B77A 3D91A 4HE9A 2IQGA 2ANLA 1BDQA 2O4NA 1FMBA 4LL3A 4R8YA 5HDUA 5P2BA 3O99A 4GJ6A 2I4DA 3MSLA 1KJHA 5P0MA 5P8NA 1EBKC 5P4OA 2Z4OA 3QVIA 3SA9A 1LEEA 4NPTA 2V16C 3S43B 5P8BA 4Y45A 1PSNA 3TPPA 2Q64A 2IDWA 3UDNA 5P1OA 4B00A 5P6JA 1E81E 3L5EA 4XKXA 4KB9A 5P3HA 3NSHA 3F9QA 5P3EA 3T7QA 4LC7A 3TKGA 1RPIA 4L1AA 2Q5KA 1KJFA 3INEA 5P14A 4OBFA 5P8FA 5P61A 5P2XA 3EKQA 1BXQA 3OADA 3URIA 5P5FA 3ZL7A 1FQ7A 4L7GA 1U8GA 2UY0A 1BBSA 4XX4A 3IVHA 5P88A 1QS8A 3WZ6A 3LITA 2G1SA 2QD6A 4FRSA 1FFFC 4RYCA 3UFNA 4Y4TA 2G21A 2OF0A 5OZDA 4EWOA 3UCBA 2F81A 5AHCA 4Y5CA 1HVLA 3OXVA 4OBGA 1LYWB 5P8OA 5OZTA 5P2TA 3MSKA 4I0EA 1F34A 3JVYA 2QI1A 3GGXA 3PWMA 4OC6B 2WJOA 1Q9PA 3PLLA 1GNMA 1E5OE 5OZ5A 5P03A 2OHLA 4DQCA 4EJKA 4EJLA 1WKRA 4I10A 1W6HA 4J54A 2I4QA 1XL2A 5P4TA 4EXHA 1GVWA 3VLBA 5P50A 2ZDZA 3VYEA 5P05A 4DPIA 5DPZA 2IENA 4PZWA 3K5GA 3Q6YA 3NXNA 5KR2A 2HC0A 4FRIA 1HTGA 1K1UA 1Z8CA 4DQFA 2OHUA 3VV8A 5P3OA 5P66A 4RROA 3OAGA 5P45A 1G0VA 1G35A 4HA5A 4YA8A 5P58A 5P8IA 3NUOA 5P4UA 1PROA 3OK9A 5P3VA 5P5TA 1T7KA 2VIEA 4B05A 5DGWA 4BEKA 5P7JA 5P8SA 1YM2A 4J0ZA 5P1HA 4AZYA 1XN3A 5OZXA 5P4VA 1LF3A 1HVSA 1LZQA 5OZNA 3K5CA 2AOGA 3EKWA 2PWRA 5P1NA 5P6EA 5P3FA 4OBJA 4Y3GA 2R5PA 1WBKA 3L3AA 1LYAB 4GJBA 1HVHA 1AVFA 5P4GA 2QI7A 5P0SA 1QBSA 1UH9A 4PPHA 5P5CA 4A4QA 1KZKA 3T3CA 2ZJNA 1HIHA 2FDPA 5OZCA 2OHPA 5P71A 5P7LA 3TKWA 4FAFA 1HSGA 3OU1A 1G2KA 4Y5PA 5P8QA 3MXEA 3EC0A 5P3CA 1IDBA 3NDWA 4H1EA 5DQ2A 3T7XA 4RRSA 4EPJA 2NMYA 4F75A 2FIVA 3GGVA 2P3AA 2FLEA 4Y44A 3PJ6A 4Y4ZA 1W50A 3QRMA 2G1RA 5P7RA 2XFKA 5HCOA 2ER7E 5P1RA 4J1KA 4YHQA 1BXOA 3KFRA 5EZXA 4NKKA 5P0BA 4GJ5A 5P70A 4U7QA 3VYFA 1T7IA 5P02A 2QU2A 5P75A 3O9LA 3L38A 1GVUA 5P0KA 2WF4A 1NPWA 3HVGA 2I4XA 3VYDA 4Q1YA 3I25A 5HDZA 3U7SA 3S85A 5P82A 4Y5GA 1MIQA 3L5CA 2P3DA 4BFBA 3O9DA 3OWNA 5P5OA 1ZBGA 5P0NA 5P3TA 4F73A 3ZKQA 3CYXA 4CPTA 1RV7A 1EC1A 3PSGA 1W5XA 5OYQA 4DI2A 3VUCA 3KYRA 7UPJA 5P7TA 4Y4BA 5P17A 5IVQA 2P83A 3CICA 4LBTA 4OBZB 1QBTA 3BHEA 5AH7A 2AODA 1A9MA 6UPJA 2BPYA 4TVGA 2PYMA 5P1YA 5P19A 4Y5BA 2VA5A 4PHVA 2NNPA 4AMTA 4AUCA 1MT7A 5P0AA 5P57A 1A8GA 5P1XA 4ACUA 3AIDA 4DH6A 4ZIPA 4TVHA 1YX9A 5OZAA 4Y3YA 4JECA 3DJKA 5COPA 2O4KA 5OYXA 4H3GA 3OGPA 2AOHA 5I3VA 2QHYA 4DQEA 3HVPA 3VF3A 3OUDA 5OZMA 3FSMA 2BBBA 5P25A 5P41A 4GJ9A 3SA4A 4QGIA 5P77A 4B1DA 5OZPA 2PH8A 4OBKA 3ZPUA 1AAQA 1C6XA 5P8CA 4RCDA 5BWYA 3L5BA 5P0IA 5P0ZA 5P55A 1IIQA 4Y3SA 2WL0A 5P27A 3QN8A 3BGBA 2G27A 4EHCA 5P3BA 1TW7A 2WF0A 3OXWA 2AVVA 4ZPGA 5P5SA 5P8TA 4DQGA 5P1IA 3RSVA 4CPXA 4HVPA 5P7YA 5P4KA 5JODA 3ZKNA 5P8VA 2FXDA 4Y4XA 2XFIA 1YT9A 1OD1A 5P3WA 4YD6A 1FLHA 1NH0A 5P7XA 3EKTA 5CONA 5OZQA 4FLGA 5P1FA 4U8WA 5P6UA 3R1GB 3PMYA 4BELA 3BGCA 2ZJHA 3S45A 1BVGA 1MRXA 4Y39A 4TRZA 1FMUA 4RRNA 1RL8A 1UPJA 5OZUA 4DV9A 4Y54A 2Q63A 2CENA 3ER3E 1YTIA 5EZZA 4DJVA 3BRAA 1IZEA 5P7GA 4HZTA 4MC2A 2OHNA 2WEZA 2NMZA 4FS4A 1MERA 3QRVA 2BPZA 5P8JA 5P2ZA 5P09A 1ZJ7A 4CPQA 5OYUA 2HAHA 4I0IA 5P5KA 2WEDA 2AVOA 3EL9A 1FQ5A 3ZPTA 2Q3KA 4YCKA 5P2HA 1B5FB 2ZGAA 4Y58A 3EKXA 4RGHA 4IVSA 4I0HA 2V13A 1ZAPA 4R91A 3OU4A 2A1EA 2VJ7A 2RSPA 5P2NA 3UQUA 4J0TA 2ASIA 1HXWA 4K4QA 4Q1NA 5P1GA 2G26A 2QI3A 1SDTA 4Y36A 2NXLA 3SA8A 1EAGA 5F01A 5P0PA 5P4XA 3URLA 5OZJA 5P15A 1EC3A 2BQVA 5P0LA 3O9FA 5P1BA 2PSUA 4H3FA 2R43A 1MTRA 5JG1A 3B7VA 3D1XA 4GJ7A 1EPRE 1ODXA 3TH9A 1HTRB 5P4PA 3BC4A 5HDXA 5P7QA 2WF1A 1EPOE 3NXEA 3S56A 5DR0A 1D4IA 3HD8A 5P68A 3VCMA 1B11A 5OZOA 3NR6A 5P62A 3UDQA 3O9AA 2ZHTA 5OZRA 3G72A 2HPEA 2VIJA 1RQ9A 4Y5EA 4PEPA 4Y5KA 5P0WA 4LXAA 5P5IA 5P44A 5P7WA 1HVCA 3HW1A 2Q55A 4YD5A 3SA5A 3SA7A 4LXKA 1IZHA 3H5BA 5OYRA 4J1IA 1SDUA 3SLZA 1BAIA 3S8IA 3I6OA 1SMEA 1FQ6A 1EPNE 4LHHA 1FQ4A 5P06A 2WHHA 1MVPA 2FMBA 4R5NA 5P8LA 3T6IA 4GJCA 3O9EA 1A30A 2WKZA 3NYGA 4J0VA 2PK5A 5P7MA 2B60A 5P1VA 4WY6A 5SY2A 5C9BA 1IZIA 5P2MA 3NDTA 5P1WA 2AQUA 1E80E 4ZPFA 3S2OA 4B1EA 2QMGA 5P43A 2V10C 3WZ7A 1DMPA 5T4SA 3ER5E 5P6ZA 3OUBA 2QCIA 4DUSA 1WBMA 5P6FA 4RVIA 3QAAA 3IVIA 2PMAA 2AVQA 5OZVA 1SP5A 2ER0E 1D4HA 2VIYA 2ZJLA 2J9JB 5P60A 5P0DA 3LIVA 1GNNA 3PSYA 4Y48A 1W5YA 3ZKIA 5P4DA 2PYNA 1EPME 4CKUA 3O9BA 1FQXA 5P5WA 5AH9A 3IXOA 2QNPA 2G1OA 1RNEA 5P56A 3UDKA 4Y4UA 5P7IA 5KR0A 5P2QA 4MC6A 2VS2A 3S43A 5P3IA 5P8UA 4DQHA 3KA2A 2NNKA 3B80A 1IZDA 3U71A 5P10A 4R92A 4Y4JA 5P74A 3C9XA 5OYVA 5P1CA 4RYGA 3OQAA 1D4KA 3PCZA 2I0AA 3EM4A 5OYZA 3TL9A 3OHHA 4EYRA 5OZHA 1FG8C 5P0YA 1TSUA 3PI0A 4YD3A 2OHSA 4I8WA 5HE4A 4YCTA 5DQ5A 5OZ6A 5P64A 5P4CA 2I0DA 1PSOE 2VA7A 4B0QA 3VFAA 3LZVA 2BKSA 2VA6A 3DM6A 5E5KA 1NPAA 3KDCA 4RCEA 3APPA 4DPFA 4OBHA 5P3SA 5J25A 3OHFA 1LYWA 5P5VA 4GB2A 2A4FA 4OC6A 2OAHA 3OQFA 2IGYA 3UQWA 3DCKA 5P5LA 5P24A 1C6ZA 3NU3A 5P1JA 1HWRA 1B6LA 4J0PA 2F3EA 2B8VA 2Q54A 4J55A 3K4VC 5P0XA 1ZP8A 1HPSA 1K6CA 2OHTA 5I3YA 3BVBA 1YM4A 5P6KA 3LPKA 4RCFA 5P0UA 5P80A 5P4SA 5P6YA 5P3YA 1HXBA 2AZCA 1W5VA 4OD9B 3EKVA 3TOFA 5P0OA 1MPPA 3S7MA 1LS5A 4J0YA 5P11A 1GNOA 5P12A 5P7AA 5P4RA 3TLHA 1FGCC 3QVCA 1MT8A 5HE5A 3K5DA 4FAEA 1FIVA 1A94A 2AOIA 2QK5A 4GIDA 4AA9A 1HIVA 2BPXA 5P49A 1W51A 5DQ1A 5P0JA 1BDRA 2FGUA 3RTHA 5ENMA 5HD0A 3SO9A 5P2WA 5DR1A 1IBQA 3FKTA 4X2LA 1SMRA 2QZKA 3KFPA 5HCTA 1CMSA 2QMPA 4A6BA 2B7ZA 4Y35A 4Y47A 5P67A 3FV3A 5P5UA 2UXZA 3BXRA 3KMXA 1TCXA 4HLAA 4OBDA 2XFJA 2AOFA 5P4AA 4D89A 2BKTA 1LYAA 3ECGA 5P6HA 4FIVA 3WZ8A 3EMYA 3GGUA 1GVVA 1FB7A 4NJUA 5ER1E 4Y3RA 5P47A 1B6JA 1T3RA 1M43A 2Q15A 4APEA 2WEBA 5P5GA 1FF0C 1HPVA 4D85A 5P3UA 2Z54A 5OYSA 5OZKA 3PBDA 5P65A 2ZJKA 3R0YA 1META 2QZWA 5P3LA 2FXEA 5P5RA 5P32A 2F3FA 4EJ8A 2R3WA 5P4ZA 2P8HA 5AGZA 4YOAA 2ZYEA 2QMDA 5PEPA 2CEMA 3VV6A 1IDAA 2G69A 1M0BA 3O9GA 3GW5A 3VSXA 4HDFA 2UPJA 1DW6C 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2P3B A;  2FNS A;  4ACX A;  4Y38 A;  4FM6 A;  4B72 A;  1B6P A;  4L7J A;  1ZLF A;  4QJA A;  3OUD B;  2IGX A;  2PSG A;  4Q1W A;  5P01 A;  3EBZ A;  3DV1 A;  2VIZ A;  2I1A A;  3L59 A;  2G22 A;  4FSL A;  3TOH A;  2F80 A;  3VEU A;  5P36 A;  4FL8 A;  1XDH A;  4Y3L A;  3WSJ A;  3ST5 A;  4JOO A;  4AA8 A;  5OYT A;  4FM8 A;  4D83 A;  5P7H A;  4I0G A;  2ZHS A;  3H0B A;  5P78 A;  4I12 A;  2PWC A;  5P6P A;  3PVK A;  5OZF A;  3QI1 A;  3EKP A;  4M8X A;  3R4B A;  4ZEA A;  1HII A;  1GVX A;  2VKM A;  4JP9 A;  1LYB A;  5KOS A;  3NDX A;  3SM2 A;  5P2S A;  5P6A A;  1ENT E;  3NUJ A;  3UFL A;  5P5N A;  4I0Z A;  2PH6 A;  2G1N A;  5P6B A;  1EC2 A;  4JPE A;  3GI4 A;  4XXS A;  1IVP A;  5P5M A;  2V11 C;  3HLO A;  5P1D A;  2O4P A;  4DJU A;  1EED P;  4J17 A;  5IE1 A;  2O4L A;  4B70 A;  2G24 A;  3D3T A;  4R95 A;  5P34 A;  5P6L A;  4Y3P A;  5P2V A;  5CLM A;  1CZI E;  5P3X A;  3KT2 A;  3JW2 A;  5P7P A;  1FQ8 A;  2BJU A;  6APR E;  2QHC A;  3OQD A;  4Z4X A;  4F74 A;  1MSM A;  5OZ4 A;  3RVI A;  5P0C A;  5P5A A;  1PPK E;  1W6I A;  5P3P A;  3IGB A;  4ZPE A;  4LXM A;  1YTG A;  3QP0 A;  3AUP A;  5P0G A;  5OZ0 A;  3BVA A;  5KR8 A;  5P6W A;  3ZMG A;  5P7D A;  5OZZ A;  4YD7 A;  4YD4 A;  5JFU A;  1ODW A;  3TPL A;  1K1T A;  3M9F A;  4YDG A;  1HRN A;  1E82 E;  2IKO A;  3ZKX A;  4FCO A;  3EL4 A;  3LPJ A;  5P84 A;  3KM4 A;  4Y3M A;  3Q3T A;  4Z22 A;  5P2D A;  1J71 A;  5P8H A;  3OUA A;  3I7E A;  5P07 A;  5P1T A;  4CMS A;  3OQ7 A;  4Q5M A;  2HS2 A;  1ER8 E;  1ME6 A;  3TTP A;  3OU4 B;  1KJ7 A;  2HB3 A;  5P7V A;  5P0H A;  3D1Y A;  5APR E;  5P4Q A;  3SFC A;  3KF0 A;  5P5Q A;  5I3X A;  2QNQ A;  5P6D A;  3CMS A;  4N00 A;  5OZG A;  5P5J A;  1C70 A;  3EL0 A;  3VFB A;  1HSH A;  2QI0 A;  1AID A;  5P7C A;  5OZ9 A;  5P0F A;  4Y43 A;  1D4Y A;  5P6O A;  3OXC A;  3URJ A;  4I0D A;  3DUY A;  5AHA A;  5KQY A;  5P1A A;  3CYW A;  4PZX A;  3KFS A;  5P3G A;  5P3K A;  3HDK A;  5P1L A;  5BRY A;  2OHK A;  3MWS A;  5P6T A;  2ZJM A;  4Z50 A;  3NWX A;  1MTB A;  5OZE A;  1AZ5 A;  4LP9 A;  4YCY A;  2CEJ A;  1PSA A;  3D1Z A;  2RMP A;  4Y3D A;  1HVI A;  3O9H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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