3EL0A

Crystal structure of the inhibitor nelfinavir (nfv) in complex with a multi-drug resistant hiv-1 protease variant (l10i/g48v/i54v/v64i/v82a) (refer: flap+ in citation)
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIVGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
molecule keywords Protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3el0A00
3L5BA 4TRZA 4MC9A 3M9FA 3KDBA 4GJBA 1VIKA 3R0WA 5P0RA 5P8OA 5P6GA 3H0BA 4YDGA 1W5YA 2FLEA 3H5BA 5P37A 1AIDA 1LYBB 2IENA 1EBYA 2AQUA 2OHSA 5IVTA 3ER5E 3NU9A 5P5MA 1HHPA 5P0JA 5P7GA 5BWYA 1PSNA 4CPTA 1WKRA 5OZNA 3NDWA 4BFBA 4Y4JA 5P2FA 1GVWA 3I8WA 7UPJA 4HDBA 6APRE 5P0PA 3TOFA 5P12A 4EJ8A 3O9DA 4J55A 2AOJA 5P0DA 3TTPA 1A8GA 1SMRA 5P1KA 2ZE1A 1FFIC 2FXEA 2AIDA 5P8FA 1FLHA 1W5WA 5OZ8A 4RYCA 5OZYA 5P2MA 4Y51A 3K5FA 5P1CA 1N49A 3CKPA 3NDTA 3GGAA 5P3RA 2EWYA 1FMBA 3IN4A 5OZBA 2IS0A 3EMYA 3PRSA 3SA4A 4YHQA 3SA5A 2QD7A 1B5FA 5P3FA 5P4GA 5P03A 2XYEA 1YTGA 3OQAA 4A4QA 4Y4WA 4I0JA 3PGIA 1DMPA 1MRXA 2WEZA 3VF5A 4DQCA 2QAKA 4B00A 3B7VA 5P76A 5OZZA 1B6JA 2P3DA 5IVQA 3UQWA 4HEGA 3ZL7A 2WF4A 3IVIA 1G35A 2G69A 4GMIA 1HIIA 1BXOA 4OC6A 3HAUA 5IVRA 3QPJA 3WZ6A 5P73A 2V00A 3NDXA 3UFLA 5HTZA 3B80A 4HA5A 2B60A 3HBOA 2QI6A 3INDA 4ZEAA 1EBWA 2FNSA 1TZSA 5OYQA 2ANLA 1YTJA 4TRWA 3S2OA 1OD1A 4Y4ZA 4Y3EA 1IBQA 5HU1A 3BGCA 5P24A 1YTIA 3DM6A 5OZEA 5P1YA 2VJ9A 2V16C 5P3AA 5TOLA 1TCWA 4Y4BA 4EXGA 5IE1A 5E5KA 3GGXA 3IAWA 3MSJA 5OZUA 1M4HA 1C6XA 2PWRA 5B18A 1HTGA 5OZQA 5P7LA 5OYVA 3VFBA 5P3TA 5COOA 5P53A 3INHA 3GGUA 4Y3XA 3RTHA 3VLAA 1DPJA 4KB9A 4FCOA 2PK5A 1T7IA 3IVHA 3FV3A 3D1YA 3PCZA 5HDXA 4L1AA 1GVXA 2ZJHA 4F74A 5SY3A 2VKMA 1QBSA 4A6CA 2I4XA 1FQ5A 5P28A 1HSHA 1HPOA 4YCTA 3C9XA 4FRKA 1AJVA 2AOGA 2BB9A 5P2NA 4DJVA 4Y3PA 1BVEA 5P7HA 5DR3A 1D4KA 2AZ9A 2Q3KA 3ZPUA 5P74A 3L38A 3HAWA 5HCOA 5KR0A 3SA8A 3EKPA 2BPXA 3OGPA 3INEA 5BS4A 4DPIA 5P43A 3ECGA 3VG1A 4I0EA 4GIDA 1B5FB 1GNOA 5P83A 4I12A 1HVRA 5OYSA 3HVGA 2AOHA 3BRAA 1HPSA 2G94A 1MEUA 1ZPAA 5P68A 4IVTA 3HZCA 4LAPA 5P0EA 2O4NA 5OZMA 2WEDA 4I8WA 5P6FA 2AVOA 3KDDA 5P1DA 2QI1A 2NR6A 5P4MA 5UPJA 4MC6A 5IS4A 2P8HA 1T6EX 5P2XA 4EP2A 5P57A 2FIVA 2PMAA 5P3KA 3VLBA 1K6CA 1EPPE 3O9HA 5P7KA 3T7QA 4GZFA 2I4QA 3K5CA 4Y3FA 5P1QA 4Y53A 4H1EA 4CPRA 3KYRA 3EKTA 2FDEA 5HE7A 5P0BA 1DP5A 4RROA 3A2OA 5P13A 1YG9A 1NPAA 1FB7A 3IN3A 3OHHA 5OZ3A 5DGWA 5P8SA 1MIQA 5KQZA 1W5XA 3PSUA 4PPHA 5HDUA 5P0OA 2FS4A 3OAGA 5P5WA 2I4UA 3S7LA 3T7PA 3IA9A 5P2QA 3O9CA 5DR4A 5P10A 3OK9A 1E5OE 3K5GA 3EM6A 3VUCA 2BPWA 3CMSA 4ZPFA 4ZSRA 2P3BB 5KOQA 1AM5A 5P6UA 4BELA 3NYGA 3UQRA 4IVSA 4PEPA 4Y4AA 5P6QA 1TCXA 5C9DA 4I8ZA 4Y3MA 1FQ4A 4L1AB 5ISJA 5P5BA 5P7JA 3O99A 4HE9A 2FMBA 3VSWA 2HM1A 4YD5A 5C9FA 3BUFA 3QRSA 5P8MA 3VFAA 1IIQA 1META 1GNMA 3AIDA 3OADA 4FAFA 4I0DA 3IXJA 5JG1A 1J71A 4Y5KA 1YM2A 2B42A 2AZCA 4PYVA 4I0IA 4HZTA 5P59A 3SACA 3PBDA 2J9KA 1HBVA 4GB2A 5P5QA 5P4SA 4QGIA 4DQEA 1EBZA 4BFDA 3DUYA 3LIYA 5AH9A 5P5JA 2HAHA 5P2YA 3D91A 5P3IA 1G6LA 3KF0A 3O9LA 2IKOA 3PI5A 3FIVA 5P5ZA 2ZJLA 1CPIA 3DCRA 3UDHA 4L7GA 1EBKC 4Y54A 5P7AA 1HPXA 5P4IA 5P63A 2JJIA 4WY1A 2ZHRA 5P87A 4DI2A 3K5DA 1QDMA 2QNNA 4J1HA 4RVIA 5P6XA 1XDHA 2AZBA 1MT7A 3ZOVA 3CICA 4Z50A 4DJRA 3KA2A 2ZHVA 1D4YA 3AUPA 3QAAA 4Q5MA 2WF3A 4Y48A 3SA9A 4H3IA 5P20A 3KT5A 1RPIA 3SPKA 3TOHA 4FGXA 2APRA 5P1GA 4B70A 2FGUA 4GYEA 3IGBA 5P4LA 3OAGB 4RCDA 5P8CA 5OZ4A 5P56A 4E43A 1TSQA 3LPIA 1W6HA 5P3XA 2QI5A 1GVVA 5P29A 3T6IA 4AUCA 2WEBA 4OBKA 3VCMA 1K1TA 3UDRA 1VIJA 3TL9A 5P6KA 4OBGA 2ER7E 3LIVA 1FQ6A 1BV9A 5P0QA 5P0VA 2BKTA 5P0NA 3SQFA 3KM4A 4Y4XA 5P79A 4XKXA 2OHMA 5P0MA 1FMXA 5P6SA 2G27A 3FNUA 3OWNA 4Y4UA 3EL9A 1APTE 5P61A 3UDYA 1UH7A 3BGBA 3L59A 5P3DA 1KJHA 2QHYA 1EAGA 5P4FA 5P4VA 1XL5A 1BIMA 5P7IA 2PSUA 4Q1NA 2QMFA 1B6MA 4LHHA 5P3MA 4DQFA 4I1CA 5P2GA 2I0DA 1A30A 1LYAB 3DOXA 2QHCA 4GJCA 5OZLA 3IXOA 4J1IA 3JW2A 4M8YA 5KOSA 2Q64A 4Z22A 1XN2A 3MWSA 3GW5A 4NPTA 2BPVA 2R5PA 2VIEA 5P6PA 1G0VA 5EZZA 1HXWA 5P8KA 3G6ZA 5P1HA 5P5UA 3RTMA 3EKXA 1HVJA 1HVLA 1MESA 4EXHA 4YOAA 4KUPA 4OBFA 1T6GA 4Y4DA 5P5OA 4DH6A 5P2ZA 4K4QA 3CIDA 5P3GA 2CENA 3EBZA 4K9HA 3GGVA 5P2HA 4QJAA 4FL8A 1YX9A 3G72A 1XS7D 5P39A 2HIZA 4S1GA 4RVXA 3SM1A 1QBRA 3D20A 2ZJJA 5ER2E 4Y3SA 2Q11A 5SY2A 1K6PA 2HS1A 2ZHUA 4JP9A 4Y6MA 3TKGA 5P77A 2QZWA 2QMGA 1HIHA 5P8GA 2AOFA 5P0CA 4B0QA 2VNMA 2PSGA 4UPJA 3SA6A 1FIVA 2PH6A 1TQFA 4FRIA 5E5JA 5P60A 3OXWA 5P0LA 4ZSMA 4CPUA 1SH9A 1LF2A 5P0IA 5P51A 2UY0A 5P4HA 1KJGA 4NJVA 1Z8CA 3EXOA 4Y3DA 4BEKA 2HB4A 4JPCA 2VIJA 4YBIA 1KJ7A 2AOEA 5OZPA 3HVPA 5SXNA 2J9JA 4DV9A 1BAIA 4Y3HA 2V10C 2NNPA 3OXCA 2QMDA 1KZKA 5IVSA 2AOCA 3DV5A 5P18A 2OF0A 5DQ2A 3UFNA 1HVCA 4YD4A 3KMYA 4NKKA 5P5KA 3ZKNA 4Y5MA 1OEWA 1HWRA 5P69A 5P54A 5P65A 2WF2A 1PSOE 3SA3A 2F80A 3D1XA 5P7ZA 4CPSA 2FDPA 3OUDA 3VV6A 4DJPA 2PC0A 1LF4A 5OZKA 5P7CA 1APUE 3FX5A 4Y3ZA 5P0HA 5P6DA 2NNKA 5P8EA 2Q5KA 3D1ZA 4N00A 3URJA 4DUSA 3OXXA 4JECA 2XFKA 5P0GA 2NTRA 1NPVA 3LZVA 1QS8A 3LNKA 3UHLA 3DK1A 4H3JA 3QI1A 3GI6A 4AZYA 1HVHA 3LZSA 2B8LA 3O9GA 2JE4A 8HVPA 3EM3A 6UPJA 1FFFC 3L5DA 4PZWA 4FM7A 5AHCA 5P2KA 5P3ZA 3LHGA 3RSVA 1HSIA 2QD6A 4QJ2A 4XX4A 4R5NA 5I3XA 2G26A 3L58A 5P45A 3BC4A 4Y36A 3VV8A 4ER2E 5OZRA 2IGXA 4YOBA 3HDKA 2OHPA 5P02A 5P58A 5P3VA 4Y5PA 3EKQA 1MUIA 3NU3A 5OYYA 2G1YA 3Q6YA 4H3GA 5P2OA 3QBFA 3ZKXA 1ENTE 5P2UA 5P66A 1B6LA 1PFZA 2P3BA 4FRJA 5P7MA 3KMXA 4JPEA 5P1EA 3OU1B 5OYRA 4DJXA 2V11C 2VIYA 5P3SA 2I4WA 4ZSQA 5OZXA 3UDQA 1APVE 5P4CA 2J9JB 1ZSRA 1EC0A 4CPXA 3APPA 5HE5A 3BHEA 4QJ6A 4QLHA 3TPLA 2MIPA 1IZDA 4Y47A 1ZAPA 2R43A 4Y5GA 5HVPA 5P7TA 1ZP8A 2QZKA 2BJUA 2FXDA 3S7MA 4FAEA 2P83A 1RL8A 3PMYA 3HW1A 4D85A 2QZXA 5P8QA 3OUDB 2I4VA 5P2TA 3F9QA 3K4VC 4DJYA 4OBZB 5P19A 4ZIPA 5P6AA 5P22A 2ZGAA 2F8GA 4R91A 3OGQA 4R93A 5P7BA 5SZ9A 4APEA 1RNEA 2O40A 1ZTZA 5P1VA 5P8IA 3LPJA 3PCWA 1QRPE 5P7YA 2O4KA 1IZIA 5P0AA 2Q55A 3BXSA 1ZJ7A 5P47A 4PHVA 2IKUA 5P81A 4L7HA 3BVAA 2UXZA 5CLMA 5P5LA 4QJ7A 3K1WA 2Z4OA 3LZYA 1LF3A 3FKTA 3UDKA 5P30A 3R1GB 4EQJA 4Y3RA 3DV1A 5P67A 4EHCA 2VJ6A 4D83A 4B78A 2Q54A 1EPRE 5DQCA 4Y3TA 3KFRA 1HEFE 1SDUA 1T7JA 4QJ9A 5P6RA 5BRYA 4DJOA 2Q63A 3UF3A 4J0VA 2PQZA 3OQDA 3EKYA 5P1PA 5OYXA 1MRWA 5P46A 5DPZA 5P1JA 4X7IA 4YBFA 2I0AA 2NPHA 3LZUA 5DR1A 5P0SA 3QN8A 3NWQA 3QROA 3WB5A 2HC0A 4XX3A 3VYDA 2G20A 5P6YA 5P7EA 1U8GA 3SKGA 5P3QA 4Y3YA 5OZ7A 2O4LA 3MXDA 2QZLA 1A8KA 4LL3A 5P8LA 4K4PA 3S53A 3CYWA 4GJ9A 5P84A 5P3LA 3NR6A 3R4BA 1MERA 5P4PA 1M0BA 1A9MA 2RKFA 5P78A 4A6BA 4Y58A 3OY4A 5P7VA 1KJFA 3L5EA 3HD8A 1HVIA 2Z54A 2XFJA 3CKRA 5P6OA 2ZHSA 5P8HA 2H6SA 3VEUA 5DQ5A 3URLA 4NPUA 2ER6E 4B1EA 4Y4GA 5KQYA 5P0YA 4K8SA 5OZCA 1BV7A 3L5FA 5P42A 1ODXA 3URIA 4I0GA 4U8WA 4H3FA 3MSKA 4Y3AA 3RSXA 5P8BA 5P4DA 1LYAA 4Y4EA 5P2DA 1T3RA 5P5TA 1B11A 4Y5LA 2H6TA 1M43A 4FRSA 5OZIA 4Y5CA 4J1CA 3ZKQA 3TH9A 4FM8A 3EKWA 2P4JA 3WB4A 3OQFA 4NJUA 5P2SA 5DQ1A 2R3WA 1TSUA 2PH8A 3UPJA 4Q1YA 1FGCC 4I0FA 3PLDA 3SM2A 3UDMA 6FIVA 4WY6A 3OUAA 1HTEA 5P3YA 4OBHA 5P85A 3NUJA 5P8PA 3EC0A 2R3TA 3RVIA 1SIVA 4LBTA 3KT2A 5P3BA 3OTSA 4FE6A 3U71A 4DJQA 5P8AA 2IQGA 3SA7A 5AHAA 1B6PA 1IVPA 5AH7A 5DR8A 4ZE6A 3PSGA 2QI0A 4L7JA 1B6KA 2VJ7A 5P70A 3S85A 3CKTA 1KJ4A 3OU3A 5P5YA 1EEDP 4I0HA 1RV7A 1FG6C 3HLOA 5P89A 4Y44A 2CEMA 1XE5A 4FS4A 3VSXA 3QP0A 1HIVA 3KDCA 4J1FA 5P15A 5FIVA 5P32A 4CKUA 5HDZA 3LINA 1DAZC 4TVHA 5DR7A 5P4EA 4ZLSA 2QI7A 1HTFA 4RCEA 4YDFA 5I3VA 3OQKA 2PWCA 1LYWB 3ZLQA 5P8DA 5P5GA 5JFPA 4Z4XA 1E81E 1ER8E 5P25A 1E82E 3PVKA 2AVSA 3O9EA 5OZJA 3TKWA 2WHHA 1SMEA 1BDQA 5P33A 5C9BA 5P16A 3TLHA 3JVYA 3TPJA 4Y5EA 2F3FA 4FIVA 2G1SA 5P6LA 3QVIA 1EC3A 2V0ZC 2VA7A 5P41A 2I4DA 5P3UA 2HPFA 2ZJNA 4HDFA 3PWRA 3FNTA 4Q1WA 3OHFA 4KE0A 4LP9A 5P38A 3VYFA 5JFUA 3TOGA 4D88A 3DJKA 4Y45A 1GVUA 2P3AA 2XYFA 2ZHTA 1MT9A 3UTLA 1RQ9A 2QCIA 4EJKA 4DFGA 3UDNA 2BPYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L5B A;  4TRZ A;  4MC9 A;  3M9F A;  3KDB A;  4GJB A;  1VIK A;  3R0W A;  5P0R A;  5P8O A;  5P6G A;  3H0B A;  4YDG A;  1W5Y A;  2FLE A;  3H5B A;  5P37 A;  1AID A;  1LYB B;  2IEN A;  1EBY A;  2AQU A;  2OHS A;  5IVT A;  3ER5 E;  3NU9 A;  5P5M A;  1HHP A;  5P0J A;  5P7G A;  5BWY A;  1PSN A;  4CPT A;  1WKR A;  5OZN A;  3NDW A;  4BFB A;  4Y4J A;  5P2F A;  1GVW A;  3I8W A;  7UPJ A;  4HDB A;  6APR E;  5P0P A;  3TOF A;  5P12 A;  4EJ8 A;  3O9D A;  4J55 A;  2AOJ A;  5P0D A;  3TTP A;  1A8G A;  1SMR A;  5P1K A;  2ZE1 A;  1FFI C;  2FXE A;  2AID A;  5P8F A;  1FLH A;  1W5W A;  5OZ8 A;  4RYC A;  5OZY A;  5P2M A;  4Y51 A;  3K5F A;  5P1C A;  1N49 A;  3CKP A;  3NDT A;  3GGA A;  5P3R A;  2EWY A;  1FMB A;  3IN4 A;  5OZB A;  2IS0 A;  3EMY A;  3PRS A;  3SA4 A;  4YHQ A;  3SA5 A;  2QD7 A;  1B5F A;  5P3F A;  5P4G A;  5P03 A;  2XYE A;  1YTG A;  3OQA A;  4A4Q A;  4Y4W A;  4I0J A;  3PGI A;  1DMP A;  1MRX A;  2WEZ A;  3VF5 A;  4DQC A;  2QAK A;  4B00 A;  3B7V A;  5P76 A;  5OZZ A;  1B6J A;  2P3D A;  5IVQ A;  3UQW A;  4HEG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5AH8 A;  3PBZ A;  1LS5 A;  5P07 A;  5P86 A;  1E80 E;  3S45 A;  5P7R A;  5OZV A;  5AHB A;  1MSN A;  5OZT A;  2A4F A;  4CMS A;  4Y57 A;  1K6T A;  5P3H A;  5F00 A;  2AVV A;  2QMP A;  3OU4 A;  1BVG A;  1LEE A;  1MTB A;  1WBM A;  2B7Z A;  3NU5 A;  1EC2 A;  2VA5 A;  1ME6 A;  4DQG A;  2OAH A;  2VIZ A;  5OZS A;  1WBK A;  3TNE A;  2IGY A;  5P6I A;  4EJD A;  4CPQ A;  1BDL A;  4YCK A;  2B8V A;  2RMP A;  2Q15 A;  5P82 A;  2REN A;  1LV1 A;  3K4V A;  5KR1 A;  4MC1 A;  3D3T A;  4R8Y A;  5P1T A;  5P3O A;  4I10 A;  3TPP A;  3LIX A;  1EPM E;  1SBG A;  3FNS A;  2G21 A;  2WL0 A;  2AOD A;  1LYB A;  1FQX A;  5P01 A;  1DW6 C;  5P5N A;  1UH8 A;  1FQ8 A;  4ACX A;  5P6B A;  5OZH A;  5P2A A;  3BXR A;  4ACU A;  3O9A A;  1D4I A;  3NU4 A;  1YTH A;  5P5R A;  2AZ8 A;  5P36 A;  3LIQ A;  4KE1 A;  1GNN A;  4B77 A;  2FDD A;  3QVC A;  4LXM A;  1XL2 A;  5P5E A;  1SDT A;  3L5C A;  1IDA A;  2OHK A;  4FLG A;  3KN0 A;  5OZ5 A;  5P8R A;  3GI0 A;  3PSY A;  1SIP A;  3IXK A;  2WEA A;  4OD9 A;  5P50 A;  4K4R A;  3PJ6 A;  3PLL A;  2PYN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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