3EL1A

Crystal structure of wild-type hiv protease in complex with the inhibitor, atazanavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
molecule keywords Protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3el1A00
5P5PA 5P6JA 4F75A 5P3HA 5OZ7A 1NSOA 5P5EA 4GYEA 3OTSA 2NR6A 1MTRA 4TRYA 3EL4A 1IZEA 5COPA 2G1SA 3TH9A 4XXSA 3OU4B 5OZWA 4J0PA 4OBJA 3LPJA 4Y3YA 5P7DA 3S7LA 2AOGA 5P3CA 1XL5A 3FSMA 1EPNE 2AZCA 4YD6A 3PSYA 5P6DA 3KM4A 3QROA 1EBZA 1NPWA 2SAMA 3RU1A 5P8BA 2PMAA 3BUFA 3GI6A 4TRZA 3I8WA 4X2LA 1IBQA 5P0IA 3EKVA 4OBZB 5P36A 3KN0A 5P5WA 2WF2A 1XE6A 5P8UA 3OUDB 4DPFA 2PQZA 5HU0A 3U7SA 3GGUA 5P7EA 1GVVA 1EC2A 3INEA 5EZZA 1MESA 5BRYA 5OZRA 4H1EA 3SLZA 3OOZA 3D20A 2BPYA 5OZVA 3OU3A 4Y3FA 5P5AA 4HVPA 1ZPAA 4I0FA 5P1JA 5P7NA 4DJRA 4Y4XA 4NPUA 5P70A 2QK5A 4AA9A 2QZXA 2V12C 4RVJA 5P6GA 5DQ1A 5HCOA 1HVJA 2Q54A 3PBZA 3NR6A 5P18A 2WF0A 5P8PA 3UDRA 5P8GA 4RRSA 5P0EA 4Y3RA 3SO9A 1EPPE 3TKWA 1SDVA 5P54A 4EJLA 5P4XA 5KQZA 2JJIA 2RMPA 3VYFA 1MRWA 1EC1A 3K5DA 4R91A 3O9BA 4HEGA 4LHHA 1G0VA 2R5QA 5P0CA 3EL9A 3INFA 3NU5A 2CEMA 1UH8A 5HU1A 5P4LA 5P6EA 3ZKXA 4BFDA 1HIVA 3QVIA 1ZAPA 2HB4A 3GI0A 5OZ0A 5P37A 3SA4A 2I4QA 3BC4A 4Q1WA 5P1TA 3PRSA 2P8HA 5P1DA 3VFBA 4ZIPA 5DR0A 4Y53A 1EC3A 4Y3LA 5IVTA 3T7XA 5OZCA 1OEWA 4M8XA 4OC6A 3FNSA 3LNKA 5SY3A 4I0EA 5P39A 5OZMA 3KYRA 4K8SA 5P12A 5DR3A 1ODXA 2CENA 3FX5A 2WEBA 3UTLA 3FNUA 1WKRA 4ER2E 1CPIA 1MT9A 2VIZA 3PWRA 4DI2A 5P4ZA 5TOLA 5P8FA 1VIJA 3OAGA 2JXRA 1T7IA 2HPFA 1SIPA 2ER7E 3O9LB 4I12A 2PC0A 4FAEA 4F73A 3EBZA 2BPVA 2NMYA 3OQAA 4YBIA 1D4LA 2VIYA 4MC6A 5P1EA 1PPKE 3UQUA 5P0WA 3SPKA 2QAKA 5P7TA 5P5TA 3GGVA 4QJ7A 5P87A 2J9KA 1B6MA 2IQGA 4Y4EA 3PJ6A 3VYDA 3OK9A 5P4TA 4OBKA 4HA5A 5P62A 5P4UA 4EXHA 5P2JA 3TKGA 3G6ZA 2G27A 1PSNA 2G22A 5P8IA 5IVQA 1FF0C 3Q70A 5P2FA 4GJ6A 3OXXA 2G1YA 2AODA 2Q63A 5P8LA 4Y3JA 4Q1YA 2BQVA 5P7IA 5P00A 1YT9A 4JECA 2A1EA 5PEPA 1KZKA 2G20A 3PBDA 2G69A 1DAZC 5P14A 2P3CA 2VJ7A 3QVCA 5IVRA 5P7WA 3VV8A 4EHCA 1MTBA 3VLBA 3PSGA 5P3QA 5P7VA 2QZWA 1G35A 1HVKA 1PFZA 3S45A 1A8KA 4Y3SA 1AVFA 3EKPA 1K2BA 3S53A 3OUCA 4YD4A 5P2DA 5P10A 1C6XA 4Y3ZA 4ZLSA 2VNMA 1E82E 4JPCA 1FB7A 3HVPA 2PK6A 3TTPA 4AMTA 1CZIE 5KOQA 4LXMA 4K4QA 3UPJA 1LZQA 3OXWA 3EKQA 5P2KA 2BPWA 5P7QA 1C6ZA 5P56A 1HTGA 5P0RA 2AZ8A 4APRE 2G94A 5COKA 4Z22A 1XN3A 5P7BA 1VIKA 2ZYEA 2EWYA 2QI4A 4R5NA 5DR1A 1HVLA 1HTEA 5AHAA 3K5FA 5AGZA 5C9FA 2HB2A 1FFIC 5OZ6A 3ZKIA 4A6CA 1MSMA 5P81A 4X7IA 3TLHA 3PWWA 2PWRA 5CONA 5DR7A 1G2KA 2QHCA 3EM4A 2QMGA 3I25A 5P6MA 1BILA 1W5WA 2VIJA 1EC0A 1HTRB 5P7XA 5P5SA 3ER5E 3URIA 1T7JA 2O4NA 3VF3A 2AOJA 5OZSA 2BKTA 5OYZA 4GZFA 1E81E 3L5EA 1LYAA 5P2WA 5P4FA 3U6AA 3I7EA 2XFIA 1JLDA 3HAUA 3BUGA 5P6HA 5P8KA 4OD9A 4LAPA 4BEKA 4DJVA 5P3GA 5P34A 2QNQA 4B70A 1FQ4A 3IAWA 3NSHA 5P7RA 4J55A 1FMUA 4K4RA 5OZNA 3UDHA 1FG8C 4YA8A 4FCOA 1YTHA 5DQ4A 1M0BA 1QBRA 3GI4A 3MSJA 4XKXA 3VF5A 4Y39A 3HVGA 1U8GA 3CIDA 3LIYA 4Z4XA 2QNNA 4RRNA 1BIMA 2UY0A 4OBHA 1T6GA 5OZDA 5C9BA 3ZMGA 5ER1E 2XFKA 4J1IA 5DQ2A 2AOEA 1A94A 5HCTA 2O40A 4GB2A 5P08A 5P45A 4H3JA 2V16C 1GVTA 3HAWA 1FQ7A 5OZLA 1HPVA 1HXBA 3ZKMA 4TRWA 1FQ8A 2NXDA 2AOCA 3NWXA 1B6PA 4FRKA 4Y3TA 5P3EA 3WZ6A 4DJPA 3LINA 4GJ8A 4L7GA 5P7UA 1OEXA 5KQYA 2PYMA 5P4YA 5DQCA 1ZBGA 5P4IA 3VSXA 1D4IA 3SFCA 3D1ZA 2G1RA 1ZSRA 5P1OA 5OZYA 3PLDA 2ER9E 5P1YA 5KR1A 1RQ9A 2QU3A 1EPRE 1B5FA 1BDRA 1A30A 2H6TA 3BXSA 4MC2A 1BWAA 2I0AA 3DCRA 2IENA 4ZPFA 5HD0A 1D4HA 3Q4BA 5P5FA 3VV6A 4NKKA 4J0YA 2O4SA 1EEDP 2BB9A 2WF1A 2QI5A 5P8JA 5ISKA 5AHCA 2FMBA 1FGCC 4Y5GA 3GI5A 5ENMA 2J9JB 4Y5LA 4DJQA 1HVCA 3VG1A 4Y4ZA 4WY1A 3NDWA 1YM2A 3EXOA 3EKXA 3OXVA 2ZHRA 3NDUA 2FGVA 5P31A 1Q9PA 1EPOE 2AOIA 5P84A 2ZJMA 3TPLA 1DMPA 3M9FA 2OHKA 1NPAA 3UDMA 5P3PA 1AAQA 5OZ9A 4FLGA 1QS8A 2AVSA 2RSPA 3UDQA 4Y3QA 5P4HA 5P6KA 2WEAA 5P7SA 5P05A 5P72A 5OZOA 3LZUA 3K4VA 4YCTA 2V11C 5OYUA 1D4YA 2F3EA 4QJ9A 4DJWA 5F00A 1QBTA 5P7AA 4R93A 3UDPA 5DGUA 1HVRA 5P0BA 1ENTE 5P65A 3CMSA 2IKOA 5P0XA 2WF3A 3OUAA 4B1CA 5I3XA 1SGZA 3MSKA 5P1PA 4RGHA 4GJDA 5P22A 5P89A 1AXAA 1YTGA 2V0ZC 1BDLA 3VSWA 1C6YA 3QBHA 5P4VA 1M4HA 1W51A 5P7KA 1HTFA 3NDXA 5P3RA 4D8CA 2ASIA 3SA7A 4Y3NA 4Y3PA 5P2VA 2WHHA 5P2UA 5P5JA 1LYBB 5P1BA 4U7QA 3LZSA 4DV9A 4RCEA 1QBUA 2G1OA 4ZPEA 1HPXA 4YOBA 5P8OA 3HBOA 3TOFA 2IS0A 4Y43A 4YOAA 2AOFA 5P3ZA 1PSOE 5P5GA 2IEOA 1EPLE 4F74A 2FS4A 5P8TA 3KFSA 4OBZA 3EMYA 4B78A 5P71A 3UDKA 5P5UA 3OUDA 1FQ6A 4LC7A 4I0HA 4PHVA 5ENKA 2ZJKA 1BXQA 1GNOA 5P4JA 3RTMA 4B72A 1RV7A 4PPHA 1HSIA 5KQFA 3UCBA 1Z1HA 2WKZA 5P4GA 2Q3KA 5P47A 5P1WA 4HDFA 4LL3A 2QP8A 4QJ8A 4Y5BA 5P4NA 2R3WA 3QPJA 5P6FA 4GJBA 1HWRA 5P7CA 4FS4A 3KDDA 1TCXA 3ZKQA 4Y47A 3MWSA 3LIVA 1SMRA 2Q11A 2MIPA 5OZIA 1PPME 1IVPA 1GKTA 5P68A 3SKGA 5OZKA 5P6ZA 3MXEA 5P4SA 5P5DA 4Y5EA 4I8WA 2G26A 4FSEA 1DW6C 3MSLA 1G6LA 4Z50A 1APTE 3H0BA 1E80E 4COEA 5P1GA 1META 4R92A 5AH6A 5P2GA 1FEJC 4B05A 1LS5A 2Q5KA 5P1QA 3IA9A 2F8GA 1PPLE 4DFGA 5E5JA 1AJXA 4WY6A 1E5OE 5P6VA 5P3AA 1DPJA 3EL5A 1FG6C 4HE9A 4FRIA 4GIDA 1EPME 3QRSA 3DV5A 4CPWA 1LEEA 2HAHA 2OHSA 3DUYA 5I70A 1ODWA 3L38A 1LV1A 1APWE 5HE7A 2QNPA 5C9DA 3PHVA 2NXLA 5P1NA 4R95A 3JVWA 4I10A 2ZHTA 5P0VA 5P2IA 1ZSFA 5KOSA 1K6PA 2AZBA 3KT5A 1B11A 5P4AA 3WZ7A 1EBYA 2ZE1A 3VLAA 4DUSA 3NDTA 1GVWA 3O9LA 5J25A 4ER1E 1LF3A 3BVAA 3L59A 5OZPA 3OTYA 4YBFA 3T6IA 3QAAA 3LHGA 5P7YA 3L3AA 2P3DA 3LIQA 4FM7A 3O9FA 2FXEA 3I6OA 3PVKA 1W5XA 2OHPA 3HZCA 4QJ2A 4Y6MA 5P4CA 2XYEA 2AOHA 4DQGA 3OY4A 5P1RA 3L58A 5P0AA 3SM1A 3IN3A 4DVFA 1HPSA 4J17A 1C70A 5P3DA 5DGWA 3LIXA 5P2RA 5P2LA 4FE6A 4ZPGA 5P80A 1EBWA 1TW7A 4J1CA 5P5YA 4Y4DA 3NXEA 3ER3E 4YD7A 1RL8A 2VNNA 2R43A 3AIDA 1HEGE 3CKTA 2V00A 3DV1A 5SZ9A 2HIZA 3I2LA 5P3FA 5I3WA 5OZJA 3IVHA 3O9EA 5P66A 5P64A 3K1WA 3OGQA 1HVSA 3SA8A 3INHA 5P6LA 5P73A 5OZBA 2Q64A 3D1YA 3TPPA 2I1AA 4AUCA 4L1AB 5P8AA 5P4MA 2ZHVA 3ECGA 3VUCA 5P3IA 4J0TA 5P0ZA 2QMPA 5AH9A 4Y4AA 4Y9WA 1MSNA 1FMXA 2I4XA 3VYEA 2FDPA 5HDVA 1GNMA 1B6KA 5P77A 5P19A 1GVUA 5OYRA 2ZJLA 4HDPA 5HDUA 5P1SA 2AVQA 2QMFA 3LZYA 3VV7A 5P46A 3S43B 4PYVA 5JODA 2FLEA 2R9BA 4I0GA 5P3UA 2XYFA 1BV9A 4EYRA 4EP3A 2BPZA 5P2TA 3CKPA 5P13A 3UFNA 5P8EA 2ER0E 3PCWA 2O4LA 5P6TA 1W6IA 2FDDA 2O4PA 3DOXA 2VA6A 4S1GA 5P3YA 3EL1A 2OHQA 1HIIA 4LBTA 5P4BA 3OADB 1MIQA 5P3JA 1HSHA 5P1XA 5P09A 2ANLA 3KT2A 3LITA 1W50A 4OBFA 5P33A 5OZ1A 4Y51A 1QRPE 5P6CA 1XN2A 5P3TA 1K2CA 1ZTZA 5HVPA 1PROA 3UFLA 4K4PA 3EC0A 3GGAA 4RYGA 5HE5A 1IZDA 3D1XA 4QGIA 2AIDA 3GGXA 5P2NA 5P7PA 1KJ7A 3KFNA 2ZJHA 4YD3A 5P4DA 4FRJA 4Y5AA 4CP7A 2F81A 3ST5A 8HVPA 2QD8A 1FKNA 1NH0A 4Y56A 5CLMA 4L7HA 3UQRA 2IDWA 3ZPUA 4GJAA 5OZAA 4QJAA 3CKRA 3PM4A 3IGBA 5P4QA 5P86A 3ZKNA 5P0FA 1HRNA 5P02A 1FLHA 2FIVA 3OQFA 3IXOA 4EPJA 4Y50A 4BFBA 5P0TA 5P6OA 4J1FA 1WBMA 4GJCA 4I1CA 3OXCA 3JW2A 3BUHA 3OU1B 4XX3A 5OYQA 3S85A 4YDFA 5P29A 5P5BA 3PSUA 3C9XA 4Y3GA 5P5RA 2VJ6A 1MUIA 2VKMA 3QS1A 4NJUA 5P23A 3INDA 5P32A 4Y4BA 1XE5A 4DH6A 3UDJA 4CPUA 4CPRA 1MVPA 5P5XA 1KJ4A 4DJYA 4JPEA 4Y3XA 5P7ZA 1HIHA 4OBGA 4NJVA 5P52A 3ZOVA 5P3MA 1RNEA 3D3TA 3OHHA 4RVIA 3SAAA 7HVPA 2QHYA 5P1UA 4DJXA 2QD7A 1FFFC 5APRE 5P63A 5P38A 5P3LA 4Y36A 2OAHA 5DR4A 2HS1A 2NNPA 3TOHA 2VS2A 1AZ5A 1KJHA 5IE1A 5P7LA 5P8NA 5P8DA 3VF7A 1K6VA 4JOOA 1TSUA 2NMZA 4Y3AA 5P26A 3QBFA 5DPZA 2OHTA 4FL8A 5P0DA 3KF0A 2J9JA 3EM6A 3VCMA 4B00A 1BV7A 1W6HA 2QD6A 3RSVA 2QI0A 5P6QA 1A9MA 4FM8A 4HLAA 5F01A 2P3BB 1BDQA 3TNEA 1HEFE 3RTHA 3MXDA 3BRAA 5P51A 4DQEA 3G70A 5OZQA 3S2OA 2UPJA 4I0JA 1D4JA 3OQKA 5P6XA 3TL9A 3EKWA 3UHLA 3EM3A 3PGIA 4B77A 4ACUA 6APRE 4F76A 3APRE 5P3VA 1BAIA 3FV3A 4Y5CA 2ZJNA 5COOA 5P8QA 5P83A 4I0ZA 4Y45A 2P83A 5P24A 3ZKSA 2AQUA 4IVTA 3L5DA 1WBKA 2PSUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5P A;  5P6J A;  4F75 A;  5P3H A;  5OZ7 A;  1NSO A;  5P5E A;  4GYE A;  3OTS A;  2NR6 A;  1MTR A;  4TRY A;  3EL4 A;  1IZE A;  5COP A;  2G1S A;  3TH9 A;  4XXS A;  3OU4 B;  5OZW A;  4J0P A;  4OBJ A;  3LPJ A;  4Y3Y A;  5P7D A;  3S7L A;  2AOG A;  5P3C A;  1XL5 A;  3FSM A;  1EPN E;  2AZC A;  4YD6 A;  3PSY A;  5P6D A;  3KM4 A;  3QRO A;  1EBZ A;  1NPW A;  2SAM A;  3RU1 A;  5P8B A;  2PMA A;  3BUF A;  3GI6 A;  4TRZ A;  3I8W A;  4X2L A;  1IBQ A;  5P0I A;  3EKV A;  4OBZ B;  5P36 A;  3KN0 A;  5P5W A;  2WF2 A;  1XE6 A;  5P8U A;  3OUD B;  4DPF A;  2PQZ A;  5HU0 A;  3U7S A;  3GGU A;  5P7E A;  1GVV A;  1EC2 A;  3INE A;  5EZZ A;  1MES A;  5BRY A;  5OZR A;  4H1E A;  3SLZ A;  3OOZ A;  3D20 A;  2BPY A;  5OZV A;  3OU3 A;  4Y3F A;  5P5A A;  4HVP A;  1ZPA A;  4I0F A;  5P1J A;  5P7N A;  4DJR A;  4Y4X A;  4NPU A;  5P70 A;  2QK5 A;  4AA9 A;  2QZX A;  2V12 C;  4RVJ A;  5P6G A;  5DQ1 A;  5HCO A;  1HVJ A;  2Q54 A;  3PBZ A;  3NR6 A;  5P18 A;  2WF0 A;  5P8P A;  3UDR A;  5P8G A;  4RRS A;  5P0E A;  4Y3R A;  3SO9 A;  1EPP E; 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 5P87 A;  2J9K A;  1B6M A;  2IQG A;  4Y4E A;  3PJ6 A;  3VYD A;  3OK9 A;  5P4T A;  4OBK A;  4HA5 A;  5P62 A;  5P4U A;  4EXH A;  5P2J A;  3TKG A;  3G6Z A;  2G27 A;  1PSN A;  2G22 A;  5P8I A;  5IVQ A;  1FF0 C;  3Q70 A;  5P2F A;  4GJ6 A;  3OXX A;  2G1Y A;  2AOD A;  2Q63 A;  5P8L A;  4Y3J A;  4Q1Y A;  2BQV A;  5P7I A;  5P00 A;  1YT9 A;  4JEC A;  2A1E A;  5PEP A;  1KZK A;  2G20 A;  3PBD A;  2G69 A;  1DAZ C;  5P14 A;  2P3C A;  2VJ7 A;  3QVC A;  5IVR A;  5P7W A;  3VV8 A;  4EHC A;  1MTB A;  3VLB A;  3PSG A;  5P3Q A;  5P7V A;  2QZW A;  1G35 A;  1HVK A;  1PFZ A;  3S45 A;  1A8K A;  4Y3S A;  1AVF A;  3EKP A;  1K2B A;  3S53 A;  3OUC A;  4YD4 A;  5P2D A;  5P10 A;  1C6X A;  4Y3Z A;  4ZLS A;  2VNM A;  1E82 E;  4JPC A;  1FB7 A;  3HVP A;  2PK6 A;  3TTP A;  4AMT A;  1CZI E;  5KOQ A;  4LXM A;  4K4Q A;  3UPJ A;  1LZQ A;  3OXW A;  3EKQ A;  5P2K A;  2BPW A;  5P7Q A;  1C6Z A;  5P56 A;  1HTG A;  5P0R A;  2AZ8 A;  4APR E;  2G94 A;  5COK A;  4Z22 A;  1XN3 A;  5P7B A;  1VIK A;  2ZYE A;  2EWY A;  2QI4 A;  4R5N A;  5DR1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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