3EL4A

Crystal structure of inhibitor saquinavir (sqv) complexed with the multidrug hiv-1 protease variant l63p/v82t/i84v
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3el4A00
1YTGA 2ZE1A 2I4XA 5P7YA 5P1MA 5P4DA 5P3NA 2WKZA 3TPRA 5SZ9A 4QJ6A 4Y38A 1NPAA 4M8XA 4YBFA 1XL2A 5P0QA 4EJLA 5P6ZA 3OGQA 5P7CA 1B6JA 5P38A 1RV7A 5DQ2A 1C6ZA 5P4EA 4ER1E 2HIZA 3PSGA 2WHHA 4FM6A 4L1AA 1HVKA 1MERA 3NU6A 3L5DA 4Y3ZA 5P6UA 5OYQA 5OZJA 4JPEA 5P0OA 1LYAB 1LYBB 5SXNA 3I7EA 4Y3FA 4OBDA 3PSUA 5P44A 4MC6A 5P0NA 1W51A 2AOJA 5P74A 4QJAA 3OTSA 5KQZA 3G72A 1ZTZA 4Q1YA 3VSXA 1RPIA 2F81A 2V16C 5P3PA 5P34A 2VIJA 3PI0A 4FS4A 4Y5BA 5P5XA 5P7VA 3KF0A 2V11C 5P3RA 3GGAA 5P5NA 5P03A 3URLA 1HTFA 4Z50A 4CMSA 2QNQA 1HSIA 4GZFA 3BGCA 3ZKQA 4Y5EA 3OHFA 5P5GA 2WF3A 3BGBA 3OUAA 3NXNA 2G22A 5P7DA 4RLDA 3Q70A 3UDPA 1SDUA 3DJKA 3KA2A 9HVPA 2ZJHA 3K4VA 1BIMA 2P8HA 1A8GA 4LAPA 5P7XA 5P4KA 3S7MA 2QD6A 5P2GA 4I0JA 4R8YA 3R0YA 3WZ6A 5P08A 5HTZA 1GNOA 3FIVA 1LS5A 1T6GA 2PWRA 3KMYA 3OU4B 5OZ5A 1QBRA 5P4QA 3SLZA 1APVE 3L5EA 5OYZA 8HVPA 4YD6A 4I0EA 2FXEA 1LZQA 3A2OA 1MSNA 4EXGA 4IVSA 1HTGA 3ZKXA 4DJWA 3PLDA 3D3TA 1QBTA 2OF0A 5P41A 5UPJA 3GI6A 4Y43A 5OZZA 1EPNE 3PMUA 2RKGA 3PRSA 1FFIC 4COEA 5P1CA 3QROA 1XE6A 1MIQA 2ER0E 1TSQA 5P1GA 3VEUA 2FGUA 1YT9A 4EQJA 3UQRA 4GMIA 3CICA 1MT8A 4RYGA 4HDBA 2B42A 5P7OA 4I0ZA 1HEFE 4YCYA 4DQGA 1FMUA 2IS0A 3SABA 4Y3XA 5P83A 1F7AA 4ZIPA 3SA9A 2QI1A 4S1GA 3DUYA 5P88A 4Y4EA 3T7XA 2EWYA 4I0DA 2RMPA 3GGXA 1FLHA 4E43A 2OHQA 3UTLA 1HIVA 2V10C 5P4FA 1PPLE 3PWRA 5P1TA 5J25A 3GI5A 4I11A 4YD5A 1SBGA 2VA7A 5P0IA 4DQCA 1FGCC 5P0KA 5P6TA 3ST5A 4H3GA 2ANLA 5HE4A 2BPXA 2NNKA 4Y3MA 3U6AA 5P67A 5P62A 1LEEA 4J0YA 2QHZA 3UDNA 4FSLA 3EL1A 1PROA 2J9JB 1GNNA 2V12C 3Q5HA 5P5LA 5P1PA 1M4HA 5OZVA 3MSLA 3VV8A 2R8NA 5P7FA 5OZAA 4DUSA 4RRNA 2HAHA 5P2VA 4PZWA 2FDPA 6FIVA 3ZKSA 5P1RA 4DQBA 3RTHA 2F3EA 3FSMA 4ZSMA 1YG9A 1FQ8A 5P8TA 2HB3A 1A9MA 3ER5E 4Q1NA 5P10A 5P3QA 3TNEA 5P8KA 5KQXA 3ZL7A 3ZOVA 4LHHA 2A4FA 1EC0A 2VIEA 2XYEA 3UDYA 3LZUA 1IZEA 2PMAA 2NXMA 3SA8A 4Y3SA 4LL3A 1K2CA 3ZKMA 1AJVA 2WJOA 5P7PA 4XXSA 4CPTA 5P47A 4GJ7A 5P89A 1TCXA 3URIA 3VYEA 2AOCA 1ODYA 1B11A 4A6BA 4F73A 5P8GA 5OZIA 4KE1A 5P0RA 3WZ8A 4I0IA 5P5YA 5EZXA 1FG6C 1FFFC 5P5WA 5DR1A 5OZBA 3DV5A 3URJA 5P3UA 5P3AA 1KJFA 4U7QA 4YD4A 1KZKA 4Y4WA 5P7ZA 5P3HA 3VYDA 3L3AA 5P2NA 3Q4BA 3ZMGA 3INFA 5BRYA 4EWOA 5P6NA 4I1CA 3MXEA 1GVUA 5P6GA 2ZJJA 4JECA 2O4NA 5OZ6A 5P56A 5OZ4A 3NYGA 5P5OA 4QGIA 5P8OA 4EP2A 3UHLA 1K2BA 3ZKIA 4Y5GA 1RQ9A 4ZSPA 3EKTA 2IENA 2CENA 3PSYA 1FG8C 1WBMA 4J1HA 5OZ8A 1Z8CA 4HEGA 2I4VA 3CKTA 2WL0A 1GNMA 4GJBA 1FB7A 1XS7D 1TW7A 3K5GA 5P4OA 5P2KA 5P1EA 2ZHSA 2G27A 3EMYA 2BPYA 5OZSA 1HHPA 3I25A 1CMSA 2AOIA 5P2EA 4L7GA 1TZSA 2FNSA 3FX5A 2XFKA 2P3BA 5P3BA 5P4JA 5OYXA 3K5DA 2PK6A 3VFAA 5P33A 3SM2A 4QJ9A 1IVPA 5P19A 5P1UA 3OU1A 1B6LA 1B5FB 5OZMA 4Y4DA 2FS4A 4GJ8A 1SMRA 5P5PA 3PBZA 2V0ZC 3KDCA 2OHMA 1BDRA 2HS1A 5P61A 4WY1A 3LPJA 4X2LA 1T7IA 3L58A 1K6TA 4J1FA 2V13A 2B7FA 5P8IA 5P06A 1GVXA 5P12A 5P7LA 4Y53A 1DPJA 1HIHA 1SIPA 3OUDB 3CYXA 4DQHA 5P36A 3EKYA 2FMBA 3WZ7A 3UQXA 1D4IA 4Y5PA 5KR0A 1OD1A 2OHNA 5P8SA 4EQ0A 5P7RA 3N3IA 4R93A 5P8CA 3ECGA 2OHKA 4YE3A 1IDAA 4ZPEA 4QJ7A 5OYTA 4RVIA 2I4QA 1HIIA 1E82E 5P6WA 4APRE 4CPSA 3PEPA 4B05A 5P2YA 2OHPA 4DJPA 4F75A 2UY0A 5P4VA 1GKTA 5JODA 3O9CA 2O4PA 3KM4A 1HVLA 5IVRA 3D91A 1PPME 4Y3EA 5P5AA 3UDJA 1ZPAA 3SA6A 5OZQA 4QJ2A 3ZPTA 4Z2ZA 3OQKA 4OBJA 3EKWA 2P83A 3MXDA 4B78A 4NJUA 5P6PA 4Y58A 1QS8A 2QCIA 2AVSA 5P2UA 5AHAA 1APTE 2RENA 2VJ6A 3NU3A 4HDPA 2QI6A 3RTMA 2QZXA 5P20A 2G21A 3VLAA 2OHRA 5P2AA 2QI3A 2V00A 3T11A 3NWQA 2IEOA 3ER3E 5P0BA 3BUFA 3IN4A 3EL4A 3U71A 4X7IA 2CEMA 3QP0A 4ZE6A 1FQXA 5F00A 1KJHA 2ER7E 1FKNA 2R9BA 2IGYA 5E5JA 3BVAA 2QI7A 2PSUA 3DV1A 4HA5A 1SMEA 5P14A 5KR2A 3PHVA 4LXAA 3NDWA 5P60A 1D4JA 4EYRA 3EBZA 4FGXA 5P1WA 3BXRA 2AVMA 2PSVA 5OYVA 5KOQA 3LZVA 2NMYA 4ACXA 2QZWA 2ER6E 2PH8A 5EZZA 1IIQA 4Y3YA 5DQCA 2ZHUA 2WF0A 2HM1A 1K1UA 2G69A 3QRSA 3RTNA 4TVGA 1APUE 2VIYA 4J1CA 4B77A 3KFNA 5OYUA 5P68A 2BJUA 4FCOA 1IZIA 4J5JA 5P6LA 3DCKA 3H0BA 2ZGAA 3NDXA 1Z1HA 1BVGA 4OC6B 2UPJA 1T6EX 1QBUA 2QMPA 3KFSA 5ER1E 5OZ0A 4I10A 2BB9A 3R2FA 4Y4GA 4CPXA 3N4LA 3O9IA 4OBHA 5P0WA 4J0TA 5P13A 1ZBGA 3VUCA 3SPKA 1K6PA 1HTRB 3GI0A 5P3KA 4Y51A 1F34A 3LIVA 5AH8A 5P8UA 3ZKGA 4B1CA 3SM1A 5P54A 2AOGA 1AIDA 2I4DA 3K5CA 5P6XA 4L1AB 2AODA 5DQ5A 4CPQA 5COPA 5P5UA 4TRWA 4D85A 3SA3A 3O99A 2A1EA 5P64A 5C9BA 5P71A 4Y6MA 4RROA 1EBWA 5P3DA 5P09A 5P4ZA 4Q5MA 3FNSA 3U7SA 4NKKA 2I0DA 1ENTE 3IXOA 5P2XA 4XKXA 3VSWA 4OBZB 1EBYA 3O9HA 3OY4A 2Q64A 4AUCA 3F9QA 1LYAA 5JFUA 1LYBA 3OADB 3L5BA 4Y5MA 5P0GA 3D20A 3QBHA 5P4RA 5HE5A 3R0WA 5DGWA 2WF2A 5P6AA 2WEZA 5P0UA 3H5BA 4DVFA 5P1XA 1ZLFA 3QIHA 4Y5NA 5P7BA 5BS4A 5P24A 3LNKA 4R5NA 2PK5A 3OTYA 4NJSA 5HVPA 1IDBA 2QK5A 1C6YA 4GB2A 5P6HA 3OXCA 4L7JA 5OZ1A 3OQ7A 5P85A 2Q54A 3SFCA 4BEKA 3UFLA 3LITA 1QBSA 3MSKA 5P7JA 5HDXA 5P4TA 5HCOA 2G1NA 1GVTA 3TOFA 1G2KA 4DQEA 5P59A 4RRSA 3OWNA 5DPZA 3QVCA 1BAIA 5KQFA 4HZTA 2ZJNA 1IZDA 1MPPA 1M0BA 3EKPA 3OU4A 5P6YA 1KJGA 5KOSA 1AJXA 4XX4A 3NXEA 4OD9B 3DOXA 5P51A 5P6FA 5KQYA 2WEAA 5P8NA 5AGZA 3MWSA 5P50A 5P5RA 2F80A 3BUGA 3VYFA 4U8WA 4Y50A 4YOAA 4J55A 1QDMA 5P8RA 1HXBA 4RVXA 1W6IA 5P2FA 1BV9A 3KYRA 3INHA 3S85A 5P1VA 5P6CA 3OUBA 5P8AA 2NTRA 1KJ4A 4YCKA 3BXSA 5P3OA 3C9XA 2VS2A 4B72A 3ZPUA 2Q15A 3EM3A 3O9AA 4RZ1A 2QI4A 3INEA 4PPHA 5HDZA 3VG1A 5PEPA 4J17A 3APRE 5P6RA 5P82A 4HVPA 3UQWA 5P4MA 3UDQA 1PFZA 5P4CA 4OBGA 2Q55A 3UFNA 4J0ZA 3EL5A 4HDFA 1G0VA 3OGPA 4AA9A 1XN3A 1MUIA 3EC0A 4Y4BA 2H6SA 4KE0A 2JXRA 2R5PA 4HLAA 1C6XA 5HDVA 1NSOA 4EP3A 5P77A 5P11A 5P3WA 2MIPA 1CPIA 4GJDA 3EKXA 4FL8A 3QI1A 3BHEA 5P5DA 3KFPA 5OZOA 3HVGA 5P3IA 5C9DA 5P84A 1ODWA 1ME6A 5P7SA 1Q9PA 1MRXA 3TTPA 2J9JA 1MRWA 2B8LA 1LYWB 4TRYA 4Y3WA 5OZUA 5P7TA 3O9EA 4AMTA 2ZJIA 4Y9WA 1EPLE 1U8GA 4ZPFA 3HVPA 1HXWA 3PI5A 3PMYA 3WB4A 4TRZA 5P2WA 2IRZA 4Y5AA 5P65A 5P70A 1PPKE 3VF5A 1HVIA 4QLHA 3LIZA 3CKRA 4FRSA 5P0CA 6UPJA 1W6HA 4PEPA 1ZSFA 3APPA 3PBDA 3M9FA 4Z22A 5P4YA 3UDHA 2ZHTA 3KFRA 1RNEA 5P5BA 5P1DA 1B6PA 2FXDA 4DPIA 1FMXA 3OXXA 3NUJA 2JE4A 1FMBA 2AVOA 2I4UA 3OU3A 2NXLA 4OBFA 3HAUA 1YM2A 5P1HA 5E5KA 4GIDA 1OHRA 2G1RA 3INDA 1ZSRA 5P6OA 4DI2A 1YM4A 4ER4E 5P58A 1C70A 5P4LA 4Y4AA 2PYMA 4GJCA 2R5QA 1SGZA 4R92A 5P27A 4L7HA 3IGBA 1IVQA 5TOLA 3VF7A 1TSUA 5P28A 5P2LA 5P3MA 2F3FA 4CPUA 2BQVA 2CEJA 4Y3JA 4Y5LA 3K4VC 4PHVA 1AAQA 5P5ZA 2IKOA 4FRIA 3TKGA 1FF0C 3RVIA 5P7MA 4FM8A 2OAHA 7UPJA 1BVEA 4Y57A 2NR6A 5P72A 3T7QA 4UPJA 3TLHA 2AIDA 1HVCA 3GGUA 5P7WA 4ZPGA 5F01A 1G6LA 4Y56A 5HCTA 4DH6A 5P18A 2J9KA 3PB5A 1MT7A 3OOZA 4LXMA 3EL9A 5P4NA 4XX3A 2R3WA 1AXAA 5P29A 4EHCA 1W5WA 2ZYEA 4D8CA 3TPJA 2IKUA 5P5FA 2G20A 5OZXA 5P69A 3R1GB 4Y39A 3QBFA 5I3YA 3LIYA 4MC9A 1UPJA 5P3XA 1G35A 5APRE 2BPWA 1D4YA 1E80E 6APRE 4Y4UA 1LF3A 5IVTA 5P4HA 5P5JA 3KN0A 5P6BA 2I0AA 4FIVA 4QJ8A 4OBKA 3QRVA 1MESA 3PCZA 5SY2A 5P6QA 1HVJA 5ENMA 1HRNA 1B5FA 3T7PA 5P8HA 1DMPA 4JP9A 3HBOA 2JYSA 5P3GA 1BV7A 5HE7A 2ZDZA 3QPJA 3OHHA 5P8FA 1TCWA 2O4LA 3PVKA 5OYRA 4DJYA 3VLBA 5P8DA 4D83A 4TVHA 3GW5A 4R95A 4Y3GA 2VNMA 1T7KA 1WKRA 4DJUA 1CZIE 1AZ5A 4I0GA 4Y4TA 4GJ9A 2QMDA 2IDWA 4EJDA 3OUDA 3SA4A 3O9FA 5OZKA 3K5FA 4RVJA 2QZKA 4MC1A 1DAZC 3O9LB 5P00A 2ZHRA 7HVPA 3KDBA 3TH9A 3S53A 4B1DA 4Y3PA 3I2LA 5P3JA 1SDVA 2QI0A 4PZXA 5P02A 2Q63A 5ISKA 4F76A 2IQGA 4RCDA 5P4BA 5P3CA 5AHBA 5KAOA 1W5VA 3T6IA 3JW2A 3PGIA 5P8EA 5OYWA 4Y44A 1LV1A 3JVWA 1M43A 2BKSA 5P39A 1MEUA 2NMZA 2OHSA 2QHCA 4FRJA 5P6VA 4Y35A 5P57A 2G1OA 4BFDA 4J54A 3TPLA 2Q3KA 1FQ5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YTG A;  2ZE1 A;  2I4X A;  5P7Y A;  5P1M A;  5P4D A;  5P3N A;  2WKZ A;  3TPR A;  5SZ9 A;  4QJ6 A;  4Y38 A;  1NPA A;  4M8X A;  4YBF A;  1XL2 A;  5P0Q A;  4EJL A;  5P6Z A;  3OGQ A;  5P7C A;  1B6J A;  5P38 A;  1RV7 A;  5DQ2 A;  1C6Z A;  5P4E A;  4ER1 E;  2HIZ A;  3PSG A;  2WHH A;  4FM6 A;  4L1A A;  1HVK A;  1MER A;  3NU6 A;  3L5D A;  4Y3Z A;  5P6U A;  5OYQ A;  5OZJ A;  4JPE A;  5P0O A;  1LYA B;  1LYB B;  5SXN A;  3I7E A;  4Y3F A;  4OBD A;  3PSU A;  5P44 A;  4MC6 A;  5P0N A;  1W51 A;  2AOJ A;  5P74 A;  4QJA A;  3OTS A;  5KQZ A;  3G72 A;  1ZTZ A;  4Q1Y A;  3VSX A;  1RPI A;  2F81 A;  2V16 C;  5P3P A;  5P34 A;  2VIJ A;  3PI0 A;  4FS4 A;  4Y5B A;  5P5X A;  5P7V A;  3KF0 A;  2V11 C;  5P3R A;  3GGA A;  5P5N A;  5P03 A;  3URL A;  1HTF A;  4Z50 A;  4CMS A;  2QNQ A;  1HSI A;  4GZF A;  3BGC A;  3ZKQ A;  4Y5E A;  3OHF A;  5P5G A;  2WF3 A;  3BGB A;  3OUA A;  3NXN A;  2G22 A;  5P7D A;  4RLD A;  3Q70 A;  3UDP A;  1SDU A;  3DJK A;  3KA2 A;  9HVP A;  2ZJH A;  3K4V A;  1BIM A;  2P8H A;  1A8G A;  4LAP A;  5P7X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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