3EL5A

Crystal structure of nelfinavir (nfv) complexed with a multidrug variant (act) (v82t/i84v) of hiv-1 protease
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3el5A00
4H1EA 5P4YA 3IGBA 5P5HA 3CIDA 3D1XA 5P80A 3K5DA 3CKRA 5P06A 3TPRA 5OZSA 3RSXA 1MSNA 4Y3LA 5P3PA 5P1IA 5P0CA 1MESA 1QRPE 2WL0A 4I0ZA 5P85A 5KQYA 5EZXA 1ZBGA 5OZ8A 5P3DA 1PSOE 3OGQA 4J0ZA 3OY4A 5P2AA 3ZKQA 1YT9A 3EM4A 3HLOA 1SDUA 4YOAA 2ER0E 2ER6E 5P3WA 2AOJA 3LIXA 5P7KA 4QJ8A 5P41A 3WB4A 5F00A 5P36A 3ZKGA 3L3AA 1T6EX 3SKGA 3VYEA 3SO9A 5P2GA 1DAZC 2J9JB 4Y3SA 3N4LA 1KZKA 3LIQA 3OU3A 2PK5A 3O9BA 4PYVA 5P79A 4D8CA 4QGIA 5P18A 4I0FA 5BRYA 3S85A 3ST5A 1TZSA 2V16C 3O9CA 1EPRE 5OYSA 5P8EA 1PPKE 5P0BA 1K1UA 3DCRA 3OQKA 4M8YA 5P3ZA 5P7UA 5P46A 1HHPA 3UQRA 2AZBA 1KJ4A 1Z1HA 1K6VA 3CYWA 4H3GA 2A1EA 2OHLA 5P1ZA 3UFNA 4EJKA 5P8SA 4U7VA 2FDDA 5P5QA 1ZP8A 4RRSA 5P0WA 1HXBA 1HPXA 4ZSRA 3NDXA 2QCIA 4H3JA 1HVKA 1QBUA 3ZKSA 2AQUA 2QNNA 3H5BA 5PEPA 5OZUA 5P62A 3SA9A 5P60A 3KDCA 3VFAA 4JPCA 3JW2A 5OYYA 5HCTA 4MC6A 5B18A 1QDMA 4DUSA 3MSJA 4GJBA 4DJVA 5HCOA 5P20A 5P29A 3OUAA 2NNKA 3WB5A 4DH6A 5AH7A 5P6KA 5P42A 5P0UA 4RYCA 5P1MA 4LXKA 4RCEA 3PB5A 5P0RA 2FIVA 5OZ3A 3OU4B 4J1CA 4EQ0A 2XFKA 5P8BA 5C9DA 2G1OA 5OZEA 4Y5MA 3PM4A 2QMGA 1MRWA 4Y5NA 1HBVA 5P0DA 4RROA 5OZBA 4F76A 5P3XA 3OADA 3TPPA 3CIBA 5DR7A 2F81A 4YCYA 5KOSA 2R5PA 3QBHA 4CMSA 2Q5KA 8HVPA 4DJPA 4OBGA 1RQ9A 4ZPGA 4Y53A 3OOZA 3SA4A 3QRMA 2ZHTA 2FS4A 3G70A 3APPA 5DR4A 2O4KA 1TCXA 4YA8A 1HWRA 2WJOA 4Y3GA 4Y43A 5P56A 4HZTA 3VF5A 3L5DA 4XX4A 5P05A 5P2RA 3NUOA 3R0YA 3Q70A 1ODWA 4K9HA 4K4QA 5KQFA 3GGAA 1XL5A 1HTFA 3EL4A 5P6SA 3O9DA 5P89A 2JXRA 3UQUA 1MEUA 3WZ6A 4K8SA 1HVCA 5OZKA 5ISJA 2H6TA 3BXSA 3VG1A 4L7GA 1MPPA 5P5GA 5HE7A 5P8AA 5P7LA 1A8KA 3PBDA 3OUDA 4J1KA 1NSOA 4HA5A 5P4PA 4KE1A 3L38A 4Y58A 2ER9E 5P6VA 1KJGA 1M43A 5P23A 1LS5A 5P67A 5P3NA 4CPRA 1NPVA 1IVPA 5P2OA 5P8FA 5DPZA 5P2FA 1SGUA 1BIMA 2Q15A 1XS7D 4Y3FA 1XL2A 2G1NA 2O40A 2HS1A 4Q1XA 1ZSRA 1UH9A 1T7JA 4J0VA 2AOFA 1PPME 3LZUA 1HPSA 5P53A 5P2NA 1G2KA 5P43A 2G94A 1LYWA 2VA5A 4GJ6A 3O9GA 4Y3RA 2HPFA 4Y5EA 2IQGA 1VIKA 1W5XA 5P7NA 2ZHVA 1FQ6A 3UDHA 5KAOA 2IGXA 5DR0A 3JVYA 4Y37A 1MT7A 3PLLA 4TRWA 5FIVA 2QNQA 1K1TA 3O9LB 5P1NA 5P1VA 4YDFA 4Y3QA 5P7MA 3LHGA 4AA8A 1T6GA 1ER8E 1SP5A 3KM4A 1YTHA 5P59A 3FIVA 5COKA 3QRVA 4IVTA 2HIZA 1EPME 4FRIA 1Z8CA 5P12A 2B60A 5OYUA 3LPJA 3T7QA 2QZXA 4Y3NA 1PSAA 3UPJA 3EM6A 4Y56A 4I0JA 5OZOA 4RGHA 1META 4RRNA 2PSGA 2WF1A 4J17A 1GVUA 2BPWA 1B6MA 2Z4OA 4QJ2A 4J54A 1LYAA 3OXVA 3QS1A 4K4PA 3OQDA 4NJTA 4Y51A 2AVMA 3TPLA 4EJLA 4J0TA 4Y4EA 2JYSA 3HAUA 5P4WA 5IVQA 1E82E 2G22A 1ZAPA 1AM5A 3KMXA 5COPA 4YE3A 3IA9A 3K4VA 5P1CA 4GYEA 1LYBB 3NWQA 5P70A 2I1AA 2HM1A 5P3CA 5E5JA 3SLZA 1HTEA 5P6YA 3ZKMA 1SH9A 1G6LA 5P4EA 3IVIA 3QVIA 1C70A 1AVFA 2ZJIA 1B6PA 4YD7A 5OZ4A 2ZJHA 1XE6A 4ZPEA 5P28A 5P73A 1KJFA 4EYRA 4KE0A 2UPJA 4Y35A 5P3AA 4CPUA 4DQCA 5P6GA 3K5GA 5P2QA 2FGUA 4FCOA 2I4VA 5P3MA 4GMIA 3CKPA 3URLA 4Y36A 3VSWA 4Y5AA 4R95A 1YX9A 3UDQA 1B6JA 3APRE 5P5VA 3PVKA 2R5QA 6UPJA 1BWBA 4Y44A 1ZPKA 5P00A 4OBDA 4IVSA 2QU3A 3CKTA 1HEFE 1HVJA 5P64A 1PPLE 1JLDA 1EPNE 4DQFA 2PK6A 1XN3A 3SA5A 2OHUA 3S43A 1WBKA 2V10C 5P8OA 2P3DA 3UFLA 4CKUA 5KR0A 5OYTA 5P4LA 5P3IA 3I7EA 3OU1A 5P27A 1XDHA 3QP0A 4FGXA 1YG9A 1D4SA 2IS0A 3UQWA 3SA7A 4FAFA 4EQJA 4L7JA 5P24A 1EBZA 1AJXA 1E81E 2PYNA 3RSVA 4EXHA 5P5RA 5P0EA 1XE5A 5ISKA 3HVGA 5P1YA 2OAHA 1FQ4A 4FS4A 2QMFA 1SIVA 2QZWA 3CMSA 1ZLFA 5P8JA 3SACA 4X7IA 2IEOA 1SBGA 3T3CA 5P04A 1YTGA 3O9FA 1NPWA 3D20A 5ENMA 2O4NA 5KOQA 5P84A 3GI5A 4E43A 5KR2A 3OQFA 3SFCA 3PWRA 4Y6MA 3NXNA 2G1SA 2B7ZA 5P2KA 3QAAA 2BJUA 5P4SA 1M4HA 4H3FA 1RPIA 1MT9A 4Z50A 5P0IA 5P7CA 3LIYA 4PHVA 4HEGA 5AGZA 1A30A 4DQBA 1D4JA 4Y47A 2OHMA 4L6BA 5JODA 2VNNA 5P6EA 4J1FA 5P6FA 3NXEA 5HE5A 2UXZA 1HVHA 2QP8A 4LXAA 3UHLA 2ZJNA 1WKRA 4PPHA 2VIZA 2QMDA 3PGIA 4B77A 3VCMA 2RMPA 3OHHA 2QI1A 1F34A 5OZ2A 4PZWA 5HDUA 3VF3A 2I4DA 5IS4A 5P6LA 7UPJA 1BAIA 3DK1A 5P3TA 5P0PA 5P8KA 1F7AA 4LBTA 1UH8A 4FM7A 2OHSA 5P51A 2VS2A 4TVHA 5P8MA 9HVPA 5P87A 4KUPA 5P5XA 3OGPA 2ZHRA 2UY0A 5P3LA 4Y4WA 4F74A 1EC1A 5AH6A 4ZE6A 4GZFA 1IZDA 3HD8A 2QAKA 5P4IA 5KR8A 3HBOA 2G20A 3VLBA 3EL9A 5P31A 5P1HA 3VF7A 4NKKA 2NXMA 3TH9A 3QN8A 2PH8A 4Y3JA 3SA8A 2HPEA 4J0YA 1M0BA 4F73A 5OZDA 5HVPA 1HOSA 3DOXA 1IZHA 4LP9A 2NNPA 3URJA 3LPIA 3OWNA 4X2LA 5P4OA 4J1HA 2AZCA 5P34A 2H6SA 2B8LA 4BEKA 3D3TA 1W5VA 5P1AA 3VV8A 4DJUA 4Y41A 4DJRA 3L5EA 1LV1A 2XYEA 3TOHA 5OYZA 7HVPA 3LZSA 1TW7A 4OD9A 5P7GA 4I0IA 4F75A 5OZFA 2G24A 2PWCA 1BVGA 1HTGA 3LITA 5OZ9A 5P4UA 3UDJA 5P0YA 1HIHA 3S2OA 1EEDP 3BUFA 4L1AA 2VJ9A 5P5PA 3I25A 3HVPA 3L5BA 1EPLE 1BDRA 1EC0A 4GJAA 4Q1NA 5P3JA 3ZL7A 2Q3KA 2PQZA 4GIDA 3NWXA 2JJIA 3K5FA 5P0QA 3EKVA 5P65A 2P3BB 4AMTA 3ECGA 4Z22A 3CYXA 3IAWA 3INHA 5DR3A 2QK5A 2FLEA 3BGBA 1CMSA 1TSQA 2AVQA 2FNSA 4Y3MA 3EMYA 3TL9A 3LIZA 3U7SA 1RV7A 4Y54A 5P5ZA 1D4YA 2ZJLA 2AOCA 2OHRA 1DP5A 3S7MA 3PLDA 5HU0A 1HSIA 3IVHA 3FKTA 5DR1A 5P1PA 1PSNA 1EBYA 4DJWA 2HS2A 3ER3E 5P3HA 2F3EA 3RTHA 5P1EA 4BFDA 5HE4A 5P5OA 4GJDA 1IVQA 1E80E 5P75A 2VJ7A 5P6RA 1OEWA 1EAGA 2JJJA 4Y4AA 1MERA 3PJ6A 4FRKA 3KA2A 4ZLSA 3R1GB 3L5CA 3T6IA 3OXCA 2FDEA 2NXLA 1K2CA 5IVRA 2IKOA 2B7FA 3PI0A 5T4SA 5P61A 5P3KA 1XN2A 3KN0A 3O99A 5SY3A 4JOOA 3UQXA 3SAAA 4I12A 5P1OA 5P5YA 2BPYA 1W5WA 3PSGA 4Q5MA 2B42A 3NU3A 5OZXA 4Y48A 5OZRA 5AHCA 5P7ZA 3TPJA 2QZLA 2R9BA 5P78A 5HTZA 1ZTZA 2R3WA 3D91A 4LAPA 1IDBA 5P0NA 2ZYEA 4JECA 1WBMA 3MWSA 1AZ5A 4COEA 4CPXA 4YD5A 1A8GA 1Z1RA 2WHHA 3QIHA 5P8NA 5P54A 2ZHSA 1QBTA 3Q3TA 3Q6YA 5P1TA 5P35A 5P48A 5P5KA 3KDDA 3K1WA 4Y4ZA 4QJ7A 3OUDB 1GNMA 5HDXA 4OBKA 3VEUA 1FF0C 1FB7A 2VIEA 3EXOA 5P2HA 3INDA 4QJ6A 4RVIA 3KYRA 1HPOA 5P7RA 2QI0A 4K4RA 1ZPAA 4U8WA 2FMBA 1W5YA 5P4TA 1RL8A 3URIA 3ER5E 1NPAA 1OHRA 5P3YA 1MTRA 2NMZA 4NJSA 3TNEA 4ACUA 3IN4A 2G1RA 2VKMA 2V00A 5P3RA 5OZVA 2WEAA 3AIDA 3OAGA 4CPQA 4Y57A 1LYWB 5P4VA 3ZLQA 5JG1A 5P1SA 5DQ1A 1FQXA 3HDKA 2PYMA 5P1JA 1BV7A 2CEJA 4LHHA 3EL1A 5P02A 4EHCA 3T11A 4D88A 2IGYA 5P0AA 1YM2A 4MC9A 2AVOA 1HVLA 3INEA 3FNUA 5P6AA 5P4GA 4S1GA 4I11A 3MXEA 5P6HA 1FQ5A 3UDMA 5P0JA 2I0AA 5P4FA 4EP2A 4RVJA 3O9IA 1GVXA 3OK9A 4Y4DA 3PWWA 2PWRA 5P55A 2AODA 1MRXA 4Y3HA 1AIDA 5OYVA 4NPTA 5OZZA 5HDVA 5P5JA 1LF2A 3MXDA 5P09A 3ZKIA 2WECA 3OQAA 5P8HA 5P7JA 3JVWA 4FLGA 5P13A 3VYDA 1B6KA 1ME6A 5DQ4A 1C6ZA 5P86A 5OZAA 4Y5KA 5P3GA 4MC1A 1IZEA 2P8HA 3RTMA 2NR6A 5DQ2A 5P45A 1YTJA 2QHYA 4LL3A 5P5NA 3LZYA 3DV1A 3PI5A 3B80A 4ZIPA 1ODYA 5OZ5A 1ODXA 3T7XA 2HC0A 2IL2A 5P7YA 5P3FA 3O9LA 3Q4BA 5P2MA 2QI7A 4OBZA 5P7EA 4Y3WA 4DPIA 3NDTA 5OZTA 3FNTA 5KQZA 5P4CA 1MTBA 5P5UA 2QU2A 4R91A 2WEBA 4YD3A 5P5BA 4PZXA 3NYGA 1MVPA 5OZJA 4B72A 4LC7A 5I3XA 5KQXA 5P4QA 1HIVA 1D4HA 1Q9PA 2F3FA 3FX5A 1FQ7A 4ZPFA 1W6IA 3UDKA 1YTIA 3ZKNA 3GGXA 5P4MA 2WF2A 4OBFA 4Y4JA 1PROA 2XFIA 3KFSA 1W6HA 5P88A 5AH9A 3BGCA 4ER1E 3DUYA 5P2BA 2IDWA 2QMPA 5P2WA 5P6ZA 3ZPUA 4M8XA 4Y3EA 4I0GA 5P1UA 2PH6A 2EWYA 1BDQA 4WTUA 5P1GA 3LIVA 4A6BA 4I0DA 4B70A 5P1BA 3R0WA 4D85A 4OC6A 5OZMA 3GGUA 4JP9A 4DJOA 3CICA 3OU1B 5P7FA 3LZVA 5IVTA 2P83A 4HDPA 3I2LA 2PC0A 4J0PA 2B8VA 4GJCA 5P8QA 2ER7E 3ZKXA 3QBFA 4ZSQA 3TOGA 5JFUA 5P8TA 1TCWA 3I8WA 1BXQA 2ZJMA 4YDGA 4GB2A 1HPVA 3NDUA 4LXMA 5OZGA 2WKZA 5P0VA 4B1DA 3S45A 3VFBA 3SQFA 1APVE 2AOIA 1W50A 2R43A 4MC2A 3VV6A 3UCBA 4FL8A 4JPEA 1D4IA 3NR6A 2FNTA 5UPJA 1TQFA 3FV3A 4ZEAA 1B5FA 3GGVA 5P5EA 2WF0A 3OOTA 1BDLA 3PMUA 4FSLA 4J5JA 3HAWA 2ZGAA 5P0HA 3QVCA 3BRAA 4Y3YA 4BELA 2FDPA 4B1CA 5P7BA 4J1EA 5OYWA 1IZIA 5P1XA 3QROA 1RNEA 4ZSMA 1HVSA 3EKTA 1SMEA 4Y4GA 5P4ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4H1E A;  5P4Y A;  3IGB A;  5P5H A;  3CID A;  3D1X A;  5P80 A;  3K5D A;  3CKR A;  5P06 A;  3TPR A;  5OZS A;  3RSX A;  1MSN A;  4Y3L A;  5P3P A;  5P1I A;  5P0C A;  1MES A;  1QRP E;  2WL0 A;  4I0Z A;  5P85 A;  5KQY A;  5EZX A;  1ZBG A;  5OZ8 A;  5P3D A;  1PSO E;  3OGQ A;  4J0Z A;  3OY4 A;  5P2A A;  3ZKQ A;  1YT9 A;  3EM4 A;  3HLO A;  1SDU A;  4YOA A;  2ER0 E;  2ER6 E;  5P3W A;  2AOJ A;  3LIX A;  5P7K A;  4QJ8 A;  5P41 A;  3WB4 A;  5F00 A;  5P36 A;  3ZKG A;  3L3A A;  1T6E X;  3SKG A;  3VYE A;  3SO9 A;  5P2G A;  1DAZ C;  2J9J B;  4Y3S A;  3N4L A;  1KZK A;  3LIQ A;  3OU3 A;  2PK5 A;  3O9B A;  4PYV A;  5P79 A;  4D8C A;  4QGI A;  5P18 A;  4I0F A;  5BRY A;  3S85 A;  3ST5 A;  1TZS A;  2V16 C;  3O9C A;  1EPR E;  5OYS A;  5P8E A;  1PPK E;  5P0B A;  1K1U A;  3DCR A;  3OQK A;  4M8Y A;  5P3Z A;  5P7U A;  5P46 A;  1HHP A;  3UQR A;  2AZB A;  1KJ4 A;  1Z1H A;  1K6V A;  3CYW A;  4H3G A;  2A1E A;  2OHL A;  5P1Z A;  3UFN A;  4EJK A;  5P8S A;  4U7V A;  2FDD A;  5P5Q A;  1ZP8 A;  4RRS A;  5P0W A;  1HXB A;  1HPX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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