3EM3A

Crystal structure of amprenavir (apv) in complex with a drug resistant hiv-1 protease variant (i50l/a71v).
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGLGGFIKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Kinetic and Structural Studies on Atazanavir-specific I50L Drug-Resistant HIV-1 Protease Mutant
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3em3A00
5P5GA 5P56A 3ZKSA 1K6CA 1FF0C 5P1YA 1PSOE 5P15A 2NXMA 5P0AA 2O4SA 4GJDA 3ER5E 4RCFA 3K4VA 2QHZA 4WY6A 3WZ8A 3PLDA 5P03A 4Y5GA 1HBVA 5P4HA 5P6EA 4H3GA 4OBHA 5P5PA 5P7XA 5DQ5A 4DQBA 5P8DA 1FQ4A 4JP9A 5P0YA 5P00A 5P4VA 1RQ9A 1ODYA 4HLAA 4Y3WA 4Y3JA 4RZ1A 1Z1RA 3RSVA 5P0WA 8HVPA 3LPJA 3L5FA 3SA7A 5OZJA 9HVPA 5P3PA 5HE7A 4NKKA 4J1FA 2WF0A 1BDQA 3VSWA 1FQXA 1RNEA 2VKMA 5P12A 1LS5A 3OK9A 4DUSA 4R93A 5P0NA 3OQAA 1GVVA 1EBWA 5OZGA 1GKTA 1FGCC 2AQUA 2FXEA 5P4OA 2UXZA 1FMUA 4DJQA 3CKRA 2AOEA 1APTE 3BGCA 5P5SA 3PJ6A 4I8WA 5HU1A 3OU3A 3OUCA 1IZEA 3VLAA 3URLA 2ZHSA 3O9HA 1RL8A 5P5YA 3DOXA 3UQPA 1DW6C 2OHRA 1EPME 4EHCA 2Q63A 5P0UA 2NXLA 5HDXA 1FLHA 4TVHA 3R4BA 5OZEA 5P05A 2G26A 4R5NA 5P5DA 1EBZA 1GNOA 1SP5A 1MRXA 1K6TA 2HPFA 5P57A 2J9JB 2I4DA 3GI6A 2XFIA 3IXJA 1K1UA 3QI1A 3I2LA 3TL9A 2BBBA 3SA4A 2FLEA 4Y3PA 2FGVA 1B5FB 3OXWA 1AIDA 3B7VA 3L5BA 1ZSRA 1FB7A 3PMYA 4YDFA 1N49A 2QK5A 2G22A 4FRJA 2V0ZC 4K9HA 4RVXA 5OZYA 2AZCA 4CPWA 5BRYA 5P3ZA 4Y3DA 5P8EA 1APVE 5P5JA 4J54A 3TNEA 4B1DA 5P6SA 1M4HA 2R5PA 3EKVA 3MWSA 5P6VA 1AVFA 1MEUA 4AMTA 4LL3A 2QI3A 1EC1A 1HVSA 1TSQA 3PI5A 4HDFA 5OZPA 3DCRA 2OHTA 5OZLA 3EKYA 2QZKA 3S8IA 1EPNE 5P2VA 4M8XA 3VUCA 4U8WA 4LC7A 1BVGA 4YCTA 5P3RA 4RCEA 3L5EA 1MVPA 5OZQA 1MSMA 5HD0A 3EKXA 3PLLA 5C9BA 3ZKIA 4YOAA 2G69A 3DUYA 3EKPA 5P68A 5P3EA 4Y5BA 4RYGA 3L58A 5P5CA 2B8VA 3QPJA 2AVOA 4Y9WA 3VYDA 2JJJA 5P6GA 4DI2A 4Y4XA 5P80A 3GI0A 5P4IA 3PEPA 1BV9A 1YTHA 1HVHA 3HLOA 3QROA 4KUPA 3U6AA 4HVPA 3OU4B 1NPVA 3VEUA 2V13A 5KR2A 2UY0A 2IDWA 6FIVA 3OQ7A 4U7QA 1MRWA 1EBKC 1LV1A 4L1AA 4NJUA 1BWAA 5OZRA 3SA9A 3JVYA 5P2UA 3OY4A 5HTZA 5P7ZA 2ZHVA 3UTLA 4XXSA 2B42A 3OAGA 4I1CA 2FNSA 1EPQE 4GYEA 5P7EA 5P2RA 5P6CA 2Z54A 4Y4WA 3HVGA 3F9QA 5P69A 3NU5A 5P6OA 3AIDA 1BDRA 5OZTA 3I7EA 1FG8C 4AA9A 2R38A 1K2CA 1META 3NR6A 1FQ7A 4I10A 5P4NA 4BELA 4HE9A 3TPRA 2NXDA 1EPOE 4I12A 1D4JA 3O9FA 5P84A 2AZBA 3NU6A 5P4YA 5P64A 2I4UA 1ZPAA 4Q5MA 5P2QA 4Y4UA 5P86A 5P5QA 3NU3A 4D8CA 5P2OA 3WSJA 5OZ5A 5P0XA 4DJUA 5F00A 1SIPA 3C9XA 5DGWA 5P3SA 3N4LA 5P8BA 4FM7A 4Y3YA 2BPWA 2Q64A 5P8RA 3VV8A 4L7JA 4CPQA 3GGAA 4J0VA 5P62A 4DQFA 5KOQA 1OEWA 4I0FA 3UF3A 1FQ8A 5IE1A 4FSEA 5P6TA 4ZEAA 1A8KA 5P4EA 4Y5LA 1ZBGA 1B11A 1TCWA 1QBSA 3LZYA 3INEA 3BUFA 3IXKA 4Y6MA 5P1BA 3OUDB 3IXOA 3OTYA 5P6UA 3UDKA 3OXCA 5P7AA 3VG1A 4QJAA 1D4HA 5KQXA 1NPAA 5P1JA 5KQFA 4EP2A 5I3VA 4GB2A 2HAHA 4FGXA 4FRSA 1GNMA 2I4XA 4YD5A 3KT5A 5P0SA 3R2FA 2HPEA 5P3WA 5P27A 2PSUA 4FRIA 5P7HA 3KDCA 3K1WA 3SACA 5P0LA 2ZJHA 5OZDA 4Y58A 4FE6A 4IVSA 2QP8A 3KMXA 4TRWA 4Y54A 2VJ7A 5F01A 2B7ZA 4J5JA 4DH6A 5OZZA 5P2CA 2VJ9A 4NJTA 5P1EA 1FEJC 4Y35A 2R3TA 2Q11A 5P07A 1MTBA 2F8GA 5P53A 1HRNA 5P3UA 3L3AA 4J0ZA 1LF2A 2QZXA 3TOGA 3GGUA 3HZCA 3RTMA 1RPIA 4L7GA 5P5NA 1PPME 4LXMA 3IVHA 2ZJJA 4RGHA 3EL5A 1XS7D 3GGVA 4Y3NA 4YD4A 5P0PA 3U7SA 1W51A 2F80A 1KZKA 2ZHUA 4DPIA 3RTNA 3UPJA 1PSNA 1HEFE 3Q4BA 5OZIA 4Y53A 1DP5A 5P89A 1FKNA 5P6NA 3KFPA 5P01A 3EMYA 5OZVA 1HSGA 1HWRA 3NDXA 2O40A 4XX3A 5E5JA 1FQ5A 1ODXA 3QRSA 5P6HA 1QBTA 5P04A 2RENA 5P4WA 4X7IA 5P3XA 5P8VA 2HB4A 4ZSQA 3SPKA 5P2AA 5P7JA 5P8PA 3TPLA 4LXKA 4OBZB 2P3BB 4RRNA 3NWXA 3PWRA 5P4DA 1HPXA 2PH8A 1IIQA 3INFA 1SDVA 3INDA 2XFKA 1OHRA 1XL5A 5P5HA 3S85A 5P37A 1KJ7A 4Y3ZA 3OOZA 2OHNA 3KDDA 4N00A 2FS4A 3T7PA 4KB9A 5KAOA 1BBSA 5C9DA 3NDWA 5P2XA 5P35A 4IVTA 1UPJA 2VS2A 5OZUA 5P7VA 2IL2A 2Q3KA 5P4KA 3IN3A 2SAMA 1W5WA 1SDUA 1B6JA 1PSAA 3D91A 3PWWA 1G0VA 4Y3RA 4AA8A 4FM8A 3BUGA 2HS1A 4Y3FA 5HVPA 2VJ6A 5AH9A 2JJIA 4OC6A 4K4QA 5DR8A 4LXAA 4Y47A 2IGXA 3Q3TA 5CONA 1EC3A 4QJ9A 5P4FA 2R9BA 1UH9A 3L59A 3SA6A 5AHAA 4J55A 4Y43A 1FG6C 5P1HA 4Y4DA 2R3WA 1LYWB 2AOCA 3EXOA 5OYSA 2F81A 3S43A 2PK5A 3UDNA 5P24A 4ZSRA 4CPRA 1MT7A 5ENKA 3LHGA 3MSJA 3CICA 4ER2E 1GVWA 4D88A 3PRSA 5P6AA 4APEA 5P2JA 1J71A 3ER3E 2NPHA 5P73A 2QMFA 4DJXA 4YHQA 2Z4OA 1EPLE 5COPA 5P2MA 5DPZA 2QI1A 1YM4A 5P4BA 5P5BA 1T3RA 5OYXA 2ZDZA 5OYQA 1EC0A 4QJ7A 5HDZA 5P7UA 5P7LA 3KT2A 3DM6A 5AH7A 2QZLA 3L5CA 2ZJLA 3SA8A 5P3OA 4DJOA 3APPA 3D20A 4Y4AA 5DQ2A 5ER1E 3ZLQA 5HE5A 3TPPA 4F73A 5P8SA 1W5XA 1HVCA 3VF7A 3ZKMA 2ER6E 5P0RA 3FSMA 3HD8A 4RLDA 4ZSMA 1HVIA 4J1IA 4H3JA 2FGUA 4EWOA 4Z4XA 3QAAA 5OZ1A 2ZJMA 5P3AA 5P54A 2WF2A 4TRYA 4S1GA 5P0DA 3IVIA 2AOFA 4ZPEA 2NMYA 2XYEA 4UPJA 1M0BA 2PWCA 2VIZA 3WB4A 4J0YA 3O9LB 5P11A 2IRZA 1LZQA 1BILA 1A9MA 1HVLA 3I8WA 5P43A 5ISKA 1SMEA 5P8OA 1LEEA 4Q1NA 4MC2A 5P6RA 4Y50A 5P47A 3EC0A 1D4LA 4EPJA 3CKPA 3BHEA 5P6IA 4DPFA 2F3KA 2BPXA 4KE1A 2VIYA 1D4IA 1FFIC 4YCYA 3NSHA 2QNQA 3BVAA 4OBFA 2HS2A 3EBZA 2WF3A 3RVIA 1E5OE 2H6TA 2I4VA 2QI6A 1QBUA 1YTIA 4EJKA 5DQCA 2APRA 5P7MA 1SMRA 4X2LA 1XN2A 4YD3A 2WF1A 3KA2A 2QI7A 1HTEA 3Q5HA 3MXDA 4Z22A 5IVRA 2J9JA 1HTRB 4FS4A 3PSGA 2HM1A 1MESA 3EL1A 3VFAA 3O9BA 5P0EA 5P7WA 3KF0A 3TH9A 1B5FA 1TSUA 4DQHA 1LYAA 4RYCA 1IBQA 2FDDA 2PMAA 5OZCA 5P1MA 2HC0A 1K1TA 3VF3A 3NU4A 5P14A 1BV7A 4FIVA 2ZHTA 5P26A 1EAGA 3VSXA 5P51A 4J1EA 3LPKA 2G1NA 3NUJA 5P2NA 4I0EA 5P7TA 5P7NA 3K5GA 4ER4E 1MT8A 5P7BA 3PGIA 4E43A 5P09A 1M43A 1SDTA 2OHSA 4DQCA 5IVSA 3O9EA 1PROA 2B7FA 2PSVA 3UQWA 2A1EA 3O9DA 3QBHA 5AH6A 5P0QA 2ASIA 5P75A 4Y3EA 1MSNA 4B72A 3ZL7A 2AZ9A 3KFNA 5P85A 3DV1A 5OZ3A 3HAWA 4HEGA 3FNSA 1MIQA 5IVQA 5P1AA 3FNTA 4ZE6A 5P49A 4J1KA 3BC4A 2ANLA 3D1ZA 5P2EA 5P33A 4Y4TA 1HTFA 4K8SA 5P44A 3TOFA 3UDPA 1HTGA 3PWMA 5P74A 1B6MA 4CKUA 5P4MA 7HVPA 3PSUA 5DR1A 1AZ5A 2H6SA 5P6BA 3AUPA 4Y45A 2I4QA 4YBIA 5P2KA 4DJVA 5P1NA 5AH8A 2BPZA 2AOHA 3G70A 3SABA 1DMPA 1LYBB 1UH8A 4DJRA 1YX9A 3LIXA 3FIVA 4I0JA 3OU4A 1BAIA 5P45A 3LPIA 3OU1A 5P1XA 2AIDA 5P5VA 1TQFA 1K6PA 3BRAA 3CYXA 4Y3GA 4JECA 2AOGA 4Y41A 3ZKGA 1CMSA 2HIZA 5DGUA 5OZ0A 1YT9A 3ZMGA 1MPPA 5P77A 1FQ6A 5P1GA 3SO9A 4PPHA 3I6OA 3IGBA 4FAEA 2RMPA 3NUOA 4JOOA 5T4SA 4I0ZA 4NPUA 5P1DA 5P3MA 4LP9A 4EXGA 4YDGA 1E81E 2I0AA 4YD6A 4Q1XA 5P6JA 5P2YA 4GJBA 3OXVA 4L1AB 3A2OA 5IS4A 1D4YA 1XE5A 4Y5CA 4GJ9A 3QN8A 4Z2ZA 5DR0A 1A30A 2Q5KA 2AZ8A 3N3IA 1BVEA 4B1CA 1NH0A 1D4SA 2V12C 6UPJA 3SM1A 4FAFA 2QCIA 5P32A 5OZAA 5P6DA 5P8IA 3PM4A 2O4PA 2CEMA 3H0BA 4QJ2A 1IZIA 5OZ7A 3OHHA 4FM6A 3UQXA 5OZ2A 4OD9B 5P0KA 3HW1A 4OBGA 3OQKA 4Y3SA 4Y5MA 4CPTA 4D85A 1T7IA 4Y3QA 2AODA 5ENMA 5OZOA 1XL2A 4EJ8A 4MC6A 4QJ6A 3RSXA 2QHCA 1EPPE 4I0DA 3U71A 3T7XA 3TOHA 5P76A 3LIQA 3G72A 4AZYA 5JG1A 1W6HA 5P7PA 4YCKA 1SH9A 5HDVA 3S2OA 5P6LA 3DK1A 5P8MA 5UPJA 3UDRA 4B78A 1HIVA 5P41A 2O4LA 1BXQA 1B6PA 5P0HA 2WEZA 4GJ5A 3D1YA 2B8LA 4Y39A 3UDJA 2Q54A 5OZSA 2FXDA 3O9GA 4R8YA 3DCKA 5P6WA 5P4QA 1G2KA 4PYVA 1GVTA 2V10C 3PSYA 5EZZA 5P8LA 3R0WA 2WJOA 1BDLA 1QDMA 1XE6A 5P2DA 4K4PA 3S7MA 3APRE 1HXBA 5BWYA 1HPVA 3K5FA 5OZNA 4Y4EA 3LIYA 5P63A 5P0TA 2F3EA 1FMXA 1MT9A 4DJPA 1U8GA 1ENTE 5P7KA 4YD7A 4MC1A 2G94A 4ZPGA 4L6BA 5P4TA 3VF5A 4NPTA 3KFRA 1LF3A 3GI4A 4FSLA 5AGZA 4ZIPA 4H3FA 2F3FA 2Q15A 2V00A 3UHLA 3VYEA 2OHQA 5P3BA 4B77A 5P7DA 5P67A 1Z1HA 5P3VA 5P8GA 3VV6A 3BXRA 3PBDA 3CYWA 1HSHA 3CKTA 1C6ZA 4M8YA 1AM5A 3HVPA 5P2LA 2JYSA 3ECGA 4JPCA 2WHHA 5OZ4A 4OBZA 5KR0A 4Y4BA 4Y5KA 1IDAA 2G1SA 4H1EA 2FDEA 3LINA 4F75A 3TTPA 3UDMA 2OHUA 2NNPA 4ZLSA 3PVKA 5P1RA 4Y3MA 2NTRA 3PHVA 1BWBA 4EJDA 5CLMA 5P39A 3HAUA 1Z8CA 4EP3A 2PC0A 1HPSA 3QRMA 2OHMA 5P13A 3SKGA 4JPEA 3KFSA 5ER2E 5HCTA 5OZKA 4EQJA 4EYRA 2WECA 3O9CA 4Y4JA 5B18A 4CMSA 1D4KA 3FNUA 1ODWA 2QU2A 4J17A 5P2ZA 3UDQA 5OZMA 3S53A 4BEKA 2V11C 6APRE 1G6LA 4GJAA 2V16C 3EL4A 4LBTA 1APUE 4J1HA 5P7RA 5P5WA 1HEGE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5G A;  5P56 A;  3ZKS A;  1K6C A;  1FF0 C;  5P1Y A;  1PSO E;  5P15 A;  2NXM A;  5P0A A;  2O4S A;  4GJD A;  3ER5 E;  4RCF A;  3K4V A;  2QHZ A;  4WY6 A;  3WZ8 A;  3PLD A;  5P03 A;  4Y5G A;  1HBV A;  5P4H A;  5P6E A;  4H3G A;  4OBH A;  5P5P A;  5P7X A;  5DQ5 A;  4DQB A;  5P8D A;  1FQ4 A;  4JP9 A;  5P0Y A;  5P00 A;  5P4V A;  1RQ9 A;  1ODY A;  4HLA A;  4Y3W A;  4Y3J A;  4RZ1 A;  1Z1R A;  3RSV A;  5P0W A;  8HVP A;  3LPJ A;  3L5F A;  3SA7 A;  5OZJ A;  9HVP A;  5P3P A;  5HE7 A;  4NKK A;  4J1F A;  2WF0 A;  1BDQ A;  3VSW A;  1FQX A;  1RNE A;  2VKM A;  5P12 A;  1LS5 A;  3OK9 A;  4DUS A;  4R93 A;  5P0N A;  3OQA A;  1GVV A;  1EBW A;  5OZG A;  1GKT A;  1FGC C;  2AQU A;  2FXE A;  5P4O A;  2UXZ A;  1FMU A;  4DJQ A;  3CKR A;  2AOE A;  1APT E;  3BGC A;  5P5S A;  3PJ6 A;  4I8W A;  5HU1 A;  3OU3 A;  3OUC A;  1IZE A;  3VLA A;  3URL A;  2ZHS A;  3O9H A;  1RL8 A;  5P5Y A;  3DOX A;  3UQP A;  1DW6 C;  2OHR A;  1EPM E;  4EHC A;  2Q63 A;  5P0U A;  2NXL A;  5HDX A;  1FLH A;  4TVH A;  3R4B A;  5OZE A;  5P05 A;  2G26 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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