3EM3A

Crystal structure of amprenavir (apv) in complex with a drug resistant hiv-1 protease variant (i50l/a71v).
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGLGGFIKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Kinetic and Structural Studies on Atazanavir-specific I50L Drug-Resistant HIV-1 Protease Mutant
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3em3A00
2WKZA 3I7EA 4Q1XA 5OZCA 3OOTA 3ZKSA 2CEJA 1YTHA 2WF1A 4I0FA 5P1MA 1ENTE 3QBHA 3VF3A 3BXRA 3MSJA 2G26A 3KA2A 5J25A 1FKNA 2NNPA 1IZHA 4MC1A 3UDHA 4NPTA 2AOCA 4DJWA 5P4NA 2AOFA 1SH9A 5P09A 5P5BA 2J9JB 2AZCA 1HVRA 5C9FA 1BDLA 3OU4A 1D4KA 4EP3A 2IGYA 3IVIA 4RVJA 4ZPEA 4MC2A 4Y6MA 4J1FA 3SA4A 5DQCA 2IGXA 3T11A 3VFBA 5P4CA 4ER4E 1NSOA 1FF0C 4GJ7A 3R1GB 3O9AA 4Y3EA 5P33A 2AIDA 2QI7A 1LYAA 2BBBA 5OZIA 1YTJA 5DQ5A 5P41A 4KE0A 2Q54A 5P58A 4H1EA 5P1YA 5OZ4A 3DK1A 1F7AA 5P28A 4DVFA 1HIIA 3GGUA 5P7RA 3D1YA 4YDGA 3HAWA 3VF7A 2QCIA 1FIVA 1HVJA 1SDVA 2AOIA 5P0NA 2CEMA 2F3EA 4Y4UA 4K4PA 5P8FA 3PVKA 5P5EA 3LZVA 3BC4A 1TZSA 2P3DA 2QZXA 1PSNA 3NR6A 4D85A 4I0ZA 5P0LA 1M0BA 3QS1A 4H3GA 3WB4A 3D1ZA 4M8XA 3LIYA 3I6OA 3QIHA 1EPQE 3WZ8A 4GJ8A 2ER0E 4Y37A 5P7NA 4JPCA 4Y5EA 2QI6A 2BB9A 3PHVA 4J1CA 2G1YA 3O9LB 3K5DA 4QGIA 4N00A 4ZSMA 4LXMA 2G1SA 4L7JA 5HVPA 3OK9A 3K5FA 3DV1A 1QBSA 5P0DA 4EYRA 5JG1A 2ZHSA 7UPJA 5P27A 2XFJA 2P3AA 4MC6A 5P26A 1DW6C 3CKTA 5P7SA 2VIYA 3GGXA 3N4LA 1FFFC 2PC0A 5P7HA 4EXHA 2NNKA 3OAGA 3OQFA 2QHCA 5P0MA 4HVPA 3TNEA 3OHFA 4LXKA 3KMYA 3O99A 3EMYA 1LYWB 3ER3E 5P4EA 3GGVA 4FLGA 1PROA 5P1OA 3CICA 2BPYA 1LF4A 2R5QA 1IVQA 5P2IA 3DV5A 1CPIA 5OZ7A 5OZFA 5DR3A 5P4ZA 5OZGA 2ZYEA 1HTFA 1AZ5A 2HS1A 5P6JA 2IENA 5P5KA 4GYEA 4E43A 1G2KA 5P48A 4DQFA 1PPKE 4Z50A 1HTRB 5P3VA 5KAOA 1MERA 5P80A 3OUCA 4LHHA 1UH8A 2RSPA 5P06A 5P7OA 5IE1A 3S7LA 5EZZA 4RYGA 4XX4A 5P0RA 3OXXA 5P4DA 4CPRA 5OZMA 2P4JA 4Y3NA 2QZKA 2F80A 5P71A 1BXQA 3OGQA 4PZXA 3S56A 1HSIA 4K9HA 1B6LA 3PCWA 3Q3TA 3MWSA 5OZ6A 5P55A 5P68A 2BPWA 4I8ZA 1IZIA 2QHZA 3INHA 2VIEA 4YOBA 2Z4OA 4ZIPA 2FNTA 3UDNA 2JE4A 4Y38A 4Y4AA 5P34A 4GJDA 2QNNA 1TCXA 1A9MA 2ANLA 1AM5A 3OQKA 5P7TA 3IVHA 4Y45A 2B8LA 2OHKA 2AOJA 4DUSA 5IVSA 3VLBA 2I0DA 1D4SA 3K4VC 4U8WA 1U8GA 2B60A 4I1CA 1C6YA 4YHQA 4I0IA 4Y3SA 4FM8A 5P65A 5OYYA 3TTPA 4LBTA 5P02A 4KUPA 3SO9A 1GKTA 1G0VA 1EBZA 3KF0A 2VNMA 5P1VA 3SKGA 5P7BA 3S54A 4I0EA 4PZWA 1HPOA 1SBGA 3R2FA 2HB2A 4YOAA 5P7ZA 4L1AA 2Q15A 3OXCA 3VUCA 1E82E 4HDPA 5P1TA 3OQ7A 4CPXA 4DQEA 2AVVA 1G6LA 5OZJA 3G6ZA 1QDMA 1WKRA 4B70A 5P3FA 3TPLA 2IDWA 4FRSA 5P7DA 3L59A 4Y3JA 4D83A 3MXEA 3O9HA 1GVXA 3EKQA 3FNTA 5P2YA 4RCFA 3K1WA 3AIDA 3KYRA 1B6PA 1QBRA 2PH6A 1UH7A 5IVTA 1HPXA 3LITA 5P5CA 4DV9A 2P83A 4YD6A 5P86A 2APRA 4NPUA 2QD7A 1B6MA 1M43A 1RNEA 1TW7A 3SA5A 1ZLFA 4FSLA 3LNKA 4NJUA 5P6YA 4Y4ZA 1MTRA 1MVPA 2VJ9A 3QI1A 3QROA 1HSGA 4I0HA 2PWRA 4RRNA 3HZCA 1FQ6A 5P0OA 3K4VA 3K5GA 5P07A 4B77A 3LIZA 4R91A 3GGAA 5P61A 4CP7A 3FNSA 2FGVA 4NJVA 3TOFA 4A6CA 3OU1A 2VJ6A 4FIVA 3CIDA 5I70A 5P8OA 1OHRA 5P3QA 2QI4A 3ZMGA 4S1GA 2ZE1A 2H6TA 2I4QA 2P3BA 5P69A 5P0PA 4LAPA 2O4KA 2IKOA 3BHEA 5P1RA 1YT9A 5P51A 5P8HA 4Y3RA 5CLMA 4EJDA 4Y5GA 3PBZA 2BKSA 3BUHA 3GI0A 5P3HA 3Q5HA 5P3MA 3WZ6A 5KR2A 3PGIA 4HEGA 3TKWA 1C6XA 5OYVA 2QU3A 3RTHA 1FMXA 2UPJA 2FXDA 4DPFA 5P5MA 4H3FA 4JOOA 2F3KA 4AMTA 3DUYA 3UCBA 4CPWA 2JXRA 3TPJA 1B6KA 5HDVA 4DJUA 5P3CA 3O9EA 5P6FA 3VYFA 4EWOA 5HE7A 4GZFA 3VLAA 5P8QA 5P6BA 4EXGA 3TH9A 2QI0A 1SIPA 2V00A 3UDMA 5P2OA 4Y3HA 3WB5A 3ZLQA 6APRE 5P11A 2ZJMA 5P0JA 1NPVA 1HVSA 5OZTA 5P2BA 4YCKA 3TKGA 5P6KA 1T6EX 3O9CA 5P1NA 2ZHTA 2HB3A 5AH6A 2ZHRA 4IVSA 2WF0A 2WEZA 5ER1E 5P57A 1RQ9A 4Y4EA 2ZJKA 3OU4B 2WF4A 3S85A 4UPJA 1K2BA 2JJIA 3BUGA 3QP0A 2QP8A 3CMSA 4J0VA 5P4BA 4DJQA 5SXNA 5P0QA 3EKXA 2V16C 4FL8A 4Y3XA 1LYAB 3SFCA 3URIA 1MRWA 2G22A 5I3XA 3NWQA 5P8EA 3TPRA 2ZGAA 4ER2E 2HPEA 3H0BA 3NDUA 2NTRA 4FGXA 4XX3A 4YD5A 3F9QA 1KJ7A 1PSAA 3EXOA 5P3YA 5KR8A 3PBDA 1EPOE 5P8DA 5P5ZA 3DCKA 1MEUA 5P2WA 3UQRA 3U71A 3HLOA 4YBFA 4K4QA 4EQ0A 1TSQA 5P85A 5P3LA 5P2SA 3IXKA 4DQHA 2OHSA 5P6WA 5KQFA 4YCYA 3SABA 2CENA 4DJOA 1FLHA 1MUIA 5P2AA 3LZYA 1DMPA 4NJTA 5UPJA 3UQXA 1HPVA 2QMFA 3OU3A 5OZBA 4Y41A 5P2MA 3PMYA 3INFA 5P3BA 4FRKA 3TL9A 1MRXA 3L38A 4Y3GA 5P6IA 2HPFA 3ZKGA 2JYSA 5P66A 2PYNA 1D4IA 4R93A 4Y5MA 3T7PA 1HEFE 5P8BA 4Y54A 2V13A 4PYVA 1ZSRA 5KQYA 3DCRA 3L5EA 1ODWA 5JODA 4Y4XA 4WY6A 4Z2ZA 4I12A 5P4YA 1DIFA 3OUDA 1PPLE 5DGUA 2FDPA 4DJVA 2AZ8A 5P7VA 5P1AA 3OXWA 4Y4JA 3FNUA 4EJKA 1F34A 1DAZC 4Q1WA 5DQ2A 3ZPSA 4QJ2A 5OZRA 5P32A 5I3YA 4Y5BA 5OZ9A 3O9BA 3LIXA 4Y44A 4B72A 4Y4DA 1FMUA 2VA6A 4Y4WA 5P37A 5T4SA 3BGBA 5P4MA 2IEOA 5P7AA 4EQJA 2WECA 3INDA 3EKWA 5P4QA 5P0KA 1HVKA 1QS8A 1HIVA 3GI5A 5COOA 4Y57A 4GJ6A 3UF3A 5P6UA 2PSGA 5P36A 1BIMA 3ZKQA 2QI3A 1APTE 3JVWA 5DR1A 3MSLA 5P5JA 3T3CA 5P5WA 5P5DA 4B1DA 2VKMA 3A2OA 3H5BA 3OY4A 4J0TA 3UFLA 4OBGA 1K2CA 5KQXA 5IS4A 1DPJA 1W50A 4ZSQA 1SDUA 5P45A 3OXVA 1AIDA 1TCWA 3C9XA 5P6MA 2F3FA 3JW2A 3NLSA 3SM2A 1HXBA 3R0WA 2V11C 5OYTA 3FKTA 2B8VA 2NMZA 5KQZA 2HS2A 1FFIC 4ACXA 5P81A 5P3KA 5P7KA 5ENMA 4Y58A 3VYEA 3Q6YA 4I10A 5P6RA 3APRE 5P23A 1HSHA 2QMGA 5P2VA 2FS4A 1AVFA 5OZ2A 5P6QA 1AXAA 1MPPA 1HVCA 5OZZA 2ZJIA 4HZTA 3RU1A 4YD4A 1C70A 5OZQA 1OEXA 2O4NA 2NXLA 3UFNA 2AODA 1A94A 2HM1A 1QRPE 3GW5A 4K8SA 4Y3YA 5P50A 3QPJA 4J55A 5P8AA 5P88A 5P12A 5HE4A 4Y3LA 1APUE 1QBUA 3PJ6A 4DQBA 3S43A 5P73A 3VSXA 2BKTA 4GJ9A 3VCMA 2I4DA 1FG8C 5KR1A 4HE9A 4LXAA 1GNOA 2PWCA 1B5FB 1W5WA 4Y43A 2PSVA 5P2KA 4L1AB 2AOHA 3O9FA 5P0UA 3D91A 1WBMA 3ZPUA 5HTZA 2BPVA 5P24A 4WTUA 3N3IA 1W6IA 2F81A 5E5JA 3Q4BA 5P15A 3SAAA 5P82A 4Q5MA 1SIVA 4FM7A 2Q11A 2ZJHA 3NWXA 1YG9A 5P0SA 2J9JA 5P46A 1W5YA 1HOSA 4Y51A 1XL2A 3GI6A 4TRYA 3RSVA 4Y3ZA 3OWNA 3NU9A 4JP9A 2FDDA 3EL1A 5P83A 1WBKA 5P4JA 3EC0A 4EJ8A 2ZHVA 1YTGA 2XFKA 1FB7A 5P7YA 1MSMA 5BWYA 1YX9A 3ECGA 5P1PA 3NUOA 5I3WA 5P78A 3PSYA 4DJYA 5COKA 3Q70A 5P75A 5P3XA 1HVHA 5AH7A 3BGCA 1MT8A 2A4FA 2ZDZA 5P3EA 3URJA 2Q3KA 3JVYA 4GJBA 4RYCA 5OZ0A 3UTLA 1PFZA 1ER8E 1YM2A 5P6EA 4YD3A 4OC6A 5P2EA 4B78A 5P7JA 3D1XA 3S7MA 4QLHA 5P39A 2I4WA 4J54A 2QHYA 4QJ8A 3L3AA 4OBJA 4Y56A 5P18A 5P1DA 4BFDA 4M8YA 5P6CA 3UDJA 4B0QA 1ME6A 5P52A 3ZKMA 2O4LA 2OF0A 5KOSA 5C9DA 2G94A 1LS5A 2OAHA 3S45A 5P6NA 2R3WA 1E5OE 1HWRA 3EM4A 5CONA 5OYWA 1XE6A 4EP2A 2SAMA 4Q1YA 1HIHA 1K6VA 1IZDA 3KT2A 5P43A 3NXEA 2B7FA 5P00A 5AH8A 5P3NA 5OZ8A 1SMEA 1BXOA 3KDCA 3KFPA 5AHCA 4FRIA 4KE1A 3CYXA 5P1HA 1SGUA 1SDTA 4EJLA 5P1QA 3QN8A 2BJUA 3G72A 5P8GA 1HTGA 3SACA 5F01A 5APRE 5P1ZA 1GVWA 5P6PA 3BVBA 3UPJA 4Y4BA 3UQPA 1NH0A 1LYWA 5OZKA 3ER5E 3VV6A 4Z4XA 5DR7A 3LPJA 3UDRA 2QMPA 4Y3MA 5P6AA 5OZXA 3IN4A 5P49A 5HU1A 4YA8A 3RTNA 2QZWA 1FGCC 1N49A 4YDFA 3CKPA 2R43A 2VA5A 2NPHA 4DPIA 5ISKA 4Y3AA 3S2OA 3SA9A 4J1EA 1ZJ7A 5P2GA 2OHLA 4Y3QA 1Z1HA 4Y5KA 2FXEA 4TVGA 1YM4A 5OZAA 2V0ZC 3OGPA 4Q1NA 3PSUA 1D4HA 1EBKC 2VIJA 2AOEA 8HVPA 5OZEA 1T7JA 4RCDA 3SA6A 3LIVA 4CPUA 5P05A 3FX5A 2F8GA 4TRWA 3LIQA 5P53A 1OEWA 2ZHUA 5AHBA 3TOHA 3EKYA 3LZSA 3I25A 1LV1A 2ZJJA 4BELA 1MTBA 5DR0A 3VV7A 1KJ4A 3MXDA 3KN0A 4MC9A 2PQZA 1ZTZA 5OZHA 3UQWA 1D4YA 4DI2A 4TRZA 1A8GA 2I0AA 5P42A 5P6XA 2UXZA 5P5TA 5OZ3A 1XL5A 5KOQA 2P8HA 1M4HA 2QAKA 4RZ1A 2PK6A 3DOXA 3PRSA 4WY1A 4APRE 3EL4A 5P8KA 5P30A 5P7LA 3SA3A 3OUDB 1EC2A 5HU0A 3OQDA 3OUAA 1E81E 4RVIA 1LF2A 3BVAA 3HBOA 4HDFA 2QNQA 2G27A 5P0FA 2QI5A 5P4HA 2WEAA 3B7VA 5HDXA 3HDKA 5P2NA 1EPME 2BPXA 5P6HA 2WEBA 3QVIA 1B6JA 1VIKA 5P84A 5P87A 4H3JA 2I4VA 1IDAA 2MIPA 4B00A 1T6GA 2HB4A 5P0AA 2G24A 2ER6E 5C9BA 5SY3A 2P3CA 1LEEA 1Z1RA 2AOGA 5P74A 4GB2A 5P7EA 1AJXA 1K6CA 3T6IA 1DP5A 4Y50A 4BEKA 4ZPGA 3FIVA 5OZOA 2QI1A 5P2JA 3DM6A 5P6OA 2JJJA 3ZOVA 4AZYA 1A8KA 3QRMA 4AA8A 4FSEA 1K1UA 4COEA 2WL0A 1ODXA 5P3PA 4HDBA 5P3GA 5P6LA 2Q64A 2PK5A 5OZWA 5P2HA 1IDBA 4OD9A 2G1RA 3LHGA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WKZ A;  3I7E A;  4Q1X A;  5OZC A;  3OOT A;  3ZKS A;  2CEJ A;  1YTH A;  2WF1 A;  4I0F A;  5P1M A;  1ENT E;  3QBH A;  3VF3 A;  3BXR A;  3MSJ A;  2G26 A;  3KA2 A;  5J25 A;  1FKN A;  2NNP A;  1IZH A;  4MC1 A;  3UDH A;  4NPT A;  2AOC A;  4DJW A;  5P4N A;  2AOF A;  1SH9 A;  5P09 A;  5P5B A;  2J9J B;  2AZC A;  1HVR A;  5C9F A;  1BDL A;  3OU4 A;  1D4K A;  4EP3 A;  2IGY A;  3IVI A;  4RVJ A;  4ZPE A;  4MC2 A;  4Y6M A;  4J1F A;  3SA4 A;  5DQC A;  2IGX A;  3T11 A;  3VFB A;  5P4C A;  4ER4 E;  1NSO A;  1FF0 C;  4GJ7 A;  3R1G B;  3O9A A;  4Y3E A;  5P33 A;  2AID A;  2QI7 A;  1LYA A;  2BBB A;  5OZI A;  1YTJ A;  5DQ5 A;  5P41 A;  4KE0 A;  2Q54 A;  5P58 A;  4H1E A;  5P1Y A;  5OZ4 A;  3DK1 A;  1F7A A;  5P28 A;  4DVF A;  1HII A;  3GGU A;  5P7R A;  3D1Y A;  4YDG A;  3HAW A;  3VF7 A;  2QCI A;  1FIV A;  1HVJ A;  1SDV A;  2AOI A;  5P0N A;  2CEM A;  2F3E A;  4Y4U A;  4K4P A;  5P8F A;  3PVK A;  5P5E A;  3LZV A;  3BC4 A;  1TZS A;  2P3D A;  2QZX A;  1PSN A;  3NR6 A;  4D85 A;  4I0Z A;  5P0L A;  1M0B A;  3QS1 A;  4H3G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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