3EM4A

Crystal structure of atazanavir (atv) in complex with i50l/a71v drug-resistant hiv-1 protease
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGLGGFIKVRQYDQIPVEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Kinetic and Structural studies on atazanavir-specific I50L drug-resistant HIV-1 protease mutant
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, U, V
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3em4A00
5P04A 1HTRB 3I8WA 2QMGA 5P16A 1LEEA 3KMXA 4GB2A 5OZKA 5P8TA 5P4YA 3H0BA 4NJSA 5OYWA 2FIVA 1DAZC 4OBGA 5P29A 5HCOA 4I8WA 2HB4A 4ZEAA 4FSLA 3VCMA 2QK5A 4Q1YA 2BQVA 1YM2A 5P2QA 1GVUA 5P05A 1NPAA 3PLLA 1YTHA 1MUIA 5P2JA 3VSWA 2RKFA 1Q9PA 4Y3RA 4Y5CA 5P76A 1BAIA 1DMPA 2G21A 1PSAA 5OZSA 2CENA 4RVXA 3SAAA 3OOTA 5P6JA 1W51A 3K5GA 1KJ7A 5PEPA 4Y51A 1A94A 4B00A 5P28A 2NXMA 2VJ7A 3I25A 1W5XA 5P0UA 1MIQA 2JYSA 3JVYA 5P66A 1LYWB 5P01A 4YD6A 1D4SA 2ER6E 4CPRA 4HEGA 3L58A 3AIDA 2I0AA 4QJ8A 4ZSMA 2PWCA 1N49A 4BFBA 3NSHA 2A1EA 4I8ZA 3HW1A 4DVFA 1BIMA 4HDFA 4NKKA 2HC0A 1MT7A 5P0NA 5P6PA 5OZZA 3LIYA 2IS0A 5OZJA 5P1CA 3S43A 5P3CA 2WKZA 3OU4A 1ODWA 2G1OA 4J54A 3UDJA 5AH9A 5P37A 5P1AA 2RKGA 1MSNA 1Z8CA 1EC2A 2I4UA 4Y58A 4ZSQA 3RTHA 5OZLA 5P6CA 5P5JA 5P88A 4L7HA 5OZNA 5P33A 4F74A 2I0DA 2UY0A 4PEPA 5P6KA 2FNSA 2G69A 5P45A 5P84A 1HVJA 4D88A 2Q5KA 1APUE 3BUHA 2QZXA 2FLEA 4Q1WA 4IVTA 9HVPA 3UDYA 2B8VA 3INEA 5P35A 4EJDA 4ER1E 1B11A 3NLSA 2G20A 5DGWA 4DQHA 5ENKA 3IA9A 4Y56A 5KQXA 3IXOA 3S85A 4H3FA 5AH6A 5P0BA 1PSOE 5SY3A 5P3QA 4Y4TA 3LPIA 2PK5A 3K5CA 5P7BA 2O40A 3T11A 4Y5BA 4YCTA 5P4JA 5P59A 3BHEA 3Q3TA 3F9QA 4Y54A 4DV9A 2P4JA 1A8KA 5CONA 5P8PA 3MWSA 3CIBA 4H3IA 5OYXA 1C6YA 4CP7A 3SACA 4FM8A 1VIJA 3N4LA 2QMFA 3PCZA 5P0CA 4K4QA 2XFIA 4R93A 2EWYA 4B77A 5IVRA 1K6PA 3SM2A 4Y43A 5HD0A 5P07A 4I0HA 3KMYA 2WEDA 4GZFA 5ER1E 3VLAA 2FMBA 1BXOA 1ZLFA 3NDXA 4KE1A 1YTGA 4Y3DA 3U6AA 5P4KA 5P81A 5SZ9A 2IGYA 4HLAA 5P0DA 3PWRA 5P75A 1BBSA 3HDKA 3VF3A 3RSVA 3EKVA 1MEUA 1RPIA 1FQ6A 5P1YA 2P3BB 4RCDA 1OEWA 4PYVA 2ZDZA 4I0ZA 1RQ9A 1QBSA 5OYQA 2PSGA 2NNKA 3KFSA 5C9DA 2OHRA 5P3KA 5HTZA 2QHZA 3EBZA 1C70A 2VIEA 4Y4WA 5AHCA 2OHTA 1MSMA 1XS7D 4AA8A 4B1EA 4YCKA 5P51A 4I0GA 6APRE 4KB9A 2WF3A 2F3EA 3VFAA 2VA7A 4WTUA 4Y37A 5P2NA 2QMPA 3TH9A 3DV1A 2OHPA 3Q70A 2QMDA 2OAHA 1ME6A 2XYEA 5P7LA 3VYDA 4CPTA 3NU6A 4LXMA 4Y45A 1ZP8A 4EP2A 3PSYA 5P6DA 3I7EA 2FDEA 2QHYA 5P36A 4GJ6A 3TPJA 3DV5A 1MT9A 1HVRA 4Y3HA 4JOOA 3UDNA 3TKGA 4H3GA 1AVFA 5HVPA 2ZJNA 3T7PA 4QJ2A 4TRZA 1T7KA 3C9XA 1ZPKA 5P7KA 3VUCA 4AUCA 1OHRA 5P1OA 5P1SA 5OYRA 1WBKA 1T6GA 5DQ5A 5P8SA 4Y5AA 4Y4JA 3URLA 1KJHA 2OHKA 3PB5A 3HBOA 5P7IA 3KDDA 5BWYA 3K4VC 5P8BA 1HIVA 4GYEA 4K4RA 5P5XA 5P39A 3RTNA 4FS4A 5P3ZA 5P80A 1YTIA 1E82E 2JE4A 3ZPUA 4S1GA 1FEJC 2F3FA 5DPZA 2VS2A 5UPJA 3O9EA 4B0QA 2IEOA 1EPQE 3SPKA 3KFRA 3WZ7A 5P54A 2NMZA 3R2FA 3OQ7A 2QAKA 5KQYA 1FG8C 5KR0A 2AQUA 1GKTA 5P22A 5P8HA 4AMTA 2ZJLA 1FGCC 5P3TA 5P08A 5OZCA 3PEPA 3S7LA 2NR6A 3NDWA 2VJ6A 4D85A 3LNKA 5P6WA 3ZKQA 1B6LA 5OZ1A 5OYVA 5P58A 3KM4A 3O9FA 3OUCA 5P4ZA 4YD4A 5P3VA 3NWQA 2QD6A 5P13A 4DJYA 5P02A 2R5PA 1HVIA 5OZHA 4U8WA 1GVXA 1W5YA 1K6VA 1HSIA 5P6TA 4I12A 1IIQA 5P2KA 3TPLA 5P1GA 2IRZA 4EJKA 5P6GA 4Y6MA 3RU1A 3PCWA 1VIKA 3HD8A 3QIHA 1T3RA 3R4BA 4NPUA 1W6HA 2RSPA 1F7AA 4CMSA 5P53A 3OQDA 4NJVA 1D4YA 5P6SA 4I0DA 3O9LB 5P41A 1K1UA 3EKPA 4J1HA 4OBJA 4J0TA 3VSXA 5B18A 3EC0A 1HWRA 3RTMA 3ZKIA 4MC1A 5P0TA 3FSMA 4Y3GA 1D4LA 2QHCA 3KFNA 1TSQA 3INDA 5P1XA 4J55A 3NU5A 5P49A 3ZMGA 5KOSA 2BKTA 3SA6A 2G94A 5P5UA 5HU1A 1D4HA 5P7YA 5P7TA 3ZKGA 1IDAA 5P0OA 1B6KA 5I3YA 3QAAA 4EPJA 3L3AA 5OZ5A 5P14A 1HPSA 1GNNA 1LS5A 4RGHA 1AAQA 5P8LA 3SA3A 5SXNA 4OC6B 1QRPE 3S56A 3OADB 2R9BA 3APRE 2V10C 1EC1A 4ZPFA 3FNSA 5DR0A 2ASIA 2F81A 5P8KA 4YE3A 3PBZA 1LYWA 1FQ5A 1HIIA 5OZDA 2JJJA 3NWXA 3BVAA 5OZ2A 2NMYA 3EM4A 2ZHTA 4Y48A 3U7SA 5KOQA 4Y4AA 4OD9B 5P69A 5P8QA 1EEDP 3D91A 3EKQA 5DR3A 3ER3E 3QI1A 5P0FA 4UPJA 1APTE 1PPLE 1QDMA 1FQ7A 2UXZA 1FKNA 2AOGA 2UPJA 1B6JA 4Z4XA 3PMUA 1KZKA 4LC7A 3LIQA 4QLHA 4RYGA 4YD3A 3NDUA 5P6EA 2BPXA 2QD8A 5AHAA 3ZL7A 5KAOA 1W50A 5P2BA 5P2XA 2PC0A 1TSUA 4GIDA 2AVMA 5P0KA 4XX4A 3WSJA 4ER4E 3LHGA 3QBFA 4RROA 5P2HA 3T7XA 1HHPA 3PHVA 2IGXA 1PPME 2QNQA 4YOAA 5P5YA 2ZJKA 2IL2A 3CIDA 3GGVA 1MPPA 5P3AA 1QS8A 3KDBA 4Q5MA 2QI7A 5P2VA 5ER2E 2ZHSA 5P61A 1W5WA 4Y3WA 3PSUA 3S54A 5P8CA 2ZHVA 4Y3MA 5P5TA 4Y3LA 3UDQA 4ZE6A 1BVEA 3H5BA 4OBFA 3DOXA 3FNUA 5P1MA 5P4RA 3WZ6A 3O9DA 3ZPSA 4NJUA 1G35A 2Q55A 1HPVA 1RNEA 2HIZA 3PI0A 5P0ZA 3O9IA 4FM6A 5P5VA 5P3IA 5P0YA 1M0BA 5P00A 3KFPA 4F73A 3KT5A 1HPXA 4Y3TA 5P1EA 2I4DA 3OXVA 3OTSA 3TPPA 4L7JA 4Y4GA 3M9FA 5P72A 2QI4A 1LYAB 3APPA 1YT9A 5HE7A 4Y3FA 2HB3A 2MIPA 2XYFA 4WY1A 1G6LA 5P0HA 1EPOE 1XL2A 3VF5A 1TZSA 5OZQA 4QJ9A 3GW5A 3EKYA 5P7OA 2J9JB 4LHHA 1UH9A 4ZSPA 5P19A 5P7HA 1HRNA 1DIFA 1T7JA 4B72A 5P89A 1APWE 5P71A 2I4VA 3L59A 2QI5A 5DQ2A 2ER7E 4Y3SA 2OHLA 5AGZA 2PQZA 3OQKA 2A4FA 2I4XA 5P8RA 1K2BA 2VA6A 5P0GA 4J1EA 4CPWA 1HVLA 4IVSA 4DQGA 5J25A 5P6YA 3L5BA 1HTEA 3UFNA 2NXLA 3UDKA 5P2MA 3K1WA 4Y38A 2P3CA 5I70A 3R0WA 1D4IA 1IBQA 3L5DA 4WY6A 2AZBA 5P7JA 3I2LA 3DCRA 4LXKA 5SY2A 1E5OE 1SGUA 3GI4A 5DR4A 3OGQA 1EBWA 4COEA 2VA5A 1B6PA 5P8GA 5P3JA 3K5FA 3OU1B 2OHQA 5P2AA 5ENMA 4J0PA 2ZGAA 5P55A 1TCWA 5P3RA 3JVWA 5P4AA 3SM1A 5P5ZA 1GNOA 5P2CA 3HAWA 3MXDA 5P7NA 5KR1A 3R0YA 4I1CA 5P3OA 5BS4A 2VKMA 3G70A 3UCBA 3EKWA 5P7GA 5P7FA 2NNPA 3ZKSA 1AJVA 3BGCA 1MVPA 4R95A 4RCEA 4Y3NA 1AM5A 3K4VA 1Z1RA 5P3EA 3PM4A 3HVGA 4GJ5A 4RZ1A 1JLDA 5P2FA 4B78A 2FXEA 2PSVA 3NYGA 2V16C 2ZJMA 3TOFA 5P0MA 2PSUA 4EP3A 4FLGA 5DR7A 4DI2A 4K4PA 4Y5KA 4Z2ZA 4QGIA 5P5LA 5P1HA 2QI1A 5P86A 1EPRE 4J0VA 2ER9E 5AH8A 1HOSA 3ST5A 5P4OA 1PROA 2VNNA 5OZWA 3VFBA 5P1BA 4J0YA 3QN8A 5P5KA 3IAWA 5P65A 1LF2A 1QBTA 3OXCA 1FQXA 2AOCA 3GI5A 5P0XA 5P67A 1FMXA 2R38A 4Y3EA 5OZXA 5P17A 1YG9A 3EKXA 5P7RA 3EKTA 2I1AA 5P68A 4F75A 3NU4A 5P4UA 2J9KA 3JW2A 2BPWA 5KQFA 1DW6C 2BPZA 1ODXA 3QP0A 1YM4A 5P3BA 3SFCA 5P1KA 3OU4B 5IE1A 2QI3A 1BDLA 3L5EA 7HVPA 1CPIA 5P5SA 3DJKA 4APRE 5P1IA 4FAEA 3MSJA 5P8MA 3VG1A 2QNPA 5P4QA 4PHVA 3QROA 1HVCA 4OBZB 2AOHA 3LINA 1A9MA 4LXAA 4Y53A 1FMUA 5OZEA 2R3WA 2ZJIA 3KYRA 2PYMA 3KN0A 1LYBA 3L38A 4E43A 5P6NA 3OUDB 4HE9A 3IVHA 3G6ZA 3QVIA 3FNTA 3EL1A 1K1TA 1K6CA 4HZTA 1FQ4A 4Y3JA 5AHBA 5P7CA 3CYWA 4DJOA 5HDXA 1SIPA 5CLMA 3CKTA 4N00A 4K8SA 2Q3KA 2Z54A 3D1YA 5P4HA 5P0EA 3PSGA 4R91A 3ZKMA 5P60A 2CEJA 4EXGA 4X2LA 3ZKNA 1EPLE 2PH8A 5JG1A 5KR2A 4Y36A 5P6AA 4BFDA 5OZIA 3NR6A 1RV7A 5OZAA 1OD1A 1BV9A 4FRKA 2AVQA 5E5JA 1A30A 2WF4A 3WB5A 3SO9A 5P7AA 3UQUA 3INHA 3TPRA 3OQAA 1QBRA 5P4TA 4DUSA 4H1EA 3NU9A 3KDCA 5P2ZA 2ZJHA 4I11A 5P2UA 3SA4A 1FG6C 1IDBA 2F8GA 5P7PA 2QU3A 3QPJA 1MRWA 3OADA 5C9BA 1EC3A 5P3GA 2B60A 5E5KA 5P8AA 5FIVA 4TRWA 2QCIA 3IVIA 3VEUA 3OUBA 4TVHA 2Q11A 2PH6A 5ISJA 4FM7A 2OHUA 3B80A 5P2SA 1K2CA 4TVGA 3LZUA 1BXQA 5EZXA 3HVPA 4HDBA 5P0QA 5P8VA 4FRJA 4DPIA 3OTYA 4YD5A 5P1LA 1UPJA 4FE6A 1SIVA 5OYSA 3QS1A 2R8NA 2QI0A 2V12C 5P6UA 3PWWA 3BXSA 4OBKA 2WL0A 2IDWA 4RLDA 1BWBA 1J71A 3RSXA 5P1DA 2I4QA 3URJA 1LV1A 5OZPA 3O9AA 1KJ4A 3CICA 5OYTA 4ZPGA 5P1FA 3O99A 5OZVA 1EBKC 1SH9A 4QJ6A 3MSLA 5OZBA 2O4LA 3OWNA 2HS2A 4EJLA 3S53A 5P03A 1DPJA 4FIVA 3R1GB 1HVHA 2B7ZA 2FDDA 4CPUA 3IGBA 5P2GA 1GVVA 3EL9A 3VV8A 4Y9WA 3VF7A 3SKFA 5P8JA 3Q5HA 5IVSA 3PJ6A 1XL5A 5DQ4A 5P7DA 4Y41A 5COKA 1B6MA 2XFJA 4DJUA 5P5QA 5P56A 3O9CA 3OXXA 1ZBGA 1EPPE 5P06A 1EBYA 3UHLA 3T7QA 2HB2A 2VIZA 3CYXA 2G22A 2O4PA 3UFLA 1KJFA 5P0PA 1BWAA 2NXDA 5P2IA 2ANLA 3EMYA 5P3XA 4B70A 2QU2A 5OZMA 2H6SA 4B1CA 2IKUA 5P20A 3O9BA 1HEFE 1YTJA 5P7MA 5P6BA 3OXWA 1MERA 5P30A 5P5IA 2OHSA 5P6ZA 1D4KA 4GJ7A 3NXEA 5DQ1A 4L1AB 4EQ0A 5P74A 2OHNA 3BRAA 3PBDA 4JPEA 5P7SA 1BILA 1IVPA 1CMSA 4KUPA 4FRSA 4FCOA 4AA9A 4YBIA 3VV6A 5P3YA 5P1ZA 3FKTA 5P1RA 4DQBA 1WKRA 5OYYA 4Y4XA 5P6IA 3OHFA 5HCTA 3DM6A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P04 A;  1HTR B;  3I8W A;  2QMG A;  5P16 A;  1LEE A;  3KMX A;  4GB2 A;  5OZK A;  5P8T A;  5P4Y A;  3H0B A;  4NJS A;  5OYW A;  2FIV A;  1DAZ C;  4OBG A;  5P29 A;  5HCO A;  4I8W A;  2HB4 A;  4ZEA A;  4FSL A;  3VCM A;  2QK5 A;  4Q1Y A;  2BQV A;  1YM2 A;  5P2Q A;  1GVU A;  5P05 A;  1NPA A;  3PLL A;  1YTH A;  1MUI A;  5P2J A;  3VSW A;  2RKF A;  1Q9P A;  4Y3R A;  4Y5C A;  5P76 A;  1BAI A;  1DMP A;  2G21 A;  1PSA A;  5OZS A;  2CEN A;  4RVX A;  3SAA A;  3OOT A;  5P6J A;  1W51 A;  3K5G A;  1KJ7 A;  5PEP A;  4Y51 A;  1A94 A;  4B00 A;  5P28 A;  2NXM A;  2VJ7 A;  3I25 A;  1W5X A;  5P0U A;  1MIQ A;  2JYS A;  3JVY A;  5P66 A;  1LYW B;  5P01 A;  4YD6 A;  1D4S A;  2ER6 E;  4CPR A;  4HEG A;  3L58 A;  3AID A;  2I0A A;  4QJ8 A;  4ZSM A;  2PWC A;  1N49 A;  4BFB A;  3NSH A;  2A1E A;  4I8Z A;  3HW1 A;  4DVF A;  1BIM A;  4HDF A;  4NKK A;  2HC0 A;  1MT7 A;  5P0N A;  5P6P A;  5OZZ A;  3LIY A;  2IS0 A;  5OZJ A;  5P1C A;  3S43 A;  5P3C A;  2WKZ A;  3OU4 A;  1ODW A;  2G1O A;  4J54 A;  3UDJ A;  5AH9 A;  5P37 A;  5P1A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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