3EM6A

Crystal structure of i50l/a71v mutant of hiv-1 protease in complex with inhibitor darunavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGLGGFIKVRQYDQIPVEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Kinetic and structural studies on atazanavir specific I50L drug-resistant HIV-1 protease mutant.
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3em6A00
4RLDA 4GJAA 5FIVA 5P63A 1ZSRA 5KQFA 3QN8A 4X2LA 3IXKA 3K5CA 5IVRA 2ZHVA 1M4HA 2VIJA 3TOFA 2ZJLA 5P2NA 4RROA 5P1YA 2P4JA 2ZHTA 2AZ9A 3GI4A 2QU2A 2QP8A 2HS1A 5P3KA 1J71A 1FG6C 3VLBA 5P5OA 1FFIC 2WF3A 4Y41A 2PWRA 4KB9A 4YD6A 2QZWA 2APRA 3TPPA 3UFLA 2AVOA 1XE6A 2QD8A 5OYVA 3PWWA 4B77A 2OHLA 4R91A 5AGZA 5HE7A 5P47A 1QRPE 4YD3A 5P0IA 5P7LA 1YM2A 1XL2A 4NPUA 5P6ZA 3APRE 3KMYA 1JLDA 1LF3A 2VA6A 5P5KA 4OBZA 4NJTA 4QLHA 2QI3A 1HVLA 1IZDA 4TRZA 1D4IA 5P7PA 5P56A 1EPNE 4LL3A 3QBHA 5DPZA 3K5DA 3QRSA 4Y4JA 2O4LA 5P2VA 3O9LB 2QAKA 3H5BA 5P5UA 4EP2A 5P4VA 4FAFA 4Y5KA 5OZMA 5KQZA 3S43B 5HDZA 1SH9A 3K1WA 5P12A 4HLAA 3DCRA 5AH9A 4QJ9A 5P31A 3NUJA 1MTRA 4Y37A 4J1CA 6FIVA 3CKTA 3ZKMA 1LZQA 4B1EA 5P00A 3TOHA 4L7HA 5P78A 2O40A 3O9BA 5P1DA 3PLDA 1HVRA 2F3FA 1RQ9A 5P26A 5P5VA 5P8BA 1A8KA 5P6RA 1ODWA 3QS1A 4Y5LA 5P54A 5P88A 4B0QA 1D4KA 5DGWA 2AVMA 2VA7A 2IGXA 1MT7A 5P68A 5P6EA 3HAWA 2IKOA 5SY3A 3PVKA 2Z4OA 4I0ZA 1LYAA 2WF4A 5P6LA 1SMEA 3S85A 4FSLA 5P8QA 5P8GA 3NXEA 2ZHSA 1LV1A 3ZL7A 5P0WA 3MSKA 4LXKA 3MXDA 4E43A 3BC4A 3OU1B 4I0IA 1E82E 4K4QA 4DJVA 2HAHA 2IQGA 3URIA 2ZYEA 1MTBA 2PMAA 5P7BA 1YM4A 4NJUA 5P6MA 2OHKA 4FRKA 1GNOA 5OZUA 1FF0C 3KDDA 5P57A 5P7FA 3UQXA 5P66A 5P1LA 5KR8A 3EM4A 5P4YA 3T3CA 5P3SA 2R8NA 5P1UA 1Z1HA 3ZKGA 5JFUA 3PRSA 1AVFA 3INFA 5P3OA 4I0FA 2I4XA 2PK6A 3LZYA 5OYYA 5P6KA 5P8RA 3KDCA 3VYEA 5P75A 4H3GA 1GVUA 3MSLA 4ZSQA 1T7KA 1MT8A 5HCTA 5BRYA 2PH8A 2QNNA 2QK5A 4HA5A 2I4WA 3PJ6A 3R4BA 4EXGA 2FXEA 4YD4A 3VF5A 1SDTA 2OHPA 3S7MA 3INDA 2G1OA 5P2HA 1G6LA 5KOSA 3I8WA 4Y4TA 4FCOA 3N3IA 3SABA 4NJSA 5P6NA 4B1DA 4QJ8A 4K4RA 5P1IA 1ME6A 5P3NA 2XFIA 4HZTA 5P3DA 1LYBB 4H3IA 4FE6A 5OZHA 3OU4B 4Y3DA 2WF2A 2RKGA 5P0BA 2R5QA 2P3BB 4ZSRA 1HIIA 4I8WA 3KN0A 2JYSA 3NDXA 5P8IA 5P4DA 3SA8A 3LIYA 4YDFA 1EPQE 1W5WA 4EQ0A 3UDQA 1AXAA 4J1EA 5I70A 2VKMA 5P7HA 4CPTA 5KQXA 2JXRA 3LZVA 3UDPA 1GKTA 1VIJA 4J0PA 4Z22A 5P6JA 4EP3A 1LF2A 2HIZA 4Y4WA 5AHBA 3HVGA 4GJDA 4J1FA 3GI0A 4APEA 1MRWA 3LITA 4Y4XA 5P1WA 4Y53A 1IIQA 1BILA 3QPJA 2R38A 4J0VA 5CONA 3NUOA 1C6ZA 5IE1A 3ZKXA 4LP9A 4I10A 5P5SA 4RCDA 4FRIA 4KUPA 3LIQA 5P5IA 2QZXA 4I0HA 4DFGA 3PWMA 3SA6A 1EPOE 2O4PA 3OU1A 1BVGA 5P74A 1QBSA 3OUAA 4HVPA 5P1HA 1D4HA 5HE4A 2HPEA 4NKKA 1K6CA 2FNTA 3QRMA 5P2LA 3SPKA 3MXEA 3OUCA 4ZPEA 2IEOA 5P37A 3L5EA 3KT2A 1RPIA 5OZQA 2CEJA 3L58A 1CMSA 4TVHA 3BGBA 3HZCA 3EL1A 4Q1NA 3QI1A 1ZTZA 5P7JA 1ZSFA 1IDBA 1ZPAA 3IXOA 5P27A 4B72A 2V10C 4Y56A 2WECA 3WZ8A 2NR6A 5P6CA 1B5FB 4OC6B 2XYEA 5P77A 5P72A 4Y3NA 5P3EA 4RCFA 2B7FA 5P09A 5P5NA 5HCOA 5P4HA 5OYQA 2OHUA 5IVTA 4GMIA 3R0WA 1PPLE 5P7XA 4EJLA 1BDRA 5DQ2A 5P49A 5HDXA 2IL2A 2PC0A 4Y3JA 2VNMA 3UFNA 4YBIA 1ENTE 1B6LA 1SBGA 3IAWA 2O4SA 2ZJNA 4Y5BA 4YOBA 4TVGA 1ZP8A 3EL4A 4DJOA 5P4IA 2AVVA 3DCKA 4J54A 5DR8A 5P7OA 1LYBA 3GGAA 1HVJA 1HPVA 2Q11A 3GI6A 3OU4A 5P76A 4J0TA 5B18A 1TCXA 5P08A 2P3BA 2P3DA 1MESA 3C9XA 1ZAPA 3CYXA 4MC1A 4HDPA 3A2OA 1MRXA 4DQGA 3S2OA 5P0EA 1MVPA 1YTJA 5P84A 1ZLFA 2QZKA 1XE5A 1XL5A 2A1EA 2Q64A 2FXDA 3URLA 3HD8A 5P4ZA 3JVWA 3WZ7A 5P11A 5HU1A 4Y5CA 2ZJIA 3EKQA 2HS2A 1OEXA 5P38A 5P5RA 2VNNA 2R3TA 4YD7A 4Y4GA 1FMXA 2ANLA 5P10A 1TSUA 2FMBA 3ER5E 4OBDA 4J0ZA 3UTLA 4LC7A 2AOJA 1AZ5A 5OZPA 5HE5A 2F81A 7UPJA 5P3TA 1RV7A 2NNKA 2VJ6A 2PSGA 5P8PA 5P4KA 4D88A 4YCYA 5P0YA 5BS4A 3SQFA 2FGVA 1G2KA 4TRWA 3O9FA 1SP5A 3ST5A 4YD5A 5P6UA 3VCMA 1D4JA 1CZIE 2G24A 4OBZB 1W5YA 1NPAA 5OZSA 5P1CA 1EPRE 4FL8A 1YT9A 1EC2A 5P2EA 5P2QA 5P22A 3VF7A 4BELA 2ZJJA 3ZOVA 1KJ7A 4XKXA 3FNSA 4Y5NA 5E5KA 3OY4A 3O9CA 2AOCA 5OZTA 4RRNA 5I3VA 2QHYA 4RCEA 1APUE 3G72A 3OGPA 4GJBA 4L1AA 4UPJA 4XX3A 5P7ZA 1E80E 3UDMA 1FQ5A 4AA8A 2HC0A 5P3CA 1XN2A 5P7DA 5P0VA 1PSOE 4L7JA 3VEUA 3QP0A 3EKXA 4ACUA 4BEKA 5P1QA 1NPWA 4RVJA 5P5DA 2CENA 1ZBGA 2F3EA 4J5JA 4OBFA 4FLGA 2B42A 3HVPA 5P23A 2NXMA 3EM3A 5P73A 3BUGA 5KR1A 2ER0E 2SAMA 2V00A 2HB4A 3QIHA 5T4SA 1HPXA 5P2JA 3I2LA 2B8LA 3QVCA 5P6XA 1APWE 3EL0A 4MC6A 5P5BA 3D1ZA 4NJVA 1LEEA 1B6PA 2O4KA 4H1EA 3R1GB 2R43A 4F74A 3T6IA 4JECA 3K5FA 3INHA 1DMPA 1N49A 2AZCA 2G1NA 3KFRA 1QBTA 2ZDZA 5P32A 5HVPA 2V11C 2I4VA 3ZPSA 1LF4A 5P2XA 5P8UA 2WEBA 5OZ7A 5P8CA 5AHCA 5P28A 1FQ8A 4M8XA 3G6ZA 1AJVA 2V0ZC 3U6AA 4I11A 4Y5EA 5P3LA 3D3TA 3EXOA 3SO9A 3BXRA 1EBKC 5P3XA 5P1TA 4Y9WA 4Y3RA 5P0FA 3CIDA 4EJKA 5P0UA 1PROA 2V16C 4CPXA 3TPLA 1B6MA 4B78A 5P25A 5P4XA 2AQUA 5P2SA 5P33A 1D4SA 2UPJA 5P16A 2QI0A 4DJXA 3QBFA 4K9HA 3L59A 4QJ6A 5P0GA 4CPWA 4S1GA 4CKUA 3D1XA 3JW2A 2G69A 3IN3A 4DJWA 1MUIA 4J1KA 3PMYA 5P39A 2B8VA 1HXBA 5P2AA 4B1CA 4MC2A 3NWXA 2XYFA 2FLEA 3IVIA 5P7TA 2WF0A 1W51A 1MEUA 5HDUA 1HEFE 3L5DA 5P14A 1EC1A 2I0DA 4KE0A 1FQXA 4Y3EA 5P44A 5OYSA 5P6GA 5P0KA 1HPOA 4I8ZA 1HIVA 5P48A 5DQCA 2HM1A 4Y36A 5P7IA 1KJGA 3VV7A 1IDAA 3KMXA 5P5WA 1UH9A 4FAEA 1XDHA 4NPTA 2G1YA 3QVIA 4FM7A 1PFZA 4Y54A 4I1CA 5J25A 4HDBA 4IVTA 3KFNA 1NH0A 1FG8C 3APPA 5CLMA 5P64A 5AHAA 5P0TA 1HTGA 5P2IA 3Q3TA 4FSEA 3LNKA 5P4FA 2OHQA 2JJIA 1SGZA 4Y4EA 3MWSA 2I0AA 1LS5A 4GZFA 5P18A 2I4QA 4GYEA 1Z1RA 3TPJA 3DM6A 1BWAA 1KJHA 4Y3TA 4FGXA 4A6CA 4DH6A 3ZLQA 2BPVA 2QMDA 3T7QA 3KA2A 1YTIA 3UQWA 3BVAA 5P5AA 5P4RA 3UDRA 5P7KA 5KQYA 5P8VA 3GGXA 2AOEA 4ER2E 3PWRA 3DV1A 3VUCA 3S54A 5OYRA 5P5GA 2B60A 5OZWA 2QI7A 5P3FA 1BXOA 1EBZA 4Y3QA 1MIQA 5OZKA 1YTGA 5AH8A 3HLOA 1GNNA 1ER8E 3ER3E 1EC3A 3VG1A 1HSGA 5OYTA 4YOAA 2FNSA 4OD9B 4J17A 4J1IA 3DUYA 4DQCA 3D20A 4I0JA 4Q1YA 5P69A 4Y5MA 6UPJA 1EEDP 2OAHA 3LIXA 3VYDA 5SXNA 2QNQA 2XFJA 4LXAA 4QJ2A 2J9JB 3PM4A 2A4FA 1A94A 1FMUA 5P81A 3UDNA 4ZLSA 2ASIA 1HSHA 4WY6A 2AOHA 4DJQA 4U8WA 3LIVA 1BAIA 1K1UA 1YX9A 2H6TA 4QJ7A 5P2DA 5COPA 5DR7A 1W6HA 4N00A 4RYCA 5P4NA 2I1AA 4Y5AA 3O9IA 5DQ5A 3ZKNA 1TCWA 5P4CA 5P6OA 3NU5A 4Y3WA 1K6TA 2HB3A 5P58A 2QCIA 5ENKA 2RENA 5P2CA 1T7JA 5P1KA 5P4JA 4BFBA 7HVPA 5P55A 3TOGA 5OZ3A 5P46A 3GW5A 5P06A 4Q5MA 2HB2A 3AUPA 2CEMA 1YG9A 5P4BA 1DW6C 3UF3A 2G94A 4DQBA 3VF3A 5P5QA 3KFSA 1MSMA 2OHNA 3UPJA 2R3WA 1SIVA 3UHLA 5P8JA 4U7VA 5P89A 1WBKA 4APRE 5P42A 5TOLA 1Z8CA 5KAOA 4Y3SA 5P17A 4I0DA 5KR2A 3OK9A 3FX5A 5IVQA 1UH8A 5JODA 1FB7A 4EQJA 3L5FA 5P1MA 5I3XA 4I0GA 3U7SA 5OZOA 5UPJA 4RVXA 5P2UA 1DIFA 5P3BA 3ZPTA 4CPRA 5DR4A 3PSYA 2OHRA 1AIDA 2FDDA 1PSAA 4FS4A 3OHFA 4AMTA 1UPJA 2WJOA 3BRAA 5P01A 4Y4AA 4Y58A 4D83A 2QI1A 5DR1A 2RMPA 2RSPA 4Y5PA 4Y4ZA 2AOIA 3K4VC 5P3UA 3K5GA 3PSGA 1BV9A 5PEPA 3IA9A 1PSNA 1SDUA 3ZKIA 1FLHA 2BBBA 5P1SA 1ODYA 3HBOA 5P1OA 4F76A 3BXSA 2QU3A 2FDPA 5OZ9A 3O9HA 5SZ9A 3PCWA 2NNPA 3EL9A 3L5CA 3OXWA 5P35A 2R9BA 4PZWA 3OQDA 3SLZA 3Q70A 4OD9A 5P5TA 2FS4A 5P5JA 3L3AA 4L1AB 4QGIA 5P3MA 3L5BA 5P50A 2BPWA 1HTRB 4U7QA 5P53A 5P2KA 2VIZA 3PCZA 4YCKA 2J9JA 2WKZA 3S53A 3WB5A 3WZ6A 5P3QA 3NYGA 3F9QA 5P1BA 1MSNA 5P82A 3EBZA 3MSJA 3IN4A 5OZLA 1HBVA 3GGUA 4FRJA 4R8YA 2PH6A 5P8DA 5OZBA 3EC0A 5P6IA 5P3YA 1HTEA 4WY1A 3OTSA 5P3RA 3NDTA 1IVPA 2BPZA 3Q5HA 2I4UA 3SFCA 4JOOA 3GGVA 4K4PA 3B80A 5P7NA 1G0VA 2QHCA 2BKTA 4DJPA 5P02A 5P8FA 2AZ8A 1E81E 3VYFA 3KM4A 4H3JA 1K1TA 2IDWA 3BVBA 4Y4DA 5P1AA 2ZJKA 1ZJ7A 5ER1E 5IVSA 5P41A 3UDJA 1HRNA 3O9GA 5JG1A 2XFKA 3PBZA 3Q4BA 4I0EA 5P1PA 4Y48A 4DJYA 3TKGA 2NTRA 1FQ6A 5P5PA 3TH9A 4Y50A 5HTZA 2IRZA 2OHMA 5P1RA 4GJ9A 5P6QA 3OQAA 2V12C 2G27A 3IGBA 3PI5A 4YCTA 5P0HA 3ZMGA 3R2FA 9HVPA 4YHQA 1MERA 5P3WA 1HVCA 3NU6A 3SA3A 4A6BA 1IZEA 2QNPA 5P7VA 3FKTA 2P83A 1HWRA 2WEAA 5P4UA 4FIVA 3BHEA 1EPLE 3SKGA 5COOA 1U8GA 5OZNA 1RL8A 5OZCA 1B6JA 4X7IA 2AOFA 2QD7A 5P8HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RLD A;  4GJA A;  5FIV A;  5P63 A;  1ZSR A;  5KQF A;  3QN8 A;  4X2L A;  3IXK A;  3K5C A;  5IVR A;  2ZHV A;  1M4H A;  2VIJ A;  3TOF A;  2ZJL A;  5P2N A;  4RRO A;  5P1Y A;  2P4J A;  2ZHT A;  2AZ9 A;  3GI4 A;  2QU2 A;  2QP8 A;  2HS1 A;  5P3K A;  1J71 A;  1FG6 C;  3VLB A;  5P5O A;  1FFI C;  2WF3 A;  4Y41 A;  2PWR A;  4KB9 A;  4YD6 A;  2QZW A;  2APR A;  3TPP A;  3UFL A;  2AVO A;  1XE6 A;  2QD8 A;  5OYV A;  3PWW A;  4B77 A;  2OHL A;  4R91 A;  5AGZ A;  5HE7 A;  5P47 A;  1QRP E;  4YD3 A;  5P0I A;  5P7L A;  1YM2 A;  1XL2 A;  4NPU A;  5P6Z A;  3APR E;  3KMY A;  1JLD A;  1LF3 A;  2VA6 A;  5P5K A;  4OBZ A;  4NJT A;  4QLH A;  2QI3 A;  1HVL A;  1IZD A;  4TRZ A;  1D4I A;  5P7P A;  5P56 A;  1EPN E;  4LL3 A;  3QBH A;  5DPZ A;  3K5D A;  3QRS A;  4Y4J A;  2O4L A;  5P2V A;  3O9L B;  2QAK A;  3H5B A;  5P5U A;  4EP2 A;  5P4V A;  4FAF A;  4Y5K A;  5OZM A;  5KQZ A;  3S43 B;  5HDZ A;  1SH9 A;  3K1W A;  5P12 A;  4HLA A;  3DCR A;  5AH9 A;  4QJ9 A;  5P31 A;  3NUJ A;  1MTR A;  4Y37 A;  4J1C A;  6FIV A;  3CKT A;  3ZKM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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