3EXOA

Crystal structure of bace1 bound to inhibitor
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
389
structure length
373
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Identification of a small molecule beta-secretase inhibitor that binds without catalytic aspartate engagement.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 96
structure length 373
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3exoA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3exoA02
1EPME 5P3BA 5APRE 3RU1A 4EJKA 2PH8A 2UXZA 3G72A 5P1WA 4ZSQA 4Y4BA 4JP9A 5OZLA 3FKTA 2BPZA 2Q55A 3NDXA 2Q3KA 5P0UA 4BELA 4F74A 2NPHA 5P0YA 5P52A 5P62A 3UQPA 2PK6A 1SGZA 3GI5A 5E5JA 1M4HA 3NUOA 3SKFA 5P5FA 5AH7A 4J1FA 4Y3TA 2OHTA 4GB2A 5KQZA 4K4RA 5P69A 5P1QA 4NJUA 5TOLA 4NKKA 2UY0A 4AA8A 3D91A 5DQ1A 3DUYA 3IXKA 3LZSA 4J1EA 1AXAA 5P6JA 3O9EA 4NPTA 4XKXA 5P2JA 5P2IA 4R93A 5P7TA 5E5KA 5P8UA 5OZDA 2QNNA 5BS4A 4Y38A 4B1EA 4QLHA 1EPOE 2WEAA 3QI1A 1FMBA 2QHCA 3GW5A 5KR8A 2XFKA 2VNNA 5P3IA 2SAMA 4Y5LA 1YX9A 2IL2A 3VF7A 1E80E 2QP8A 1MT9A 4NPUA 1F7AA 5OZ3A 3PGIA 1RPIA 1K6TA 2O4SA 3VYDA 2P3AA 1OD1A 5P8GA 2G27A 4HA5A 3TL9A 2B8VA 4Q1YA 5P8SA 4Y4WA 2Q11A 4YOAA 4LXMA 1MIQA 2FXDA 1VIKA 2NXDA 2WF3A 3KM4A 5P7RA 3BXSA 1D4KA 1APVE 1ZAPA 5P38A 1B6JA 4I0ZA 3UQXA 3PJ6A 1T7KA 5P0WA 3MSJA 4M8YA 5P4FA 5P6UA 3SM2A 3HZCA 1KZKA 4EQ0A 3DOXA 4YD6A 5P7FA 5P58A 3S53A 5P26A 1TCWA 5HTZA 1YTIA 4PHVA 1KJHA 3OUCA 4FRKA 1MTRA 4ZE6A 2HIZA 4I12A 3UQWA 3BVAA 5P5IA 3OQKA 3EM4A 2ER7E 1FQ7A 2IGYA 4J17A 1HEFE 5P6MA 5P02A 5P8DA 4OBKA 3MXEA 3NU5A 1PFZA 5KOSA 2BQVA 3JVWA 3EL9A 3RVIA 5AHAA 1HOSA 1RQ9A 4KE0A 1ZP8A 1FB7A 1Z8CA 5I3XA 4ZEAA 1EC2A 5P4UA 2FLEA 2VIYA 1EPRE 5P2AA 5P8HA 2OHMA 3LIXA 3ZKNA 2H6TA 4NJVA 1T3RA 5P11A 2QZXA 2RKGA 3OQDA 5P2HA 3EM3A 5DQ4A 5DR1A 5HCOA 5P4VA 4DPFA 5HE4A 2VNMA 3UPJA 1FQ8A 4Y4TA 5AH8A 3K1WA 4DFGA 1XL5A 5HD0A 2QZKA 1PSNA 4GJ9A 4APRE 4X7IA 5P66A 1QBSA 3K5CA 3VCMA 3O9HA 4YCKA 2VKMA 3S56A 5DR3A 1LYWA 4PZWA 1IDBA 5P4WA 5P28A 3BGCA 4EJ8A 3OGPA 3T7PA 1SMEA 4OBDA 5P3GA 3PMYA 3EL1A 5P0LA 5P0SA 5IE1A 1IDAA 5OZRA 3OAGA 3VG1A 5P37A 1LYAA 2BB9A 4HDFA 2I0DA 3WZ6A 5P51A 4H3IA 3NXNA 2QU3A 5HE5A 5P15A 1FQ6A 2NXLA 3PVKA 4K4QA 4CPUA 2G1YA 1HIIA 1MRXA 3NYGA 2RKFA 4PYVA 5OYXA 5P59A 4QJ6A 4FRSA 2AVVA 3APRE 2AOGA 3EL5A 1DPJA 3O9DA 4ER2E 1HBVA 1B6KA 4Y3MA 1HPOA 1APUE 3HAWA 1E81E 3PBZA 2O4LA 3EKTA 4FM8A 1TCXA 2WHHA 5P0JA 5T4SA 3SFCA 4QJAA 1EBYA 3T7QA 1AIDA 5P6XA 4Z4XA 1GNNA 1ODXA 2O4NA 2F3FA 2PSVA 2AVOA 3HVPA 3LPJA 5P0IA 1G35A 2AVMA 4I1CA 3NXEA 1UH7A 4EXGA 4QGIA 3BUHA 5DGUA 5P0GA 2ZHUA 1ZPKA 2JYSA 1FF0C 2BBBA 4OBZA 5P6EA 5DPZA 2RSPA 5SY3A 4Y4DA 2NNPA 4LP9A 3MSLA 4Y5GA 2QMFA 2VA5A 3PSGA 5P1TA 5P6LA 1EBZA 3OQFA 3VF3A 1T6GA 4YDFA 5P49A 1MERA 3FSMA 4Y3EA 3HBOA 2QNQA 1FMXA 4I0DA 4MC1A 3KMYA 5COKA 5B18A 2Q5KA 2PYNA 2XYEA 3KFNA 3L59A 5P3MA 3GGXA 4S1GA 5P4OA 1FFIC 3UDRA 2FGUA 3I7EA 2NR6A 2I4DA 2Z54A 5P77A 5OZOA 2AOCA 3LINA 4DVFA 1WBKA 3SPKA 1MESA 3C9XA 1EAGA 4RYGA 3UFLA 5P2VA 6APRE 5P83A 4DJQA 3GGUA 3ZPTA 4L1AA 2P3BB 5P60A 4ER1E 5P4TA 3OOTA 5P1KA 2QK5A 5P8EA 2ZJHA 4Y36A 5P1CA 5P3UA 3AUPA 3K4VA 5P2EA 5P5JA 3DCRA 3EL4A 3KDDA 4D8CA 5P1UA 4DJXA 3G70A 1PPKE 5P0HA 5SZ9A 4Z50A 5AHCA 4Y3PA 5P2KA 5P7KA 2V0ZC 2B42A 4CMSA 4RCFA 4NJSA 3VV7A 2P83A 3QBFA 5AHBA 2NTRA 4CPRA 1HIHA 5P16A 5P09A 5P25A 5P6NA 2J9KA 5P7NA 5P2RA 2FIVA 2VA7A 4I8ZA 3K5FA 3UFNA 1IZEA 2PWRA 5P2FA 5P7UA 1GNOA 1KJ7A 5P5OA 5UPJA 2R5QA 3RTNA 2V13A 2G1RA 4HEGA 5P7EA 1HSIA 4H3FA 4RZ1A 4Z22A 3FNTA 5P3DA 4Y4XA 1LF3A 4Y39A 5P61A 4B05A 3VV6A 2AVSA 3O99A 4YD4A 3GI0A 4E43A 1KJ4A 2IGXA 4ZPEA 4A4QA 5P82A 5P89A 3OU3A 5P6PA 3Q5HA 5P6FA 1W51A 3EKPA 2VIJA 3ZKQA 6UPJA 2QMDA 3PWMA 5OZIA 5P0VA 5BWYA 3FNSA 3SA4A 5P7GA 5P87A 4Q1NA 3R2FA 4LBTA 4L7JA 3PCZA 4X2LA 2VIEA 3EKQA 2AOJA 4B0QA 4I0JA 3ZOVA 2ZDZA 3NU3A 3T3CA 2QI1A 1Z1RA 3N4LA 5I70A 5P06A 1HHPA 2IEOA 1B11A 5P7SA 5P78A 4Y5MA 3EM6A 3TPPA 5P4GA 2R8NA 3FIVA 3UDPA 3HW1A 3QP0A 3BVBA 5OZ9A 3PWWA 3SKGA 5P03A 4CKUA 2VIZA 4EJDA 3OK9A 5P2NA 2AVQA 2PK5A 1OEWA 2NXMA 4Y56A 5P3RA 3L5CA 3CICA 3OGQA 3INDA 3INHA 3WB5A 2BKSA 1FQ5A 5F00A 5AH9A 4COEA 5P40A 4AA9A 3OWNA 1DMPA 5P79A 3SABA 4TRYA 5P41A 1LEEA 1UH8A 2G1OA 5P8FA 3O9LA 5P1VA 4Y5KA 5IVQA 2HB3A 3UDYA 1QBRA 4Y4UA 4I0GA 2V16C 1YTJA 2FGVA 1F34A 4EQJA 1HVJA 3HAUA 4Y3QA 2NNKA 4Y3YA 5P8IA 5P5GA 2BPYA 5ISKA 3KF0A 2G1NA 4K9HA 5P5KA 5P4NA 3MWSA 1DW6C 3UHLA 1D4JA 1EPQE 5P8VA 2APRA 5OYTA 1MEUA 2WF0A 1RNEA 4LXAA 2AOFA 4H3JA 5P3AA 3S7MA 2PWCA 3UQRA 2RMPA 2FMBA 4D85A 1EPNE 3QROA 4K4PA 1ZJ7A 3VYFA 5KR1A 1CZIE 3CMSA 1ZTZA 1A8GA 4U7VA 5P5VA 3D1YA 1XN2A 4DH6A 4RVIA 3ZKIA 4FRJA 5P7BA 4CPQA 3LHGA 4I10A 5P8AA 3S8IA 1QBUA 1EC0A 1K6PA 5P45A 3N3IA 3ZKXA 5P2DA 3IVIA 4Y3XA 5PEPA 3G6ZA 3OHFA 3LPKA 2O4KA 4QJ7A 3DJKA 3EMYA 2HAHA 5P2YA 1CPIA 1LV1A 3PLLA 5P10A 4OC6A 4RLDA 4XXSA 4WY1A 4ZSRA 4FE6A 4F75A 2I4WA 5P7XA 5DR7A 4HZTA 1HPSA 3PSUA 2BPWA 2QNPA 4RGHA 3SACA 3S85A 3UDKA 4I0HA 2B8LA 5P2UA 4RROA 5KQYA 2BPVA 4EHCA 5P1PA 3EC0A 5P4KA 4Y3HA 5P70A 3RSXA 4Y4EA 4CPWA 4GJCA 5P8JA 5P4MA 4Y35A 4YD7A 2BJUA 5P1IA 5P5BA 2VJ7A 4I0IA 1LYWB 5P1MA 5P0QA 2QI6A 1LYBA 3TNEA 2HS1A 3L3AA 4YE3A 4JPEA 3GGVA 3TPJA 2IRZA 3OAGB 1MT8A 4KUPA 1LYAB 1T7IA 2WF4A 5OZ5A 5OZ4A 1FGCC 1EBKC 3NUJA 3A2OA 1IBQA 4D89A 5P65A 4DI2A 4Y37A 3OTYA 5P5CA 3OXVA 5P30A 5P3HA 3I2LA 3NU9A 5P67A 5OYYA 3UDJA 4FM6A 3CKPA 4FRIA 5P2SA 3K5GA 1BAIA 3SLZA 3LIQA 4OBJA 2AZBA 2G26A 3BUGA 5P7CA 3EBZA 3PBDA 2VA6A 4B70A 2V00A 1HTRB 3H5BA 5P4QA 4J55A 5JFPA 1APWE 5OYVA 4KE1A 2PH6A 3NWQA 3PI5A 3IXJA 1RV7A 1BXQA 2P3CA 1W5YA 2PQZA 4H3GA 3NU6A 4FGXA 5P75A 3VLAA 2JJIA 3QVIA 2QMPA 3KFRA 1WBMA 1G0VA 4OBZB 2XFJA 3WB4A 3JW2A 1YM4A 3PHVA 1QBTA 1SMRA 1KJFA 5OZGA 5HCTA 5P7PA 5P0FA 5P6RA 4B78A 1B6LA 3Q70A 4Y54A 5HE7A 1W6IA 5P5EA 4YOBA 2QI3A 3CYWA 4D88A 5OZHA 5P8TA 2F3KA 2FNTA 4B72A 5P6GA 1MTBA 3Q6YA 4FL8A 5P2LA 2PSGA 2QI7A 2WF2A 4Y58A 5P4XA 5P7QA 4AMTA 1YTGA 2IQGA 5P34A 5ISJA 5P5UA 1HVIA 4EP3A 2QD6A 5P3SA 5P7ZA 3OQAA 4YD3A 5P1FA 4J0TA 4Y3RA 3EXOA 1APTE 1HIVA 4B77A 3CIBA 9HVPA 3QN8A 1MUIA 5OYQA 5P0NA 2V12C 4L1AB 5CLMA 5OZJA 5P1NA 1FFFC 3ZL7A 5OZNA 3BXRA 5DR0A 2HB4A 1HSHA 3OOZA 5P3NA 2ZJNA 5P6OA 3TH9A 3LIZA 4CPXA 2R38A 5IVTA 3LNKA 4RYCA 4ZSMA 5I3YA 5HU1A 5HDVA 3SM1A 2ZGAA 1HXBA 5P8KA 1LZQA 2RENA 5P3YA 1ME6A 4HDBA 2ZJKA 3DCKA 5P81A 3PCWA 3R0YA 3L38A 2G69A 5JODA 2ZJMA 1GVTA 4YHQA 1Q9PA 4Y5PA 5IS4A 5HU0A 3INFA 4FS4A 5P24A 5P55A 5P5XA 2ER6E 2AIDA 4J1CA 5P4SA 2MIPA 5P07A 5P1DA 3S45A 3LIYA 4Y48A 3L5EA 4ER4E 5P7OA 1BV9A 1HXWA 3U6AA 3S43A 3NWXA 3FNUA 3R4BA 5OYZA 2AODA 1AM5A 1M0BA 3U7SA 5P71A 5DQ5A 5P4IA 1LF4A 2FDEA 3CIDA 4Y5EA 2V10C 5P5DA 4TVHA 3DV5A 3GI6A 3NU4A 5P8NA 4Y3FA 4YBFA 4RCDA 5AGZA 5OZBA 5ENMA 4WY6A 5P00A 3UCBA 5P1AA 5P0MA 2JXRA 1FQ4A 4I0EA 4DQBA 4A6CA 4FAFA 3QRMA 1QRPE 3JVYA 1OHRA 4OBFA 5P8LA 1B5FA 5OZTA 1KJGA 2OHKA 2V11C 5P3XA 5SY2A 4J5JA 3AIDA 3APPA 2AZCA 4I8WA 1AVFA 1GVVA 3SA3A 5OZ7A 5KQXA 3O9AA 4APEA 3EKWA 4FLGA 3LPIA 5P8BA 1PROA 1SBGA 2HS2A 1M43A 3ZKGA 3PI0A 1C6XA 5P13A 3QAAA 2WEZA 4DJPA 3CKRA 2FDPA 5P8CA 3D1ZA 4GJBA 5DQCA 5BRYA 4Y45A 1QS8A 4YA8A 5P33A 4U7QA 3HDKA 1A94A 3OXWA 3TLHA 4FM7A 4I11A 3L58A 2OHSA 2Q15A 5P4BA 5IVRA 3ZPUA 3I8WA 6FIVA 3NDTA 3VFBA 4GJAA 3OUBA 5P7WA 3PLDA 3UDNA 4Y5AA 1HSGA 5P35A 3O9LB 3URIA 5DR4A 5P3QA 2FDDA 1A30A 5KQFA 4Q1XA 4DQEA 1EEDP 3TOHA 1BV7A 1MSMA 3PEPA 3RTHA 2QI4A 1FG6C 1BXOA 4L6BA 2ASIA 3I25A 4J1KA 1DIFA 1GNMA 3ST5A 1FEJC 4KB9A 3ECGA 4JPCA 5P84A 4HVPA 4Y5CA 5P74A 1HEGE 1EC1A 3BRAA 5P1EA 2QMGA 5ER2E 4Y53A 3ZKSA 3PB5A 3UF3A 4RRSA 5P7LA 2R43A 5P8QA 3BGBA 3QRVA 4Z2ZA 3URLA 5IVSA 1SIPA 5P2OA 5P1RA 3TOFA 5P5AA 2F3EA 3OUDA 4EPJA 3SO9A 1DP5A 5OZKA 1VIJA 1BIMA 4XX3A 3INEA 5P20A 3OU1A 1EPPE 3KFSA 4LC7A 4GMIA 1AJVA 1HVKA 5P4PA 4GJ8A 4CP7A 4YBIA 5OZ8A 1GKTA 1FIVA 2J9JA 4DPIA 2A1EA 5P8RA 1ZBGA 2OF0A 2ZHRA 2QI0A 5P8OA 2I4VA 3IXOA 1YT9A 1A9MA 4OC6B 8HVPA 5P6VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EPM E;  5P3B A;  5APR E;  3RU1 A;  4EJK A;  2PH8 A;  2UXZ A;  3G72 A;  5P1W A;  4ZSQ A;  4Y4B A;  4JP9 A;  5OZL A;  3FKT A;  2BPZ A;  2Q55 A;  3NDX A;  2Q3K A;  5P0U A;  4BEL A;  4F74 A;  2NPH A;  5P0Y A;  5P52 A;  5P62 A;  3UQP A;  2PK6 A;  1SGZ A;  3GI5 A;  5E5J A;  1M4H A;  3NUO A;  3SKF A;  5P5F A;  5AH7 A;  4J1F A;  4Y3T A;  2OHT A;  4GB2 A;  5KQZ A;  4K4R A;  5P69 A;  5P1Q A;  4NJU A;  5TOL A;  4NKK A;  2UY0 A;  4AA8 A;  3D91 A;  5DQ1 A;  3DUY A;  3IXK A;  3LZS A;  4J1E A;  1AXA A;  5P6J A;  3O9E A;  4NPT A;  4XKX A;  5P2J A;  5P2I A;  4R93 A;  5P7T A;  5E5K A;  5P8U A;  5OZD A;  2QNN A;  5BS4 A;  4Y38 A;  4B1E A;  4QLH A;  1EPO E;  2WEA A;  3QI1 A;  1FMB A;  2QHC A;  3GW5 A;  5KR8 A;  2XFK A;  2VNN A;  5P3I A;  2SAM A;  4Y5L A;  1YX9 A;  2IL2 A;  3VF7 A;  1E80 E;  2QP8 A;  1MT9 A;  4NPU A;  1F7A A;  5OZ3 A;  3PGI A;  1RPI A;  1K6T A;  2O4S A;  3VYD A;  2P3A A;  1OD1 A;  5P8G A;  2G27 A;  4HA5 A;  3TL9 A;  2B8V A;  4Q1Y A;  5P8S A;  4Y4W A;  2Q11 A;  4YOA A;  4LXM A;  1MIQ A;  2FXD A;  1VIK A;  2NXD A;  2WF3 A;  3KM4 A;  5P7R A;  3BXS A;  1D4K A;  1APV E;  1ZAP A;  5P38 A;  1B6J A;  4I0Z A;  3UQX A;  3PJ6 A;  1T7K A;  5P0W A;  3MSJ A;  4M8Y A;  5P4F A;  5P6U A;  3SM2 A;  3HZC A;  1KZK A;  4EQ0 A;  3DOX A;  4YD6 A;  5P7F A;  5P58 A;  3S53 A;  5P26 A;  1TCW A;  5HTZ A;  1YTI A;  4PHV A;  1KJH A;  3OUC A;  4FRK A;  1MTR A;  4ZE6 A;  2HIZ A;  4I12 A;  3UQW A;  3BVA A;  5P5I A;  3OQK A;  3EM4 A;  2ER7 E;  1FQ7 A;  2IGY A;  4J17 A;  1HEF E;  5P6M A;  5P02 A;  5P8D A;  4OBK A;  3MXE A;  3NU5 A;  1PFZ A;  5KOS A;  2BQV A;  3JVW A;  3EL9 A;  3RVI A;  5AHA A;  1HOS A;  1RQ9 A;  4KE0 A;  1ZP8 A;  1FB7 A;  1Z8C A;  5I3X A;  4ZEA A;  1EC2 A;  5P4U A;  2FLE A;  2VIY A;  1EPR E;  5P2A A;  5P8H A;  2OHM A;  3LIX A;  3ZKN A;  2H6T A;  4NJV A;  1T3R A;  5P11 A;  2QZX A;  2RKG A;  3OQD A;  5P2H A;  3EM3 A;  5DQ4 A;  5DR1 A;  5HCO A;  5P4V A;  4DPF A;  5HE4 A;  2VNM A;  3UPJ A;  1FQ8 A;  4Y4T A;  5AH8 A;  3K1W A;  4DFG A;  1XL5 A;  5HD0 A;  2QZK A;  1PSN A;  4GJ9 A;  4APR E;  4X7I A;  5P66 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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