3FIVA

Crystal structure of feline immunodeficiency virus protease complexed with a substrate
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
111
structure length
110
Chain Sequence
TTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLNTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGVGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQIFGNVCVLEDNSLIQPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of the inactive D30N mutant of feline immunodeficiency virus protease complexed with a substrate and an inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Feline immunodeficiency virus
molecule keywords FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEASE
total genus 27
structure length 110
sequence length 111
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3fivA00
5P6OA 2OHRA 2NXLA 2P3BB 2J9KA 4GJ6A 3QI1A 4Y3NA 2Q64A 1HVSA 1EC2A 5P6VA 3N3IA 5HE4A 4RRNA 3DUYA 2BQVA 2G1YA 3GI5A 5P56A 4Y39A 7HVPA 3RSXA 5P2FA 5P4GA 4Y3DA 4Y3EA 1AVFA 5OZJA 2A4FA 5P5MA 4CP7A 4Y5AA 3BGBA 3EKXA 3R0WA 3PI0A 3QRVA 5E5KA 5P5WA 5P7WA 2F3KA 5EZZA 1J71A 4DQCA 3K5CA 4JECA 1HWRA 5P0CA 1XE5A 4LXMA 2FMBA 5P6SA 4Y4UA 4OC6B 2QU3A 4Y3WA 2R5QA 2PWCA 3LIQA 3HAUA 5P82A 5P6TA 5FIVA 5P0ZA 2QMGA 4S1GA 1TSQA 4Z50A 3OGQA 1M4HA 3A2OA 5OZPA 1SGZA 5P7PA 3TLHA 3KFRA 1RPIA 1MUIA 5P22A 5P0OA 3NUJA 2F8GA 1HIIA 5KR1A 1GNNA 1LF4A 2J9JB 3VCMA 2QI5A 5APRE 2A1EA 2ER7E 3SA9A 3UPJA 4CPWA 1AJVA 5P4KA 5P55A 4RVXA 3T6IA 9HVPA 5P3TA 1EPQE 1XN3A 2AVMA 2VA5A 4ZSPA 2QP8A 3G70A 3Q4BA 3UDHA 4TVHA 3VG1A 5P6PA 3VYFA 5P3SA 5OYYA 1YX9A 4EQJA 3KA2A 1A30A 5P83A 5P38A 3SA8A 2HPEA 3EM6A 3PJ6A 4EQ0A 4YOBA 2R8NA 3EL9A 5AH6A 1MPPA 5P2BA 4K8SA 3FX5A 1BBSA 1HVIA 5P3XA 1FQ7A 1SIPA 3D1YA 4XXSA 5P5LA 2QHZA 2MIPA 4CPQA 2AZ9A 1HPOA 4Y38A 4Y48A 5P8JA 1FFIC 5P2LA 3GI6A 1ZPKA 5OZRA 3UCBA 3NXEA 1D4HA 4DQFA 4CKUA 2WEZA 1EAGA 3HLOA 3LINA 3L38A 3LIYA 2V16C 2V12C 3PEPA 1ZBGA 1HXBA 1B5FB 4L1AB 4N00A 5ER1E 5P3DA 4EHCA 3TL9A 2JE4A 1ZLFA 1EC1A 2P3BA 4LP9A 5P5FA 1IIQA 4GJ9A 4Y3PA 2AOJA 3EKVA 2CENA 6APRE 3PVKA 5SXNA 4FSLA 1ZPAA 3OQFA 5HDXA 2RENA 3VSXA 3NSHA 5OZUA 2QHCA 5P3RA 3UDYA 2P4JA 1K6TA 2FGUA 5OZCA 3MSJA 4RZ1A 5DGWA 1B6MA 1CMSA 3OGPA 1SH9A 2NXMA 2ZJNA 5HDUA 5IVSA 5P1KA 1PSAA 3VLAA 4PZXA 5P24A 3L3AA 4Q5MA 5P57A 5P65A 5OZ9A 4TRYA 3FV3A 1XL2A 2G94A 3CKTA 5P8EA 3OHHA 5P3GA 2F80A 3UDQA 1A94A 1UH8A 5P3CA 5P8FA 5DQCA 4APRE 5OZ7A 2OHNA 3ECGA 4YA8A 4GMIA 3NXNA 3KDCA 2OHQA 5P6ZA 3K4VC 3TKGA 4D88A 1NSOA 5P1VA 4I11A 2QI6A 4X2LA 2QU2A 5P8IA 1BXOA 5P0AA 2B42A 5CLMA 4RYCA 5P75A 3IXOA 3DV5A 1W6IA 3LPKA 4LHHA 2R9BA 5P0HA 1FGCC 1FMBA 3O9IA 1ME6A 4Q1YA 5P20A 3VV7A 4B72A 1NH0A 5P4XA 3EKTA 5SZ9A 3O9DA 1FQ5A 4L7HA 5HCOA 1PPKE 2AVSA 4FSEA 2IGYA 1E81E 1UH7A 1Z8CA 5P08A 4QJ8A 3O99A 1W5YA 2QNNA 4HDBA 4WY1A 4HEGA 1Q9PA 3EBZA 2IDWA 4AUCA 2CEMA 3KMXA 2G22A 2Q15A 3FKTA 4Y3LA 1GVTA 3S7MA 4H1EA 2QI1A 2ER0E 4EWOA 3VEUA 4QJAA 1RL8A 1E82E 2V00A 5P1PA 5P1LA 1YM4A 4EJKA 4DQBA 5P54A 2I4UA 3QRSA 4KUPA 4ACXA 2QCIA 1LYAB 5OZMA 3NU5A 1TCWA 2O4NA 1Z1RA 4FM7A 3G6ZA 4Y47A 4KE1A 1OEXA 5P4YA 3SA6A 1KZKA 2RSPA 4Y3HA 3U71A 1PROA 5P2RA 5P3LA 3CMSA 4HDFA 5P8HA 3EL1A 4J1KA 1B5FA 4DJXA 3UQPA 4L1AA 5P27A 4TRWA 3O9BA 3ZPTA 5AGZA 2PC0A 5P52A 1OD1A 3OXVA 4I0EA 5OZSA 5P6DA 2WEBA 4B1DA 5DQ2A 1RNEA 3Q3TA 4CMSA 4YBIA 5P81A 3D1XA 3QIHA 1AJXA 3PHVA 2BKSA 4BFBA 4Y50A 2XFJA 5P13A 3INEA 4AMTA 5F01A 2B7ZA 3CYXA 1WKRA 1TQFA 5P1HA 3SA7A 1QDMA 4MC1A 2Q63A 3OOTA 1K2BA 1APVE 4Y53A 4YD6A 5OZ3A 3OQAA 2ZHTA 3VFBA 2VJ9A 2R38A 1K6VA 2F3FA 1KJHA 4YHQA 3T11A 3DOXA 5P2VA 3F9QA 1LS5A 3RTMA 5P4CA 3UFNA 5C9BA 1TZSA 2XFIA 2VIJA 4I0ZA 1T6EX 4FRKA 1GVVA 5HU0A 5P3HA 5P43A 1IVQA 4FM8A 2OHSA 5P1UA 4QJ9A 4DQGA 4FRSA 3ZOVA 3UHLA 3HVGA 5P4DA 5P5AA 3KM4A 5I3WA 5AHBA 2UPJA 3G72A 3NDUA 5JFPA 3SKFA 1QBUA 3HVPA 1FB7A 3Q70A 3VUCA 1BWAA 5P41A 3K4VA 3T3CA 2OHTA 1F7AA 2G69A 4WY6A 5P69A 1EPRE 1YT9A 3INHA 4PYVA 3O9AA 2JJJA 3ZL7A 3D20A 2WF0A 5B18A 5P4SA 5COPA 2VA6A 2ZJIA 5P4RA 5KR0A 4GIDA 5P7YA 1HTEA 4F74A 2QD7A 2WEAA 3APPA 3PCZA 5P1DA 1W51A 4KE0A 4D89A 1IZIA 2NR6A 1K1UA 2PSGA 1DPJA 4Q1WA 5P8MA 1DAZC 3QROA 5P40A 5P4OA 1MVPA 2VJ7A 3OWNA 1BVEA 3PWMA 5I3XA 3QBHA 1APTE 3GW5A 1LEEA 5OZLA 4GJCA 5KOQA 2NNPA 2B8VA 1MRWA 4DJQA 1LV1A 5P7VA 2H6SA 2PSVA 3L59A 3S43B 5P04A 4Y4TA 1ODWA 6FIVA 3SM2A 2G1SA 1YM2A 5P36A 1C6YA 5P62A 2R43A 1BVGA 4GZFA 2I0DA 2P3AA 2AIDA 4LBTA 4OBFA 4J0TA 4BELA 3PWRA 2FXDA 3LZVA 2AVQA 2AOGA 1EPME 4R92A 5P76A 2B60A 5P61A 5HU1A 1F34A 4IVSA 4J0ZA 1HTRB 1KJ4A 5P49A 3AUPA 5JFUA 5P2CA 3S8IA 4BFDA 5P5UA 4FAFA 2ZJLA 4FIVA 2NNKA 2Q54A 4DJUA 4YD5A 3UDJA 5P06A 5P3WA 5P0VA 1HVJA 4Y3GA 5P5DA 2PWRA 4TRZA 3VV6A 3SA5A 1Z1HA 3PM4A 4J1FA 5P5XA 4RVJA 3OXCA 3U7SA 5P68A 3LHGA 4PPHA 4Z22A 3D91A 2NMYA 3DK1A 5OZEA 1BV7A 1OHRA 3HD8A 3O9FA 4JP9A 5P85A 5SY3A 5P05A 3T7PA 3VFAA 3K5GA 5OYTA 3MWSA 1LYBA 1ODYA 1PPME 3UDNA 2WF2A 5P2QA 1MIQA 4XKXA 3UDMA 5P5TA 4A6CA 5P37A 1D4SA 5P1FA 1BDRA 2RKFA 3ZKQA 1ZSRA 2QHYA 2JYSA 3EKQA 4I0HA 5HCTA 3FNSA 2V13A 1T7JA 3TH9A 5OYXA 3KDBA 4FRJA 2NPHA 1XE6A 1MTRA 4XX3A 5P5VA 5P2NA 4U7VA 4HDPA 5P42A 5P02A 5P2ZA 4DJVA 3OQDA 5ER2E 4J0PA 3TKWA 4Y9WA 5P1OA 3SFCA 2G1NA 3TPPA 5DR1A 5P5CA 3BC4A 4A4QA 5HTZA 3UDKA 5P0YA 1HTGA 1NPAA 3NU4A 5OZ8A 4EJDA 1IDBA 4Z4XA 5BRYA 3URLA 5P2HA 1HTFA 3ZKNA 2R3WA 5P3KA 2VA7A 3WZ7A 5P3UA 5P3BA 4Y5CA 3OUDA 4ZEAA 5P3OA 5P59A 5P74A 5P4LA 4Z2ZA 2VJ6A 4TVGA 1B6JA 4J0YA 3NR6A 1BDQA 1B6LA 1B11A 4Y3YA 5P3NA 1HRNA 5T4SA 5P8UA 4K4QA 5P1ZA 1AZ5A 2AZBA 3UQRA 3NDXA 2PH8A 2V10C 2ZJJA 5P4PA 3CIDA 5OZ1A 2JXRA 3DV1A 5KAOA 4EJLA 4EJ8A 1AAQA 4FS4A 5P3FA 5P4VA 3WB5A 5DPZA 2QD8A 5OZIA 3OQKA 2G1RA 5AHAA 5P7RA 5P15A 1APWE 4J5JA 4DJPA 4Q1NA 4Y5BA 5P6IA 4COEA 4OBZB 1MESA 4Y51A 4I10A 3S43A 1BV9A 5P0MA 5P7MA 3EL5A 5KQYA 4U8WA 2P3DA 3OAGB 1HVLA 3PBZA 3TTPA 4NPTA 3OU1A 4OD9B 1G6LA 3HW1A 4Y4WA 2FIVA 5DQ5A 5P6WA 1B6PA 3OU3A 4JPEA 5AHCA 5P8CA 3EL0A 4HA5A 5P66A 3IVHA 5P33A 5P3MA 2QNPA 3H0BA 2AZ8A 2FXEA 5P0KA 1QBSA 2PK5A 5P73A 1A8KA 2HB3A 5AH9A 5I3VA 4DUSA 5BWYA 2ER9E 5AH8A 2AOFA 5P7XA 1HOSA 1FKNA 3NU9A 5P5NA 3LITA 1EC3A 3OQ7A 3BUHA 4DJOA 5P45A 1YTJA 1DIFA 3EKWA 3KDDA 5OZFA 3OTSA 5P0JA 4LAPA 5OZGA 2NTRA 3OUAA 3M9FA 4L7JA 5P34A 2HM1A 4I8WA 1TCXA 1ZTZA 4RRSA 2PH6A 5JG1A 5P7FA 5OZ4A 5P0EA 4CPRA 2AOHA 3IAWA 1IZHA 5P58A 4YDGA 1BILA 3OTYA 4OC6A 5P7BA 5P51A 4PHVA 5P1NA 3NU6A 3PB5A 4Y6MA 1KJFA 5P7GA 2QAKA 3QAAA 3TOFA 5OYZA 3T7XA 1YTGA 1HIHA 5TOLA 5P4UA 3ER3E 5P6LA 3APRE 3KFSA 1APUE 4ZLSA 4ZPFA 5P17A 5I70A 5P2YA 3WSJA 1K1TA 4PZWA 5P5ZA 1BDLA 3AIDA 4MC2A 2Q55A 3S54A 4H3IA 5P1WA 3GI0A 2J9JA 4X7IA 4Y4DA 1EBWA 3K5FA 3I7EA 3LIVA 2B8LA 3IVIA 3TPRA 4GJ5A 1K6PA 3QVCA 4JOOA 2FS4A 5P7NA 5OZ5A 4XX4A 2HB4A 5P70A 5HVPA 2IS0A 3UQUA 2I0AA 2Z4OA 1D4IA 1TW7A 1ER8E 5OZZA 1T6GA 5P8DA 5P5KA 4B1EA 1DW6C 3WZ6A 3GGXA 2VS2A 4Y58A 2HIZA 5DR8A 4EP2A 3NWQA 5P0BA 5IVTA 1FMXA 2VIYA 2ASIA 5P4HA 5P44A 3OUCA 5P01A 4HLAA 3QBFA 3KFPA 1META 5P0WA 5P47A 5DR7A 4B77A 4GJ7A 5OZWA 5P60A 4Y36A 4I12A 2HAHA 4DPIA 5P2XA 3BVAA 5P0RA 3QP0A 5OYRA 3FNUA 2G24A 2HS1A 5P7TA 4B1CA 5P4FA 5OZYA 3NLSA 3SABA 1ZP8A 1AXAA 3OAGA 1NPWA 3OU4B 3SACA 5ENKA 3LPIA 3PSGA 5P2KA 3LZSA 5P78A 4Y3SA 5OZQA 2WEDA 3DCKA 3ZKGA 4Y5PA 3OADB 4LXAA 5P30A 3ZMGA 2BPWA 5P8LA 5P8OA 2EWYA 2WF4A 4EXHA 4QJ7A 3SA3A 1W5VA 4E43A 2OHMA 3VF5A 5P2IA 2VIEA 3MXEA 5P32A 5P6QA 3OXXA 4F75A 2RMPA 3VV8A 4YD7A 3GGUA 5P5YA 5SY2A 3KT2A 2O4SA 5DR3A 5P1CA 5OZBA 5P2EA 5P64A 3CICA 4PEPA 5P1XA 3JVWA 5OYQA 5P5BA 5P6BA 3VYDA 1HBVA 2G26A 4MC9A 2P3CA 3RVIA 2WKZA 3NU3A 3PCWA 4YDFA 4Y3TA 5OYVA 5P6HA 1AIDA 2VNNA 4M8XA 3PI5A 2FGVA 1SIVA 5P4EA 2FDEA 5IVRA 3R0YA 4Y41A 2R3TA 1SBGA 4ACUA 5P2GA 3TOGA 3KF0A 5P6AA 4J54A 5KOSA 4FAEA 4RROA 1IVPA 1PPLE 5P35A 1GVWA 1HIVA 1HVCA 5P8BA 3HBOA 5P0PA 1FG8C 1OEWA 2VKMA 3OHFA 2I4DA 1HSHA 2BPXA 3ZKIA 4Y3JA 1GVUA 5OYUA 1RV7A 2QNQA 2ZGAA 1HPVA 5P7HA 5P8NA 3K5DA 4F73A 5IE1A 5AH7A 1KJGA 3NDWA 2Z54A 1EEDP 4J1HA 5P7DA 3DJKA 2WL0A 3UDPA 3LZUA 3UTLA 3S2OA 3RSVA 5P1BA 1QBRA 3I2LA 1PFZA 3SKGA 2BB9A 5BS4A 4M8YA 1LYWB 3CIBA 3H5BA 4Y3QA 5P2WA 4B05A 5P11A 1JLDA 1EBYA 3HZCA 3EL4A 1SP5A 4CPUA 3LZYA 5P46A 5P3IA 3EKYA 4R95A 3BVBA 3BUFA 4WTUA 1IZEA 3RTNA 2UXZA 2QZWA 4DFGA 1D4JA 3URJA 5P18A 5P8TA 2Q11A 5P4BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6O A;  2OHR A;  2NXL A;  2P3B B;  2J9K A;  4GJ6 A;  3QI1 A;  4Y3N A;  2Q64 A;  1HVS A;  1EC2 A;  5P6V A;  3N3I A;  5HE4 A;  4RRN A;  3DUY A;  2BQV A;  2G1Y A;  3GI5 A;  5P56 A;  4Y39 A;  7HVP A;  3RSX A;  5P2F A;  5P4G A;  4Y3D A;  4Y3E A;  1AVF A;  5OZJ A;  2A4F A;  5P5M A;  4CP7 A;  4Y5A A;  3BGB A;  3EKX A;  3R0W A;  3PI0 A;  3QRV A;  5E5K A;  5P5W A;  5P7W A;  2F3K A;  5EZZ A;  1J71 A;  4DQC A;  3K5C A;  4JEC A;  1HWR A;  5P0C A;  1XE5 A;  4LXM A;  2FMB A;  5P6S A;  4Y4U A;  4OC6 B;  2QU3 A;  4Y3W A;  2R5Q A;  2PWC A;  3LIQ A;  3HAU A;  5P82 A;  5P6T A;  5FIV A;  5P0Z A;  2QMG A;  4S1G A;  1TSQ A;  4Z50 A;  3OGQ A;  1M4H A;  3A2O A;  5OZP A;  1SGZ A;  5P7P A;  3TLH A;  3KFR A;  1RPI A;  1MUI A;  5P22 A;  5P0O A;  3NUJ A;  2F8G A;  1HII A;  5KR1 A;  1GNN A;  1LF4 A;  2J9J B;  3VCM A;  2QI5 A;  5APR E;  2A1E A;  2ER7 E;  3SA9 A;  3UPJ A;  4CPW A;  1AJV A;  5P4K A;  5P55 A;  4RVX A;  3T6I A;  9HVP A;  5P3T A;  1EPQ E;  1XN3 A;  2AVM A;  2VA5 A;  4ZSP A;  2QP8 A;  3G70 A;  3Q4B A;  3UDH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1MT9 A;  5P7S A;  3FNT A;  3OOZ A;  4B70 A;  5OZX A;  5P7U A;  2IL2 A;  2I4Q A;  3K1W A;  4Y54 A;  2ZYE A;  2AOD A;  3R4B A;  4YD4 A;  4OBZ A;  4OBJ A;  3CKR A;  1MEU A;  2WF3 A;  4RYG A;  4AZY A;  5HD0 A;  5P77 A;  4OBD A;  2QZL A;  3R2F A;  5OZ0 A;  3BHE A;  1T7K A;  1W6H A;  1W50 A;  1MER A;  5P7C A;  4OD9 A;  1BIM A;  2O40 A;  3ER5 E;  3PWW A;  4YE3 A;  5P2M A;  2AOI A;  1EPN E;  2OHK A;  5UPJ A;  4Q1X A;  4DH6 A;  5P10 A;  1PSN A;  1IDA A;  1NPV A;  3NUO A;  1DP5 A;  4Y3R A;  3FSM A;  1YTI A;  4MC6 A;  5P6G A;  2HB2 A;  1C70 A;  3PLL A;  4Y43 A;  4NJV A;  1IZD A;  4HVP A;  5P88 A;  1HXW A;  1PSO E;  3HDK A;  2HS2 A;  1GVX A;  2G27 A;  3RTH A;  3U6A A;  1K2C A;  2WHH A;  5P4Q A;  5P7Z A;  4Y4G A;  4Y37 A;  1CZI E;  3LNK A;  1EBK C;  3D1Z A;  3Q5H A;  3R1G B;  5HDZ A;  1ZSF A;  1LF3 A;  5P4J A;  1SME A;  1XN2 A;  2PSU A;  2VIZ A;  3MSL A;  3LIX A;  5ISJ A;  1HVH A;  5P5G A;  3BXR A;  3ZLQ A;  4Y4J A;  3KFN A;  5P4Z A;  5P86 A;  4AA9 A;  2PYN A;  2QZX A;  5KQZ A;  4UPJ A;  4K4R A;  1VIK A;  4I0G A;  5P8K A;  4Y5N A;  4Y3Z A;  5P6X A;  2QI4 A;  5KQF A;  2FDD A;  2OHP A;  4NJT A;  5P25 A;  3VF3 A;  4ZIP A;  3S53 A;  3LIZ A;  1GKT A;  5P1Q A;  4A6B A;  2PYM A;  5OYS A;  3JW2 A;  4OBG A;  2OHL A;  4Y56 A;  2OAH A;  1LYB B;  2XYE A;  3O9H A;  5OZH A;  5P0F A;  5P6U A;  5P6F A;  3SAA A;  2OF0 A;  5P1J A;  1AM5 A;  1HPS A;  2ZJK A;  2IGX A;  2Q3K A;  5HE7 A;  2QZK A;  5P1I A;  5P3J A;  3B7V A;  5P3Y A;  3O9L A;  3CKP A;  1HPX A;  1LZQ A;  5P53 A;  4LC7 A;  3VF7 A;  5P5P A;  3TNE A;  5P4A A;  1FF0 C;  5P8A A;  3HAW A;  2QMF A;  3I6O A;  5P6J A;  1RQ9 A;  1N49 A;  4CPT A;  3L5B A;  1C6Z A;  3L58 A;  7UPJ A;  1BWB A;  1VIJ A;  2AQU A;  3BUG A;  3IN3 A;  5P2J A;  4Y4X A;  4Y5K A;  5P8S A;  4DI2 A;  3IGB A;  2ER6 E;  5P87 A;  5P0T A;  4H3G A;  1HEG E;  4R91 A;  4ER1 E;  1BAI A;  3OUD B;  4D8C A;  2BPZ A;  1G2K A;  5P1R A;  1MTB A;  2G1O A;  5OZO A;  5P79 A;  2P83 A;  3UFL A;  2FNS A;  4EP3 A;  2IEO A;  4DQH A;  5P1Y A;  2R5P A;  5P4W A;  4J0V A;  4R93 A;  1HEF E;  2BKT A;  3LPJ A;  4HZT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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