3FIVA

Crystal structure of feline immunodeficiency virus protease complexed with a substrate
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
111
structure length
110
Chain Sequence
TTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLNTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGVGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQIFGNVCVLEDNSLIQPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords FELINE IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEASE
publication title Crystal structures of the inactive D30N mutant of feline immunodeficiency virus protease complexed with a substrate and an inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 27
structure length 110
sequence length 111
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3fivA00
3OU1B 1ZSFA 1EC1A 3OUCA 5HDUA 5IVRA 5OZSA 3UQRA 5P1LA 4DJUA 3K5CA 5P4BA 5DR1A 5P5HA 3LZSA 3S54A 4BEKA 3VV6A 2NNPA 3HVGA 1GVTA 3K4VC 3PMYA 3O9FA 3FNSA 4MC2A 5P24A 2R8NA 4I11A 1BDRA 3EKVA 1QBUA 5P6AA 4K8SA 4X2LA 5P8SA 4EQ0A 2AVVA 2O40A 4D85A 5ER1E 3UPJA 4GMIA 3TLHA 2BKSA 1ODXA 3OQDA 1LYWA 5E5KA 5P4RA 5P74A 3OQAA 1LV1A 1A94A 3TL9A 4L1AB 4DJYA 4FM6A 1C6ZA 3PBDA 3VFBA 1ENTE 4ZPFA 1APWE 2PK6A 4OC6B 2ZHUA 4HDFA 3OGPA 4Y3ZA 4E43A 4DJVA 1B6MA 1EPQE 3SA6A 1W5XA 3UDKA 5P7EA 3HBOA 5P4GA 4QJ7A 3MSLA 3LIVA 5P1UA 4CPRA 5P4KA 1FFIC 1B6KA 1EBWA 2BPYA 1U8GA 4EJKA 1HTRB 4APEA 3MXDA 3JVYA 1EEDP 5P4DA 5P4EA 1AVFA 3VYFA 2VIYA 1W6HA 4YHQA 5P7UA 2FIVA 5OZWA 5P10A 5KQXA 1YM2A 1MERA 3U7SA 2WF3A 4Y5NA 3QI1A 2PQZA 4Y5KA 5P86A 1ZBGA 3AUPA 3NDXA 1HTGA 3KT2A 2G69A 4YD3A 6APRE 5KQZA 4Y3PA 4Y3MA 4ZIPA 3D91A 3QN8A 4LXMA 4J1EA 4KE0A 7HVPA 4YA8A 3S7LA 1XN2A 5P2KA 4MC6A 3H5BA 5OYWA 5P5IA 5P7KA 4FM7A 1EBZA 4RVJA 1YX9A 5P5MA 3OHFA 1T6EX 1BWBA 1FMXA 2NMZA 2QI4A 5P70A 5P16A 3KDBA 1PPME 1GVXA 4Y44A 3PWMA 5P8HA 2QMGA 5P6EA 3SFCA 3SA3A 5P3XA 4BFBA 3NSHA 5P8TA 2RKFA 1MRXA 4OBZB 4JOOA 4Y53A 1J71A 4RLDA 4Y3AA 2O4LA 4XX4A 5OZ6A 4Y45A 3CIDA 1GVWA 4GJBA 3R0WA 4F75A 4RVXA 2FDDA 1EPRE 1HVHA 3ZKQA 3ZKIA 4GZFA 4Y5PA 5P36A 3QIHA 2FLEA 1AXAA 3NU3A 4J1KA 4Z2ZA 4FSEA 2ASIA 5P3WA 1A8KA 4Y43A 4Y3GA 4K4PA 4Y3WA 3OAGA 5I70A 1D4KA 2BPZA 4OD9A 4DFGA 5P76A 3L5DA 2P3BA 4B1DA 2FDPA 4FRJA 4NJUA 5P0JA 3UDQA 4Y48A 5P57A 2I0DA 1WKRA 3I25A 4DPFA 1RPIA 2UPJA 1XDHA 5OZ2A 4R93A 5OZEA 1HVIA 2FS4A 4QGIA 2FNSA 2WF0A 5DQ4A 3SACA 2NTRA 2CENA 4D83A 2IKOA 2G1OA 3OADA 2VIZA 5DQCA 2NXMA 1F34A 4EYRA 4Y58A 4I0IA 2OHKA 3IN4A 2J9JA 2QI6A 1E81E 4YOBA 2QI1A 1AJVA 3S53A 5AH9A 4FLGA 4DPIA 2FDEA 5P1BA 3WZ8A 3MSJA 4D8CA 4Y51A 5P3RA 4B0QA 1WBMA 2QMPA 4CPWA 4D89A 5OYRA 3UDYA 3S45A 2QK5A 5P4NA 2OHRA 2QI7A 3BRAA 5P80A 4DJQA 3CKTA 2P3DA 5P5ZA 4Y3DA 4KB9A 1NSOA 2ZJHA 3CKRA 5P2QA 1EC3A 2PH8A 5P6HA 5P3QA 4Y36A 3KDDA 2HB3A 1IZEA 2NNKA 2G1NA 5P1VA 3SABA 4GYEA 5C9FA 3VUCA 3NXNA 1DIFA 3NWXA 1Z1HA 5P42A 2Q55A 2G26A 5P3SA 5P4PA 5P0OA 4J5JA 5P37A 5HU1A 5P0SA 5P19A 5P4IA 5P51A 1IIQA 2BB9A 5KAOA 5P52A 5P2JA 5P67A 3HLOA 2WF1A 4DQCA 2HB2A 3CMSA 4DV9A 5P5LA 4D88A 3NWQA 5P5SA 3T6IA 3OUDA 1EPPE 5P03A 2OHUA 2QAKA 5P0UA 5P5PA 3CIBA 5OZGA 3OU3A 5DQ2A 1LYAB 4L6BA 5P0KA 5IVQA 1AJXA 5P5OA 5P6ZA 3SA5A 4CPTA 4RCFA 4Y4XA 4EHCA 3KA2A 5P8EA 2WF4A 2ZHTA 3ZPUA 1B11A 1XS7D 2PWCA 3S56A 3K5FA 2B7FA 2V16C 3BVBA 5P7ZA 5P85A 3O9DA 5P1ZA 3CYXA 1B6PA 2I1AA 1RL8A 2R38A 5OZQA 2WEZA 3EM6A 5P3IA 4APRE 3PSYA 1Z1RA 1LZQA 2JE4A 5OZOA 5P7SA 3K4VA 3PBZA 3KDCA 5OZPA 1B6JA 4GIDA 5P8BA 2I4VA 4ACUA 5P0FA 5P1MA 3LINA 4JPCA 5P5RA 5P7PA 2PMAA 4RROA 5OZ4A 4QJAA 5PEPA 2QD7A 4Q1YA 3VSXA 4Y4GA 3KF0A 1FG8C 3LITA 4H3IA 4I0HA 3RTNA 5P7CA 5P31A 5BWYA 4Y5EA 2BPWA 2F81A 3L38A 4CPQA 1T6GA 5P0CA 3DK1A 2HS2A 5OYYA 1EC0A 3UTLA 5P8LA 2R5QA 4Y4BA 3UFNA 2QI5A 4NJSA 3GI5A 1G35A 4EJLA 2V11C 5P8OA 1RNEA 3SA4A 3SLZA 3BXRA 5KR8A 1MIQA 3JVWA 5P0RA 2XYEA 3LIQA 1OEXA 4J1FA 2AVOA 4RYGA 4Y9WA 4YE3A 5P61A 3TPRA 4LBTA 3QVCA 4ZPEA 4Y3XA 1MSMA 1E80E 2PSGA 2R3TA 3APPA 3NXEA 3IVHA 4ZSRA 5P3OA 3LZVA 3LPIA 5DR4A 1HVSA 4I0ZA 5P7QA 3OU4A 5P48A 4DQEA 1XE6A 2V12C 3LZUA 4Y5CA 5P2RA 5P2UA 5P7IA 3VLBA 3L5FA 1MTRA 3U6AA 5P77A 1T7JA 4N00A 4PPHA 5P1AA 5P3LA 3PJ6A 4Y4DA 5OZ9A 5P0DA 5P2TA 3U71A 2JJIA 5P83A 1LYWB 3MXEA 5P75A 4Y5MA 2HC0A 4HDPA 5OZAA 3PCWA 2OHLA 4AUCA 1ZJ7A 3O9HA 3KYRA 3PLLA 2BJUA 5P4ZA 1MVPA 3INEA 2ZYEA 4Y3TA 4YDGA 2O4NA 5P2OA 3O9CA 1SMEA 2ZGAA 4JECA 3S7MA 2R43A 1Q9PA 5HVPA 2AZBA 3OTSA 5P2DA 5OYTA 1K6CA 1ZPAA 4ZPGA 2I4UA 1SGZA 5P3FA 3DV1A 4ACXA 4A6BA 5P1SA 4TVHA 4Y4UA 3BXSA 1UH7A 3G70A 4LHHA 4DJOA 5P1JA 2QHYA 2O4KA 4HA5A 5J25A 1EPOE 4DJRA 4U7VA 1AM5A 4FAEA 2AVMA 4Y4WA 3QRMA 4QJ6A 4U8WA 5OZ8A 5P7MA 4FGXA 1YTHA 3QVIA 5P17A 3IXKA 5P2BA 5P82A 2HPEA 1KJGA 4JP9A 5P8UA 3S43A 3PHVA 4GJ5A 4M8YA 4ZSMA 5OZ0A 3GGXA 3ZPTA 4I8WA 4F73A 4Y56A 4A6CA 3VEUA 3FNUA 3IAWA 5P23A 5P41A 4RGHA 5OZTA 5P38A 1ZLFA 5I3XA 5IE1A 3TNEA 3PEPA 2NR6A 2VNNA 5P6VA 5ISKA 3IA9A 3INDA 5P87A 3TPPA 1KJ4A 5KR1A 2V00A 5P1EA 3ER5E 1IDBA 4I0DA 5P2HA 3K5DA 1LYBB 1YTGA 5P66A 5P5DA 3O9LB 1F7AA 5P3ZA 3FIVA 3IVIA 5P4VA 3K1WA 8HVPA 3PCZA 3UDMA 4B1CA 3H0BA 2IGYA 3TTPA 1HVCA 3AIDA 2HIZA 5P6CA 3M9FA 3D20A 4HE9A 5P0WA 2MIPA 4CPUA 1W6IA 5P6LA 2BPXA 1FEJC 1VIJA 5P4TA 5JG1A 1G2KA 1AZ5A 1A8GA 1K1TA 4H3GA 5OZNA 5P6SA 1CZIE 5P3UA 1XL2A 5P3AA 5P4XA 5P8RA 1K6VA 1EC2A 2QZKA 5P4QA 2J9KA 3OADB 3WZ7A 2G21A 3ECGA 1KZKA 1HPVA 3TPJA 5P84A 4QJ9A 1LEEA 4ZSQA 5ISJA 3PM4A 2BQVA 1EPME 1XE5A 2HPFA 1FQ8A 5P12A 4UPJA 4Q1XA 5P2XA 3VF7A 1WBKA 1E5OE 4Y4JA 5P1RA 5P1KA 2ZE1A 3GGUA 2FGVA 4CP7A 3HAUA 2B60A 3EKYA 2WKZA 5P53A 4YOAA 5P6QA 3ZKGA 2WHHA 3GGVA 3PWRA 4U7QA 4M8XA 5P78A 1UPJA 3L5EA 4DVFA 5P7WA 1BIMA 3RU1A 4Y6MA 3SM1A 3JW2A 1PROA 2IGXA 5EZXA 3SPKA 5AHCA 2VS2A 5P4MA 1VIKA 5P6UA 2O4PA 5OYSA 5P5UA 3F9QA 3OXCA 4ZLSA 1ER8E 1ZPKA 2BPVA 5P7DA 5OZ1A 2UXZA 5P6WA 1BILA 3DJKA 1HOSA 2WJOA 3G6ZA 1EBYA 5EZZA 4HVPA 3O9AA 5P1TA 3URLA 1K6TA 3NU4A 5APRE 1FQXA 2G94A 1IVPA 4QJ2A 5KQYA 3QBFA 3OUDB 1HPXA 1SDVA 3HDKA 1W50A 1FB7A 4L7JA 2BBBA 4HEGA 4DQFA 2RENA 2AQUA 3RTMA 4GJ9A 2A1EA 3OU1A 1Z8CA 2V0ZC 3NUJA 4LXAA 3GI0A 5P62A 5P08A 1LF3A 1YG9A 5P28A 5OZKA 1FKNA 4PZXA 5I3VA 5P5AA 5C9DA 1JLDA 1D4LA 4H3JA 4R91A 5OYXA 4FM8A 3EL1A 3O9BA 4R5NA 3GI4A 3EM4A 1W5WA 1FGCC 5P5GA 3RTHA 4YCKA 5P5VA 2VJ7A 2ZDZA 2PYNA 5P32A 4Y5GA 2ZJIA 4Q1WA 5P01A 3MSKA 2B8VA 4OC6A 4FRKA 5P4CA 3OUBA 1TCXA 2R5PA 5HU0A 5P1GA 2QNPA 1FMUA 3D1XA 1HVRA 3B80A 5JFPA 1D4JA 2AVQA 2IENA 5P6PA 1MPPA 5AGZA 1SH9A 2PH6A 2OHPA 2I4XA 5P7XA 3R2FA 5P35A 3KFPA 4LC7A 2FGUA 5P6RA 4Y3NA 5P1QA 5P7OA 4Y4EA 3KT5A 5P6KA 1CPIA 1UH9A 5P1DA 4HDBA 1CMSA 4Y54A 3CYWA 1YT9A 2VJ6A 5P6MA 1DAZC 4B77A 5P1FA 4BFDA 5P0BA 4J0TA 3N3IA 5P8QA 4I1CA 5P7HA 3T3CA 3ST5A 5COPA 2O4SA 5P5BA 3OTYA 5P46A 5OZIA 5P4OA 3TOFA 4EPJA 5OYUA 1FG6C 2QD8A 4L7GA 3BGCA 3Q3TA 3S8IA 4GJCA 1B5FA 2ER9E 1HSIA 1FLHA 5DR7A 1HPSA 3LNKA 2NXDA 1HRNA 3HAWA 3INHA 3SA7A 1ODWA 5P0ZA 1APVE 1G0VA 1MESA 2IL2A 1AIDA 4J55A 4AA9A 3L3AA 5JODA 1FF0C 5P3PA 3PGIA 4BELA 4ZE6A 4Z50A 2FNTA 4OBZA 4PHVA 3EL0A 2RKGA 3SKGA 1DMPA 2NPHA 2SAMA 2IRZA 3ZMGA 1HXBA 2CEJA 2P8HA 3IXJA 3SQFA 2AZ9A 2NMYA 4EP3A 3INFA 5P3EA 5P1PA 3VYDA 5OZXA 5P3DA 1APTE 2QZWA 2ZHRA 5P1CA 1HBVA 4PEPA 5OZRA 2XFJA 2QZLA 2VIEA 4NKKA 3UQUA 5P1OA 2VKMA 5F01A 4Y37A 5P2IA 1XN3A 3HD8A 1GVVA 5P45A 1SP5A 2I4DA 5P8VA 3TKWA 5TOLA 4Y3JA 5P7YA 5P6TA 2ZHVA 3EM3A 3QBHA 5P07A 3URIA 3S85A 5P8DA 5KQFA 5P40A 1OHRA 3VG1A 3LZYA 1QBRA 5CONA 2IQGA 3I7EA 4Y41A 2PSUA 1BVEA 4FSLA 1IVQA 4EP2A 4NPTA 2ANLA 1QBSA 1C70A 4H1EA 2B42A 1RQ9A 4LXKA 1SGUA 2JXRA 3KFNA 1SDUA 4Y3RA 5ER2E 3DV5A 3ZLQA 5P50A 5I3WA 5HCTA 5P4WA 5HE7A 4YD6A 2VNMA 2ER0E 5P79A 3VV8A 5P5JA 5DQ1A 4I8ZA 5DR0A 3NYGA 3PSUA 4I0GA 4B78A 1RV7A 2QHCA 2F3FA 3HVPA 1FQ4A 4RCEA 3UHLA 1TW7A 2G1YA 5P8NA 4OBDA 4YD5A 5P81A 5P2AA 3EKWA 3K5GA 5P8GA 3BUFA 4B00A 5B18A 2Z54A 4J1CA 5P3NA 5P4JA 5P6FA 5P3CA 4AMTA 3NDTA 1BVGA 4IVSA 1BV9A 2CEMA 5P2WA 2NXLA 3A2OA 2OF0A 3PVKA 3BUHA 3Q4BA 3HZCA 2AIDA 2XYFA 3LIZA 4YD4A 5P58A 3LIXA 2QCIA 1K2CA 1BXOA 1FMBA 5P2GA 5P3BA 2H6TA 3QRSA 4TRYA 5P02A 1LYAA 1ZTZA 2XFKA 4EJ8A 5P5YA 4YBFA 1HWRA 5DGWA 3VF3A 3WZ6A 3FKTA 1MUIA 3EKTA 3WSJA 2QI0A 3NU6A 1BDQA 3UQPA 5IVSA 4J0PA 3ER3E 4RRNA 3PRSA 3ZKXA 4PYVA 5P0MA 5P69A 1MEUA 4RYCA 1W5VA 3LPKA 2P83A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OU1 B;  1ZSF A;  1EC1 A;  3OUC A;  5HDU A;  5IVR A;  5OZS A;  3UQR A;  5P1L A;  4DJU A;  3K5C A;  5P4B A;  5DR1 A;  5P5H A;  3LZS A;  3S54 A;  4BEK A;  3VV6 A;  2NNP A;  3HVG A;  1GVT A;  3K4V C;  3PMY A;  3O9F A;  3FNS A;  4MC2 A;  5P24 A;  2R8N A;  4I11 A;  1BDR A;  3EKV A;  1QBU A;  5P6A A;  4K8S A;  4X2L A;  5P8S A;  4EQ0 A;  2AVV A;  2O40 A;  4D85 A;  5ER1 E;  3UPJ A;  4GMI A;  3TLH A;  2BKS A;  1ODX A;  3OQD A;  1LYW A;  5E5K A;  5P4R A;  5P74 A;  3OQA A;  1LV1 A;  1A94 A;  3TL9 A;  4L1A B;  4DJY A;  4FM6 A;  1C6Z A;  3PBD A;  3VFB A;  1ENT E;  4ZPF A;  1APW E;  2PK6 A;  4OC6 B;  2ZHU A;  4HDF A;  3OGP A;  4Y3Z A;  4E43 A;  4DJV A;  1B6M A;  1EPQ E;  3SA6 A;  1W5X A;  3UDK A;  5P7E A;  3HBO A;  5P4G A;  4QJ7 A;  3MSL A;  3LIV A;  5P1U A;  4CPR A;  5P4K A;  1FFI C;  1B6K A;  1EBW A;  2BPY A;  1U8G A;  4EJK A;  1HTR B;  4APE A;  3MXD A;  3JVY A;  1EED P;  5P4D A;  5P4E A;  1AVF A;  3VYF A;  2VIY A;  1W6H A;  4YHQ A;  5P7U A;  2FIV A;  5OZW A;  5P10 A;  5KQX A;  1YM2 A;  1MER A;  3U7S A;  2WF3 A;  4Y5N A;  3QI1 A;  2PQZ A;  4Y5K A;  5P86 A;  1ZBG A;  3AUP A;  3NDX A;  1HTG A;  3KT2 A;  2G69 A;  4YD3 A;  6APR E;  5KQZ A;  4Y3P A;  4Y3M A;  4ZIP A;  3D91 A;  3QN8 A;  4LXM A;  4J1E A;  4KE0 A;  7HVP A;  4YA8 A;  3S7L A;  1XN2 A;  5P2K A;  4MC6 A;  3H5B A;  5OYW A;  5P5I A;  5P7K A;  4FM7 A;  1EBZ A;  4RVJ A;  1YX9 A;  5P5M A;  3OHF A;  1T6E X;  1BWB A;  1FMX A;  2NMZ A;  2QI4 A;  5P70 A;  5P16 A;  3KDB A;  1PPM E;  1GVX A;  4Y44 A;  3PWM A;  5P8H A;  2QMG A;  5P6E A;  3SFC A;  3SA3 A;  5P3X A;  4BFB A;  3NSH A;  5P8T A;  2RKF A;  1MRX A;  4OBZ B;  4JOO A;  4Y53 A;  1J71 A;  4RLD A;  4Y3A A;  2O4L A;  4XX4 A;  5OZ6 A;  4Y45 A;  3CID A;  1GVW A;  4GJB A;  3R0W A;  4F75 A;  4RVX A;  2FDD A;  1EPR E;  1HVH A;  3ZKQ A;  3ZKI A;  4GZF A;  4Y5P A;  5P36 A;  3QIH A;  2FLE A;  1AXA A;  3NU3 A;  4J1K A;  4Z2Z A;  4FSE A;  2ASI A;  5P3W A;  1A8K A;  4Y43 A;  4Y3G A;  4K4P A;  4Y3W A;  3OAG A;  5I70 A;  1D4K A;  2BPZ A;  4OD9 A;  4DFG A;  5P76 A;  3L5D A;  2P3B A;  4B1D A;  2FDP A;  4FRJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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