3FSMA

Crystal structure of a chemically synthesized 203 amino acid 'covalent dimer' [l-ala51,d-ala51'] hiv-1 protease molecule
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
203
structure length
191
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIAGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNFGGGGPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords COVALENT DIMER [L-Ala51, D-Ala51'] HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 40
structure length 191
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3fsmA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3fsmA02
2WF2A 4J0PA 4J0TA 1EAGA 5OZNA 4FLGA 1RPIA 3PM4A 1SP5A 5P2RA 5OYZA 1NPAA 3URIA 3ECGA 4Y4EA 3FX5A 4DJXA 4EJLA 1HVRA 5P0ZA 1KJGA 1EPLE 2J9KA 1FG8C 2ZHVA 3NUOA 5P4FA 1XDHA 5C9BA 1EPPE 5P0EA 4F76A 2CENA 4Q5MA 3RTMA 4U7VA 5P3DA 4OC6B 4LXKA 2AVMA 3CYWA 3EL5A 5P3HA 5P6EA 5P0FA 5P4EA 1MSNA 5P83A 4J5JA 4AZYA 5P17A 3WB5A 3T3CA 3NXNA 3O9EA 1YTHA 5P8VA 2AVOA 3BUGA 5P3SA 5P8RA 1W51A 4GIDA 5P2XA 3ZPSA 1DP5A 4I1CA 3EXOA 4JPCA 2HPEA 1BAIA 3QIHA 2OHRA 4OBZB 5P74A 3LZVA 1AM5A 1FG6C 5P5KA 4GJ8A 1BXOA 5OYWA 3OXVA 2BQVA 1T3RA 3D20A 3CICA 3APPA 4CMSA 5HD0A 5P42A 1PSAA 1DAZC 1BWBA 2PK5A 2QU2A 1FMBA 2WEAA 5HVPA 1W5WA 5P5DA 4Y3LA 3LITA 3S85A 5P6MA 5OZBA 5P4DA 4YA8A 1FF0C 3OUBA 2Q54A 1GNNA 1HVKA 5P8HA 1T7KA 3UQPA 2VIEA 4Y4XA 3UDHA 4FSLA 3NDUA 4DJOA 2NTRA 1B6LA 3PMYA 4Y58A 1AAQA 1NSOA 4I8ZA 5P75A 3EKXA 5P5NA 1A9MA 3FNUA 4Y3QA 3UDPA 5OZYA 1B6KA 5P2AA 1CPIA 1LYWB 5P5WA 2RSPA 4IVSA 3GI0A 1G6LA 1SDTA 2FGUA 1Z1RA 2G1NA 3TOGA 2AOHA 4RCFA 3FNTA 1GVUA 5P6DA 5P6XA 5P8SA 3QN8A 1PPME 5P0DA 4ACUA 1EPME 4B72A 5AH6A 5P41A 3VFAA 3HDKA 1HIHA 4NKKA 5P30A 2I4DA 3INEA 3T7QA 4J0VA 5AHBA 3INDA 4LXAA 2RENA 3KF0A 3R4BA 4A6CA 5IVRA 1KZKA 1BBSA 3RU1A 3GI6A 5P6HA 5P53A 5DQ4A 5OYYA 1PPKE 2VJ7A 5P2GA 4Y48A 2R9BA 1GVTA 2QZWA 5P4CA 3RVIA 5KQYA 5P5FA 5OZKA 4LHHA 5P3YA 2P4JA 5P6WA 1KJHA 2V10C 3VF3A 1LYAB 5P08A 2G69A 5P6LA 4DV9A 1UH8A 1YG9A 3TNEA 2B8VA 5JFPA 5P0OA 5P0HA 4Y6MA 5P4VA 1ER8E 5AH8A 2P3CA 4GJ7A 1HTFA 4H3FA 5P8PA 3NDTA 5P37A 5HDXA 4CPXA 5P7WA 5P58A 4AA9A 4CPRA 3PBDA 5P3RA 5DQ5A 4EYRA 2G20A 2R5PA 5P3IA 3EKYA 5E5KA 4I0ZA 5P4BA 2QAKA 1EBZA 2MIPA 2VJ6A 4ZSPA 5P0LA 1HVJA 3PWRA 4FM6A 5OZ9A 5P79A 3Q70A 1APVE 2OAHA 5KQZA 3D91A 1BIMA 4B78A 3SA4A 1FQXA 4Y3MA 1HXBA 5OZ8A 5OZIA 1ZPAA 4Y9WA 3VUCA 2NXMA 1FFIC 1B6MA 1BV9A 3JVYA 4B05A 5P24A 5P6TA 5AGZA 4DFGA 3UDNA 2QI7A 7HVPA 1HTRB 1B5FA 5P18A 2PH6A 3SO9A 5OZEA 3S7MA 2BBBA 3IVIA 4MC1A 4H1EA 3UCBA 3QPJA 3MSLA 1SDVA 4PZXA 3QP0A 4NPUA 4BELA 3EKQA 4D85A 4Y5BA 3JW2A 3AUPA 3TOHA 3HAUA 5P6NA 3QS1A 5P6JA 3IXOA 2HB3A 2VA6A 1EEDP 4PHVA 1OEWA 5P8LA 3PWMA 3IVHA 4NJUA 2F8GA 3KA2A 2WF4A 3OXCA 4YBIA 5BRYA 3FV3A 3HD8A 3OHHA 3UDMA 1XN2A 4OBHA 5OZ4A 1HSHA 3NU4A 3PVKA 3KM4A 4LBTA 5P1OA 2OHNA 5P5PA 1K6CA 1ME6A 5P2DA 5P7ZA 3K5GA 4ZPFA 5IE1A 2V12C 5P7UA 1IZIA 1ODYA 3ZKQA 1EC0A 3PCZA 3UFLA 2VKMA 3KFNA 1ZJ7A 5P4PA 3BHEA 2PYMA 1RV7A 1FQ5A 3TPLA 4OD9B 1HTEA 1AIDA 3T7XA 5P3VA 3PGIA 1FEJC 1EPOE 3UFNA 3DV5A 5P5XA 4DJQA 4OBFA 5P2LA 4MC6A 4B1CA 4EP2A 5I3YA 2O4LA 4JP9A 4FM8A 5P1PA 3Q6YA 4Y3JA 1MRXA 1E80E 3EMYA 4EP3A 3QI1A 1HPOA 4ZPGA 5P8MA 4Y3ZA 4K4RA 2VIJA 5OYUA 2JE4A 2FS4A 3BC4A 5AHCA 4Q1YA 2XFKA 4Y51A 1HIVA 3NU9A 2ZJIA 1FGCC 5P0MA 5P1RA 5E5JA 5P1NA 3DCKA 4I0GA 2QI5A 5KOSA 1K2BA 3TLHA 1DIFA 2QI1A 4RVJA 3L3AA 4Y36A 5P4RA 5P4UA 2UY0A 4I0HA 1GKTA 4EJ8A 3I8WA 3URLA 4Y3AA 5P5MA 3SABA 1DPJA 3Q4BA 5P05A 1AJXA 3L5CA 4DQBA 5OZQA 2PK6A 4Y3PA 3S45A 5P3OA 3L5EA 1C70A 3BVBA 5P8NA 1GNOA 3OQFA 5P1FA 3LIVA 4WY6A 5P4YA 5P46A 3DK1A 4TRZA 2I4UA 3I7EA 3INHA 5JG1A 2F3KA 4ER1E 1MRWA 5P5IA 1Q9PA 2HS1A 3PRSA 4FRSA 3HW1A 7UPJA 4OBKA 5P1UA 4HEGA 5P1QA 3NDWA 5P0PA 5P2HA 3PSGA 3ZOVA 4FS4A 3UQRA 1IIQA 4H3JA 3WSJA 4I12A 4JECA 4FAFA 4A4QA 5SY3A 2XYFA 2ASIA 2JJJA 2NXLA 1TSQA 5P5CA 3O9LA 4GJ5A 3DV1A 1A8GA 1YM4A 1W6IA 5P7SA 4CKUA 4ZEAA 1CZIE 3HVPA 3KDCA 4DQHA 5P0NA 3L5DA 2QNNA 3NUJA 1MVPA 5P1JA 2JYSA 5P16A 1AXAA 5P6BA 3MWSA 5P3JA 1UPJA 4HDFA 4Y47A 3T7PA 1T7IA 2ZJKA 2RMPA 1FMXA 2WJOA 5P69A 5P76A 5P8DA 4RLDA 5AH7A 5P6YA 5P04A 3K4VC 1SGZA 4Z4XA 6FIVA 3WZ8A 4Y4UA 2RKFA 3O9GA 1A30A 4TRYA 5P1VA 1IZDA 4FE6A 3UDKA 3ZKSA 4I0EA 4B00A 5OZSA 1BVGA 3L5FA 4Y38A 4Y5MA 5P7KA 3NSHA 2AZCA 4Y3TA 3LIQA 1MESA 3DJKA 1HWRA 2ER9E 3PEPA 4RVIA 2Z4OA 3FSMA 5P6UA 2A4FA 3ZKNA 4Y3RA 5P47A 5P44A 4E43A 2BPYA 5P5RA 5P2CA 3CKTA 3I2LA 4DQGA 3F9QA 4KUPA 1EPQE 5F00A 5P7CA 4LAPA 5P11A 1BDLA 5P7QA 2IDWA 4CPWA 1T7JA 4ER2E 4J0ZA 5OZLA 3UDRA 4YHQA 5HU1A 3MXEA 5P8BA 3OUDB 2PMAA 1YTGA 5APRE 1K2CA 5P3WA 3IXJA 2H6TA 3IN3A 2QZKA 2QCIA 5P20A 2I4WA 4GJCA 4YD3A 5P6RA 5P7BA 4ZIPA 1NH0A 4ZSQA 1FIVA 2NPHA 3BGBA 4J1HA 5P4TA 2QHYA 5P1IA 4RVXA 5HTZA 1VIJA 1G35A 5P5JA 5SY2A 5P78A 3RTNA 4CPQA 4Y4BA 5DGUA 2I4VA 5P1EA 4FSEA 5OZHA 5P52A 1WBKA 3QVIA 3O99A 5P7IA 4YOAA 5P8TA 4Y5PA 3OY4A 1XS7D 5DR0A 5P2YA 1SDUA 5P35A 3GGXA 2B42A 5P1KA 5OZ5A 3VYDA 2QMGA 1ZBGA 5P3BA 4Y5LA 1ODXA 3NU5A 3R1GB 3S8IA 5OYXA 4R95A 3K4VA 4GJ9A 5P54A 4K4QA 5P5EA 3K5DA 3SKGA 3LIXA 3CKRA 4Z2ZA 3GGAA 2PH8A 2Q63A 3SQFA 5P3PA 3EBZA 1D4KA 1D4HA 3ZKMA 4NJSA 4DQFA 2HB4A 5P4QA 4HE9A 2ZJHA 2G24A 4QJ9A 5P2BA 3WB4A 2VA5A 3BUHA 3KMYA 5OZUA 3LPKA 5P4ZA 4YBFA 3PB5A 2QI3A 1E5OE 3OAGA 4Y3SA 5OZRA 3PBZA 3R2FA 1WBMA 5P40A 1B5FB 5ER2E 1EC2A 5P15A 4NPTA 5P4IA 2Q11A 9HVPA 4RCEA 1G0VA 2O4KA 2ER7E 1G2KA 2B8LA 3LIZA 4YCYA 5P84A 5C9DA 3Q3TA 3OADA 5P5YA 1W5YA 2V00A 3GGVA 2Q55A 1MSMA 4D89A 5DQ1A 4Y3YA 5P63A 3PJ6A 3U71A 3EC0A 4QJ8A 3OGPA 5P0WA 2SAMA 4EHCA 2OHTA 3EKPA 4ZPEA 5OZMA 4B1EA 3KFRA 5DQ2A 5P7FA 4AA8A 5P70A 5OZAA 5P66A 5P77A 4L6BA 3VYEA 4R5NA 2WF3A 3DOXA 3L59A 3KDDA 5P8IA 5P0UA 2AOEA 3PLLA 1E81E 3TOFA 2AIDA 4IVTA 3UQWA 2QHCA 4BFBA 1LS5A 3INFA 4GMIA 2J9JA 2ZJJA 4Y41A 4HDBA 5P7NA 4Y4GA 3IXKA 1SIPA 1B6JA 3T6IA 5COKA 2P3DA 4I0IA 5P2NA 1EC3A 2R3WA 5HCTA 4AUCA 5DGWA 5OYRA 5P5GA 5P8FA 1AJVA 1EBKC 4WY1A 5P1DA 4Y45A 5P06A 5CONA 1D4JA 1ZP8A 1LZQA 4L1AA 5P0YA 3G70A 5P56A 1FQ6A 2IGXA 2NMZA 2WF0A 5OZ1A 4K8SA 1BDRA 5P7MA 3Q5HA 5P29A 3BXSA 3DUYA 4DPFA 1NPVA 4J1IA 4FGXA 5P8KA 2Q64A 5OYSA 4GJ6A 4Q1XA 1Z8CA 5P85A 4K9HA 4CPUA 3CIDA 5HE5A 4DJPA 4EXHA 5I3XA 1AVFA 1ZLFA 1TCWA 3D1XA 5P7TA 3VFBA 3VSXA 4Y56A 3IN4A 3SA9A 3D1YA 1MTRA 1T6EX 1MIQA 4I10A 2AOFA 2I4QA 5P4NA 4TVGA 5P26A 5P07A 4Y5AA 2VNMA 4Y5EA 3OU4A 3HLOA 1PROA 2R8NA 5BS4A 5P1ZA 5P71A 2F80A 1IVQA 1HPXA 2AODA 4H3IA 5P32A 1GVXA 5P50A 1HSIA 2VS2A 5P38A 3NWQA 4RYGA 5P8EA 3QBFA 5OZ2A 4YD5A 2G1SA 5P02A 2BB9A 3SA6A 4ZE6A 5P09A 3S54A 3EKWA 5P2FA 3BVAA 3NXEA 4I0JA 4DQEA 2HAHA 5P51A 3BXRA 5P4KA 3ZL7A 2BPXA 4YCTA 4Y37A 4HZTA 4RCDA 4DPIA 5P19A 5HDVA 2QK5A 2FXEA 3GI4A 5DR1A 3EKTA 3O9LB 5OYVA 4Y5GA 2BKSA 5P1MA 5P7AA 5OZ6A 4N00A 5P34A 2OHQA 4D8CA 3OTYA 4XKXA 3S53A 3I25A 2O4SA 2AVSA 3APRE 5P3CA 2O4NA 1MEUA 5HE4A 5I3VA 1BILA 5P2KA 1ZPKA 1BVEA 5OZWA 5B18A 3GW5A 4LP9A 5P68A 3OUCA 4GYEA 3JVWA 2PWRA 3LZUA 4UPJA 3O9HA 3ST5A 4D88A 1LYWA 4TVHA 1FFFC 4Y3NA 5OZXA 2QD7A 1YX9A 1XL5A 2RKGA 5P5BA 4D83A 5P4GA 2QMDA 5P7PA 5P0QA 5P7YA 5PEPA 3VYFA 1K6PA 5P3TA 1LEEA 3G6ZA 1PSOE 3SA8A 4R92A 4DJVA 5P2SA 3ZMGA 3CMSA 1XE6A 1QDMA 5P59A 1AZ5A 2FNTA 5P88A 1W50A 2IRZA 5DQCA 2APRA 3QROA 4Q1WA 4J55A 4HDPA 4Y4WA 1SGUA 2I4XA 3SM2A 5P2WA 4L7JA 1TSUA 1KJ7A 2PC0A 3TKWA 1GNMA 4FIVA 2BPZA 4EPJA 4J1EA 5P5SA 3RSXA 2NR6A 1LF4A 3VG1A 3OU1A 5P5ZA 3MXDA 4CPTA 4FAEA 2V11C 2V0ZC 3SM1A 2AZ8A 1LYAA 2G27A 4Y3FA 5P0KA 2PSVA 5ISKA 1DMPA 5KR2A 5P48A 5P1TA 2ZGAA 4Z22A 4GB2A 5P8OA 1B11A 3S56A 3SACA 3K1WA 1F7AA 1SMEA 5P2QA 3EM3A 4F75A 1HSGA 5P3AA 1HBVA 1FMUA 4RYCA 2QU3A 4LL3A 3ER3E 4COEA 2G22A 1FQ7A 2ZHSA 4QGIA 2FIVA 5DPZA 3B7VA 3S43A 3KYRA 1HVIA 4YCKA 5OYTA 4DQCA 2OHLA 1QBRA 3UDYA 3PCWA 5P31A 2IKOA 1N49A 2R43A 3UPJA 1HVSA 1ODWA 2BPWA 5P2MA 4Y43A 4Y5CA 5HE7A 3VSWA 5P1HA 1BXQA 4J17A 5JFUA 1HVLA 4NJTA 4XX4A 3MSKA 4PPHA 5P13A 2H6SA 3TKGA 1MT7A 5P5UA 1Z1HA 2VIZA 1M0BA 1QBTA 5P3XA 2PYNA 2WEBA 3LZYA 3H5BA 1FB7A 5P89A 1TZSA 4XXSA 5P0GA 5OZPA 3GI5A 1HIIA 4ZSRA 5AH9A 2ZHTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WF2 A;  4J0P A;  4J0T A;  1EAG A;  5OZN A;  4FLG A;  1RPI A;  3PM4 A;  1SP5 A;  5P2R A;  5OYZ A;  1NPA A;  3URI A;  3ECG A;  4Y4E A;  3FX5 A;  4DJX A;  4EJL A;  1HVR A;  5P0Z A;  1KJG A;  1EPL E;  2J9K A;  1FG8 C;  2ZHV A;  3NUO A;  5P4F A;  1XDH A;  5C9B A;  1EPP E;  5P0E A;  4F76 A;  2CEN A;  4Q5M A;  3RTM A;  4U7V A;  5P3D A;  4OC6 B;  4LXK A;  2AVM A;  3CYW A;  3EL5 A;  5P3H A;  5P6E A;  5P0F A;  5P4E A;  1MSN A;  5P83 A;  4J5J A;  4AZY A;  5P17 A;  3WB5 A;  3T3C A;  3NXN A;  3O9E A;  1YTH A;  5P8V A;  2AVO A;  3BUG A;  5P3S A;  5P8R A;  1W51 A;  4GID A;  5P2X A;  3ZPS A;  1DP5 A;  4I1C A;  3EXO A;  4JPC A;  2HPE A;  1BAI A;  3QIH A;  2OHR A;  4OBZ B;  5P74 A;  3LZV A;  1AM5 A;  1FG6 C;  5P5K A;  4GJ8 A;  1BXO A;  5OYW A;  3OXV A;  2BQV A;  1T3R A;  3D20 A;  3CIC A;  3APP A;  4CMS A;  5HD0 A;  5P42 A;  1PSA A;  1DAZ C;  1BWB A;  2PK5 A;  2QU2 A;  1FMB A;  2WEA A;  5HVP A;  1W5W A;  5P5D A;  4Y3L A;  3LIT A;  3S85 A;  5P6M A;  5OZB A;  5P4D A;  4YA8 A;  1FF0 C;  3OUB A;  2Q54 A;  1GNN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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