3FX5A

Structure of hiv-1 protease in complex with potent inhibitor kni-272 determined by high resolution x-ray crystallography
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of HIV-1 protease in complex with potent inhibitor KNI-272 determined by high-resolution X-ray and neutron crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords protease
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3fx5A00
4RCFA 3CICA 3D20A 4GJ5A 2B7ZA 8HVPA 2G1RA 5P5ZA 2QI4A 1LF3A 2V12C 3K5FA 1YG9A 3IXKA 3LIVA 5P8VA 5E5JA 5P2NA 3TKGA 2I0AA 1HIIA 5JFUA 1HVIA 4PPHA 3URIA 1LYAB 1OEXA 5P2LA 2WEZA 5P5QA 5KAOA 5P09A 5P3XA 5P6UA 1K6PA 3BGCA 3DK1A 1W51A 4Y3MA 5P5AA 4NJVA 3QPJA 4JP9A 4ER1E 3LIZA 5P6RA 3HBOA 4YBFA 2R5PA 3PMUA 3GGXA 5P5TA 1QDMA 5OZKA 3FKTA 1GKTA 3UFLA 5P6WA 5T4SA 4YD3A 5P2SA 3NSHA 4YOAA 4TVGA 2QD7A 1HXBA 2SAMA 2NNPA 4GIDA 1DPJA 4GJ7A 5P3DA 3PLLA 4DQEA 3L5DA 1BV9A 4RLDA 5P11A 1FFIC 5OZJA 5P3PA 4DJYA 2AIDA 3INFA 3UDRA 4Y4DA 1T7KA 5P1GA 3D1XA 3K5GA 2IGXA 1YTGA 4F76A 1RQ9A 3LZVA 1MTBA 2FGUA 4LC7A 1ODWA 5OZNA 2AOGA 3LHGA 4D83A 1C6XA 4CPQA 1EEDP 4Y5PA 4FRJA 5P6HA 2NMZA 5OZ0A 2AOCA 1MEUA 1YM4A 4OC6A 1GVTA 3BRAA 4Y4AA 2ER0E 3OXXA 5P10A 2OHKA 2HB4A 3OXVA 5P0QA 1SMRA 4GJDA 3ZKMA 5DR7A 5AHCA 4J17A 3PMYA 5OYVA 4K9HA 1BVEA 5P1LA 5P72A 5P8MA 3JVWA 2FDPA 3LIQA 3RSVA 5OYSA 2QMGA 5P0LA 2I1AA 4EQ0A 4B70A 2Q54A 3ZKGA 4H3FA 4D85A 4NPUA 3O9FA 3KFRA 5P1PA 3UDPA 4DJRA 5P4GA 2WF4A 5P1AA 3S7MA 5P2MA 3MSLA 5P3LA 5IS4A 4EJLA 3SA3A 1DMPA 4H3JA 4Y4UA 4OBZA 5DQ2A 2P3DA 4J1HA 1W6IA 3KFNA 2ZJLA 1SIPA 5P3SA 1OD1A 3VSXA 5P3ZA 2G1OA 5P3JA 5P2RA 3OK9A 1ER8E 4Y37A 3OUCA 4DQFA 5P5XA 2VA5A 4LL3A 1ENTE 4RVXA 1HVJA 5P5WA 5HDVA 4Y3GA 1QBSA 1W5XA 1HSGA 5P7DA 3OHHA 5P7FA 2F81A 4FL8A 3FV3A 3NU5A 4A4QA 3D3TA 4OBFA 5OZ2A 3L5CA 4FM6A 2F8GA 5P0UA 3RSXA 5I3YA 1EBWA 1T3RA 1TW7A 3U7SA 2HS1A 3VF3A 1APUE 3EMYA 3Q6YA 5P6KA 2EWYA 4CPRA 4Q5MA 4Y3LA 3TH9A 3BXSA 5P81A 4ZPFA 3TKWA 4Q1XA 3KA2A 2ZJIA 4Y4TA 1YTHA 4Y43A 5P7BA 4OBDA 5P3HA 3PSYA 4HE9A 3NXNA 3QRSA 1E81E 4J55A 4R93A 3KDDA 5IVSA 3T7QA 1UH7A 5DR3A 3L5FA 2OHRA 2B8VA 3PBDA 1JLDA 1HTGA 5P3NA 3TOHA 3KMYA 4APEA 4DJVA 3VYFA 2QNNA 5P4EA 1XN2A 5P71A 2AZBA 5P3CA 4LBTA 1WBKA 5IE1A 2VIYA 1SDTA 2ANLA 5P1IA 5P7MA 5P04A 5I3WA 4OC6B 5DQCA 1KJGA 3NU4A 5DGWA 2IGYA 1HTRB 5P6GA 3HAUA 1TSUA 5P0RA 1MPPA 1LF4A 3EL5A 5OZVA 4Z2ZA 2VIJA 5HDUA 4Y38A 3O9EA 1B11A 5P2KA 4FLGA 3ST5A 3WZ6A 4CKUA 1KJHA 5HU1A 4B72A 5P5EA 4Y3XA 3ER5E 1GVUA 4J54A 4F75A 1HPVA 5OZ4A 5P4PA 4L7GA 5KR0A 3D1YA 5OZPA 4RRSA 1TCWA 1IZIA 1EPRE 2R3TA 1Z1HA 2G20A 3KF0A 5P75A 1K6VA 4YBIA 3S2OA 3EL1A 1SGUA 3NLSA 3CYWA 4OBZB 4Y5CA 1MRXA 3I6OA 3B7VA 1OEWA 5EZXA 3FNSA 5SY2A 1BDQA 5P6IA 2UY0A 2QZKA 1MSNA 4KE1A 5P29A 2G1YA 2Q11A 5OZLA 2ZJJA 2OHPA 4L6BA 2P3BA 5P58A 5P0KA 1KJFA 5P6ZA 3KYRA 3FSMA 4B1DA 5P0MA 1FQ5A 3OHFA 4JECA 1NSOA 3BGBA 5HTZA 4DQBA 1CMSA 2Z54A 3I8WA 4FM7A 4FCOA 1HEGE 4L1AA 5P7QA 4Y51A 5P8HA 3NWXA 1AAQA 3TTPA 3LNKA 2XYEA 4EHCA 5P1SA 3H5BA 3DV5A 4I12A 4XKXA 4HVPA 5OYRA 3QRVA 5P0AA 1K6TA 5P2HA 4ER2E 5P13A 2IL2A 6APRE 2IKOA 2PYMA 4LXAA 1BIMA 1K1UA 1GNNA 5P66A 3HDKA 3S54A 1SIVA 3INEA 3LPIA 5J25A 1N49A 2I0DA 4B0QA 4J1EA 4I8ZA 2NXDA 5COPA 5P5CA 4GJ9A 3ZMGA 5P5DA 5P0FA 1BXQA 1A9MA 3KN0A 1SP5A 3QAAA 5F01A 1HOSA 4J1CA 4HLAA 1IDAA 2NXMA 3OU3A 5COKA 1XL2A 4NJSA 2V13A 1HVRA 5P08A 5P5IA 4DVFA 3T3CA 3SA5A 3DCKA 5OZCA 5KOQA 2PYNA 1T7JA 4FRSA 4DJUA 4I0FA 4MC2A 5P7HA 3T6IA 5P5NA 3G6ZA 2QAKA 5DQ5A 3EL4A 3R0WA 3NYGA 3OTYA 2AODA 3OGQA 4J0TA 5P4RA 4Y4JA 3VCMA 1BILA 3GW5A 5P6AA 1MRWA 4D8CA 3K4VA 3QBHA 3TPJA 4J0YA 3EXOA 5P31A 1PROA 1HVLA 3LIXA 5SZ9A 2RMPA 5P8CA 2ZHRA 1M4HA 5P5UA 3NUOA 3KDCA 2AOEA 5AHBA 4EJKA 3OGPA 4Y5BA 3QROA 1T6EX 2AOIA 5P49A 5DR8A 2B7FA 4Y3RA 1UPJA 1W5YA 3TOGA 4GB2A 2ZHTA 2HPEA 5KQXA 2G94A 4NJUA 4Y5GA 1GVXA 2BPVA 1W50A 1PPKE 1ZBGA 3NDTA 5HCOA 5OZ3A 4Y6MA 2BBBA 2P3BB 2R3WA 1DP5A 5P27A 5P42A 2OHTA 1APWE 5P34A 2NR6A 1WBMA 2QMDA 2XFKA 5P20A 1NPWA 1M0BA 1EPQE 2G26A 4Y5NA 1B6KA 2ZJKA 5P77A 1LYWA 5P87A 4L1AB 4S1GA 1BDLA 4Y35A 3VFBA 1BV7A 2HAHA 2WF0A 1G35A 1FKNA 5P1OA 3H0BA 4HA5A 1FG8C 3A2OA 3ZOVA 3Q5HA 5P57A 4Y5MA 4X2LA 3EL0A 5OYQA 3LINA 1J71A 2JYSA 3VFAA 2FMBA 4I0JA 1HBVA 5P3RA 5HE7A 2UPJA 3OWNA 4Z4XA 5OZWA 5P1UA 2O4LA 5P52A 3ZKSA 2QD6A 2V0ZC 5P12A 3APPA 4KE0A 5IVTA 5P0XA 5P1BA 5P0HA 4RRNA 1LZQA 2O4PA 3UCBA 5P4BA 4LAPA 1HIHA 3IN4A 4B78A 4M8XA 5HU0A 3D91A 4I0HA 3RTNA 3L58A 2PK6A 5P1CA 1FQ4A 4A6CA 4OD9A 3SM2A 5P3YA 4OBKA 3UDMA 1SDVA 3APRE 2QI7A 5P8JA 3TPLA 2WECA 4Y4ZA 3BC4A 1D4KA 4E43A 4JOOA 4ZIPA 3OY4A 4I8WA 2QI1A 5P4UA 5P62A 3IVHA 2RKGA 3ZKNA 2G69A 3GI6A 1WKRA 5I70A 2F3FA 4H3IA 4HZTA 1MT7A 4RCEA 2WKZA 2VIEA 3HVGA 1ZLFA 3UDKA 3NDXA 3OADA 2Q5KA 5P5VA 2PSVA 3UPJA 3Q70A 2ZHSA 5OZ9A 3RTMA 1TQFA 4F73A 5DR1A 1ZJ7A 3NDUA 2V16C 5P0NA 1IZEA 5P7XA 2I4XA 5P30A 3T11A 2R43A 1Q9PA 4UPJA 4YOBA 4Y47A 4NJTA 5P7GA 4XX3A 2AVVA 2P83A 5P7EA 2WL0A 5P6DA 3HVPA 1LV1A 1BXOA 5P7KA 2RENA 5P6LA 1HTFA 2IENA 3IAWA 5P35A 3S85A 5P51A 5OZYA 2CENA 3Q3TA 1IVPA 1DIFA 5P17A 1RNEA 2BPYA 1G0VA 1MT8A 3L59A 4YCTA 3IGBA 5OZEA 5PEPA 1UH9A 3EKQA 5P3KA 1CZIE 3I25A 2BPWA 1EPME 3IXJA 1IBQA 3SLZA 4I10A 5P7YA 2O40A 5P3QA 4WY6A 3RTHA 2G1SA 5P78A 2QCIA 1MESA 2ASIA 5P83A 4BELA 5C9DA 4Y3TA 1LYWB 4F74A 4FAFA 5KQZA 5OZZA 2FLEA 1ZAPA 5P8QA 3LPJA 1AJVA 2XYFA 1IZDA 5I3XA 5P82A 1HHPA 1YM2A 3SACA 5P3TA 1EBYA 3MXEA 1HPSA 3NU9A 5KR2A 2WF1A 1FQXA 3CYXA 5P1HA 4Y3EA 3QN8A 3O9IA 5OYWA 3EKXA 4J5JA 4Y5LA 4CP7A 4HDBA 4Y36A 4EP2A 1EBZA 5CLMA 5HDXA 1F7AA 5P1YA 3UF3A 4GJCA 5P25A 4OD9B 1GNOA 1QBRA 5P1KA 3OXCA 5P2ZA 5P0DA 1OHRA 5P4FA 3L5EA 4I0IA 6FIVA 2ZJHA 3VV7A 3UQRA 3R0YA 3SA7A 2QI5A 4J0ZA 5P00A 2ZGAA 5P68A 4DPIA 4U8WA 3PBZA 3URJA 3BUGA 5P0YA 3KM4A 1XN3A 2R38A 3OQAA 3EKPA 1Z8CA 3HD8A 5P70A 1LF2A 3OADB 5P6VA 1PSAA 4R8YA 2FNSA 3CMSA 4OBGA 2QK5A 3KFPA 4TRWA 5P5SA 2IRZA 4DV9A 1SMEA 1K2CA 1ZP8A 5P7OA 3PLDA 3S43A 1QS8A 2PC0A 2UXZA 4ZSMA 5P1WA 5P3EA 2VA7A 2O4SA 4QLHA 1HVHA 2P3AA 1ME6A 3OAGA 4LHHA 5P8BA 4ER4E 3SKFA 1IDBA 1APVE 2BJUA 3F9QA 5P6XA 3TLHA 1YTIA 3CIBA 5P6PA 4ZE6A 5P4NA 3QS1A 3OQFA 2IDWA 5OZAA 2CEJA 5P5BA 1AIDA 5UPJA 4QJAA 5P8GA 5P56A 2BKSA 1KJ4A 2QHZA 5P0BA 4Y3PA 1BWBA 1EAGA 5P4MA 4QJ9A 3EKVA 4EXHA 2WJOA 2RSPA 3Q4BA 5P8PA 2QNPA 5P5FA 2R9BA 3QI1A 5P8FA 4TRZA 4APRE 4K4PA 3O9CA 3R4BA 2XFIA 5P6QA 1KJ7A 4DUSA 3VLBA 4Y5KA 2PH6A 5P3WA 2MIPA 3AIDA 3U71A 4MC1A 4LP9A 4GJ8A 5P59A 2ZYEA 4DFGA 1ZSFA 2BPZA 2P3CA 2G27A 2PWRA 3ECGA 3OUAA 4Y48A 1F34A 5P3FA 4BEKA 4DH6A 4YHQA 5AGZA 1AJXA 4EYRA 5EZZA 5P8DA 1W5WA 5P7LA 2IQGA 3KDBA 4R91A 5AH7A 4QJ6A 1CPIA 4FGXA 2AVMA 4Y54A 3S56A 3URLA 5P0WA 4EQJA 3AUPA 2AVQA 2G1NA 1TSQA 1BWAA 3LITA 4Y5AA 5P4DA 5P4TA 2IKUA 5P6TA 5KQFA 5P8AA 4Y3WA 5P4LA 1FQ8A 2JJIA 3QVIA 5P76A 4FAEA 2VIZA 5P5YA 3PWRA 4QJ7A 1EPOE 1U8GA 1XE5A 2OAHA 2QU2A 1DAZC 4U7QA 4RVJA 5P6MA 5P8TA 5P2OA 3BVAA 4CMSA 1E80E 3INHA 4J1FA 3ER3E 4H1EA 3I7EA 1BAIA 3O9DA 3RVIA 1FEJC 3ZKXA 2Q3KA 5P3OA 1LYBA 4DJWA 4RZ1A 1HIVA 1PFZA 3KMXA 4JPCA 3GI0A 5HDZA 5P06A 5P8SA 2I4UA 1EBKC 1D4LA 5P7SA 5DQ4A 5P38A 3BXRA 3UDNA 3ZL7A 2OHSA 3S43B 3U6AA 4A6BA 2WEBA 5IVRA 4R5NA 3FNUA 2QI6A 4J0PA 2QHCA 4AMTA 5P03A 2FS4A 5P4HA 3OAGB 3KFSA 3OUDA 4AA8A 5P01A 5P54A 5P5LA 5SY3A 4Y57A 3GGAA 5TOLA 5P41A 3VV6A 1E5OE 3HZCA 5E5KA 5P74A 3MWSA 2O4NA 4GJ6A 4HEGA 5P6YA 5ER2E 1UH8A 1D4SA 1EC0A 1NPAA 2AVOA 3NXEA 5DQ1A 5P2VA 3SKGA 1SH9A 1YTJA 2FIVA 2BPXA 4I0ZA 1MVPA 2P8HA 5OZUA 1ZTZA 3EM6A 5P1NA 5P73A 2PSUA 5P7NA 1TCXA 5P7TA 3K4VC 4I0DA 4FSEA 1HSIA 2ZDZA 3PSUA 5P2IA 1IZHA 2HM1A 4RROA 4CPXA 2Q63A 5P1DA 1ZSRA 3IVIA 5P7PA 1HPOA 4DPFA 3O9LA 2HB2A 3PHVA 4Y3NA 5P6FA 1B5FA 3NU3A 3UDHA 5P61A 2AOHA 2BKTA 5OYYA 5P6BA 5OYUA 3FIVA 3WSJA 3INDA 2ER9E 3M9FA 2NXLA 3LZSA 3PCZA 2O4KA 2HS2A 3MXDA 1G6LA 4FE6A 2B42A 4FSLA 4IVTA 4J0VA 1EPLE 2G21A 3UQUA 3BHEA 4Y4XA 1A8GA 5P53A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RCF A;  3CIC A;  3D20 A;  4GJ5 A;  2B7Z A;  8HVP A;  2G1R A;  5P5Z A;  2QI4 A;  1LF3 A;  2V12 C;  3K5F A;  1YG9 A;  3IXK A;  3LIV A;  5P8V A;  5E5J A;  5P2N A;  3TKG A;  2I0A A;  1HII A;  5JFU A;  1HVI A;  4PPH A;  3URI A;  1LYA B;  1OEX A;  5P2L A;  2WEZ A;  5P5Q A;  5KAO A;  5P09 A;  5P3X A;  5P6U A;  1K6P A;  3BGC A;  3DK1 A;  1W51 A;  4Y3M A;  5P5A A;  4NJV A;  3QPJ A;  4JP9 A;  4ER1 E;  3LIZ A;  5P6R A;  3HBO A;  4YBF A;  2R5P A;  3PMU A;  3GGX A;  5P5T A;  1QDM A;  5OZK A;  3FKT A;  1GKT A;  3UFL A;  5P6W A;  5T4S A;  4YD3 A;  5P2S A;  3NSH A;  4YOA A;  4TVG A;  2QD7 A;  1HXB A;  2SAM A;  2NNP A;  4GID A;  1DPJ A;  4GJ7 A;  5P3D A;  3PLL A;  4DQE A;  3L5D A;  1BV9 A;  4RLD A;  5P11 A;  1FFI C;  5OZJ A;  5P3P A;  4DJY A;  2AID A;  3INF A;  3UDR A;  4Y4D A;  1T7K A;  5P1G A;  3D1X A;  3K5G A;  2IGX A;  1YTG A;  4F76 A;  1RQ9 A;  3LZV A;  1MTB A;  2FGU A;  4LC7 A;  1ODW A;  5OZN A;  2AOG A;  3LHG A;  4D83 A;  1C6X A;  4CPQ A;  1EED P;  4Y5P A;  4FRJ A;  5P6H A;  2NMZ A;  5OZ0 A;  2AOC A;  1MEU A;  1YM4 A;  4OC6 A;  1GVT A;  3BRA A;  4Y4A A;  2ER0 E;  3OXX A;  5P10 A;  2OHK A;  2HB4 A;  3OXV A;  5P0Q A;  1SMR A;  4GJD A;  3ZKM A;  5DR7 A;  5AHC A;  4J17 A;  3PMY A;  5OYV A;  4K9H A;  1BVE A;  5P1L A;  5P72 A;  5P8M A;  3JVW A;  2FDP A;  3LIQ A;  3RSV A;  5OYS A;  2QMG A;  5P0L A;  2I1A A;  4EQ0 A;  4B70 A;  2Q54 A;  3ZKG A;  4H3F A;  4D85 A;  4NPU A;  3O9F A;  3KFR A;  5P1P A;  3UDP A;  4DJR A;  5P4G A;  2WF4 A;  5P1A A;  3S7M A;  5P2M A;  3MSL A;  5P3L A;  5IS4 A;  4EJL A;  3SA3 A;  1DMP A;  4H3J A;  4Y4U A;  4OBZ A;  5DQ2 A;  2P3D A;  4J1H A;  1W6I A;  3KFN A;  2ZJL A;  1SIP A;  5P3S A;  1OD1 A;  3VSX A;  5P3Z A;  2G1O A;  5P3J A;  5P2R A;  3OK9 A;  1ER8 E;  4Y37 A;  3OUC A;  4DQF A;  5P5X A;  2VA5 A;  4LL3 A;  1ENT E;  4RVX A;  1HVJ A;  5P5W A;  5HDV A;  4Y3G A;  1QBS A;  1W5X A;  1HSG A;  5P7D A;  3OHH A;  5P7F A;  2F81 A;  4FL8 A;  3FV3 A;  3NU5 A;  4A4Q A;  3D3T A;  4OBF A;  5OZ2 A;  3L5C A;  4FM6 A;  2F8G A;  5P0U A;  3RSX A;  5I3Y A;  1EBW A;  1T3R A;  1TW7 A;  3U7S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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