3FX5A

Structure of hiv-1 protease in complex with potent inhibitor kni-272 determined by high resolution x-ray crystallography
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of HIV-1 protease in complex with potent inhibitor KNI-272 determined by high-resolution X-ray and neutron crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3fx5A00
2FMBA 3QVCA 5P51A 4EP2A 1AXAA 4J0VA 1FQ6A 5SXNA 4HLAA 2I4WA 2QD7A 4Y5PA 5P0XA 4DFGA 4XKXA 6UPJA 4RVIA 5ER2E 2O4KA 4FL8A 2QZXA 4YD3A 1HIVA 1MT9A 3K4VC 1BDQA 3S45A 2AZ8A 4Y6MA 3NUOA 4Y3WA 4KE1A 4Y5LA 5P8MA 1E80E 4ACXA 5P2GA 5P1GA 5IVTA 3OXXA 1HIHA 2UXZA 2QNNA 2PWCA 5P58A 2PMAA 5AHBA 4OBHA 2ZJKA 3TLHA 3I7EA 1ER8E 1JLDA 2Z54A 5P2OA 4Y56A 5P5HA 2NXMA 5AH9A 2WEBA 1HPOA 4I0ZA 3OU3A 1LV1A 2FGVA 5P4AA 3SA3A 5HU1A 5OYQA 5P2NA 1LYAA 3RSXA 5P4BA 1HPVA 5P8VA 4WTUA 3NYGA 3D3TA 5P0VA 5P11A 5OZ5A 5P6QA 3NDUA 3SM2A 3PMYA 2B7ZA 5P49A 2V10C 1VIJA 2R5PA 2ZHRA 3S7LA 1K6VA 1APTE 5OZQA 2ZYEA 5P7ZA 5P3HA 2PSGA 3TOHA 5P46A 5P5TA 1MT7A 5P4UA 3UDQA 1YTIA 5OZ1A 1HVJA 4EP3A 5P12A 4RRSA 4U7VA 2OHRA 5P1KA 4FRKA 5C9DA 3MSKA 3BGBA 4YOAA 5P1SA 5P28A 3BRAA 2ZHSA 4AZYA 2FXEA 1MTBA 4Y36A 2VIEA 5P80A 6FIVA 1HPXA 4EJ8A 4Q5MA 4EJKA 2QI1A 2QD6A 4OD9B 3EKXA 5P08A 5P75A 3TNEA 3UTLA 4HZTA 1ENTE 5P7LA 1G35A 2WEAA 3O9EA 4Q1YA 2PC0A 4Y3GA 4Y3EA 5OYSA 3EM6A 4Y3TA 4Z22A 5P5OA 2Q54A 2QHYA 2PQZA 1M0BA 4Y4ZA 5P2ZA 1IDAA 5P5SA 5I3XA 3LPJA 2ZHTA 4OBZB 4Y38A 3KFPA 4AA8A 3IGBA 2H6TA 5P78A 3VYFA 1CZIE 5P0DA 3AUPA 3K5CA 1TCWA 3UF3A 1KJGA 3S43B 2OHNA 3OU1A 5KR1A 1ZPKA 5P0UA 4YD5A 2Z4OA 1B6JA 3G6ZA 1LF4A 5P5WA 5P3ZA 3RVIA 5C9BA 1BV9A 5ER1E 5OZ8A 4HVPA 2JXRA 3L5FA 4OBFA 2PYNA 1FMXA 3KDCA 3NU3A 5P43A 3OUDA 4GJ6A 3HVGA 1AJVA 5P8TA 1DMPA 4Y4UA 3GI6A 4ACUA 4MC2A 2HM1A 2VNNA 3LIYA 2ER0E 4RRNA 5P7JA 3N3IA 1T7JA 3DM6A 5P4WA 4Y3QA 5P50A 1EPRE 5P59A 4FGXA 5P4KA 2CEMA 4TVGA 5OZCA 5SY2A 4F73A 4BFBA 3H0BA 5P2BA 4FM6A 5HDUA 4Y9WA 3L5DA 3OXVA 3SQFA 1YTJA 4IVSA 3VEUA 1EPNE 5P6WA 5AH8A 5P3FA 2ANLA 2I4QA 4RROA 5P3GA 5P4JA 5P72A 3KF0A 1RNEA 2P8HA 5P0HA 3O99A 4GMIA 1FMUA 3VV8A 2B8LA 5P5CA 4Y3NA 5P81A 4Y3HA 4B05A 2G22A 1RQ9A 1GKTA 1ODXA 1GVWA 5P5QA 3SO9A 3OQ7A 5P4MA 2G1NA 2AVVA 2FDEA 4I8WA 2BBBA 5OZPA 1VIKA 2AZCA 2ZJNA 2HPEA 3FIVA 3BVAA 3KT5A 2Q3KA 4Y4EA 1PPME 2V16C 1FQXA 5KQFA 2F3KA 1NH0A 1HSIA 5P1CA 1IDBA 2AOJA 5HE5A 5P15A 3HAWA 4TRYA 3ECGA 3WZ8A 4YDGA 1D4JA 3KFSA 2QMFA 5AHCA 4B1DA 4Z4XA 5OZMA 3KMYA 5OZZA 3KFRA 5OZGA 5P4IA 3ZPSA 3AIDA 5P5UA 3UDNA 5P7BA 4D85A 1EBZA 2ZJLA 4Y45A 1FF0C 4RLDA 2V00A 5KQXA 2QMPA 3GI4A 4OBJA 3UQXA 3GI0A 5DGWA 3T11A 3TTPA 1D4HA 1BDRA 2O4PA 1SGUA 4CKUA 3MSLA 1MESA 5P41A 4EHCA 2R38A 5P0RA 5DQ4A 5P36A 2VA7A 2PH8A 2HS2A 1QRPE 1IIQA 5P3TA 3SABA 1SIVA 5DR1A 1FFFC 2BQVA 5P47A 4NPUA 4B70A 3B7VA 1HTRB 3EKYA 2QMGA 5P8OA 5P2IA 2F3FA 1QBTA 5OZ7A 2WKZA 4OBDA 5DR7A 5P1OA 5P4GA 4Z50A 2OF0A 3ZKMA 5P7OA 3OU1B 3VG1A 2WF2A 3BGCA 5P8PA 2G26A 3EL4A 4DI2A 5P64A 1ZTZA 5ISJA 1SGZA 5P6CA 2WF3A 1HTGA 4Y5CA 4JPCA 2AIDA 4Y3RA 3HVPA 3K1WA 3OUDB 2R5QA 5I70A 5IE1A 2I4XA 5P82A 2FXDA 4YOBA 5P0NA 3G72A 3VYEA 5HE7A 2ASIA 5OZ3A 1K6TA 1BWBA 4LXAA 5P5BA 1T6GA 1TCXA 4YD4A 2QI7A 4GJ8A 3FNUA 4EJDA 3IN3A 2AOGA 2QI4A 5P45A 4Y43A 3CMSA 5P8IA 3EKTA 5OYZA 4GJAA 4A6CA 3OADA 5I3YA 2F8GA 3HDKA 3JVYA 2B7FA 1SDTA 5P2DA 1W5YA 3UHLA 1HOSA 5P1TA 3Q4BA 4DPIA 5OYRA 1WKRA 5DQ2A 1BV7A 3TOFA 1EPPE 3S7MA 5P6LA 4IVTA 3UFLA 4E43A 2IGYA 2G24A 5P3NA 5P8HA 5CLMA 2G1SA 5P42A 4DPFA 5P1NA 1FMBA 2WJOA 4YD6A 2AOHA 4FRSA 4HDBA 5P7SA 4DJPA 3KFNA 3UDMA 2HAHA 4BELA 3GGUA 3KM4A 2A4FA 5P6RA 3OHFA 4GYEA 4Y3JA 1OEWA 2NNPA 1K6PA 2CENA 1E5OE 3IVIA 2F81A 5DR8A 5OZWA 1NPAA 3SM1A 3RTHA 1APUE 4EQJA 4YCKA 3LIVA 5P6SA 2IL2A 2G1RA 5HD0A 3IXOA 3SKFA 1RL8A 5P2YA 4Y3SA 4H1EA 3UDKA 2NMYA 5P4QA 5P1MA 4BFDA 4Y5KA 3PJ6A 3QRMA 3T7XA 5P6BA 1XN2A 3EMYA 4M8XA 4Y4DA 5P6YA 4APRE 1PSAA 3ER3E 5E5JA 5P7WA 3DCRA 5P7QA 3IXKA 1PPKE 1YX9A 3MXEA 2G94A 5P0YA 3WZ7A 5P3LA 3R0WA 4Y5MA 5ENMA 5P2UA 1BWAA 1DP5A 1HVIA 2R8NA 3EM3A 3S8IA 5P0EA 5P34A 4QJ2A 1W51A 5P0WA 2VNMA 4DJXA 3O9IA 2IGXA 3PLLA 1KJ4A 1EC2A 1A30A 5P17A 3KN0A 1G0VA 4DQEA 2J9KA 2UPJA 4GJ9A 5P57A 4AMTA 1FLHA 1RV7A 3GI5A 1LYBA 3DUYA 3JW2A 1PSOE 2FLEA 5P1EA 5P2EA 5OYUA 1HIIA 4CMSA 2G20A 4U7QA 4K4PA 4EQ0A 3UQUA 5I3VA 3INEA 5BRYA 3LHGA 4FAEA 5SZ9A 2BKSA 4FRJA 1QDMA 3LZSA 1IZHA 5KOQA 4RZ1A 4OBKA 4EJLA 5P7RA 4PZWA 4B72A 4K4QA 3VLAA 1UH9A 2VIJA 3PI0A 1GVVA 5P3OA 4H3IA 2I0DA 4MC6A 4ER1E 3O9FA 5OZHA 5OZKA 3UDHA 2NTRA 5P61A 4QJ8A 4DQGA 1A94A 5AH6A 1EEDP 5P5XA 5IVQA 3NWQA 4Y3FA 3TPLA 1HSGA 3EXOA 5OZUA 3T6IA 5P7PA 4RCDA 4K8SA 3OQAA 1FB7A 3PI5A 3PSYA 3U7SA 2FGUA 1D4IA 2VS2A 1W5VA 2R9BA 3VFBA 2RSPA 1GNNA 3K5DA 2AQUA 3PCZA 4Q1WA 4Q1XA 3CKTA 3DCKA 5P2VA 3DJKA 1MEUA 4JOOA 1HVRA 2ZJMA 5P7VA 4NJTA 3S85A 3OUAA 5P5NA 5P1LA 3TPPA 2AVOA 1HHPA 2ZJJA 5KAOA 4A4QA 5P6DA 3S54A 3NUJA 4AUCA 4H3FA 4EYRA 3VCMA 4Y37A 5BS4A 3EL5A 3L5BA 5P0AA 3PWRA 5P7NA 5P60A 3OOZA 5P54A 3SAAA 1M43A 3OADB 4Y3XA 1YM2A 1FEJC 5P7FA 4QGIA 5P3JA 3OTYA 1DW6C 2JJIA 5APRE 3IA9A 2NXDA 2NXLA 2OHKA 4L1AA 3A2OA 4J1CA 2AOCA 4D88A 5P7CA 4DUSA 2VIYA 4QJ9A 3ZPUA 1OD1A 4RVJA 1CMSA 1BBSA 4CP7A 2P83A 2QI3A 4CPUA 1XN3A 2HIZA 3EC0A 2BPVA 5OZ0A 4DH6A 1RPIA 1FQ8A 4Y58A 3CICA 4CPSA 2QCIA 2ZHUA 4Y4TA 1TSQA 5P76A 5P4FA 4EPJA 4Y3ZA 4DJYA 4ZEAA 4EXHA 3TPRA 3OWNA 2PH6A 3PBDA 4GB2A 5P6GA 2XFJA 2NPHA 5P24A 1AM5A 3U71A 3WB5A 3OXCA 3UQPA 4DJOA 3PWWA 1G2KA 1FG6C 4I0FA 1FIVA 3SA4A 1YTHA 5P2QA 5P2MA 5P84A 5P5EA 1MSNA 1EBKC 2AVSA 5P5MA 3S56A 1C6YA 4Y4XA 5P85A 3BXSA 5I3WA 4Y44A 2APRA 3OGQA 1B6MA 5P56A 3K5GA 1PFZA 2XYFA 2UY0A 4QJ7A 3LNKA 5P6TA 3B80A 1OEXA 5P4EA 3OXWA 4YBFA 5BWYA 5P1FA 3IVHA 5JODA 1QS8A 2HB2A 1SMEA 3WZ6A 1B5FA 1AVFA 1WBKA 1HWRA 5P6KA 1D4YA 1ZBGA 5OZFA 3GGXA 3LPKA 1A8KA 2H6SA 1D4KA 5P1HA 1FG8C 3QVIA 4MC1A 4J5JA 4I0JA 2O4SA 5F00A 2VJ9A 1EC0A 4J54A 5P5GA 4B0QA 5P3EA 3FV3A 3TL9A 3UDJA 1AIDA 5P0OA 3PEPA 2VA6A 4L6BA 2P3BA 5P2WA 3QRSA 3IN4A 4YCYA 2OHMA 3L58A 4HEGA 5OZBA 5P0GA 5KR8A 3N4LA 5KR2A 4Y41A 1K2CA 3OQDA 2VJ7A 3GGVA 2G1OA 5P3PA 5OZDA 5P1BA 5P3MA 1UH8A 2AVMA 4X7IA 2OHQA 5P71A 5P6XA 1F7AA 1HVCA 2WF1A 1LYAB 4Y57A 4I0IA 5P2RA 1GVUA 3S2OA 3MWSA 3RSVA 5DR4A 4LP9A 5P0IA 1YTGA 3SA7A 3M9FA 4J1HA 3BVBA 5P18A 3TPJA 5P7XA 2ZGAA 3TKWA 1MUIA 1KJFA 1SIPA 2J9JA 3QIHA 3L5EA 4MC9A 5OZSA 3URJA 5P0ZA 5P3IA 3ZKNA 5P8BA 2P3AA 5P3VA 2IDWA 1BVEA 3GGAA 4DQCA 5P7IA 1KJ7A 5P7HA 1AJXA 1LYWA 4YDFA 2Q64A 3O9LA 5P4XA 1ZAPA 3R1GB 5P13A 2VIZA 4D83A 5P0TA 3LIZA 2QI6A 3OUCA 3RU1A 3SLZA 2QU2A 4ER2E 4KB9A 5P33A 3PHVA 3ZOVA 5P0MA 1EBYA 5P02A 4F74A 4J0PA 3PWMA 4L1AB 5OZLA 5P6PA 1OHRA 5P6AA 4DJRA 2F80A 2I0AA 5OYYA 1HEFE 1IZEA 4K4RA 4R8YA 5P40A 5P1ZA 3URLA 1HSHA 5P77A 4RCEA 4Z2ZA 3R2FA 3UQWA 1MSMA 5P8LA 5HU0A 4DQBA 1APWE 3R0YA 3PMUA 3NDXA 2RMPA 4U8WA 5P4PA 2QD8A 3CIBA 4DJUA 1UH7A 5P3QA 4PEPA 4PHVA 3G70A 5OYXA 4R95A 4EXGA 2WF0A 5P10A 4LC7A 2QHZA 5OZ9A 3VLBA 5TOLA 4XX4A 5P14A 4F75A 1B11A 5P8GA 2BPXA 1HTEA 2SAMA 1MVPA 1K1TA 4F76A 4YHQA 2R3WA 3VFAA 2I4DA 5P68A 3LIQA 5P67A 4DJVA 5HCOA 3VYDA 5P4ZA 5P7MA 3K4VA 5PEPA 1T3RA 5P37A 3SACA 5P3YA 3L3AA 4Y47A 5P4YA 5P74A 4I0EA 5P07A 4J17A 5P44A 5P52A 3KDBA 4XXSA 4Y4AA 4B78A 3ZKQA 1G6LA 1META 5OZOA 4EWOA 5DQ1A 1ZLFA 5P7TA 3RTMA 1ME6A 2FNTA 3HW1A 2QZWA 3D1YA 5P2KA 4NKKA 1IBQA 1IZDA 2B60A 4CPTA 3ZKGA 1SH9A 5KR0A 1MRWA 1W5WA 2QNQA 1MPPA 3LZVA 3NSHA 5P87A 1QBSA 4CPWA 5P04A 4Y3LA 3T7PA 3VSXA 5P3AA 4ZPFA 2QU3A 1DPJA 2OHSA 1HTFA 4J1IA 2Q63A 5HE4A 4AA9A 2QAKA 4LXMA 5P1QA 5P39A 4ZSRA 4JECA 2MIPA 1W6IA 5OZTA 4YD7A 3BC4A 4ZLSA 3CKPA 1F34A 4I0GA 3HD8A 5P2CA 4XX3A 3TH9A 4DQFA 3HBOA 2QZLA 5P4NA 4R5NA 4HDFA 2QI0A 4KE0A 4R93A 4D8CA 5P8UA 5OZRA 4OBZA 3FX5A 2P3BB 1EAGA 1SMRA 4YBIA 1ODYA 4HDPA 2JE4A 3URIA 2RENA 3I6OA 5P16A 3C9XA 5P63A 3PM4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FMB A;  3QVC A;  5P51 A;  4EP2 A;  1AXA A;  4J0V A;  1FQ6 A;  5SXN A;  4HLA A;  2I4W A;  2QD7 A;  4Y5P A;  5P0X A;  4DFG A;  4XKX A;  6UPJ A;  4RVI A;  5ER2 E;  2O4K A;  4FL8 A;  2QZX A;  4YD3 A;  1HIV A;  1MT9 A;  3K4V C;  1BDQ A;  3S45 A;  2AZ8 A;  4Y6M A;  3NUO A;  4Y3W A;  4KE1 A;  4Y5L A;  5P8M A;  1E80 E;  4ACX A;  5P2G A;  5P1G A;  5IVT A;  3OXX A;  1HIH A;  2UXZ A;  2QNN A;  2PWC A;  5P58 A;  2PMA A;  5AHB A;  4OBH A;  2ZJK A;  3TLH A;  3I7E A;  1ER8 E;  1JLD A;  2Z54 A;  5P2O A;  4Y56 A;  5P5H A;  2NXM A;  5AH9 A;  2WEB A;  1HPO A;  4I0Z A;  3OU3 A;  1LV1 A;  2FGV A;  5P4A A;  3SA3 A;  5HU1 A;  5OYQ A;  5P2N A;  1LYA A;  3RSX A;  5P4B A;  1HPV A;  5P8V A;  4WTU A;  3NYG A;  3D3T A;  5P0V A;  5P11 A;  5OZ5 A;  5P6Q A;  3NDU A;  3SM2 A;  3PMY A;  2B7Z A;  5P49 A;  2V10 C;  1VIJ A;  2R5P A;  2ZHR A;  3S7L A;  1K6V A;  1APT E;  5OZQ A;  2ZYE A;  5P7Z A;  5P3H A;  2PSG A;  3TOH A;  5P46 A;  5P5T A;  1MT7 A;  5P4U A;  3UDQ A;  1YTI A;  5OZ1 A;  1HVJ A;  4EP3 A;  5P12 A;  4RRS A;  4U7V A;  2OHR A;  5P1K A;  4FRK A;  5C9D A;  3MSK A;  3BGB A;  4YOA A;  5P1S A;  5P28 A;  3BRA A;  2ZHS A;  4AZY A;  2FXE A;  1MTB A;  4Y36 A;  2VIE A;  5P80 A;  6FIV A;  1HPX A;  4EJ8 A;  4Q5M A;  4EJK A;  2QI1 A;  2QD6 A;  4OD9 B;  3EKX A;  5P08 A;  5P75 A;  3TNE A;  3UTL A;  4HZT A;  1ENT E;  5P7L A;  1G35 A;  2WEA A;  3O9E A;  4Q1Y A;  2PC0 A;  4Y3G A;  4Y3E A;  5OYS A;  3EM6 A;  4Y3T A;  4Z22 A;  5P5O A;  2Q54 A;  2QHY A;  2PQZ A;  1M0B A;  4Y4Z A;  5P2Z A;  1IDA A;  5P5S A;  5I3X A;  3LPJ A;  2ZHT A;  4OBZ B;  4Y38 A;  3KFP A;  4AA8 A;  3IGB A;  2H6T A;  5P78 A;  3VYF A;  1CZI E;  5P0D A;  3AUP A;  3K5C A;  1TCW A;  3UF3 A;  1KJG A;  3S43 B;  2OHN A;  3OU1 A;  5KR1 A;  1ZPK A;  5P0U A;  4YD5 A;  2Z4O A;  1B6J A;  3G6Z A;  1LF4 A;  5P5W A;  5P3Z A;  3RVI A;  5C9B A;  1BV9 A;  5ER1 E;  5OZ8 A;  4HVP A;  2JXR A;  3L5F A;  4OBF A;  2PYN A;  1FMX A;  3KDC A;  3NU3 A;  5P43 A;  3OUD A;  4GJ6 A;  3HVG A;  1AJV A;  5P8T A;  1DMP A;  4Y4U A;  3GI6 A;  4ACU A;  4MC2 A;  2HM1 A;  2VNN A;  3LIY A;  2ER0 E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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