3GGUA

Hiv pr drug resistant patient's variant in complex with darunavir
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTVKIEGQLKEALLDTGADDTVFEELTLSGRWKPRLIGGIGGFVRVRQYDQVPIEICGHKVIDTVLVGPTPTNVIGRNVMTQLGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Molecular characterization of clinical isolates of human immunodeficiency virus resistant to the protease inhibitor darunavir.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3gguA00
3O9DA 4YBFA 2VIEA 2B7FA 5P0RA 5P2AA 3RTHA 3T7PA 4FL8A 5P1GA 4Y3FA 3TPPA 5OZ2A 1HPOA 5P73A 2VNMA 1FMUA 1WBMA 5P1KA 5HE7A 3O99A 3B7VA 5FIVA 1ME6A 5P3DA 2O4KA 5P0SA 5P0QA 5JFUA 1W5WA 3SKGA 2QI6A 5P4DA 3DK1A 3N4LA 3HD8A 2R5QA 2IEOA 5KQFA 3H5BA 1BVGA 4Y38A 4FIVA 5OYWA 3O9BA 5P76A 5P3XA 5P27A 4DJXA 3WZ7A 2F8GA 5P4XA 1T3RA 5OZNA 1LF3A 1TQFA 3LZUA 5P68A 2ZHVA 2APRA 5C9FA 5HU0A 4X2LA 4J5JA 1QBRA 5P2GA 1FLHA 4YCTA 1K6TA 3EMYA 1BV7A 4H3GA 4I0IA 5P1CA 5P07A 1C6ZA 5PEPA 3TOGA 2FLEA 1YX9A 3L5DA 4HVPA 3URLA 5OZJA 4ER4E 3CIDA 1KJHA 2ER0E 5P44A 3OK9A 4RCEA 5P2CA 3L3AA 3NXNA 1K1UA 1APUE 1PPKE 2B8VA 5P18A 2FXDA 5P64A 4RYGA 3OU1A 5P4CA 5DQ4A 4GJ9A 5P6XA 5P70A 3QRVA 1EBYA 1ZJ7A 5KR1A 4NPTA 2AZCA 1YTGA 3VUCA 1EPOE 3INHA 2RENA 5P71A 4OC6A 5KOQA 1EPPE 2FDEA 3OUDB 2NXLA 5P81A 1APWE 3UQRA 3OWNA 4YD6A 3VG1A 4JOOA 1XDHA 4Q1WA 1IZEA 5P00A 4N00A 3D1ZA 4MC2A 3SA7A 3FNSA 1PSAA 5P5HA 4Y3HA 5P7ZA 3SLZA 3VYFA 1HIIA 3QPJA 2CEMA 3NWXA 3OXXA 4Y56A 4UPJA 4ZSQA 1LZQA 2QD6A 5DR3A 1AIDA 5P1PA 1ZP8A 5OYSA 2QI7A 4DFGA 3LIXA 2QHCA 2QI5A 1YT9A 4CPQA 1CZIE 5OZEA 3SACA 4YOBA 5P7FA 5P2EA 5P5PA 4A6CA 1ODWA 1MRWA 4DI2A 1FQXA 2G1OA 3DCKA 4LHHA 4D88A 5P66A 5P8OA 3PB5A 1BV9A 5P5JA 4JP9A 5P87A 4FRJA 4Q1XA 5P2YA 1PPLE 5OZQA 3EL0A 2QNNA 3ZKMA 5BRYA 5P72A 5P7TA 1K6VA 3L58A 5OYRA 1HVCA 5OZCA 2QZWA 4Y44A 3OOTA 2OHRA 5P8DA 3T3CA 5P5XA 5AH7A 4ZPFA 5P5IA 2Q54A 5OZPA 2PK6A 2VIJA 1M0BA 3S7LA 5P3HA 1HIVA 4R8YA 5P0DA 4Y3DA 5OZWA 1LYWA 2AIDA 2ZYEA 3NU5A 2QP8A 5P8LA 3OU1B 5OYYA 1QRPE 4DVFA 5P2IA 5P4FA 4Y3TA 5DR4A 1A94A 2ZGAA 4AA8A 3SA8A 3ER3E 3R0WA 2ZJKA 3PMUA 1KJ4A 2AOJA 4HLAA 1HSHA 3INDA 5P6GA 2I4DA 1HPXA 4OC6B 1PSOE 1IBQA 1XL2A 5P6YA 5COPA 4B1EA 3FNUA 4CP7A 3S8IA 3VLBA 3UF3A 5P06A 5DGWA 1A30A 4R95A 3OQDA 4L7JA 5P2KA 2IRZA 1BXOA 2WEAA 2QZLA 5P57A 5OYUA 5P51A 5SY3A 3UFNA 5P8EA 5P77A 4Y3LA 5JFPA 1OD1A 3Q70A 3NLSA 4J0PA 3DCRA 3L38A 5OYVA 1IDAA 2AQUA 4YCKA 5P67A 2VS2A 5OZAA 4FSEA 7UPJA 4HDPA 1G0VA 2I4VA 5P46A 3S85A 4QJ9A 4GJBA 4EPJA 1UH8A 2P3CA 5P2OA 1AVFA 1LF2A 5P4JA 3GGUA 1HIHA 4YD4A 2ER7E 1HSGA 1BDRA 4FM6A 5ENKA 2O4SA 3ST5A 3K4VC 5P2NA 1FEJC 4Y5KA 1ZTZA 4I0HA 4Z4XA 2Q15A 3GI6A 1HVKA 5OZUA 2G1SA 5HVPA 2JJIA 1AJVA 1HVIA 3UDHA 1PSNA 4TRYA 5P2JA 2P8HA 4Y4UA 5P1ZA 4F76A 3K5GA 3UFLA 3K5CA 4YOAA 5EZZA 2BBBA 2QZKA 4L7HA 5P1HA 2R43A 5P38A 5P2WA 1E82E 1LYWB 2H6TA 3KDCA 5HCOA 1T7IA 4FSLA 5P5OA 1B5FB 1EPRE 3KMXA 5P6WA 2VJ9A 3VSWA 2NTRA 3ZL7A 3OAGB 1BILA 5P3GA 4Y35A 3T6IA 3O9CA 3O9FA 4FLGA 2ZHUA 3KFPA 3L5CA 5OZIA 4Y4BA 5KQYA 3OADB 4K9HA 4GZFA 1SGUA 4HA5A 2NNKA 5P8MA 3KFNA 1A9MA 4GJDA 1Z1RA 5P32A 4Y45A 2I4WA 1PFZA 5P5QA 5P1MA 3QROA 2V0ZC 2G26A 5P6EA 4DJUA 3VFAA 4Y36A 5P0BA 3O9IA 3PLLA 5OZ8A 2FDDA 3A2OA 2WF0A 2BQVA 4YD3A 4Y3RA 3NU6A 2QK5A 2V12C 1QDMA 2F3FA 5P1VA 2WHHA 3NUOA 1BWBA 3NDWA 2HM1A 4LXMA 3RSVA 5P7GA 2PYMA 6FIVA 4HE9A 2BKTA 5OZHA 4Y5PA 2V11C 3EBZA 4QJAA 5ENMA 4TVGA 2J9JA 5P4BA 4I0FA 1E81E 5P0YA 5SY2A 5P8BA 2I4QA 2NMZA 4A4QA 1MRXA 5J25A 1XS7D 4GMIA 3RTMA 5P5EA 4DQCA 4MC6A 2J9KA 4CPWA 5ISKA 1XL5A 2G22A 4RZ1A 3GI5A 1GVXA 1MT7A 5OZ1A 3KYRA 2NMYA 3KDDA 5IVQA 3CICA 5P1BA 5P3AA 1AXAA 1A8GA 3HW1A 3SA9A 5P04A 5OZBA 2ER6E 3UDRA 4I12A 4Y37A 5OZ3A 1LYAA 3R4BA 4BFDA 4OD9A 5P7IA 3NXEA 5P6NA 3VCMA 1FMBA 1TSQA 4Y4TA 4K8SA 5P7BA 4XX4A 2QD7A 5ER2E 4OBFA 5ISJA 2ZHSA 4Y4EA 3LPIA 5P6UA 5P8VA 1IZIA 4J1IA 1LYBA 4M8YA 3UDPA 5ER1E 4K4QA 4GJ8A 3T7XA 4Y54A 5P8FA 3BVAA 1FKNA 4GIDA 4CPSA 5P6ZA 5P30A 4Y57A 2PWRA 2VKMA 5P0CA 3CKTA 1AAQA 2G27A 3PWMA 3BGCA 1HXWA 1NPWA 3M9FA 2IKUA 5P63A 3SABA 5P0VA 5P3SA 5T4SA 5SZ9A 4ER1E 4B70A 2HIZA 3EM4A 5KAOA 5P36A 1FQ6A 4J17A 4B78A 1GNOA 3NWQA 1APVE 1TCWA 3Q5HA 5P1RA 5P0WA 1D4YA 2G69A 3TLHA 5KQXA 4L7GA 4ZSMA 1HPVA 2AVOA 1DAZC 2FNTA 4I0EA 4J1FA 4D83A 4YD7A 5I3YA 1HWRA 2OHMA 4AUCA 1W5VA 3G72A 1DP5A 8HVPA 2J9JB 4QJ8A 2G94A 5OZXA 1TSUA 3OUAA 4XKXA 1TW7A 3SM2A 5HTZA 3EKVA 3PWRA 2WF4A 1NPVA 4Y3PA 5P6AA 1QBTA 5P1TA 1LS5A 4CPXA 2QMDA 3GI4A 3NU9A 1ER8E 5P3VA 2VA6A 5P2SA 1HRNA 3WB4A 5OZSA 4I0DA 5P7EA 4Y3XA 2AOFA 5P7AA 3URIA 4DQFA 3VLAA 2HB2A 4I11A 5P3WA 4H3JA 2O4NA 3LZYA 3SA6A 4OD9B 1HHPA 2NNPA 1DIFA 4R5NA 4DJPA 4DJOA 4EYRA 5AH6A 5P5BA 1C70A 3VV6A 5P4OA 5P1NA 1K2BA 5P52A 4WY1A 2ZDZA 1E80E 5P6DA 5P05A 1HSIA 4EJLA 5P84A 4DJQA 4U7QA 3IN4A 2HB4A 3QP0A 3OHHA 3IVHA 5P4EA 2OHPA 1HVHA 3BXSA 4Y3ZA 2I1AA 4OBZA 3VV7A 4H3IA 5P26A 3WB5A 5F01A 5P8IA 5P7LA 3FKTA 5P4LA 4DQHA 2ZJLA 5DQ1A 1ZLFA 1M4HA 1KJFA 5P0KA 5P3PA 3OTSA 5P1AA 1B11A 5P3QA 5P13A 1HVSA 3BUGA 5OYTA 3VFBA 3UQWA 2G1NA 1KJGA 5P10A 3SFCA 4XXSA 5P4IA 5P4AA 5P3CA 4F73A 5P5UA 4NJSA 5P33A 3ZOVA 4Q5MA 2XYFA 3PRSA 3ZKNA 3O9AA 4RRNA 3I8WA 4H1EA 1ODXA 1EPLE 3ZKQA 3OQAA 4DQBA 5P2BA 6APRE 3PCWA 3EXOA 4I10A 5P3OA 3SA3A 5P5YA 3EKTA 1CMSA 2OF0A 5P8TA 5KQZA 3UHLA 1FQ8A 5IVTA 5P4WA 3URJA 5P2RA 1IVPA 2VA7A 3VEUA 2FDPA 5P53A 2F3EA 3EM6A 3INFA 5HCTA 3WZ6A 1YTIA 3OXVA 2ZE1A 3OUBA 3TL9A 5HDVA 2AOCA 1FIVA 5P7SA 3TPLA 3TTPA 5P65A 2B8LA 4H3FA 2B7ZA 5P5TA 2AOEA 5P0IA 5P8GA 3SKFA 2UXZA 1HEFE 3U6AA 4S1GA 2R8NA 4TRZA 5P5RA 4Y3AA 5P3UA 4EJKA 3CYWA 3LHGA 5P4RA 1QBSA 5CLMA 5P1DA 5P6OA 4OBZB 3UDQA 3K4VA 5P3FA 3R1GB 1HTGA 2AVQA 3I6OA 4RYCA 2ASIA 1YM4A 2FNSA 1FMXA 2P3DA 5AGZA 1XE5A 1LEEA 3VF7A 4B00A 1D4JA 4Y3JA 5P50A 3OHFA 1U8GA 3OGPA 4JPCA 4EQJA 4Z2ZA 4ZPGA 5P6PA 3QRSA 4NPUA 3ZPUA 5E5KA 5P3EA 3VF3A 4LL3A 5OZVA 2OHKA 5P54A 5P61A 5P83A 4FE6A 2PYNA 4LAPA 4Y3QA 1EPQE 3PVKA 4EQ0A 1QS8A 3MXDA 5KR0A 2ZJJA 2WJOA 4L1AA 2OHTA 1BWAA 1MVPA 4PHVA 4FS4A 1ZSFA 4Y3EA 1F7AA 4EXHA 4WTUA 1EC1A 3GGVA 1EC3A 5COKA 2HS1A 5P0OA 4RCFA 2PQZA 3QBFA 2IGYA 1B6JA 1META 5OZ0A 1SDVA 4Y6MA 1MSMA 1HVLA 3R0YA 5IE1A 5P3ZA 2VIYA 2V13A 5AHAA 2OAHA 2WF1A 4DJWA 4YD5A 1HTFA 5P47A 2I4XA 3K5FA 2AZBA 2PH8A 4LXAA 4ZIPA 5I70A 4Y53A 3PI0A 1Z8CA 3LIVA 1BIMA 2XFIA 5P0EA 3JVWA 1HTEA 2IGXA 2V00A 2QU3A 1ZPAA 1VIJA 5P11A 3BUHA 1PROA 5P0NA 2QCIA 5P3NA 3K5DA 1GKTA 3EL1A 5P7MA 4EWOA 2QMGA 2ANLA 5P7OA 1EPNE 3D1XA 2AOGA 5P16A 5P8PA 1SIVA 4I0ZA 3SA4A 3N3IA 4EJ8A 1FGCC 3TKGA 3D1YA 4APEA 5C9BA 2SAMA 1EEDP 3S53A 2HPFA 1ZAPA 5P6CA 4NJVA 3LITA 5P8NA 3GI0A 1UH7A 3Q3TA 3MWSA 3ECGA 2WEDA 5P4UA 1FFFC 2QD8A 2P3BA 1TCXA 5P7QA 2R9BA 5CONA 3KN0A 2AODA 1GVWA 1NSOA 2XFKA 4B72A 4FAEA 1Q9PA 4DJVA 1UH9A 2BJUA 3PSUA 2QI0A 2XFJA 5AHBA 1MSNA 2HPEA 1B6MA 5AH8A 3EKXA 3PBZA 5P7YA 5P14A 4ZPEA 1T6GA 3TKWA 3TOFA 3LIYA 4CPUA 4PYVA 4K4RA 4B05A 5P5SA 3ZPSA 1MTRA 1NPAA 3PGIA 5P5VA 5P6VA 1XN3A 1HVRA 1PPME 4QJ2A 3HAWA 5DQ5A 5P7CA 2AVSA 1HXBA 1UPJA 4U7VA 3HLOA 3CYXA 1YTHA 4FM7A 3QRMA 1FQ4A 1HPSA 5DR7A 5HDUA 2HS2A 4D89A 2QU2A 3L5EA 2HB3A 4WY6A 2A1EA 2Z4OA 1TZSA 5P4GA 3QN8A 2EWYA 4DUSA 2IQGA 3BC4A 2ZJIA 5P8QA 1SMEA 5P3JA 5P7HA 3SQFA 5I3XA 5P6QA 5P3KA 2UY0A 5APRE 4J1CA 5P25A 3S7MA 5P8UA 5P6TA 2PMAA 2G20A 1K6CA 2Z54A 5P40A 3G6ZA 4F75A 4I1CA 4YA8A 3IAWA 5P5CA 3CKPA 5P8RA 4J0VA 4YCYA 4Y4GA 5HE5A 4ACXA 2VA5A 2R3WA 3B80A 5P3RA 4J0TA 3L5BA 3MSKA 3O9HA 3I2LA 4JECA 1GVTA 4RVXA 3HVGA 5P1JA 2JE4A 2WL0A 3SPKA 2FIVA 1G2KA 4Y5LA 5OYXA 3S2OA 2OHSA 5UPJA 1DMPA 3UDJA 3INEA 4Y4ZA 2RSPA 2BB9A 5P2LA 3CMSA 5P6BA 3T7QA 3MSLA 2AZ8A 4FAFA 5DR0A 4Z50A 1GVUA 5P6JA 2IS0A 1OEWA 2ZJMA 4YE3A 1ZPKA 5P5FA 2QI3A 6UPJA 3IXKA 3OQ7A 4KUPA 5P7DA 5P8HA 3FSMA 3D91A 1HEGE 1OHRA 5P1YA 5P8CA 2WECA 3ZKIA 3DJKA 1RV7A 4DJYA 2Q63A 4PZWA 3HAUA 5P0GA 4J55A 3NU4A 5P20A 3S54A 5P0ZA 2XYEA 3PI5A 5P6KA 4CPRA 5P24A 2WEBA 2QNQA 1A8KA 5HU1A 4Y3WA 3BHEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3O9D A;  4YBF A;  2VIE A;  2B7F A;  5P0R A;  5P2A A;  3RTH A;  3T7P A;  4FL8 A;  5P1G A;  4Y3F A;  3TPP A;  5OZ2 A;  1HPO A;  5P73 A;  2VNM A;  1FMU A;  1WBM A;  5P1K A;  5HE7 A;  3O99 A;  3B7V A;  5FIV A;  1ME6 A;  5P3D A;  2O4K A;  5P0S A;  5P0Q A;  5JFU A;  1W5W A;  3SKG A;  2QI6 A;  5P4D A;  3DK1 A;  3N4L A;  3HD8 A;  2R5Q A;  2IEO A;  5KQF A;  3H5B A;  1BVG A;  4Y38 A;  4FIV A;  5OYW A;  3O9B A;  5P76 A;  5P3X A;  5P27 A;  4DJX A;  3WZ7 A;  2F8G A;  5P4X A;  1T3R A;  5OZN A;  1LF3 A;  1TQF A;  3LZU A;  5P68 A;  2ZHV A;  2APR A;  5C9F A;  5HU0 A;  4X2L A;  4J5J A;  1QBR A;  5P2G A;  1FLH A;  4YCT A;  1K6T A;  3EMY A;  1BV7 A;  4H3G A;  4I0I A;  5P1C A;  5P07 A;  1C6Z A;  5PEP A;  3TOG A;  2FLE A;  1YX9 A;  3L5D A;  4HVP A;  3URL A;  5OZJ A;  4ER4 E;  3CID A;  1KJH A;  2ER0 E;  5P44 A;  3OK9 A;  4RCE A;  5P2C A;  3L3A A;  3NXN A;  1K1U A;  1APU E;  1PPK E;  2B8V A;  5P18 A;  2FXD A;  5P64 A;  4RYG A;  3OU1 A;  5P4C A;  5DQ4 A;  4GJ9 A;  5P6X A;  5P70 A;  3QRV A;  1EBY A;  1ZJ7 A;  5KR1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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