3GGVA

Hiv protease, pseudo-symmetric inhibitors
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title 2-Pyridyl P1'-substituted symmetry-based human immunodeficiency virus protease inhibitors (A-792611 and A-790742) with potential for convenient dosing and reduced side effects.
pubmed doi rcsb
molecule keywords V-1 protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ggvA00
4CPTA 2WL0A 2G69A 5P2HA 1G2KA 1HXBA 4K4RA 1B5FA 1ZSRA 1XE5A 4K9HA 4L7HA 4EJLA 1DAZC 2VIZA 4J54A 2NTRA 5P0BA 5ISKA 2P8HA 1A30A 1BXQA 1YX9A 2PWCA 2IRZA 3QVCA 1GVUA 3EXOA 5P79A 4I1CA 4YBFA 5P1VA 3Q70A 3DM6A 4PPHA 1HBVA 5P0UA 1B11A 4H3IA 4MC6A 2QCIA 1G35A 3NUOA 3VV7A 5P5WA 1APUE 5COOA 5P11A 3HBOA 5P5OA 5P8FA 3UDHA 5P2JA 3INEA 3CIBA 2WF4A 3FKTA 2FMBA 4FRKA 1HXWA 2HC0A 2QZLA 4R93A 4LXKA 1MPPA 4Y5CA 4NJTA 3VF7A 3KT5A 1BDLA 1SBGA 5P2NA 5P52A 5P55A 3ZKXA 5P0LA 3FV3A 4ZEAA 1JLDA 2NXDA 2QHCA 3O9FA 2FDDA 3T11A 4EJDA 5HDVA 4D89A 1ZTZA 3NDWA 2JJJA 5P5MA 4I8WA 1CZIE 2O4KA 5P4EA 3MXDA 5COKA 2I4VA 2BPVA 3ZKIA 3N3IA 3TPLA 3K5CA 5P61A 1T7IA 3AIDA 4Q1NA 3QI1A 4Y37A 5P46A 1A8GA 5OZQA 4Y3HA 5DR0A 2QNPA 1DIFA 3OUDA 2QK5A 3OADA 1D4SA 4NJSA 2R8NA 1OEXA 2B7ZA 5JFPA 2P83A 2R9BA 5P0YA 3H0BA 1D4IA 1G0VA 5P0HA 3LIQA 2BPWA 2FIVA 4ZSQA 5P6RA 1HPXA 2P3BA 5P3FA 1W6IA 1FMUA 5P5KA 5P6FA 5OYSA 2FNSA 2RKGA 2WF1A 3FX5A 5OYXA 4ACUA 5P3SA 5P3GA 4JP9A 4R95A 5P8GA 1MIQA 2AOHA 5CLMA 4AMTA 5P4FA 2IENA 5P6TA 2O4NA 5P76A 3HAWA 1LYAA 3T7QA 1XN2A 5P3IA 2NXLA 3INFA 1ZJ7A 5OZTA 5P4JA 3BUFA 4Y56A 3MXEA 4GJDA 2G22A 3TKGA 3PB5A 3IXKA 1T6EX 3IAWA 2ER0E 5P2BA 4OBHA 5DQ4A 3OGPA 2QHYA 3EKVA 1EBWA 5P1RA 3OGQA 2V13A 2WEAA 2QI0A 4Y5NA 2PH8A 1YT9A 4Y47A 4BFDA 2HB2A 2ER9E 5P30A 5OZMA 1CPIA 3OU4B 5P4SA 4HDPA 3PRSA 4PHVA 4HA5A 1EPNE 2AVSA 1QBSA 3TPRA 3UDKA 4NJVA 1K6VA 5HDXA 4YBIA 3KA2A 1QBRA 2ZYEA 4I0GA 1MT9A 5I3XA 2QMDA 3EL4A 2PSGA 4EWOA 4Y3TA 5P7KA 2WECA 5HU1A 2UXZA 5IVSA 4AA9A 1LF2A 5P1KA 3VG1A 4U7QA 1HWRA 5HDUA 4CPSA 1LF3A 5P5LA 5P8JA 4L1AB 2XFJA 3EC0A 3LIZA 4JPCA 4NPUA 4Y4ZA 1K6TA 3S43B 2IKOA 5BRYA 5P45A 2AIDA 3PWRA 1TCWA 2I4UA 5HE5A 3SO9A 2NR6A 4H3FA 3G70A 5P2AA 5P78A 4LAPA 1IZIA 3DOXA 1SH9A 2G1YA 5P0EA 1IZEA 5P1OA 1EAGA 3PI5A 3UDQA 5P7MA 3L5EA 3VFBA 5P0NA 3Q6YA 5P8MA 2ER6E 2I1AA 3LIVA 4BELA 3WSJA 1ODYA 1AM5A 3LITA 5P4DA 5P0XA 2HIZA 3PSGA 5P7RA 1HEGE 3QS1A 4QJAA 1GVWA 3R0WA 4Y3LA 1IIQA 2ANLA 2P3DA 3BRAA 2P4JA 1DW6C 4FIVA 4Y4BA 5P75A 5OZXA 2ZGAA 2ZHUA 2VKMA 1HTEA 5P8DA 3NLSA 1N49A 5P0ZA 5P0VA 5P3TA 5P07A 1B6LA 4Y3EA 2HAHA 4OBJA 5KR8A 4FAEA 5P22A 1ZBGA 5KQXA 5KR0A 5P5AA 4FGXA 2PYNA 3DV5A 3SFCA 5P7BA 5OYTA 3PI0A 5P2UA 5P1SA 3L3AA 2ZJKA 5P1QA 4RVXA 1HOSA 2BKSA 1FF0C 1W6HA 5P3PA 1T6GA 2P3CA 2Q54A 2QI4A 3IN4A 2G1OA 5P0GA 5IVTA 3HW1A 2F8GA 5P7XA 4J0ZA 5P5XA 3PGIA 3SAAA 3HDKA 5P0WA 5P2LA 4RYCA 4YD7A 4I0EA 3O9IA 3OXVA 3OU1B 5P4CA 5P1PA 3QAAA 5P1TA 2RMPA 5P8EA 4KB9A 1PFZA 2QI3A 5P41A 2OHLA 5P6YA 3CKRA 3SQFA 3NSHA 5P0AA 2NNPA 5P1WA 5P3KA 1D4JA 3NXEA 2H6TA 3LZUA 2QMFA 5OYQA 2Q63A 5OZHA 4J0YA 5P85A 4H1EA 5P2EA 4EP2A 2ASIA 5P04A 4Y57A 5P20A 3I7EA 5P5HA 4EXHA 4RCFA 2UPJA 3NU4A 1MVPA 5FIVA 4Y5MA 2CEJA 3KDBA 1YTGA 3O9GA 5P4NA 1BAIA 4FM6A 5P1YA 3PEPA 1FMXA 4Y4UA 3PM4A 4ER1E 3RTNA 5P7VA 2F81A 5P0RA 3VCMA 3BUHA 5SZ9A 2NPHA 4FRIA 5KOSA 5P47A 1EC0A 5OZ1A 1ODXA 5OYZA 2BPZA 1IZDA 3O9LA 5P84A 2XYFA 4Y5AA 1GVTA 1E81E 3K1WA 5P74A 1G6LA 3VSWA 4Y39A 5P43A 2J9KA 4Y50A 1OD1A 5HD0A 1HVJA 1HEFE 3PMUA 1OHRA 3B80A 3Q5HA 3QROA 1J71A 5KR2A 1W5VA 5P5UA 5IVQA 4KUPA 3VLAA 3PCWA 2O4LA 5HDZA 4PZWA 5P3XA 1SMRA 4B72A 2JXRA 1TW7A 3QIHA 1UH9A 3UDRA 2QI6A 5KAOA 3OXXA 4DJXA 5P1XA 3SA3A 2HPEA 5P6KA 3TOHA 5P8OA 3GI5A 3OQ7A 3UQPA 2V10C 3SM2A 5P6GA 4Y48A 1T7KA 2AOFA 3S56A 5P2ZA 2QD8A 5P70A 1MEUA 3BXRA 1W5XA 4I0DA 1MT8A 5P4LA 4OD9B 4EQJA 5DGUA 3VLBA 5IE1A 3UCBA 5P2GA 4GZFA 5P2TA 5P3VA 3VYEA 3PVKA 3BGCA 3HVGA 3R0YA 1XN3A 4J0TA 5P68A 1GVVA 3EKYA 4RVIA 1EC3A 5P54A 2PSUA 3R4BA 1EC2A 4HDBA 4XKXA 4CPQA 2IDWA 2QMGA 2OF0A 4ZPFA 4Y35A 1M4HA 2I4WA 2IQGA 5P8BA 3A2OA 5P2WA 3TOGA 2CENA 4EJKA 4APEA 5P5QA 5P6CA 5P2QA 3OAGB 2QP8A 4Y4XA 4ER4E 5P3RA 1SDTA 1WKRA 2Z4OA 2JYSA 3LPKA 4K4QA 2G94A 3ZPSA 3O9HA 1NPAA 9HVPA 4Y3ZA 5P4AA 1ZPKA 4TVHA 3O9AA 3DK1A 6FIVA 1ZPAA 4CKUA 5P73A 3MSJA 5P6NA 1AVFA 1FQ8A 5P0TA 1RV7A 3VV8A 4EP3A 3R1GB 3QN8A 3PLLA 3GGVA 3HLOA 5P71A 5P57A 5KQFA 4Z2ZA 5OZ2A 3OQFA 4DVFA 2AVVA 2PQZA 4QLHA 1KJ7A 1B6KA 5P60A 1OEWA 3APPA 1AIDA 5TOLA 4D8CA 2V11C 4X7IA 4LBTA 1BWBA 5AH8A 3Q3TA 2OHUA 3TLHA 3OTSA 3WB5A 5P7AA 2ZDZA 2VIYA 5P48A 1TQFA 2IGYA 1RQ9A 5KOQA 3ZMGA 5P80A 1D4YA 3RVIA 5P0DA 3OU4A 1AZ5A 1FQ5A 3UDPA 3L5CA 3TNEA 5P1FA 1HVRA 3BVBA 1FLHA 2MIPA 2SAMA 3IN3A 4OBZA 5P7HA 2AZ8A 5P59A 4Z4XA 1PSOE 4YDGA 3ER5E 5P4VA 5P6BA 4DJUA 4Y38A 3SA6A 2G1RA 4B1CA 3K5FA 4Y45A 5APRE 1FQ7A 5P3EA 1SDUA 5P7JA 2I4QA 5OZ5A 2AZCA 3EKXA 5P4GA 3K5GA 5P6OA 4I0IA 4RGHA 4KE1A 5P10A 4JPEA 3INDA 3TL9A 2OHNA 4YDFA 5P8SA 5P2FA 5P7WA 4Y3NA 5P7LA 1C6ZA 2FXDA 3S85A 3DV1A 5P2MA 4K4PA 2I4DA 5P0CA 4QJ8A 5P4HA 4FLGA 4ZSMA 4M8YA 3LZYA 3ZPUA 1MESA 3KMXA 2HS2A 2QI7A 2ZE1A 5OZWA 5DR1A 1ZLFA 5OZOA 5P8RA 2F3EA 3UFLA 5P1NA 4Z50A 4DPFA 2PMAA 4YCTA 5P5EA 3O9CA 1QBTA 4XXSA 1TCXA 2WEDA 3ZLQA 1HTRB 1ZSFA 4DH6A 5OZLA 5P5IA 3T7XA 4AA8A 1FFFC 1EPRE 4FE6A 2VA6A 3RU1A 1EEDP 5P4TA 4LL3A 1FQ6A 3O99A 3OUAA 4FRSA 1DP5A 3NDTA 2VNNA 1YG9A 2VA7A 3SKGA 1RNEA 5P4RA 2AOGA 1CMSA 5P31A 3AUPA 4J5JA 5P18A 5P3MA 2XFIA 4Y3RA 1HSGA 1F34A 1KJFA 1SGUA 2QZXA 2FXEA 5P72A 3IA9A 3HAUA 5DR8A 3ZPTA 3CMSA 2BPXA 2P3AA 3S53A 1D4HA 2FGUA 2JE4A 3MSLA 4U8WA 1ODWA 1W51A 5P44A 5AHCA 4I0HA 5P33A 5P50A 1APTE 2XFKA 2G20A 5SY2A 4Y4WA 3NXNA 3I8WA 2QHZA 1QBUA 1LZQA 5P8HA 1B5FB 5P34A 4PEPA 5P23A 4RCDA 3CYXA 5DPZA 3BUGA 1B6MA 5P24A 4XX3A 3S7MA 3NU3A 3D3TA 5IS4A 3JW2A 5OZKA 1E80E 2VIJA 5P2VA 1BWAA 4R5NA 3VF3A 5HTZA 4XX4A 4J0PA 1FIVA 4Y5EA 5P87A 1BDQA 4GJAA 4MC1A 3RTHA 8HVPA 1PSNA 4DQFA 2PYMA 4Y5GA 4YOBA 4Q1WA 2OAHA 5OZCA 1HHPA 4D83A 1ME6A 3NU6A 4ZSRA 2PH6A 1KJ4A 1BXOA 4HDFA 5P26A 2R5PA 5P89A 1BDRA 3TOFA 5P25A 1T7JA 2BKTA 5OZAA 2Q64A 3VV6A 3T3CA 1GNOA 2PC0A 2IEOA 3L5BA 2J9JB 5P3CA 3NU5A 4R8YA 2NNKA 4Y5KA 4ZPEA 1LYBB 3ZKSA 4FAFA 3L58A 5P02A 5P4QA 4RCEA 2VIEA 1SMEA 3JVYA 5AHBA 2AVMA 3G72A 4GJCA 4Y4DA 3IGBA 5P4MA 1BV7A 3NYGA 4Q1XA 2BJUA 1BV9A 3PSYA 1A8KA 1HVHA 3OUDB 3O9DA 3QRVA 3OADB 3SA4A 2AOJA 4ZSPA 4ACXA 5P7QA 1C70A 3OWNA 5P6VA 1FQ4A 2FNTA 3GI0A 3VEUA 4GJ7A 2P3BB 2APRA 3UDYA 2B42A 7HVPA 1KJGA 4HZTA 1GVXA 1W50A 5I3VA 1PROA 3KT2A 4AZYA 4LXAA 5P7ZA 5P4PA 2Q3KA 2Q15A 2QD7A 5P51A 1LYAB 5P0FA 5P81A 5P5ZA 2G21A 3IVHA 5P5NA 4J1HA 2HB3A 1Z8CA 2H6SA 5P53A 1HPVA 3FSMA 4ZE6A 4H3GA 5BWYA 5OZRA 1K6PA 4Y4GA 5P5SA 3FNTA 5P28A 4DUSA 1HVCA 1T3RA 1DPJA 5P2CA 5P1HA 4GYEA 5OZ4A 1KJHA 4NPTA 5P6HA 2QZKA 2OHRA 2VJ7A 3EM3A 1LYWB 3SA5A 2VJ9A 3T6IA 2HB4A 3ER3E 3EL9A 5SY3A 5P82A 4FRJA 4GB2A 3KDCA 5E5KA 3QP0A 2V12C 3SA8A 1A9MA 3PWWA 4FCOA 4CPRA 1HVKA 3LZVA 4FSLA 2NMZA 1BBSA 2OHSA 3OHHA 3KDDA 3PMYA 2ZJLA 4QJ6A 1QS8A 1FMBA 3GGAA 3KYRA 3ZKQA 5HCOA 1FEJC 4RZ1A 1TSQA 5P7PA 1XL5A 4OBFA 1META 1EBYA 5P38A 5AH7A 5P05A 2RKFA 5P8LA 4HLAA 1AAQA 4YD3A 1K1TA 2AVQA 5P37A 4DJOA 5P15A 5P6DA 1HPOA 4Y3FA 3S7LA 4DQCA 1EC1A 5JG1A 1XL2A 2ZHRA 4JOOA 4Y3MA 3UPJA 3EKPA 1BIMA 5AGZA 1LEEA 3JVWA 3D91A 5KQZA 4PYVA 5DQ5A 5P5PA 3INHA 2F80A 5P7FA 1HTFA 5OZJA 1IVQA 3TPJA 1IDBA 5OYVA 3ZOVA 2R38A 3KF0A 3CKPA 3I6OA 1BVGA 1QRPE 1UH8A 1VIJA 2NMYA 3L5FA 5C9BA 3K4VA 2BB9A 2OHPA 2IS0A 4DQEA 3CKTA 4B1EA 4L6BA 2EWYA 2QU3A 2F3KA 3OQAA 1M43A 5P3NA 5P6SA 4PZXA 4GJBA 2I4XA 5OZDA 5DR3A 5P3QA 4Y53A 4EPJA 3NR6A 4AUCA 1SDVA 3EKTA 1BILA 3VYFA 4TRWA 5T4SA 5P5BA 5P09A 2B8VA 5P7IA 5P35A 1FFIC 1MSMA 2R43A 4YE3A 1XS7D 5P8QA 4EHCA 5P58A 5HCTA 5JODA 4J1FA 1Z1RA 4Y3AA 2WHHA 5P1JA 4Y3YA 3IXJA 5P0JA 3LPJA 1SP5A 1ZP8A 2QD6A 5P1MA 3KFSA 4RRSA 5P01A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CPT A;  2WL0 A;  2G69 A;  5P2H A;  1G2K A;  1HXB A;  4K4R A;  1B5F A;  1ZSR A;  1XE5 A;  4K9H A;  4L7H A;  4EJL A;  1DAZ C;  2VIZ A;  4J54 A;  2NTR A;  5P0B A;  5ISK A;  2P8H A;  1A30 A;  1BXQ A;  1YX9 A;  2PWC A;  2IRZ A;  3QVC A;  1GVU A;  3EXO A;  5P79 A;  4I1C A;  4YBF A;  5P1V A;  3Q70 A;  3DM6 A;  4PPH A;  1HBV A;  5P0U A;  1B11 A;  4H3I A;  4MC6 A;  2QCI A;  1G35 A;  3NUO A;  3VV7 A;  5P5W A;  1APU E;  5COO A;  5P11 A;  3HBO A;  5P5O A;  5P8F A;  3UDH A;  5P2J A;  3INE A;  3CIB A;  2WF4 A;  3FKT A;  2FMB A;  4FRK A;  1HXW A;  2HC0 A;  2QZL A;  4R93 A;  4LXK A;  1MPP A;  4Y5C A;  4NJT A;  3VF7 A;  3KT5 A;  1BDL A;  1SBG A;  5P2N A;  5P52 A;  5P55 A;  3ZKX A;  5P0L A;  3FV3 A;  4ZEA A;  1JLD A;  2NXD A;  2QHC A;  3O9F A;  2FDD A;  3T11 A;  4EJD A;  5HDV A;  4D89 A;  1ZTZ A;  3NDW A;  2JJJ A;  5P5M A;  4I8W A;  1CZI E;  2O4K A;  5P4E A;  3MXD A;  5COK A;  2I4V A;  2BPV A;  3ZKI A;  3N3I A;  3TPL A;  3K5C A;  5P61 A;  1T7I A;  3AID A;  4Q1N A;  3QI1 A;  4Y37 A;  5P46 A;  1A8G A;  5OZQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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