3GGXA

Hiv protease, pseudo-symmetric inhibitors
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title 2-Pyridyl P1'-substituted symmetry-based human immunodeficiency virus protease inhibitors (A-792611 and A-790742) with potential for convenient dosing and reduced side effects.
pubmed doi rcsb
molecule keywords V-1 protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ggxA00
3L58A 4FRIA 3T3CA 5P3VA 4TVGA 5OZXA 3QI1A 3KF0A 1WBMA 2I4VA 4XKXA 5P1DA 4EPJA 1XN2A 2PK6A 4B1DA 5SZ9A 5OZ1A 2AOIA 2AOHA 4B05A 2ER7E 3O9FA 5P1LA 5P8MA 5P3RA 1FQ5A 1EPME 5P7WA 3K5FA 1EPOE 2AZBA 3PSGA 1EC2A 2F81A 5OZRA 5P1QA 3TLHA 4I0IA 1VIKA 4B72A 3CYXA 1HTGA 4EQ0A 5I3XA 3VFBA 3N3IA 1JLDA 5P1GA 2IRZA 5P6XA 1W6IA 1UH9A 2UXZA 3TOFA 5OZ8A 1FQ6A 4KE1A 4Y57A 5P2DA 2EWYA 3QIHA 5P50A 4GJAA 5P0BA 3QRVA 1FB7A 1D4KA 4NJTA 3NUJA 4H3FA 3VCMA 1EBZA 1HEFE 3NSHA 5P1IA 5P0IA 2QCIA 4J0ZA 4GJ5A 3NWQA 2BBBA 2P3BA 3GGVA 2PSVA 2QU3A 3CMSA 4OC6B 5P6HA 5P34A 5P5SA 3BRAA 2R8NA 4OBZA 5OZGA 4R8YA 1SGZA 3RTHA 5P4GA 2ZGAA 1RNEA 3RSVA 5HU0A 4GJ9A 4RVJA 4ACUA 3BGCA 3DV1A 5P28A 4DJPA 5P3LA 4J0TA 3PM4A 2P83A 5P63A 4DV9A 5P1PA 1APUE 2WEBA 3L59A 1FF0C 2AVVA 4I0FA 1PPKE 3C9XA 3G6ZA 2J9JB 2QMPA 4FM8A 2G1RA 5OZOA 4YOBA 5P09A 3EL1A 5AHBA 2WF1A 4GJ7A 5DPZA 2VJ6A 1LYWA 3PGIA 3K4VC 5P0LA 1ME6A 4JP9A 5OZNA 3KM4A 5P25A 1KJHA 4Y5CA 5DR8A 4ER4E 5P66A 1M0BA 3QPJA 3OHFA 3NU5A 1CPIA 5P0CA 5P72A 3BVBA 4AZYA 1GNOA 4Y58A 3FKTA 3B7VA 2NPHA 5P76A 3NR6A 5P6RA 4Y51A 1ENTE 3ZPTA 1QDMA 5OZ7A 5OYTA 1LYAB 1MEUA 5OZ4A 4LXKA 3VV7A 4NJSA 3MSLA 1AXAA 1Z1HA 3OU1B 4ZSQA 1DAZC 1NPWA 5P6EA 5P2KA 3VV8A 5OZZA 5P5WA 1FMXA 5C9DA 3EBZA 2B8LA 2WHHA 5P8GA 1BILA 5DGUA 2OHMA 1GVWA 2IGXA 4D85A 5P8KA 4I0JA 3PBZA 1APWE 3URLA 5P2RA 1J71A 2OHRA 5OYWA 4PEPA 5P3BA 5P83A 4Y45A 2Z54A 5JODA 5P5VA 1HVCA 3MSJA 3BVAA 5P03A 4J55A 1A9MA 1SDVA 1E81E 4Y5GA 4A4QA 3S53A 2OHPA 4LXAA 4EJKA 4LHHA 4TRZA 3BHEA 1C6YA 1APVE 4EP3A 3ZLQA 1RQ9A 2QI5A 5P27A 3URJA 1IVPA 3GI6A 3IA9A 2FDEA 3BC4A 4H3JA 4KB9A 2PYMA 1CZIE 2G1OA 3PWRA 2QMGA 4OBJA 4J0YA 3LIQA 2IEOA 5P7SA 1K6CA 2BKSA 4WTUA 5COOA 5P4LA 1D4YA 1G6LA 5P7VA 2ZYEA 5P4QA 5OYYA 2RMPA 5C9BA 4OD9B 4U7VA 3FNUA 4J17A 1C6XA 5OZ6A 3UDRA 4ZEAA 1W6HA 3D1ZA 3R0WA 2UY0A 4E43A 4MC1A 5P4OA 4CPQA 4L1AB 2RKFA 3HZCA 1NH0A 4I0ZA 3SO9A 3EKWA 3CYWA 4NPTA 3INEA 1HIVA 3VLAA 1LYBB 3KT2A 5P2TA 4B1EA 4B78A 5DR7A 5OZSA 1IDAA 1Z1RA 4Y4AA 5P2ZA 4JPCA 1EEDP 3KFNA 3OADA 5OYZA 2QI7A 2CENA 3TPLA 5P2VA 1LEEA 2NXMA 6UPJA 4Y4EA 5B18A 4D89A 3OQDA 1FG6C 3HBOA 3GI5A 3PEPA 2V10C 3DV5A 5P4BA 2NMYA 1GNNA 2QI4A 2IQGA 3TNEA 2Q64A 3LPIA 5P7XA 4Y41A 4RCDA 2RKGA 4F73A 2Q11A 3PLLA 2QD8A 2PH8A 1T7IA 4BFBA 4R92A 5P8OA 5P35A 1G0VA 2R38A 2QK5A 4GJ6A 2ER0E 5P62A 5KR0A 3WZ7A 4I0HA 3OQKA 4QJAA 4YDFA 5P7HA 3KDBA 5UPJA 4Y44A 1LF3A 5P6NA 1EPPE 5P4AA 3GGUA 5P3JA 5DR4A 5P7JA 4D83A 1U8GA 5P1WA 5P7BA 1MPPA 1B11A 2HS1A 1AAQA 4NJVA 1FFIC 2WEAA 5P4DA 5P41A 1BV7A 4FAFA 1RL8A 5F01A 1FIVA 1FFFC 3CIDA 4ER2E 1ZJ7A 4YA8A 4MC6A 3ZKXA 2XFIA 5P6LA 2Q15A 3O9CA 2I4DA 5P0OA 1BWBA 5P56A 4J54A 1GVUA 3O9BA 4HDBA 2P4JA 4FGXA 2BPWA 5P36A 5P6JA 4H3IA 3FIVA 1YTIA 4J5JA 4OBZB 4DJOA 3PCWA 4I1CA 3PI5A 4GYEA 4CPXA 5P8HA 3VFAA 4Y3TA 7HVPA 3OQFA 5P8NA 1GVVA 4I8WA 1TQFA 3VLBA 3INDA 6APRE 2NNKA 3LPKA 1MT7A 4CPSA 3O9IA 5DR0A 5P3PA 3SA6A 3UDPA 1K1UA 3SM2A 4Y3WA 5F00A 4EP2A 3UDHA 5P4MA 4FIVA 3LZYA 4RYCA 4Y9WA 3HAWA 3VF3A 2I1AA 1E80E 5P0WA 5P4UA 1FQXA 2AVMA 4Z2ZA 2P3AA 5P57A 3SKFA 5P5CA 3VYDA 5P8UA 4NPUA 4CKUA 3Q3TA 3D3TA 3PWWA 1IVQA 5DQ2A 3NXEA 1FGCC 4JECA 4I11A 3NDTA 5P1TA 3HDKA 2QMDA 4ZSPA 4J1FA 3DOXA 5P26A 1NSOA 4Y35A 5AHAA 5HD0A 3A2OA 4Y4TA 5P2EA 4AA8A 2PWCA 3INFA 1SIVA 3U71A 1HPXA 4ZLSA 4CPWA 4DQEA 5P6PA 5P0DA 9HVPA 3S2OA 2QD7A 4HZTA 3LZVA 3S7MA 5P5EA 1RV7A 1DW6C 1E82E 3SA7A 1ZPAA 3UHLA 5P3FA 5P0SA 1ZBGA 5P2LA 3DM6A 1AJXA 5P7QA 1A8KA 3Q6YA 1FEJC 3VYEA 4DJUA 3LHGA 5ISKA 1XL2A 5P7RA 3UQPA 2ZJNA 3O9AA 3O9LB 5JG1A 1K6PA 4OBHA 3HW1A 5P5FA 4HDPA 5P7NA 5P2BA 5P5PA 4FAEA 1ZAPA 3NU3A 4DJQA 5OZ0A 3NDUA 4D88A 3O99A 5P47A 3ZKGA 5P4HA 5P19A 2ZHTA 3OTSA 4U8WA 5CONA 3SLZA 5KR8A 3S54A 5P14A 2IS0A 1BXQA 4ER1E 5P4JA 3T7PA 4J0VA 3IN4A 4Y5EA 4Z22A 1TCXA 2BKTA 5I3YA 5ENKA 4Y4BA 5P6KA 4GJ8A 1HSHA 3OTYA 4OD9A 5P4PA 1PROA 4YOAA 5P2JA 4ZSMA 3OUBA 4F74A 3FNTA 3R4BA 3OU4A 3LPJA 5HE4A 1IZHA 2VA5A 3PBDA 2FGVA 3PRSA 1YTJA 5P33A 1GVTA 5P16A 3T7XA 2AOJA 3TH9A 5IVRA 5HDUA 2B7ZA 5P1CA 4L6BA 3L5BA 4ZE6A 5P73A 3OUAA 4I0GA 1HWRA 3SQFA 4XX4A 5P1RA 5OZBA 5P5AA 3OADB 1SDTA 1W5VA 3AIDA 3MSKA 5OZ5A 3UQXA 1SDUA 1MVPA 3Q70A 5P4KA 3EM6A 5P2UA 3LIZA 3OUDA 3O9HA 2I0DA 1SIPA 5P5MA 3TPPA 3OUCA 2BPZA 5P0QA 4YD6A 3LIVA 5P4WA 1ZPKA 4Y4XA 1PSOE 5P13A 3KT5A 4B1CA 5P23A 3PWMA 5P12A 4R5NA 4FS4A 1KJ4A 2G1YA 2VJ9A 2QHZA 2R43A 3VV6A 5OYVA 3PLDA 4K4PA 4PYVA 5P8CA 3T6IA 5I3WA 1ZLFA 2ZJLA 2FDPA 3LITA 4A6BA 3UFNA 4QJ9A 2F80A 3S7LA 4ACXA 3DCRA 2V13A 3VG1A 4Y3JA 4S1GA 4RGHA 1YTHA 5AHCA 5P8IA 5P11A 1FLHA 1PPLE 2AOEA 4Z50A 2O4SA 1K6TA 3OXVA 4RROA 5P24A 3S45A 4HLAA 1BWAA 2APRA 2HB2A 3F9QA 5DQ1A 5P6SA 1SP5A 5P3DA 3K1WA 3WB4A 5P7IA 1APTE 4Y50A 3LIXA 3IN3A 4YD7A 1QBRA 4Y3EA 2G21A 2Q63A 4OBKA 1KJFA 5P22A 4IVTA 1G2KA 1OHRA 2V11C 3EKTA 1GKTA 5P65A 5P32A 4ZPFA 1AJVA 3QVIA 2PYNA 1VIJA 3SA4A 5I3VA 3R1GB 3S85A 2ZJJA 3VEUA 5P6CA 2QI0A 3WSJA 7UPJA 3KFSA 3O9GA 5P1SA 3SM1A 5KR1A 5P6DA 3G72A 2G69A 3TKGA 5P00A 5P70A 1MTBA 5P89A 3I6OA 3OOTA 5P8EA 2PK5A 1N49A 4Y36A 3DJKA 1XDHA 2HC0A 1OEWA 4YE3A 5P7PA 1W5YA 4LL3A 2QZXA 4L7JA 1KZKA 3UDQA 4CPTA 1HVJA 5P51A 2OHTA 5P39A 4DVFA 3SKGA 2WF4A 5P2WA 5P3OA 5EZZA 2XFKA 1YG9A 4LAPA 3CKRA 2ZHSA 4Y6MA 5OZ3A 1SMEA 3PB5A 3NYGA 2B7FA 5P1ZA 3EKVA 3B80A 4J1HA 3L5CA 5P7KA 5OZVA 5P5XA 4AUCA 4R91A 4Y3ZA 4XX3A 5P1UA 5OZPA 5P1FA 2QP8A 5P4ZA 1FQ4A 4IVSA 1DIFA 2AIDA 4J1EA 5P1AA 3ZKQA 1QBUA 5P7OA 2QI1A 2I4XA 3RTMA 1IZIA 3FSMA 5JFUA 4FL8A 4ZIPA 1EC1A 5P4EA 3L5FA 2WF2A 2Q54A 4Y4ZA 1TW7A 1HSIA 5OZHA 4DJXA 3URIA 2F3FA 1PSNA 3S43A 5P82A 5P5DA 3S8IA 3EL9A 4Q1YA 3LZUA 2NR6A 2G1SA 2O40A 5PEPA 3O9LA 1T7KA 1MRXA 3K5DA 4Y4UA 2FXEA 1C70A 1OEXA 3LNKA 4YD4A 4RLDA 1D4JA 2OHKA 2JJJA 4K4RA 5P5BA 1YT9A 3OXCA 3OQ7A 2ZHUA 4B0QA 3EL5A 2G1NA 3NLSA 5SXNA 5P30A 5P2FA 5P6AA 4GB2A 2WL0A 2NXDA 5P5RA 2JE4A 3PSUA 4R93A 1B6JA 2B60A 4HDFA 5OYQA 4NKKA 5P08A 5P8BA 1BVGA 5P71A 3D20A 1WBKA 1T3RA 3OU4B 5P2IA 1T7JA 3KMYA 1AVFA 2O4NA 4FRJA 4YCTA 5P3XA 5P2QA 5OZYA 4YCYA 1YTGA 2WEZA 3PI0A 5OZDA 5HCOA 3GI0A 1B5FA 1ER8E 5P7DA 3S56A 3EC0A 1ODYA 3BXRA 5P5TA 4YHQA 4ZPGA 5P6WA 2H6TA 4HEGA 2R3WA 4JOOA 3EL0A 1KJGA 2CEMA 5HE5A 5AH8A 2ER6E 1EPNE 1HPOA 2ZJIA 2OAHA 2WKZA 5P2YA 5P86A 2FNTA 2WF3A 3UDYA 4FCOA 3K5GA 4ZPEA 3OUDB 2ZDZA 1IZDA 3TOGA 1A94A 5P0MA 2OHLA 2WF0A 5OZFA 4EYRA 4OBGA 4PZXA 4LBTA 5IS4A 3UPJA 3R0YA 5P44A 5OZKA 3NU6A 5P0ZA 5P6ZA 3O9EA 4B00A 1B6MA 3L3AA 3SA9A 3BUGA 4X2LA 4RYGA 3ZPSA 5P6UA 1ODXA 5P02A 2I4UA 3UQUA 4Y43A 2BJUA 1TSQA 2OHUA 1HSGA 5AH6A 2BB9A 1A8GA 1AIDA 2AOGA 5ER1E 5P5QA 1FMBA 3UTLA 5JFPA 3OOZA 5P84A 1GVXA 3RU1A 3WB5A 4EQJA 1M43A 3CICA 5P3QA 3JVYA 4Q1NA 1D4IA 5P2NA 4GJDA 3ZKNA 1UH7A 2XYFA 2WECA 2HM1A 2XYEA 5P60A 3HVGA 3FV3A 1BDLA 5P4VA 5P3MA 5P5OA 5P6BA 2OHQA 4Y4WA 1HVKA 2VA6A 2Q55A 5J25A 2P3CA 2G22A 3G70A 3SFCA 2PSUA 2BPVA 5P4RA 5P6FA 3ZKSA 3KMXA 2F3KA 1WKRA 5OYRA 3APRE 5P80A 5P8PA 1MERA 3SA5A 4B77A 3AUPA 2I4QA 4B70A 5P1EA 5P3HA 4DJYA 1HTRB 5OZEA 4DJVA 2ANLA 3PMYA 1TSUA 4QJ6A 3IGBA 3L38A 5P8JA 5P40A 3Q5HA 5P58A 4R95A 4EXGA 2WJOA 2V16C 5OZJA 1RPIA 5P3UA 4Y54A 1FKNA 5P38A 1T6GA 5FIVA 5P0HA 1NPAA 4Y3DA 4YBFA 4DJWA 4YD5A 3OK9A 4GJCA 4RRNA 3TL9A 4Y3LA 3EKXA 2XFJA 5E5KA 5P18A 1MSNA 5BS4A 2AOFA 2AZCA 5P0GA 5P7GA 1QS8A 3FX5A 5P06A 5E5JA 4Y3GA 3HLOA 5P46A 2QI3A 2QZWA 5P3AA 5P01A 3OAGA 4Y37A 5P8DA 5IE1A 8HVPA 5P2HA 4Y3NA 1EC3A 5P1OA 5P1JA 3BUFA 4RVIA 5P3IA 5OZ2A 5P78A 1G35A 1EC0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L58 A;  4FRI A;  3T3C A;  5P3V A;  4TVG A;  5OZX A;  3QI1 A;  3KF0 A;  1WBM A;  2I4V A;  4XKX A;  5P1D A;  4EPJ A;  1XN2 A;  2PK6 A;  4B1D A;  5SZ9 A;  5OZ1 A;  2AOI A;  2AOH A;  4B05 A;  2ER7 E;  3O9F A;  5P1L A;  5P8M A;  5P3R A;  1FQ5 A;  1EPM E;  5P7W A;  3K5F A;  1EPO E;  2AZB A;  3PSG A;  1EC2 A;  2F81 A;  5OZR A;  5P1Q A;  3TLH A;  4I0I A;  1VIK A;  4B72 A;  3CYX A;  1HTG A;  4EQ0 A;  5I3X A;  3VFB A;  3N3I A;  1JLD A;  5P1G A;  2IRZ A;  5P6X A;  1W6I A;  1UH9 A;  2UXZ A;  3TOF A;  5OZ8 A;  1FQ6 A;  4KE1 A;  4Y57 A;  5P2D A;  2EWY A;  3QIH A;  5P50 A;  4GJA A;  5P0B A;  3QRV A;  1FB7 A;  1D4K A;  4NJT A;  3NUJ A;  4H3F A;  3VCM A;  1EBZ A;  1HEF E;  3NSH A;  5P1I A;  5P0I A;  2QCI A;  4J0Z A;  4GJ5 A;  3NWQ A;  2BBB A;  2P3B A;  3GGV A;  2PSV A;  2QU3 A;  3CMS A;  4OC6 B;  5P6H A;  5P34 A;  5P5S A;  3BRA A;  2R8N A;  4OBZ A;  5OZG A;  4R8Y A;  1SGZ A;  3RTH A;  5P4G A;  2ZGA A;  1RNE A;  3RSV A;  5HU0 A;  4GJ9 A;  4RVJ A;  4ACU A;  3BGC A;  3DV1 A;  5P28 A;  4DJP A;  5P3L A;  4J0T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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