3GI0A

Crystal structure of a chemically synthesized 203 amino acid 'covalent dimer' [l-ala51,d-ala51'] hiv-1 protease molecule complexed with jg-365 inhibitor
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
203
structure length
191
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIAGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNFGGGGPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Correlations of protein dynamics with function in HIV-1 protease catalysis
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords COVALENT DIMER [L-ALA51,D-ALA51'] HIV-1 PROTEASE
total genus 41
structure length 191
sequence length 203
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3gi0A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3gi0A02
2PYNA 5P0ZA 5P7LA 3DV1A 5P81A 3NR6A 4N00A 3L59A 3R2FA 5P8QA 2FGVA 3HAWA 2VA5A 4Y3FA 2VJ7A 5P8OA 5OYVA 1C6ZA 4Y35A 1PFZA 3PCZA 3TPPA 5P7TA 1XL5A 3LITA 1FQ8A 1TCXA 5P41A 2FLEA 1ZPAA 3Q5HA 2HB2A 2PH8A 5P70A 3OQFA 1YG9A 3M9FA 5P3SA 1FEJC 3PVKA 5P8FA 2F3KA 5IVSA 5P77A 1FG8C 4BFDA 4QJAA 3MWSA 2VS2A 5P75A 4QGIA 4RVJA 5PEPA 4Y4ZA 1HVSA 5OZ7A 3EKVA 3U6AA 1XS7D 4I0EA 3DCKA 5P1JA 1EPPE 2ZJLA 2R38A 4FLGA 4YHQA 5P13A 3JVYA 4Y3NA 5P7NA 1UH9A 3SFCA 2ZDZA 5JG1A 3VF5A 3SKGA 2FXDA 2I1AA 4XKXA 5OZTA 4DQEA 4K4PA 4U8WA 5P7BA 2PMAA 3S53A 4J0ZA 2AVOA 4YD3A 3INDA 5P5NA 3PWWA 2VIYA 9HVPA 2FDEA 2HPFA 5OYSA 4RLDA 1EC2A 4UPJA 4OBHA 4EJ8A 3GGAA 1APTE 5P5IA 5P3TA 1KJ4A 4RROA 5AHCA 2ZHTA 3OUDB 5P63A 3MXDA 3I6OA 5OYUA 4CPWA 1T3RA 5P19A 2G1YA 3UFNA 5P4PA 4ER2E 5P4GA 2XYEA 2BJUA 3T11A 5DR0A 5P44A 2R43A 5P0YA 4ZLSA 2I0AA 1AJXA 5P4AA 1FFIC 1HSGA 5P6UA 5P7QA 1G35A 5HD0A 2AVQA 2G1RA 5P46A 5P0GA 8HVPA 1ME6A 3ZKGA 5COPA 5HDZA 3BUGA 5IS4A 4J1HA 3FNUA 5P01A 3I7EA 3ZKXA 2QI1A 3WZ8A 2JXRA 5P54A 5HU1A 1BWBA 1DPJA 3ZKQA 1QDMA 1EBYA 3D1ZA 3HZCA 5P7KA 3PBDA 1LF3A 3NU4A 7UPJA 1Q9PA 5P2SA 2VNMA 2IGXA 1QBUA 2H6SA 5P5CA 2G27A 2P3BA 2ER6E 4CPRA 1FQ5A 4PZWA 5OZYA 5P5UA 4GJ7A 5P5PA 4YCYA 2JE4A 3O9HA 5DR7A 3QRSA 3EL5A 3PJ6A 4H3GA 3GI5A 3L5BA 3TNEA 5JFPA 4LAPA 4YD7A 5OZDA 2BPVA 3SAAA 2P3AA 3ZKIA 4XX3A 2A4FA 4Y4WA 1D4KA 2QD8A 2QZWA 3OGPA 3H0BA 5P3KA 2I0DA 4EJKA 2H6TA 5P7PA 4OC6A 1IBQA 5IVQA 5KR1A 3PSUA 5P1MA 5P4IA 4F73A 3LNKA 5P14A 3SABA 1MERA 1D4IA 1MRXA 5OZVA 4HZTA 5P0LA 5P34A 3TPRA 5P4QA 2RKFA 1ODWA 3OAGB 3D20A 4QLHA 1ZJ7A 4ZPEA 4ZEAA 1EAGA 1GVXA 4LC7A 1EPME 5P6QA 5I3XA 3TKGA 3FNTA 5P5WA 4OBDA 3GW5A 5P0VA 1UPJA 4Y51A 5P53A 4GJBA 3SO9A 4U7QA 2WF3A 1A8GA 5P2LA 2HPEA 4RVXA 3NWQA 5P2DA 5P5BA 2OHSA 4NJTA 6UPJA 5OYYA 4M8YA 1FQ4A 3EL0A 3OADA 3FKTA 5P89A 1NPVA 3ZPUA 4OBFA 4Y5LA 4GIDA 4JPCA 3GI0A 3URJA 2AOFA 2G26A 3DM6A 3ER5E 5P8JA 1FMXA 2Z54A 4Y37A 2V10C 2QNPA 3IAWA 3INHA 5P78A 1IZDA 1KJHA 3HW1A 2ZJNA 4QJ7A 3LIZA 4X2LA 2PSGA 4NPUA 3UQWA 5P88A 1QBTA 2XFIA 1MUIA 4Q5MA 4F75A 3CICA 1T6EX 4FSLA 5P27A 5P1WA 3SKFA 5P39A 2AOJA 3OUAA 4WTUA 5P7AA 5OYZA 2AOEA 4J0YA 3PEPA 5P05A 1LYWA 1LYBB 4AA8A 5P0DA 2I4UA 3EKXA 4DJYA 1BIMA 2QHYA 1K6VA 5P5RA 1HXBA 1MVPA 1E80E 3PSGA 1AIDA 4DJXA 3G70A 4L7GA 4OD9A 4Y3QA 4D8CA 4Y4AA 4Y4UA 1HSHA 2B8VA 3SA5A 3QVCA 3RTNA 4GJAA 3TOFA 5P5YA 4J55A 3UPJA 5HCTA 5P09A 1BVGA 1ODYA 2VIEA 5P4LA 2EWYA 3BUFA 1HVCA 4J1FA 5P6DA 4F76A 5P6HA 2FMBA 5P2JA 3LZSA 3OTSA 1IIQA 5P6LA 4BEKA 3UCBA 4EXGA 3QBHA 5P8NA 3FIVA 2ZHRA 2FNSA 1XN3A 5P7UA 5P3PA 3QRVA 1TSUA 2NNPA 2Q64A 3CKTA 1IZEA 5P6PA 4Z22A 4Y45A 4HEGA 3VF3A 2P8HA 1K6TA 2VJ9A 2FNTA 3KN0A 4Q1XA 5P8TA 1GNMA 5P2IA 2WHHA 2HM1A 4X7IA 5P59A 5P3FA 4ZIPA 1YX9A 2OHUA 4RRSA 5P67A 1NSOA 2OHKA 1PSOE 3EMYA 4H3JA 1E5OE 1IZHA 1AAQA 3CMSA 5P7WA 5P3ZA 4YD4A 1LF2A 5P2MA 4I10A 4MC1A 5AHBA 2QI3A 1HOSA 3L3AA 5P38A 4DPIA 4Y4EA 1HSIA 5P3RA 4Y54A 2A1EA 4DH6A 5HE5A 5P7XA 5P3NA 4I0DA 3HLOA 2WF2A 1FQXA 1YTGA 5P2GA 5P66A 5P4UA 4CPXA 1CMSA 5OYQA 5P4DA 5P7FA 1B6KA 5KQFA 4L1AA 5P0NA 3LIYA 4DQGA 5P73A 2AZ9A 3Q4BA 1WBKA 1W5YA 2OHQA 3ZPTA 2NXMA 4YD5A 1HPVA 4D89A 5DR1A 4FM6A 3RTMA 5HVPA 3DV5A 2QHZA 1FKNA 4COEA 5P23A 5P6XA 2IEOA 5P33A 1BDLA 5HDXA 3SQFA 5OZKA 4FGXA 4QJ2A 5OZJA 5BRYA 3ZKNA 3IN3A 1ENTE 3ZLQA 5KR8A 1SDTA 4TRWA 3S8IA 5P6OA 4M8XA 5P1UA 1NPAA 5P3LA 5P6JA 5P4BA 1AZ5A 2BPZA 4NKKA 1E81E 1ZAPA 3INEA 3KYRA 5OYWA 4K8SA 5AH9A 1HVLA 3OGQA 2BKSA 1PSAA 3O9CA 2IKUA 3R4BA 1HEGE 5OZHA 1JLDA 2AVSA 4Q1YA 5DR8A 3OWNA 3K5FA 2QMGA 4Y3YA 1BWAA 4EWOA 1W5XA 5P8LA 5OZ6A 1Z1RA 5OZBA 1D4LA 3O99A 3KM4A 5P4FA 3HDKA 5P5LA 3UDNA 5OZ4A 5I70A 1LYAA 1K1UA 5P87A 4GJ9A 1TSQA 3KFNA 5C9FA 5P7YA 3ER3E 1Z8CA 1IDBA 1XN2A 4LL3A 1SGUA 4J1EA 4U7VA 5DR4A 3UDKA 1MRWA 4Y5EA 2R3WA 1AJVA 1KJFA 4YOAA 1EC1A 5P6IA 4OBZB 3QPJA 3NDUA 2NTRA 4ACXA 3O9GA 1T7IA 3K4VC 5P2ZA 2PK5A 2RENA 4Y5MA 4B1CA 2P3BB 1B6PA 4B78A 5P3XA 5P2UA 5P28A 2SAMA 3ZMGA 4DJUA 5CLMA 1HTRB 3FV3A 3QAAA 3KMYA 4MC2A 1QBSA 4IVTA 3IA9A 4I12A 3PWRA 2OHMA 5P5AA 2Q3KA 3HVPA 1MSNA 5OZZA 5P4TA 3PSYA 4AA9A 1OD1A 3TLHA 5P0TA 2O4KA 3OQDA 3O9BA 5P80A 5P7EA 5OZGA 5P2EA 4EPJA 1OHRA 3O9LA 3RU1A 4Y5PA 4Y3GA 4Y44A 1FG6C 4Y48A 1LEEA 3TH9A 4Q1NA 4RYCA 5P10A 2QU3A 5P5DA 5P7GA 2OHRA 2I4VA 5P1DA 5P84A 4ZPGA 1FF0C 5HU0A 5P2YA 3TOHA 3ECGA 1XDHA 5P2HA 3BXSA 3K5CA 5BWYA 5HTZA 4GJ5A 3LHGA 1HVKA 3VG1A 1J71A 5P7VA 4JP9A 5P3VA 3EL4A 3WSJA 5TOLA 4ZE6A 5OZ5A 2I4XA 5KAOA 2O4LA 5HCOA 1ZSRA 2IQGA 5P2FA 5EZXA 5P1FA 5P15A 1NPWA 2NXLA 2VJ6A 5P7OA 5KOSA 4GJCA 4IVSA 4PPHA 4TRYA 5P1VA 4DPFA 1RPIA 4Z4XA 1A94A 2QCIA 4Y3HA 1YM4A 5DPZA 1GNNA 3K4VA 3O9DA 3VFBA 3EKQA 1UH7A 3N4LA 5P5TA 5P6NA 5P68A 3LZYA 4B0QA 2PYMA 3SPKA 5SXNA 4Y3ZA 1TW7A 5P45A 5P6SA 2G1OA 5P29A 2HS2A 4PEPA 5P62A 5P0OA 3GGXA 5DQCA 3GI4A 3T7XA 1T6GA 5P0WA 4DI2A 4HDFA 1B6MA 3OADB 2AOGA 4YA8A 5P7MA 1D4HA 3EM6A 3O9IA 5P4YA 5DGWA 2R3TA 5P5FA 5P11A 3L5DA 5P02A 1LZQA 3CIBA 3KDBA 1GKTA 4Y3LA 3NU6A 5P8RA 1BXOA 3BUHA 4J5JA 4Y38A 5P82A 4EJLA 7HVPA 3EL9A 5P76A 3QVIA 4AMTA 5P03A 5SZ9A 2QMPA 1AVFA 5P47A 4B72A 4FRIA 5JFUA 4EJDA 3OXXA 5P3DA 1W6IA 3OQAA 5P2TA 4DJOA 1CZIE 1LYWB 5P5EA 5I3VA 5P0SA 1MPPA 3L5FA 1PROA 3IN4A 4I1CA 4ZSRA 4CKUA 3UTLA 4DVFA 4R5NA 1DAZC 3NUJA 5P6RA 3D1XA 2BB9A 4OD9B 1MT8A 2NMZA 5P51A 4HLAA 1ZLFA 3SA3A 3RTHA 2J9JA 1EBWA 2PK6A 5F01A 4Y4JA 2RKGA 3BRAA 3OXVA 1HPXA 3LZVA 4I0ZA 4FRKA 5P4KA 5P8HA 5P0JA 5COOA 2UXZA 5P1CA 1B5FB 5P49A 4YCTA 3UF3A 2AZCA 5B18A 3BVAA 5I3YA 2R5PA 4Y5KA 5P2WA 4XX4A 6APRE 4RGHA 4DQFA 5P58A 4Y5GA 2FS4A 1ZSFA 2QZLA 4Y3SA 2B8LA 5P37A 5ER1E 2R8NA 4H1EA 3NDWA 4CPUA 4H3FA 3VSWA 1MEUA 1FQ6A 5FIVA 5P5OA 4Y47A 1HIHA 4DJVA 3ZKSA 5HE7A 3SM2A 1GVVA 4NPTA 4NJVA 1DW6C 5P86A 1HVIA 1MT9A 1F34A 4APRE 5P56A 4A4QA 2HB3A 5OZIA 1D4JA 2ANLA 2HIZA 5P1KA 2UPJA 5P4HA 5KR0A 3LIVA 5P35A 1ZBGA 4S1GA 5P3HA 5P6ZA 1HTFA 4EYRA 2Z4OA 3Q6YA 3S7MA 1EPRE 4J0PA 4WY6A 4D88A 1ER8E 1G0VA 3KFPA 5P8VA 4A6CA 3VFAA 4B1EA 5P12A 5P1NA 2IENA 2WEBA 5C9BA 2HS1A 4AZYA 1YT9A 1HEFE 3ST5A 1HBVA 2F80A 3R0WA 3INFA 4RRNA 5DQ4A 1BDRA 1FQ7A 4FAFA 3WZ6A 2V13A 5IVRA 5ISKA 4R92A 5P43A 5P65A 3BC4A 1SIVA 1FB7A 5P8PA 3FNSA 5E5JA 1DMPA 3BXRA 4JPEA 3PLLA 3EKYA 1AM5A 5DGUA 3N3IA 3GGUA 4DJPA 5KQZA 2ER7E 3OU4A 5P31A 5P6FA 4EP3A 5P08A 1M4HA 5SY3A 3S56A 3TOGA 1OEXA 2APRA 4D83A 1QRPE 2B60A 1D4SA 3K5GA 4MC6A 1EPOE 5P52A 3LZUA 1KZKA 1HRNA 3UQRA 2QU2A 5P3GA 5P7CA 3MXEA 4Y5NA 2JJJA 2ZHUA 5P74A 1W5VA 1IZIA 4CPTA 2BPWA 5P6TA 2ER9E 5P4WA 3AUPA 1G6LA 3S85A 3NU5A 3ZPSA 5IE1A 5SY2A 3QBFA 5P4CA 2HB4A 1SH9A 1K6PA 5OZCA 3UDMA 1HTGA 3OK9A 3KDCA 3AIDA 5OZMA 1FFFC 5P3IA 3VYDA 5P1BA 1FMBA 3D1YA 5P00A 5P2RA 5AH8A 3I8WA 1C6XA 5OZXA 2RSPA 1SBGA 2G1NA 2ZJMA 5P25A 4ACUA 2FDPA 4QJ8A 4EHCA 4KUPA 3BGBA 3HBOA 3ZKMA 2PSVA 4LXAA 3OU1A 4TVHA 1DIFA 2O4PA 1C6YA 3LPIA 1A30A 2AZ8A 3F9QA 4Y6MA 5DQ1A 2CEJA 2QMFA 2WKZA 1LYAB 1BDQA 2QHCA 2B7FA 5P24A 2G94A 2AVMA 5OYRA 2V11C 3D3TA 5P6VA 2F81A 2V00A 2AOIA 2JYSA 2BPXA 3OAGA 5P04A 4GJDA 1MESA 1EBZA 2OHTA 5COKA 1T7JA 1PSNA 4GZFA 3L58A 5P1RA 3OOTA 4R95A 4PHVA 1FMUA 5P5JA 2P3DA 4YBFA 2PQZA 3KFSA 3T3CA 2RMPA 5EZZA 1NH0A 5P48A 5JODA 1SDUA 3QS1A 3GI6A 1BILA 4FS4A 1MTBA 5P0RA 3O9LB 3SM1A 5OZEA 4APEA 3Q3TA 3JVWA 1YM2A 5C9DA 4HDPA 4I8ZA 4Y4TA 2AODA 4H3IA 3IXOA 4R93A 5OZQA 1TCWA 3UDPA 5AGZA 5P3UA 3URIA 5P2VA 5E5KA 4EQJA 5P3WA 3VF7A 2AVVA 2FGUA 3G6ZA 1IDAA 3VLAA 2XFKA 1XL2A 4Y50A 4FL8A 5P2NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PYN A;  5P0Z A;  5P7L A;  3DV1 A;  5P81 A;  3NR6 A;  4N00 A;  3L59 A;  3R2F A;  5P8Q A;  2FGV A;  3HAW A;  2VA5 A;  4Y3F A;  2VJ7 A;  5P8O A;  5OYV A;  1C6Z A;  4Y35 A;  1PFZ A;  3PCZ A;  3TPP A;  5P7T A;  1XL5 A;  3LIT A;  1FQ8 A;  1TCX A;  5P41 A;  2FLE A;  1ZPA A;  3Q5H A;  2HB2 A;  2PH8 A;  5P70 A;  3OQF A;  1YG9 A;  3M9F A;  5P3S A;  1FEJ C;  3PVK A;  5P8F A;  2F3K A;  5IVS A;  5P77 A;  1FG8 C;  4BFD A;  4QJA A;  3MWS A;  2VS2 A;  5P75 A;  4QGI A;  4RVJ A;  5PEP A;  4Y4Z A;  1HVS A;  5OZ7 A;  3EKV A;  3U6A A;  1XS7 D;  4I0E A;  3DCK A;  5P1J A;  1EPP E;  2ZJL A;  2R38 A;  4FLG A;  4YHQ A;  5P13 A;  3JVY A;  4Y3N A;  5P7N A;  1UH9 A;  3SFC A;  2ZDZ A;  5JG1 A;  3VF5 A;  3SKG A;  2FXD A;  2I1A A;  4XKX A;  5OZT A;  4DQE A;  4K4P A;  4U8W A;  5P7B A;  2PMA A;  3S53 A;  4J0Z A;  2AVO A;  4YD3 A;  3IND A;  5P5N A;  3PWW A;  2VIY A;  9HVP A;  2FDE A;  2HPF A;  5OYS A;  4RLD A;  1EC2 A;  4UPJ A;  4OBH A;  4EJ8 A;  3GGA A;  1APT E;  5P5I A;  5P3T A;  1KJ4 A;  4RRO A;  5AHC A;  2ZHT A;  3OUD B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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