3GI4A

Crystal structure of protease inhibitor, kb60 in complex with wild type hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Evaluating the substrate-envelope hypothesis: structural analysis of novel HIV-1 protease inhibitors designed to be robust against drug resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3gi4A00
4Y3FA 1XN2A 4YCKA 4F73A 3NLSA 2BPYA 1TSQA 5P3RA 3LITA 3UDNA 5P1NA 5OZ8A 1UH9A 5P8HA 1KJ7A 4FSLA 3VG1A 3K5GA 5P7UA 5P6HA 3CIDA 5P6WA 3L59A 5P2JA 4K9HA 2I4VA 4Y36A 5P8FA 3S85A 4Y4BA 5P3VA 2RKFA 2A1EA 3FV3A 3Q4BA 5P3GA 4Y5PA 5HDZA 5P0QA 4HE9A 5OZLA 5JFUA 1AJXA 2OHKA 1HVJA 5P46A 1PPME 5AHAA 5P0ZA 5P0JA 5P6JA 3K5FA 1MT7A 2JJIA 3S8IA 4RVXA 3NDUA 1PROA 4GJ6A 2PC0A 4I11A 1BV9A 4OC6B 3NYGA 3APPA 5P2WA 5P6ZA 5P8BA 3SA8A 2VIYA 5CONA 5P6QA 4QJ2A 5P2XA 2XFKA 4GJ8A 5P2KA 1FMBA 1SIVA 5P07A 5P0RA 1PPKE 5P7DA 2HB4A 2XYFA 4LC7A 1K1UA 1SMRA 5P57A 3PSGA 3ECGA 1YT9A 3EXOA 5P2QA 5P7GA 2G1RA 5OYYA 1IDBA 1ZPAA 1SH9A 1K6PA 3INEA 1EBZA 2AOIA 5P59A 1APUE 2APRA 3KFRA 2P8HA 2R8NA 1ENTE 2AZ9A 1MUIA 2QHZA 2H6SA 5P62A 5P4EA 1BILA 5P8KA 2PSVA 4ACUA 4A6CA 4QJ9A 5P6UA 3O9IA 2VIEA 3RTHA 3OGQA 3MWSA 2V10C 3HD8A 3OU4B 1G2KA 5P2NA 5P7ZA 2PWRA 3PSYA 1QBRA 4J5JA 3N3IA 1MRWA 5DQ2A 5P63A 3DV5A 4DH6A 1C6XA 2P3BB 5P0BA 3S53A 3DUYA 4H1EA 5P3AA 5OZAA 4JPEA 1FG6C 3RVIA 2G20A 5P7RA 1FB7A 5OZ6A 4YD4A 3NU4A 3EM4A 4Y5AA 2FNSA 2VA5A 5KR8A 1EAGA 3B80A 2NNKA 5DGWA 4RYCA 5P5TA 4I8WA 3Q6YA 1TW7A 4YOAA 3UDRA 2G69A 5P6SA 2G1SA 1HXBA 1GNNA 4IVTA 3ZMGA 3HW1A 3O9CA 5P7KA 2FLEA 4HDFA 5P1BA 5OZEA 4FM7A 2IKUA 5P1OA 4FGXA 1BWBA 1W5YA 5I3XA 1ZSFA 4Z2ZA 2IGYA 5P2FA 5P5AA 2QD6A 4J1EA 3EL9A 5P7CA 3CYWA 5HDVA 3UFLA 5P35A 5P7PA 3TKGA 3EL1A 5P4WA 5HCTA 3VF5A 4R8YA 1IIQA 3H5BA 5KQYA 3PWWA 3IN3A 1VIJA 4LBTA 3SACA 5P1FA 4A4QA 2NXMA 5P3UA 1T7KA 5KQZA 1PSOE 4MC1A 5SY2A 4DJQA 3AUPA 2BPWA 3TTPA 4J0TA 5P09A 1FF0C 4E43A 2XFJA 1D4JA 1BVEA 2IENA 4NPTA 4YD7A 1D4HA 1LYAA 4Y3PA 5HU1A 1FQ6A 3F9QA 3BGCA 5P3SA 5OYSA 3PBZA 3WZ8A 5OYVA 2VNMA 2IL2A 4H3GA 1EPPE 4K4RA 1N49A 4RVIA 2MIPA 2VA7A 2QU2A 3O9LB 4NJVA 1LYWA 1U8GA 1HPOA 1XE6A 5P3WA 4B1DA 5P83A 4I0JA 2G27A 1D4YA 4APEA 4ER2E 5IVTA 5APRE 3I25A 1QBTA 2WL0A 5P2ZA 2FGVA 2G24A 4ZLSA 3KDCA 3UQRA 1SDUA 5P0KA 5I3VA 5P5KA 4Y5CA 3VV8A 3EM3A 5P60A 4D8CA 3GI6A 1HOSA 4EQ0A 2Q63A 5F00A 3G70A 2BKSA 1IZHA 1B6PA 5P4QA 5P0WA 1TZSA 4I10A 2NXLA 1EPME 5P1VA 1WBMA 5OZDA 5AHCA 5P65A 5COOA 5P84A 4UPJA 5P25A 3TOHA 3UDQA 4DPFA 3OQ7A 5P0YA 4X7IA 4B77A 3HAUA 5P5GA 1EBKC 3L3AA 5P28A 5P2GA 2OF0A 3K4VC 5P4AA 3VF7A 5P73A 4I1CA 5P8DA 1META 1IZDA 5P15A 2ZHSA 1GNMA 5P70A 1HRNA 5HDXA 3QN8A 4L1AA 2QNNA 1MERA 5P1ZA 5P39A 5P8QA 1JLDA 3OTSA 2I1AA 1A94A 2FS4A 5P4HA 3OU3A 4Y3GA 2IS0A 2OHNA 3EKQA 2OHTA 3QI1A 3PMUA 2V0ZC 3ZKNA 5P4PA 1PPLE 3NU5A 3U7SA 4K8SA 2G1YA 2VKMA 5P3TA 3UQXA 3OQFA 2AQUA 3OWNA 3GI5A 3O9DA 3VSXA 2VNNA 2G1NA 5F01A 2R5PA 4FRJA 3RU1A 3OOZA 4GJ9A 4OD9A 2BBBA 3QRVA 2PMAA 2I4WA 2G94A 4FSEA 2WF0A 4FAFA 4OBGA 1YTJA 1XL5A 3OADB 4U8WA 5OZWA 2PYMA 3UDYA 3LPKA 5HU0A 5P8RA 2ZJLA 1HPSA 4J17A 2B8LA 3OU1A 3ZPSA 4NJTA 4TVGA 1B6KA 5P23A 4Y3LA 5ER2E 4L6BA 5P4RA 5P0UA 4X2LA 3EL4A 3TPJA 3PI5A 5OZIA 1KJGA 3VCMA 4DVFA 4Q1YA 5P1KA 5P1YA 5P7OA 4A6BA 2BB9A 2O4NA 1T7JA 4I0IA 5HE4A 1OEXA 5OYTA 1APVE 4EJDA 5P8NA 3MSLA 5P0MA 2UY0A 4RCFA 2O4LA 4Y4JA 1A9MA 2OHPA 4ZPFA 4EXHA 1HVCA 3NDTA 4Q1WA 3EKYA 2QD7A 4WY6A 1A8GA 1SGUA 2OHRA 4OBHA 5P4JA 3FX5A 5JFPA 5P4MA 4YD5A 1YTGA 5P5MA 2PQZA 4H3IA 5P7BA 4DQFA 4B70A 3QROA 5P3LA 3GGUA 2QZWA 2ANLA 5P8LA 3OQAA 1VIKA 3INHA 2VS2A 5P4FA 5P89A 2QZKA 3S56A 3SA4A 5P68A 1FQ4A 3NUOA 5P5BA 1ZAPA 2FDEA 3KFSA 1APTE 5TOLA 1Z8CA 5P2SA 2VA6A 5P85A 4FCOA 2ZJJA 4Z22A 5P5FA 3KMXA 1DPJA 3EM6A 5P55A 5OZCA 3VSWA 2WEAA 4GJCA 3DOXA 4R5NA 5KR2A 5SXNA 5P4IA 1BDLA 3ZL7A 5DR7A 3CICA 5I3WA 3R2FA 4GMIA 5P7HA 4ER4E 1W51A 5P2AA 4H3JA 4FAEA 1RPIA 1G0VA 5P6OA 2Q55A 2FMBA 1K1TA 5P19A 5P36A 5J25A 1HPXA 5P22A 2NMZA 4L7GA 1LF3A 4ER1E 1K6TA 1IVQA 2AVMA 5P2BA 2IRZA 3VV6A 2O4PA 2WKZA 3OOTA 2ZJHA 3O9HA 4YBFA 4CMSA 1B11A 5P50A 5P69A 3EKTA 4DPIA 2PSUA 3T11A 3L5FA 4GJBA 1XDHA 5P02A 1MVPA 3L38A 5P71A 2WF4A 3EC0A 3PVKA 1K6VA 2Q54A 2OHQA 2HM1A 5P0PA 5OZ0A 1XL2A 1AJVA 4FE6A 5P6EA 8HVPA 2H6TA 4Y3MA 4LHHA 4DJPA 1ME6A 1T6EX 2HS1A 1EPRE 4DV9A 4DUSA 3OK9A 4S1GA 5P2RA 4EWOA 4Y5KA 4B1EA 3NR6A 2ZDZA 3PB5A 4QJ8A 2IKOA 2F3EA 2V00A 4TVHA 4Y54A 2HAHA 3BVBA 3R0WA 2XYEA 3O9AA 4GB2A 4R91A 5OZHA 1LYBA 1RNEA 1DW6C 4Z50A 4RVJA 5P27A 4YD3A 1IBQA 4J0VA 5P5EA 1LF2A 5I70A 5P0CA 3GI4A 4QJ6A 3LIXA 4COEA 5I3YA 3UPJA 4ZSMA 5P0LA 4Y4TA 5P7IA 1F34A 2OHMA 1C6YA 1YTHA 5KQFA 4YCYA 2VIJA 1HVHA 1BWAA 5P0HA 5P6IA 3UDMA 2QAKA 1HVRA 4R95A 4LP9A 3U71A 2Q64A 1HXWA 1HTRB 2HB3A 3BXRA 2FIVA 3APRE 4RROA 4TRZA 3PGIA 5P5NA 5DQCA 4XX4A 1QBSA 2AZCA 4I0EA 5OZMA 5P4VA 5P0FA 4OC6A 2NXDA 4RCDA 4CPTA 4KE0A 3PLDA 2HPEA 3VUCA 5P6YA 5OZ9A 4YDFA 3K4VA 3RSVA 1ZTZA 3GGAA 4YDGA 1GVUA 3JVWA 4FLGA 3HLOA 3S43B 5P4YA 1B5FB 1G35A 5OZNA 4YE3A 7UPJA 3URIA 5DR8A 5OZ5A 2QMFA 4DJVA 5P56A 3I7EA 5P0XA 3SA6A 5IVRA 3EKWA 2P83A 1YM2A 3NWXA 4Y48A 5P4GA 5P8GA 2QMPA 1WBKA 5P18A 5P8UA 5P4NA 5P1AA 5P8MA 5P8OA 4I0ZA 4EYRA 5OZGA 1EC2A 5P6CA 5P3KA 2WF1A 4Y37A 5P3OA 1DAZC 2NTRA 5KOQA 4PEPA 4LXMA 2B7FA 3BXSA 3KFPA 3RTNA 4ZE6A 3SA3A 4OBFA 5P3CA 5ISKA 3CIBA 4I8ZA 1HSHA 2B7ZA 4CPSA 5P2OA 3PRSA 5C9FA 3OUDB 4B05A 1GNOA 5ENKA 1AM5A 3EMYA 2O4KA 5HE5A 4EHCA 5P41A 4EJKA 1D4SA 5KOSA 5P7VA 5P7TA 2P3BA 4Y3QA 4DJWA 4Y41A 4MC2A 2FXEA 3LNKA 1M4HA 3QVIA 5P80A 1IDAA 4Y3RA 4XX3A 5P8AA 3KT2A 3SFCA 5P1SA 4AMTA 3FNUA 4DJUA 1W5WA 5P1PA 4Y4ZA 5P4TA 5P6MA 4DQBA 3SA5A 2R43A 3T7QA 1HEGE 3OHHA 2AVSA 1EC3A 4KUPA 3SO9A 2IDWA 1A30A 4PZWA 3S45A 4NJUA 3ZKSA 4DJXA 5P14A 5C9DA 4CKUA 1TSUA 5P48A 5P7NA 5P5IA 3QAAA 2I0DA 5P72A 4EQJA 5P3XA 5P6AA 2F8GA 2ZHTA 3NDWA 3SAAA 5P00A 3D1YA 5P3YA 5P5XA 5P26A 1M0BA 4HDPA 4AA9A 3IGBA 4GJAA 5P49A 3IA9A 2FNTA 4L7HA 1ZLFA 5P74A 1HSIA 1QDMA 3S54A 5HVPA 3S2OA 1E5OE 1MT8A 3CMSA 3HZCA 5P2MA 2NMYA 3D1XA 4RGHA 1BBSA 5P08A 3VF3A 2QMGA 1MESA 1W5XA 2BJUA 4K4QA 3UHLA 3R4BA 5P01A 4D85A 2QI6A 3PHVA 3WSJA 1EC0A 1W5VA 9HVPA 1HSGA 5P61A 2RENA 5OZ2A 2VIZA 1XN3A 2O4SA 4Y45A 4U7QA 4DQHA 3TL9A 2I0AA 5P3ZA 3O9LA 5P32A 2AODA 1LEEA 2IQGA 2J9JA 5P17A 5P0TA 5P5LA 1MRXA 2QZLA 4Y5LA 5P6RA 3EKXA 4J1IA 1SDTA 2ZHRA 1NSOA 3O9EA 2HS2A 3L5BA 3VLBA 2EWYA 4Y5BA 5EZZA 4Y43A 3KM4A 1GVXA 1BXOA 3KA2A 5P8SA 1SDVA 1FQ5A 3D91A 3L58A 3FSMA 5HCOA 3OAGA 1FFIC 1SGZA 1HTGA 4Y50A 4Y3TA 4DQEA 5DPZA 1CMSA 4DJOA 3LIQA 4ZPGA 5P5SA 5P3QA 5P10A 1B6JA 3NU3A 1OEWA 4F76A 3OUAA 5P5QA 3SKGA 3O9BA 3BUGA 2QI3A 3FKTA 4HA5A 4I0HA 3UF3A 2ZYEA 3ZKIA 5P2IA 5P2HA 2UXZA 3OQKA 3DV1A 5P20A 5P31A 2G21A 5BRYA 2F3KA 4ZPEA 4GJDA 1AXAA 1T6GA 2BQVA 2QZXA 1EPNE 2ZGAA 4OBZB 4Y6MA 5OZBA 3UDPA 5AGZA 3HAWA 4HLAA 5AHBA 3OXXA 2Z54A 3VFAA 4Y47A 5P0IA 5OZZA 4Y5GA 2R5QA 4J1HA 4GYEA 2WEDA 5KR1A 5P53A 5JODA 2QNPA 5P33A 5P4DA 4RYGA 3D20A 1E80E 4ZEAA 2AOEA 3IVIA 5OZXA 3IN4A 2ER6E 4ZSQA 6APRE 4FS4A 4N00A 2HIZA 3HDKA 5P1RA 3KN0A 3JVYA 3SLZA 2JJJA 2JYSA 3LZUA 4NKKA 4B00A 4Y3SA 5OYXA 2R9BA 4OBKA 3UDKA 4I0GA 5OZYA 5P5RA 5COPA 5P64A 3KMYA 3FIVA 4Y3JA 5P0EA 3BUHA 5KR0A 4M8XA 3G72A 4K4PA 2IGXA 3A2OA 3HVPA 1FGCC 5P1LA 5P8IA 4LXKA 3WB4A 1LZQA 1XE5A 4HVPA 4Y3EA 3OADA 2CEJA 3SA9A 5EZXA 2JE4A 5OZ4A 5OZFA 4DFGA 1YM4A 2ZHUA 3CKPA 5P1JA 2I4QA 3DK1A 4YBIA 5ENMA 3NWQA 1FFFC 2V16C 3KDDA 2AVOA 4OBDA 4Q1XA 1EPOE 5P0SA 1HVSA 3OY4A 1LS5A 5P6XA 4Z4XA 3B7VA 2AOCA 4CP7A 3PWMA 1RV7A 1FIVA 3LZSA 4J0PA 4DI2A 3PM4A 2B60A 3ZKMA 3BGBA 5OZ1A 5P2DA 1RQ9A 3LPJA 4CPQA 5P54A 1AIDA 5P8CA 3WZ6A 3RTMA 4Y4XA 5P6GA 3ST5A 3QPJA 3QRSA 1BVGA 4Y5MA 2AOFA 4PPHA 3T6IA 2ER0E 3FNTA 1HPVA 5P3EA 1C6ZA 2ZHVA 3PEPA 5P3HA 3D3TA 5T4SA 3PWRA 1DMPA 5ER1E 5P6TA 5DQ5A 3Q5HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y3F A;  1XN2 A;  4YCK A;  4F73 A;  3NLS A;  2BPY A;  1TSQ A;  5P3R A;  3LIT A;  3UDN A;  5P1N A;  5OZ8 A;  1UH9 A;  5P8H A;  1KJ7 A;  4FSL A;  3VG1 A;  3K5G A;  5P7U A;  5P6H A;  3CID A;  5P6W A;  3L59 A;  5P2J A;  4K9H A;  2I4V A;  4Y36 A;  5P8F A;  3S85 A;  4Y4B A;  5P3V A;  2RKF A;  2A1E A;  3FV3 A;  3Q4B A;  5P3G A;  4Y5P A;  5HDZ A;  5P0Q A;  4HE9 A;  5OZL A;  5JFU A;  1AJX A;  2OHK A;  1HVJ A;  5P46 A;  1PPM E;  5AHA A;  5P0Z A;  5P0J A;  5P6J A;  3K5F A;  1MT7 A;  2JJI A;  3S8I A;  4RVX A;  3NDU A;  1PRO A;  4GJ6 A;  2PC0 A;  4I11 A;  1BV9 A;  4OC6 B;  3NYG A;  3APP A;  5P2W A;  5P6Z A;  5P8B A;  3SA8 A;  2VIY A;  5CON A;  5P6Q A;  4QJ2 A;  5P2X A;  2XFK A;  4GJ8 A;  5P2K A;  1FMB A;  1SIV A;  5P07 A;  5P0R A;  1PPK E;  5P7D A;  2HB4 A;  2XYF A;  4LC7 A;  1K1U A;  1SMR A;  5P57 A;  3PSG A;  3ECG A;  1YT9 A;  3EXO A;  5P2Q A;  5P7G A;  2G1R A;  5OYY A;  1IDB A;  1ZPA A;  1SH9 A;  1K6P A;  3INE A;  1EBZ A;  2AOI A;  5P59 A;  1APU E;  2APR A;  3KFR A;  2P8H A;  2R8N A;  1ENT E;  2AZ9 A;  1MUI A;  2QHZ A;  2H6S A;  5P62 A;  5P4E A;  1BIL A;  5P8K A;  2PSV A;  4ACU A;  4A6C A;  4QJ9 A;  5P6U A;  3O9I A;  2VIE A;  3RTH A;  3OGQ A;  3MWS A;  2V10 C;  3HD8 A;  3OU4 B;  1G2K A;  5P2N A;  5P7Z A;  2PWR A;  3PSY A;  1QBR A;  4J5J A;  3N3I A;  1MRW A;  5DQ2 A;  5P63 A;  3DV5 A;  4DH6 A;  1C6X A;  2P3B B;  5P0B A;  3S53 A;  3DUY A;  4H1E A;  5P3A A;  5OZA A;  4JPE A;  1FG6 C;  3RVI A;  2G20 A;  5P7R A;  1FB7 A;  5OZ6 A;  4YD4 A;  3NU4 A;  3EM4 A;  4Y5A A;  2FNS A;  2VA5 A;  5KR8 A;  1EAG A;  3B80 A;  2NNK A;  5DGW A;  4RYC A;  5P5T A;  4I8W A;  3Q6Y A;  1TW7 A;  4YOA A;  3UDR A;  2G69 A;  5P6S A;  2G1S A;  1HXB A;  1GNN A;  4IVT A;  3ZMG A;  3HW1 A;  3O9C A;  5P7K A;  2FLE A;  4HDF A;  5P1B A;  5OZE A;  4FM7 A;  2IKU A;  5P1O A;  4FGX A;  1BWB A;  1W5Y A;  5I3X A;  1ZSF A;  4Z2Z A;  2IGY A;  5P2F A;  5P5A A;  2QD6 A;  4J1E A;  3EL9 A;  5P7C A;  3CYW A;  5HDV A;  3UFL A;  5P35 A;  5P7P A;  3TKG A;  3EL1 A;  5P4W A;  5HCT A;  3VF5 A;  4R8Y A;  1IIQ A;  3H5B A;  5KQY A;  3PWW A;  3IN3 A; 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 1BWA A;  5P0H A;  5P6I A;  3UDM A;  2QAK A;  1HVR A;  4R95 A;  4LP9 A;  3U71 A;  2Q64 A;  1HXW A;  1HTR B;  2HB3 A;  3BXR A;  2FIV A;  3APR E;  4RRO A;  4TRZ A;  3PGI A;  5P5N A;  5DQC A;  4XX4 A;  1QBS A;  2AZC A;  4I0E A;  5OZM A;  5P4V A;  5P0F A;  4OC6 A;  2NXD A;  4RCD A;  4CPT A;  4KE0 A;  3PLD A;  2HPE A;  3VUC A;  5P6Y A;  5OZ9 A;  4YDF A;  3K4V A;  3RSV A;  1ZTZ A;  3GGA A;  4YDG A;  1GVU A;  3JVW A;  4FLG A;  3HLO A;  3S43 B;  5P4Y A;  1B5F B;  1G35 A;  5OZN A;  4YE3 A;  7UPJ A;  3URI A;  5DR8 A;  5OZ5 A;  2QMF A;  4DJV A;  5P56 A;  3I7E A;  5P0X A;  3SA6 A;  5IVR A;  3EKW A;  2P83 A;  1YM2 A;  3NWX A;  4Y48 A;  5P4G A;  5P8G A;  2QMP A;  1WBK A;  5P18 A;  5P8U A;  5P4N A;  5P1A A;  5P8M A;  5P8O A;  4I0Z A;  4EYR A;  5OZG A;  1EC2 A;  5P6C A;  5P3K A;  2WF1 A;  4Y37 A;  5P3O A;  1DAZ C;  2NTR A;  5KOQ A;  4PEP A;  4LXM A;  2B7F A;  3BXS A;  3KFP A;  3RTN A;  4ZE6 A;  3SA3 A;  4OBF A;  5P3C A;  5ISK A;  3CIB A;  4I8Z A;  1HSH A;  2B7Z A;  4CPS A;  5P2O A;  3PRS A;  5C9F A;  3OUD B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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