3GI6A

Crystal structure of protease inhibitor, ad78 in complex with wild type hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Evaluating the substrate-envelope hypothesis: structural analysis of novel HIV-1 protease inhibitors designed to be robust against drug resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3gi6A00
5P8HA 5P2YA 3PSGA 4GJ6A 4H1EA 4R92A 2FXDA 3GI5A 2O4PA 1ME6A 3SAAA 5P38A 4B05A 3FNUA 5P40A 5P67A 4B1DA 3T11A 5P64A 1HTRB 5P2RA 4IVTA 3MSJA 3NUOA 2HS1A 5P4YA 5P2UA 1D4YA 3OU1A 5P2KA 5DQ5A 2ZJKA 1DMPA 5P7CA 4KE1A 4OBZB 5P30A 5P2FA 3L5BA 4NPTA 1EPNE 1SGUA 5P3HA 1NPVA 3HLOA 3LIZA 1K2BA 5OYYA 3OXWA 5P3AA 2WEDA 1W50A 5P4KA 2NXMA 2QMPA 5JODA 4ZEAA 3CYWA 3HBOA 4LXAA 3BVBA 5P8AA 3UDYA 1TQFA 5P49A 2FGUA 5IVSA 3KT5A 1IDAA 2I4UA 1D4SA 1FIVA 3AIDA 5P77A 1LF2A 3TOGA 3WB4A 3S45A 3TNEA 5OZ3A 4Y4ZA 2V13A 4Y3AA 1PPME 4F76A 5P54A 3OU3A 3SFCA 4AMTA 2QMFA 4FM6A 5OZFA 4LBTA 1QBRA 3HAWA 2AQUA 5P79A 1LYBB 1AVFA 1HTEA 4D85A 1EBWA 2IENA 3N3IA 2ZJNA 5P0RA 3KYRA 1WBKA 2G20A 3DUYA 5P5WA 4OC6B 4EJKA 1G35A 3GI4A 1K6PA 4PZXA 2G27A 4GJAA 5HVPA 1IZDA 5P0TA 5OZ8A 4Y3HA 2VIZA 1KJFA 2BPXA 3HAUA 3UDPA 3PBZA 2AOCA 3EKQA 3BGCA 2ZHTA 1E80E 4L1AA 5P47A 2IKOA 3JVYA 4HA5A 4Y5KA 3IGBA 5P1KA 2QI4A 4PYVA 4ZE6A 2AVOA 5P29A 2OHTA 1LS5A 2IGXA 3PCWA 1GNOA 1YTGA 1NSOA 3JW2A 4F74A 4J1CA 5CLMA 1FQ4A 4J1FA 4HEGA 4HDFA 2RKFA 5P2OA 3O9LA 3QIHA 3F9QA 3IXJA 4Y3QA 2B8VA 4APEA 3JVWA 1EPPE 4I1CA 1HEFE 1MSNA 5P7HA 3ER5E 1D4KA 1HPOA 5P8FA 2R43A 1F34A 3RVIA 1YT9A 1HPSA 1SDVA 4RCFA 5P6XA 5P0GA 3LHGA 3UDHA 3KDDA 1M4HA 3S7LA 3OAGB 1OHRA 4NKKA 4EPJA 3LPKA 5P0MA 2IEOA 4NJVA 3B80A 3OK9A 4CMSA 4Q1WA 4TRZA 4Y9WA 1HWRA 1SMEA 3BUHA 3EKYA 5P8LA 3CICA 5P6QA 5DGWA 1EPME 3BC4A 3DV1A 4FM8A 5OZBA 1BWAA 4DJWA 5P69A 2QNNA 5P63A 3R1GB 3AUPA 2Z54A 3CIDA 2QCIA 4I0FA 3HDKA 1W5XA 3OU1B 4YHQA 2FMBA 1G2KA 4D88A 5P52A 5OZ4A 1MRWA 4Y4TA 3GGAA 4J0ZA 2AZ8A 3G6ZA 5OZMA 3K5FA 5IVRA 4DUSA 5JFUA 4RCEA 2G94A 3RSXA 1EBYA 3ZPTA 5P4CA 4K4PA 1UH9A 2B60A 5P7NA 2OHUA 2B8LA 4DPFA 2FLEA 5P07A 5P0IA 1HPVA 5P6UA 5P33A 4ZLSA 3VFBA 4QJ9A 4ER2E 1SDTA 5P1RA 2AZ9A 5SZ9A 1CPIA 5P4TA 3EC0A 3INEA 5P71A 1GNNA 3KFRA 1ODXA 5KQYA 5P7KA 1BIMA 5P4QA 2BPVA 4Y5EA 4LXMA 5P7QA 1Z8CA 1YTJA 3APRE 2ASIA 4LC7A 4Y3GA 3L38A 4YCYA 1IDBA 5P3FA 1T6GA 4EXGA 2QK5A 4AUCA 3TPRA 5F01A 5P2BA 3SA8A 2Q54A 5P0XA 4Y41A 2HM1A 3OXVA 5P5RA 4EYRA 5ER2E 3QPJA 2PWRA 4A6CA 3SA4A 3IAWA 2NNKA 2UXZA 4X2LA 3L59A 5P0PA 3FIVA 2V11C 2NR6A 5AH9A 1YM2A 5P4HA 1AM5A 5P4LA 5P6ZA 3IVIA 3MXEA 2ZJIA 3SA7A 4ZSRA 5T4SA 1EPOE 2I0DA 1RL8A 5P4MA 5ER1E 5P3PA 5DR0A 1PFZA 2FXEA 3GI0A 2BQVA 4ER4E 4RRSA 1A94A 4QJ2A 2MIPA 5P5SA 4I0EA 4QJ8A 1SH9A 3O9LB 5P6JA 4L6BA 5P72A 2JJJA 3TL9A 3OUBA 5KOQA 2QI0A 1NPWA 5C9DA 1FG8C 4Y53A 1UH7A 1PPKE 5P7JA 2QNQA 4PZWA 1QDMA 3I8WA 3UDKA 1OEXA 3INFA 5P03A 1FMUA 5P7MA 5P1WA 5P7YA 5P0LA 5HCOA 1M43A 4L7HA 5P20A 1HSIA 3SLZA 1EC2A 1B6LA 2AVVA 4ZSMA 3DCKA 3KMXA 5P7DA 2QHYA 2ER6E 2QZKA 2IDWA 3LIYA 5P6VA 5P34A 5P0JA 4UPJA 3OHHA 3NU9A 5HDVA 4DQHA 3S43A 3OQKA 3Q5HA 1FMXA 5P2AA 5P1QA 2AOJA 2ER7E 1YX9A 4RYCA 5OZXA 3O9BA 3QN8A 4TRWA 4YD7A 5P1VA 2I4DA 2NNPA 3S56A 5P4UA 1XDHA 1ZJ7A 3NDTA 3PB5A 3MXDA 2VJ6A 3NR6A 2JE4A 4U7QA 4A6BA 2BKTA 4J17A 4RVJA 3MWSA 4R5NA 4J0PA 4J0YA 3G72A 2R38A 4CKUA 3DOXA 5P25A 3UPJA 3ECGA 5P3ZA 3PGIA 5OZ5A 3TH9A 3LZYA 3C9XA 3O99A 5P36A 1HSGA 3TKGA 4DJVA 2I1AA 3I2LA 3LNKA 5OZVA 2ZJHA 5P39A 1AAQA 4AA8A 1A8KA 3IXKA 5P6SA 3FKTA 5P1GA 2V12C 2F80A 3ZLQA 3SA6A 5C9FA 3PMUA 4B77A 5P0OA 5P7UA 4Y45A 3TPJA 5P1FA 4GJ9A 1QRPE 2Q55A 5P6LA 2VJ9A 1EPQE 2ZHSA 5P1BA 2VA7A 2WECA 1HVRA 1ZSRA 4CPXA 3OTSA 5P8RA 3U71A 4FRIA 4EP2A 2I4WA 4CPRA 4Y5NA 3LITA 5P5XA 3INDA 5P3DA 1SMRA 3ZKIA 5P5LA 1HVCA 5P6GA 3SA9A 1RV7A 3M9FA 3O9GA 2AZBA 4GJDA 1B6MA 1BV7A 3KM4A 5SY3A 4BELA 2O4KA 1FGCC 1BDLA 4I0ZA 5P35A 3TPLA 1WBMA 2QD7A 1SDUA 3KDBA 3UCBA 4ACUA 1XL5A 2P4JA 3BXSA 1XN2A 3LIQA 4OBGA 5P83A 5OYRA 3INHA 2FDPA 4YD4A 5P8BA 2AODA 3SA3A 5P2NA 1IBQA 4XX3A 4U8WA 4K4QA 1W6IA 1KJGA 3TOHA 4YCKA 1K6CA 3BRAA 5P3UA 1PSOE 5P0YA 1DAZC 1DIFA 5P60A 5P4WA 1B5FB 1FQXA 1BVGA 2QI1A 4K8SA 5OYVA 5P1OA 5P3OA 2APRA 3S7MA 1ER8E 3OU4A 3K5CA 3Q4BA 4QGIA 2IKUA 4FSLA 5P24A 4RVXA 4Y3ZA 3VLAA 4LXKA 2G1RA 3OUDB 4X7IA 5P5JA 5P7RA 2PYNA 1D4LA 1FMBA 3EMYA 2F3KA 2FDEA 5CONA 3VSWA 4OBFA 2ANLA 5P05A 5P6NA 1ZTZA 3EKTA 5P0CA 2VS2A 5APRE 3PJ6A 4E43A 3S2OA 5P0NA 5OZDA 4Y48A 5P8OA 5HTZA 4DH6A 3OXCA 5P1TA 5OZCA 3O9HA 3VSXA 3APPA 3EL1A 5P0DA 3ZPUA 4ACXA 5KQFA 2J9KA 4JP9A 3FSMA 4APRE 3KFSA 1APVE 5P23A 1GNMA 5P6CA 4D83A 5DPZA 2UY0A 4FIVA 2VJ7A 5COKA 1Q9PA 5BWYA 4CPQA 1HXWA 5P88A 4DQFA 2QU3A 1W5WA 1MERA 4GJCA 5OZLA 3FNSA 5P6PA 5DR7A 3UFNA 5P7FA 1WKRA 5IVQA 4B1EA 2FDDA 1AJXA 1BXOA 4Y43A 1BXQA 1NPAA 1BDRA 4WY6A 2OHSA 1HXBA 5EZXA 4I0JA 1HVSA 3ZKNA 4I0GA 4GYEA 5P3JA 4J55A 1SIVA 4B0QA 3BHEA 1QS8A 5OZJA 3QBFA 2VNMA 4Y4WA 4KUPA 3TKWA 2P3BB 2PYMA 2NMZA 1K1UA 4ZSPA 3T7XA 1HIHA 1C6YA 5P7OA 3QBHA 4L7JA 1LF4A 2HAHA 1E5OE 4Y35A 3LZSA 4J5JA 3PEPA 5OZTA 5SXNA 5P1PA 5P7LA 5KR0A 5P0VA 5P5BA 3DJKA 5P1HA 3Q6YA 5P2LA 4JECA 5P6WA 2VNNA 3K5GA 4XXSA 5P7VA 3RTNA 4J1IA 1AZ5A 4GMIA 4NJTA 3ZKSA 3PSYA 3I25A 5P4OA 4LP9A 4U7VA 5P7TA 2AOHA 4MC9A 1B11A 4ZSQA 1LYAA 1HIVA 3OQDA 1U8GA 1BBSA 4XX4A 3NDXA 3EXOA 4YBIA 2WF1A 3LPIA 4Y3YA 4KE0A 5P82A 5P44A 1LZQA 1XS7D 4FSEA 2WJOA 2ZJJA 3GI6A 5P28A 4Q1NA 4Y4XA 1HRNA 2AZCA 4JOOA 4FRKA 9HVPA 4QJAA 5P81A 4Y4UA 3PLDA 5P06A 1DW6C 1J71A 2B7FA 4DJPA 4RLDA 2VIJA 1TCXA 2QI6A 4Y5BA 2HC0A 2OHPA 4YOAA 3ZKGA 5P5HA 2OHLA 2QNPA 5P11A 2B7ZA 3ZKXA 5I3XA 1MRXA 5OZHA 5P8JA 2AOFA 5OZKA 4Y51A 4EWOA 2PC0A 4RYGA 5OZUA 4N00A 4Q1YA 5P08A 5P0QA 2ZHVA 1LF3A 4F75A 5P89A 3R4BA 2XFIA 4Y5MA 5P1JA 1K6TA 4FL8A 4H3IA 2NTRA 1YM4A 2O4LA 4Y5LA 3OUAA 4Z4XA 4FM7A 1UH8A 1RQ9A 4KB9A 4JPCA 3OQAA 5P7XA 1EPLE 3RTHA 3QVCA 5P5VA 3UQXA 5P3YA 2HB3A 4XKXA 2IRZA 3UDQA 2CEJA 4FE6A 5ENMA 1LEEA 1ZAPA 3H0BA 4CP7A 3IVHA 5P8CA 4H3JA 3ZL7A 3OADA 5P0ZA 5P5AA 5OYUA 3T7PA 2QD6A 2I4XA 2CENA 5P2VA 2IQGA 4J0VA 5P3KA 4DQCA 4DI2A 3VEUA 2BPZA 5P5CA 5P4XA 2G1NA 3O9IA 2G1YA 2VIEA 2VKMA 5P4AA 2QMDA 1K2CA 2NMYA 1GVUA 1VIKA 2PH8A 5P7AA 3DK1A 5OZPA 3RU1A 1APTE 4IVSA 2HPFA 3TLHA 4GZFA 3BVAA 3HD8A 5P50A 5P16A 3SACA 3EL5A 5OZ0A 4OD9A 3BUFA 3A2OA 3S54A 4DJUA 1MT9A 3OQFA 5OZRA 1ZP8A 4LAPA 3I7EA 3GGXA 4L1AB 5P59A 4Y5AA 5COPA 5KQXA 2G1OA 5P1NA 5HU1A 1APWE 5P46A 4Y3XA 2I4VA 1EBKC 3O9CA 3OUCA 2OF0A 2V10C 4DJXA 2WKZA 5E5KA 3LZUA 1MUIA 1FB7A 1HTFA 7UPJA 4HDPA 2XFJA 1OD1A 3OOZA 5P3IA 5P5IA 3R2FA 3BXRA 2ZYEA 4Y3NA 4L7GA 1FQ7A 2RENA 4COEA 4FS4A 2OHMA 5BS4A 3NUJA 3HZCA 5P8UA 4Y4EA 5P4ZA 4R95A 4FRSA 5ENKA 2XFKA 4YBFA 1XE5A 5HE4A 1RNEA 2WF0A 3NXNA 1W51A 3Q70A 4FRJA 3LINA 5P0UA 5KAOA 1GVVA 1IVPA 3CMSA 2HB4A 4Y3JA 5P1CA 4EJDA 2Q5KA 3SABA 2FNTA 1A30A 2AOEA 5P3XA 3VV8A 4GJ7A 3R0WA 5P6MA 1T3RA 5JFPA 5P6RA 3VF5A 2BPWA 4H3FA 4FCOA 3UQRA 1PROA 3K4VC 2Z4OA 2HS2A 4YD6A 5OZWA 1HIIA 2RKGA 5P6AA 2PK5A 5P5UA 2G24A 2PMAA 2R5QA 2JXRA 2O4SA 5P2JA 2HPEA 4MC6A 5C9BA 2ZJMA 2V0ZC 1W5YA 5HU0A 2R3WA 3SPKA 3CKTA 1CMSA 2ZGAA 5P2IA 5P65A 2O4NA 2QI7A 5AHCA 3R0YA 4LL3A 3QRVA 4I10A 5HDUA 3L5EA 2B42A 2PQZA 1FKNA 1ENTE 5P8QA 5I70A 4DV9A 1B6KA 3N4LA 5P66A 5P01A 5P0WA 5P3QA 3IXOA 3NXEA 4OBZA 4Y4AA 4YA8A 1Z1HA 5P5QA 4CPUA 5P58A 5P61A 4CPSA 1EAGA 2A1EA 5P7WA 1ZPAA 2QP8A 2OHNA 2WHHA 5AHBA 5OYWA 2EWYA 4Y54A 1BDQA 1HVKA 3DM6A 4Z22A 2WEAA 5EZZA 5P4EA 2QU2A 1MEUA 4ZIPA 2ZHRA 5KR2A 5P7ZA 2AVSA 2QD8A 2P3AA 5P1LA 4ZPFA 2IGYA 2PSUA 3SO9A 5P2DA 5I3WA 2BJUA 4ER1E 1HOSA 5KR1A 5P02A 1FQ8A 5P6OA 5P5OA 2P3CA 3DCRA 3VFAA 4EP3A 4EHCA 3URJA 2NXDA 2V00A 5P7SA 2VIYA 1D4HA 3KFNA 1M0BA 1AJVA 5DR3A 1EC1A 1ZLFA 3NLSA 1FEJC 2ZE1A 3T3CA 5DR8A 5P6KA 4NPUA 1NH0A 5P62A 1BVEA 2QHCA 1LYBA 4S1GA 2QMGA 4YD5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8H A;  5P2Y A;  3PSG A;  4GJ6 A;  4H1E A;  4R92 A;  2FXD A;  3GI5 A;  2O4P A;  1ME6 A;  3SAA A;  5P38 A;  4B05 A;  3FNU A;  5P40 A;  5P67 A;  4B1D A;  3T11 A;  5P64 A;  1HTR B;  5P2R A;  4IVT A;  3MSJ A;  3NUO A;  2HS1 A;  5P4Y A;  5P2U A;  1D4Y A;  3OU1 A;  5P2K A;  5DQ5 A;  2ZJK A;  1DMP A;  5P7C A;  4KE1 A;  4OBZ B;  5P30 A;  5P2F A;  3L5B A;  4NPT A;  1EPN E;  1SGU A;  5P3H A;  1NPV A;  3HLO A;  3LIZ A;  1K2B A;  5OYY A;  3OXW A;  5P3A A;  2WED A;  1W50 A;  5P4K A;  2NXM A;  2QMP A;  5JOD A;  4ZEA A;  3CYW A;  3HBO A;  4LXA A;  3BVB A;  5P8A A;  3UDY A;  1TQF A;  5P49 A;  2FGU A;  5IVS A;  3KT5 A;  1IDA A;  2I4U A;  1D4S A;  1FIV A;  3AID A;  5P77 A;  1LF2 A;  3TOG A;  3WB4 A;  3S45 A;  3TNE A;  5OZ3 A;  4Y4Z A;  2V13 A;  4Y3A A;  1PPM E;  4F76 A;  5P54 A;  3OU3 A;  3SFC A;  4AMT A;  2QMF A;  4FM6 A;  5OZF A;  4LBT A;  1QBR A;  3HAW A;  2AQU A;  5P79 A;  1LYB B;  1AVF A;  1HTE A;  4D85 A;  1EBW A;  2IEN A;  3N3I A;  2ZJN A;  5P0R A;  3KYR A;  1WBK A;  2G20 A;  3DUY A;  5P5W A;  4OC6 B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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