3HAUA

Crystal structure of chemically synthesized hiv-1 protease with reduced isostere mvt-101 inhibitor
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
94
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 15
structure length 94
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3hauA00
3LIQA 1CMSA 3TPRA 3PSYA 5P13A 3FX5A 4Y5CA 5P7AA 4RRNA 5P71A 3K5GA 3QVIA 3NU6A 1MSNA 2PQZA 2Q64A 2VA5A 5P1QA 4EXGA 1DPJA 5P6MA 4Y3GA 3O9HA 2XYFA 4J17A 3NXNA 2NXLA 2OHMA 1C6YA 4Y58A 5P8IA 5P83A 3KN0A 5P24A 5P5RA 4FM8A 3CMSA 3EKTA 2AZCA 3F9QA 3R4BA 5P5PA 4DPIA 5OZPA 3QI1A 3O9IA 5COKA 4PYVA 4HLAA 5P10A 1SIPA 3CKPA 1YTHA 4QJ7A 5HD0A 2H6TA 4EXHA 3D1ZA 1W6HA 2NR6A 5P77A 3UPJA 4TVGA 2QMGA 4KB9A 1A30A 1BAIA 4FCOA 2QI0A 5P2AA 1DIFA 2AODA 1ZJ7A 4HDPA 2IDWA 4Y3YA 4JP9A 4R91A 4A6BA 3R0YA 1B6PA 2I1AA 4I11A 5DGWA 2UPJA 5P27A 5T4SA 5AHAA 2VJ9A 2G1SA 2R5PA 3GGVA 2AVVA 1BWBA 1IZDA 3EL5A 3PWMA 5P60A 2QU3A 2F3EA 2IRZA 2ASIA 2QZWA 4EP2A 2IGXA 4L1AB 1BWAA 4MC6A 4DJRA 4GJ9A 4CPSA 3LIYA 5PEPA 3KFPA 5OZWA 5KOSA 4Y4ZA 5P1FA 1HPVA 3UHLA 5P3OA 3TLHA 1B6LA 5P0QA 2Z54A 5P4PA 4AA9A 4WY6A 3VSXA 1FFFC 5P36A 3SO9A 3OXVA 2B60A 4Y43A 4RYCA 3SA4A 1ZBGA 2BPWA 1MSMA 2PSGA 4NKKA 5P2SA 4DQHA 1TQFA 4ZSPA 1TSQA 1F34A 5OZFA 1APVE 4Y53A 1T6GA 3LHGA 2QMFA 3I6OA 5P4FA 3VF5A 5KR8A 4H1EA 3L5BA 4H3FA 5P7DA 1LYBB 3VEUA 5P7ZA 4L7HA 3LPJA 5P5QA 5P78A 3OHFA 5BWYA 2WEAA 2Q15A 3ECGA 5ER2E 5P03A 2QU2A 2NTRA 3EKWA 3UDYA 1GVVA 3L5CA 5P3GA 3UDNA 3QIHA 5P8SA 1AM5A 4Y3EA 2G24A 2I4WA 5P14A 3PLLA 5P18A 1UH7A 2FXDA 3KM4A 5ENMA 1FMBA 2UXZA 2HC0A 4KUPA 1W51A 3INHA 4MC1A 5P4AA 1NPVA 4N00A 2HIZA 5P48A 3UDHA 3NLSA 3ZKGA 1EAGA 2R5QA 2ZGAA 1Z1HA 4WTUA 1HPSA 2SAMA 1YTGA 2V11C 4YBFA 4LXMA 5OZ8A 5P7BA 5KR0A 5P70A 5C9DA 4ER2E 4JPEA 3JVYA 4DUSA 4QGIA 4AMTA 2ZYEA 4XKXA 3TPJA 5E5KA 1LYWB 2B42A 4Y3QA 2HS2A 2VNNA 3I7EA 4I10A 4EJKA 3DM6A 3KFNA 1FG6C 3ER3E 2I4UA 1HBVA 2PC0A 4EP3A 1XN3A 3PMYA 2ZJHA 2HS1A 1A8KA 3KMYA 3R1GB 4R5NA 3Q5HA 3LZSA 4YD5A 3HD8A 4WY1A 3SQFA 4ZPEA 4Y3PA 5P1PA 5HE4A 1YTIA 4NPUA 1MUIA 5KAOA 2QI3A 4DQFA 5P43A 4Y56A 1XL2A 5P1ZA 4Y44A 3Q70A 4RCFA 2OHUA 2QHZA 1YTJA 2QD7A 4A4QA 1ODWA 5P3LA 2V16C 3U6AA 4U7VA 4JPCA 5HCOA 2P3BB 4J0PA 4J1CA 2WF2A 5P1OA 1APTE 5APRE 2G94A 3EKYA 5P0JA 1W6IA 4Y3HA 5KQZA 4OC6A 4GYEA 3NDUA 3TH9A 2J9KA 3PM4A 5P2MA 2Q54A 1MT9A 3EKXA 3HZCA 4DQEA 1QBTA 4QJ8A 3S45A 1BDLA 1GNMA 1GVTA 2IGYA 3MXDA 5P00A 5OZHA 5UPJA 5AH9A 5CONA 4GJ7A 4GIDA 2B7ZA 3S53A 5P2VA 4NJVA 1J71A 1GNNA 4LAPA 4CPXA 3IGBA 5P5IA 1MRWA 2ZJJA 3GW5A 1TSUA 2HPEA 5P3YA 5P7HA 3S7LA 2IS0A 5P6UA 1Q9PA 3EKQA 4Y3XA 5P1KA 5DQ2A 3IXOA 4J1IA 2QD8A 1AXAA 1HIHA 3UQRA 4ZE6A 1XE5A 5OZAA 2WKZA 5P0EA 2VIYA 3BRAA 2HB4A 5P64A 5P2JA 5OZ7A 4OBKA 4QJ2A 5P7NA 1M4HA 4ER1E 5P0MA 5OZVA 2G1YA 5OZQA 5P8BA 5P31A 2OHSA 1FMXA 5OYVA 5P0FA 4D8CA 3TOFA 5P8FA 5P16A 4TRYA 2VIEA 2RSPA 1HVRA 5P08A 3FNSA 5P7UA 5P1WA 4GJ5A 1K1TA 5P8NA 3INFA 3T7XA 4J1KA 5P15A 3ZKXA 5P4HA 5P3JA 5OZSA 2ZJLA 5P73A 5P0DA 4CPWA 3UCBA 3S43A 2HAHA 2F3FA 5P44A 3WZ7A 4F75A 5P2CA 2PYNA 1PSAA 4LL3A 2R3WA 2P3AA 2APRA 3CIBA 3O9FA 3OQDA 3QROA 1RNEA 3LZYA 5P20A 3U71A 2AOFA 3BVAA 2WF0A 2AOEA 1IZHA 4I0DA 1Z8CA 3OUDA 3UTLA 4Y5AA 3JW2A 4RVIA 2OHLA 1D4HA 5P5WA 2OF0A 3EC0A 5P2HA 2P3BA 2JXRA 5P7XA 5P5SA 5P0PA 5P04A 3DCKA 3EM4A 1MIQA 4Y4JA 2G1RA 5P85A 3U7SA 4S1GA 3KDBA 5P3SA 1MT7A 4YCYA 5OZMA 5DR4A 1ER8E 5OZGA 2FDDA 5P6CA 5OZ4A 5P6JA 3SABA 3MSJA 5P3IA 3UDJA 4DJUA 3TOHA 5P2FA 5P4TA 3EM3A 1ZSFA 5P45A 5P01A 2VIJA 3WZ6A 2UY0A 3SA3A 2QK5A 1ZTZA 1QBRA 5P3DA 3O99A 2J9JB 4DQGA 5P4MA 3BUHA 4ZPFA 3AUPA 5DR7A 3INEA 1MT8A 2RENA 4I12A 1ZP8A 5OZOA 5P19A 4A6CA 5OYXA 3FKTA 1EC0A 1IIQA 2BPXA 5P3NA 5P53A 4Q1NA 1GNOA 1UPJA 5OZIA 1FQ8A 5P2ZA 4RCDA 4Y57A 2ZHSA 5P74A 5P0XA 5P42A 4OD9B 4DV9A 2QCIA 5P5KA 2P3DA 5P5HA 3ER5E 4TVHA 2AOIA 1N49A 5P1RA 5P12A 2ZHRA 3NWXA 1KJHA 2ER6E 3B80A 3EXOA 4RVJA 3I2LA 3KDDA 1YX9A 5OZLA 5P47A 3GGXA 1K1UA 4GMIA 5P7JA 4CPQA 4K8SA 4Z50A 4RYGA 4OBFA 5P0LA 3TTPA 5P2YA 4FIVA 4I0HA 5P2EA 3OADB 5P1DA 1QDMA 4ZSRA 1G35A 1G6LA 2QI7A 2AZ8A 3NSHA 2FNTA 2QHYA 1HRNA 3ZL7A 5J25A 1K6VA 2ZJIA 4DJYA 5P6GA 4COEA 5P79A 5P67A 1LYAA 3QN8A 5ER1E 2CEMA 5HTZA 3CKRA 5DPZA 1W5YA 2VJ6A 4QJAA 1APWE 4J1FA 3VSWA 2O4LA 1EEDP 3QPJA 4HA5A 5KR2A 5KQXA 1MEUA 5P62A 1HTFA 4ZPGA 3TPLA 3LIXA 4HDFA 4DI2A 4YCTA 5P2NA 2BB9A 3CIDA 5P3TA 2ER7E 5IE1A 1MESA 3EL4A 5P1CA 1K2BA 5P0TA 5P6NA 4YE3A 1HIVA 2R3TA 4AA8A 4B72A 3QS1A 5P5MA 2G21A 3NUOA 5P81A 1QRPE 1EPLE 3LZVA 3OXWA 5P5CA 3Q3TA 1OD1A 3EM6A 3O9CA 3NYGA 5HCTA 4F74A 5B18A 4GJCA 5P63A 5P82A 3BGBA 4LXKA 4Y38A 4YDGA 5P0YA 4DQCA 3LZUA 1KJ4A 2JYSA 1QBUA 1W50A 1C6ZA 1DP5A 1T7IA 4MC9A 5P6VA 2FXEA 1XE6A 2B8VA 2NPHA 1YM2A 5JG1A 4Y3SA 3VV7A 2MIPA 5P39A 3KFRA 5OZJA 5OYSA 2R8NA 5P30A 3CICA 5OYTA 5HE7A 3HAWA 2Q55A 1AIDA 3APPA 2B7FA 5P5UA 3L5FA 2OHTA 5P3VA 3FNTA 4RCEA 4BFDA 3GI5A 1FLHA 2G1OA 1MERA 4MC2A 3B7VA 5DQ1A 5P7IA 2G26A 4B70A 4Y36A 4JOOA 5P2GA 2QNNA 1BDRA 2OHKA 5P2TA 1AVFA 3Q6YA 3VLAA 1B5FA 2NNPA 2Q11A 3O9BA 2F8GA 5HU1A 5P4GA 3O9LA 1B6KA 4Y5KA 3OADA 2QP8A 3D20A 3OUBA 4Q1XA 2VIZA 4Q1YA 4FRSA 4OBZA 1HTGA 5P86A 1HVJA 4FE6A 3PJ6A 3GI4A 5P7WA 4Y5GA 3QRMA 5P5XA 1IDAA 4I0JA 2QNQA 3T11A 3T3CA 4CP7A 5IVQA 4APEA 5P1VA 3UQUA 4YCKA 4YD6A 3GGUA 4F76A 3PCWA 3SKFA 3EBZA 4ZSMA 3SPKA 1QS8A 4OBHA 1HEGE 4ACXA 3OU1B 4ZSQA 5P1UA 2IKUA 5P38A 5P3FA 4FAFA 5P4YA 5P09A 5P5BA 5P32A 4L7GA 3HAUA 1HVKA 5COPA 3AIDA 1B6JA 5P6WA 4B78A 5P4WA 1EPME 5P1IA 3IAWA 1HVLA 3ZLQA 4DJVA 1FQ5A 3D91A 4RGHA 1TW7A 4M8XA 4DJOA 3NU4A 4EJDA 1W5WA 3MSKA 5KQFA 5P05A 1W5XA 3L5EA 3BUGA 5P4EA 3LNKA 3UQPA 5AGZA 2V12C 2QI1A 5P0BA 4IVSA 3KT5A 3BXSA 5P4VA 4FS4A 5P0RA 5P02A 3OAGB 4Y41A 1EBZA 1PPME 3K1WA 3IA9A 1ENTE 2F3KA 3ZKQA 4AZYA 1PSOE 3LPKA 1LF3A 5P4IA 3PSUA 4GB2A 5P4UA 4L1AA 3VF7A 5P1JA 2WJOA 5P5FA 5P3HA 3TPPA 2VA7A 3ZKNA 4NPTA 5OZBA 5P5AA 4BELA 1JLDA 1IVPA 4Y5PA 5P2DA 2R43A 1HVIA 2VKMA 1HPXA 3DK1A 3L59A 5P23A 3ZKMA 5P7TA 3UF3A 3ZMGA 3SA7A 5P8VA 5AH6A 3URJA 3QBHA 1A8GA 5P2QA 5OYQA 4Z4XA 1XS7D 3RTHA 5P6LA 5HDVA 3G70A 5P0CA 4Y4AA 3RVIA 3R2FA 4DJXA 4Y3LA 1HSHA 4EQJA 4YOBA 5P69A 2PH8A 3N3IA 5P3XA 3SA9A 5OZ3A 1APUE 1E81E 5HDUA 2AZBA 2WECA 4Y50A 2QAKA 5P3BA 7HVPA 4Z22A 5P6BA 1LYBA 1T7KA 3KF0A 4Y4UA 1GKTA 2OHNA 3FIVA 1E82E 5P59A 3UDQA 4Y6MA 3KFSA 1CZIE 1IVQA 1FFIC 1E80E 3L58A 1ME6A 5OZDA 3ZPTA 2IENA 5P3UA 1M0BA 3GGAA 5OZZA 5HVPA 3H5BA 4FLGA 3RSVA 3OU4B 1BV7A 1ZPAA 1FQ7A 3L38A 1RPIA 2ANLA 3PEPA 1PPLE 1DMPA 3QBFA 4YD4A 2QHCA 1SDVA 4OBJA 4FL8A 2VJ7A 1LS5A 3OU3A 2O4NA 5OZNA 2G1NA 2R38A 4EWOA 1C70A 2HB2A 6UPJA 1TCXA 5FIVA 1OEWA 3H0BA 1SIVA 4Y9WA 5P46A 3WZ8A 4HVPA 2AVOA 3OHHA 3SM2A 4ZIPA 2A1EA 5P1HA 4GJ8A 5P55A 4J0TA 3UDKA 1BDQA 8HVPA 1E5OE 4B0QA 2HB3A 5P6KA 4TRWA 4DPFA 1LYWA 4Y4TA 1XN2A 2QD6A 1HWRA 4J1EA 4Q1WA 1C6XA 5P3ZA 4B1EA 3SAAA 1D4JA 2PMAA 5P4NA 2QMPA 1F7AA 1HSGA 2O4SA 5P5LA 2OHPA 1SGUA 3PBZA 3UQWA 1IZEA 5P68A 5P7VA 4EPJA 1FB7A 3INDA 5P2XA 1MPPA 1HIIA 1DAZC 5P1MA 1LF4A 4RLDA 4YA8A 2F81A 4UPJA 5BRYA 3KMXA 3D1XA 1A94A 2QI4A 5P6XA 5P66A 4Y3MA 3DUYA 1RQ9A 5P6OA 2RMPA 5DR1A 1MVPA 3UDMA 3VLBA 3OUAA 2QNPA 4Y45A 5P3PA 5IVSA 5P5OA 5P1YA 2A4FA 3WB5A 1HVSA 2F80A 1FF0C 4RZ1A 4Y39A 4ACUA 5P4LA 2PWCA 4XX4A 5P8JA 1XL5A 2G22A 3DV5A 4I0GA 4OBGA 1D4SA 5P22A 1FEJC 2AQUA 2ZDZA 4KE0A 3K4VC 1MTBA 1PROA 2FS4A 4H3GA 1PSNA 5P7PA 5OYZA 4HZTA 4U8WA 3VFBA 5DR0A 5DR8A 5P25A 4FM7A 3OOZA 2BKSA 2PWRA 3PHVA 4I8WA 3UQXA 3L5DA 2G27A 2OHRA 1SMRA 4J1HA 2P83A 2O4KA 5DQ4A 3NDWA 5P4OA 5IVTA 5P7FA 1PFZA 4F73A 4D83A 2G20A 3PCZA 5EZZA 3CYXA 3G72A 1UH9A 2PYMA 4B1DA 5IVRA 1BXOA 2PK6A 4RRSA 3LIVA 5P0VA 3OTYA 2I4XA 4NJSA 2WF1A 5AHBA 1D4KA 3TKGA 5P8CA 4L7JA 4Y3JA 4DJQA 5I70A 1FIVA 5P5DA 1GVXA 1U8GA 3GI0A 1SP5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LIQ A;  1CMS A;  3TPR A;  3PSY A;  5P13 A;  3FX5 A;  4Y5C A;  5P7A A;  4RRN A;  5P71 A;  3K5G A;  3QVI A;  3NU6 A;  1MSN A;  2PQZ A;  2Q64 A;  2VA5 A;  5P1Q A;  4EXG A;  1DPJ A;  5P6M A;  4Y3G A;  3O9H A;  2XYF A;  4J17 A;  3NXN A;  2NXL A;  2OHM A;  1C6Y A;  4Y58 A;  5P8I A;  5P83 A;  3KN0 A;  5P24 A;  5P5R A;  4FM8 A;  3CMS A;  3EKT A;  2AZC A;  3F9Q A;  3R4B A;  5P5P A;  4DPI A;  5OZP A;  3QI1 A;  3O9I A;  5COK A;  4PYV A;  4HLA A;  5P10 A;  1SIP A;  3CKP A;  1YTH A;  4QJ7 A;  5HD0 A;  2H6T A;  4EXH A;  3D1Z A;  1W6H A;  2NR6 A;  5P77 A;  3UPJ A;  4TVG A;  2QMG A;  4KB9 A;  1A30 A;  1BAI A;  4FCO A;  2QI0 A;  5P2A A;  1DIF A;  2AOD A;  1ZJ7 A;  4HDP A;  2IDW A;  4Y3Y A;  4JP9 A;  4R91 A;  4A6B A;  3R0Y A;  1B6P A;  2I1A A;  4I11 A;  5DGW A;  2UPJ A;  5P27 A;  5T4S A;  5AHA A;  2VJ9 A;  2G1S A;  2R5P A;  3GGV A;  2AVV A;  1BWB A;  1IZD A;  3EL5 A;  3PWM A;  5P60 A;  2QU3 A;  2F3E A;  2IRZ A;  2ASI A;  2QZW A;  4EP2 A;  2IGX A;  4L1A B;  1BWA A;  4MC6 A;  4DJR A;  4GJ9 A;  4CPS A;  3LIY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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