3HAUA

Crystal structure of chemically synthesized hiv-1 protease with reduced isostere mvt-101 inhibitor
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
94
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 15
structure length 94
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3hauA00
5P4FA 1WBMA 5P38A 1ODXA 1C70A 4GZFA 5E5KA 2G24A 6APRE 3U6AA 1D4HA 1EPOE 3VFBA 5P19A 1ER8E 4GIDA 5DQ2A 1MT9A 3QI1A 5P0VA 2WF0A 5P1GA 5P0WA 3I25A 3QS1A 3KFPA 2ZHVA 1YTJA 3EM6A 4LC7A 5HD0A 1HVIA 4I12A 1T6GA 4ZLSA 5P8UA 1SDUA 5OZDA 1QBRA 5P8RA 3S2OA 5P4NA 5P8NA 1A9MA 1EAGA 2IS0A 4DJUA 5P34A 2WF4A 2QHZA 2AOIA 5IVRA 3OADB 3FIVA 5P7KA 3D1XA 1ENTE 2G1RA 3EKXA 5P44A 3S7MA 3CKTA 5ISJA 1FKNA 2AOGA 3CICA 1LYBA 2AZ9A 1YT9A 2Q3KA 5P2JA 5P7WA 3IVHA 5JFUA 4Y3YA 2G1YA 3AUPA 3VYEA 2QMPA 5P7HA 1HBVA 2I4UA 3LIYA 4RYCA 5P6QA 4DQFA 3NXEA 5EZXA 3I7EA 3UDMA 2R43A 5P5FA 2FLEA 3PB5A 5P68A 2V0ZC 3TPJA 1HVRA 5HE7A 2ZJIA 2IQGA 5P5LA 2F80A 3F9QA 4DJOA 5HDXA 1XN3A 5P8EA 4H1EA 3R0WA 1FQ8A 3D3TA 1IIQA 5KQZA 5P7RA 5OYRA 2OHLA 1YTHA 4B72A 5OZ6A 5IVSA 5P8HA 2ER6E 3OXCA 4J1IA 4CPWA 4B05A 1HSGA 5P8LA 4D88A 4DFGA 1VIKA 2BBBA 3UCBA 5I3XA 4U7QA 3I8WA 4Z2ZA 3NU9A 4DQBA 5P6FA 3S53A 5P2LA 2SAMA 5P0CA 4EJDA 2BPVA 1M0BA 3MSKA 1BAIA 2XYEA 3ER5E 5P7LA 4RZ1A 1MEUA 5E5JA 5OZFA 3INHA 2P8HA 1XDHA 2I4XA 5P3JA 4Y5NA 3ZKGA 4NPUA 4ZPEA 2QI0A 3OQKA 3OQDA 2BPXA 3FX5A 1FG6C 1HIHA 4QJ7A 5P37A 4OBZB 5OYWA 1SDVA 5P5CA 5P3EA 5P0KA 4HDFA 3VSXA 1TSUA 1HRNA 5P01A 4NJSA 1XS7D 2QZKA 4EP3A 3D1YA 4EJLA 4Y5BA 5P0ZA 6UPJA 1BDQA 2HAHA 4FS4A 4CMSA 3PLDA 1IDBA 5P8JA 4Y3SA 1C6YA 4QLHA 4FRIA 3TKWA 5I3WA 4XXSA 5P15A 2Q11A 3GW5A 3VCMA 3OHHA 5P2WA 5P5QA 3FV3A 3ZKIA 5P50A 3H0BA 4J0ZA 3TLHA 5AH8A 3MSJA 5JG1A 1OHRA 3QP0A 2G21A 2HS1A 4Y4UA 4YD3A 1K6TA 4R95A 1IZEA 4PPHA 1TQFA 1ODWA 5P4PA 2VA7A 5P2IA 1LZQA 5OYTA 4ZSPA 4Z22A 1B6JA 4LP9A 5TOLA 5P0GA 2Q15A 4COEA 4I0GA 9HVPA 3IXJA 5COOA 2ZHRA 1N49A 5P06A 4GMIA 2F3KA 5OZ9A 5P4LA 1AAQA 5P2CA 1BWBA 1ZJ7A 3NWQA 4ZPGA 2AOHA 4GJ9A 3PHVA 1WBKA 5P30A 4J0YA 5P3BA 4YBFA 3EKQA 4RCFA 1PPLE 5P3VA 5HTZA 4FSEA 3ZKQA 4KUPA 3LZSA 4GYEA 2V11C 4Y4WA 5P5BA 1XE6A 2ER0E 2I4WA 5P17A 4WY1A 5DR1A 5P2TA 3UDPA 4EYRA 3PI5A 4Y3GA 4TVHA 3GGVA 2QMFA 4F73A 5OZAA 1ZSFA 3ECGA 2RSPA 3VV7A 2FNTA 4M8YA 5P2XA 5IVTA 5P86A 5P2NA 5P4EA 2ZDZA 5OZVA 3QBHA 3C9XA 4R92A 3NU6A 4CPXA 1BVGA 1D4IA 3OADA 3HZCA 1K6VA 5P0NA 3NSHA 1XL5A 3EKPA 5HU0A 2QD6A 5P8FA 1KJHA 2G1NA 4CPTA 4AA9A 5P2UA 4Z4XA 2ANLA 1ZAPA 2FS4A 1IBQA 3NDXA 5P7UA 5P8GA 4H3FA 4EQ0A 3KA2A 3WSJA 2IKUA 3OK9A 5P13A 1MT7A 5KR0A 5P24A 3CYWA 4OBDA 5P3DA 4E43A 2NXDA 3GGUA 5KR1A 5P55A 5P2AA 2PYMA 4GJ8A 3PCWA 3H5BA 2VA5A 5OZQA 3ST5A 5P5KA 1K2CA 4Y44A 1AJXA 1NSOA 3ZOVA 1DMPA 2F3FA 3QRMA 1GNNA 5P8DA 5P1MA 5P61A 5OZ5A 5OZTA 1FLHA 5HVPA 3OQAA 3VV8A 3FNTA 3LIXA 3RTMA 5P7IA 3QIHA 5P11A 1GVTA 2ZJJA 1HVLA 5P62A 1BV7A 2OHSA 1HVKA 1QBSA 2I4QA 5P66A 4TRZA 1OEXA 5P7PA 3L5FA 4J55A 4B1CA 3EKVA 2AVVA 4RRNA 1KZKA 4Y3LA 3APPA 2NMYA 3FSMA 2PH6A 4QJAA 4JP9A 2AODA 2Z4OA 4LL3A 5P0LA 2FDPA 5P67A 3BVBA 4Y4BA 5P0XA 3S85A 2VIYA 3LZUA 5P8BA 3OUBA 4LAPA 2NR6A 5P5XA 3S8IA 5P6VA 5P5WA 3KDCA 5P2DA 5BS4A 2IL2A 4RROA 3EKWA 2B7FA 4TRYA 2VIJA 2QZLA 1EBKC 3SLZA 2QK5A 5P8SA 5P8QA 5ENKA 5P58A 4YCTA 5B18A 4L1AB 4IVSA 4Y5LA 1KJ4A 5P6YA 3S45A 1B6LA 1DP5A 2F3EA 2H6SA 3A2OA 2ZYEA 2WEAA 4L7JA 5KQFA 5P3HA 5SZ9A 3WB5A 2HM1A 4DQEA 2VNNA 4XX4A 5P1JA 1FFIC 4YDGA 5P47A 5P3MA 3LHGA 5P6BA 5CONA 5JFPA 2APRA 3ER3E 5P8MA 1ZSRA 4I1CA 5AH6A 5P8IA 3PSYA 4ZEAA 1TCWA 5P1IA 3NU3A 4KB9A 4EWOA 2ZHUA 5DR3A 5P4QA 3VUCA 5P4DA 3NYGA 4DJQA 7UPJA 5OZNA 2V00A 3R4BA 5P49A 3OU4B 2UY0A 2G1SA 3OAGB 3G70A 3L38A 2MIPA 5C9BA 2F8GA 1TSQA 5P6TA 1IVQA 4M8XA 2AOJA 5P76A 2BPZA 4I0EA 5P3LA 3PSGA 3INEA 2FGUA 3TNEA 5IS4A 3VSWA 5P20A 2NMZA 3T11A 3I2LA 4BFBA 4DJPA 3SPKA 5P2MA 1EPLE 1RQ9A 3HDKA 4DJYA 3SA7A 1HXBA 4J1FA 2G1OA 5P2VA 4I0HA 5OZ4A 5P5AA 5P5MA 5P5VA 2I0DA 5P4VA 1YX9A 3UDQA 4QJ6A 5P22A 1A30A 4F74A 2CEMA 4CP7A 3GI5A 3PVKA 1HPSA 3WZ7A 5P4IA 1APVE 5OZ2A 1SGUA 4YA8A 5P0HA 5OZXA 1MUIA 3LPJA 5P1SA 5OZGA 1ODYA 3URIA 5P7JA 1EBWA 5HE4A 1AVFA 5P3YA 5P7VA 2QZWA 3UDHA 2QI6A 4HDBA 1HSIA 3LPKA 4DJWA 3CKPA 1IDAA 1META 3PMUA 4XKXA 3LZVA 4J0TA 4FRJA 5P1AA 3LPIA 2O4LA 4YDFA 2AOCA 1UPJA 1M4HA 3QVIA 1EBZA 5P1QA 1G6LA 2R38A 2OHTA 5P5GA 3UDKA 3NDWA 4APEA 5P4HA 3LIQA 3VLAA 3SACA 5P4XA 2ZJLA 4Y3ZA 5P5ZA 2AZCA 5P1FA 1HIVA 2HB2A 3OQFA 5P46A 3LIZA 3TL9A 5P5DA 5OZSA 4Y45A 1LYAB 1D4LA 4X2LA 1MTRA 4L6BA 1GVXA 3EBZA 5P33A 3MSLA 5P6HA 3UTLA 1LF3A 4H3IA 5P4ZA 5P6UA 1T3RA 2AQUA 4U8WA 3FKTA 5P5EA 2PSVA 5P3SA 4NJTA 1QRPE 5P56A 1G0VA 1GNMA 1YM2A 3GGAA 2B60A 1GVWA 4Y3NA 2QAKA 3SQFA 1RPIA 3UDRA 1MRWA 4ZPFA 2R3WA 3EL5A 4I0FA 5HCOA 2P3BA 3SA9A 3L5DA 5P1HA 2JXRA 1A94A 1IVPA 2BB9A 2NPHA 1SH9A 5P54A 4Q1NA 3OXVA 4Y53A 2J9KA 5P82A 4A6BA 4DV9A 1B5FA 2G94A 4FL8A 5OZOA 4Y5PA 4BFDA 1FFFC 3KFSA 1MIQA 5OZ1A 3O9LB 4Y50A 5P6GA 5KQXA 2QU2A 2J9JA 3SKGA 1LYWB 2HIZA 2PK5A 4YOBA 2V12C 4GJ7A 4YHQA 1MRXA 5P07A 5P8TA 3L59A 1ZLFA 4I0ZA 2B7ZA 2ZGAA 4J1CA 4GJ6A 3JVYA 3OUDB 2QP8A 5P78A 3TPRA 2NXMA 5P2HA 5AHBA 4FGXA 5P7QA 4DH6A 3OXWA 1OD1A 2IKOA 2PMAA 5P7OA 3UFLA 4APRE 1HOSA 1FQ5A 3T7XA 2P83A 3Q5HA 2ER9E 4L1AA 3WZ6A 3QRSA 1LS5A 5HDZA 3VFAA 1PSAA 1GKTA 5P0RA 3UPJA 1XE5A 4XX3A 3PBZA 5C9DA 2VJ7A 2Q5KA 3DK1A 3RTHA 5P7EA 4OC6B 1W5YA 4H3GA 5OZRA 3HLOA 4MC9A 4K8SA 2FDDA 4Y4EA 4DJXA 2I0AA 2I4VA 4FAFA 3WZ8A 3CMSA 4H3JA 4WTUA 2WHHA 3UQUA 3O9CA 5HDVA 3EXOA 4UPJA 4Y51A 3S43B 1MPPA 3ZL7A 5FIVA 1EPQE 5P7AA 5SY2A 4NKKA 5OZMA 2H6TA 3TOGA 3EMYA 3URJA 4Y5CA 1SP5A 5P2GA 4QJ9A 5P6EA 3VEUA 1WKRA 1Z8CA 1HVJA 5P2EA 5P6RA 1W5WA 1OEWA 3K4VC 2V13A 1J71A 1EC0A 5P5JA 3S56A 2UXZA 5P5IA 3OY4A 1YG9A 5P71A 4Y4XA 1EPPE 3SA3A 5J25A 4K4RA 1E81E 3TOHA 4Y4JA 1K2BA 4Y3AA 4J1KA 3SKFA 2B42A 4N00A 4Y35A 5DR8A 5OZ3A 4A6CA 1AXAA 1BXQA 5P0PA 1SIPA 3APRE 3QPJA 4MC2A 5ISKA 3HBOA 1EPRE 3CIBA 4RCEA 4YD5A 4GB2A 3WB4A 4Y5EA 5P4GA 1KJ7A 5P7YA 4Y4TA 5P6KA 5I3YA 2XYFA 1IZHA 3LZYA 3DOXA 4B1DA 2IEOA 2OHKA 1K1TA 4OD9A 3TPLA 2FGVA 3OTSA 2WF3A 1NH0A 3O9BA 1GVUA 1KJGA 5BWYA 4GJCA 3T7QA 2FIVA 3GI4A 2IGXA 5P1RA 5P2BA 2VJ9A 5OZJA 3PWWA 2HPFA 4A4QA 1GVVA 4FM6A 5AHCA 2AVMA 3K5DA 3SA8A 4FCOA 3Q70A 5P70A 5P7DA 2AOFA 3LITA 5P40A 5P5YA 5EZZA 5OZZA 3DCKA 1LEEA 4EPJA 3B7VA 2AIDA 5P89A 4Y3EA 5P7CA 4CPSA 4Y56A 1NPWA 4YBIA 3OU1B 4AZYA 3O9GA 3EKYA 5P1CA 5P6MA 4K4QA 1W6IA 3ZKMA 1T7JA 1Z1HA 5P7SA 5P1YA 3O9DA 5BRYA 5P6WA 3PLLA 3KF0A 4JPEA 4EJKA 2JJIA 5JODA 2PQZA 4LXMA 2ASIA 5P52A 5P0SA 2JJJA 4K4PA 4PEPA 5C9FA 2ZJHA 1HPVA 2I4DA 3OHFA 2ZJKA 5P4TA 4BEKA 3D20A 2VIEA 2HS2A 1XN2A 2OHNA 4Q1YA 2QI7A 1LF2A 2HC0A 3CKRA 3BGCA 4EXGA 1HEGE 2QD7A 3IN3A 3T6IA 5P83A 1UH7A 1MSNA 3JVWA 5P87A 1ZTZA 4F75A 4Y5KA 5P72A 1QBTA 2NNPA 3DV1A 2AZBA 4Y3PA 3HW1A 5P7MA 1PSOE 4FLGA 2RENA 1LYWA 5HDUA 3BXSA 1MT8A 5P77A 5P32A 2QCIA 4K9HA 2FDEA 2QNPA 2AOEA 3KT2A 2R5QA 5P0TA 5P80A 5P2QA 3CYXA 1LYBB 5DQ4A 2OHMA 1PROA 5P3IA 1FQ4A 5P6JA 3HAUA 2PYNA 2QI1A 5T4SA 3NLSA 5AGZA 1HXWA 3FNUA 5OZUA 3T3CA 2V10C 3QVCA 2CEJA 4QGIA 4NJUA 5P53A 5KOSA 4ACXA 2BPYA 5P7NA 3VLBA 3OGPA 2VNMA 2QHYA 4Y43A 5HCTA 5P4KA 3DUYA 5P4MA 5P0DA 2O4KA 1VIJA 3R1GB 4HE9A 1TW7A 4U7VA 6FIVA 4Y57A 5P1BA 5P1VA 5OZYA 1HIIA 2ZJNA 1K6CA 5F01A 5P26A 3SO9A 3IGBA 4MC6A 4OBZA 5P23A 5OYUA 3HAWA 4Y4AA 4Y3WA 3HD8A 4Y3XA 5P36A 1E82E 3NDUA 4Q5MA 5OZPA 4FRSA 3RTNA 5P05A 3SM1A 3BGBA 4B78A 5AHAA 3S43A 3AIDA 3PBDA 5P3NA 2Q63A 2VIZA 3NR6A 4Y36A 5P04A 4Y3HA 4PHVA 3NXNA 4HEGA 2PWRA 5P43A 1UH8A 5P1PA 2PWCA 3GI0A 5P10A 1EEDP 5P6PA 5COKA 2HB4A 2WF2A 4Y4ZA 1LF4A 5OZ8A 1CMSA 4CPQA 3NU4A 5P6IA 5DR7A 3OQ7A 3ZPSA 4B70A 4I0DA 3SABA 1QS8A 1AJVA 2R3TA 4I8WA 3U7SA 2WJOA 5DQCA 2QZXA 5OZBA 1PSNA 4FE6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4F A;  1WBM A;  5P38 A;  1ODX A;  1C70 A;  4GZF A;  5E5K A;  2G24 A;  6APR E;  3U6A A;  1D4H A;  1EPO E;  3VFB A;  5P19 A;  1ER8 E;  4GID A;  5DQ2 A;  1MT9 A;  3QI1 A;  5P0V A;  2WF0 A;  5P1G A;  5P0W A;  3I25 A;  3QS1 A;  3KFP A;  2ZHV A;  1YTJ A;  3EM6 A;  4LC7 A;  5HD0 A;  1HVI A;  4I12 A;  1T6G A;  4ZLS A;  5P8U A;  1SDU A;  5OZD A;  1QBR A;  5P8R A;  3S2O A;  5P4N A;  5P8N A;  1A9M A;  1EAG A;  2IS0 A;  4DJU A;  5P34 A;  2WF4 A;  2QHZ A;  2AOI A;  5IVR A;  3OAD B;  3FIV A;  5P7K A;  3D1X A;  1ENT E;  2G1R A;  3EKX A;  5P44 A;  3S7M A;  3CKT A;  5ISJ A;  1FKN A;  2AOG A;  3CIC A;  1LYB A;  2AZ9 A;  1YT9 A;  2Q3K A;  5P2J A;  5P7W A;  3IVH A;  5JFU A;  4Y3Y A;  2G1Y A;  3AUP A;  3VYE A;  2QMP A;  5P7H A;  1HBV A;  2I4U A;  3LIY A;  4RYC A;  5P6Q A;  4DQF A;  3NXE A;  5EZX A;  3I7E A;  3UDM A;  2R43 A;  5P5F A;  2FLE A;  3PB5 A;  5P68 A;  2V0Z C;  3TPJ A;  1HVR A;  5HE7 A;  2ZJI A;  2IQG A;  5P5L A;  2F80 A;  3F9Q A;  4DJO A;  5HDX A;  1XN3 A;  5P8E A;  4H1E A;  3R0W A;  1FQ8 A;  3D3T A;  1IIQ A;  5KQZ A;  5P7R A;  5OYR A;  2OHL A;  1YTH A;  4B72 A;  5OZ6 A;  5IVS A;  5P8H A;  2ER6 E;  3OXC A;  4J1I A;  4CPW A;  4B05 A;  1HSG A;  5P8L A;  4D88 A;  4DFG A;  1VIK A;  2BBB A;  3UCB A;  5I3X A;  4U7Q A;  3I8W A;  4Z2Z A;  3NU9 A;  4DQB A;  5P6F A;  3S53 A;  5P2L A;  2SAM A;  5P0C A;  4EJD A;  2BPV A;  1M0B A;  3MSK A;  1BAI A;  2XYE A;  3ER5 E;  5P7L A;  4RZ1 A;  1MEU A;  5E5J A;  5OZF A;  3INH A;  2P8H A;  1XDH A;  2I4X A;  5P3J A;  4Y5N A;  3ZKG A;  4NPU A;  4ZPE A;  2QI0 A;  3OQK A;  3OQD A;  2BPX A;  3FX5 A;  1FG6 C;  1HIH A;  4QJ7 A;  5P37 A;  4OBZ B;  5OYW A;  1SDV A;  5P5C A;  5P3E A;  5P0K A;  4HDF A;  3VSX A;  1TSU A;  1HRN A;  5P01 A;  4NJS A;  1XS7 D;  2QZK A;  4EP3 A;  3D1Y A;  4EJL A;  4Y5B A;  5P0Z A;  6UPJ A;  1BDQ A;  2HAH A;  4FS4 A;  4CMS A;  3PLD A;  1IDB A;  5P8J A;  4Y3S A;  1C6Y A;  4QLH A;  4FRI A;  3TKW A;  5I3W A;  4XXS A;  5P15 A;  2Q11 A;  3GW5 A;  3VCM A;  3OHH A;  5P2W A;  5P5Q A;  3FV3 A;  3ZKI A;  5P50 A;  3H0B A;  4J0Z A;  3TLH A;  5AH8 A;  3MSJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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