3HAWA

Crystal structure of [l-ala51/51']hiv-1 protease with reduced isostere mvt-101 inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
94
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIAGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords [L-Ala51/51']HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 18
structure length 94
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3hawA00
7HVPA 5P5CA 4PPHA 5P3UA 1EPLE 2QMFA 3EKWA 5P4FA 2P3BA 1T7JA 5P2ZA 1G0VA 4DJUA 5KOSA 3NR6A 4TVGA 5HE5A 5P62A 5FIVA 3K5CA 1F34A 1U8GA 3WB4A 5DQCA 2IQGA 4K8SA 5P0YA 5P6SA 5P07A 3BC4A 3R0WA 2AOEA 4LXAA 2XFJA 1D4HA 5P2MA 5OYUA 3APRE 4I0IA 4DQEA 3APPA 2NPHA 1AM5A 5P73A 2G1NA 3O9FA 4PZWA 2NXDA 4NKKA 1A30A 1W6HA 1SDTA 5P4TA 5P7LA 5P85A 4PHVA 5P1LA 5P0BA 3OU3A 3PRSA 5I3WA 3Q70A 2PQZA 3O9DA 2AODA 5P2DA 1A9MA 1BDLA 1W6IA 4Y4EA 2P83A 1BXOA 4NJSA 5P1XA 1PSOE 3I8WA 5AHCA 4I1CA 5DR0A 3MWSA 3GGXA 3PMYA 2HAHA 3O9AA 5I3VA 5P5KA 2FNSA 3GI5A 2FDDA 3NLSA 5UPJA 2HB2A 1C6ZA 5P1IA 5P3QA 3VV8A 1FMXA 2G22A 3VFAA 1G2KA 1HTFA 3TOGA 3IN3A 5KQFA 2ANLA 1MUIA 2QU2A 5P40A 5DQ5A 5HDZA 4XX3A 4Y6MA 2B7FA 3GGAA 5P2BA 5P4EA 5P19A 3TPLA 3C9XA 3UDMA 2WF4A 4DJRA 4QJ7A 3EKPA 2HS2A 3LNKA 5P2HA 4K4PA 5P7CA 5P3KA 3UDHA 5P8IA 5P56A 1UH9A 2BBBA 5BRYA 3MSJA 5P81A 2A1EA 2B7ZA 1FMUA 5HD0A 1LF4A 2PWRA 3NU5A 2OHTA 3NWQA 4J5JA 5OZGA 4NPUA 4COEA 2B8VA 4Y38A 4Q5MA 5P8LA 2V00A 3K4VA 4AA9A 1FB7A 5KAOA 2Q11A 4R92A 4LC7A 4ER2E 5KR2A 2QCIA 5P1MA 5P1VA 2IKUA 5P0PA 3VF7A 1K1UA 2IS0A 1FQ8A 1XL2A 4Y3RA 4ZLSA 3D20A 4I10A 5P8AA 3UFLA 5OZNA 5AH8A 1RPIA 1APTE 4JECA 5OZ6A 5P5AA 2ZYEA 5HDXA 4EWOA 1LYBB 2MIPA 5P0XA 4UPJA 2QHZA 2O4NA 5P2SA 5P46A 5P1CA 4HA5A 2J9JA 4ZPEA 4CPTA 3PB5A 1GVVA 5P3AA 1CZIE 4TVHA 5P00A 5P3PA 5P60A 3NDXA 5P86A 3WZ8A 3PVKA 4AA8A 5OZZA 3LPJA 1W5WA 2AOCA 5KOQA 1ZJ7A 3ER5E 4Y3XA 2A4FA 4OC6A 3VEUA 5AH9A 4L7HA 2O4LA 5P26A 3LPKA 4Y3LA 5P1JA 1APUE 3OQDA 2V16C 3QBFA 5P08A 4KE1A 5P0VA 3BXRA 3ZMGA 5E5JA 5P4JA 2OHRA 4QJ9A 4ZE6A 4H3FA 1XN3A 1ZP8A 3EMYA 4GJDA 1FQ7A 3L5DA 4QJ8A 3ER3E 2G69A 3HAWA 1IZDA 3L58A 3JVWA 5P80A 4Y5KA 4DJYA 5KQXA 5P34A 4RCEA 3BUFA 3EKTA 3OUBA 3VG1A 5P7RA 2BKTA 1B5FB 1OD1A 1FEJC 4HDPA 4LBTA 4R95A 5P3DA 1RQ9A 1B6LA 4CPWA 4DUSA 4U8WA 4YE3A 1HVRA 3D1YA 4M8YA 2F3EA 1BWAA 3O9LB 1SIPA 4L6BA 2VNNA 4FRJA 5P0JA 1T3RA 1TCWA 3WSJA 2QD6A 4RVXA 2UXZA 5P52A 4RRSA 5P3IA 5P1YA 4YBIA 4Y45A 3EL1A 1IVQA 5P7PA 1SMRA 5P0MA 3EBZA 5P7TA 2QAKA 2ZE1A 1MESA 2HS1A 1TW7A 5OZKA 2R3TA 3KA2A 3HBOA 4EXHA 1HOSA 5OZ9A 3SABA 3UDRA 3NSHA 5P3XA 3QPJA 2IKOA 2P3CA 5P1PA 3K5DA 4GYEA 2G24A 5P6LA 2NR6A 1B11A 1EBZA 2I4XA 4FAFA 2VNMA 2WEBA 5P1KA 2I0AA 1ZTZA 5OZAA 5P6MA 3BUGA 3I25A 5P3BA 3PCZA 5P0IA 2IEOA 1HSHA 1EPME 2NXLA 2JJIA 3TOHA 4ZSRA 1LYAB 3ZKMA 1PSAA 3PBDA 2PK5A 2VJ7A 3HLOA 3L5FA 4J1EA 4K9HA 4LHHA 4CPXA 4CPRA 1T7IA 3KN0A 3OAGA 4R8YA 3S8IA 3CIDA 5IVRA 4MC9A 3CIBA 3LIVA 5P0OA 2HM1A 3EL4A 4F74A 3SA9A 2WF1A 4I0EA 5P3GA 1D4IA 2FS4A 2G1OA 1GNOA 5P88A 4RYCA 3I2LA 1HSGA 5P33A 3ZKXA 4RCDA 5P0WA 4Y3TA 2NNPA 5P5VA 4YA8A 2XFKA 2VA5A 5OYZA 4U7VA 3NDTA 5OYXA 4Y3SA 1G35A 2AOHA 2VIYA 3N3IA 2BKSA 3L5EA 2JXRA 1K2CA 4Y5PA 1FF0C 4U7QA 3INHA 4Y3EA 5P5BA 3VLAA 4RZ1A 3OU4A 5P5RA 3S45A 3SPKA 3O9CA 1FIVA 4Y3GA 1FFIC 5P8GA 1XDHA 2WF3A 3OUCA 2PSUA 4JOOA 4GMIA 5OZBA 2AZCA 1IDAA 5P6JA 2OAHA 2PSVA 4I8ZA 5OZLA 4B72A 5P2IA 3TOFA 5I3XA 2IGXA 2H6SA 5P4KA 4OBJA 1ZSRA 1HPSA 2WEAA 3Q5HA 1SMEA 4Y3WA 5P14A 3QP0A 3NU6A 2ZJIA 5KQZA 1SDUA 3WZ7A 5P36A 5P02A 3T6IA 5P50A 3TKWA 3UF3A 5AHAA 4EJLA 4WTUA 5P5EA 5OYRA 2CEJA 4LP9A 4YCTA 4LXMA 4B1EA 1DP5A 2G20A 1IBQA 4YD5A 5P1WA 4KE0A 5P68A 1NSOA 1BBSA 1MT9A 1OHRA 3DM6A 5P4CA 5P5JA 4FL8A 1UPJA 3ECGA 4HDBA 3PWRA 1CMSA 3VYFA 2NMYA 5P4RA 1BV7A 1AJXA 2ZJNA 2QI7A 4DV9A 1SIVA 5OZYA 5OZRA 3TNEA 5P11A 3NYGA 4J0TA 3UDYA 5P59A 3QN8A 4Y58A 4GJ9A 2QZXA 2RENA 5P6BA 4YOAA 2BPVA 5OYQA 5P4GA 2I4UA 3L3AA 1DW6C 2ZHUA 1AXAA 1B6JA 3OGPA 4EP3A 5CONA 4JP9A 5P5SA 1FGCC 1MIQA 5OZXA 5P7UA 5P78A 3MSKA 5P43A 1Z1HA 3FX5A 2AVOA 5P6OA 3LZUA 5P6RA 5OZIA 2PSGA 1YTHA 2RMPA 5P8OA 3TH9A 4F76A 3HVGA 3ZKSA 1D4SA 2G26A 1GVUA 5P7YA 3K5FA 3HAUA 1BVEA 1NPAA 5P5TA 4GJAA 2Q15A 4FRIA 2R5PA 2B8LA 3Q6YA 1XN2A 2AOIA 3O9BA 1BXQA 4Y3MA 5P1OA 1KJ4A 5P7VA 5I70A 5P5MA 4Y53A 5KQYA 3QVCA 3QS1A 5ER1E 5P20A 1B6KA 2FLEA 5P2XA 1T7KA 4EHCA 2R5QA 1B6PA 3ZKIA 3KDBA 3FNTA 5OZ4A 5P71A 4DJQA 3M9FA 4Y5NA 4Y3QA 3VFBA 5P32A 4YDGA 1PFZA 5P55A 1FMBA 5COPA 1M4HA 3SA6A 4J1IA 3O9IA 5P8EA 5OZQA 1MPPA 3G70A 4CPSA 1N49A 5P5XA 4Q1YA 1D4JA 1APVE 2F80A 5OYSA 2JE4A 4QJAA 5P67A 3KYRA 3D91A 3QRMA 2EWYA 1T6EX 4RLDA 4HDFA 4APRE 3T7PA 5P5FA 8HVPA 3U7SA 3JVYA 1E81E 3O9HA 3BXSA 5P1RA 3OADB 3UFNA 1GVTA 2AZBA 3GI4A 1EPPE 1J71A 4IVSA 3QAAA 5OZSA 3I7EA 1MRXA 5P09A 3OXXA 4RRNA 2HB3A 5P57A 1HWRA 3HVPA 1NPWA 1ER8E 3PM4A 4Y5CA 2G1YA 4EPJA 4I0GA 5P0UA 1PPKE 2OHLA 5AHBA 9HVPA 2BJUA 3CICA 5P3ZA 4DPFA 3Q4BA 4OBKA 3HZCA 2V13A 3NU4A 3L5CA 1A8GA 4CP7A 5DQ4A 1AVFA 1EC3A 5OZ3A 3PI0A 5P6ZA 2QK5A 4OBZA 4FSLA 5P44A 2ER0E 2BPWA 3PSUA 5P0ZA 2BPZA 2NMZA 5P49A 5SZ9A 3PBZA 3QVIA 3U71A 5P38A 2PC0A 2PYMA 4Y57A 5P2CA 5P48A 2FDEA 2I0DA 1C70A 2FIVA 1KJHA 5P17A 1FKNA 3CYXA 4Y5GA 1MSNA 3K5GA 4NJUA 5P8TA 2WECA 5AH7A 4ZIPA 5P2OA 5HVPA 3T7QA 1PPLE 2OHPA 4Y5AA 5P3SA 5HDVA 3BVAA 4Y4AA 3L5BA 5P83A 3A2OA 5P13A 1D4KA 2B42A 4Y4GA 5P7OA 2AIDA 1YM2A 5P79A 1SGZA 3INEA 5HCTA 1FQ5A 2QNNA 3EKXA 5P0KA 4K4QA 1YTIA 1HVHA 5P87A 5P0DA 3U6AA 2IRZA 5P54A 4Y47A 3OHFA 2QD7A 5P53A 3JW2A 3LZSA 1HIIA 2FGVA 4Y4DA 4Y54A 2Q5KA 3UDPA 4Q1WA 5DR8A 1PSNA 4DJWA 1EC1A 3UDNA 1HPVA 5P8NA 4E43A 2QHYA 3LIYA 5BS4A 1JLDA 5P16A 4DJPA 1FG6C 5OZCA 3MXEA 5P1HA 4EQ0A 3KF0A 1QDMA 2ZHSA 5P7BA 5HCOA 3NWXA 5P4QA 1GKTA 3LZVA 4XXSA 1ODYA 3O9LA 3GI0A 5P3OA 5P1FA 3AIDA 3PLLA 4Y4BA 3CKRA 4Y3ZA 1LYWA 3SA4A 4FRKA 3SA5A 1BILA 5P7MA 1NH0A 4AMTA 4YHQA 3K1WA 2QZKA 3URIA 3D1XA 5DPZA 3EM6A 3SM1A 5KR0A 2PH6A 1FLHA 4Y4XA 4FS4A 3UDQA 2ZGAA 4B1CA 1TQFA 3SA7A 3EKVA 4J0ZA 3VYDA 5P4ZA 3UDKA 5P45A 5P5PA 1HXBA 1XL5A 3G72A 4Y36A 1HXWA 1IZIA 5DGWA 2Q3KA 4Y48A 5ENKA 1HVSA 4HEGA 5P0QA 3FKTA 3RVIA 5P6WA 2OHSA 2PWCA 5P6CA 1C6XA 3SAAA 2WF0A 4YD3A 5P4UA 4OBFA 1HVKA 2J9JB 4Z50A 3OUDB 1EBWA 4GB2A 2AVSA 3H5BA 3VLBA 2QI4A 1F7AA 1IDBA 5P8VA 3BVBA 2FNTA 3VSWA 5DR1A 3NU9A 1HRNA 2BPXA 4B78A 5P4DA 1LYAA 4Z22A 4L7GA 1K1TA 4Y4ZA 2R8NA 2R9BA 1OEWA 4OC6B 1AAQA 4AUCA 4R93A 1EBYA 5HTZA 1IVPA 5OZTA 1Z1RA 3EXOA 4KUPA 4Y4WA 1W51A 5P0RA 3UPJA 2XYFA 2AOFA 3S53A 4Y3FA 4DVFA 3O9EA 5P15A 4Y37A 3IAWA 5P7JA 2QI0A 2J9KA 2VS2A 3VV7A 3PHVA 4NPTA 1K6CA 5OZVA 5OZWA 4GJCA 3KFPA 4JPCA 5P3FA 2AVVA 1WBMA 5P5OA 1EEDP 4I0HA 2O40A 4DQFA 5P8KA 4B00A 5HE7A 3PLDA 2G94A 5P8JA 1LZQA 4XKXA 3S43A 1MRWA 2JYSA 3T11A 3PI5A 1MEUA 1HSIA 5P1GA 1HVJA 4J0VA 2NTRA 5P1BA 2AZ8A 3ZOVA 4H3GA 3TPJA 5COOA 4B77A 5DR3A 1ZLFA 2VA7A 5JODA 4J54A 5OZJA 1K2BA 4GZFA 2BPYA 2ER9E 3EM4A 1LV1A 3UTLA 4Y5MA 2BB9A 5KR8A 3TTPA 3UCBA 2P4JA 1RL8A 4QGIA 2NXMA 5ENMA 5P3JA 1HEGE 2IENA 4CMSA 3HW1A 1ENTE 3FNUA 3SO9A 3ZKQA 5EZZA 4EJDA 3INDA 3KT5A 3OXWA 5P3NA 1FQ4A 2FMBA 5P6VA 3GW5A 3OU1A 5P2KA 5P2NA 4J0PA 1XE5A 1ODWA 5ER2E 3VF5A 3QIHA 3PEPA 5P30A 2R3WA 2VIZA 5P76A 2AQUA 1TZSA 3TKGA 4Z4XA 1IZEA 2V0ZC 5P1TA 3N4LA 1EBKC 4B05A 3MXDA 4DPIA 3ZL7A 5P70A 1FFFC 1MT8A 4MC1A 5P4XA 4ZSMA 4FM8A 4ER1E 3NDWA 5P4BA 3BGBA 5P7HA 3PWMA 1Q9PA 4FSEA 5P7NA 3GI6A 5P6XA 1AIDA 4OD9B 4PEPA 5P8CA 1SH9A 5J25A 2I4WA 1K6PA 5DR7A 3UQUA 4B70A 2FGUA 3R1GB 4OBGA 3OAGB 3SQFA 5P6QA 1MTRA 5P4IA 4L1AA 2JJJA 2RSPA 4YOBA 5P89A 3D1ZA 5OZ0A 5P1DA 5P72A 3EM3A 2ZJHA 5P2WA 2SAMA 3NXEA 4GIDA 5DQ1A 4DI2A 2V11C 1DMPA 5P4VA 3OOZA 4R5NA 2FXEA 5AGZA 4D8CA 3KDDA 2OHUA 3GGVA 4I0JA 3FSMA 4DQGA 3FIVA 2IL2A 3RU1A 3SA8A 5T4SA 5P05A 2FXDA 4YD4A 3DCRA 4F73A 4TRYA 1HPXA 2CEMA 1VIKA 5P6GA 5P2JA 2VA6A 1TCXA 4D83A 1LF3A 4NJVA 4CPUA 3IGBA 1B6MA 4A6BA 5P5NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 7HVP A;  5P5C A;  4PPH A;  5P3U A;  1EPL E;  2QMF A;  3EKW A;  5P4F A;  2P3B A;  1T7J A;  5P2Z A;  1G0V A;  4DJU A;  5KOS A;  3NR6 A;  4TVG A;  5HE5 A;  5P62 A;  5FIV A;  3K5C A;  1F34 A;  1U8G A;  3WB4 A;  5DQC A;  2IQG A;  4K8S A;  5P0Y A;  5P6S A;  5P07 A;  3BC4 A;  3R0W A;  2AOE A;  4LXA A;  2XFJ A;  1D4H A;  5P2M A;  5OYU A;  3APR E;  4I0I A;  4DQE A;  3APP A;  2NPH A;  1AM5 A;  5P73 A;  2G1N A;  3O9F A;  4PZW A;  2NXD A;  4NKK A;  1A30 A;  1W6H A;  1SDT A;  5P4T A;  5P7L A;  5P85 A;  4PHV A;  5P1L A;  5P0B A;  3OU3 A;  3PRS A;  5I3W A;  3Q70 A;  2PQZ A;  3O9D A;  2AOD A;  5P2D A;  1A9M A;  1BDL A;  1W6I A;  4Y4E A;  2P83 A;  1BXO A;  4NJS A;  5P1X A;  1PSO E;  3I8W A;  5AHC A;  4I1C A;  5DR0 A;  3MWS A;  3GGX A;  3PMY A;  2HAH A;  3O9A A;  5I3V A;  5P5K A;  2FNS A;  3GI5 A;  2FDD A;  3NLS A;  5UPJ A;  2HB2 A;  1C6Z A;  5P1I A;  5P3Q A;  3VV8 A;  1FMX A;  2G22 A;  3VFA A;  1G2K A;  1HTF A;  3TOG A;  3IN3 A;  5KQF A;  2ANL A;  1MUI A;  2QU2 A;  5P40 A;  5DQ5 A;  5HDZ A;  4XX3 A;  4Y6M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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