3HAWA

Crystal structure of [l-ala51/51']hiv-1 protease with reduced isostere mvt-101 inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
94
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIAGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords [L-Ala51/51']HIV-1 protease
total genus 18
structure length 94
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3hawA00
3BXRA 1WBKA 4Y4XA 5P6QA 5OZEA 5P2VA 5P5TA 5OYUA 4MC9A 5P71A 5IVTA 5P24A 4Y3TA 4ZSMA 5P18A 5P0KA 5P1SA 2VJ7A 4OC6B 4Q1YA 4Y3EA 2Q54A 3PLDA 5HU0A 1PROA 1ODWA 3L38A 3ZKGA 2HS2A 4PEPA 2AVSA 3KFNA 2V11C 3PSUA 3VFAA 4J54A 3LPIA 1SGZA 4HDPA 2HB3A 2A1EA 4APRE 1A30A 4RZ1A 3TOHA 3KFSA 5KAOA 5P2GA 2BPZA 4Y3YA 4GZFA 3UFLA 3Q3TA 2RMPA 5P2IA 3S45A 2R8NA 5DQ2A 2G26A 3U7SA 4H3IA 4D89A 1CMSA 1HXWA 4WTUA 2IDWA 4L7JA 5P00A 5BS4A 2I4WA 2QNPA 3SKFA 5HCOA 1G2KA 2UXZA 5OZOA 1EBZA 4Y3FA 2I4QA 2QMDA 5P3FA 1K6TA 2HM1A 5P27A 4DFGA 1D4JA 2V13A 2OHMA 3FNSA 1BV7A 1BXOA 5P1VA 2VJ6A 6FIVA 5P59A 5P0RA 4LXMA 1MUIA 3L5FA 4TRWA 5KQFA 2FNSA 3HLOA 4U8WA 4DPFA 1QBUA 3OXXA 5P19A 4Y3DA 5PEPA 1D4SA 4EJ8A 5AGZA 1XDHA 3JVWA 4Y4EA 3HD8A 2I4XA 2ZJNA 3U71A 5P49A 5OYTA 5P8NA 5P4QA 5P6PA 1APUE 2VIEA 3SA6A 3I2LA 3PCWA 2VA5A 3UDNA 1FLHA 2QI1A 3S8IA 3SA5A 3QVCA 5P1NA 4B72A 3GI6A 1KJHA 3CMSA 4WY6A 3O9BA 1YG9A 1NPVA 3OU4B 3LPKA 4HVPA 1W5VA 2OHTA 1EAGA 1DW6C 1KZKA 2MIPA 2BJUA 3SKGA 5P20A 5P5AA 5P6IA 4I0HA 4EXGA 1A8GA 1ZP8A 5OZHA 5P51A 3VYEA 4CMSA 3L5CA 3KA2A 5OZDA 5HDZA 4J1FA 4EWOA 1FG6C 5P31A 4ACXA 5AH7A 1LF3A 3EKYA 3NXEA 3O9AA 2P4JA 2IEOA 5HTZA 3L3AA 2Q15A 3INHA 4TRZA 5P7CA 3ZPSA 4YHQA 4J5JA 2H6SA 2AZ9A 3EKQA 5HDUA 1UH9A 4NJVA 5P8LA 5P88A 5P63A 4WY1A 5P3GA 5P3JA 4Y57A 1T7IA 4Y5KA 2HS1A 1HSIA 5P1ZA 4MC1A 2QI0A 1EPLE 2EWYA 4J1IA 5P4YA 5P72A 4OBDA 1E81E 2VNNA 1FMUA 1EBYA 4GB2A 2O40A 5P4JA 1F7AA 3O9LB 4FE6A 5P0QA 4GJ6A 1EPRE 3AIDA 1HRNA 2UPJA 3OXCA 1IVQA 5P83A 4FCOA 5P53A 4ZSQA 3S2OA 3S54A 2AOFA 4NJTA 1FFFC 3D20A 1YT9A 5P6CA 2HPFA 2Z4OA 3GI5A 2NMYA 2J9JB 3PVKA 3UF3A 1RNEA 1XE5A 6UPJA 5P5EA 2WF3A 3SLZA 3TOFA 4FRIA 4Y47A 3TH9A 5AHCA 1IDAA 5P65A 3DUYA 4I0EA 3TKWA 5P5VA 1D4HA 3UHLA 3PSYA 5P6WA 4OBKA 4OBZA 4EJLA 3SA3A 4Y3PA 5HDVA 3ECGA 4OBGA 1GVXA 4EP3A 5E5JA 4Y4BA 4RLDA 2AZ8A 4Y5GA 4F73A 2P8HA 1UPJA 4GMIA 3LITA 3NU6A 5P1UA 3O9GA 5OZ6A 2PSUA 5P4MA 2R5QA 4FRSA 2QZKA 5IVSA 5P4VA 4RCDA 3DV1A 5P4SA 1SDTA 2HB4A 3EKVA 5IS4A 2BKTA 5COPA 4CPXA 4Y44A 3PMYA 3PI5A 3TPJA 5OYYA 5OZJA 4PHVA 3NUOA 2CEMA 5DQ1A 2ZJHA 4LC7A 4KE0A 3ER3E 2VIYA 4FLGA 5P3CA 4ZSPA 2JJJA 3BGBA 3DOXA 2FDPA 5OZRA 2NR6A 4GJBA 1EC1A 1ZSFA 4Q5MA 5OZ8A 5OZGA 5P7WA 5P1EA 2ANLA 5P1LA 5P5NA 2BPWA 4GJ5A 2VNMA 5P34A 4J0VA 4AA9A 4XXSA 2WECA 2R3TA 1UH8A 2ZHRA 3QIHA 3EL1A 3UDHA 3UDJA 3VCMA 4QLHA 2NNPA 3L5BA 1HVRA 1BIMA 3UFNA 5BWYA 3QRMA 4PZXA 2Q64A 3UDYA 2G22A 1ZBGA 3NDTA 1GVTA 5P4BA 4QJAA 4I12A 3LPJA 1T7KA 4YD5A 3LIQA 5OZNA 5P0AA 5P69A 1BDQA 5ER2E 4OD9A 5P2SA 3NDWA 1K1UA 5OZBA 4U7QA 3VLAA 3HAWA 2FDEA 1D4LA 4HEGA 1FIVA 2AQUA 4DUSA 1BVGA 3QAAA 4FL8A 3T11A 5P7FA 3RTNA 5P1WA 5P5BA 1EPNE 5HE5A 1QDMA 2WEDA 3DCKA 4H3FA 5KQYA 3TTPA 5SZ9A 3NUJA 5DPZA 1META 5DR1A 3OUBA 4ZSRA 4DQGA 5P6HA 5P2OA 3KDCA 3O9IA 3BUHA 1LYAA 3NR6A 5P3BA 1HPSA 1MTRA 3PSGA 5P6FA 3WZ7A 4FAFA 1UH7A 4QJ6A 3SO9A 2FS4A 1OEXA 2OHSA 2QMFA 4YCYA 3QP0A 3L59A 1HPXA 3CIBA 4CPRA 3EKWA 3K1WA 2IKOA 4LXKA 5ENKA 4DQFA 5C9BA 2ZHSA 3O9HA 5I3WA 1NH0A 5OZ4A 3R0WA 4ZIPA 1MPPA 5P89A 4L1AA 5P61A 4LL3A 4Y4TA 3WSJA 5P8PA 5P2ZA 4J1KA 5P79A 4RVJA 5KOSA 5P33A 3KYRA 5DR4A 3D1ZA 4Y4AA 3NU5A 5P5SA 2Q3KA 4Y56A 3UDPA 3OTYA 1DPJA 3D1XA 5P08A 5OZ7A 5P39A 1ODXA 2F3EA 3ZMGA 3PBZA 1YM2A 5P09A 1B5FA 3PJ6A 3T7XA 4BFDA 2I1AA 2VIZA 3OHFA 4HE9A 2NXLA 3KN0A 5DR0A 1D4KA 4FM6A 3EXOA 3QPJA 1K6CA 5P4UA 3T3CA 5P74A 2QNQA 1LF4A 2AOGA 5P0JA 2QI5A 4GJ8A 5CLMA 2BQVA 1HVSA 3N3IA 3UDQA 5P6DA 2CENA 4LP9A 5P82A 3M9FA 3OADB 5P4AA 4DJOA 3PHVA 1APWE 3TOGA 1FEJC 5KR0A 1BAIA 5P0CA 2AOIA 4H3GA 5P5HA 5P0ZA 5P7UA 5P3QA 5P17A 4RRSA 1FMXA 5P7JA 2P3CA 3MWSA 4Y3WA 5P26A 4GJDA 5TOLA 5P8TA 2VA7A 3TPRA 2AODA 1B6PA 5P43A 3BUFA 2HC0A 5P8OA 1HTFA 5OYVA 5JFUA 5P35A 2AVMA 4APEA 1CPIA 3FX5A 1T7JA 3LIZA 4DVFA 1W5XA 5P1FA 1PSOE 5P2DA 1RPIA 2ZHTA 4I10A 1RQ9A 1QBSA 4KB9A 5P2UA 4Q1XA 5P5WA 5P0FA 2QU3A 1Z8CA 5P7AA 1J71A 3SABA 5OZ9A 3VV8A 1A9MA 3OUDA 2P83A 3URJA 5P6BA 4Y3LA 3UDRA 4EHCA 4OBJA 5OYZA 2NTRA 5P3PA 2WF2A 4DV9A 1GVUA 1IIQA 1EPPE 4DQHA 5P3XA 1ZPKA 4Y3SA 1FQ4A 3I25A 3OY4A 5P6VA 2QZLA 3OHHA 1RV7A 3BRAA 3PRSA 5P7PA 5P3DA 5P2TA 5P7KA 3T7PA 1GNNA 2QP8A 4XKXA 3RU1A 3LNKA 5ISKA 1N49A 4Y45A 1PFZA 3LZSA 5P1TA 5I70A 3KM4A 4I1CA 1XL5A 5OZPA 2PMAA 1FQ7A 2OHLA 3LHGA 3QS1A 4RCFA 5P57A 2AVQA 1W5WA 5P38A 5P8QA 3VYFA 5P2HA 4I8ZA 4Z22A 4CP7A 4Y3QA 2ZJJA 1Z1HA 3LIYA 4GIDA 1E5OE 5P0EA 4R91A 5P8EA 3OU1A 5ISJA 3FV3A 4ZPFA 2P3AA 3GGVA 2IGYA 4R93A 1XS7D 2FIVA 5P28A 4U7VA 5C9FA 3KMYA 2CEJA 1HIIA 3D1YA 4FS4A 3ZOVA 4BEKA 1QRPE 2VS2A 5P7GA 5P0VA 5P2BA 3EBZA 3DJKA 4Y6MA 1C6ZA 1FF0C 2B7ZA 5OZFA 4Y5MA 4COEA 1G6LA 3UQWA 3BGCA 2UY0A 6APRE 1ME6A 1TCWA 5OZLA 5P2WA 3Q70A 5P47A 2ASIA 2V12C 2VJ9A 5P2LA 1FGCC 4DJQA 5P25A 4XX4A 2AVVA 4Y5NA 3L5DA 5P6GA 5OZ1A 2O4SA 2JJIA 3IVIA 5P2QA 2G1NA 5P4PA 3T7QA 4HZTA 1FQ5A 4Y3HA 5P7TA 1HVJA 5P7ZA 4RROA 3PI0A 4XX3A 4B78A 4Y4UA 5P1MA 4HDBA 5P3LA 5P6XA 1D4IA 4DPIA 2NMZA 5P6TA 1NPAA 1B6MA 5P15A 3SA8A 1BWBA 5OZCA 4CPQA 4FIVA 5P68A 3SA7A 2G1SA 5KOQA 3RTMA 1AZ5A 3HVPA 4RCEA 5P5FA 1LS5A 4DJRA 1EC2A 5P1RA 4Y4ZA 3O9EA 5P1KA 4AMTA 4B00A 3RTHA 1ENTE 4L7HA 5P5LA 2HPEA 3EKPA 5AH8A 5P1PA 5P8FA 1EEDP 2QHCA 4Y54A 5P3EA 1SGUA 5P5JA 2FLEA 5P7IA 5P11A 2IKUA 1B6JA 2PC0A 4GJ9A 1APTE 1B6KA 5P6ZA 5C9DA 2XFJA 4NJUA 2QHZA 1IDBA 3OQKA 2G1YA 1HOSA 1YTHA 4LXAA 2FGVA 5IE1A 1CZIE 5P7VA 1MESA 2AZCA 5P01A 5P40A 1KJ7A 5P4EA 1AVFA 3FIVA 1YX9A 1DP5A 1HSGA 4DQBA 1MIQA 4FSEA 1T3RA 3CYXA 2O4PA 4KUPA 2FXDA 4AUCA 2WF4A 3TPPA 2P3BA 1HPOA 3VYDA 5P85A 3HAUA 1A8KA 1FFIC 4KE1A 2ZHVA 2I4VA 3CICA 4YA8A 2R9BA 4CPTA 3IXOA 3MXEA 4R5NA 3PEPA 5P6EA 4L7GA 4OBZB 5P10A 2F80A 4I0IA 4Y4WA 3L58A 1QBTA 3MXDA 2HAHA 1LEEA 5P55A 3Q5HA 4Q1NA 5P36A 5P3WA 4LHHA 3BVBA 4E43A 1DIFA 2ER7E 5P8KA 4RRNA 5P48A 2QZWA 5CONA 5P1AA 5I3XA 3G72A 5P8AA 4JPEA 3VSXA 5P6AA 3O9FA 1LYBB 5P0XA 1ER8E 1PSNA 4CPUA 5P42A 5P58A 1BXQA 5P2MA 5P7YA 2FDDA 3CKPA 1HVHA 2VA6A 3EKXA 4YD4A 2PSGA 5P7RA 5P8DA 5P8GA 1LV1A 5P4LA 3QI1A 5P7OA 4EQ0A 3HZCA 2BPYA 5P5QA 2JXRA 3DV5A 3LIXA 1HVLA 5OZ2A 5P5MA 1NSOA 5P0DA 2QZXA 4K4PA 3SA9A 4YDGA 5P1HA 1SIVA 2RKGA 2QHYA 2WL0A 3OQFA 5DQ5A 3HW1A 5P0YA 4J17A 4Y3NA 5P6OA 1IBQA 3SAAA 3G6ZA 3KDBA 1RL8A 5P22A 5P12A 4Y53A 3MSKA 5P73A 1OEWA 4DJUA 3GW5A 4B1CA 5P0BA 4A6CA 3NU3A 4OBFA 4NKKA 4A6BA 2H6TA 4Y48A 4R92A 1AJVA 2ER6E 2HB2A 4OD9B 1LF2A 5P5PA 4IVTA 5P64A 5ENMA 1K6VA 5E5KA 1K2BA 1HBVA 2QI4A 5P3AA 1GVVA 4I0ZA 4Y3ZA 2SAMA 3URIA 4Y43A 5OZQA 5P86A 2ZE1A 3OGPA 2WF1A 1C6YA 5OZAA 1SIPA 3NDUA 2IQGA 3OXVA 3LIVA 5P0WA 3KFRA 1XN2A 2ZHUA 5HD0A 5P8VA 3FNTA 3NSHA 1PPKE 5OYXA 5IVRA 2G1RA 4I0DA 5P4GA 2BPVA 3QRVA 1YTIA 4CPSA 1LZQA 3IXJA 4NPUA 2B42A 5OZ0A 1EBWA 2WF0A 3HBOA 5P37A 7UPJA 4L1AB 1GVWA 2NNKA 3EKTA 4DQCA 4Y3GA 5OZVA 5F01A 4K4RA 3I7EA 5OZXA 1M43A 5P7XA 5P2CA 3EL5A 3ER5E 1FQ6A 1HVCA 4TVGA 3EL9A 1DMPA 1HEGE 2B8LA 4J0TA 2ZJIA 5COOA 1HIHA 4FAEA 3OAGA 2NXMA 4EQJA 5P7LA 3APRE 1B5FB 5OZMA 3SM2A 3N4LA 4H3JA 3PB5A 4TVHA 3UCBA 5P4HA 1AXAA 5KQZA 1QBRA 4IVSA 2IGXA 5P16A 5OZTA 3SACA 2AIDA 1A94A 1IVPA 4JP9A 5P3KA 5F00A 1AIDA 3OK9A 5OZKA 5P50A 3SM1A 5OZ3A 5P8IA 5AHAA 2PH6A 3K5DA 1W51A 3K4VC 3JW2A 5HU1A 3RSVA 1HPVA 3PWMA 2QD6A 1T6GA 4Y41A 2XYFA 4DJWA 3SFCA 1FKNA 5P0SA 2IRZA 5P8HA 5P3IA 2WKZA 2PH8A 1BBSA 3INDA 1SMRA 2AOEA 3S85A 4YE3A 2G24A 5DGWA 2XYEA 1HTGA 4Y3XA 4ER1E 1G0VA 5P8SA 4Y35A 2G21A 5P7MA 3BC4A 2ZYEA 5OZ5A 2Q11A 2Z54A 1IZHA 1XN3A 3CKRA 5HE4A 1MEUA 3S7LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BXR A;  1WBK A;  4Y4X A;  5P6Q A;  5OZE A;  5P2V A;  5P5T A;  5OYU A;  4MC9 A;  5P71 A;  5IVT A;  5P24 A;  4Y3T A;  4ZSM A;  5P18 A;  5P0K A;  5P1S A;  2VJ7 A;  4OC6 B;  4Q1Y A;  4Y3E A;  2Q54 A;  3PLD A;  5HU0 A;  1PRO A;  1ODW A;  3L38 A;  3ZKG A;  2HS2 A;  4PEP A;  2AVS A;  3KFN A;  2V11 C;  3PSU A;  3VFA A;  4J54 A;  3LPI A;  1SGZ A;  4HDP A;  2HB3 A;  2A1E A;  4APR E;  1A30 A;  4RZ1 A;  3TOH A;  3KFS A;  5KAO A;  5P2G A;  2BPZ A;  4Y3Y A;  4GZF A;  3UFL A;  3Q3T A;  2RMP A;  5P2I A;  3S45 A;  2R8N A;  5DQ2 A;  2G26 A;  3U7S A;  4H3I A;  4D89 A;  1CMS A;  1HXW A;  4WTU A;  2IDW A;  4L7J A;  5P00 A;  5BS4 A;  2I4W A;  2QNP A;  3SKF A;  5HCO A;  1G2K A;  2UXZ A;  5OZO A;  1EBZ A;  4Y3F A;  2I4Q A;  2QMD A;  5P3F A;  1K6T A;  2HM1 A;  5P27 A;  4DFG A;  1D4J A;  2V13 A;  2OHM A;  3FNS A;  1BV7 A;  1BXO A;  5P1V A;  2VJ6 A;  6FIV A;  5P59 A;  5P0R A;  4LXM A;  1MUI A;  3L5F A;  4TRW A;  5KQF A;  2FNS A;  3HLO A;  4U8W A;  4DPF A;  1QBU A;  3OXX A;  5P19 A;  4Y3D A;  5PEP A;  1D4S A;  4EJ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3PWM A;  2QD6 A;  1T6G A;  4Y41 A;  2XYF A;  4DJW A;  3SFC A;  1FKN A;  5P0S A;  2IRZ A;  5P8H A;  5P3I A;  2WKZ A;  2PH8 A;  1BBS A;  3IND A;  1SMR A;  2AOE A;  3S85 A;  4YE3 A;  2G24 A;  5DGW A;  2XYE A;  1HTG A;  4Y3X A;  4ER1 E;  1G0V A;  5P8S A;  4Y35 A;  2G21 A;  5P7M A;  3BC4 A;  2ZYE A;  5OZ5 A;  2Q11 A;  2Z54 A;  1IZH A;  1XN3 A;  3CKR A;  5HE4 A;  1MEU A;  3S7L A;  1AM5 A;  2G20 A;  2AOC A;  1HWR A;  5SY2 A;  3PM4 A;  4QJ2 A;  5EZX A;  5P7N A;  3KT2 A;  3GGA A;  9HVP A;  5DR7 A;  3VV7 A;  4RYC A;  5P77 A;  1B6L A;  5P4K A;  4TRY A;  2V16 C;  3BHE A;  2I4U A;  1AAQ A;  2ER9 E;  4FRJ A;  4YD6 A;  5P2K A;  3IAW A;  1G35 A;  3R2F A;  4S1G A;  4I8W A;  5OYS A;  4LBT A;  3B80 A;  5COK A;  5P7E A;  1W6I A;  4N00 A;  5P1O A;  3FKT A;  4B1E A;  5ER1 E;  5P6K A;  3WZ8 A;  1M0B A;  3D3T A;  3A2O A;  5HVP A;  2A4F A;  4NPT A;  5P2E A;  1XE6 A;  3K5F A;  1BVE A;  2F81 A;  5JOD A;  1PPM E;  5P1Q A;  5OYW A;  4R95 A;  5P66 A;  4Y5P A;  4CPW A;  2JE4 A;  2XFI A;  3S43 A;  1MT8 A;  3O9C A;  3OUA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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