3HDKA

Crystal structure of chemically synthesized [aib51/51']hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
93
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords [Aib51/51']HIV-1 protease
total genus 18
structure length 93
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3hdkA00
1W5YA 4TVHA 3NU9A 4HE9A 3GGAA 2ER9E 4Y5MA 5P6ZA 3IVIA 4HZTA 1PSAA 5P8RA 5P78A 5P16A 4Y4DA 4Y5PA 1BV7A 3C9XA 3S43A 3EMYA 5P0NA 3KT5A 4Y39A 4FS4A 4Y5NA 2ZHVA 1G6LA 4FRJA 5KQYA 3DCKA 5P77A 3VV6A 5P3AA 5P1QA 3TPRA 2AVQA 5OZ7A 4RVXA 5P7VA 3OWNA 4QJ8A 1FQ6A 3D1ZA 5P13A 1IVPA 2PQZA 4YD7A 1GNOA 7HVPA 2IQGA 4RCEA 4OC6B 2AZ9A 4J0YA 3SA7A 3LZSA 5P5LA 1A8KA 2B42A 1NH0A 1D4IA 2FGUA 2F3FA 4TRWA 5P58A 5P7TA 4CPUA 4Q5MA 4HDFA 5P29A 3OHFA 1PSNA 3L5CA 1EBYA 1GNMA 4EP2A 3UDMA 1EBZA 3EM3A 3OAGB 5P4YA 3PI0A 5HE7A 5P6JA 4H3FA 1PFZA 5DQ5A 3LZVA 5JFPA 3OGPA 5P4RA 3R2FA 3SPKA 5P2EA 3O9LB 4Y4TA 2WF1A 5C9DA 3ZPUA 5P2AA 4YCKA 5P6GA 5P2JA 5P15A 2ER0E 4UPJA 5P05A 1DP5A 5P7SA 5P6CA 1PROA 5IE1A 5P7LA 1SDTA 4EJ8A 2VJ7A 4ZPEA 1TW7A 2G26A 3PVKA 5AH6A 3EC0A 2B7ZA 2HM1A 3VLBA 5P72A 4CPTA 3SACA 2QZKA 5KAOA 3WSJA 5P7EA 2ZJHA 3FIVA 3DUYA 3OGQA 1B5FB 1ZAPA 2O4SA 2PMAA 1MEUA 4OD9A 2CEJA 3OUDA 5T4SA 4AZYA 5P2QA 4PEPA 5P4EA 4EXGA 2HC0A 3NLSA 1VIKA 3LZYA 5P79A 4Q1YA 5P6XA 1GVTA 3QP0A 2XYFA 5P07A 3IA9A 1HEFE 5P84A 5OZ4A 4ZIPA 1YT9A 1BV9A 1FGCC 3L5EA 5P0CA 5P1ZA 5P2LA 4B0QA 5HTZA 4Y4ZA 5P7GA 4ER2E 2QZWA 3EKXA 2V16C 3PGIA 4Y3XA 1YM2A 3VYFA 1HXBA 3ZKNA 1KJ4A 5P7QA 4Z2ZA 5P0JA 5OZZA 5OYWA 4DQBA 3ZKXA 4F74A 3G6ZA 2JJJA 4Y3WA 5I3YA 1ZBGA 3AUPA 4HVPA 3UQPA 4I10A 3QS1A 3I7EA 2FXDA 4Y3RA 4Y4WA 5P6UA 1EAGA 4GJCA 2RKFA 3MXEA 4ZE6A 4RZ1A 3ZOVA 3JVYA 2QNPA 5COKA 2B8LA 3B80A 5P6AA 5DQ1A 4Y3AA 4DJPA 2H6SA 2QZXA 5P2NA 3BVAA 4ZEAA 3AIDA 2O4PA 4Y3NA 4CPWA 1NPWA 2BJUA 2HIZA 1Z8CA 5AH9A 5OZ9A 4RVIA 4DFGA 5P5YA 2P3DA 1FG8C 2J9JB 2O4KA 4FGXA 2FIVA 4GJDA 3OOZA 4J1KA 4RVJA 5AHBA 3FV3A 5KQXA 5P4UA 1PSOE 5OZYA 3QVIA 1XN2A 2EWYA 5P2TA 1ZTZA 1FF0C 3GI5A 1C6ZA 1CZIE 1T7JA 3KYRA 5P31A 4DJWA 3UQUA 1VIJA 2APRA 5IVQA 6APRE 3SLZA 4ER4E 1HOSA 1ZPAA 2HPEA 5P8QA 1BDRA 5P7NA 5P6NA 5P1HA 1RL8A 4I12A 1BIMA 4Y48A 4YOBA 5OZBA 3KFNA 5P6HA 5C9BA 4B70A 5P8OA 2HS1A 3I25A 4B1DA 4NKKA 2O40A 5P7FA 4B05A 4WY1A 4JP9A 1BXOA 4YE3A 3SFCA 3EL1A 5P75A 4F73A 3QRVA 4CPXA 5P8HA 4Q1NA 3EL9A 4R95A 1XS7D 2VKMA 5P68A 2F3EA 4ZSRA 3SO9A 4Y56A 4J0TA 5P7RA 5P18A 3DV5A 3O9GA 3VYDA 2QNQA 4EJKA 1MSMA 3SA4A 2O4NA 5P64A 3EM6A 2BPWA 1NPAA 4Y4UA 5P67A 4EJLA 3FSMA 1W50A 5P17A 5P1LA 5P1NA 1KZKA 1APVE 3S8IA 5P6QA 3IXKA 2VIZA 5P76A 1FQ5A 4NJUA 3WZ8A 3VV7A 1APUE 1MT8A 1IZHA 5P26A 5DQ2A 5OZAA 4D83A 5P7PA 2F8GA 5P5IA 4EHCA 4J5JA 1UH8A 3OXVA 4Y47A 5P40A 3SQFA 5P0ZA 1ODWA 1AAQA 5HDUA 4MC2A 5P0PA 5P5TA 3O9AA 1META 4Y3EA 3BUFA 4GZFA 5P7KA 4QJ7A 1HXWA 2OHSA 5OZGA 1FKNA 5P23A 4Y5GA 5C9FA 3D1YA 3N4LA 4KB9A 5P7CA 4QJ2A 2OHRA 3T11A 1E82E 3PMYA 2Q5KA 3ZPSA 3LIYA 5P42A 5OZRA 3VUCA 1XDHA 3K5CA 2F3KA 3KMYA 2V10C 1BILA 4R5NA 5P32A 2HS2A 3TTPA 5P3LA 2ZJIA 5P41A 1IBQA 1ER8E 1YTGA 3OY4A 4NPTA 3SA8A 1EPLE 1K6VA 4HDBA 5HU0A 4OBFA 4D8CA 3S2OA 2VA7A 4JOOA 2VIYA 2BBBA 3NU5A 3VYEA 5P0TA 4NJSA 2Q54A 1HVCA 1QBRA 2PWCA 2PC0A 3KA2A 2R9BA 5OZNA 4EWOA 1J71A 5P6OA 5BS4A 5I3VA 2HB2A 4DH6A 1LYWA 5IVRA 2CEMA 1C70A 5P12A 4BFBA 5P19A 2G1SA 4DJRA 3UHLA 5P8TA 3DM6A 3GW5A 3WZ6A 5P8PA 3PSUA 4E43A 1GKTA 5P0UA 3FNTA 2ZE1A 1FQ4A 2ZDZA 5OZ8A 1IZIA 5OZCA 5P5MA 4DQGA 5P81A 1SDVA 5P34A 3ZKIA 5P4OA 2QI3A 4Y36A 1ZP8A 5P8GA 5P5DA 3ST5A 4PZXA 1W5VA 1ME6A 3UDKA 4QLHA 3NDUA 2R3WA 5P53A 3VV8A 4AMTA 1W5XA 4XX4A 3EL4A 2QMGA 4Y41A 1CPIA 2Z4OA 3EKTA 5OZSA 4CP7A 5P2WA 5P8CA 5P8AA 5P73A 4FRIA 5P5NA 5I3WA 5SZ9A 2HB4A 4CPSA 1LEEA 1PPLE 1TQFA 3O9LA 3PSYA 3VG1A 4OBGA 3PWRA 5KQFA 4XXSA 1HRNA 2V13A 1FQ8A 5OZVA 3OTYA 5EZZA 1YTIA 3GI6A 1UPJA 2R3TA 2QMFA 3Q70A 4I0JA 4PPHA 5P4HA 2NTRA 2V0ZC 5P6IA 2FS4A 3R0YA 4Y3TA 5OZJA 4J1EA 3K5DA 3SKGA 2Q55A 4RGHA 4YDFA 4B78A 1XN3A 4MC1A 5OZ3A 5P87A 5P8IA 2AQUA 2QP8A 5P49A 4FAEA 5P4AA 2R43A 1RV7A 5AHCA 5P0YA 1HVHA 5P3WA 5P83A 3SKFA 4DQCA 1OEWA 3UQWA 1IZEA 2ANLA 2FDDA 1DIFA 3NR6A 2AVSA 5P47A 4B72A 3QRMA 4FL8A 2NNKA 3L3AA 4KUPA 1YG9A 3B7VA 2OHUA 4BFDA 4OBZA 4N00A 3UDPA 5P5HA 1LYBB 1MUIA 3NU4A 1AXAA 3VEUA 2A1EA 1HSHA 5P4KA 4ZPFA 5P3NA 4Y35A 3NXEA 3SA6A 7UPJA 2BPYA 2ZJJA 1MSNA 5P4VA 3ZKMA 1FMXA 2RSPA 5P1YA 5P0HA 1EEDP 3PRSA 3O99A 5P2IA 1FFFC 3LPIA 1TZSA 4Y4EA 2QHZA 4FLGA 5KR1A 2RKGA 4K4QA 2QU3A 1HPVA 3OHHA 4ZLSA 4YA8A 4Y3ZA 2AODA 1A30A 2Q3KA 4Y3FA 3EKYA 3PWWA 3K1WA 3NUJA 5P4WA 2IRZA 4GJAA 3S7LA 5P6LA 2QMPA 5OYXA 2NXDA 5P89A 3T7PA 4FRKA 3D91A 1T7KA 2IEOA 5AH8A 4H1EA 5DR3A 4L1AB 1AM5A 2WEZA 2P3BA 3EKQA 4LBTA 2OHPA 1EC2A 5P0AA 1HVLA 5P35A 5HU1A 3CKTA 5ENKA 1AIDA 3LZUA 4LXAA 3TNEA 4YD3A 5IVSA 2WEBA 1IIQA 2AZ8A 5P8UA 3LPJA 5P06A 4GYEA 4Y45A 1EBKC 5P4BA 4L7GA 5OZ0A 4I0FA 1MIQA 5OYVA 5P4CA 3T3CA 5P03A 2NPHA 4DQFA 4U8WA 1EPOE 1AJVA 5P4XA 3UFNA 5P8BA 3Q5HA 4FM7A 5P6KA 3N3IA 5DPZA 4Y58A 5P1MA 2B60A 2G24A 4YDGA 1SGZA 3OU1A 3INEA 2SAMA 5P6RA 5ISJA 5HE5A 3G70A 1LYAB 4D89A 3KDDA 1W5WA 4PHVA 3OUBA 3UF3A 2AZCA 5P7DA 4XX3A 3WB4A 2F81A 1WKRA 2WF4A 5COOA 3HW1A 1BVEA 1QS8A 1TSQA 5OZEA 2OHMA 2AZBA 1HSGA 5P11A 5P4MA 4APEA 4DV9A 3S7MA 5DR7A 5BRYA 3L5BA 3OUCA 2A4FA 5P6WA 1WBMA 3L59A 3U7SA 4Y4GA 1KJHA 3SM1A 3CYXA 3WZ7A 4RRSA 1FG6C 1E81E 2ZHSA 3HDKA 3BXSA 3CICA 4R91A 4LXMA 3ZPTA 1MRWA 5P0VA 4Y4XA 3O9CA 5P51A 5P59A 1MT7A 2AVMA 1F7AA 5P46A 3BRAA 1MRXA 3TPJA 5P7YA 3UQXA 3HAUA 1D4LA 4Y3PA 3EKPA 5P44A 1T3RA 5P4PA 3NDWA 4A4QA 3GI0A 3PMUA 5OZFA 4YOAA 6UPJA 1PPME 4RCDA 4AA9A 5P3FA 5P3YA 5P3CA 3UDYA 5P3GA 5HDZA 5P55A 3RSVA 4WY6A 2QHCA 1MERA 5P1OA 1IDAA 4ZPGA 3PLDA 2JYSA 5P0SA 5DGUA 2V11C 4H3GA 3OQFA 5P6YA 5P8KA 4FM6A 1LV1A 4KE0A 2QMDA 3NSHA 2BKTA 3MSJA 5P0XA 1DPJA 4RYCA 2PWRA 5COPA 2ER7E 4HA5A 3OTSA 5P3UA 1EPRE 2PK5A 4Y3QA 5P8MA 4L6BA 5P8FA 1QBTA 3BUHA 1YX9A 4GJ9A 3D1XA 5P1SA 4EQ0A 2IL2A 3CIDA 3L58A 3DJKA 4QJ6A 4J17A 5P7WA 4EQJA 2VNMA 3MXDA 1Z1RA 5P88A 2QI7A 3O9DA 3MWSA 5P2FA 5P2MA 3OQ7A 5OZDA 3O9FA 5P0FA 3IN4A 4DJXA 4Y3SA 3S45A 2QI6A 3OXWA 1M4HA 1K6PA 2AOCA 4HEGA 5P01A 5P0GA 4K8SA 3KMXA 3S53A 5OZKA 3D3TA 3OADA 4RROA 3UFLA 5P1JA 4K4PA 3UTLA 3QAAA 3KT2A 1YM4A 5AGZA 2PH6A 4CPRA 1EC3A 4OD9B 3RTMA 5P0EA 4Q1XA 3OUDB 4J1FA 2P83A 5OZ6A 5P65A 1HVSA 4Z50A 3BUGA 3KFPA 3PLLA 3I2LA 3IVHA 4K9HA 2FLEA 5KR8A 1SMRA 5P4TA 1HBVA 5P36A 2FNSA 4D88A 2FGVA 4Y4BA 4AUCA 5HCOA 5P2ZA 3EL5A 5P7XA 1EPNE 5OZPA 1B6LA 1BWAA 2WL0A 5SY3A 4Z4XA 3IXJA 1APTE 5P71A 5P5QA 5P6DA 5P1RA 2RENA 1EPME 4Y57A 1HPXA 1D4KA 2WF2A 2OHKA 5P86A 5P5CA 4DJYA 4M8YA 3LNKA 2WHHA 5P0MA 5OZLA 1F34A 2NMZA 3PWMA 1HVIA 1B11A 3TKGA 3CKRA 3UDRA 5HVPA 3L5FA 4YBIA 4M8XA 5P2VA 5P4DA 4FAFA 5OZ5A 5P6MA 3OQDA 3H0BA 5P8EA 2JJIA 5P3ZA 3A2OA 1SGUA 3KFRA 3QBFA 3OU4A 2NNPA 4GJ8A 1M0BA 1LS5A 2PYMA 3QROA 1GVUA 3EBZA 4GJ7A 5OZ1A 1ENTE 2VJ9A 1MVPA 2QNNA 5P5JA 4LL3A 2ASIA 3QRSA 5P5KA 1SIVA 3CYWA 4NJVA 4PZWA 4GJ5A 1T6EX 4Y3GA 2IDWA 4NPUA 6FIVA 1FMUA 5OZTA 1HTEA 2G21A 2P8HA 3BC4A 5P7OA 5P3RA 2PSUA 3M9FA 4QJAA 2G1RA 5P7AA 1BWBA 1HVKA 4LXKA 3FX5A 3VF7A 4U7QA 1EPQE 3KDCA 2AOJA 5P00A 5DR0A 1FQXA 1JLDA 5P2GA 3LITA 3O9HA 4ACUA 4I0ZA 3TOHA 5KR0A 5P2KA 3NUOA 1K2CA 4GIDA 1GVVA 3VF5A 3URLA 1A9MA 2FNTA 1Z1HA 5P5OA 5P27A 2I4WA 4DQEA 4Y9WA 2BB9A 5P33A 4Y5KA 5P4FA 2VJ6A 4DVFA 3VFBA 5OYSA 1D4JA 2OHTA 5P2YA 5P5GA 5B18A 5P50A 3URIA 2WF0A 3QN8A 4OC6A 5HD0A 4Y6MA 2AOFA 3UDQA 2OF0A 3PI5A 1FEJC 4F76A 5P4SA 4Y43A 4JPEA 4YHQA 2UPJA 1G35A 4I0IA 2G27A 2H6TA 5P61A 4YCTA 1DMPA 5P5XA 5EZXA 4Y3MA 4K4RA 1UH7A 3QI1A 4X2LA 3Q4BA 5P1UA 5P2RA 3K4VA 5OYRA 2UXZA 1YTJA 1XE5A 4DQHA 4Y5CA 3H5BA 3LINA 5P52A 4Y54A 1QBSA 3OAGA 5P0OA 5P09A 3UDJA 1GVXA 3KDBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W5Y A;  4TVH A;  3NU9 A;  4HE9 A;  3GGA A;  2ER9 E;  4Y5M A;  5P6Z A;  3IVI A;  4HZT A;  1PSA A;  5P8R A;  5P78 A;  5P16 A;  4Y4D A;  4Y5P A;  1BV7 A;  3C9X A;  3S43 A;  3EMY A;  5P0N A;  3KT5 A;  4Y39 A;  4FS4 A;  4Y5N A;  2ZHV A;  1G6L A;  4FRJ A;  5KQY A;  3DCK A;  5P77 A;  3VV6 A;  5P3A A;  5P1Q A;  3TPR A;  2AVQ A;  5OZ7 A;  4RVX A;  5P7V A;  3OWN A;  4QJ8 A;  1FQ6 A;  3D1Z A;  5P13 A;  1IVP A;  2PQZ A;  4YD7 A;  1GNO A;  7HVP A;  2IQG A;  4RCE A;  4OC6 B;  2AZ9 A;  4J0Y A;  3SA7 A;  3LZS A;  5P5L A;  1A8K A;  2B42 A;  1NH0 A;  1D4I A;  2FGU A;  2F3F A;  4TRW A;  5P58 A;  5P7T A;  4CPU A;  4Q5M A;  4HDF A;  5P29 A;  3OHF A;  1PSN A;  3L5C A;  1EBY A;  1GNM A;  4EP2 A;  3UDM A;  1EBZ A;  3EM3 A;  3OAG B;  5P4Y A;  3PI0 A;  5HE7 A;  5P6J A;  4H3F A;  1PFZ A;  5DQ5 A;  3LZV A;  5JFP A;  3OGP A;  5P4R A;  3R2F A;  3SPK A;  5P2E A;  3O9L B;  4Y4T A;  2WF1 A;  5C9D A;  3ZPU A;  5P2A A;  4YCK A;  5P6G A;  5P2J A;  5P15 A;  2ER0 E;  4UPJ A;  5P05 A;  1DP5 A;  5P7S A;  5P6C A;  1PRO A;  5IE1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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