3HDKA

Crystal structure of chemically synthesized [aib51/51']hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
93
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords [Aib51/51']HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 18
structure length 93
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3hdkA00
1HPXA 2PSGA 7UPJA 4I8ZA 5P7UA 5P4ZA 3KN0A 2SAMA 3I6OA 3KT2A 3UDQA 2Q55A 1D4IA 5OZHA 5EZXA 2PWRA 3RSXA 5DR0A 1ZLFA 2O4KA 3B80A 3EL0A 6UPJA 1NPWA 4XX4A 3TOFA 4NJTA 5P24A 3APRE 1FFFC 4Y4AA 2WHHA 4DQEA 1G2KA 5F01A 1FQ6A 4FAFA 1QBSA 4CP7A 1EBKC 5P2GA 4R5NA 5HTZA 1FG6C 3RVIA 4Y3JA 2F80A 5P4GA 5P81A 4R8YA 5P6MA 2QU2A 2FIVA 4J1FA 4Y38A 4A6BA 4Y4ZA 1ODYA 4RCEA 5OZ4A 5P0NA 5P2CA 1D4YA 5P2RA 5P7DA 4Y45A 1APTE 2H6SA 4Y4UA 3EKPA 1HIHA 5OYTA 4Y3ZA 2BKTA 5P3IA 3JVWA 3CIDA 1BWAA 3WB4A 1LS5A 2JE4A 5OZWA 5P7QA 1A94A 3MWSA 2BQVA 5E5JA 4J0ZA 4TRWA 4GMIA 5P48A 5P8JA 3O99A 1ME6A 1FQXA 2Q54A 3TH9A 1F34A 2JJJA 1DIFA 4RVIA 2HB3A 1W5VA 1UH7A 2QZWA 3BUFA 5P7ZA 3GI6A 5P1ZA 3SFCA 3BXRA 3U71A 5P3GA 2QZKA 5OYUA 1WBKA 2H6TA 5HD0A 3IGBA 1B6MA 1TSUA 3ZKMA 3SA3A 5FIVA 4J0YA 1EPOE 5P88A 4OD9A 2F81A 5I3YA 1W6HA 1G0VA 5OZ0A 5P0GA 3EKTA 3QROA 2NR6A 1Z8CA 1Z1HA 2I0AA 5P6BA 2MIPA 2ER7E 3NSHA 2PQZA 2O40A 2R3WA 4Y3MA 5P85A 4DJUA 4EHCA 2QK5A 1EPPE 3OQFA 2WF2A 4Z4XA 3CKTA 1EAGA 2PYNA 5OZDA 2HM1A 5P2FA 4B1CA 3UTLA 5P84A 3H0BA 3OU4A 2G1NA 5OZRA 3EM3A 4QJ6A 3LPJA 4DVFA 2CENA 4DQBA 3DUYA 2R8NA 3ZMGA 5OZ8A 2R43A 1HVSA 1W5YA 1CMSA 4EPJA 5P6NA 3KM4A 2QAKA 1MEUA 5DGWA 4I0JA 5P7SA 1AJVA 1KZKA 4DJPA 3SABA 4J5JA 2I1AA 1MPPA 1MUIA 5P2NA 5P6JA 5AHAA 1D4SA 2OHMA 3NUOA 4Q1YA 1MRWA 3OHFA 3UDRA 3QIHA 5OYXA 1EBZA 5P5VA 4LBTA 3QI1A 3TLHA 4FRJA 5P1OA 3L59A 4DQFA 5P7WA 2QCIA 3BHEA 1B6PA 5P4EA 5SZ9A 5DQ2A 4M8XA 1T6GA 4KE1A 5P63A 5P26A 2V10C 2P8HA 3INEA 1J71A 2B60A 5AH6A 4Y51A 2V13A 4A4QA 5I3XA 1APVE 3Q70A 5BS4A 4Z50A 2AODA 5P8FA 2PSUA 5P2VA 4BELA 1E5OE 4ZPEA 2Z54A 1B5FA 4ZPGA 1G6LA 2AOGA 3NWQA 2VNNA 3R1GB 3OU1B 4GJCA 4CPXA 3ZKQA 5P5HA 1OD1A 4GYEA 3FSMA 5P1NA 3O9HA 4OC6B 5OZKA 3LIYA 2PWCA 2UPJA 1DAZC 2AVOA 3PCZA 5HU1A 4Y50A 5COKA 5P12A 3OTSA 1PSOE 1BAIA 4DI2A 3Q3TA 1META 5P1MA 5P0BA 3OAGA 2RKGA 4LXAA 5P54A 2ZYEA 5P50A 5P6TA 5P5WA 5P3XA 1B6JA 4WY1A 3OUDB 5P89A 1MSNA 5KQZA 3PI5A 4ZPFA 4OBDA 3UDJA 3TPRA 2ER0E 5P3NA 5P0JA 5ER1E 5P78A 2QD7A 3NDWA 5P37A 4EQJA 2G22A 3LIVA 1FQ4A 1W5WA 1FLHA 4L7GA 5DQ1A 3I8WA 1ZSFA 5P32A 1Q9PA 4DJRA 3NDUA 5DR3A 4B1DA 2HC0A 5HE4A 3T3CA 2HPFA 2V16C 4WTUA 4NJSA 1EPNE 3L58A 4MC2A 5P68A 4Y3TA 5OZ2A 5P0XA 5OZMA 3LPIA 3PVKA 2I4UA 5P0FA 3OADA 3VFAA 3UHLA 4JPEA 5P1VA 2NXDA 3SA7A 1YTGA 3OQDA 3UQPA 4B78A 2XYFA 4PEPA 5P58A 4ACUA 2WEZA 5P2WA 5P1BA 2QD6A 2OHTA 1BILA 1K6VA 3S53A 4GB2A 3VEUA 3OU3A 5P2HA 4YOAA 4Q1XA 4YCTA 4DJQA 1LEEA 2QHCA 1HVJA 5UPJA 5P56A 5IE1A 2NNPA 3CIBA 3L3AA 5P61A 5P8OA 3TL9A 3O9IA 4B77A 5P5JA 4YA8A 4ZIPA 5P5UA 4RRSA 2NMZA 1UPJA 3IXKA 5P4IA 3CYXA 2ZDZA 1LF4A 5HE5A 4Y4XA 3K5FA 5P0AA 2QI3A 5P6QA 3HVPA 5OZQA 3ECGA 1ZPKA 5P31A 1VIKA 4K4QA 5P3VA 4DJYA 4QJ7A 1HSHA 1HPOA 3NU3A 4KUPA 4JOOA 3LZSA 5P3DA 3FNTA 1XN2A 5P6ZA 3OGPA 4JECA 4YCYA 5KQXA 3BXSA 1BBSA 1WBMA 5P0ZA 4DQCA 3UDYA 4Y5PA 2IQGA 3NYGA 4J54A 3N3IA 4CPQA 5P41A 5P19A 3EKVA 2QI7A 3SO9A 1HSGA 4YHQA 1XN3A 4HA5A 1YTHA 5HDVA 4E43A 2BB9A 2WF0A 5P02A 1IDAA 4XXSA 5OZ5A 5P1HA 4AA8A 2VIJA 4Y6MA 2G94A 2O4PA 1HEFE 3VLBA 3EL1A 2WL0A 3VLAA 3UFLA 3VF7A 3OXXA 5ISKA 4HLAA 3NXNA 3ZKIA 2EWYA 2OHQA 2FNSA 5P4WA 3DJKA 5P42A 1SIPA 2PMAA 4EJLA 2FMBA 5AHCA 5AH7A 4NPTA 2FDPA 4YD4A 2ZHVA 3HD8A 1GVWA 4PZWA 4K8SA 5HVPA 1KJFA 2BBBA 4RLDA 5IS4A 4FGXA 5OZUA 2R38A 4FL8A 2HPEA 5P8RA 4DJXA 1APWE 4NPUA 4HEGA 1M4HA 4UPJA 4GJ8A 5P2EA 4Y5MA 3OUCA 5P51A 5OZFA 2FDEA 1B6KA 5P2YA 5OZOA 2V00A 5DQCA 3TPPA 3ZPSA 2QD8A 4I0DA 5P6YA 3OK9A 4OBKA 5P71A 2AVMA 3OXVA 5P2KA 3DM6A 5P0TA 2QMPA 4QJAA 4J0VA 1A8GA 4DFGA 1SMRA 5SY3A 2G24A 4YDGA 4QLHA 4XX3A 1XE6A 5J25A 1HPSA 1HVHA 4CPSA 1BV9A 5P6WA 9HVPA 2HAHA 3U7SA 5E5KA 2WKZA 4Y5CA 5P7CA 5P8CA 5P8LA 5OZ7A 1HVRA 4I0FA 5OYWA 5P5BA 3O9DA 2VA5A 1QRPE 5KR0A 5P8PA 5P22A 3CYWA 1IIQA 3SLZA 3VYDA 2UY0A 3K4VA 2QP8A 3GI5A 4J0PA 2P3CA 4ER1E 2AVQA 2G20A 4LAPA 3VCMA 4B1EA 5P5TA 2F8GA 1BV7A 5P7GA 3S8IA 2QNPA 1IZEA 3APPA 3O9LB 2IRZA 3O9FA 3DV1A 1K1TA 2QI6A 5P1KA 1E81E 5OYRA 4YD6A 5OYSA 2AOJA 5P03A 4J1CA 1OEWA 3NDTA 1FQ5A 5P2DA 3JVYA 2BPWA 5T4SA 1D4LA 4I0IA 5P7HA 3URJA 1MIQA 5P0RA 1FQ8A 2I4XA 4Y3WA 2VIZA 4I0HA 5P1LA 5P73A 3OXCA 1NPVA 3K5GA 4FAEA 4RYGA 4Y3PA 2HB4A 1MTBA 4H3GA 4I12A 1EEDP 1MT9A 4R93A 1SH9A 2FLEA 4EWOA 5OYZA 1HIIA 5OZ1A 1MERA 3ZKXA 3ZKGA 5P29A 5P8TA 5P6EA 2AZ8A 3G70A 3OOZA 4J1EA 3LHGA 5P43A 2ANLA 3TNEA 5P2IA 4EP3A 3VG1A 5OZCA 2Q5KA 5P3KA 5P25A 1FG8C 1DMPA 2WEBA 3OHHA 1CZIE 4OBJA 2QZXA 2AZCA 2FXEA 4R95A 3NR6A 5P28A 3MSJA 3RTHA 5OZVA 3CICA 4B0QA 3SAAA 4ZSRA 1AZ5A 4ZSMA 3OTYA 5P3QA 2OHRA 4Y3LA 2PH6A 5P4BA 3RTMA 2P3BA 5OZJA 2QMFA 4R91A 2V0ZC 5P3ZA 4Y4GA 1ENTE 5P83A 3R0YA 4ER4E 1FGCC 3OU1A 4LHHA 5P77A 5KR2A 5P0LA 2B42A 3HDKA 4OC6A 4YCKA 5P7KA 4MC1A 5P46A 2AIDA 4J55A 3DOXA 5P33A 3K5CA 5P8KA 2PH8A 3K1WA 4GJ7A 3KFRA 1HTGA 3QN8A 1GNNA 2WEDA 2G1YA 5P3OA 5P6SA 2WEAA 1HVKA 4TRYA 5P7MA 4D8CA 3L38A 5ENKA 4Y43A 3SA9A 5P3UA 1AJXA 3AUPA 5HCTA 2NMYA 4Y5AA 1PPLE 5OZAA 5P2MA 4OBZA 1RV7A 5P53A 3ZLQA 5P2TA 1EC3A 2Q15A 4ER2E 5P1QA 5P72A 2Q3KA 3QRMA 4Q5MA 5P4LA 5DR7A 3Q4BA 1QDMA 3Q6YA 5P2ZA 3VYEA 2QNNA 4B72A 2I4DA 5P5IA 3BUHA 5CLMA 2OHNA 1T7KA 4Y41A 3UDKA 5P4NA 2ER9E 4D88A 4Y48A 2ZJLA 2JJIA 5APRE 3UQRA 4Y5EA 4QGIA 1HVCA 1APUE 3H5BA 4RZ1A 3PWMA 1B6LA 5HE7A 1HOSA 5P5MA 3IN4A 4ZEAA 5P30A 4K9HA 3FV3A 2BPVA 4HZTA 2IGYA 4I10A 4M8YA 4EJDA 5OZZA 2IL2A 5AGZA 1ZP8A 2ZJIA 3L5DA 5P2LA 1HSIA 4MC9A 5P4CA 3ZPUA 4RVXA 2IDWA 5P4SA 5AH9A 5P1FA 4Y5BA 5KAOA 3OWNA 1XE5A 1ZSRA 4APEA 5P0EA 4DQGA 4OD9B 2G21A 5DR1A 1KJ7A 4FM6A 5P0UA 5P1JA 3QVCA 4B70A 5KR8A 4Z22A 1K2CA 3UFNA 3PJ6A 1BIMA 5P15A 3QBHA 5CONA 2QHYA 5P2AA 3S45A 1NSOA 5P6IA 5P10A 4EXGA 3IAWA 4Y3FA 4YE3A 3PI0A 2P4JA 4APRE 3OGQA 5P76A 5P1SA 1MT7A 5P6GA 5P4AA 6FIVA 5P64A 3QPJA 5P16A 3KT5A 3HAUA 4Y3DA 1T6EX 4HE9A 1FMBA 3OU4B 1ZPAA 4Y39A 4J0TA 4YBIA 3BUGA 4Y3HA 3QS1A 5P0HA 5P86A 3O9GA 3PSYA 5P82A 5AH8A 5P7AA 2ZHRA 5P4MA 5OYYA 1BXOA 1LV1A 2O4NA 4Q1WA 3UCBA 3HVGA 2G27A 2VJ6A 3D1ZA 2ZGAA 5P70A 3IVHA 5P6CA 4Y4TA 4EQ0A 1LF2A 4Y4JA 4YDFA 1MESA 4MC6A 3PCWA 2AQUA 4LL3A 5P7YA 5C9DA 4LXKA 1E80E 2AOCA 4FCOA 3EXOA 1YT9A 5P4VA 1B11A 1RQ9A 3ZKNA 5JG1A 1PSNA 4RCDA 4TRZA 5P6RA 3ZPTA 2NPHA 4GJ6A 5P8IA 2WF1A 3INFA 5JFPA 5P11A 3B7VA 3VV7A 4FE6A 5P1PA 2AOHA 2ZHSA 3BGBA 4Y37A 1QS8A 5P1UA 1B5FB 5DR4A 3S54A 4Y5NA 3Q5HA 5I70A 5P1TA 3TKWA 3GGAA 3OXWA 3UDNA 3SA4A 3IXOA 5C9BA 5P4YA 3R0WA 4L7JA 4F76A 3URLA 2VA7A 4FSEA 5P3LA 2QNQA 5JODA 2QMDA 2AZBA 5P05A 4GJ9A 3QP0A 5P23A 5P5KA 4AZYA 1SIVA 4RCFA 2WECA 2VNMA 1MTRA 2PC0A 5P8QA 4X2LA 4KB9A 4BEKA 4OBHA 1ZBGA 3WZ7A 3U6AA 1YM2A 1MSMA 1PPKE 3PSGA 3MSLA 5OZGA 5P27A 4I0EA 5P5FA 5P39A 4BFDA 5P6AA 5KQFA 4EYRA 4FS4A 4GJAA 3KFPA 2P3AA 2R5QA 1W5XA 1N49A 1HTRB 5P5YA 2O4SA 3O9AA 2ZJNA 4IVSA 3EBZA 4B05A 5OZYA 5P5AA 5P3RA 3VSXA 5ISJA 1FEJC 1TCXA 2OHLA 4FRSA 5P6OA 5P7LA 3UDMA 4N00A 5P2BA 5P6KA 2OHPA 5P7RA 4Y3RA 4AUCA 3SPKA 3S43B 5KR1A 1TQFA 1HBVA 3UF3A 2QI1A 3EL4A 1SGZA 3LITA 1EC1A 3S7MA 5P1IA 2QMGA 4DJVA 4K4PA 3T7XA 3O9LA 4YD5A 1T7JA 1SDVA 4DJWA 1YX9A 2HIZA 2BPYA 2ZE1A 5P1CA 5BRYA 3KF0A 1IZDA 1HPVA 1XL5A 2RSPA 1HRNA 3UQUA 5KOSA 5OZLA 1FMUA 5P7FA 4HDPA 3T6IA 4J1KA 5P5SA 5P5EA 3WZ6A 3NUJA 3INHA 2R5PA 3G6ZA 1A30A 4HVPA 5P4OA 5EZZA 3TPLA 3TOGA 3MXEA 3QVIA 2PK6A 1TZSA 4Y58A 5P0DA 4H1EA 5P2QA 3BVBA 4FM8A 3EL5A 1HHPA 4ZE6A 5P1AA 5KOQA 4Y4BA 5P65A 3PB5A 1DW6C 3FIVA 3QBFA 3IA9A 1DPJA 4F73A 1BDLA 3HAWA 1XDHA 1EC2A 5OZIA 2HS2A 4Y5KA 3S7LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HPX A;  2PSG A;  7UPJ A;  4I8Z A;  5P7U A;  5P4Z A;  3KN0 A;  2SAM A;  3I6O A;  3KT2 A;  3UDQ A;  2Q55 A;  1D4I A;  5OZH A;  5EZX A;  2PWR A;  3RSX A;  5DR0 A;  1ZLF A;  2O4K A;  3B80 A;  3EL0 A;  6UPJ A;  1NPW A;  4XX4 A;  3TOF A;  4NJT A;  5P24 A;  3APR E;  1FFF C;  4Y4A A;  2WHH A;  4DQE A;  1G2K A;  5F01 A;  1FQ6 A;  4FAF A;  1QBS A;  4CP7 A;  1EBK C;  5P2G A;  4R5N A;  5HTZ A;  1FG6 C;  3RVI A;  4Y3J A;  2F80 A;  5P4G A;  5P81 A;  4R8Y A;  5P6M A;  2QU2 A;  2FIV A;  4J1F A;  4Y38 A;  4A6B A;  4Y4Z A;  1ODY A;  4RCE A;  5OZ4 A;  5P0N A;  5P2C A;  1D4Y A;  5P2R A;  5P7D A;  4Y45 A;  1APT E;  2H6S A;  4Y4U A;  3EKP A;  1HIH A;  5OYT A;  4Y3Z A;  2BKT A;  5P3I A;  3JVW A;  3CID A;  1BWA A;  3WB4 A;  1LS5 A;  2JE4 A;  5OZW A;  5P7Q A;  1A94 A;  3MWS A;  2BQV A;  5E5J A;  4J0Z A;  4TRW A;  4GMI A;  5P48 A;  5P8J A;  3O99 A;  1ME6 A;  1FQX A;  2Q54 A;  3TH9 A;  1F34 A;  2JJJ A;  1DIF A;  4RVI A;  2HB3 A;  1W5V A;  1UH7 A;  2QZW A;  3BUF A;  5P7Z A;  3GI6 A;  5P1Z A;  3SFC A;  3BXR A;  3U71 A;  5P3G A;  2QZK A;  5OYU A;  1WBK A;  2H6T A;  5HD0 A;  3IGB A;  1B6M A;  1TSU A;  3ZKM A;  3SA3 A;  5FIV A;  4J0Y A;  1EPO E;  5P88 A;  4OD9 A;  2F81 A;  5I3Y A;  1W6H A;  1G0V A;  5OZ0 A;  5P0G A;  3EKT A;  3QRO A;  2NR6 A;  1Z8C A;  1Z1H A;  2I0A A;  5P6B A;  2MIP A;  2ER7 E;  3NSH A;  2PQZ A;  2O40 A;  2R3W A;  4Y3M A;  5P85 A;  4DJU A;  4EHC A;  2QK5 A;  1EPP E;  3OQF A;  2WF2 A;  4Z4X A;  3CKT A;  1EAG A;  2PYN A;  5OZD A;  2HM1 A;  5P2F A;  4B1C A;  3UTL A;  5P84 A;  3H0B A;  3OU4 A;  2G1N A;  5OZR A;  3EM3 A;  4QJ6 A;  3LPJ A;  4DVF A;  2CEN A;  4DQB A;  3DUY A;  2R8N A;  3ZMG A;  5OZ8 A;  2R43 A;  1HVS A;  1W5Y A;  1CMS A;  4EPJ A;  5P6N A;  3KM4 A;  2QAK A;  1MEU A;  5DGW A;  4I0J A;  5P7S A;  1AJV A;  1KZK A;  4DJP A;  3SAB A;  4J5J A;  2I1A A;  1MPP A;  1MUI A;  5P2N A;  5P6J A;  5AHA A;  1D4S A;  2OHM A;  3NUO A;  4Q1Y A;  1MRW A;  3OHF A;  3UDR A;  3QIH A;  5OYX A;  1EBZ A;  5P5V A;  4LBT A;  3QI1 A;  3TLH A;  4FRJ A;  5P1O A;  3L59 A;  4DQF A;  5P7W A;  2QCI A;  3BHE A;  1B6P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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