3HVGA

Structure of bace (beta secretase) in complex with ev0
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
390
structure length
379
Chain Sequence
TGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Fragment-Based Discovery of BACE1 Inhibitors Using Functional Assays
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 91
structure length 379
sequence length 390
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-06-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3hvgA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3hvgA02
3KN0A 3NYGA 1MTRA 1M4HA 3BC4A 3G70A 2WEZA 3UHLA 1B6PA 2PWCA 5P49A 5AGZA 1IDBA 1BAIA 3A2OA 2AOHA 2VIZA 4Y3PA 5P6CA 3QP0A 5P0IA 4BELA 1IZDA 5P1DA 1NPVA 1FF0C 4DJRA 5P83A 5P6NA 5SY3A 1TW7A 1HVJA 2I4QA 1RV7A 3PB5A 4Q1WA 4J1HA 1A94A 4Y39A 3TH9A 5P27A 5P8AA 1TSQA 4Y3YA 2F3EA 5P36A 1LS5A 4GJ6A 1FQ6A 5P34A 4YD5A 5P68A 3NU6A 4FM8A 2HB3A 5KQFA 3L5EA 5P3OA 5OZEA 2ZHTA 4RVXA 1BV7A 3D3TA 3MSLA 4WY6A 3QPJA 4HE9A 5IS4A 1Z8CA 2CENA 2ER9E 1K6TA 4Y54A 4I12A 5APRE 2G27A 5P12A 5P4HA 3DV5A 3T7XA 5P0MA 3ZKMA 3ZPUA 4A6CA 5JFUA 2AOEA 3L3AA 5BS4A 3UQPA 1TQFA 5P8CA 3K5GA 3ZPSA 4HEGA 4J55A 4LAPA 3LIQA 2IGYA 1ZJ7A 4DJOA 5P7OA 2ER6E 5P2ZA 2G69A 3QAAA 5OZ8A 2AOFA 1D4SA 4H3FA 1VIKA 2OHMA 5P3JA 1SP5A 3ZOVA 5P8MA 2QNPA 3KFRA 4Y4WA 5P8VA 5P4IA 5P5WA 5P6VA 2HB2A 5P08A 5P6HA 3EL4A 1FIVA 4WTUA 5P63A 5HE4A 3QVCA 3KT2A 2NR6A 4Y5GA 5P23A 3ZPTA 1T3RA 1B6JA 5P7XA 5IVRA 1MUIA 5OZXA 5P14A 3LIZA 2ZHVA 4R92A 5DR3A 5P06A 3VYFA 2VNMA 4OBFA 5IE1A 2AVQA 5P61A 1MIQA 4YA8A 2ZE1A 4PZXA 1JLDA 4HDBA 2F8GA 3CIBA 5P24A 2FGVA 2FDEA 2J9KA 4JPEA 4QGIA 3INFA 3H5BA 3TL9A 3NU9A 3NSHA 1A8KA 2AOIA 3UDMA 3DV1A 2ZJIA 1BVGA 5P8UA 3SPKA 1YX9A 5KOQA 2WF3A 2ASIA 5P3HA 3O9DA 5P48A 3TNEA 4EPJA 3PCZA 4B1EA 4B78A 3EM6A 5P7WA 5EZXA 5P8FA 1RPIA 1U8GA 5P2AA 5P17A 1ODYA 1BDLA 3RTNA 3PMUA 1MEUA 9HVPA 1ER8E 5COPA 5OYRA 4Y3ZA 1K6PA 5OYQA 1PSOE 5P4KA 1HVSA 3JVYA 4HDPA 5P3LA 4YCYA 5P05A 4Y3TA 2ZHSA 5P11A 5KR8A 2XFIA 2QI3A 3LPIA 4DQBA 5P19A 3L5BA 1QBSA 1CMSA 2R9BA 2SAMA 3EKWA 5P2FA 3EBZA 5P10A 3INEA 2V10C 4J1KA 5P22A 1LYAB 2WF4A 4ZLSA 4OBHA 1LEEA 4H3IA 4RCDA 2IENA 1ZBGA 4ZPEA 1OEWA 1QBTA 1BIMA 5P46A 5E5JA 3IN3A 5P6YA 3URJA 3T11A 5P1BA 4FRJA 3AUPA 3D1XA 4DPIA 5JODA 5P0HA 3O99A 3CICA 5IVTA 1AJXA 1SIVA 2Q5KA 5OZCA 2HB4A 3OU4B 3R0WA 3UDPA 4DUSA 4GZFA 3TOFA 2QMGA 1HTGA 3QBFA 5DGWA 4LL3A 5P51A 4ZSMA 5P70A 3UFNA 5OZSA 3SO9A 5P1TA 2H6TA 3NUOA 5P8JA 3OQFA 4DJXA 5P2WA 4AUCA 2RKFA 5P33A 3IVIA 2WEBA 3PSYA 5JFPA 4H3GA 4EWOA 5P1RA 5AHAA 4DJYA 2ZJKA 5J25A 4TVHA 4MC6A 5P5ZA 4RYGA 1BWBA 4J17A 5P66A 2PK6A 3K1WA 1FGCC 3SM1A 1K2CA 5P69A 3Q6YA 5OZVA 5DQ5A 3KT5A 5P37A 3OQDA 1GVTA 4U7VA 2IGXA 1AJVA 5OYVA 5P16A 4J0PA 1DAZC 4F74A 3U6AA 8HVPA 1B5FB 1BBSA 1QBRA 2FDDA 2P4JA 3QS1A 1YT9A 5P0EA 3HBOA 4FRIA 5OZ0A 1UH7A 2AZCA 5P30A 5DQ1A 4Y3RA 5P7IA 2VJ9A 3L5CA 4Y3HA 4DQGA 5P1FA 4DQCA 1MVPA 2QMFA 2ER0E 3OADA 4QJ2A 3UQRA 5AHBA 2PH6A 5HU1A 1A30A 3TTPA 3VLBA 5HDVA 5P0AA 3TKWA 2WF1A 3U7SA 3LHGA 4I0HA 1HSGA 4Y5EA 5P4PA 1F34A 4LXAA 4U7QA 4HVPA 2AQUA 2FXDA 4DI2A 1PPME 5DR0A 5OYTA 5P4GA 5P07A 5P5QA 3D1ZA 2NNPA 4GJ7A 3ZLQA 1FFIC 4YD3A 5P26A 3O9GA 5P0BA 5P5HA 2PYMA 4Y43A 3CKTA 4CPWA 4LC7A 4Y37A 3PHVA 3SAAA 2XFJA 2ZJNA 5DPZA 4K9HA 3DUYA 5P8DA 3UCBA 5P53A 3KDDA 3O9EA 4B1CA 2PK5A 1IVPA 5C9DA 2VJ7A 5P6PA 3WB4A 4OC6A 4RRSA 7HVPA 3WB5A 3C9XA 5P7YA 4B00A 2WKZA 5P3PA 3O9BA 3RU1A 2ZJLA 3CKPA 5DQCA 3EKQA 1WBMA 5P0SA 3K4VA 3LPKA 2OHKA 5IVSA 3GI6A 5P8NA 3OXWA 5P1VA 3OU1B 2VA5A 4Y44A 5P7RA 4ZSPA 4FIVA 4PPHA 3QIHA 2EWYA 3NUJA 4JP9A 2BBBA 3SA3A 4KUPA 3PWMA 4ER1E 2IKOA 2BJUA 3EXOA 4HZTA 5P3RA 3SA9A 2Z54A 3OGPA 5DR1A 2QHCA 4IVTA 2ZJMA 5P6FA 4Y3AA 3EKVA 5DQ2A 5P2RA 2P3BA 3UDHA 3OQ7A 3KF0A 1AZ5A 1T6EX 2NXLA 1FMBA 3R2FA 3I2LA 1A8GA 1PSAA 1LF3A 1ODWA 1SBGA 3BUHA 4I0DA 5OYYA 3VLAA 2G94A 3ZKXA 5P1HA 5P32A 2AZ8A 3MWSA 4I1CA 1NSOA 5P40A 5P44A 5HTZA 4K4QA 5P8RA 1CPIA 5P5AA 4APEA 1XN3A 2WECA 3PJ6A 1T6GA 4J5JA 3FNSA 3EL0A 2PMAA 3HVGA 2OHPA 5OZ7A 2QK5A 5P4YA 2I1AA 2OHRA 1GVXA 5P5UA 1GNMA 5P8GA 3I25A 5B18A 3OWNA 5P7SA 3LITA 5P1CA 3K5FA 4L1AA 1LV1A 4Y4XA 1YTIA 4YE3A 5P1WA 1HVKA 4PHVA 1G35A 3ZKQA 4DQEA 5F00A 5P4LA 3ZL7A 1HXBA 4XXSA 4RVIA 4FE6A 3DK1A 5P3AA 3PSUA 3L58A 2FNTA 1G6LA 4B05A 1FB7A 4K4PA 2NPHA 5P2DA 5P6GA 3LINA 4J0VA 1W50A 3OY4A 4J1CA 2CEMA 3KYRA 5P7EA 2OHNA 5P00A 2JJJA 1HIIA 5P2GA 1HVCA 2F80A 4QJ7A 4YD6A 5KOSA 3HZCA 3DM6A 5KAOA 1K6VA 3VF5A 2BPXA 5I70A 5P6KA 2IL2A 3TKGA 5P09A 2J9JB 5P7VA 5P31A 3FIVA 1BXOA 1SDVA 5P8TA 1APWE 2WF0A 3TPJA 4CPSA 1HTRB 3O9HA 5P0PA 4NJUA 2HPEA 1XE6A 1YG9A 1LYWA 1EC0A 1LYBA 2P3AA 5P7MA 5COKA 3NXEA 4F73A 5SZ9A 4Z4XA 3VYEA 4FRSA 4Y4BA 3FNUA 1GNOA 1ZP8A 3PMYA 3JW2A 2HC0A 4OC6B 3UPJA 2AVMA 3OTYA 1KJHA 4Y5PA 2V11C 3BUFA 4JOOA 3KMYA 2QU3A 3PGIA 4YDFA 3DOXA 4A4QA 3EC0A 4DQHA 1AXAA 2R5PA 2VIYA 1HXWA 1W5XA 2P8HA 3RTMA 5P0TA 1EPNE 4JECA 1SMRA 5P4AA 5P3DA 1Z1RA 5P73A 5P1YA 3K4VC 5P1ZA 5AH8A 3O9IA 5P3ZA 5OZ2A 5P42A 3WSJA 5P13A 3SM2A 5ENMA 4RROA 2RKGA 3OAGB 4Y9WA 4WY1A 5P6AA 5SXNA 3PWWA 3UDRA 3VSWA 4AZYA 5OZRA 4EQJA 5P0DA 3MSKA 2WF2A 5P65A 5OZGA 5P81A 4Y3SA 4ER4E 1OHRA 5OZOA 4CKUA 1ZPAA 3BXSA 3PLLA 2VIJA 3D20A 5P82A 4PZWA 3OUDB 1SGZA 1BILA 3EM3A 5HD0A 1AVFA 3VCMA 3VSXA 1W6IA 4Y5LA 2R5QA 4I0IA 2HAHA 5P4QA 4LXKA 4B70A 3IXKA 4FS4A 2QAKA 5P5KA 2HS1A 1KJ4A 4TRWA 5P0KA 3EKTA 3PI0A 3LZYA 3TOHA 4RRNA 5P4ZA 5P5MA 5P3VA 3GI0A 5P0GA 1K2BA 5P1NA 1SH9A 2FNSA 2UY0A 3QVIA 4Y5BA 1BV9A 1YM4A 5P8EA 2I4WA 4L7GA 5P6SA 5OZHA 3DCRA 5P79A 4Q1XA 4B1DA 1MT9A 3BRAA 2PWRA 4L1AB 3T7PA 2BB9A 4FAFA 1C6YA 4J1IA 1E5OE 2QHZA 1BDRA 5P60A 4FM7A 5DQ4A 3OQKA 5P71A 2IRZA 1AM5A 5P78A 5P0XA 2ZJJA 5P1PA 5P5TA 4Z22A 4Y3MA 1W5VA 3VF7A 3UF3A 2G26A 3VG1A 6APRE 2Q3KA 5P7BA 2JE4A 3Q70A 2QZXA 5P3QA 3NWXA 2NTRA 1T7KA 1MRXA 5I3VA 5P5EA 4RGHA 5ENKA 5P2VA 2ZJHA 5AH6A 3T6IA 1GVUA 2BQVA 4M8YA 5P7HA 3ZMGA 1VIJA 2B60A 2FDPA 3S85A 1HWRA 3DJKA 2Q55A 5P6QA 1UH8A 3CYWA 1LZQA 5P5PA 3SLZA 3IA9A 4Y3LA 5P03A 5P2NA 3LPJA 1MT7A 2Q15A 4I0GA 3FNTA 5P2QA 3EL9A 3SA5A 4Y45A 5HCTA 5P62A 3FX5A 5P3IA 1DW6C 5P5NA 3OHHA 1BWAA 5P5VA 4R5NA 1MPPA 1BVEA 1LYWB 4Z50A 3B80A 4FAEA 1EBZA 1PROA 4Y4ZA 5P5YA 3PVKA 2AOJA 3PSGA 3NDUA 5HVPA 3KDBA 3AIDA 3ER5E 2G1SA 5P57A 5C9BA 2RENA 3L5DA 2G20A 4I10A 4Y48A 5P35A 4K4RA 5P6EA 4Y47A 1TZSA 6UPJA 1XS7D 5OZQA 5P7UA 4FSLA 4Y50A 1LF2A 5P3UA 5P3CA 5P7ZA 1W51A 1HPVA 1FQ4A 2OHLA 5P7QA 3ZKSA 5P6OA 2ZHUA 1KJFA 1QRPE 5P2BA 4I8ZA 5T4SA 3OGQA 5P3XA 4AA9A 2BKTA 3D91A 4Y5MA 1FMUA 3BHEA 5BRYA 5P5OA 5P6IA 1F7AA 4Y4UA 3NU5A 3QRSA 3NDXA 5P4EA 1FFFC 3URLA 4EQ0A 3URIA 4Y3FA 1UPJA 3VV7A 5P88A 2ZHRA 2Q64A 3O9FA 3RTHA 5P18A 4R91A 4Y56A 3BVBA 5P50A 2UPJA 4YCTA 3S53A 2IS0A 5P6DA 3VV8A 3VFBA 2NMYA 4OBKA 5P39A 1D4HA 3FV3A 4J0YA 4Y3WA 5P56A 1EPME 1SDUA 4ZEAA 2I4DA 4OBDA 3F9QA 1IVQA 4CPUA 3L59A 4LBTA 5P1IA 5P1MA 1D4IA 5DGUA 2XFKA 2OF0A 5P3SA 5P85A 5F01A 4M8XA 2G1OA 4OBZA 1HVHA 4GJ8A 2P83A 5ISKA 3INDA 4ZPGA 4YD7A 5CONA 3WZ7A 3H0BA 5P2SA 1MTBA 1XDHA 3PRSA 3VF3A 2B7ZA 4DVFA 2AVSA 5P2CA 1EPQE 3FKTA 3NU4A 2FS4A 3KA2A 1C6ZA 5P0CA 1TCWA 5P3MA 1B6KA 2AIDA 1META 2QMPA 3VFAA 5P0ZA 5OZBA 1GKTA 1APVE 5P1QA 3LZVA 4DPFA 3HVPA 4ZSQA 3BGBA 2AVVA 3HDKA 3R4BA 5KQYA 5KR2A 3SABA 4QLHA 4I0ZA 4FCOA 5BWYA 3UQXA 2I0DA 4RCEA 3IN4A 4CPQA 4CPRA 4NJVA 5P2MA 3G6ZA 5P5GA 3INHA 4LHHA 5SY2A 5P4NA 2VIEA 3L5FA 4GJBA 3PEPA 5P76A 4TVGA 1K1UA 3MSJA 3WZ8A 4Y53A 5P6LA 4YCKA 2VKMA 5P4OA 5OYXA 5P7GA 1KJGA 4A6BA 4YBIA 4Y3QA 1NPWA 2Z4OA 4ZE6A 5P3FA 5P20A 1N49A 4Y6MA 3O9LA 3EL1A 5P7JA 3CYXA 5HE5A 2XYFA 1ZLFA 2BPYA 4Y3EA 3HD8A 4X2LA 1NPAA 3S43A 3SA7A 5OZYA 5HDXA 1EBYA 4DJPA 5P1OA 1FKNA 5P55A 2A1EA 3GGAA 5P7NA 5P0UA 5P5FA 4Y4AA 4F76A 2QNNA 4TRYA 1APUE 1IZHA 2WEDA 3MXEA 1M43A 5P1EA 2B7FA 1EEDP 4QJ6A 5P74A 5P4XA 2PSVA 1OEXA 2CEJA 4Y3XA 1HVIA 5HE7A 3NXNA 2PSUA 3S45A 3CKRA 5OYUA 3K5CA 3NU3A 3OU3A 3KFPA 3ZKNA 5HCOA 3LIYA 4GMIA 1FG6C 4Y36A 3PLDA 5P2UA 5OZDA 3CIDA 5OZKA 1HBVA 1HSHA 5P2XA 3OOZA 3SA8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KN0 A;  3NYG A;  1MTR A;  1M4H A;  3BC4 A;  3G70 A;  2WEZ A;  3UHL A;  1B6P A;  2PWC A;  5P49 A;  5AGZ A;  1IDB A;  1BAI A;  3A2O A;  2AOH A;  2VIZ A;  4Y3P A;  5P6C A;  3QP0 A;  5P0I A;  4BEL A;  1IZD A;  5P1D A;  1NPV A;  1FF0 C;  4DJR A;  5P83 A;  5P6N A;  5SY3 A;  1TW7 A;  1HVJ A;  2I4Q A;  1RV7 A;  3PB5 A;  4Q1W A;  4J1H A;  1A94 A;  4Y39 A;  3TH9 A;  5P27 A;  5P8A A;  1TSQ A;  4Y3Y A;  2F3E A;  5P36 A;  1LS5 A;  4GJ6 A;  1FQ6 A;  5P34 A;  4YD5 A;  5P68 A;  3NU6 A;  4FM8 A;  2HB3 A;  5KQF A;  3L5E A;  5P3O A;  5OZE A;  2ZHT A;  4RVX A;  1BV7 A;  3D3T A;  3MSL A;  4WY6 A;  3QPJ A;  4HE9 A;  5IS4 A;  1Z8C A;  2CEN A;  2ER9 E;  1K6T A;  4Y54 A;  4I12 A;  5APR E;  2G27 A;  5P12 A;  5P4H A;  3DV5 A;  3T7X A;  5P0M A;  3ZKM A;  3ZPU A;  4A6C A;  5JFU A;  2AOE A;  3L3A A;  5BS4 A;  3UQP A;  1TQF A;  5P8C A;  3K5G A;  3ZPS A;  4HEG A;  4J55 A;  4LAP A;  3LIQ A;  2IGY A;  1ZJ7 A;  4DJO A;  5P7O A;  2ER6 E;  5P2Z A;  2G69 A;  3QAA A;  5OZ8 A;  2AOF A;  1D4S A;  4H3F A;  1VIK A;  2OHM A;  5P3J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5P0V A;  1IBQ A;  1ODX A;  1D4K A;  5P5S A;  4XX4 A;  2WJO A;  4DFG A;  4APR E;  1YTJ A;  4LXM A;  2G21 A;  4FLG A;  5OZ3 A;  5P0L A;  4I0F A;  3B7V A;  5P4T A;  4EJ8 A;  2NMZ A;  4NPU A;  4Y4D A;  1QDM A;  4DJV A;  4DV9 A;  5P6R A;  1MES A;  3N4L A;  5OZ9 A;  1T7J A;  5P15 A;  4Y4T A;  1TCX A;  4B77 A;  5P41 A;  3PBD A;  2IKU A;  3K5D A;  5P4B A;  1UH9 A;  1WBK A;  2A4F A;  3OXV A;  1OD1 A;  4PEP A;  5P01 A;  3M9F A;  4QJ9 A;  1D4Y A;  2PH8 A;  5P7A A;  4NJT A;  1EBW A;  5AH9 A;  5FIV A;  2QMD A;  2J9J A;  5HU0 A;  3GI4 A;  5P7D A;  3S2O A;  5P59 A;  1XN2 A;  2Q54 A;  2O4N A;  2ZDZ A;  5P8H A;  5P87 A;  3IVH A;  1SDT A;  4J1F A;  2MIP A;  2R3W A;  2ANL A;  2I0A A;  4JPC A;  5P45 A;  4Y41 A;  4L7J A;  1HTE A;  2IDW A;  1HIV A;  3UDQ A;  2OHS A;  5P2O A;  5P1G A;  2JJI A;  2QZW A;  1KZK A;  2G22 A;  2VJ6 A;  3OQA A;  5P3W A;  2APR A;  3LIX A;  3GGU A;  3NDW A;  4Y35 A;  2UXZ A;  3QRV A;  5I3Y A;  1HIH A;  3WZ6 A;  1MER A;  1E82 E;  4R8Y A;  4QJ8 A;  4DH6 A;  4FM6 A;  4GJA A;  2R43 A;  3EMY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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