3HVPA

Conserved folding in retroviral proteases. crystal structure of a synthetic hiv-1 protease
Total Genus 11
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
11
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Conserved folding in retroviral proteases: crystal structure of a synthetic HIV-1 protease.
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase(acid proteinase)
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords UNLIGANDED HIV-1 PROTEASE
total genus 11
structure length 97
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1989-08-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3hvpA00
3INHA 3WSJA 3SACA 5P1QA 1QBSA 4XXSA 5P0JA 1FG6C 1SIVA 4DJQA 4HDBA 2QI1A 3OWNA 5P0EA 5P5IA 3OU1B 2QHZA 3U71A 2AOEA 3S56A 4FLGA 5P3OA 5OYVA 2PWCA 5B18A 3VYFA 2WEZA 5P6CA 4DVFA 2QMGA 2V11C 4Y3PA 3SM1A 3ER5E 5P2DA 2I4UA 4QJ9A 3OQFA 5P4CA 3I8WA 3VEUA 1XE5A 1IZDA 2OHKA 5P8EA 1TW7A 1HIVA 1ODYA 4CP7A 4RLDA 2FDPA 2G27A 2F8GA 1HTEA 5J25A 1BWBA 5KQYA 4Y5MA 4YCYA 5P4AA 4J0PA 5OZ7A 1FF0C 5P44A 4Y6MA 1HWRA 2QZLA 5P6LA 3OQAA 3LZSA 4LXMA 3EL9A 3RTNA 2VA7A 3Q3TA 5P8HA 4FAFA 3O9CA 2JXRA 2ZDZA 5P35A 2Q3KA 4FCOA 7UPJA 4I1CA 2QI3A 5P20A 4J17A 4ZLSA 3FNUA 2V00A 5P2VA 3S7MA 3PLDA 5P0ZA 1K1TA 3LITA 1BBSA 5P2EA 5P89A 2VS2A 4Y47A 5HTZA 3BC4A 4YBFA 5P27A 4GJ8A 5P1IA 5P7RA 1GVXA 5BRYA 5COOA 1BDRA 5OYRA 2QNPA 5P6NA 3NR6A 3LIYA 4Y3ZA 2ZHRA 2R38A 4FGXA 1CMSA 1HBVA 2ZJLA 1SGZA 1LZQA 3UDPA 3VV6A 5P5CA 2HB2A 2AVOA 2PYMA 5P38A 4Y48A 1T7JA 1XE6A 4Q5MA 5PEPA 4ACXA 1B6LA 3UDYA 4ZPFA 4YD5A 1FIVA 3FSMA 5P6VA 2AVMA 5P73A 3NYGA 5COPA 2AOJA 5OZ3A 3QPJA 4B1DA 4MC9A 3UTLA 5P3YA 5C9FA 4H1EA 4LHHA 5P2MA 1AJXA 5OZGA 1MT9A 1B5FA 5SZ9A 4I11A 1OD1A 1MEUA 5E5KA 4Y53A 5KQFA 5OZIA 2O4PA 2Q15A 1YTIA 4F75A 4NJUA 2IKOA 5OZXA 5P4LA 2HIZA 5P60A 3TL9A 4ER1E 5P7MA 5OZ0A 5P79A 3URJA 5P4TA 3O9AA 5P10A 5KR8A 5P3NA 1N49A 3SA7A 5I3VA 5OZRA 1OEXA 5P7XA 3O9LB 3BVAA 3OUBA 2AIDA 1KZKA 4HEGA 2P83A 2QU2A 3WZ8A 5P2JA 4X2LA 4L7HA 5P7KA 4GJ5A 2ZJKA 3SQFA 3KMXA 3EL0A 5P6PA 5OZWA 5P39A 5P0WA 4Y39A 5IVSA 5P8BA 4DPFA 5P3MA 1FG8C 3LZVA 5P0IA 5HE4A 3GW5A 2G22A 1ZSRA 1EC3A 4Y51A 1TCXA 4Y5NA 3UHLA 4L1AA 4TVGA 4KE1A 1ZSFA 2VKMA 5P5AA 2OHRA 3I25A 4DJYA 5P1FA 4F76A 4H3GA 3SA9A 1YTGA 2BPVA 2VNMA 3MSJA 5P6ZA 1HRNA 3VLBA 1PSAA 1EBYA 5P0TA 2Q63A 5P4DA 5P42A 3S54A 3SAAA 4OD9B 1SH9A 2AQUA 3L5BA 4D83A 3ZKNA 1LYBA 4DQFA 3VSWA 4GYEA 3PJ6A 4DV9A 5P7UA 3IXKA 2AZBA 5P4XA 4Y5KA 2QK5A 1E80E 5P3KA 3D1XA 5P59A 1MSMA 3NUOA 5OZ2A 3DK1A 4HDFA 2FDEA 1W5XA 2I4XA 3PEPA 4H3JA 2VIJA 3QVIA 4I8ZA 3UF3A 2I4WA 3QBHA 5P46A 3GI0A 1EPOE 4KB9A 2OAHA 2AOGA 5DGWA 3HW1A 5P2KA 5P5LA 4OBZA 3FNTA 5P47A 2RENA 2OHNA 4QGIA 2FXEA 2P3BB 3JVWA 3OADA 4YHQA 5P3IA 4JECA 5IVTA 2FGVA 1C70A 3L5EA 5P36A 4DH6A 4RROA 2AODA 5OYYA 5P16A 2HC0A 5P19A 1UH8A 5P3QA 5P43A 1K2CA 5P50A 4Y38A 4Y50A 4D8CA 2B60A 3EKTA 4GJ9A 3F9QA 5P0KA 1MVPA 4PZWA 3O9FA 4ZSQA 3T6IA 5P6KA 5P1RA 5P6QA 4EQ0A 5P8JA 4Y3FA 3FNSA 2H6SA 4Y4WA 3L38A 3IN4A 4BFBA 5I3XA 1ODWA 4R93A 5P2FA 4K4RA 5P8UA 1T7KA 3RTHA 2RSPA 2FGUA 2WHHA 4ZPEA 1HVLA 5P1CA 1M4HA 2QZXA 3OXXA 4J0ZA 3APRE 5P45A 5P6FA 1B6MA 5P74A 2QI5A 4Y5CA 1ODXA 3FX5A 4J0YA 4Y41A 1MERA 1PROA 3K5FA 3DCKA 1HPSA 5C9BA 5ER2E 3UDQA 3D91A 4J55A 2O40A 4A6CA 2WL0A 3OY4A 5DR0A 3BUHA 1OEWA 3OUDB 5OZVA 3PBZA 2I4DA 2J9KA 5P3CA 3ZPTA 1BILA 2RKGA 5P0AA 5P3BA 1ENTE 3QP0A 4DI2A 3G72A 4HZTA 1TCWA 2AVVA 1W5WA 5P1DA 4RRSA 5P54A 3S7LA 2OHMA 3PSUA 3L3AA 4FRSA 4Y9WA 4RYCA 3PWWA 1ME6A 1TSQA 3TTPA 2ZHTA 3ECGA 4U8WA 2QHYA 5OYSA 3ZKSA 1Z8CA 5P3LA 5P8LA 1NPAA 3D3TA 4M8XA 3ZKMA 3CIBA 5P3PA 1IZIA 4KUPA 5P5UA 1FMXA 3NDTA 2SAMA 5P32A 4D89A 4U7VA 1DMPA 2WF2A 1FQ4A 4EHCA 4Y56A 5P0BA 4J1FA 5KOQA 5P6TA 3IXOA 3FKTA 5P5BA 5P13A 3INDA 4Y4EA 3TKGA 5P37A 4CPUA 2RMPA 5OYTA 2B7FA 3KN0A 3WZ6A 1TZSA 1T3RA 1XL2A 5OZUA 5P3VA 3QN8A 2Z54A 5P4IA 5P52A 5HD0A 1META 1FMBA 3TOHA 1DP5A 3OAGA 5P4BA 1FEJC 5OZBA 2BQVA 2WEBA 3SA3A 3EM6A 3TPPA 5P72A 6APRE 4OC6A 1IVPA 2QD6A 3NXEA 1YM4A 2WEAA 4EYRA 4JP9A 3OU4B 4I12A 1K6PA 4DQBA 5P1GA 4WTUA 5P6OA 5P11A 3CICA 5P0PA 4R91A 2MIPA 4NJTA 4ER2E 1PSNA 5HU1A 5P3GA 5I70A 3T7XA 1QBUA 2B8VA 5P7YA 4YBIA 5P6RA 5P1MA 5OYZA 1HSIA 2VA5A 4FRKA 3KM4A 1E5OE 3NDUA 4EJDA 4PZXA 4AA8A 4QJ8A 5CLMA 4J1IA 3S85A 5P14A 4A6BA 5P2ZA 3EC0A 3HVPA 1AVFA 5DPZA 2R5PA 5P1PA 3KF0A 5JFPA 5OYUA 1NPWA 3BVBA 1C6XA 1PPME 4HLAA 4OBDA 5HCTA 4QLHA 5P8AA 2Q55A 1D4IA 3O99A 2ER9E 5SY3A 1D4HA 4OBKA 4LXKA 5DQ1A 5HU0A 1QS8A 1F34A 3VYDA 2CEMA 3NSHA 2VA6A 3PRSA 5P65A 2QZWA 2P3CA 2VJ7A 5P78A 5SY2A 3TPJA 4DJPA 2R43A 2ER6E 2HM1A 4YA8A 2A4FA 3OQ7A 2QNNA 3FV3A 5P28A 3OGPA 5P1AA 3PI0A 5P1XA 5DR1A 5P57A 3Q5HA 4Z2ZA 1WKRA 5DR3A 5P5YA 5P7OA 4Y3GA 5P4YA 2R3WA 2ZJNA 5P7EA 5I3WA 5P62A 5OZ1A 5KQXA 4DQEA 5P82A 2IL2A 2QMFA 1HVIA 3QI1A 5OZ4A 4I0GA 5P5JA 5EZXA 4I0DA 3TOGA 3I2LA 3KFPA 4XKXA 1E82E 1QBTA 2VIEA 3K5GA 3K4VC 2ZE1A 4Z4XA 3S8IA 2HS1A 2QZKA 1A8KA 1APWE 4Y3LA 4GJ7A 5DQ2A 1PFZA 5P70A 3CKRA 1LYWA 3M9FA 5FIVA 5P7CA 3KMYA 1VIJA 3NU6A 2UXZA 5P2RA 4JPCA 4DQHA 1XL5A 1BXQA 3OOZA 1WBKA 3BUFA 4B72A 2IGYA 4LC7A 4IVSA 4FRIA 2Q5KA 3LPIA 3IXJA 4J1KA 3VF7A 3UFNA 2J9JB 4X7IA 3INFA 3TNEA 3CIDA 1GNMA 5P6EA 3KT2A 4OBFA 3EBZA 4J1EA 1IIQA 4BEKA 3IAWA 4Y45A 3PWMA 5AH8A 2OHPA 3O9HA 4FM6A 5P0SA 4DJUA 5P8DA 1G2KA 3EKWA 5P7LA 5P61A 1G0VA 2BPXA 1D4YA 5AGZA 1BDQA 2ZYEA 5P88A 1VIKA 1K1UA 5P7AA 2IEOA 2IKUA 4M8YA 4DFGA 2JJIA 3PB5A 1BV7A 4FS4A 5P3FA 1SDUA 1RQ9A 1EC0A 4Y44A 4DJVA 1ZPAA 1A94A 1MUIA 1MESA 5P2SA 4ER4E 3DJKA 4H3IA 4ZEAA 2QMPA 1YG9A 5P06A 2WECA 5KR2A 1W5VA 2ER0E 2XFKA 4APRE 1EPQE 3NU9A 4HE9A 4Y5BA 1T7IA 4Y4BA 5P0UA 3N4LA 4GJ6A 3R4BA 1B5FB 2IENA 2JJJA 4FM7A 5P3DA 3BHEA 1BVEA 2CENA 3CMSA 1YX9A 5P4QA 5P0GA 5P1SA 2IS0A 1U8GA 3OTYA 3NLSA 5P6WA 5P6MA 3R0WA 5HE5A 5BWYA 4EP3A 1YT9A 2FMBA 4Y3XA 3QRVA 4Y4ZA 1NSOA 4NJSA 5JG1A 3BXRA 2NTRA 3S53A 3LPKA 3O9LA 4UPJA 1XDHA 2G1RA 2QHCA 3MXDA 5P0NA 5P0VA 1ZBGA 4FSEA 5OZTA 4EJ8A 3HAWA 5P67A 2Q11A 3IVHA 5OZDA 3VF5A 3QVCA 1MIQA 3PCZA 3K4VA 1MPPA 5IVRA 4Y3SA 1AAQA 5P3RA 3UDJA 4L1AB 1LF2A 5HDUA 4B00A 4Y4JA 4J54A 5P2XA 2I0AA 2O4NA 5P0DA 5KOSA 3DM6A 2QI7A 1HSHA 1D4SA 5P4NA 4YDGA 1BWAA 3WB5A 5P5EA 2ZJIA 1KJ7A 3UFLA 3TOFA 4FL8A 1D4LA 3KYRA 5AHBA 1M43A 2NPHA 1XS7D 3ZL7A 5IE1A 4D85A 1EPLE 1LF3A 4DJWA 3SA6A 5P8NA 4FM8A 3EL4A 4LL3A 4Y5GA 1GVVA 3D1YA 1LYBB 5P4HA 3D20A 1KJ4A 3VG1A 4QJAA 4Y54A 5KAOA 2V12C 5P4PA 3BGCA 3HAUA 4BFDA 3SPKA 3EXOA 1BVGA 2QD7A 3BUGA 2WKZA 3VFBA 2NNKA 3IGBA 1LS5A 4Y3TA 1EC1A 2VIZA 5P4VA 5P01A 1A30A 3DV1A 8HVPA 3SKFA 4YE3A 4OBJA 5OZSA 4CPXA 4EQJA 4GZFA 5P15A 2R8NA 5OZJA 5P1WA 3QAAA 2PSUA 2ZHVA 5OZPA 2G1SA 3LNKA 3GI4A 4OBZB 3SA8A 4NPUA 5C9DA 2WF1A 1FQXA 4YD4A 3OADB 1A9MA 2AOCA 1E81E 1W50A 5P8GA 3UPJA 2P3BA 2P3DA 1K6TA 4RCDA 3RSVA 5P6UA 1HTRB 5P4FA 1EBZA 5P84A 4NKKA 1W5YA 5P7TA 5P7IA 4B0QA 5APRE 1GKTA 5HVPA 5P2WA 1TSUA 2QI0A 5OZMA 1GVWA 5P0MA 4QJ7A 2PSGA 5P33A 5HE7A 5P5TA 2V13A 5P0LA 2G1OA 3KFRA 2HS2A 5P83A 3LHGA 2QNQA 2VJ6A 5P1OA 5P4RA 1NH0A 3R2FA 5P5PA 3OHHA 4A4QA 3H5BA 3O9BA 3HDKA 3L59A 5P7GA 4Y4UA 4Y3JA 1HVCA 1RPIA 1LEEA 4Y4GA 5P7PA 5P5HA 4DQCA 3BRAA 3L5CA 3ZKXA 5P0YA 3EKYA 3WB4A 3VV7A 4K4PA 1APVE 3SM2A 1HPVA 3GI5A 5P2HA 1EC2A 4GJCA 2XFJA 2QI4A 4ACUA 3GGVA 1JLDA 3QRMA 1EPRE 3H0BA 5P6DA 5P5RA 3OHFA 3GGUA 4ZIPA 5P8KA 5P1NA 3PVKA 1Q9PA 5P80A 5P40A 3RSXA 1MTRA 4ZE6A 5P3AA 1C6ZA 1B11A 2JYSA 3LINA 1QDMA 3DOXA 3UQPA 2IGXA 1EAGA 3PM4A 1FQ6A 5P48A 1T6GA 4K4QA 4NJVA 5CONA 3AIDA 5P75A 5P03A 3UDMA 2NR6A 3PHVA 3EKXA 1MRWA 3Q6YA 1HOSA 5SXNA 2A1EA 2WF3A 2F3EA 2G69A 5P2GA 3S43B 3JW2A 1W6HA 4D88A 2I0DA 2PYNA 4HA5A 1LYAA 3D1ZA 4RCFA 4B1EA 3QBFA 2BKSA 5P2BA 5DR8A 5P63A 4I8WA 5P2UA 1SIPA 5P8IA 5P34A 2ZHUA 5AHAA 5P5QA 5P51A 4YCTA 1HVSA 4Z22A 2AVQA 1RNEA 5OZQA 5P6IA 4PHVA 1BIMA 3EM3A 4ZSPA 5P7FA 3ZKGA 3PBDA 2PSVA 4FIVA 3NWQA 1IZEA 2AVSA 3LIXA 3JVYA 2AZ9A 1SBGA 1SMEA 1ZP8A 5P1ZA 4CPRA 2VNNA 1ZJ7A 1ZLFA 1FFFC 4Y3QA 2BB9A 4AZYA 5P04A 1RV7A 2OHQA 2FXDA 3KDCA 4NPTA 1QRPE 4Y35A 3OAGB 3MXEA 5P2CA 3KFNA 3OOTA 2ZGAA 3NWXA 1FQ8A 1SMRA 4OC6B 1FQ5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3INH A;  3WSJ A;  3SAC A;  5P1Q A;  1QBS A;  4XXS A;  5P0J A;  1FG6 C;  1SIV A;  4DJQ A;  4HDB A;  2QI1 A;  3OWN A;  5P0E A;  5P5I A;  3OU1 B;  2QHZ A;  3U71 A;  2AOE A;  3S56 A;  4FLG A;  5P3O A;  5OYV A;  2PWC A;  5B18 A;  3VYF A;  2WEZ A;  5P6C A;  4DVF A;  2QMG A;  2V11 C;  4Y3P A;  3SM1 A;  3ER5 E;  5P2D A;  2I4U A;  4QJ9 A;  3OQF A;  5P4C A;  3I8W A;  3VEU A;  1XE5 A;  1IZD A;  2OHK A;  5P8E A;  1TW7 A;  1HIV A;  1ODY A;  4CP7 A;  4RLD A;  2FDP A;  2G27 A;  2F8G A;  1HTE A;  5J25 A;  1BWB A;  5KQY A;  4Y5M A;  4YCY A;  5P4A A;  4J0P A;  5OZ7 A;  1FF0 C;  5P44 A;  4Y6M A;  1HWR A;  2QZL A;  5P6L A;  3OQA A;  3LZS A;  4LXM A;  3EL9 A;  3RTN A;  2VA7 A;  3Q3T A;  5P8H A;  4FAF A;  3O9C A;  2JXR A;  2ZDZ A;  5P35 A;  2Q3K A;  4FCO A;  7UPJ A;  4I1C A;  2QI3 A;  5P20 A;  4J17 A;  4ZLS A;  3FNU A;  2V00 A;  5P2V A;  3S7M A;  3PLD A;  5P0Z A;  1K1T A;  3LIT A;  1BBS A;  5P2E A;  5P89 A;  2VS2 A;  4Y47 A;  5HTZ A;  3BC4 A;  4YBF A;  5P27 A;  4GJ8 A;  5P1I A;  5P7R A;  1GVX A;  5BRY A;  5COO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3LIV A;  2HB3 A;  4Q1Y A;  5P5W A;  4FSL A;  5P53 A;  4Y37 A;  5P0X A;  4LXA A;  2QCI A;  3ST5 A;  5P66 A;  5OYX A;  5OZC A;  3ZMG A;  5P8T A;  3PLL A;  1DW6 C;  1SP5 A;  5HDX A;  5P7J A;  2HPE A;  2I1A A;  2FNS A;  2ER7 E;  1NPV A;  2AOI A;  2FS4 A;  1GNN A;  3OU3 A;  2G24 A;  5ISJ A;  1HPX A;  2Q54 A;  4PEP A;  1K6V A;  3T11 A;  4L7J A;  2ANL A;  5P07 A;  1A8G A;  5OYQ A;  3NXN A;  1BXO A;  5ENK A;  5P00 A;  4RGH A;  5P4Z A;  2RKF A;  3UDN A;  5P2Y A;  2PWR A;  5P76 A;  5P24 A;  3LZY A;  5P7B A;  3HBO A;  4J0V A;  2I4V A;  5P3W A;  5HCO A;  2HB4 A;  2ASI A;  2WF4 A;  2EWY A;  5DGU A;  5P6A A;  1HEG E;  1EPP E;  1EBK C;  2IDW A;  4Y3M A;  5P69 A;  1C6Y A;  3RTM A;  5IVQ A;  1CPI A;  3EKV A;  1FQ7 A;  4CMS A;  4YDF A;  4F73 A;  4RRN A;  7HVP A;  2AOH A;  4Y4D A;  4L7G A;  5P6J A;  4RCE A;  2F3F A;  5P0R A;  4TVH A;  5DR4 A;  3CYW A;  1EBW A;  1ZAP A;  3OUD A;  5P7W A;  4E43 A;  2AZC A;  4Q1W A;  5P1L A;  5P5F A;  4R5N A;  3SKG A;  4I0I A;  5UPJ A;  3VFA A;  5KR1 A;  5P41 A;  2QP8 A;  6FIV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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