3I6OA

Crystal structure of wild type hiv-1 protease with macrocyclic inhibitor grl-0216a
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design, Synthesis, Protein-Ligand X-ray Structure, and Biological Evaluation of a Series of Novel Macrocyclic Human Immunodeficiency Virus-1 Protease Inhibitors to Combat Drug Resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3i6oA00
4Y39A 5P0VA 3KMXA 4Y5CA 3U6AA 4Y4UA 3ZOVA 5AGZA 5P4IA 2NXDA 3INFA 1YTJA 5P7LA 4D88A 5P7BA 2HB4A 4Y3ZA 5KOQA 2BBBA 3ZKIA 1DAZC 3HBOA 5ENMA 4EHCA 4F74A 4U7QA 4Y44A 5P82A 3OADA 3OU1A 2J9JA 5P2KA 1HSHA 3CIDA 5IE1A 3RTNA 3TLHA 5HU1A 5OYXA 2P83A 3PBDA 5P57A 4CPXA 3OQAA 4Y3TA 5P50A 4RVXA 1HVKA 5P42A 2R38A 1WKRA 4K4QA 2IEOA 4QJ7A 1TQFA 2P3BB 5T4SA 1MESA 1HEGE 3VF5A 1EBWA 2RMPA 2PWCA 5P1BA 4ZSRA 1LYWA 5P1EA 5P3IA 1EPQE 5P6IA 4Z4XA 2PH8A 1M43A 3QRVA 1PSOE 3KMYA 5P3XA 4Y6MA 5P77A 1PPKE 5P59A 2QZLA 2QZKA 5P5IA 3VFAA 1PSAA 2G69A 3PWWA 1LYBA 5P1DA 2VA5A 1FG6C 1MT7A 1HVJA 5P7EA 4X2LA 3PLLA 4J1FA 2AQUA 4ER4E 5P53A 3INHA 5P1FA 3NDXA 3UDNA 5P5RA 5P60A 1W6IA 2FS4A 5P45A 1HIIA 5P6EA 2VNNA 1IVQA 1ZSFA 2A4FA 4B0QA 1G2KA 3NU5A 1PSNA 5P26A 5P4QA 4NJUA 5P3GA 1DPJA 5EZXA 1NSOA 4RZ1A 1UH7A 5P1UA 4J0VA 5P67A 2FLEA 1M4HA 1ZSRA 5P8BA 5P8CA 5P51A 4APEA 5P4LA 1E80E 2QD6A 3NWQA 1B6LA 1HVCA 5P0CA 1QBRA 1BILA 5OYSA 2UY0A 3VLBA 5OYTA 5P3VA 5UPJA 4WY1A 1HVSA 3NDWA 4Y5AA 2ER9E 3HAUA 4Y3PA 1HVIA 2QI7A 1B5FA 4Z2ZA 4K9HA 3VG1A 4UPJA 2BPYA 2QAKA 2NR6A 4DJVA 3OHHA 5P03A 2G94A 1PROA 1K1TA 5P4JA 2IGYA 3PVKA 1D4IA 3NSHA 3SABA 3OU4B 3UPJA 5CLMA 1EC2A 1BDLA 1DIFA 2WF0A 4QJ9A 4A6BA 1HPXA 3BRAA 5P4TA 5P8LA 3LIQA 2AVVA 5P2VA 5P4FA 3VF7A 5OYZA 1C6XA 3O9IA 5P58A 1ODWA 4Y5KA 3K4VC 3VV6A 2QI6A 2PC0A 5P6JA 4B78A 3OUCA 4J0YA 2CENA 1YX9A 4NJVA 4A4QA 5DR8A 3S7MA 1C70A 3T11A 5P0GA 1DW6C 1OEXA 2ZGAA 4GJCA 4I12A 5P0ZA 1EAGA 5I3VA 3URJA 2F3KA 1U8GA 3D20A 1MTBA 5P6DA 3KFSA 5P07A 3NU3A 5P3DA 1HTRB 5P61A 5P2CA 3BVBA 4YD3A 5P3UA 4CPWA 4DH6A 4PZXA 1APTE 5HE5A 2V11C 1FQ7A 4J54A 5P1RA 2ZJMA 5P3TA 2PK5A 4GMIA 1FQ6A 3S53A 2QMPA 5P48A 3PI5A 2P3BA 1KJFA 4ACUA 2UXZA 2B7ZA 3QI1A 5P0QA 5IVSA 1T3RA 5P5MA 4Y3AA 2JXRA 4JPCA 5DR0A 2OHSA 4DJXA 3G72A 3HDKA 2V13A 4FGXA 4HDFA 3OUDB 3N3IA 3WZ7A 1YT9A 1PPME 2I4UA 1AM5A 4K8SA 3HD8A 1W5YA 5P2NA 5P5SA 2NTRA 1HXWA 2OHNA 1MEUA 3Q6YA 5OZIA 4DQFA 4OBJA 1C6ZA 1GKTA 3G6ZA 5P2ZA 1B6PA 5DPZA 4ZSPA 3ZKMA 1ER8E 5P6BA 3S43B 5P3SA 1HPVA 4L6BA 2WEDA 5OZHA 5ISKA 4DPFA 2HM1A 2RSPA 4DVFA 5OZOA 1KJ4A 4KUPA 1A94A 5P8VA 4Y38A 1IZDA 4J1CA 1HRNA 2UPJA 1ZPKA 1G6LA 5DQCA 2P4JA 5P7NA 3DK1A 4BEKA 5OZFA 4GYEA 1SIPA 5E5JA 2FNSA 3SA9A 1T6EX 2A1EA 3Q4BA 1NPAA 5P1MA 3G70A 4NJTA 5P8MA 5IS4A 1K6TA 5P6KA 5P2IA 1NPWA 1EPOE 5P1SA 3HLOA 4HA5A 5SY3A 5ISJA 5F01A 5P29A 1KZKA 1HVHA 4Y5MA 4ZPFA 3KFRA 1AJXA 3NDTA 1UH8A 4FSLA 1SMRA 2QCIA 3UQWA 5P3RA 4YBIA 1A8GA 3O9GA 3GI6A 3I7EA 4H3FA 5P7CA 5P12A 3QRSA 5P5DA 5P4CA 4J17A 4CPSA 3SA3A 5P6OA 4L7HA 3OXWA 1N49A 5P6CA 1CPIA 5COPA 1MERA 5P5CA 3H5BA 3TPRA 4EQ0A 5P1ZA 5P1HA 5KR1A 2G1YA 5P0AA 5P3QA 4H1EA 5P7IA 2XYEA 2VIJA 1SMEA 2VS2A 4I0JA 1XN3A 2EWYA 5P0MA 5DGWA 3NR6A 5P47A 3BUHA 5P49A 3SPKA 3O9LB 2AZ9A 2WL0A 4J0PA 5DQ1A 3OQDA 4Y3JA 4MC9A 3QRMA 5P74A 2CEJA 2HIZA 4A6CA 8HVPA 1W5VA 3NU9A 4ZLSA 1APWE 1Z1HA 4HVPA 1HTEA 4TRWA 5OZAA 4TVGA 1TZSA 5P8OA 2QMGA 5P8DA 2O4SA 5P2SA 2I4DA 2BPZA 5P8TA 2VIEA 2NPHA 4R92A 2AOFA 3L5EA 4QJ8A 3O9FA 5P25A 2J9KA 3UDPA 1ZPAA 1HHPA 4JECA 5I70A 4Y5EA 1HBVA 2ZYEA 5P6SA 1B6JA 5P3OA 4I8WA 3PBZA 5P66A 3JW2A 5OZDA 2OHLA 1AZ5A 3TNEA 5P2GA 1EPPE 1FFFC 2ASIA 3L5FA 2FDEA 5P8KA 1KJGA 4Y3MA 1C6YA 3PCZA 4GIDA 2ER7E 1IVPA 5P87A 3LZSA 4Y58A 2AODA 3PEPA 4ER1E 5JODA 4QJ6A 5OZJA 2BKTA 3GGAA 2XFJA 3VV7A 3BVAA 4Y4BA 2V16C 5OZPA 5AHBA 1SP5A 3OAGA 4DI2A 4RCEA 1SIVA 4LL3A 5P7JA 4DQBA 5P0NA 2P3AA 3L59A 3OOTA 2R5PA 5P6LA 2P3CA 5OZ9A 5P2LA 5P54A 3N4LA 4J1IA 4B1CA 1QBUA 2BQVA 1RL8A 4Y3GA 3RU1A 5I3XA 1PFZA 5P1LA 5OZLA 5P6WA 4OBKA 9HVPA 1OHRA 3S2OA 3Q3TA 4RCFA 3QS1A 1EBZA 1FFIC 2IGXA 3KDDA 5P4SA 3D1ZA 2HS1A 4J0TA 1FMXA 2FMBA 3NU4A 3WB4A 1APUE 1T6GA 4Y37A 3IN4A 2IS0A 4I0DA 1MVPA 2JJIA 4KB9A 5P1VA 2ZJHA 5HE7A 1UPJA 4OC6B 1HPOA 5OZTA 3IA9A 2B42A 2AZBA 2QU3A 3QBHA 4FM7A 4FRSA 4H3IA 4LXKA 3DOXA 1QDMA 3NXEA 4M8YA 4J55A 1SDTA 5P4BA 4B1EA 5IVRA 3UCBA 3CKTA 3QVCA 2JE4A 5DQ2A 3BXSA 4RYCA 3EBZA 3I6OA 3I2LA 3PRSA 3IAWA 3LNKA 4XKXA 1G0VA 1WBMA 1MUIA 3VSXA 3SM1A 3NWXA 4LHHA 1FQ5A 1YTHA 3KYRA 6APRE 2VJ9A 5DR7A 4DQGA 2MIPA 3Q70A 5P1JA 1XE6A 4LAPA 1HTGA 2CEMA 2AVQA 3BUGA 2IRZA 3PCWA 2PSVA 1LF3A 5P7MA 1HVRA 3O9CA 4RVIA 2ZDZA 1W5XA 3FNSA 5P6TA 5P5FA 2AZCA 1K6CA 3UDMA 1EPRE 4ZIPA 5DQ4A 5P63A 3OWNA 1FIVA 4YCYA 1DP5A 3BGBA 4OBZB 3PSYA 5APRE 2P8HA 4BELA 1ME6A 1HIHA 5P5KA 5P6QA 5P1OA 1T7KA 2HB2A 2NMZA 1RPIA 1A30A 3HVPA 4FRJA 4CMSA 5P17A 5P33A 3WB5A 4QJ2A 5P3BA 4Y50A 2G27A 2QD8A 5P0OA 5P4HA 4DJYA 5P3PA 4X7IA 3PI0A 3O9BA 4MC6A 3U71A 4S1GA 2BB9A 4H3GA 3ER5E 2OHPA 4YE3A 3EXOA 2ZJIA 4GJ6A 2NMYA 1W51A 3D3TA 3OXVA 5KAOA 2V0ZC 5OZBA 3KA2A 4OD9B 5E5KA 1E81E 5P3EA 2R3TA 3OGPA 2O4NA 5BWYA 5P8PA 5P4GA 3LIZA 1SDUA 4ACXA 3I8WA 4J1HA 1B11A 3GI4A 5P73A 1W5WA 2BKSA 2OHMA 5P4OA 5P0YA 4GJDA 5P2EA 4U7VA 1MT9A 3RSVA 3QN8A 4PZWA 2F8GA 1HOSA 2FIVA 4IVTA 2OHUA 4YD6A 2QHCA 3ECGA 3GGUA 4Y3QA 5P28A 5P4MA 4KE1A 5P0BA 1BWBA 1LYAA 2AOGA 5P4ZA 5P69A 4JPEA 4PHVA 5P30A 5P8HA 1XDHA 3LINA 1RNEA 4FRIA 5P7RA 5P11A 5KQZA 5P24A 3EL5A 4TRYA 1FB7A 4D8CA 2AVSA 1WBKA 1XN2A 3R2FA 1TCXA 4Q1NA 3BGCA 4Y3SA 3ZKQA 3DCRA 2SAMA 5OZ2A 1BDQA 5P5XA 4Y3YA 3MSJA 2QI0A 5P6MA 4AA9A 4B00A 3TPJA 3VLAA 5P6UA 1TCWA 3SKFA 5F00A 4TRZA 2NNKA 1K2BA 4E43A 1MIQA 1IBQA 5P8SA 1AVFA 2WJOA 2ZHVA 7UPJA 1CMSA 5OYUA 5OYRA 2WECA 5OZYA 1UH9A 2AOHA 4I0HA 5P0KA 2G26A 4YA8A 2IKOA 4Q1YA 3OQFA 3R0WA 5P65A 3TKWA 5P7VA 4EPJA 3UTLA 3O9DA 5P32A 1LF4A 5P5AA 5P4WA 5P8EA 4Y45A 5P5EA 3TOFA 3K5CA 3VUCA 3JVWA 4FE6A 3FX5A 5P5ZA 2PYNA 5P8QA 3PSGA 2IENA 2PWRA 4Y5LA 4APRE 1VIJA 3LITA 2I0AA 5HVPA 4AUCA 4B05A 4GJ7A 5P0UA 2Z4OA 3SFCA 5JG1A 2QMFA 1FKNA 4Y47A 5DQ5A 5P23A 5P1XA 5P52A 3EKVA 3QAAA 1NH0A 5P1AA 2VJ7A 1IZHA 3PGIA 4Q1XA 1KJHA 2I0DA 5P18A 2PK6A 4L7GA 4RYGA 5P15A 4Y3DA 2RKFA 4CPUA 5DR1A 1SH9A 2F81A 1HSIA 5P0PA 5SY2A 3NU6A 4YCKA 1EEDP 3VYFA 5P5HA 5P8IA 5P0HA 1K1UA 2WEBA 2FGVA 5P41A 5P4PA 3SO9A 5OZGA 2R5QA 2QI5A 3NYGA 5P2DA 3LPKA 2QHZA 1SGZA 3EL1A 3QBFA 2QU2A 4NPTA 3KDCA 4M8XA 5P3WA 4OD9A 5P70A 5P1QA 4DJRA 5COOA 1PPLE 7HVPA 4YD7A 5P7FA 4QLHA 2AOEA 4ZPEA 4EJ8A 5B18A 4Y4WA 1ZTZA 3SA5A 4GJ5A 1MTRA 5P7QA 2G1OA 3KT5A 5P7GA 5DR4A 3QPJA 4ZEAA 4EXHA 3D1YA 3VYDA 1XS7D 5P0TA 2R9BA 5P5WA 1FLHA 3PWMA 5P7AA 1HIVA 1XL5A 5HTZA 3KT2A 2OHRA 2VNMA 3L5CA 3UDJA 5P81A 5EZZA 3EKTA 3IVHA 3SKGA 3SAAA 4BFDA 3UFLA 3EKYA 2VIYA 2Q3KA 1ODYA 3QIHA 3PLDA 3DM6A 2AOCA 4MC2A 2G24A 1MSNA 3EM4A 5P27A 3RSXA 2VA6A 5P3YA 2VKMA 3EL0A 5OZWA 3UDQA 5P4RA 4LBTA 3HZCA 3GW5A 2PQZA 4WTUA 5P46A 4RRNA 3ZPSA 4EXGA 4Z22A 4B72A 4N00A 2WHHA 1XL2A 3S8IA 5P08A 5AHAA 5OZXA 3SA7A 3OU4A 5OZ7A 3ZKSA 1E5OE 4TVHA 5P7XA 4HEGA 3TH9A 3JVYA 1QBTA 3UDKA 1W50A 5OYWA 1AAQA 3KN0A 5P5GA 3OU3A 5P38A 1B6KA 5OZRA 5P4KA 3C9XA 2ZHTA 2QHYA 5P10A 1BVEA 4KE0A 4YD5A 1BXQA 5P62A 1LEEA 5P7SA 3OADB 3LHGA 3B7VA 3OU1B 5OYQA 2J9JB 3K5GA 3RTHA 3VV8A 3SLZA 1FF0C 2I1AA 1FGCC 4HLAA 4DQCA 4ZE6A 5P84A 1GNNA 3OQ7A 2QP8A 4ER2E 4EP2A 2IL2A 5P3LA 4Y3LA 3EM3A 5ENKA 5KQXA 1F7AA 4FCOA 1LYWB 2XFIA 5P5VA 3SA4A 5C9BA 3SM2A 5P01A 3QVIA 1T7JA 1G35A 1QBSA 5BS4A 3EM6A 4L7JA 3AIDA 3L58A 5P19A 4GB2A 5P09A 5P2OA 5P8FA 5P34A 4EYRA 2ZJJA 5OZ1A 3CYWA 3KFPA 1Z8CA 4FAFA 5P83A 2ZHSA 5P79A 5HD0A 4CP7A 1LYBB 1AXAA 2PH6A 5DGUA 4B77A 3OUDA 3EC0A 4Y3NA 3K4VA 3FSMA 4LC7A 5P2FA 3OTSA 5OYYA 1TSQA 5AH8A 2OHKA 5OZKA 1RV7A 2QZWA 5P14A 4F76A 1APVE 4FL8A 4J5JA 3GI0A 3QROA 3NDUA 2ER6E 2I4WA 5OYVA 5P56A 4D85A 2OAHA 2HPEA 3IXOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y39 A;  5P0V A;  3KMX A;  4Y5C A;  3U6A A;  4Y4U A;  3ZOV A;  5AGZ A;  5P4I A;  2NXD A;  3INF A;  1YTJ A;  5P7L A;  4D88 A;  5P7B A;  2HB4 A;  4Y3Z A;  5KOQ A;  2BBB A;  3ZKI A;  1DAZ C;  3HBO A;  5ENM A;  4EHC A;  4F74 A;  4U7Q A;  4Y44 A;  5P82 A;  3OAD A;  3OU1 A;  2J9J A;  5P2K A;  1HSH A;  3CID A;  5IE1 A;  3RTN A;  3TLH A;  5HU1 A;  5OYX A;  2P83 A;  3PBD A;  5P57 A;  4CPX A;  3OQA A;  4Y3T A;  5P50 A;  4RVX A;  1HVK A;  5P42 A;  2R38 A;  1WKR A;  4K4Q A;  2IEO A;  4QJ7 A;  1TQF A;  2P3B B;  5T4S A;  1MES A;  1HEG E;  3VF5 A;  1EBW A;  2RMP A;  2PWC A;  5P1B A;  4ZSR A;  1LYW A;  5P1E A;  5P3I A;  1EPQ E;  5P6I A;  4Z4X A;  2PH8 A;  1M43 A;  3QRV A;  1PSO E;  3KMY A;  5P3X A;  4Y6M A;  5P77 A;  1PPK E;  5P59 A;  2QZL A;  2QZK A;  5P5I A;  3VFA A;  1PSA A;  2G69 A;  3PWW A;  1LYB A;  5P1D A;  2VA5 A;  1FG6 C;  1MT7 A;  1HVJ A;  5P7E A;  4X2L A;  3PLL A;  4J1F A;  2AQU A;  4ER4 E;  5P53 A;  3INH A;  5P1F A;  3NDX A;  3UDN A;  5P5R A;  5P60 A;  1W6I A;  2FS4 A;  5P45 A;  1HII A;  5P6E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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