3IAWA

Crystal structure of a chemically synthesized 203 amino acid 'covalent dimer' [gly51;aib51']hiv-1 protease molecule complexed with mvt-101 reduced isostere inhibitor at 1.6 a resolution
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
203
structure length
191
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNFGGGGPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords [Gly51;Aib51'] 'covalent dimer' HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 43
structure length 191
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3iawA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3iawA02
2ZJKA 4FIVA 3WZ7A 5P8UA 3OUAA 5UPJA 2QD6A 3JVYA 3MSLA 5P6RA 3NDUA 1ODXA 3HBOA 1F7AA 3S45A 4XX4A 5P0XA 4D85A 3OUDA 4MC1A 5P3AA 5P8BA 3UQRA 5P28A 2FGUA 3VV7A 4CPXA 2FMBA 1SMRA 5P7HA 2QU2A 5P8SA 1FMUA 5P6BA 3HZCA 1HOSA 3EKQA 5P00A 4R8YA 5P33A 3TOFA 3RU1A 3D1XA 5P4XA 4GJDA 3SQFA 2HB2A 4B72A 1HEFE 1HPSA 1T7IA 2O4PA 1HSHA 5P5XA 4Y4JA 1IZEA 4Y5KA 3U6AA 2JE4A 2WEBA 4Y4XA 4RRNA 1BIMA 3WSJA 5P2FA 2AZ8A 4K4PA 3UTLA 4NJTA 4BFBA 5P4MA 2AVQA 4GIDA 1K6CA 3VCMA 1EBKC 4Y51A 4D89A 2QI6A 3SA7A 3LZUA 3TTPA 2SAMA 5IVRA 5P8DA 3KYRA 5ISJA 5P6EA 5OYWA 4LBTA 1AJVA 2NXLA 3MSJA 5P3RA 3ZKXA 1EC1A 1MVPA 3T7XA 4H1EA 4J55A 2PYNA 3MXDA 5P0FA 5P5KA 4CPQA 5OZHA 3OQ7A 3SLZA 1QS8A 4Y3WA 4DQHA 4X7IA 1MSMA 2G94A 2QI7A 5P08A 2ER7E 2WEAA 3OTSA 3NU5A 1QRPE 3DM6A 3WB4A 1PPME 2AOIA 4Y4AA 5P2ZA 5P34A 4MC2A 3TL9A 4Y37A 2OHTA 5TOLA 5DQ1A 3KFSA 1B6MA 5P5YA 5P7MA 3GGAA 5P6IA 5P4TA 1MESA 5P3TA 5P14A 8HVPA 3APPA 1IVQA 4FM8A 3ZKQA 1E5OE 5P50A 3KMYA 4OBGA 2ZJNA 4J1CA 5P79A 4PPHA 4YDFA 5AH6A 2IGXA 3LZSA 3R0YA 4ACXA 2F3KA 2WF1A 3N4LA 4DQEA 2WHHA 5P1MA 3L3AA 3INDA 1CPIA 5P88A 1K2CA 1B11A 1NSOA 3EKYA 5KR0A 5P3SA 3PGIA 5P3BA 2PH6A 5P2GA 3L5FA 3S2OA 3QROA 5AHAA 2WEDA 5P6TA 4U8WA 3QPJA 1HPOA 4JP9A 5OZNA 5ENKA 5IVQA 2I4UA 2R43A 4PHVA 4A6BA 2ANLA 1W51A 1WBMA 3IN4A 3NXNA 3Q5HA 3S85A 1PSNA 1APUE 1TCWA 4Q1YA 1T6EX 2AZ9A 3EL1A 2XYEA 5P7QA 4J1KA 5AH9A 1Q9PA 2NTRA 1C70A 1HSIA 5P5VA 4DJYA 5P3YA 3INHA 2PWCA 3IVIA 4XXSA 5OZAA 3OU3A 4ZSRA 3ZPTA 2VA5A 5P71A 3S8IA 3SABA 3C9XA 2O4KA 4FL8A 3OAGA 4B1CA 4H3FA 1LV1A 2AOJA 1BV7A 1GNNA 4J54A 2P3DA 2I4WA 5P0JA 3APRE 4B1EA 4QLHA 5P07A 1DW6C 2ZJLA 5P2DA 4UPJA 4DH6A 3SM1A 4J0TA 5P3LA 2J9JA 4RCDA 5OYQA 3M9FA 5P55A 3BVBA 3LPJA 5P2NA 1DPJA 1BWAA 3L59A 4ZLSA 2JJJA 1BDRA 1TSQA 4ER1E 1SIPA 1AIDA 5AH8A 3LIQA 5P72A 1LF4A 1AAQA 5OZ9A 5P0AA 4F74A 3DJKA 1XE5A 3DCKA 2FDDA 1HRNA 4KB9A 5OYXA 1W5YA 4R91A 3LHGA 5KR8A 5P2JA 3H0BA 5P0EA 5EZXA 4EYRA 5KAOA 5KQYA 5P87A 3SAAA 4Y5BA 3EL5A 3NU4A 3K5CA 3S7LA 5P64A 5P2HA 5DR0A 5P8PA 4NPTA 4KE0A 5OZRA 1B5FB 5P4DA 4HDPA 1LYWA 1MRWA 4Y4BA 4FM7A 4Q1XA 4EWOA 4APEA 3KF0A 1HTFA 3O9DA 1Z1HA 5HE7A 2R3TA 5P1QA 5P3QA 3TPLA 3SKFA 5P7FA 2ZGAA 2B7ZA 1N49A 3VYDA 5P3UA 5P6OA 5OZPA 5APRE 2IEOA 5P2XA 4YOBA 5DR7A 9HVPA 1MEUA 2ZJMA 2QZKA 1HVSA 5P32A 3NU6A 3OU1A 1C6XA 2EWYA 4Y56A 1BXQA 1CZIE 4Y3TA 5IVSA 1FGCC 5P6VA 3FV3A 5P48A 3LZYA 4ACUA 5COPA 4ZSQA 4RVJA 3O9AA 3ZKIA 3QVIA 4DJWA 2NXMA 1W6HA 5P4GA 3LIVA 1ZJ7A 4OC6B 4ZPFA 5P2MA 4PYVA 5P8JA 2G24A 2Q64A 5P8EA 5OYYA 2P3BB 1HEGE 1K1TA 5P5HA 2BQVA 1K2BA 3UPJA 1FQ5A 4EJKA 4AA8A 5P8IA 2I4VA 5P52A 5P4PA 2VJ9A 1HIHA 3IN3A 1ODWA 1APVE 2QI1A 5P89A 1A30A 4M8YA 3PVKA 5I3YA 3K5FA 4B1DA 1B6JA 3F9QA 4D88A 2OF0A 2ZHRA 3DCRA 5P6YA 2AOGA 3KA2A 5P09A 2PC0A 3D1ZA 4BEKA 4Z22A 3OXCA 5HDUA 1A8KA 5P4RA 5P6AA 1HTGA 3TH9A 4DJXA 4DPIA 2Q63A 3I7EA 3OQAA 5P22A 3L58A 4ZE6A 2WEZA 2VKMA 3R2FA 1ZLFA 4Y35A 1BVGA 5P4YA 2F80A 1E81E 3VYEA 1IDAA 5AGZA 1MTBA 5P1JA 2Q3KA 5OZXA 4CP7A 4B78A 5P59A 3SA5A 2A4FA 5OYVA 3L38A 3CIBA 5OZQA 3MXEA 1FFIC 5ENMA 2I0AA 3OADA 5P2TA 1KJ7A 4X2LA 1LYAB 1AXAA 4GJAA 5P7JA 3SM2A 3QRSA 3QRMA 5P6DA 2QMDA 1MTRA 3NYGA 5P6QA 2RENA 5P6SA 1FQ6A 5P8RA 4GMIA 3TPRA 3CYXA 5SXNA 3BXRA 4ZSPA 5DR8A 3PLLA 1MT7A 4Q1WA 5P5MA 2HIZA 3UDQA 5KOQA 4NJVA 4I0EA 1FF0C 1KZKA 4JOOA 7HVPA 1G0VA 5P1XA 3G6ZA 5P0RA 5F01A 4HVPA 3D1YA 2IRZA 4COEA 4KE1A 5OZ8A 5P5TA 4EJDA 1CMSA 5P38A 2V11C 5P3IA 5P2QA 4ZIPA 2ZHSA 5P6GA 1LYAA 5P16A 2OHSA 3UDMA 4RGHA 5P5JA 5P8HA 5P4HA 2QI5A 3VV6A 1IZDA 4RZ1A 2B8LA 3ZPUA 1FLHA 5P29A 5P8MA 3EC0A 5P1NA 3S53A 4RCEA 5P6ZA 1NH0A 5P67A 1UH9A 1FQXA 2OHMA 2PQZA 2HB4A 2ZDZA 2ZJHA 2JYSA 4Y5PA 5I3XA 5P0IA 5P5IA 4JPEA 5OZ3A 5P51A 1XN2A 5ER1E 2PSUA 5P3PA 5P66A 3ER5E 3O99A 4B00A 3NUJA 5P44A 5ISKA 2P8HA 3Q6YA 5OZIA 3S56A 3ER3E 5P7OA 3LNKA 5OZLA 1UPJA 4EPJA 2OHNA 2G1NA 1K6VA 3Q4BA 3KT2A 3SFCA 3T11A 5P0VA 4Y43A 5P2EA 2RKGA 5P1OA 3UQUA 2IKUA 4IVTA 5OZTA 2QHCA 4QGIA 1SMEA 5P45A 3VEUA 5P1AA 3HD8A 5P5BA 1EC2A 1EPRE 1HXWA 2G26A 3PSGA 1MT9A 3I25A 1KJGA 5OYRA 1GVWA 3PWWA 5P53A 4Y50A 5P8OA 3NWQA 4Y5NA 1RNEA 4F76A 3OQFA 5P6NA 1FQ8A 3RTNA 3TLHA 1D4YA 3MSKA 2I4DA 1SDTA 4HA5A 2G69A 1D4HA 3BGBA 5P18A 4ZPGA 4Y3GA 4B70A 1JLDA 3L5DA 5JFUA 5KR1A 4Z2ZA 1YG9A 4I10A 2QU3A 3CICA 5OZKA 3OK9A 5P1HA 1EBYA 1LYBA 1M4HA 4OBZA 4DQCA 4CPWA 1LF3A 4R92A 3PBZA 3PHVA 4Y5AA 1EEDP 3TOHA 5P0NA 2CEJA 4Y4TA 5P4OA 1IBQA 2NMYA 3FNTA 5P5PA 3G70A 3D20A 4QJ8A 4I0DA 5P1UA 5P5CA 5OZCA 1GVUA 2Z54A 3ZPSA 3EXOA 1EPPE 3S7MA 5P05A 3SKGA 5KR2A 5P42A 5P7PA 4ZEAA 3S43B 2P3AA 5P4QA 5P39A 2UXZA 5C9FA 1SGZA 4J1EA 5P6MA 2FS4A 5P7WA 1EPNE 4L7JA 3VUCA 3PLDA 4YA8A 3OWNA 5AHBA 5P10A 3L5EA 1XDHA 4DUSA 2AVSA 4YE3A 3OQDA 3CMSA 1BXOA 5OZDA 5P43A 4R95A 3VSWA 2VNMA 1XE6A 3OXWA 5P0MA 3VF3A 2QZWA 3DV1A 3K1WA 1ZBGA 3R4BA 1C6YA 3HW1A 3KN0A 2QZLA 2BPVA 3FIVA 4I0HA 4Y3YA 1D4JA 4Y5EA 1TZSA 3PI5A 5DQ2A 3IAWA 5P2LA 5P36A 3SA4A 4EHCA 2OHPA 1VIKA 2QK5A 3ZKGA 2VIYA 4YD7A 3K4VC 5P2IA 1GVVA 3PBDA 5P5UA 3EKPA 5OZFA 3VFBA 1HTEA 1SGUA 1PSAA 3HVGA 4H3IA 5P78A 4MC6A 4TRYA 1GNOA 2UY0A 1QBUA 2BPWA 5P5SA 1PROA 2FNSA 3SA9A 2VIJA 2F81A 2IGYA 5JG1A 5P2AA 1ZSFA 3ZLQA 3KFPA 5P2CA 4Y53A 3BUHA 2R9BA 1IZHA 4RLDA 3EBZA 5OZZA 3QVCA 1EAGA 1UH7A 4J0VA 1UH8A 4GJ6A 2B7FA 4DI2A 5P6WA 5P8LA 1YTGA 5P0UA 2XFIA 1FQ7A 3KDDA 1K6TA 3UDYA 3RVIA 5P4VA 3ZKSA 1OHRA 5EZZA 1PFZA 3O9LB 5P1LA 4GYEA 1HPXA 5P1RA 3EKTA 5JFPA 1GVXA 2IENA 2AVMA 3FNUA 2Q15A 4J1IA 5C9BA 1ZP8A 2WF0A 3OTYA 4LHHA 4GZFA 5P3OA 5C9DA 3PJ6A 1AM5A 1HHPA 4I11A 4D83A 5P74A 2FDPA 4FRJA 3CKTA 2AQUA 4ER2E 5OZBA 2OHUA 2R3WA 2WF4A 4AUCA 3DK1A 2MIPA 2QNNA 4D8CA 3FKTA 5P2WA 3PI0A 5P02A 4L6BA 5P20A 5P1CA 2H6SA 4APRE 3LIZA 3Q70A 1HSGA 2G1YA 3VLBA 4LL3A 2IS0A 4FAFA 2OHLA 2F3EA 5P60A 3O9LA 1TQFA 4OBHA 4Y38A 3QIHA 4Y3LA 1M43A 1W50A 1C6ZA 3IA9A 3BC4A 2FIVA 2QMGA 4FLGA 2VIZA 3PB5A 3UHLA 5DR1A 5P3NA 3NDWA 5P85A 5HCTA 5HE4A 1ER8E 4Y57A 4HEGA 3EKXA 1HTRB 1NPAA 3BRAA 3OY4A 5DPZA 5P65A 5OYUA 2WJOA 5P5OA 2Q11A 2BKSA 3HDKA 4K8SA 3NSHA 5P8TA 4YBIA 1GNMA 1FMXA 2P83A 3UDHA 1HVCA 3EKVA 4H3JA 2JJIA 5P4SA 3Q3TA 5I3WA 2QHYA 5COKA 2QI3A 3O9GA 4Z4XA 5OZUA 3SPKA 3UF3A 4QJ6A 3TKWA 4QJ7A 5P75A 2V12C 3UQXA 2Q54A 1GKTA 4Y5GA 5P4FA 1ENTE 1RQ9A 4LXKA 4YD5A 2NXDA 6FIVA 5P8QA 2HS2A 1LS5A 4YBFA 5AH7A 3QBHA 5P1FA 4HZTA 4H3GA 1B5FA 3IGBA 3WB5A 5P01A 4Y3QA 4RYGA 1AVFA 5OYTA 2ZJIA 3I2LA 5P3XA 2XYFA 4L7GA 5P0PA 5P7DA 2G1OA 1EPME 3TNEA 3PMUA 1SDUA 5HCOA 4OD9B 2R8NA 3O9IA 4GJ5A 5P23A 3ZL7A 4DJVA 5P3HA 3BGCA 2QZXA 2BPYA 5P7SA 4ZSMA 5FIVA 1VIJA 3QBFA 3O9HA 1BBSA 5P3CA 5P13A 2O40A 5HDZA 4CKUA 4Z50A 4FSEA 5P1WA 3OOTA 1W5WA 4DJPA 4FGXA 3HAWA 2O4NA 1SIVA 2CEMA 5HD0A 3ECGA 5P7BA 3DUYA 1SBGA 2FXEA 1EBWA 4OC6A 3FX5A 4CPSA 1J71A 5P1GA 1ODYA 3IXJA 1QBTA 5OZEA 2P3BA 3HAUA 3EL0A 2I4XA 4Y4DA 4PZWA 3IXKA 5P54A 2CENA 2J9KA 1WBKA 5P6LA 2P4JA 5OZSA 3ZKNA 4YCTA 5P4LA 5P6XA 4GB2A 5P40A 2AVOA 1FIVA 5P2VA 1A8GA 1F34A 4ZPEA 3O9CA 5P4ZA 2I4QA 4DJRA 5P1BA 1AZ5A 4Y3MA 2PWRA 5P4UA 4Y47A 4LP9A 5P4JA 3OGPA 1EC3A 3MWSA 2WL0A 2HM1A 2HPEA 4Y5MA 3UCBA 2QHZA 4EXGA 3UDRA 5DR4A 5KOSA 5P6JA 1BAIA 3NXEA 5P25A 3QRVA 5P0DA 4E43A 1HVKA 4HDBA 4I12A 1FKNA 4JPCA 3OUBA 4Q5MA 1Z8CA 4KUPA 3LPIA 1SDVA 2G27A 2I1AA 4J0ZA 2ZE1A 5P26A 3T3CA 4WY6A 5OYZA 2QMPA 3KT5A 5P86A 3OHHA 1ZTZA 5P35A 4FRSA 3UQPA 5P7KA 4Y4EA 2FGVA 3OOZA 1APTE 3BVAA 4EJLA 2Q55A 5P83A 1XN3A 4K4QA 1YT9A 4Y3DA 3KMXA 5P61A 5P5EA 5P77A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJK A;  4FIV A;  3WZ7 A;  5P8U A;  3OUA A;  5UPJ A;  2QD6 A;  3JVY A;  3MSL A;  5P6R A;  3NDU A;  1ODX A;  3HBO A;  1F7A A;  3S45 A;  4XX4 A;  5P0X A;  4D85 A;  3OUD A;  4MC1 A;  5P3A A;  5P8B A;  3UQR A;  5P28 A;  2FGU A;  3VV7 A;  4CPX A;  2FMB A;  1SMR A;  5P7H A;  2QU2 A;  5P8S A;  1FMU A;  5P6B A;  3HZC A;  1HOS A;  3EKQ A;  5P00 A;  4R8Y A;  5P33 A;  3TOF A;  3RU1 A;  3D1X A;  5P4X A;  4GJD A;  3SQF A;  2HB2 A;  4B72 A;  1HEF E;  1HPS A;  1T7I A;  2O4P A;  1HSH A;  5P5X A;  4Y4J A;  1IZE A;  4Y5K A;  3U6A A;  2JE4 A;  2WEB A;  4Y4X A;  4RRN A;  1BIM A;  3WSJ A;  5P2F A;  2AZ8 A;  4K4P A;  3UTL A;  4NJT A;  4BFB A;  5P4M A;  2AVQ A;  4GID A;  1K6C A;  3VCM A;  1EBK C;  4Y51 A;  4D89 A;  2QI6 A;  3SA7 A;  3LZU A;  3TTP A;  2SAM A;  5IVR A;  5P8D A;  3KYR A;  5ISJ A;  5P6E A;  5OYW A;  4LBT A;  1AJV A;  2NXL A;  3MSJ A;  5P3R A;  3ZKX A;  1EC1 A;  1MVP A;  3T7X A;  4H1E A;  4J55 A;  2PYN A;  3MXD A;  5P0F A;  5P5K A;  4CPQ A;  5OZH A;  3OQ7 A;  3SLZ A;  1QS8 A;  4Y3W A;  4DQH A;  4X7I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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