3IGBA

Bace-1 with compound 3
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
388
structure length
369
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Aminoimidazoles as potent and selective human beta-secretase (BACE1) inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 100
structure length 369
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3igbA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3igbA02
5P8EA 2A1EA 3I2LA 4X7IA 5P8RA 1NPAA 1PSOE 5P0CA 3OUAA 3K5GA 3PWMA 4ER1E 5IVTA 5P2QA 1BDRA 1T7KA 4COEA 1EPOE 3EL4A 1BWBA 1HVIA 5P3BA 1PROA 5P06A 3DOXA 2PMAA 1HVLA 3CYXA 4U7VA 5P1DA 5P6RA 1OD1A 5P45A 3UQUA 4LXAA 2JJJA 1TCWA 3VG1A 3WZ6A 2VNMA 5P5AA 3OUCA 2P3DA 5I3XA 3RSXA 5P42A 4PHVA 5P2RA 4GJ9A 4GJDA 5P8DA 3KFNA 5P8GA 5P01A 4Y36A 4L6BA 3DV1A 4PZWA 3UHLA 2I1AA 4YE3A 1META 3OOTA 4UPJA 4Y3JA 3EKPA 1SDTA 4Y3FA 5P4QA 3SA8A 1HXBA 1APVE 2ZHUA 5DR7A 3SKFA 4APRE 5P70A 1EPME 4QLHA 1AIDA 5DQCA 4GJCA 4Y4EA 1FG6C 3ECGA 3TPPA 3O9GA 1IZEA 4L1AB 3LZYA 1K6VA 4ZPFA 3UDHA 4JPCA 1KJGA 3OQFA 4GMIA 1HBVA 5P2XA 1ZP8A 2HB4A 4RYCA 2WF1A 3EKWA 1QBSA 5P6TA 4Y3MA 1FB7A 5P34A 2Q3KA 5P82A 5OZKA 1AM5A 2QI7A 5P3LA 3BVAA 5HCTA 4JECA 4Y5KA 5P0YA 3KFPA 3EMYA 1IDBA 4H1EA 3RTNA 3URIA 2Q11A 5P4OA 3H0BA 5P5FA 2VIZA 2HS1A 5P59A 5CLMA 5P5BA 5P5SA 5P3OA 3I6OA 5F00A 5P1QA 1T6EX 5OZ2A 5C9FA 5KQYA 1ZTZA 3PCWA 3JW2A 3M9FA 4FAFA 5HE4A 3Q4BA 4QJ8A 5P0BA 5P6EA 2WJOA 4CPRA 2PSVA 4L7GA 5DQ4A 1GVVA 4Y48A 2Z4OA 1XN3A 5P6UA 4M8YA 3KDDA 5P2HA 4Y4ZA 5P30A 3L58A 5P1ZA 4JP9A 3BC4A 4OBDA 1EPNE 3LIQA 4KE1A 1G0VA 4I12A 5OYWA 3S2OA 5P5RA 3IA9A 1BV7A 5P60A 5P0RA 4BELA 4YHQA 2OHQA 5ISJA 1FFFC 2EWYA 1HIIA 4TRWA 1LF3A 4NJVA 5P68A 5HE5A 5P85A 2IKUA 1BV9A 5P89A 4YCKA 1QBRA 5P7OA 1QS8A 5P6IA 3CKTA 5OZJA 3SO9A 1FQ4A 4J54A 3H5BA 3RU1A 1GVWA 1G35A 2NPHA 4CP7A 5P63A 1LZQA 2P4JA 3QRVA 5P2ZA 5P08A 3RTHA 2B8LA 1TCXA 4EJKA 2AOIA 5JFPA 1MRXA 4QJ6A 1LF2A 4I0HA 5P47A 4AA9A 5P7IA 2AZCA 2NXLA 4WY1A 5P1YA 5P7CA 1HPXA 5P4AA 4F76A 4RLDA 4OBFA 3APRE 3TPRA 5P48A 2V0ZC 1OEXA 1RV7A 4D88A 1AJVA 3JVWA 4B0QA 5AHAA 4Y3ZA 5P4GA 4ACUA 2XYFA 2VIJA 4B1CA 3ZKXA 1M4HA 4ZSQA 5P8PA 2AOCA 3NR6A 3I7EA 2UXZA 5P7DA 5SZ9A 4HDFA 2I4DA 2RMPA 2BB9A 3OADA 3OU4B 5P6NA 5P52A 2P83A 5P5LA 4Y5BA 1AJXA 4CMSA 6APRE 1FMBA 5JFUA 4YD6A 5P4DA 4R92A 1B6JA 3SFCA 3VV6A 4Y56A 1ENTE 1MERA 3EL5A 3R2FA 4DQFA 4Y43A 3VCMA 5IS4A 4ACXA 5P19A 4LP9A 2O4PA 5P2VA 1UPJA 2QMPA 1BBSA 4ER2E 1EBYA 5T4SA 5P3WA 2P3CA 3Q6YA 3Q70A 5P5YA 4GJ7A 3VFAA 3ZKSA 4HDBA 3LIXA 1HIVA 1EPLE 5HU0A 5AHBA 3KMYA 4DQBA 5C9DA 1VIJA 2QNQA 3VV8A 4Y51A 2QMGA 4XKXA 3BUHA 1PSAA 2OF0A 5HDZA 5P6MA 2FGUA 1D4LA 2OHSA 5P4XA 1LS5A 3OUDA 3HAUA 3LZVA 3L59A 2FS4A 4Y3PA 4I8ZA 4R91A 2AIDA 4Y4DA 1HEGE 3ER3E 3SAAA 3LNKA 4I0ZA 3ZKGA 3NXEA 1APWE 1GNOA 5P8UA 1SGZA 3D20A 2AVVA 4PPHA 5P8IA 5BRYA 3MXEA 3OTYA 5P28A 4Y50A 1BDLA 5P51A 1KZKA 2RENA 3OHHA 3SA4A 3HW1A 5P39A 4Z2ZA 5IVSA 5P8CA 2FLEA 5P5PA 4K8SA 5P32A 1J71A 1FFIC 2AQUA 1VIKA 3T3CA 4FRKA 2FMBA 1A30A 2QI0A 4B00A 3KDBA 3GGAA 4H3JA 5P76A 5P6WA 4Y39A 5KOQA 4J1IA 2BPVA 3BGCA 2QK5A 1SDVA 3VYDA 3HDKA 5KR8A 5P44A 3PI5A 3D3TA 1NSOA 4GJBA 1HPOA 2ZJJA 2OHKA 4J17A 3DJKA 1HTFA 3IVIA 3PSUA 2NTRA 2V11C 3CYWA 2FNTA 2IENA 5P0NA 3TNEA 3NU6A 5P4IA 5OZEA 3S53A 5OZGA 1XDHA 3BRAA 1Q9PA 4I8WA 1PSNA 3OWNA 4K9HA 3R4BA 4K4QA 2WF4A 3CICA 4J1EA 1FEJC 1G6LA 4U7QA 5P5DA 3S7LA 5P3PA 5OZYA 3NUOA 1HTRB 5P2LA 4ZPEA 4I0JA 2WEDA 3BUGA 5OZLA 4Y58A 5OZ7A 2VS2A 2B8VA 4AUCA 3OXVA 3FSMA 2QU2A 1LYWA 1WBKA 5P6OA 4HEGA 4JOOA 1Z1RA 2PQZA 3OTSA 3WB4A 3OQAA 5P55A 2FNSA 4U8WA 2HM1A 3UDRA 2H6SA 2NXDA 3UCBA 3NU4A 5KR1A 4J1HA 2WEBA 4Y3RA 3VLBA 4Y3QA 4YCTA 1QBUA 2AVMA 3TTPA 3R0WA 1CPIA 5P10A 5HDVA 4ZSPA 5P58A 4OBGA 1EAGA 4Y9WA 2HPFA 5DQ2A 3IXKA 5P35A 5P62A 2HPEA 1MSMA 4Y3HA 1MT7A 4EWOA 1K2BA 5P81A 3LHGA 3K5CA 4Y4TA 4WY6A 4OD9B 2APRA 2VIYA 4YD3A 3FIVA 2B60A 2QMDA 5AGZA 5P0IA 5ISKA 3NUJA 5OZ4A 5P24A 1BVEA 3DK1A 4DQGA 3OUBA 4FM8A 2IQGA 2IL2A 5OZTA 1LEEA 5P7FA 1D4IA 2F3EA 5P3KA 5P7AA 1YM4A 4QJ9A 3UQXA 2NR6A 1FF0C 4GJ8A 3ZPUA 4Y3GA 5P7RA 2BKTA 1YTHA 3EKVA 4RCEA 5P50A 3OU1A 5AH8A 5DPZA 2QAKA 3VUCA 2QNNA 3MSKA 1HVKA 5P8MA 2OHPA 3FNTA 5P00A 1IDAA 3IGBA 4D83A 4B1DA 5P64A 1EC0A 2FGVA 5P61A 1D4KA 4DJOA 5P2TA 2QI1A 5P3YA 5P2DA 1AAQA 4YCYA 5P6FA 1IZHA 3PBZA 3D1YA 5P1RA 1XN2A 2V00A 5OZSA 4Y3XA 1XL5A 5IE1A 4CPSA 4CPXA 5P0WA 3K4VA 2ZHVA 3UDQA 4DFGA 1LYBA 2BQVA 5P0GA 5DR3A 5P3FA 1F34A 4RZ1A 3LIZA 2AODA 5P6BA 3PSGA 4Y4JA 5P5OA 4DV9A 3WZ7A 5OZ6A 4Y4AA 4Y3EA 1ER8E 5P5CA 5HDUA 2V13A 1EBKC 5P23A 5P3ZA 3QRSA 3KMXA 4FAEA 3UQPA 1EEDP 1ZLFA 3EXOA 2J9KA 5P1JA 5BS4A 3K5FA 4DQCA 5IVQA 5OYXA 3G70A 4KB9A 5P5JA 5DR4A 3URLA 2VIEA 2XFKA 1B6KA 3A2OA 2ASIA 4EJDA 3EKTA 3O9FA 2FIVA 4FRJA 3SA6A 4Q1XA 1SP5A 3UDJA 2F3FA 3VLAA 2OHLA 3DM6A 4Y47A 2HC0A 3T11A 5P74A 3SABA 4PZXA 4OC6A 5P4EA 4Y3SA 4H3FA 3TKWA 5OZRA 1D4HA 4NPTA 4FGXA 5P69A 5P33A 2IRZA 2G21A 5P1IA 5P1MA 5P02A 4I11A 5P7BA 5P2YA 4BEKA 4HDPA 5P7GA 2B42A 1BAIA 1PPKE 5P17A 5P4VA 3SA3A 4EYRA 1HPSA 1UH8A 2R3TA 4Z22A 4L7JA 4Y4BA 4APEA 5P8AA 4B1EA 5P79A 3INFA 2WF3A 1B5FA 2OHMA 2UY0A 3MWSA 2I4XA 4CKUA 2ZDZA 3O9CA 4Y3YA 1YM2A 5P0XA 3EL1A 4Y5LA 4Y38A 1MEUA 5P0AA 3SQFA 3O9LA 4ZE6A 1CMSA 2V12C 5JG1A 5OZUA 3EKYA 1W5WA 3OHFA 4ER4E 5UPJA 1E80E 4Y54A 5P6ZA 3UDPA 5ENKA 3B7VA 4Y5NA 5P26A 5P5HA 2ER7E 4QJ7A 2BPXA 1HHPA 2HS2A 4RVXA 3QBFA 4Y3LA 5P7ZA 1HVJA 1MTRA 1PPLE 2PK5A 1FMUA 3OAGA 4AA8A 3SPKA 4A6BA 2IKOA 5P1WA 2QHYA 2NNKA 3O99A 1XS7D 5P3RA 2P8HA 4DH6A 3GW5A 4OBKA 5P13A 3NDTA 4Y57A 1ZBGA 4MC6A 5OYQA 4H3GA 4NKKA 5P4UA 3IAWA 5P57A 3DV5A 1YX9A 3L5DA 2ZJKA 4GJ6A 4OBJA 1HPVA 3KN0A 5P71A 3ZOVA 5P2EA 5P0TA 5P67A 2ZYEA 2AVSA 1RQ9A 5P1KA 5OZ3A 5OZCA 4GIDA 3T6IA 4L7HA 1HTGA 1W5YA 5OZPA 3NWQA 1MESA 5P8JA 3CMSA 1EPQE 5P6LA 1GVUA 3NXNA 5P3XA 4FSEA 1C6ZA 4FL8A 5J25A 1FKNA 1TQFA 5HDXA 4QGIA 5P1VA 5P3CA 3SLZA 3UDNA 3TPLA 1FIVA 4HLAA 5OYSA 3OADB 5P6YA 4DVFA 3I8WA 1ZAPA 2IS0A 1XL2A 5P7QA 5P2AA 2VJ9A 3PJ6A 3NLSA 1FGCC 4B72A 3B80A 1LYAA 5P4LA 3QAAA 3L5FA 2FDEA 1IVQA 3I25A 5P7UA 4PYVA 4J1KA 5DR8A 3EC0A 1DAZC 3S43A 4BFDA 6UPJA 4TVHA 4D8CA 5P2GA 3PMYA 4LXMA 3EKQA 4KUPA 5OZ1A 5P4WA 3SM1A 3EL9A 2I0AA 3BVBA 3OK9A 2V16C 4RVJA 4Y5CA 3K1WA 2A4FA 3U71A 5P0SA 1CZIE 2P3BA 3PLLA 3O9BA 5P84A 4LL3A 1PPME 5P46A 1EC2A 3VSWA 4R5NA 5OYTA 5P12A 2QU3A 5I3WA 5P38A 5HTZA 3ST5A 5P8NA 4DI2A 4RVIA 5P73A 3OUDB 4LAPA 2JYSA 1WKRA 3HVGA 5P5GA 5KQXA 2ER9E 2OHNA 5AH9A 2I4QA 5P0JA 3JVYA 5P2NA 3OXXA 1FQ6A 4EPJA 5P3SA 5P3VA 5I70A 3EKXA 1GKTA 3HVPA 4EXGA 4Y4GA 5OZBA 1DPJA 5I3YA 3QIHA 2H6TA 1T7JA 5P6XA 2R3WA 3VF3A 2PWRA 4MC1A 5P5EA 4M8XA 2QI4A 4DQHA 2G1NA 4DJRA 1HVCA 1HEFE 2R5PA 3C9XA 2QZLA 1QDMA 2R43A 2O4NA 5P05A 5P2SA 3FKTA 2BPZA 2FDPA 3VEUA 5P7KA 5B18A 1BILA 5F01A 1MUIA 5HE7A 2PYMA 2ZHRA 5E5JA 1EPRE 1SIPA 3GGUA 1BDQA 4MC9A 3QRMA 3G72A 1IZIA 5P4FA 5P83A 1RNEA 2QI3A 3LITA 3O9DA 5P4YA 5TOLA 1TSUA 1IBQA 3NYGA 5P7NA 5APRE 1EBWA 4EQ0A 4ZSMA 5KR0A 1NPVA 2WEZA 3N4LA 5P3AA 3CKRA 5P25A 1MPPA 2G69A 2OAHA 3T7PA 4D85A 2PYNA 4DJXA 2G1RA 4R95A 5OZFA 1W50A 2I0DA 1Z1HA 3Q5HA 3UFLA 3GGVA 3CKPA 1BXOA 1NH0A 1F7AA 1ZJ7A 3UQWA 1LYWB 4EJ8A 3AIDA 3QPJA 3GGXA 5DGWA 5P6VA 2R5QA 4RRNA 4ZPGA 5JODA 5P8LA 5P54A 5P4CA 3ZKQA 4I0DA 1HVHA 3R1GB 1DMPA 1FLHA 5P22A 1LV1A 2AZ9A 3ZKNA 2NMYA 3S56A 4I10A 5COPA 4YD4A 5P2UA 3NSHA 3GI0A 5P03A 5P3DA 2QD7A 5PEPA 4DQEA 3AUPA 4EQJA 3TKGA 4CPQA 5P36A 5P5VA 3CIDA 5P2BA 4YDFA 4NPUA 2PK6A 5P1TA 5P0FA 2G1YA 1K1TA 1ZSFA 3PWWA 4EHCA 3S85A 3PM4A 5P6PA 3O9EA 5P5TA 1TW7A 3PHVA 3LPIA 4XXSA 3KFRA 4XX4A 5AH6A 4TVGA 1D4YA 2G24A 2RKGA 3O9IA 3PBDA 2G22A 2G26A 2RSPA 5KOSA 5P5UA 4Z50A 3TOGA 1APTE 1MT9A 3INEA 5P2OA 3O9HA 1IIQA 4ZLSA 4YOBA 1RPIA 5P0UA 2J9JA 4YA8A 1W5XA 3INDA 3KM4A 3SA9A 5P6DA 3T7QA 3OXCA 3PSYA 1XE5A 3U6AA 5P7SA 2MIPA 4YD5A 2Q15A 5P6HA 1LYBB 1FQ5A 5P8QA 5P7JA 4HZTA 3LIVA 1HRNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8E A;  2A1E A;  3I2L A;  4X7I A;  5P8R A;  1NPA A;  1PSO E;  5P0C A;  3OUA A;  3K5G A;  3PWM A;  4ER1 E;  5IVT A;  5P2Q A;  1BDR A;  1T7K A;  4COE A;  1EPO E;  3EL4 A;  1BWB A;  1HVI A;  5P3B A;  1PRO A;  5P06 A;  3DOX A;  2PMA A;  1HVL A;  3CYX A;  4U7V A;  5P1D A;  5P6R A;  1OD1 A;  5P45 A;  3UQU A;  4LXA A;  2JJJ A;  1TCW A;  3VG1 A;  3WZ6 A;  2VNM A;  5P5A A;  3OUC A;  2P3D A;  5I3X A;  3RSX A;  5P42 A;  4PHV A;  5P2R A;  4GJ9 A;  4GJD A;  5P8D A;  3KFN A;  5P8G A;  5P01 A;  4Y36 A;  4L6B A;  3DV1 A;  4PZW A;  3UHL A;  2I1A A;  4YE3 A;  1MET A;  3OOT A;  4UPJ A;  4Y3J A;  3EKP A;  1SDT A;  4Y3F A;  5P4Q A;  3SA8 A;  1HXB A;  1APV E;  2ZHU A;  5DR7 A;  3SKF A;  4APR E;  5P70 A;  1EPM E;  4QLH A;  1AID A;  5DQC A;  4GJC A;  4Y4E A;  1FG6 C;  3ECG A;  3TPP A;  3O9G A;  1IZE A;  4L1A B;  3LZY A;  1K6V A;  4ZPF A;  3UDH A;  4JPC A;  1KJG A;  3OQF A;  4GMI A;  1HBV A;  5P2X A;  1ZP8 A;  2HB4 A;  4RYC A;  2WF1 A;  3EKW A;  1QBS A;  5P6T A;  4Y3M A;  1FB7 A;  5P34 A;  2Q3K A;  5P82 A;  5OZK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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