3INDA

Bace1 with the aminohydantoin compound 29
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
389
structure length
370
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design and synthesis of 5,5'-disubstituted aminohydantoins as potent and selective human beta-secretase (BACE1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 96
structure length 370
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3indA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3indA02
1K6PA 1OEWA 5CLMA 5DR0A 2WEDA 2P83A 2O40A 3MSLA 4Q1NA 1HRNA 3U7SA 5OYZA 1TCXA 5P07A 5P22A 5P2OA 5DQ5A 5P3CA 3S53A 3K4VA 3OAGB 3ZPSA 2I1AA 2ZGAA 1BAIA 5P7TA 3DV1A 4LXAA 5HVPA 4BFBA 5P01A 1IZIA 4B77A 5P6NA 4ZLSA 2AOGA 3TOHA 3HDKA 1SMRA 3UQRA 3EKXA 7UPJA 5OZJA 2O4NA 3HAWA 5OZGA 5OYWA 4Y4AA 4Y4BA 5P7DA 1MPPA 1VIJA 2HM1A 3SA9A 4AZYA 2QZWA 1B11A 1LEEA 4YCYA 4RVIA 3SA3A 3NU3A 4Y54A 5OZPA 3NXNA 3LHGA 6UPJA 3L5CA 1MESA 5P2CA 4A6CA 1ZLFA 1B6PA 3L5DA 4ZSMA 4NJTA 3NU4A 5P4RA 4APEA 2G1SA 5P8AA 3EKYA 5OYSA 1ODWA 5P7WA 4M8YA 3LIQA 5P3ZA 4AUCA 3SPKA 2QI1A 2OHRA 2IKOA 4D89A 4HDFA 5P0SA 5P24A 5P63A 1YG9A 4Y58A 5P6VA 3TOFA 1M4HA 3OUBA 5P1BA 3S2OA 2VNNA 4Y57A 4CMSA 1DP5A 2OHLA 2A1EA 4QGIA 1T7JA 4YBIA 3F9QA 3IVHA 5HE4A 1FGCC 1W6HA 1HBVA 2Q64A 5P8VA 4GJ8A 4B1EA 3PMUA 5P3BA 4F74A 3GW5A 4I0IA 1BV9A 4OBHA 2G21A 1NH0A 4N00A 3QRSA 4FE6A 2WJOA 3QVCA 3SM2A 5P0IA 4YOAA 3PI5A 3SA7A 5P53A 2FMBA 3O9CA 3RTNA 3DUYA 2IQGA 2BPVA 2FGUA 2G24A 5HDZA 5P1NA 2JE4A 4DFGA 3QAAA 4Q1YA 3VF5A 5P6UA 2O4PA 5P77A 3K4VC 1QBTA 4J5JA 1BILA 5P0UA 5P0QA 4GJBA 1FKNA 3ZKMA 3DCKA 2QNNA 5P4UA 2H6SA 4ER4E 3PEPA 3T7PA 5P6CA 3UCBA 3SA5A 3LZYA 3I8WA 3OQAA 3L5FA 3SACA 5P6ZA 3OWNA 4FS4A 5P40A 2ZDZA 4A6BA 5P3IA 5P8EA 5P5QA 4WTUA 5P71A 3INEA 5P1LA 5P8SA 2VKMA 3UQWA 1B6JA 1HPSA 1IVQA 1ZSRA 5P48A 3ZKXA 4J0TA 3NDXA 4Y5KA 4GZFA 2OHNA 3D20A 5P74A 3KMYA 4JOOA 3BC4A 5AH6A 1FMBA 5OZ2A 2QMDA 1SDUA 2VJ9A 3ZL7A 5P55A 4EPJA 3KT5A 1G2KA 2BPXA 3O9IA 1UH9A 3EL0A 5COOA 4HDBA 3RVIA 4OBZA 3JW2A 5P0FA 2WKZA 3NU5A 6APRE 4YD5A 5P3MA 4ACXA 3PGIA 3TKWA 2ZHVA 5P7SA 4EXGA 1ZAPA 4R5NA 3ZMGA 5P3FA 4Y3RA 4E43A 4EYRA 3OU1A 1BWBA 1ZPAA 3FKTA 1T3RA 5P8NA 1HIIA 4DQGA 2VA5A 2APRA 4B00A 2I4DA 4Y5PA 4I0JA 2IS0A 1META 5P1KA 5P8TA 5OYQA 3OQFA 4Y3FA 1K6CA 1KJHA 4OD9B 4Y4UA 4L7JA 4PPHA 3UHLA 4AMTA 5HU1A 1K6TA 2NXMA 3BUFA 5P67A 3NU9A 5I70A 1ZJ7A 3RU1A 3EM3A 5OZNA 3RSXA 5P13A 3UTLA 2P3BA 5OZCA 5P4IA 2J9JB 4EP3A 1D4IA 1BIMA 3VYDA 1PPLE 4CPQA 4FL8A 1G0VA 1MIQA 5DR1A 4Z50A 1PSNA 2BJUA 2UY0A 3MSJA 1TSUA 3PWMA 1M43A 1LYBB 4LBTA 2G1RA 5SZ9A 1U8GA 4COEA 1D4HA 4BEKA 4RGHA 2I0AA 1LS5A 2FIVA 2WF1A 3EM6A 1SH9A 3T6IA 3SO9A 4TRWA 5P0HA 3I6OA 1APVE 3RTMA 5P64A 1LV1A 5SXNA 2HB4A 5P3QA 2V16C 3OUCA 3ZKIA 4QLHA 2AZ8A 4Y3JA 5P3VA 2AODA 5P6QA 4F76A 5IE1A 3CMSA 3L58A 1GVVA 1IDAA 2R38A 1ODYA 5OZDA 5P6AA 1MTRA 1ZSFA 3TPLA 5HU0A 4Y3SA 5HCTA 1IZDA 1W5XA 4EXHA 4R92A 5P6PA 5JFUA 2QHCA 3O9DA 1EBZA 2AOFA 2QU2A 2OHTA 3RSVA 1T7KA 2WHHA 1ER8E 2XFJA 2PWRA 5P4MA 2PK6A 4B05A 1AJXA 1MT9A 5P19A 5P2UA 3A2OA 1AM5A 3AIDA 1FB7A 5P5CA 5P54A 5P6FA 4R93A 2V11C 3SA4A 3CICA 4RRSA 1QBRA 3JVYA 5I3YA 3PRSA 3PWRA 3NLSA 3OTYA 3EKQA 5P0CA 4UPJA 5DR4A 2HB2A 3VF7A 4FGXA 3K5DA 5P3HA 3EKPA 2R3TA 5AHCA 3UDPA 5OZSA 1B6KA 5P0DA 3IAWA 5OZMA 5P1DA 1W5VA 2OAHA 4J1HA 5P35A 3PM4A 3O9EA 5IVTA 5P3PA 4LAPA 5B18A 2Q63A 5P6GA 5TOLA 4Y3QA 5P0NA 5P8BA 3UDKA 3UDJA 1HXWA 4Y4JA 5P5TA 5P4FA 3ZPUA 1HVKA 2HB3A 5OZLA 4MC2A 4RVXA 2ER6E 1CZIE 1XE5A 5OZ3A 5P3LA 1PSAA 3D1YA 3UDHA 3QI1A 5P47A 4OBKA 3S7LA 4D83A 5P11A 4GJCA 1ZBGA 3I25A 4FRSA 4TVHA 4Y5CA 5OZUA 4CPSA 2NNKA 2QI7A 5P1OA 1FFIC 2ASIA 1SBGA 5P27A 5P30A 1EC0A 2ZJLA 3GI6A 5P1ZA 1NPVA 2G20A 1MEUA 1BXQA 4Y3AA 3SA8A 1BDLA 3PSUA 3R0WA 5AH7A 5BS4A 4Y9WA 3N3IA 1QBUA 3GI5A 5P4JA 3N4LA 5KAOA 5P0TA 4K4PA 5P52A 5P8KA 2FS4A 5P2EA 5P05A 1EPQE 2ZHRA 4OBJA 1RNEA 5P5EA 5P3NA 3SFCA 3APRE 3UDMA 3NWQA 3VV8A 1TQFA 3PWWA 1UH7A 3WB4A 5P4QA 4DJQA 1AJVA 1HSGA 3DM6A 5OZTA 5OZ8A 5P28A 4GJ6A 2AOIA 4JPEA 2HC0A 5P5LA 2P3CA 1HVSA 2Q55A 1MTBA 5P5GA 4Y36A 3OXCA 4DJYA 3TL9A 4PYVA 5P7JA 5P1AA 5P70A 1FEJC 1HTFA 2XYFA 1B5FA 3GGVA 3QP0A 2IGXA 4DJUA 3VUCA 3QS1A 4HA5A 4YD4A 2PK5A 2G1YA 2BB9A 1HVRA 3UFNA 1DMPA 4I1CA 4GJ5A 5E5JA 2MIPA 1EBKC 2R9BA 4RYGA 1Z1HA 3Q5HA 1SGZA 1XN2A 4D8CA 1FG6C 4Y3YA 4DQCA 3BGBA 4XXSA 5P89A 4RVJA 4LXMA 4Y5EA 5ENMA 1G35A 2WF2A 5OYYA 4F75A 4LXKA 4ER1E 3SKGA 4B0QA 3KDBA 1MERA 4Y4WA 4GJDA 3URLA 3OQKA 5P31A 2FDEA 1KJFA 1MSMA 4OBFA 3VLBA 3TTPA 5P4BA 4Z2ZA 4OBGA 5P4VA 5OZIA 4AA9A 2VJ7A 4D85A 2Q3KA 2JJJA 1Z1RA 2RSPA 4J55A 2PH6A 5JG1A 3OQDA 4Y6MA 3PSGA 2XFKA 5E5KA 3OGQA 3QIHA 2IL2A 3QN8A 3FIVA 1QBSA 1C70A 3D91A 5OZ6A 2AOJA 2IENA 3LIXA 5P32A 4B1CA 3D1XA 5PEPA 2G69A 5SY3A 5ENKA 5DR3A 5P4DA 1PPKE 4Y50A 5APRE 5P8DA 5P7MA 5P3EA 5P80A 4TVGA 1DW6C 5C9FA 3IXOA 2WF4A 3QVIA 3NUJA 5P10A 4TRZA 5P59A 5P1EA 5P76A 1PPME 1E82E 1TCWA 3OOZA 3TNEA 3EMYA 4RZ1A 5DQ2A 5HCOA 3PB5A 1D4LA 4OBZB 1N49A 5P8IA 2QD6A 2FNSA 4I0DA 2QI4A 4Y37A 3S85A 3CKRA 3D1ZA 4YCKA 5P0MA 2VIEA 3DJKA 5P6EA 5P56A 5P6LA 1HPOA 1K1UA 5P2LA 4H3IA 3S54A 1HSHA 1BVGA 3FV3A 1EPRE 2AVSA 4S1GA 3GGAA 4U7QA 4K4QA 2AOEA 5P4TA 3INDA 1VIKA 5P7RA 4Y44A 5P03A 3UQUA 3LIZA 3OUDA 4J54A 2I4XA 3KFRA 3QBHA 4Y38A 3S56A 5P1PA 5P7UA 5P8CA 2ER9E 2Q54A 4RRNA 5BRYA 3HW1A 5P7XA 5P4GA 1T6EX 3OADA 1GVUA 4DJOA 3BHEA 3EL9A 5AH8A 2R5PA 1J71A 4M8XA 5P4SA 5P16A 2PSUA 3SABA 5P4EA 5ER2E 2P3BB 5P7BA 5P5UA 2AIDA 2NR6A 4X7IA 5OZRA 4H3JA 2AQUA 2UXZA 5P82A 3ZKNA 4GJ9A 4QJ2A 5F00A 2EWYA 1GNOA 2NTRA 1W51A 4H3FA 2JJIA 3H0BA 5P1TA 5P2BA 5P6DA 1D4YA 5P36A 4DJXA 1T6GA 5P62A 4KE1A 4DVFA 1A30A 4Y56A 3M9FA 3OK9A 4ZPGA 4PZWA 1HIHA 4R91A 5P78A 2VJ6A 4L1AA 1FQ4A 4KE0A 3BRAA 3GGUA 4JPCA 5OZ5A 4QJ9A 5P5SA 3URIA 5P6TA 4AA8A 2QHYA 5P58A 4ACUA 5P3WA 4EQJA 5P7GA 5KR2A 3SAAA 4Y4ZA 5IVSA 2PYNA 5JFPA 4I0FA 5P3TA 1BDQA 4HEGA 5P2MA 3UFLA 2F3EA 4Y45A 3NWXA 1E81E 5P5VA 5P8JA 5P0XA 3LNKA 3BVBA 5P50A 4MC6A 3L3AA 4F73A 3VF3A 1RV7A 2QNPA 2ZHUA 4Q1WA 5P2SA 5DGWA 5HE7A 3QRVA 1APTE 3JVWA 5OYXA 5OZAA 4U8WA 5DQ4A 3I7EA 3R0YA 3KDDA 3SQFA 2QCIA 1XN3A 4Y53A 4LP9A 4Y5LA 5P6WA 3EKVA 3HAUA 5P81A 2PC0A 4Y5BA 5FIVA 2FNTA 1EC3A 4Y3LA 3SLZA 4ZPFA 3AUPA 3BGCA 5P1RA 5P1FA 3NU6A 1BV7A 2G26A 3EKTA 2OHUA 5P1VA 4L7GA 2VIJA 1YTGA 4J1KA 4PHVA 4CPUA 1EPLE 5P49A 5P6HA 3NDUA 4DJRA 1FQXA 1T7IA 3NUOA 3PLLA 3CKPA 1HTRB 5OZEA 2IKUA 5P8OA 5DPZA 5P6RA 4DPFA 3IXKA 2VA6A 1HVHA 3WB5A 7HVPA 4RCFA 4Y4GA 2JXRA 5DQ1A 3FSMA 2IRZA 3VSWA 5IS4A 3DOXA 2OF0A 5P2DA 5P7CA 1CMSA 5P41A 4WY1A 5P66A 3VYFA 5BWYA 5OZ9A 2Q5KA 4Y41A 4MC1A 4DJPA 3LIVA 6FIVA 1EBWA 2VA7A 5P5HA 4YD6A 2QU3A 4HDPA 4Y3HA 5P1QA 3DV5A 4ZE6A 3OGPA 3LZSA 5P5YA 1LYWA 3U71A 5P1JA 3CYWA 1BWAA 1HVJA 1MT8A 1YX9A 4KB9A 5P45A 5P5PA 5P5FA 4LL3A 5P4AA 1APWE 4B1DA 5HDVA 1EPME 4Y51A 2J9KA 5P3DA 3VCMA 5P65A 4YD7A 1LYAA 5P1WA 3HVPA 4ZSQA 3SA6A 3OXXA 1A8KA 1C6XA 5OZ7A 5P4XA 4Y3XA 5P8HA 5P6IA 4EJDA 3LINA 4HE9A 5P61A 5P5DA 3Q70A 4EQ0A 1YM4A 5HDXA 5P3SA 1DPJA 1XDHA 5P79A 5OZYA 4K9HA 5P2ZA 5KQZA 4J0PA 4PEPA 2I4VA 4BELA 4QJ7A 2G94A 3OHFA 3PBDA 5HE5A 5ER1E 4YDGA 1BXOA 1W5WA 2IGYA 1DIFA 1K1TA 4X2LA 4Y4DA 1B6LA 1FMUA 4QJ6A 1Z8CA 5P2WA 1YT9A 4GJ7A 5DR8A 2PYMA 5P2JA 5P4HA 4H1EA 5P2HA 3ZPTA 3OXVA 2QZKA 3T7QA 3BUHA 5P7EA 5IVRA 5OYUA 1LF3A 5P4WA 1HVLA 2FXEA 4Y35A 4RCEA 4ZSRA 2ZE1A 3S8IA 1SMEA 3EL1A 4I8ZA 5OZKA 4XX4A 1B5FB 2BPZA 4DJWA 4Y5MA 4L6BA 5P7YA 2F80A 2PH8A 2AVMA 2NXDA 5P5NA 4HZTA 3TH9A 4I11A 5P5MA 1AIDA 3NDWA 3B80A 2ANLA 3S43A 2QZLA 4EJ8A 5JODA 3PI0A 5P08A 1SIVA 1OEXA 4Y3PA 5P2TA 2AZCA 5P2YA 4DJVA 4FSLA 1GVTA 1SP5A 3CIDA 1TZSA 5P4PA 4DQBA 2R8NA 4IVSA 3I2LA 2QMFA 3O9GA 5P7NA 2ER7E 3TPJA 5AHBA 1MUIA 1GKTA 2FXDA 5P0AA 1FG8C 2WEAA 1FF0C 5EZXA 5P37A 3KFPA 1D4SA 1MT7A 4Y4TA 1IDBA 3UPJA 4KUPA 1EAGA 1EPPE 4CP7A 1W6IA 4Y48A 4XX3A 2NPHA 1HEFE 3ZKSA 3LPKA 1ODXA 2F3KA 4HVPA 4YE3A 5P0GA 3GI0A 1K2CA 4CPTA 5P1UA 3KN0A 3KA2A 5P2QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1K6P A;  1OEW A;  5CLM A;  5DR0 A;  2WED A;  2P83 A;  2O40 A;  3MSL A;  4Q1N A;  1HRN A;  3U7S A;  5OYZ A;  1TCX A;  5P07 A;  5P22 A;  5P2O A;  5DQ5 A;  5P3C A;  3S53 A;  3K4V A;  3OAG B;  3ZPS A;  2I1A A;  2ZGA A;  1BAI A;  5P7T A;  3DV1 A;  4LXA A;  5HVP A;  4BFB A;  5P01 A;  1IZI A;  4B77 A;  5P6N A;  4ZLS A;  2AOG A;  3TOH A;  3HDK A;  1SMR A;  3UQR A;  3EKX A;  7UPJ A;  5OZJ A;  2O4N A;  3HAW A;  5OZG A;  5OYW A;  4Y4A A;  4Y4B A;  5P7D A;  1MPP A;  1VIJ A;  2HM1 A;  3SA9 A;  4AZY A;  2QZW A;  1B11 A;  1LEE A;  4YCY A;  4RVI A;  3SA3 A;  3NU3 A;  4Y54 A;  5OZP A;  3NXN A;  3LHG A;  6UPJ A;  3L5C A;  1MES A;  5P2C A;  4A6C A;  1ZLF A;  1B6P A;  3L5D A;  4ZSM A;  4NJT A;  3NU4 A;  5P4R A;  4APE A;  2G1S A;  5P8A A;  3EKY A;  5OYS A;  1ODW A;  5P7W A;  4M8Y A;  3LIQ A;  5P3Z A;  4AUC A;  3SPK A;  2QI1 A;  2OHR A;  2IKO A;  4D89 A;  4HDF A;  5P0S A;  5P24 A;  5P63 A;  1YG9 A;  4Y58 A;  5P6V A;  3TOF A;  1M4H A;  3OUB A;  5P1B A;  3S2O A;  2VNN A;  4Y57 A;  4CMS A;  1DP5 A;  2OHL A;  2A1E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3RTH A;  1ME6 A;  4NJS A;  1ZTZ A;  5OZH A;  5P8M A;  2WEZ A;  3QBF A;  5P33 A;  4B72 A;  2V0Z C;  2BKT A;  3VV6 A;  4ZSP A;  5P2A A;  1NPA A;  2J9J A;  1HPX A;  1HEG E;  1TW7 A;  2Z54 A;  1OHR A;  1SDV A;  1W50 A;  1HSI A;  2I4Q A;  5COP A;  3VYE A;  3CYX A;  4CPR A;  3BXS A;  5OZB A;  4K4R A;  1F34 A;  3OOT A;  3OXW A;  2WL0 A;  1LYB A;  2O4K A;  5P15 A;  2WF0 A;  1OD1 A;  2G22 A;  4DI2 A;  4Q5M A;  4ZPE A;  5P5Z A;  3MWS A;  1W5Y A;  2SAM A;  2AOC A;  3IN4 A;  4I0G A;  2BQV A;  5CON A;  1ENT E;  2REN A;  2OHP A;  4WY6 A;  2NNP A;  1RQ9 A;  5P6K A;  2V10 C;  5AHA A;  3GGX A;  3PLD A;  4Y47 A;  3ZOV A;  3OU4 B;  5P0R A;  5P29 A;  2F81 A;  3PCZ A;  2AVQ A;  1EC1 A;  4ZEA A;  3VG1 A;  3G72 A;  5P7Q A;  3FX5 A;  1HVI A;  5P8L A;  3VV7 A;  4ZIP A;  5P1S A;  5P8R A;  3IVI A;  4TRY A;  5P02 A;  5P2R A;  4NPU A;  4J1E A;  3PSY A;  1D4K A;  2QI6 A;  4EHC A;  3B7V A;  5P3Y A;  5P0E A;  5P0O A;  3UDN A;  1UH8 A;  4NPT A;  3FNT A;  3Q4B A;  2ER0 E;  3VLA A;  1HTE A;  1ZP8 A;  1G6L A;  5P1C A;  2WF3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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