3INFA

Bace1 with the aminohydantoin compound 37
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
389
structure length
367
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACDEFRTAAVEGPFVTEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design and synthesis of 5,5'-disubstituted aminohydantoins as potent and selective human beta-secretase (BACE1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 103
structure length 367
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3infA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3infA02
2QI1A 4R5NA 1BDLA 2BKTA 2QI6A 4Y5AA 1T3RA 1HEFE 4GJ6A 2OHLA 2VJ6A 5P87A 2AVSA 2Q64A 1PFZA 5P73A 5JFPA 5OZKA 3UDNA 2ZGAA 5P7UA 4MC2A 4YA8A 4HEGA 2QD7A 2O4SA 2ZDZA 4RVIA 5P6UA 5SY3A 1FQ7A 4Z50A 4APEA 1HVSA 4Y5BA 4J1HA 5P03A 4LHHA 2G21A 4EYRA 5P8SA 3U71A 5P7NA 5P7BA 4FM7A 1BILA 3UQPA 1BIMA 4PEPA 3OU1A 4EQ0A 3SA5A 3CIDA 5P3MA 5CLMA 2P3BA 5KR1A 1Z8CA 4FAFA 2IS0A 4CPSA 1QBUA 5DQ4A 5P1QA 2RMPA 5APRE 2WF0A 3DV5A 4DUSA 5P51A 1SP5A 4Y39A 3CYXA 3ZL7A 2BPWA 4Y37A 7HVPA 3PWMA 3OXVA 4OBZB 1XN3A 5JG1A 3AUPA 5P8DA 3BUGA 2WKZA 4Y3RA 5P1TA 1QBRA 4I12A 4CPUA 1W5XA 3QI1A 2QMPA 3R1GB 3RTMA 1FF0C 1ODXA 3TPPA 3EL0A 5P4VA 3NDUA 5P58A 4YCKA 2P3AA 5ISJA 4Y3DA 5P2QA 5P42A 2EWYA 5IE1A 3LIYA 2V12C 1IDBA 4RVXA 3MSLA 4K4RA 3VYFA 2HIZA 2WF1A 3QBHA 4Y9WA 1B5FB 4Y5NA 5KQZA 2BB9A 4OBKA 4ER4E 1GVTA 4HDPA 4RRNA 3ZPSA 3EKVA 4L6BA 4Z22A 2BPYA 5C9FA 3EL1A 5OYZA 5SZ9A 4Y57A 5JFUA 4GZFA 5P0YA 5P7AA 5P7SA 3UHLA 4F75A 4Y3JA 5P6VA 1ZPAA 1W50A 4ZPEA 5P2TA 1T7KA 1D4YA 2MIPA 3OU4A 3ZKQA 4Y3PA 4FGXA 1AAQA 5FIVA 1GVWA 5P0NA 3SPKA 1YTIA 3ZKMA 3KA2A 1IIQA 3NSHA 5P3OA 5P64A 5BS4A 3EL4A 1EPLE 5AHCA 5P6OA 5P3SA 5P8LA 3MXDA 5P2XA 5P2AA 1LYWA 3VSXA 3G72A 5P0KA 1HVRA 4DJOA 3T11A 4NPUA 3PGIA 3LZYA 3KT2A 2BJUA 1MERA 5P2VA 2VJ7A 3B80A 1EPME 2R5PA 4ACUA 4ZSMA 3VFBA 1MTRA 2AVQA 2OHQA 2VA7A 4Y4ZA 4Y3XA 1YTGA 5P81A 3GI4A 3UDYA 2ZHSA 4J1EA 5P54A 3GI5A 5AH7A 2IRZA 3UFNA 3PI5A 3GGXA 4I0DA 5P36A 3PMYA 4YE3A 1IDAA 2NXMA 2PMAA 5P4UA 1HVLA 4LAPA 3RTHA 2WECA 5SXNA 2AZ8A 3GGUA 1B6JA 2QP8A 4QJ6A 1PPME 2OHRA 1UH8A 3TKGA 4EJDA 5P7PA 5HTZA 1XE6A 4ZE6A 4Y3TA 5P5LA 1QRPE 1J71A 2G27A 5P6SA 3PHVA 3KFRA 4B05A 1GNNA 1B6PA 4U7VA 2CEJA 4XXSA 1ZJ7A 5P6CA 3UQWA 5OZOA 3EMYA 5P0CA 3ST5A 4I0GA 6APRE 5P3LA 5HU0A 1HOSA 4J0ZA 2R3TA 4EQJA 4CPTA 1WKRA 3QS1A 5P7XA 2ZYEA 5P5FA 5P53A 3MWSA 5P1GA 5P1XA 2WEAA 1B6LA 2VIJA 1BWAA 3ER5E 5P0OA 3SA6A 4Y53A 1ZLFA 2FLEA 1B6KA 2PK5A 4FRIA 3UDQA 5P8OA 2O40A 1DAZC 2APRA 5EZXA 5P4JA 1SH9A 1NH0A 5P6PA 5P2MA 5P6QA 5P7HA 5KOSA 1IZIA 5P41A 2B60A 4D89A 5P3HA 4OBZA 4TRYA 2OF0A 2IQGA 3NWQA 4GJDA 2R5QA 5IS4A 1LS5A 5P5SA 3S56A 5P5VA 5OYYA 5P33A 2I0AA 1HIHA 5IVTA 2AIDA 3FNSA 5AGZA 1K6TA 3OU3A 3O9AA 3OQKA 1GVVA 4Y38A 5OZLA 3HVPA 1D4IA 2QU2A 3K5CA 3WSJA 5OZ8A 1FQ4A 1XL2A 2XYFA 1BDQA 3NU6A 4I0EA 2B8LA 4K9HA 5OZVA 5P0XA 3GI6A 2I4XA 3PWRA 1JLDA 5OZCA 1GNOA 3LZSA 4J55A 3VUCA 5C9DA 2QMGA 4Y3AA 2UPJA 2WF3A 3PBDA 4PHVA 4Y4BA 1PSNA 4HLAA 4FS4A 4DJPA 4YBIA 5DR3A 1LYBB 1LF4A 1IVPA 1B5FA 3PLDA 2J9KA 5P3XA 5P18A 5P65A 4J1IA 4RCEA 3SM2A 3NU3A 2WEBA 5DQ1A 3NU4A 3OADB 4WY1A 4Y4WA 1IZEA 4Q1NA 1HSHA 4Z4XA 3EKPA 3IXOA 3QRMA 3ER3E 5P3RA 5P3YA 3KMYA 1ZTZA 2VIEA 2FXEA 2BKSA 5I70A 4RCFA 4DPIA 5P6IA 2P83A 1EPPE 3OWNA 5P4OA 3GGAA 4DQGA 5P3TA 5P82A 3PRSA 3QRSA 4CPXA 3JVYA 1ENTE 1Z1RA 5P4SA 2PH8A 5ISKA 4J1FA 1APTE 5P11A 4Y3EA 2VIZA 4F76A 5C9BA 1MESA 1RNEA 3UDJA 4J5JA 1BV7A 3LHGA 2AOHA 5P44A 2AOIA 2WEZA 3BUFA 3LIXA 4B1EA 4GJ8A 1BV9A 1VIKA 5P7RA 5P3WA 2Z4OA 2QHCA 2NPHA 3UQUA 1HXBA 1EBKC 4I10A 5P74A 4QGIA 3I25A 4DPFA 5OZQA 3OK9A 1W5VA 4Y50A 3L3AA 4Y4TA 5P2YA 3OOTA 5P5KA 1META 4BELA 1CMSA 1ZAPA 2CENA 1M43A 3HDKA 4Y5MA 5P7CA 3SA3A 2P8HA 2HC0A 3URJA 1QBTA 3L5DA 2R8NA 4Y4XA 1FQXA 1ZPKA 3OQAA 3SA8A 3BC4A 5P8MA 1HXWA 3L5BA 2Q15A 5P6LA 1G35A 2XFKA 4FM8A 3VF7A 3OHFA 5P3EA 5I3XA 3S54A 5P5GA 5P10A 4Y45A 1F7AA 2R43A 4YBFA 5OYUA 3NDTA 3EKXA 5DGUA 3Q70A 4LBTA 3R0WA 1K6VA 5I3YA 3QAAA 5P1HA 5P38A 5P0GA 2NMYA 1MUIA 4LXMA 3LITA 3KFSA 3VFAA 5P8KA 3IA9A 1BXOA 2G1SA 4IVSA 1OEXA 3TOFA 4DVFA 1A30A 3K4VA 1MVPA 2QI0A 5P3KA 4K4PA 2Q11A 1ODYA 4D88A 5P2IA 4FRSA 5OZ1A 3HW1A 4E43A 2FIVA 1PSOE 3CKRA 1LYAB 3O99A 2H6TA 1FMBA 5OZWA 4KE0A 2Q63A 5P5PA 3R4BA 1G2KA 5P4RA 4F74A 1AZ5A 3NUOA 5DR4A 5P5JA 1F34A 1MT7A 4Y5LA 3DV1A 2PC0A 1W6HA 5P8CA 4DQEA 3O9EA 1Z1HA 5P3AA 4YOBA 4YD6A 4Y4UA 3OUDB 5P22A 1IBQA 5P30A 5P8EA 3OGQA 1EPRE 3LPIA 4YHQA 3IAWA 3IXKA 3UQXA 4NJSA 4I0ZA 3H5BA 4A6BA 4YD5A 5P6XA 1FFIC 5KAOA 3Q3TA 4J54A 5P8UA 3OXCA 4LXKA 2VIYA 3EM3A 4Y4AA 1G0VA 5I3VA 1SMEA 3WB5A 3KN0A 5P08A 2FGVA 3IXJA 3BHEA 5P8TA 1KJHA 5P0RA 5AH9A 5P50A 3EKYA 3APPA 5DQ2A 3VF5A 4LP9A 2BBBA 3N4LA 4NKKA 5P34A 4NPTA 5P5CA 5P25A 1XS7D 5P89A 4NJVA 3F9QA 3EC0A 4DJVA 5OZ7A 3NXNA 1XDHA 4FLGA 5P47A 3D1YA 4H3FA 5P71A 1BVGA 1IZDA 1E5OE 4R91A 3M9FA 2FXDA 1HHPA 1ODWA 5P1SA 3TKWA 5UPJA 3OADA 2AOJA 5OZMA 2QI3A 2O4PA 5P1FA 5P60A 4ER2E 2ZJMA 3T7XA 3NYGA 2O4LA 5P19A 3SKFA 3DUYA 5P0BA 3APRE 4Y5EA 3K5GA 3ECGA 1N49A 5P8RA 1EBZA 3L5CA 2FDPA 4J0TA 4RROA 5ENMA 5HE7A 4Y58A 1FQ6A 1XE5A 5P0MA 4ACXA 5P78A 4Y41A 3VV7A 4I0FA 1K2CA 3A2OA 5ER2E 3HAWA 3ZKSA 2NTRA 4HA5A 5P5YA 5P83A 3IVIA 4Y4JA 2I4QA 2QMDA 3UDKA 5IVSA 5P01A 2XFJA 1MT9A 1APVE 2PSGA 3KFPA 3LPKA 5P04A 3GGVA 3PBZA 5OZ2A 4Y3YA 2AZBA 3OTYA 1SIVA 5P2OA 3TPJA 1PROA 3EL9A 5P6JA 1AJXA 1KJFA 2F80A 3CIBA 1FB7A 3BUHA 1A8KA 3CYWA 4DFGA 3KFNA 5P02A 5P3PA 4MC6A 4K4QA 5P63A 2NXLA 2NMZA 5P0FA 2R9BA 2QI4A 5P45A 1KJ7A 3INHA 1HPVA 5KR0A 3O9IA 3IN4A 3UDHA 3VLBA 5P1MA 1BWBA 1FGCC 2O4KA 1NSOA 4Y48A 3PCZA 5P84A 3I8WA 3PEPA 3UDRA 4EP2A 4FL8A 3VV6A 2V0ZC 3BGCA 4RCDA 3GW5A 5P5MA 1FG6C 1NPAA 5P76A 2HB2A 1APWE 3KMXA 3FKTA 2HM1A 2QCIA 3ZKGA 4Y6MA 2XFIA 4GJBA 4NJTA 2ZJJA 2NNKA 4Y4GA 4Q1XA 4M8XA 3O9LB 2I0DA 3UCBA 1UPJA 3LPJA 5AHBA 3KDDA 4OBJA 1HPSA 2IDWA 1APUE 2AODA 3ZPTA 5P3NA 1HRNA 3EL5A 5P7GA 2QHYA 5TOLA 3EXOA 3O9FA 3BVAA 4I0IA 5OYXA 4JECA 5OZEA 1ME6A 1W5YA 5OZUA 5P4KA 1TSUA 1MRXA 1C70A 2QU3A 5KQFA 3NU9A 2NNPA 5P14A 2V10C 1SDTA 3MSJA 1HIVA 3NLSA 2OHUA 3PLLA 3URIA 2G1RA 2WHHA 4AMTA 2RSPA 5P8PA 1EPQE 2HPEA 1D4KA 1RL8A 3VYDA 2AVMA 4AUCA 5P5WA 1EC3A 4QJ8A 3S2OA 2PH6A 2IL2A 2WF4A 4D83A 5OZPA 2F3KA 3HLOA 5F00A 5P0JA 1FMUA 1DW6C 2PWCA 4J1KA 5OZ4A 1XL5A 1ZSRA 3KM4A 5P32A 2H6SA 3TPRA 5P4QA 3PSGA 1MPPA 4Q1YA 5KQYA 3UTLA 2AVVA 1EEDP 5OZNA 5P0SA 5P4MA 2O4NA 2JYSA 1ER8E 1U8GA 1GKTA 3PSYA 3TNEA 3H0BA 2QI7A 2VA5A 2ZHUA 4CMSA 3VLAA 3D20A 4EHCA 5P4TA 2ZE1A 5P6RA 3FIVA 3WZ8A 5AH8A 5P16A 5P5BA 3T3CA 1G6LA 4OD9B 1HWRA 2PYMA 5P1DA 4RGHA 5P13A 2IENA 3LIVA 4XX3A 5J25A 1FQ8A 3OY4A 5BWYA 3EKWA 3LZVA 3TPLA 5P1NA 3UQRA 1HVJA 1MSNA 5P2RA 5P6TA 4I1CA 4H3IA 3EKQA 5P28A 2B7ZA 1MRWA 2WL0A 2G22A 2UXZA 1EAGA 4IVTA 5P2ZA 3Q6YA 5OZRA 1NPVA 5OYVA 2OHKA 3S7LA 5P1RA 5IVQA 5P70A 5COPA 5P3DA 3JVWA 5HD0A 5P2KA 2JJJA 2QAKA 5P7TA 3INEA 2V16C 9HVPA 1BVEA 3PJ6A 5P4ZA 5P68A 5P3VA 4J0YA 5P1AA 2VKMA 4D85A 1UH7A 1HPOA 4QJAA 2FGUA 4Y35A 3TOHA 3ZKIA 1YM2A 5P57A 2ER0E 4GB2A 5P6AA 4QJ7A 5P2WA 4XKXA 5P1KA 4YDGA 3NUJA 4B77A 2F3FA 4FIVA 4S1GA 2QNQA 3CICA 4QJ9A 8HVPA 2HB4A 3HVGA 4QJ2A 5P66A 4Z2ZA 1MEUA 5AHAA 5P1EA 5P43A 4QLHA 4PZXA 4PYVA 1E82E 2VS2A 1MIQA 5P3JA 4Y3FA 1TCXA 5P7DA 3T7QA 1IVQA 3S43B 4HZTA 2QZWA 4L7JA 4EJ8A 4R92A 1HSIA 4BEKA 4BFDA 1XN2A 4OBFA 4AA9A 3CKPA 3SKGA 5P37A 4PPHA 3KF0A 5P5ZA 5P7OA 3RVIA 4A6CA 3PMUA 4TVGA 4Y5CA 4L7GA 4EXHA 1DIFA 3L38A 4RVJA 4I8ZA 5P7KA 3FSMA 4CPRA 5P1ZA 1ZSFA 3WZ6A 3DCKA 4FSEA 5P4GA 4A4QA 5P67A 3VYEA 5COKA 4Y3LA 5P1UA 1D4HA 2G1NA 3UF3A 1PPLE 3JW2A 5P4LA 3IGBA 4OBDA 2AOEA 1HTRB 3O9LA 3WB4A 2AZCA 1HVHA 2HAHA 5P4HA 5P1JA 5P0ZA 5E5JA 2QK5A 3K4VC 3OHHA 3FNUA 4N00A 2J9JB 5OYWA 5P0DA 4X7IA 3I6OA 3ZPUA 5CONA 4Y3ZA 2OHMA 5P1CA 4EP3A 4Y43A 5P6DA 5B18A 4I8WA 1TSQA 3OQDA 5P6FA 4DI2A 4GJ5A 4JPEA 1UH9A 1PSAA 4MC9A 2G24A 4EJKA 2R38A 4JOOA 5P7MA 5P0PA 5OZAA 1AXAA 4GMIA 3SA7A 3HD8A 4NJUA 1M0BA 4ZPFA 3KYRA 4KB9A 3G6ZA 3DM6A 3OXWA 3NXEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QI1 A;  4R5N A;  1BDL A;  2BKT A;  2QI6 A;  4Y5A A;  1T3R A;  1HEF E;  4GJ6 A;  2OHL A;  2VJ6 A;  5P87 A;  2AVS A;  2Q64 A;  1PFZ A;  5P73 A;  5JFP A;  5OZK A;  3UDN A;  2ZGA A;  5P7U A;  4MC2 A;  4YA8 A;  4HEG A;  2QD7 A;  2O4S A;  2ZDZ A;  4RVI A;  5P6U A;  5SY3 A;  1FQ7 A;  4Z50 A;  4APE A;  1HVS A;  4Y5B A;  4J1H A;  5P03 A;  4LHH A;  2G21 A;  4EYR A;  5P8S A;  3U71 A;  5P7N A;  5P7B A;  4FM7 A;  1BIL A;  3UQP A;  1BIM A;  4PEP A;  3OU1 A;  4EQ0 A;  3SA5 A;  3CID A;  5P3M A;  5CLM A;  2P3B A;  5KR1 A;  1Z8C A;  4FAF A;  2IS0 A;  4CPS A;  1QBU A;  5DQ4 A;  5P1Q A;  2RMP A;  5APR E;  2WF0 A;  3DV5 A;  4DUS A;  5P51 A;  1SP5 A;  4Y39 A;  3CYX A;  3ZL7 A;  2BPW A;  4Y37 A;  7HVP A;  3PWM A;  3OXV A;  4OBZ B;  1XN3 A;  5JG1 A;  3AUP A;  5P8D A;  3BUG A;  2WKZ A;  4Y3R A;  5P1T A;  1QBR A;  4I12 A;  4CPU A;  1W5X A;  3QI1 A;  2QMP A;  3R1G B;  3RTM A;  1FF0 C;  1ODX A;  3TPP A;  3EL0 A;  5P4V A;  3NDU A;  5P58 A;  4YCK A;  2P3A A;  5ISJ A;  4Y3D A;  5P2Q A;  5P42 A;  2EWY A;  5IE1 A;  3LIY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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