3IXOA

Crystal structure of uncomplexed hiv_1 protease subtype a
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTVKIGGQLREALLDTGADDTVLEEINLPGKWKPKMIGGIGGFIKVKQYDQILIEICGKKAIGTVLVGPTSVNIIGRNMLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of the unbound form of HIV-1 subtype A protease: comparison with unbound forms of proteases from other HIV subtypes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ixoA00
2I1AA 4FE6A 5P15A 1PFZA 3B7VA 1YTJA 1GVVA 5P6XA 2NXLA 3INEA 5P5NA 5DR3A 1GKTA 1WBMA 1TSUA 1UH8A 5KQFA 5P51A 5OZ4A 1Z8CA 4DQGA 3OAGB 3S43B 4XXSA 4PYVA 1BDLA 5P5FA 3L5CA 4FM7A 1FQ8A 1Q9PA 4J1HA 4Y3PA 5P69A 4ZEAA 3OUAA 5T4SA 4DH6A 2H6TA 7HVPA 3I6OA 3LNKA 4OBZA 5P3FA 5COKA 5BRYA 5KQXA 2AZ8A 2O4KA 2ER6E 5P1LA 3HAWA 3L38A 3GI4A 3L5DA 5OYQA 5P8AA 5KR2A 2B60A 4M8XA 1SGZA 5P68A 1MVPA 4A4QA 1VIJA 5P4BA 5OYUA 2J9KA 1FMUA 3EKXA 2IENA 1QBRA 2J9JA 3RTNA 3F9QA 5KOSA 5DGUA 3VFAA 2WKZA 1HHPA 2ZJJA 1FQ7A 5P5DA 5P4WA 5P74A 5P28A 3TKWA 5IVRA 4Y48A 3T7PA 4OD9B 2WEAA 3MSJA 1DP5A 2FMBA 3WSJA 1LZQA 5I3VA 4DJXA 4LC7A 3Q5HA 4Z22A 3CYWA 2G1YA 5C9FA 3ZOVA 1C6XA 4Y3HA 5P1AA 4XX4A 2JJIA 4D88A 2AZ9A 2VNNA 3GGAA 5P5JA 3NYGA 5P4ZA 5P5VA 2VA7A 3HLOA 5P6GA 9HVPA 1IBQA 5P61A 4ZPGA 3SKFA 5P1XA 1B5FB 5P1YA 1YTGA 5CONA 2CENA 1PPME 3OQAA 3RSVA 1A8KA 5P3RA 1E5OE 5IE1A 4Y53A 3NLSA 5HU1A 4Y5GA 2ZHVA 3CICA 5P80A 4Y3AA 3B80A 5P8EA 2I4XA 4GJ5A 4B77A 5ISKA 5P5KA 3INHA 3VLAA 1T3RA 3CMSA 2AOCA 5OZ6A 5SY3A 1XE5A 5OZRA 1CMSA 1G2KA 4KUPA 4Y5CA 1MRWA 5P1VA 4I0JA 5DQ1A 5P6FA 1BILA 1K2BA 3LIQA 3D20A 1ME6A 5P6AA 1XS7D 3ZPUA 2IKUA 3QRVA 2FS4A 4RRSA 4UPJA 1K6VA 3EM4A 4J17A 4RVXA 2BBBA 3ZKMA 3UDRA 1YT9A 1K6CA 3OQFA 1PPLE 1MUIA 5AH6A 3OUBA 4LBTA 4QJ8A 1ZSRA 3KN0A 5P0XA 5P6IA 1PROA 2P3BA 5KQYA 4CPRA 5J25A 2XFIA 5P1SA 1MTRA 2Q55A 4Y39A 5P4FA 5P7GA 5P7KA 3UDMA 5P71A 4M8YA 4ZLSA 1BAIA 4Q5MA 4D8CA 2VKMA 5P0OA 5P8LA 3UDPA 4JECA 5P72A 5P2JA 3NUOA 3SPKA 5P18A 5P22A 1D4LA 5P4XA 3O9LB 5OZJA 3R0WA 5P7HA 2G22A 2OHUA 2B42A 3OQDA 4RZ1A 3SA6A 3RTMA 3VLBA 4DQHA 1BDRA 4U7QA 5P3HA 5P2AA 3JW2A 1AVFA 4PEPA 4YBIA 3CKRA 3ER5E 2R9BA 1SP5A 5P3WA 5OZCA 3LZYA 5DR7A 3UQXA 5OZWA 5P73A 5P2WA 5P40A 2ZHSA 5P35A 3UPJA 3QROA 4CPWA 2ER0E 3EM3A 3HZCA 4Y36A 5P0TA 2I4VA 4FRSA 4YD7A 5P0BA 3EL9A 1YTIA 1QDMA 5P85A 5P5YA 2AOGA 5OZLA 2QMPA 4NPTA 4B70A 3VV6A 5OZAA 3IVIA 4DPFA 5HDUA 4DQBA 5HVPA 5P2KA 3K4VA 4Y47A 4JP9A 5P1RA 3KF0A 2G94A 3C9XA 4J5JA 5P32A 1ZJ7A 4Y3XA 5P2IA 5P5ZA 3KDBA 5P81A 5P7IA 1WKRA 4FM8A 2QMDA 4FS4A 4Y5PA 3VEUA 5C9DA 4OC6A 1B6MA 5P8SA 4GJDA 3OXVA 3PVKA 4FRJA 4APRE 4QJAA 5FIVA 4I0EA 2ZJIA 3NU6A 2R3TA 5P5HA 5P6SA 5P20A 5P8NA 3QI1A 4B72A 3D1XA 5P4NA 1SDUA 5P7NA 5P0EA 1IDBA 2BKTA 3LPKA 4H3IA 3BGBA 3KT2A 3NWQA 5DR0A 4NPUA 2ASIA 1HVRA 4GJAA 5OZ5A 5P05A 2OHKA 5P2BA 5P1GA 1HTGA 5P1BA 5EZZA 4RCFA 2OHMA 5P3QA 1A8GA 3BVAA 5OZXA 2ZJLA 3NXEA 5P03A 1C70A 5P26A 4TVGA 4F75A 5P7VA 3URLA 1B6JA 5BWYA 1N49A 3TLHA 5P83A 2PC0A 5P4GA 3L59A 4YHQA 3FX5A 1TCXA 3APRE 2WECA 3HD8A 3O9DA 6UPJA 1D4IA 1SBGA 5P16A 5P1QA 2QI7A 2R3WA 5UPJA 1ZBGA 2AQUA 2OHSA 2ZJKA 4MC9A 1HSIA 2XYFA 5P70A 2XFKA 3UDQA 3GI0A 3BHEA 1NPAA 3H0BA 5P7SA 1ZLFA 1HTFA 4Z2ZA 5JFPA 1D4YA 4JPCA 4H3JA 2HB2A 3NU9A 4J55A 3TPPA 2G1RA 4Y50A 2AOIA 4OBGA 5P3PA 5P6LA 5P60A 4Y3TA 5P07A 3O9HA 1HVSA 4RYGA 5P5MA 5P4KA 3IGBA 2VIYA 1PSAA 4B1CA 5P1DA 3Q6YA 5OZFA 5AH7A 3CYXA 5P6CA 3HVGA 3OXCA 4QLHA 4QJ9A 3QRSA 5F00A 3EKWA 3NWXA 3HVPA 3QVIA 1EAGA 5EZXA 3L5BA 5P3YA 1ZSFA 5OYWA 1TZSA 2PSUA 5DQ5A 5P6WA 5P8OA 4E43A 5P48A 3QP0A 4DJYA 1K2CA 5P1JA 2OHQA 1AJXA 2HB3A 2QZWA 2RENA 3UTLA 4Y4BA 5I70A 3JVWA 3NDXA 1W5VA 4OBJA 5P7OA 3UQRA 4CPTA 4CPQA 1F34A 5P8GA 4F76A 4ZE6A 3CIDA 7UPJA 1LYWA 3WZ6A 3UDJA 4L7JA 3OXXA 5P3ZA 3CIBA 5P6YA 5P8FA 5P7PA 3LIYA 2QI4A 5P6KA 3DV5A 4B00A 3OU4A 4EP3A 3I7EA 1HIIA 5P66A 3PB5A 5P49A 1FQXA 3VV8A 5P00A 4I10A 2Q5KA 5P79A 5P4RA 3OU1A 4KE0A 1K6PA 3CKPA 5P11A 3SFCA 5P3KA 2QU2A 3T7XA 1BXOA 1FQ4A 2CEJA 5P2VA 3PCWA 5P2SA 3I2LA 3PSUA 1FKNA 1HVJA 4YBFA 3H5BA 5DQCA 4B0QA 2V00A 1LYBB 2Q3KA 3LZSA 1MIQA 2IGYA 5P7XA 1KJHA 5P1HA 3O9BA 5P86A 5P6EA 4I8ZA 1EPRE 3T11A 1FF0C 3OU3A 4X7IA 3BC4A 3PGIA 5P7CA 5P17A 4NJVA 4GMIA 5P7TA 4DPIA 3K5GA 4Y3ZA 5IVQA 5P64A 5P55A 2ZJHA 1LV1A 1OEXA 5P52A 2F80A 3NR6A 1EPPE 4EJLA 5P1NA 2ER9E 4EYRA 4JPEA 5P44A 1HXWA 4K4RA 3KMXA 1EBYA 2AODA 4RVJA 4ZSQA 4ZSMA 4Y9WA 1NH0A 4DJVA 1DPJA 1FG6C 1HVCA 4GIDA 2BKSA 3SA8A 2O40A 1HVHA 4PHVA 4YOAA 5OYVA 3S8IA 3LPIA 4EXGA 4FIVA 5P58A 1KJ7A 2AVMA 5OYXA 5APRE 4KE1A 1W51A 1G0VA 3SA5A 4J1KA 5P2HA 2QZKA 2Z4OA 3S56A 5P42A 5P0VA 1UH9A 1EPME 1QBUA 4Y3GA 3T7QA 5OZQA 3OGQA 4NJSA 1BXQA 3UDHA 2HC0A 5P45A 3KFRA 3R0YA 4HLAA 3TH9A 3NU4A 3D1YA 2G1OA 4Y4JA 3EKQA 4H3GA 3K5DA 2QHCA 4EP2A 1XN3A 5P0UA 5P5GA 4Y4ZA 3S7LA 2AIDA 5E5KA 5HE5A 1EPOE 4I1CA 4ACXA 3O9EA 5AH9A 1LF2A 3GGXA 1HVIA 4J1EA 3DK1A 4YCYA 3QRMA 5OZDA 3PSGA 4OBFA 2AOJA 3LIZA 2RKGA 1TCWA 2ZDZA 2VJ7A 5P1IA 1W50A 3I25A 4J0ZA 5AHBA 4Y3LA 3ER3E 4Y3QA 3WZ8A 2FDPA 4Y5NA 3BGCA 3DV1A 5P7JA 1HOSA 2BJUA 5P87A 2QI1A 1XDHA 1BDQA 1NPVA 3VYDA 4DFGA 4Z50A 5P3AA 3TKGA 2PMAA 4HE9A 5P4DA 4YCTA 5P29A 4HDBA 3DUYA 4RRNA 4A6CA 3I8WA 5P5IA 4BEKA 5P6JA 3PLLA 4D85A 1NPWA 5P3IA 3O99A 3MWSA 2F3KA 5P4PA 2G69A 4YA8A 4ER1E 4BFDA 1HEGE 1EC1A 3EL5A 5P0QA 4FRIA 3TTPA 2I0DA 5P5XA 3PRSA 1HSHA 2FGUA 5P7WA 2VJ9A 5I3WA 3MXDA 5P3SA 3PEPA 1WBKA 5OYRA 3QBFA 3T6IA 4A6BA 2XYEA 2V11C 1PSNA 3L5FA 5P2UA 4D83A 4I12A 4Y3NA 5P1MA 5OZPA 3N4LA 4N00A 3AIDA 4HDFA 5P1CA 2PQZA 5P6PA 1D4KA 2QD7A 5OZKA 5I3YA 3MXEA 1W6HA 5P5BA 1ODWA 4R8YA 3SAAA 4DI2A 3S54A 4J1CA 4GJ7A 4Y44A 5P6OA 4Y4GA 1C6ZA 5P2TA 5P5LA 1GVWA 4WY1A 3HAUA 5P7MA 5P25A 1FG8C 3EL0A 3OAGA 1HPVA 3S43A 2ZYEA 5KAOA 4B78A 5C9BA 3EXOA 5ENMA 1MESA 5P7YA 2QHZA 3PWWA 2I4QA 1HRNA 3OQKA 4DJPA 1HSGA 5P8MA 5COOA 4Y4TA 4ZPEA 1EPQE 5P2QA 5P6TA 3TPRA 5I3XA 5P0AA 4YD6A 1AAQA 1MPPA 1FQ6A 5P0DA 4J0TA 5P7QA 1HPXA 1K6TA 5HE4A 3ST5A 5JFUA 5OZ9A 3VYFA 4RGHA 4EJ8A 2WF4A 1ER8E 3G6ZA 3FKTA 8HVPA 3VF3A 5P2DA 5P10A 3PWMA 4K4QA 4Q1YA 4TRYA 3URJA 5P3VA 5P1PA 2OHNA 4FRKA 5P77A 2H6SA 3OHHA 4EWOA 4OBKA 2AOEA 1APWE 3UQUA 4WTUA 3RTHA 3K4VC 2Z54A 3KFSA 4GJ6A 4R93A 5P53A 1SGUA 4Y3FA 3ZKGA 3FNTA 4OD9A 1DW6C 1RPIA 3GI6A 4RCEA 1E81E 1FEJC 3BRAA 2I4UA 3EKYA 3SM2A 5P24A 1D4JA 1ENTE 1E80E 2AOFA 4HZTA 1T6EX 1M43A 3TOGA 3ZMGA 3Q3TA 5P4MA 3K5CA 1OEWA 1ZTZA 2QNNA 1W5WA 4ER4E 4JOOA 3UFNA 1RV7A 1B5FA 4J1FA 3IVHA 5P0PA 3OQ7A 4R5NA 1IZDA 1ZPAA 1RL8A 2HM1A 4ZIPA 1SMEA 5KR0A 4DJOA 2QK5A 5OZOA 4L1AB 1CZIE 3RSXA 4Y3JA 4F74A 3TNEA 3KDCA 5P4QA 1EBKC 2APRA 1A9MA 2O4PA 1K1TA 5P23A 1NSOA 3GGUA 4Y3MA 1SIPA 2PWCA 5P8RA 5OZ1A 2Q11A 5P2YA 3ZKXA 2NNKA 2MIPA 1HVKA 5KOQA 4Y51A 3WB4A 1FMXA 3M9FA 5AHCA 2I4WA 5AHAA 1T7KA 3QIHA 5P84A 3OUCA 1AXAA 4F73A 5P6ZA 2RMPA 5P08A 4H3FA 3LIVA 4Y3DA 3FSMA 1UH7A 4DV9A 1HPSA 5P62A 1YX9A 1HIVA 2G1NA 4XX3A 2FNSA 4QJ2A 5AH8A 5KR1A 4H1EA 3CKTA 5P5TA 1FIVA 4LXAA 4Y41A 3PBDA 5HE7A 4QJ7A 5OZ7A 2VS2A 4DJUA 4EPJA 1JLDA 2G27A 1GVXA 2QCIA 5F01A 2UXZA 4PZXA 1Z1HA 5P0LA 2CEMA 5PEPA 1HXBA 2I0AA 5P8HA 5ER1E 5P0FA 3BXRA 5P5CA 4FLGA 4GYEA 5P5UA 3ECGA 1U8GA 1KJGA 4IVSA 2PWRA 3EL4A 5B18A 1EC0A 3GI5A 5OYTA 5P7EA 3SO9A 2WF2A 3LITA 3KT5A 2HAHA 1BV9A 5P47A 2AZCA 3QVCA 4GB2A 3VYEA 4GJ8A 3O9LA 1EBZA 2PK5A 5P8VA 1EEDP 4Y43A 4RVIA 3TOHA 3KYRA 4TRZA 4MC6A 5HDZA 2ZHRA 4YDGA 5P3EA 3SQFA 4CMSA 1FFIC 5DQ4A 1FQ5A 2V10C 5TOLA 5P4HA 3G70A 2B8LA 2IGXA 2OAHA 1XL2A 5P2LA 1EC3A 1M4HA 4RCDA 4Y3EA 3ZPSA 5DQ2A 3KDDA 3L58A 4GJCA 5P8UA 1VIKA 5AGZA 1KJ4A 5HCOA 1DMPA 1XN2A 3OADB 4Y4XA 1IZEA 5ISJA 1ZPKA 3ZKQA 2AVSA 3EKPA 5P3JA 3IXKA 2UY0A 4J0YA 5P6HA 2WJOA 2QD6A 1D4HA 5HTZA 5P6RA 5IVSA 4L7HA 4DJRA 2QMFA 3R1GB 4MC1A 2JJJA 5P1WA 3HDKA 3O9FA 2WEDA 4YCKA 5P5PA 3OGPA 3S53A 3SLZA 2Q64A 4I0HA 5ENKA 5OZMA 3UF3A 4Y38A 4OBZB 3Q70A 4I8WA 5OYZA 3BUHA 5P34A 2VA6A 5P4TA 3S7MA 1LEEA 1FMBA 3UCBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2I1A A;  4FE6 A;  5P15 A;  1PFZ A;  3B7V A;  1YTJ A;  1GVV A;  5P6X A;  2NXL A;  3INE A;  5P5N A;  5DR3 A;  1GKT A;  1WBM A;  1TSU A;  1UH8 A;  5KQF A;  5P51 A;  5OZ4 A;  1Z8C A;  4DQG A;  3OAG B;  3S43 B;  4XXS A;  4PYV A;  1BDL A;  5P5F A;  3L5C A;  4FM7 A;  1FQ8 A;  1Q9P A;  4J1H A;  4Y3P A;  5P69 A;  4ZEA A;  3OUA A;  5T4S A;  4DH6 A;  2H6T A;  7HVP A;  3I6O A;  3LNK A;  4OBZ A;  5P3F A;  5COK A;  5BRY A;  5KQX A;  2AZ8 A;  2O4K A;  2ER6 E;  5P1L A;  3HAW A;  3L38 A;  3GI4 A;  3L5D A;  5OYQ A;  5P8A A;  5KR2 A;  2B60 A;  4M8X A;  1SGZ A;  5P68 A;  1MVP A;  4A4Q A;  1VIJ A;  5P4B A;  5OYU A;  2J9K A;  1FMU A;  3EKX A;  2IEN A;  1QBR A;  2J9J A;  3RTN A;  3F9Q A;  5KOS A;  5DGU A;  3VFA A;  2WKZ A;  1HHP A;  2ZJJ A;  1FQ7 A;  5P5D A;  5P4W A;  5P74 A;  5P28 A;  3TKW A;  5IVR A;  4Y48 A;  3T7P A;  4OD9 B;  2WEA A;  3MSJ A;  1DP5 A;  2FMB A;  3WSJ A;  1LZQ A;  5I3V A;  4DJX A;  4LC7 A;  3Q5H A;  4Z22 A;  3CYW A;  2G1Y A;  5C9F A;  3ZOV A;  1C6X A;  4Y3H A;  5P1A A;  4XX4 A;  2JJI A;  4D88 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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