3JVWA

Hiv-1 protease mutant g86a with symmetric inhibitor dmp323
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIARNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Highly conserved glycine 86 and arginine 87 residues contribute differently to the structure and activity of the mature HIV-1 protease
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3jvwA00
4RVXA 4FM6A 1MIQA 5P84A 4K9HA 4EWOA 3SQFA 4R93A 3UDMA 1GVXA 3ZKSA 3KDBA 4DQCA 4EXGA 5P3XA 4K4QA 1IVQA 3SA3A 2R5PA 2P3BB 2ZJNA 2ZJJA 5P0CA 3VF7A 5P2JA 5DQ4A 4HDBA 5P45A 2WL0A 4TRWA 4LBTA 2I0AA 4HDPA 1D4YA 4DJQA 3SPKA 4Z4XA 1LV1A 1QBTA 1FQ4A 3MWSA 4Y6MA 1CPIA 4ER2E 3AUPA 4Y5BA 5P7IA 3JW2A 3VUCA 5OZ4A 1YT9A 3S54A 4YOAA 5P4TA 1PSAA 1PSOE 3PHVA 4Y3EA 4FGXA 2A1EA 1E81E 2ZGAA 4HVPA 3K5FA 2SAMA 3RVIA 5P78A 5DQ1A 5P0EA 5OZVA 3LHGA 3CKRA 2AZCA 3EL9A 2QAKA 3NLSA 1N49A 2WEDA 5P1TA 4PEPA 3I8WA 2AOHA 1W5XA 4KE1A 2F80A 2H6TA 2Q63A 4H3FA 5P12A 1GVUA 1HOSA 5OZEA 3A2OA 2O4PA 2H6SA 5P7HA 1ZTZA 4Y4EA 1KJ4A 1T7IA 5P5HA 2OHTA 3UDYA 1PPLE 1HIHA 4OBDA 5P3NA 3S45A 5P74A 2AOIA 1FKNA 5P15A 3OU1A 1PPKE 3HBOA 4FLGA 5KQYA 2QI5A 3PSYA 5P1HA 3OK9A 2B8LA 5COPA 2R9BA 3ZKQA 1VIJA 3LZVA 4DJYA 5OZJA 3OTSA 4Y4UA 1K6VA 3G72A 5BS4A 3S53A 5P5UA 3D91A 5P8NA 3PLLA 4I0IA 4Y3GA 3SO9A 3VV7A 1IBQA 3BGBA 5I3VA 5P0PA 2OHSA 4EP2A 3L5FA 5P0ZA 1EBWA 4NJUA 4DJRA 4DVFA 2PH8A 2ZE1A 1MESA 5P1DA 1LS5A 5OZ7A 4ZPEA 3CKTA 3C9XA 5P43A 2PK6A 3DOXA 3DV1A 4DFGA 5P3JA 5P8BA 2QZKA 4H3IA 1BV7A 1B6KA 3VSXA 9HVPA 2PSUA 3KYRA 5P82A 1NPWA 5P08A 2I4XA 1HIIA 3O9DA 5P35A 5OYWA 5P7UA 4Y3WA 4ZSRA 1LZQA 3CMSA 5KOSA 4A6BA 5DR4A 4DUSA 3EC0A 2B7ZA 3BRAA 4EHCA 4EQJA 3D1YA 1FEJC 5P2LA 5P8LA 4E43A 3UQUA 1SIVA 3NU5A 4L7GA 4DJXA 1OD1A 5IVRA 5P4AA 1K6CA 2NMYA 4LC7A 1NPAA 4L6BA 4Y41A 3FSMA 4Y5MA 2HAHA 1EPME 2AODA 5TOLA 1FGCC 3T7QA 3UQPA 1TCXA 7UPJA 5ENKA 3H0BA 4L7HA 4Y3FA 4YD6A 1EAGA 2HB3A 4I0GA 4Y44A 5AHBA 5P0MA 1B6LA 3LIYA 4Z2ZA 4Y9WA 1ENTE 4JP9A 6UPJA 1T6EX 5P3FA 3CIBA 1SH9A 1D4LA 3S7MA 1BDQA 2FGUA 3QPJA 3EKPA 5P1UA 5P6YA 3VFBA 3UFNA 1W5WA 4MC1A 4ZPGA 1BVGA 4D83A 3GI4A 2BKSA 2QU3A 5I3XA 4LXAA 2AZ8A 5HE5A 3NU3A 5KQXA 4QJ7A 3IN4A 3UDHA 5COKA 5P18A 5P6XA 3OQFA 4ER1E 3HLOA 3CYXA 1K2BA 5P4SA 5P89A 5P4GA 5P4HA 3O9AA 3T11A 2FIVA 3NDUA 3OQAA 4Y57A 5P5BA 1APWE 1BXQA 2G1NA 5P73A 1SP5A 4RRNA 1IVPA 3OQ7A 5P1VA 4QJAA 2AZ9A 1FB7A 4Y5AA 3QN8A 1EBZA 2FNSA 3NDWA 2UPJA 4YCYA 3BHEA 5P7VA 3D1XA 5P32A 5P7WA 1IZHA 4XKXA 1JLDA 5P8EA 1D4JA 3WB5A 1Z8CA 3TOHA 5P0YA 4Y3ZA 4Y4JA 5P0RA 5I3YA 5IVTA 3EL5A 2QMPA 4DV9A 5OZKA 2QI4A 1HPSA 5C9BA 4Y5GA 5P60A 6FIVA 5P2NA 2RENA 4FRKA 3LZSA 4IVTA 3OOZA 4B05A 1RV7A 5P6BA 2QMGA 3Q3TA 1MSMA 5P67A 5OZSA 1MT9A 1BBSA 3I2LA 2CENA 1ER8E 5IE1A 1SDVA 4Y3JA 4Y53A 2V00A 2QI3A 4QGIA 5P50A 5P03A 4DJVA 3OU1B 5E5KA 5P39A 5P2XA 5P0LA 3NDXA 3VFAA 5HDVA 3TPRA 1OEXA 4S1GA 5P1NA 5P1ZA 5JFUA 2BJUA 5P6SA 3TL9A 3R4BA 4Y3NA 3MSKA 5ENMA 3IA9A 4Y3LA 2WJOA 3I7EA 1MRXA 3PI0A 5HCTA 4FCOA 2QNPA 1BILA 1HVIA 2I4DA 5P61A 3LPIA 1HPVA 5P37A 3PWMA 2QI1A 5P66A 4GJCA 1XN3A 4GJ7A 5DQ2A 4U8WA 2FNTA 5P3HA 4RROA 1SMEA 3R0WA 2Q54A 2G1SA 4GZFA 1EC0A 2O4NA 5P3UA 3QIHA 3PBDA 4Y48A 4ZLSA 4YOBA 1LYBA 1BV9A 5P3SA 5P6UA 1A8GA 4CPWA 5OZRA 5P3EA 4R5NA 5P2TA 5P6CA 7HVPA 3KFSA 4FIVA 3R1GB 1W6IA 5P3RA 3SKFA 4Y38A 5P4CA 2WF3A 5P5YA 5P34A 5P6EA 5P6ZA 5OZ2A 1HVCA 2J9KA 2OHPA 5P3CA 3VCMA 4ZIPA 5P40A 4Y4AA 3B7VA 5HU0A 5P4OA 3K4VC 5P1KA 3UTLA 1F7AA 5P13A 1A94A 1QBUA 4TVHA 3TOFA 1J71A 3VF5A 1QDMA 3BC4A 3BXRA 5P72A 2QD7A 4J0ZA 5OYXA 5P8UA 2VA5A 1XDHA 3APPA 3PSUA 2OHLA 3LITA 3PGIA 3KT2A 3BUHA 1A9MA 5BWYA 2VIJA 2A4FA 4OBHA 5P49A 3IVHA 2ER7E 5P33A 3LIXA 1K6TA 3EM3A 4I1CA 2XYEA 4OD9A 3LPJA 1HTGA 5P1EA 3WZ7A 1BDRA 1FF0C 3PSGA 5FIVA 5P31A 5P8HA 5P7GA 1ODXA 2ZHTA 4DJPA 5P2OA 4GJBA 5P2MA 4R8YA 5P4FA 1UH7A 2JYSA 4GJ5A 5P2EA 1AVFA 3QRMA 4YD4A 5P23A 4J1HA 5P1XA 5P4MA 1LF2A 5P5DA 5P2FA 3U71A 3RTMA 1HPOA 3SFCA 4COEA 4EJ8A 5OZIA 2PWRA 5P2YA 1WKRA 3MSLA 3KDDA 2OHQA 2B7FA 1OEWA 2QMFA 5P86A 1Q9PA 1HHPA 5P3YA 4WY1A 3INEA 1EC3A 4YBIA 4YBFA 4JPEA 3SA8A 3NXNA 5P07A 3O9GA 1IZEA 2P83A 1WBKA 2HB2A 3WSJA 2V13A 2P3AA 1ZPAA 5P1PA 5CONA 5P3DA 4R92A 3K5CA 4BELA 5P14A 5P63A 5F01A 4I10A 1KJ7A 4YDGA 5P8MA 3TPPA 1HVLA 3CIDA 3Q5HA 4Y51A 3ZKIA 5IVSA 1AZ5A 3GI6A 5P1AA 2VS2A 4HLAA 1YTJA 4A4QA 5AH6A 1FMXA 4RVJA 3CICA 3L5EA 1APUE 2ZJKA 4K4RA 1HXWA 3PWRA 1BWBA 4F75A 1IZIA 1PROA 2F3KA 4CPXA 4AA8A 4GIDA 5OZXA 1DIFA 5COOA 4Y3QA 2RKGA 5P56A 4YHQA 2QK5A 5DR3A 5P44A 3QBFA 5P8GA 1ZP8A 2Q3KA 3R0YA 1LF3A 3IXKA 4Y5LA 3NU6A 4YDFA 5OZHA 3M9FA 1W5VA 3O9LA 4R91A 1FLHA 3URIA 4B1DA 3I6OA 3EKVA 3Q4BA 2WF1A 1IDBA 3TOGA 1FG8C 8HVPA 4B1EA 1BVEA 5I3WA 5OZTA 1A30A 5P3IA 5P53A 4D85A 1BDLA 5OZ1A 3RU1A 5P19A 2HC0A 5P06A 3OUBA 3DM6A 1LYBB 5P8VA 5P0XA 1HPXA 1HTFA 3K5DA 5DPZA 5P3GA 1PPME 1KJHA 3LNKA 2VA6A 5OZQA 4FSLA 2R5QA 3QI1A 4Y3DA 1BWAA 4GJ9A 4JPCA 3UCBA 3VYEA 5P79A 4RYGA 4Y5NA 5OZZA 1C6ZA 1HTRB 5P7PA 4Q1XA 5P4BA 3QP0A 2VNNA 3NWQA 4NKKA 4F74A 2AVOA 1META 5PEPA 2ANLA 3GI0A 3MXDA 4LL3A 2O4KA 5P69A 5P5WA 3I25A 1HTEA 5P58A 4I0HA 5P8CA 1Z1RA 1MERA 4R95A 4FAEA 2Z4OA 2P3DA 2VA7A 1A8KA 2ZYEA 1SIPA 2IKOA 2NXMA 1NSOA 5P5FA 4Y3RA 1SDTA 3O9EA 5P6NA 2PQZA 5P3BA 5KQFA 2CEMA 2QHCA 5P81A 1CMSA 4Q1NA 5SY3A 5P0GA 4RZ1A 4OD9B 3L38A 4GYEA 2BPYA 1MRWA 4YA8A 4I8ZA 3PCWA 3PBZA 5OZ8A 2VIZA 4Y4WA 4HEGA 5P2KA 5KR1A 4QLHA 5P57A 2EWYA 5OYQA 5CLMA 4I0DA 4HZTA 3INFA 3UQXA 3INHA 5P6IA 5P6OA 1EBYA 3CKPA 5P47A 2PYNA 4YD7A 5P27A 5UPJA 3IXOA 2R43A 5P7CA 5HE7A 1E5OE 4Y4BA 3NXEA 4DPIA 4Y3TA 5P4ZA 5OYUA 1XN2A 4DPFA 3IN3A 3QVIA 5P1IA 1UPJA 4CPTA 1HBVA 1C6YA 4J1FA 5DQCA 4BEKA 4L7JA 1B5FA 4WTUA 3HVPA 5AGZA 3FNSA 2PYMA 2WEBA 2QZWA 3HVGA 2ZDZA 5P4EA 3RSVA 2G1RA 1IDAA 2OHUA 1FMUA 4J1KA 3KM4A 4MC6A 4RLDA 4GJ8A 1ME6A 3OU4A 5P4XA 5P7NA 4FRSA 1QS8A 5P2SA 5P7BA 4J54A 5OYVA 3SACA 3FNUA 3URJA 5J25A 3HDKA 3QRSA 4Y5EA 3U7SA 5AHAA 4Y56A 2IKUA 5P16A 5P29A 3OGQA 1HIVA 4Y35A 2FXDA 3DK1A 4HDFA 1MT7A 2PWCA 5P10A 3ZPSA 3OGPA 3KFNA 1SGZA 3O9IA 2ER6E 3RTNA 4ZE6A 5P68A 5P8DA 2B60A 2QNQA 2B42A 4Q1YA 2G27A 5OZYA 4Y47A 2ER0E 5P4IA 3L5DA 2Q15A 5OZGA 2VJ6A 2ZHVA 4DJUA 4GMIA 1W6HA 4Y3AA 4BFDA 3O9LB 3ER3E 3KF0A 5P8PA 4Y43A 3UQRA 3KMXA 5P70A 2AVSA 5P5EA 1EEDP 2NXLA 3LPKA 5P0SA 4EYRA 1YX9A 2QP8A 1LF4A 4ER4E 3ZPUA 1EPRE 3Q70A 5P6AA 4M8XA 5P8AA 1DW6C 1YM2A 3D20A 3G6ZA 2NTRA 5P2ZA 5P80A 2G24A 4APRE 4RCFA 1MT8A 1EPOE 5P6VA 1FFIC 1HVJA 4LAPA 3UDRA 1MSNA 5P3KA 3EKXA 3OXCA 3LIQA 5P0VA 2WEAA 1D4KA 1LYWA 5P1LA 4KUPA 1B6JA 2I4QA 5DQ5A 2JJIA 5P8KA 1VIKA 4WY6A 5P83A 4PHVA 4DQEA 3ZOVA 2QI7A 3ZLQA 3ER5E 5P2BA 3S8IA 4H3JA 3OOTA 1PSNA 5P0JA 2XFJA 4J5JA 3T6IA 5SY2A 2JXRA 3B80A 3JVYA 3T7PA 5P6JA 5P1CA 3BUGA 3O9BA 5P0WA 3FKTA 4U7QA 1MTBA 5OZBA 4J55A 5P7DA 3SABA 5P55A 1YTIA 5P2GA 3VYFA 4Y54A 5P2CA 3SM2A 2VNMA 3QAAA 3OY4A 5P6GA 5P02A 2OHMA 1KJFA 3EKWA 3NU9A 1QBSA 3N4LA 4FAFA 3EKYA 4DJOA 4XXSA 2PMAA 3EKQA 4EJKA 5P7FA 4J17A 5DR1A 1T7JA 1AIDA 3OXXA 5P2HA 2IL2A 2ZJMA 5P0AA 4Y3YA 4D88A 2PH6A 4CPSA 2RMPA 2VJ9A 4EXHA 4OC6A 5P4KA 5P5AA 1YTHA 2IEOA 5P5VA 1ZBGA 4Y4TA 4Y39A 3ZPTA 3SM1A 2P4JA 3KFRA 5APRE 1G2KA 1MUIA 5P88A 2IDWA 2OHKA 4FRJA 3KDCA 4A6CA 2AOEA 5OZFA 3S43A 3EMYA 5P4YA 1G6LA 5P7JA 4GJ6A 2F81A 1FMBA 3VSWA 2V10C 2G21A 3DUYA 3QBHA 4TRYA 5IVQA 4Y4ZA 3TTPA 1B5FB 4Y45A 3IVIA 2RSPA 3HAUA 3EM4A 4RGHA 2HS1A 5P76A 4CP7A 4NPUA 1RPIA 3BUFA 5OZOA 4F76A 1APTE 3OU4B 3WZ6A 2OF0A 5SZ9A 2NR6A 2FDDA 5P3TA 5AH7A 4J1IA 2RKFA 5SXNA 4DH6A 2HB4A 5EZXA 3K5GA 2FGVA 5P2DA 3LIZA 5P8FA 2QI0A 4YD3A 2AQUA 2BQVA 5P0UA 4BFBA 2AOJA 1KJGA 3NWXA 3OHHA 3EXOA 5P1GA 5P51A 1GVTA 1TCWA 1RNEA 3KMYA 3ZKXA 1SBGA 3ZL7A 3SA7A 1IIQA 5P7SA 5P38A 1FG6C 1XL5A 4RYCA 4ACXA 5ISKA 3NUOA 3BGCA 1DP5A 5P1BA 5OZWA 4X2LA 3UQWA 2HIZA 5P85A 4HA5A 5P7TA 2FDPA 3LINA 4TVGA 4PZXA 3O99A 4MC2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RVX A;  4FM6 A;  1MIQ A;  5P84 A;  4K9H A;  4EWO A;  3SQF A;  4R93 A;  3UDM A;  1GVX A;  3ZKS A;  3KDB A;  4DQC A;  4EXG A;  5P3X A;  4K4Q A;  1IVQ A;  3SA3 A;  2R5P A;  2P3B B;  2ZJN A;  2ZJJ A;  5P0C A;  3VF7 A;  5P2J A;  5DQ4 A;  4HDB A;  5P45 A;  2WL0 A;  4TRW A;  4LBT A;  2I0A A;  4HDP A;  1D4Y A;  4DJQ A;  3SPK A;  4Z4X A;  1LV1 A;  1QBT A;  1FQ4 A;  3MWS A;  4Y6M A;  1CPI A;  4ER2 E;  3AUP A;  4Y5B A;  5P7I A;  3JW2 A;  3VUC A;  5OZ4 A;  1YT9 A;  3S54 A;  4YOA A;  5P4T A;  1PSA A;  1PSO E;  3PHV A;  4Y3E A;  4FGX A;  2A1E A;  1E81 E;  2ZGA A;  4HVP A;  3K5F A;  2SAM A;  3RVI A;  5P78 A;  5DQ1 A;  5P0E A;  5OZV A;  3LHG A;  3CKR A;  2AZC A;  3EL9 A;  2QAK A;  3NLS A;  1N49 A;  2WED A;  5P1T A;  4PEP A;  3I8W A;  2AOH A;  1W5X A;  4KE1 A;  2F80 A;  2H6T A;  2Q63 A;  4H3F A;  5P12 A;  1GVU A;  1HOS A;  5OZE A;  3A2O A;  2O4P A;  2H6S A;  5P7H A;  1ZTZ A;  4Y4E A;  1KJ4 A;  1T7I A;  5P5H A;  2OHT A;  3UDY A;  1PPL E;  1HIH A;  4OBD A;  5P3N A;  3S45 A;  5P74 A;  2AOI A;  1FKN A;  5P15 A;  3OU1 A;  1PPK E;  3HBO A;  4FLG A;  5KQY A;  2QI5 A;  3PSY A;  5P1H A;  3OK9 A;  2B8L A;  5COP A;  2R9B A;  3ZKQ A;  1VIJ A;  3LZV A;  4DJY A;  5OZJ A;  3OTS A;  4Y4U A;  1K6V A;  3G72 A;  5BS4 A;  3S53 A;  5P5U A;  3D91 A;  5P8N A;  3PLL A;  4I0I A;  4Y3G A;  3SO9 A;  3VV7 A;  1IBQ A;  3BGB A;  5I3V A;  5P0P A;  2OHS A;  4EP2 A;  3L5F A;  5P0Z A;  1EBW A;  4NJU A;  4DJR A;  4DVF A;  2PH8 A;  2ZE1 A;  1MES A;  5P1D A;  1LS5 A;  5OZ7 A;  4ZPE A;  3CKT A;  3C9X A;  5P43 A;  2PK6 A;  3DOX A;  3DV1 A;  4DFG A;  5P3J A;  5P8B A;  2QZK A;  4H3I A;  1BV7 A;  1B6K A;  3VSX A;  9HVP A;  2PSU A;  3KYR A;  5P82 A;  1NPW A;  5P08 A;  2I4X A;  1HII A;  3O9D A;  5P35 A;  5OYW A;  5P7U A;  4Y3W A;  4ZSR A;  1LZQ A;  3CMS A;  5KOS A;  4A6B A;  5DR4 A;  4DUS A;  3EC0 A;  2B7Z A;  3BRA A;  4EHC A;  4EQJ A;  3D1Y A;  1FEJ C;  5P2L A;  5P8L A;  4E43 A;  3UQU A;  1SIV A;  3NU5 A;  4L7G A;  4DJX A;  1OD1 A;  5IVR A;  5P4A A;  1K6C A;  2NMY A;  4LC7 A;  1NPA A;  4L6B A;  4Y41 A;  3FSM A;  4Y5M A;  2HAH A;  1EPM E; 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 3MSL A;  3KDD A;  2OHQ A;  2B7F A;  1OEW A;  2QMF A;  5P86 A;  1Q9P A;  1HHP A;  5P3Y A;  4WY1 A;  3INE A;  1EC3 A;  4YBI A;  4YBF A;  4JPE A;  3SA8 A;  3NXN A;  5P07 A;  3O9G A;  1IZE A;  2P83 A;  1WBK A;  2HB2 A;  3WSJ A;  2V13 A;  2P3A A;  1ZPA A;  5P1P A;  5CON A;  5P3D A;  4R92 A;  3K5C A;  4BEL A;  5P14 A;  5P63 A;  5F01 A;  4I10 A;  1KJ7 A;  4YDG A;  5P8M A;  3TPP A;  1HVL A;  3CID A;  3Q5H A;  4Y51 A;  3ZKI A;  5IVS A;  1AZ5 A;  3GI6 A;  5P1A A;  2VS2 A;  4HLA A;  1YTJ A;  4A4Q A;  5AH6 A;  1FMX A;  4RVJ A;  3CIC A;  3L5E A;  1APU E;  2ZJK A;  4K4R A;  1HXW A;  3PWR A;  1BWB A;  4F75 A;  1IZI A;  1PRO A;  2F3K A;  4CPX A;  4AA8 A;  4GID A;  5OZX A;  1DIF A;  5COO A;  4Y3Q A;  2RKG A;  5P56 A;  4YHQ A;  2QK5 A;  5DR3 A;  5P44 A;  3QBF A;  5P8G A;  1ZP8 A;  2Q3K A;  3R0Y A;  1LF3 A;  3IXK A;  4Y5L A;  3NU6 A;  4YDF A;  5OZH A;  3M9F A;  1W5V A;  3O9L A;  4R91 A;  1FLH A;  3URI A;  4B1D A;  3I6O A;  3EKV A;  3Q4B A;  2WF1 A;  1IDB A;  3TOG A;  1FG8 C;  8HVP A;  4B1E A;  1BVE A;  5I3W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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