3JVWA

Hiv-1 protease mutant g86a with symmetric inhibitor dmp323
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIARNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Highly conserved glycine 86 and arginine 87 residues contribute differently to the structure and activity of the mature HIV-1 protease
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3jvwA00
3ZMGA 4RRSA 2PWRA 3K5GA 1SIPA 2I4DA 1BVEA 1FG8C 1HSHA 2B7ZA 5P8BA 2ZJHA 5P8GA 5P14A 1XE6A 2QZWA 2HAHA 3HAWA 3Q5HA 5P3XA 5P31A 3O9IA 2CENA 1EBZA 2FGVA 4YD6A 5COOA 3INDA 4FL8A 4RCDA 1LF3A 1XL2A 1K6VA 5P3BA 5KQFA 3WZ6A 1SBGA 2B7FA 5IVSA 4DPIA 4Y43A 5P2UA 5KR0A 5P0GA 2QI6A 5P03A 5P3SA 1W50A 3S2OA 3K5DA 5P8NA 2QU3A 5P8OA 5P32A 2Q11A 5E5KA 1DW6C 5P17A 5P6XA 5P58A 4ZPFA 3OU1A 2ZYEA 5P7IA 1MT7A 4E43A 1T7KA 1C6ZA 4I0ZA 2OHSA 4FS4A 5DGWA 1BDLA 2BB9A 1KJHA 3UQRA 3R2FA 2AZBA 4U7VA 3D1ZA 5P4KA 2V10C 4B0QA 4DJPA 3MSJA 4OC6B 4LXKA 1TW7A 2WECA 4QJ6A 3DUYA 3OUBA 5P0CA 3NWQA 1LS5A 4Y4ZA 1HVHA 3TPJA 1IZIA 4LXMA 3FNTA 1DIFA 2AZ9A 2RSPA 3EL0A 1A8KA 2ZHVA 1K6PA 5OZRA 5P0JA 1BV7A 3TKGA 2ZJIA 4DUSA 7UPJA 1EPPE 3PBDA 4HE9A 1XS7D 5P5EA 3TL9A 5I3VA 5P2AA 2JE4A 3T7QA 2JJJA 1NH0A 1FMUA 2AOGA 3DK1A 2VS2A 5P2VA 5P82A 5P4SA 1ER8E 5P0UA 1D4JA 5P48A 1LYAB 3PWRA 3URJA 3ZKQA 5P0EA 3QRMA 1EC3A 3BVAA 3GI5A 5P6MA 4GJBA 4HLAA 3OUDA 5OZJA 1FQ5A 9HVPA 4RROA 2NXDA 2UPJA 5P2BA 1SGZA 4Y4BA 5P24A 1AIDA 1HTEA 4WY1A 3EKPA 3O9FA 4DQBA 1MSMA 3OXWA 5P6GA 7HVPA 5P70A 5P5UA 2QD6A 2AVMA 4B1EA 3CKPA 3O9CA 1Z8CA 5P5MA 1EEDP 4ZSPA 5KOSA 2B8VA 3IAWA 5P8VA 5E5JA 1RV7A 5P6HA 3CYWA 5P01A 5OZTA 2NXMA 2H6SA 5P34A 2O4NA 5OZLA 4CPSA 1EBWA 2WHHA 4DJXA 2HPEA 3EM6A 1D4IA 4Y4JA 4TVGA 5P8KA 4OBZB 4I0FA 2PSUA 2WJOA 3EKTA 3O9LB 5P3IA 1EC2A 4OD9A 5P1KA 3KDDA 2FNTA 3OU4A 5P66A 3QVCA 5P4EA 4Y53A 3GW5A 4Z50A 3HVPA 2V0ZC 3EMYA 1IVQA 3DCKA 5DGUA 3LHGA 5P4RA 1IDAA 5P2FA 4I0DA 5P0LA 4LC7A 1LYWA 2AOJA 5P1IA 3C9XA 3NU4A 2AOCA 5P0DA 1HXWA 3APRE 3FSMA 3PCZA 4LBTA 5P36A 2HB3A 5P86A 5P2WA 3KFPA 5P6LA 1OEWA 2F3EA 2ZJKA 3PWMA 2FLEA 3NDTA 2G26A 4U8WA 2P8HA 3H5BA 1IZHA 2J9JB 1MERA 5P62A 1U8GA 4B78A 3WSJA 4J54A 4PHVA 5OZ1A 1B6KA 5HCOA 1LEEA 3QVIA 5P2ZA 4R95A 4F76A 2QP8A 3R0YA 1FFIC 5P5RA 2R43A 5P7CA 3TH9A 3DV5A 4QJ2A 5HE4A 4RLDA 5P5LA 4FM7A 4J0YA 5P33A 3AUPA 2QI4A 3F9QA 1MRWA 1SDTA 3UPJA 5P6IA 1EBKC 5P3UA 1ZP8A 5DR3A 5P7QA 5P2IA 5P2NA 4Y4GA 3S7MA 5P8QA 1HVIA 1HVLA 4I0JA 1K6TA 5P6SA 5P5DA 3NUJA 1YM4A 2I4VA 3OTSA 3EKXA 5P57A 2VIEA 3GGAA 4Y3DA 3KT5A 4GJAA 5P6FA 3VFBA 3IVHA 3NSHA 3EM4A 4B1CA 4Y39A 1ME6A 5P41A 5KR1A 5P4UA 2QZLA 5P8RA 3IN3A 1W6IA 1K1UA 2P3CA 5C9DA 1TSUA 3ZKIA 3OADB 5P18A 5P25A 3WZ7A 3RTHA 5P0PA 2NXLA 1HVRA 4F74A 1B11A 5P3OA 5OZ7A 3OU1B 1GVTA 2BPVA 5P5VA 4I0HA 5P28A 1BWAA 1QDMA 1TSQA 3FIVA 4CPQA 2R5PA 3BC4A 5HDXA 1BWBA 3O9AA 5P6VA 1MT8A 5P61A 5IE1A 5P4TA 4FSEA 5P7XA 2PK6A 4UPJA 5OYWA 5P3RA 3Q3TA 4TRWA 5P7VA 5P0KA 1B6PA 3OQAA 2F80A 2HM1A 4YD7A 3L59A 5P5ZA 2FXDA 5P6RA 5P7OA 5P51A 3I8WA 3I6OA 3DV1A 5P5BA 2R3WA 4H3IA 5P1RA 2UXZA 3PB5A 2MIPA 2FDEA 5P4CA 3T11A 4OBJA 4RCFA 3UDRA 5P8MA 4X7IA 2I4XA 4ZE6A 3HW1A 1OEXA 3UDYA 3LPJA 3O9GA 3VLBA 4NPUA 4J1CA 5I70A 2AVSA 5P44A 3ZOVA 3BHEA 5P3PA 2VKMA 3BGBA 2BPZA 2QNQA 4FRJA 4Y36A 5P5CA 5P7TA 2R8NA 2FNSA 5P8SA 4DJWA 4Y3TA 3UQXA 1D4KA 2QMDA 5P7UA 4Y5KA 3RSVA 5P2RA 4Y4TA 3TNEA 3OHHA 1PSAA 4YHQA 5OYTA 2AOEA 1HXBA 5OZMA 3ZKSA 1FKNA 4ZPEA 3L5BA 4Q5MA 1M4HA 2WF3A 3UDNA 4EJKA 4HEGA 4WY6A 1UH7A 5P6OA 4YE3A 2XFKA 1E80E 4JPEA 2G24A 3EM3A 4Y4AA 1YX9A 1C70A 3JVWA 5OZDA 4Y4UA 3JVYA 5OYRA 3UCBA 1YTHA 3HAUA 1HPVA 5P2YA 3PI0A 4EP2A 3VUCA 4QLHA 3UF3A 3GI6A 4LAPA 3OQKA 5P3KA 4Y41A 1EPNE 2QNNA 4EJDA 4ZSMA 5J25A 4I11A 3N3IA 4Y3XA 4D88A 5P6AA 5P35A 1HPOA 4MC1A 5AH9A 5P16A 1BV9A 4EXGA 3PMUA 5P0MA 3UQUA 2AIDA 3OU4B 4NJTA 5P59A 1E82E 5KAOA 4QJ7A 3S85A 3UDHA 2R38A 4Y35A 1LYWB 3OU3A 3VV7A 1ENTE 2OHQA 2QD7A 4PZWA 5P4OA 4DQFA 2J9JA 1WBMA 4Y3AA 3TOHA 4J55A 1XN2A 2AVVA 5FIVA 4Y3MA 5P5FA 4DJYA 5P23A 5P2CA 3LZSA 4Y3ZA 3VF7A 1JLDA 4Y38A 5ENMA 4YDGA 5SZ9A 3PGIA 2PYNA 4H1EA 3SLZA 2HB2A 1HRNA 2R9BA 4M8XA 4PZXA 1W5YA 4BFBA 4LHHA 1KJFA 5P1ZA 4YCKA 5AHCA 4DQEA 5P1YA 2AOIA 5OZFA 5ER1E 4I8WA 5OZVA 5P6NA 1CMSA 3CIDA 5P7PA 3OOTA 5P8AA 3D91A 5P7ZA 5DQCA 5P5KA 5P1SA 4DFGA 4A6CA 1XE5A 3HD8A 2G1RA 4GJ8A 2RKGA 4L6BA 2G94A 1UH8A 2XFJA 1NSOA 5P12A 4QJ9A 1D4LA 3NR6A 4ZSQA 3SKFA 3CIBA 5P05A 1EBYA 1QS8A 2IEOA 4FRIA 1EPOE 2Q64A 5P3LA 3HBOA 4L1AA 3S56A 4A6BA 1PSNA 3OTYA 4RZ1A 4EWOA 3PLDA 3QRSA 5PEPA 1HPSA 2NPHA 3G72A 5P8LA 5P6PA 1TCXA 3PSUA 5OZWA 2AOHA 3URIA 4AMTA 5HU0A 5ISJA 5P4VA 1HVKA 5P63A 2QMPA 4OBKA 3U7SA 4KUPA 5P7AA 1Z1HA 2J9KA 3NWXA 3OADA 2VNNA 4J0VA 4AZYA 4DQGA 5P1FA 3KM4A 4OBFA 2IKUA 5P6UA 3ZPUA 1HIVA 4FM8A 2O40A 5P5HA 3VYEA 3NDXA 3VCMA 2I0AA 3S7LA 2WEAA 5OYZA 5AH6A 5P56A 2PH8A 4Y3NA 1YTGA 3EC0A 4TVHA 2AVQA 5P7RA 3IXKA 2FXEA 5DR4A 3T7XA 5P8JA 5P0ZA 2SAMA 3GGVA 5P4XA 1G35A 5P3VA 3FX5A 1T7JA 1PFZA 2OHUA 3QN8A 4ZEAA 3D1YA 3QRVA 4R92A 1MTBA 5HCTA 3OAGB 3PM4A 3MXDA 1NPAA 3R4BA 2XFIA 3G70A 1KJ4A 2PSVA 1KJ7A 3D3TA 3IA9A 3S53A 2BPWA 1HVSA 4DJQA 5P1PA 5P10A 5P0XA 1MIQA 3EL5A 2AZ8A 1YTIA 4BEKA 4FM6A 5P3ZA 5P3YA 4FCOA 3RTMA 3M9FA 3ZKGA 1TZSA 3CKRA 5CONA 5P20A 4Y9WA 4MC2A 2OHTA 3OXXA 3IXJA 5AH7A 3SKGA 3SPKA 2WEZA 4Q1WA 3BXSA 2FGUA 4F75A 1M43A 3QS1A 5P06A 4EYRA 3SAAA 3B7VA 5P5AA 4Y3HA 5P7EA 3OQ7A 1IIQA 3IVIA 3SA3A 5SY3A 5JG1A 4ZIPA 3KDBA 3OQDA 3AIDA 5OZSA 5OZZA 3RVIA 5P0RA 1XL5A 3EKYA 1ZAPA 1HWRA 2I4QA 2QZXA 1B5FB 5P6EA 3BRAA 4Y5EA 4I10A 4FGXA 1GNOA 5KQZA 1Q9PA 5P2KA 3HLOA 3VYDA 1FQXA 1E81E 3DOXA 3L5DA 5KOQA 3K4VC 4RRNA 2ZE1A 5P09A 1HVJA 5P1OA 4B05A 4Y3RA 5OZEA 1OD1A 3SFCA 1FFFC 4YD3A 5P0QA 5F00A 1FQ6A 4I0GA 3UDKA 4Y44A 5P49A 2V11C 2ASIA 5P2SA 4Y3EA 1XN3A 4Y5AA 1AXAA 2G1OA 1HHPA 5B18A 3O9BA 5OZQA 3TTPA 3KA2A 1K2CA 5P02A 1RNEA 5P73A 3T7PA 4EJLA 3KFNA 2FDPA 3H0BA 1HVCA 5OZ8A 1DP5A 3K1WA 4PEPA 4Z2ZA 2VA7A 4J5JA 4LL3A 3QP0A 2AQUA 4I8ZA 2RENA 2ZHRA 2OHNA 3LZUA 1HPXA 4Y48A 1MESA 5DR8A 3OXVA 5P5TA 1IZDA 4L7HA 3LNKA 1FQ4A 2RKFA 4BELA 4K4QA 2JYSA 4GJCA 5P2JA 3UFLA 5HDUA 5P2OA 4J17A 3NU3A 3QAAA 5OZPA 3PRSA 1PPME 4YBIA 3FKTA 4Q1NA 5P81A 2Q3KA 3UHLA 1FMXA 3MSLA 1FMBA 5P13A 5P47A 5P6ZA 1SMRA 3U6AA 5JODA 3LINA 1MRXA 3K5CA 1TQFA 5P2EA 4I0EA 1HSGA 4CP7A 4FRKA 1A9MA 5P4LA 4L1AB 2F3FA 3CKTA 5P40A 1MUIA 5OZCA 3B80A 5P38A 3EL1A 5P3AA 5P7YA 5P7SA 5P37A 3QBHA 1HTFA 2PC0A 4Y5BA 4PPHA 3VG1A 4GMIA 4Y56A 1F34A 2G1YA 5TOLA 4YA8A 2XYEA 4K9HA 4Y5LA 4ZPGA 5C9FA 2WL0A 1G6LA 5HU1A 5P39A 3VF5A 2QI7A 4GIDA 1D4SA 1HTRB 4CPWA 3TPPA 2ANLA 4Y47A 3VFAA 3ER5E 5P53A 3NXEA 3PMYA 2B42A 2BJUA 5P83A 1J71A 1FF0C 3KN0A 3OAGA 5P19A 1ZSRA 4Y51A 5COKA 2OHKA 4Y5MA 1GVVA 3L58A 2I4UA 3VV6A 2IGXA 5P52A 3I2LA 1FG6C 2PK5A 2WKZA 5P4MA 3SA5A 4Y3GA 4N00A 1FB7A 1DPJA 2QHZA 5P6KA 3ZLQA 2WF4A 4Y3JA 5P3HA 1QRPE 1META 5P2LA 5DPZA 3EKQA 1CZIE 1MT9A 2ER9E 5P2MA 5P3DA 1G0VA 3OY4A 3UFNA 5P7DA 2UY0A 5P3CA 5P4NA 5I3YA 4DQCA 4A4QA 5BS4A 2O4LA 1YM2A 2RMPA 3RU1A 2OHRA 4HVPA 3NUOA 1YG9A 1ZJ7A 3MSKA 5DQ4A 5P5OA 2FMBA 5OZ9A 2VJ6A 2G20A 2P3DA 2PWCA 4OBGA 2ZHUA 4TRZA 4EQJA 5P4WA 3BVBA 4J0TA 5P87A 5P2TA 5P29A 5P15A 4CKUA 4EP3A 1B5FA 4HZTA 3KYRA 4QJ8A 2OHLA 3LZYA 2OHPA 4Z4XA 2P3AA 3KMXA 1AVFA 3EXOA 5P1TA 5P8CA 3IXOA 3MWSA 3QROA 1NPWA 2QK5A 5IVRA 1RQ9A 2P4JA 5P4PA 3KT2A 4B77A 1EC0A 3LIZA 4Y5GA 3R0WA 1LF4A 1FGCC 4Y4EA 5P5YA 3VLAA 3L3AA 3TOFA 5P6BA 5HTZA 1QBUA 3BUHA 3SA8A 5OYXA 1HTGA 2VJ9A 5P85A 5P76A 5P4DA 2G1NA 1RPIA 2R5QA 6FIVA 2XYFA 3EKVA 3UTLA 5KR8A 4DI2A 2ZHSA 5HDVA 5P27A 1Z1RA 3UDPA 5APRE 4Y45A 5KR2A 3PSYA 1HOSA 4JECA 4FRSA 2VA6A 1BIMA 4DJRA 5P7JA 5P5JA 4GJ5A 5P3GA 5P65A 4LP9A 5P7GA 3OHFA 3HVGA 3R1GB 3OOZA 3OUAA 2WF2A 5OZ3A 4S1GA 3I7EA 3ZL7A 5P3JA 3LITA 1T6EX 2BBBA 2PMAA 1AZ5A 3CICA 2NR6A 4TRYA 5P0AA 2ZJNA 2HC0A 3ZKNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ZMG A;  4RRS A;  2PWR A;  3K5G A;  1SIP A;  2I4D A;  1BVE A;  1FG8 C;  1HSH A;  2B7Z A;  5P8B A;  2ZJH A;  5P8G A;  5P14 A;  1XE6 A;  2QZW A;  2HAH A;  3HAW A;  3Q5H A;  5P3X A;  5P31 A;  3O9I A;  2CEN A;  1EBZ A;  2FGV A;  4YD6 A;  5COO A;  3IND A;  4FL8 A;  4RCD A;  1LF3 A;  1XL2 A;  1K6V A;  5P3B A;  5KQF A;  3WZ6 A;  1SBG A;  2B7F A;  5IVS A;  4DPI A;  4Y43 A;  5P2U A;  5KR0 A;  5P0G A;  2QI6 A;  5P03 A;  5P3S A;  1W50 A;  3S2O A;  3K5D A;  5P8N A;  2QU3 A;  5P8O A;  5P32 A;  2Q11 A;  5E5K A;  1DW6 C;  5P17 A;  5P6X A;  5P58 A;  4ZPF A;  3OU1 A;  2ZYE A;  5P7I A;  1MT7 A;  4E43 A;  1T7K A;  1C6Z A;  4I0Z A;  2OHS A;  4FS4 A;  5DGW A;  1BDL A;  2BB9 A;  1KJH A;  3UQR A;  3R2F A;  2AZB A;  4U7V A;  3D1Z A;  5P4K A;  2V10 C;  4B0Q A;  4DJP A;  3MSJ A;  4OC6 B;  4LXK A;  1TW7 A;  2WEC A;  4QJ6 A;  3DUY A;  3OUB A;  5P0C A;  3NWQ A;  1LS5 A;  4Y4Z A;  1HVH A;  3TPJ A;  1IZI A;  4LXM A;  3FNT A;  1DIF A;  2AZ9 A;  2RSP A;  3EL0 A;  1A8K A;  2ZHV A;  1K6P A;  5OZR A;  5P0J A;  1BV7 A;  3TKG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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