3JVYA

Hiv-1 protease mutant g86a with darunavir
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIARNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Highly conserved glycine 86 and arginine 87 residues contribute differently to the structure and activity of the mature HIV-1 protease
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3jvyA00
5SXNA 4Y4WA 3LIZA 5P2LA 1HVKA 4L7JA 5P45A 4Y4UA 1HXBA 1B6KA 5P8PA 4GB2A 2AZ9A 2VS2A 3ECGA 4DQFA 1JLDA 1GNMA 3CICA 5OZMA 5IE1A 3IGBA 1G35A 4GJDA 3QP0A 4LXMA 4Y39A 1PPME 3WZ7A 3VLAA 2PH6A 2APRA 5P0JA 1FG8C 4S1GA 5P2UA 4HLAA 3EL0A 4GJ9A 4LP9A 5HCOA 3GI6A 5P3BA 1KJFA 4ZPGA 3JVWA 2ZHRA 4BEKA 3MSKA 5P6PA 3MSLA 1SIPA 4CP7A 1EPLE 4I1CA 4OBZA 1OHRA 1ZLFA 1HVJA 1HPOA 4Y3YA 3PSGA 4QLHA 2NTRA 2XYFA 4ZSMA 3VYFA 3R1GB 5P83A 3UQRA 4Y3NA 4IVSA 3UDNA 3OOZA 1HPSA 2I1AA 2O40A 3D1XA 1RQ9A 5P3MA 2B8VA 4EXGA 1BVEA 2ZDZA 5P5EA 4CKUA 1EPPE 1BDQA 5OZSA 1KJGA 1HOSA 4LHHA 5P1PA 4X7IA 1KJ7A 3O9EA 2AVVA 2AVOA 7HVPA 2QD8A 2CEJA 4I0HA 5P6UA 1QRPE 2NMZA 1T6EX 4Y3EA 5DQ2A 1WBMA 4J1FA 5P3VA 5P79A 4YHQA 3GI0A 1MUIA 4R92A 4PZWA 4OBJA 4H3JA 4OBZB 4ZSPA 4HA5A 5P4AA 3U6AA 2PYMA 5P6ZA 4EQJA 1ZPKA 3EKVA 5I3VA 4B78A 3U71A 4Q1YA 5F00A 5P4VA 1FEJC 2JJIA 5HE5A 4J0TA 5UPJA 3B7VA 5P7LA 1FLHA 1HTEA 4ZSRA 2AODA 4J1IA 3C9XA 5DR3A 4Y4EA 1HEFE 5CLMA 2QHYA 5OYSA 2AOFA 1XN3A 1BVGA 1LYAA 2ZJIA 3LIXA 5P2WA 3NU6A 5P16A 3D3TA 1ZJ7A 1HVLA 2QNQA 4OBHA 5P0IA 1RNEA 5ISKA 1XL2A 4YD7A 4RGHA 5TOLA 5P15A 1MVPA 2I0AA 4FL8A 5AH8A 5P2RA 2B42A 2V16C 5OYRA 1A94A 5P8VA 3OK9A 1HVCA 1K1TA 5DGUA 3NYGA 4DQHA 3OU1B 3OHHA 2I4VA 3VUCA 5P0ZA 3T3CA 5P2KA 5OZ2A 1D4YA 2OHUA 3L5CA 4Y3DA 2BPYA 5HE7A 5I70A 1FQ8A 3HD8A 5HD0A 5P0VA 5P3PA 5P4BA 2FMBA 5SY3A 4KUPA 5P4TA 5P6SA 1GVUA 3DM6A 1HVSA 3OY4A 2Q54A 4ZPFA 5DR0A 2CEMA 5KR0A 5P4PA 5P3HA 1APWE 5C9DA 5P7IA 5P1QA 1EC2A 3K5FA 2ZGAA 3EKPA 5OZPA 1B5FA 4K4RA 3DCRA 5HDXA 1HBVA 3GW5A 3OWNA 5P0HA 5KQYA 3BXRA 5P2XA 2WEDA 2WKZA 5HTZA 2ZJKA 5P1YA 5P72A 5OZFA 5P0QA 1HEGE 2VKMA 2VNNA 3KMYA 3MSJA 5P3KA 4NJUA 4B1EA 2BPZA 5P5BA 3KM4A 5P5XA 3FNUA 5P3RA 3URIA 2H6SA 4APEA 1BV7A 4JOOA 2VJ7A 3R4BA 4OBGA 3URLA 1HTFA 5P1LA 2QU3A 2QHCA 3IA9A 5P66A 3KFNA 4RVXA 3KDBA 4J5JA 4D8CA 3FSMA 3BHEA 5P28A 5OZJA 1Z1HA 1Q9PA 2AVMA 6FIVA 4A6CA 3OU3A 1GVWA 2ZHUA 1OD1A 5P1RA 5P7BA 1QDMA 5OZUA 3TH9A 1LYWA 5OZ7A 5P65A 3NU9A 4R93A 5OYTA 5KR1A 2BKSA 1YTJA 2QD6A 4GJ5A 4B00A 5OZXA 4EHCA 3F9QA 3RVIA 3UQWA 3PWRA 1YT9A 4ZPEA 5P67A 1T7KA 1HRNA 4FCOA 4X2LA 1GKTA 3ER3E 5P4OA 4Y3WA 5P54A 5OZHA 3HVPA 5OZEA 5P0DA 3GGAA 3LINA 5P3LA 5P3FA 3VEUA 4GJBA 4Y5CA 5P3TA 5P8EA 5P4QA 1IZHA 1MRWA 4Y51A 2PC0A 4DJVA 5EZZA 4Y3SA 4Y53A 4ZSQA 5OYYA 2P3AA 5P2EA 1QBUA 5P4EA 1SP5A 3TL9A 5P2VA 1TQFA 2PYNA 1MRXA 5P3CA 2JJJA 5P0KA 1IZIA 1LYWB 4J17A 5P8KA 5P26A 4YBFA 4PYVA 3UDQA 5OZWA 5P0TA 3SACA 3I8WA 2ZJNA 3WB5A 3QRSA 5DR8A 5OZRA 3OUBA 3NWQA 5P39A 5IVSA 5P3DA 5P87A 3K5DA 5P00A 4Y54A 5OYWA 4R95A 4Y3LA 3PRSA 3SO9A 4J54A 2CENA 2IL2A 1KZKA 4U8WA 1D4IA 3OAGA 3IN3A 5P7KA 5P4LA 3DV5A 2P3BA 1IZEA 3HZCA 5P37A 2VJ9A 3ST5A 3IXOA 5P0UA 2HIZA 1EPNE 4RLDA 3S43B 5HE4A 2Q15A 3PSUA 2RMPA 3INDA 2O4SA 5P75A 2IGXA 5P6CA 4DJXA 2ZJJA 2Q64A 4GZFA 4Y6MA 5P6OA 2VNMA 5P1AA 2G20A 3SA5A 1HTRB 5DR7A 1YTGA 3SM2A 1EC3A 5P6JA 3IAWA 3L5EA 3EKTA 4A6BA 3CKRA 5P0GA 5P2YA 1B11A 5P0CA 2F3FA 1D4HA 1RL8A 2QZLA 4I0ZA 3IVIA 3LZSA 5P74A 3G6ZA 3KMXA 4YOAA 4Y3HA 5P4GA 1FMXA 5P3IA 4Y5BA 5T4SA 4RVJA 5OZAA 1B6PA 1K2CA 3GI4A 2OHLA 1BILA 5ENKA 2G26A 2QNNA 4J1KA 3RSVA 3N3IA 1PSNA 1HXWA 5APRE 4Y5LA 4FSEA 5P49A 1SIVA 5P11A 5OZGA 5P1ZA 5P2CA 5P7XA 3WB4A 4NJSA 1LYBA 5P5DA 5COKA 2WECA 4PZXA 3PM4A 5JG1A 3HBOA 4L1AA 3KT5A 4EJKA 2O4KA 2BQVA 2IKOA 4LXAA 4Y58A 3UDRA 1BXQA 2PH8A 3MWSA 1HIIA 2I4UA 1T6GA 2RKGA 5P6QA 3NDTA 5P29A 2PQZA 1GVXA 4DPIA 5P7RA 5OYQA 3TOGA 1W5XA 3JVYA 3OXCA 2WJOA 5OZIA 4Y3XA 2PWCA 1FQ6A 5PEPA 2WEZA 1D4SA 2IRZA 5P14A 5P51A 1FF0C 5J25A 1XE6A 5P2TA 4QJ9A 3UCBA 5P3ZA 5P34A 5OZDA 3S7MA 4CPXA 4QJ6A 3K5GA 5P8CA 4YA8A 1LEEA 3MXEA 2OHTA 1EC0A 1B6JA 4K4QA 5OZYA 1LZQA 3RTHA 2G94A 5P01A 2R9BA 2OHKA 3OU4B 5AH7A 2QU2A 4RROA 2J9KA 4OC6A 1FB7A 6APRE 4LXKA 5P50A 2F3EA 2SAMA 1F34A 3UFLA 5OZ1A 4EJ8A 3IVHA 4Y5NA 5P7VA 5P7UA 3SABA 3NU3A 3T7XA 3BVBA 3DJKA 3ZPTA 2V0ZC 1FFIC 3O9FA 1LF2A 3EM4A 3GGUA 3OHFA 4ACUA 5P2JA 4Y3AA 5P4NA 1FQ7A 5P6AA 3S7LA 2WF3A 1HHPA 1MTRA 2WHHA 4WY1A 1EPRE 5BS4A 3K1WA 5P2IA 3T11A 2Q5KA 4HZTA 3OQKA 3INEA 4XX3A 5P2FA 4DQBA 4RYCA 4RCFA 4FRJA 1T7IA 2R3TA 5P5PA 2ZJLA 3Q5HA 5P1NA 2R43A 3OUDB 1LS5A 1IIQA 1AVFA 2ZYEA 1C6ZA 2Q3KA 4FM7A 5P5AA 2HB4A 5P5FA 5OZ8A 1FQXA 2F80A 4FM8A 2QMGA 3DOXA 3VF7A 3KF0A 3SKGA 2IS0A 3PI0A 5P1MA 4TVGA 1NPVA 1BDRA 3UDYA 5P0EA 4EJDA 3UFNA 2PWRA 3QPJA 3BUGA 5P1CA 5OZNA 4FAEA 4EJLA 3PMUA 1APUE 5P6XA 1FMUA 2FNTA 4YD5A 5P8JA 4DJYA 4JPCA 5P8GA 4L7HA 5P8RA 5P4YA 5P7CA 5P85A 1FKNA 1GVVA 5P4SA 5P5WA 3EBZA 3OGQA 4RCDA 1HVHA 1HPVA 5P7FA 3UHLA 2QMDA 2I4XA 4WY6A 1RV7A 3ZKSA 1BWBA 2QK5A 2XYEA 1META 1UH8A 4Y3JA 1A9MA 3R0YA 5DQCA 5IVTA 2AZBA 1E80E 3TKWA 5P7NA 1T7JA 1MSNA 3AIDA 4JP9A 2HPFA 5P08A 4I0GA 5P4MA 2WL0A 2AZ8A 2VIYA 4R5NA 1IBQA 5P57A 2FGUA 5P03A 4GMIA 4Q1WA 3UF3A 4J1EA 3ZPUA 3FX5A 2VA5A 2PSUA 5P8DA 5P5NA 1M0BA 5P33A 2QMFA 2Q11A 1SBGA 5P1EA 5P3GA 3TOFA 1HWRA 2HS2A 1W51A 2G24A 5P88A 1W5VA 2G21A 3AUPA 3VSXA 2FXDA 2QMPA 2I0DA 5P0MA 2VA6A 2VIEA 3O9BA 1E5OE 1HSHA 4FM6A 5P6LA 3VG1A 4B77A 5DR4A 4ZIPA 1VIKA 3R2FA 4J0ZA 5P7PA 3T7QA 2AVSA 3H5BA 5C9BA 2MIPA 4ER2E 1EAGA 2P8HA 4D88A 5P8OA 1AM5A 2B60A 2EWYA 4D85A 1Z8CA 1NPAA 1D4KA 5OZ6A 5P73A 5P8NA 3R0WA 4Y57A 5P58A 4YOBA 5AHAA 4Y3FA 1ODYA 1MPPA 5P10A 5KQXA 3OADA 4I0IA 4Q1NA 3CIDA 4HEGA 1WKRA 3MXDA 5P6NA 2BJUA 2ZJMA 5P27A 3TPRA 5P6KA 3KN0A 3SFCA 1M43A 4FS4A 1MT9A 5P20A 1E81E 3LHGA 2PSVA 4DI2A 1W6IA 4MC6A 4Y36A 3QVIA 1HIVA 5HDZA 4J0YA 2FDPA 5P76A 2I4DA 5P3EA 4Y45A 4FGXA 5B18A 5P3QA 5P4KA 2FGVA 1BV9A 5I3WA 3FNTA 4GJCA 5P8UA 1LYAB 1DIFA 4Y5GA 5P5TA 5OZ0A 2HB2A 1UPJA 5P40A 5P0RA 3BUHA 4U7VA 5P0NA 2QHZA 3PWMA 4DJUA 1ZSRA 5P18A 3OXVA 5P4RA 3VLBA 5E5KA 3QBFA 5HU0A 1F7AA 4R91A 2QI6A 1IVPA 3M9FA 5P07A 3VFAA 4QJ8A 4ZLSA 2H6TA 4XX4A 2OHNA 3HAUA 3NU4A 3UQXA 4AA9A 3PB5A 4EWOA 3UDKA 4Y3TA 2RKFA 2NMYA 3OQ7A 4TRYA 3DUYA 3QRVA 3L59A 4Y56A 1ZTZA 3PJ6A 5OYUA 2V00A 1SH9A 3PLLA 2FNSA 1YM2A 5P2NA 1K2BA 4L7GA 1APVE 1D4JA 1E82E 2FLEA 3KT2A 2QAKA 2BPVA 1AAQA 3PCZA 4HE9A 3VFBA 2ER0E 2QP8A 3QAAA 5EZXA 1B5FB 5P0OA 4I8ZA 4Y5EA 3OXWA 1HVIA 3A2OA 5P3WA 1ZSFA 3EL1A 2QNPA 4NJVA 1J71A 5P5YA 2QCIA 3S56A 5P19A 1W5YA 3UDPA 2ZHSA 3FIVA 5P7QA 5P1GA 5P55A 2FDEA 5P6YA 3LIYA 5ER2E 4ZE6A 3BC4A 5DPZA 4ZEAA 4B70A 4TVHA 4Q5MA 3GGVA 2QI4A 4Z50A 3EM3A 5OZ9A 5HDVA 1HTGA 1NPWA 2G27A 1W5WA 4TRZA 5JFPA 1EPQE 2RENA 5OZLA 4J0PA 2IKUA 3LZVA 5P8AA 2OF0A 1APTE 3U7SA 4FAFA 3QI1A 5P82A 5OZBA 5P3NA 5BWYA 5HDUA 4Y43A 4AMTA 3KDCA 5JFUA 5P05A 1YM4A 4DQEA 3LIVA 3NU5A 3O9HA 4U7QA 3EC0A 5P1WA 3SA4A 5OZ5A 4PHVA 5P30A 4HVPA 5P7GA 5OZ3A 5P81A 5DQ4A 1WBKA 1G0VA 3JW2A 3D91A 3L5FA 4B1CA 1GVTA 4EYRA 1K6PA 5KOQA 2Z4OA 2VIJA 5P69A 5ENMA 2F3KA 3LZYA 4D89A 1MSMA 5P44A 4FE6A 3NDUA 1MTBA 1ODXA 3EL9A 4DJRA 4OBDA 3QROA 2QI7A 3VV6A 1SDVA 1SMRA 4APRE 5KQFA 3URJA 2ER6E 4GJAA 2NNPA 3ZL7A 4RVIA 4Y9WA 3ZKMA 3O9LA 3K5CA 1DPJA 4DJWA 4EP2A 5P0PA 5P6IA 3SM1A 1MT8A 4LC7A 2HM1A 3KYRA 1B6LA 3LIQA 1IDBA 1UH7A 4ER1E 5OZKA 5P7EA 4H1EA 2G1SA 1FIVA 2AIDA 5SY2A 3SAAA 4ACXA 5DR1A 4F75A 2ASIA 2R8NA 4EP3A 1EEDP 2ER7E 4KE1A 1K6VA 1AIDA 3PBDA 3Q3TA 3OAGB 4NPUA 4B05A 5OYVA 5P60A 1EPOE 3EL4A 2P3BB 5P78A 4FRIA 4Y4ZA 5P4XA 5P0AA 3PBZA 3GGXA 4B0QA 2R5PA 5P8QA 5P4JA 5P6VA 1DP5A 3H0BA 4Z2ZA 5P4DA 2QI5A 5OZCA 2UY0A 5P0BA 4RCEA 3S85A 3I2LA 4Y3ZA 4DPFA 2R3WA 4LAPA 5BRYA 5AHCA 2HB3A 4GJ7A 3KFRA 3PMYA 1QBTA 2JXRA 3EKQA 5P46A 3OUCA 1KJ4A 4K9HA 1TCWA 4DJPA 5OZOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5SXN A;  4Y4W A;  3LIZ A;  5P2L A;  1HVK A;  4L7J A;  5P45 A;  4Y4U A;  1HXB A;  1B6K A;  5P8P A;  4GB2 A;  2AZ9 A;  2VS2 A;  3ECG A;  4DQF A;  1JLD A;  1GNM A;  3CIC A;  5OZM A;  5IE1 A;  3IGB A;  1G35 A;  4GJD A;  3QP0 A;  4LXM A;  4Y39 A;  1PPM E;  3WZ7 A;  3VLA A;  2PH6 A;  2APR A;  5P0J A;  1FG8 C;  4S1G A;  5P2U A;  4HLA A;  3EL0 A;  4GJ9 A;  4LP9 A;  5HCO A;  3GI6 A;  5P3B A;  1KJF A;  4ZPG A;  3JVW A;  2ZHR A;  4BEK A;  3MSK A;  5P6P A;  3MSL A;  1SIP A;  4CP7 A;  1EPL E;  4I1C A;  4OBZ A;  1OHR A;  1ZLF A;  1HVJ A;  1HPO A;  4Y3Y A;  3PSG A;  4QLH A;  2NTR A;  2XYF A;  4ZSM A;  3VYF A;  3R1G B;  5P83 A;  3UQR A;  4Y3N A;  4IVS A;  3UDN A;  3OOZ A;  1HPS A;  2I1A A;  2O40 A;  3D1X A;  1RQ9 A;  5P3M A;  2B8V A;  4EXG A;  1BVE A;  2ZDZ A;  5P5E A;  4CKU A;  1EPP E;  1BDQ A;  5OZS A;  1KJG A;  1HOS A;  4LHH A;  5P1P A;  4X7I A;  1KJ7 A;  3O9E A;  2AVV A;  2AVO A;  7HVP A;  2QD8 A;  2CEJ A;  4I0H A;  5P6U A;  1QRP E;  2NMZ A;  1T6E X;  4Y3E A;  5DQ2 A;  1WBM A;  4J1F A;  5P3V A;  5P79 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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