3K4VA

New crystal form of hiv-1 protease/saquinavir structure reveals carbamylation of n-terminal proline
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Carbamylation of N-terminal proline.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3k4vA00
1QDMA 5HTZA 4PHVA 3IGBA 1FB7A 5P00A 5P4EA 3OXVA 3LZYA 3T7XA 1D4SA 2ZGAA 4Y5EA 1FF0C 3QVIA 1EBKC 3SQFA 5P82A 2QI5A 5P22A 1W5VA 1K6VA 3IAWA 2H6SA 5P1MA 5P6AA 3TH9A 3WZ6A 1IDAA 5P7AA 3LNKA 4J0VA 5P01A 4RCEA 1N49A 3BC4A 5P69A 5P3TA 2FMBA 5P59A 4Y3FA 1MRWA 3K5CA 3C9XA 3TPRA 1YT9A 1SMRA 1GNNA 5P4GA 5P6WA 1SBGA 4GMIA 5OZPA 1IZDA 5SXNA 5P0NA 4LL3A 5HE7A 1FQXA 4Y4DA 3OUDB 5P1FA 3N3IA 5P2GA 2I0DA 2WHHA 3PVKA 2G94A 3PWWA 4WY6A 4A4QA 2FDPA 1MSMA 2B8VA 1SMEA 3QBHA 5P8PA 3VYFA 5ISJA 3UFLA 4CMSA 2Q64A 5P8EA 3LZUA 1W6HA 2BKSA 1GKTA 2IKUA 4Y3ZA 2OAHA 3CICA 5OZBA 1BDRA 2FS4A 3SFCA 3EBZA 5AGZA 1IVQA 3A2OA 1W6IA 4AA8A 4Y45A 5P0DA 3MXEA 2OHMA 2F3KA 2AZ9A 1XN3A 1E82E 3R2FA 1HVIA 4YD7A 1APVE 4F73A 2QP8A 5KQXA 2CEMA 2FXDA 5P6JA 3ZKXA 1ZSRA 4YD6A 5ISKA 2CEJA 3TPLA 4Y4EA 3IN3A 3S7LA 4NJTA 2O40A 3OADB 4Y3EA 5P27A 5P7YA 2P3CA 5P81A 3JVYA 4OBDA 1YM2A 5P0QA 1EC1A 5P3XA 1HXBA 2NXDA 1D4IA 2IDWA 2ER6E 2VIZA 1BWBA 2FXEA 3ZOVA 3UDNA 3K4VC 2UY0A 5HDZA 2R9BA 3KMXA 2B60A 3Q5HA 4J55A 5OZ6A 5P0ZA 5BRYA 1FEJC 2G27A 1HSIA 1LV1A 1GVTA 5P4RA 4Y47A 4JPCA 2V00A 2FIVA 4Y53A 4HDPA 3SACA 2B7ZA 2WKZA 5P3CA 1RPIA 2BBBA 1XE6A 3PI5A 5T4SA 4YOBA 3CIDA 4AZYA 2OHNA 5DR8A 3KDBA 4DJOA 2WF2A 5FIVA 4XXSA 4DH6A 5P0HA 1DPJA 1QS8A 4K4PA 3VYEA 1K1TA 2WJOA 2ER0E 4Y35A 2AIDA 3EL4A 5P1BA 5OZQA 5P1PA 1META 5B18A 5DPZA 2ZDZA 5P0TA 2F80A 4Y3HA 1T7JA 4GYEA 2IGYA 3UDPA 4ACXA 2VNMA 3OGQA 5BWYA 4Q1NA 4R92A 3NXNA 4ZIPA 1F34A 5P88A 5P2OA 5P5ZA 3S43A 1HTEA 3CKRA 5OZEA 4Y3YA 5OYVA 3TKWA 1ODXA 2AOHA 5P32A 4I0GA 5P4BA 2V10C 3LPIA 2Q11A 3HBOA 5P78A 2EWYA 4AA9A 1K6TA 2NTRA 1ZAPA 3DJKA 1KJ7A 3BUGA 1PSOE 2PMAA 3KFSA 5P0MA 5P8UA 3ZPTA 1LYWB 5P2BA 2OHTA 3PSGA 2I4WA 4QJAA 2IL2A 3NYGA 5P0JA 4D89A 5P0FA 5P2SA 4I12A 3KDDA 2QI6A 4MC9A 1NPVA 4ER2E 1MUIA 1D4YA 1GVXA 1MIQA 1DAZC 2ZE1A 2ER7E 3D91A 3I25A 5OZDA 2VIYA 5P4TA 1AZ5A 4ZSPA 3EC0A 1K2BA 2QZWA 4F76A 1FQ6A 2Z4OA 3L5EA 4Y3PA 2AOFA 5ER2E 3VEUA 5P16A 1B6MA 2RMPA 5IVRA 2JJJA 5P34A 5I3VA 4NKKA 4RROA 4CP7A 1SDUA 4RVJA 3KT5A 4I0ZA 1OEXA 4Y5BA 4B1EA 4Y5AA 5P1KA 3O9HA 1D4KA 5P2NA 5J25A 2QHCA 2P4JA 1HBVA 3NWXA 5P74A 3OK9A 5P5PA 5F01A 1K2CA 2IS0A 4DFGA 5P75A 5KQYA 1AVFA 3TOGA 4ZPFA 5P5TA 5P10A 2QZLA 4LC7A 4QGIA 4NPUA 5EZZA 2JJIA 1LF4A 4R91A 3T7PA 1IZEA 5P5AA 1PPKE 5P0SA 5SY3A 3QRMA 3OHFA 4L1AA 5P11A 3UQXA 1YTJA 3U6AA 2CENA 5P1HA 3JW2A 4GJBA 2V13A 2B8LA 2B42A 5P39A 5AH8A 2NMYA 2XFKA 2ZHUA 5P6HA 3VCMA 1A9MA 3NU9A 5OYSA 4Z4XA 5OZJA 5IE1A 1BIMA 4RYGA 3SKGA 3BXSA 5P3NA 1ZBGA 5HD0A 4FRKA 2AZ8A 4K9HA 2B7FA 4Y3MA 5P8MA 3QN8A 5P46A 3NLSA 5P4OA 3OAGA 1G35A 1VIJA 1HVRA 1HPXA 3OHHA 5P1TA 2AODA 5P4IA 5P4PA 4Y51A 2QNPA 3WZ7A 3G72A 3ER5E 5P71A 1SP5A 5OZCA 2QU2A 2G22A 5KR1A 5P03A 1QBUA 1FG6C 5P2TA 4CPRA 4KE0A 5BS4A 3GGVA 4U7QA 5P19A 1HSGA 2I4XA 4RVXA 3R0WA 3OU3A 4ZEAA 2ASIA 3NU5A 5P2CA 1KJHA 4AMTA 5P7CA 5P52A 4QJ7A 4KB9A 2HS2A 3KM4A 1HEFE 2MIPA 3NU4A 4DQCA 3SLZA 3O9EA 1TCXA 3T7QA 2AOGA 1TZSA 3K5GA 3O9CA 3EM6A 3EM3A 4HEGA 1M43A 1UH9A 5P1EA 2PWRA 3TNEA 4Y5KA 5P6QA 1RV7A 4DJQA 3UQPA 1EPPE 3BUHA 5P7QA 8HVPA 4EQ0A 2FLEA 1JLDA 4H3IA 5P45A 5P65A 4Y9WA 5P72A 5P5LA 4J1CA 5P5KA 5HVPA 3NDWA 4XKXA 3UFNA 4EP3A 2R5QA 4Q1XA 1EPLE 2G1OA 1ZSFA 2P3BB 1EC3A 4PYVA 5DQ5A 3QAAA 4B0QA 2ZHVA 5P2KA 1BDLA 4IVTA 1UH8A 2WECA 2BPWA 4Y50A 5OYZA 2I4DA 4Y4BA 1EPOE 3O9LB 4Y58A 4YCTA 5P4XA 5DQ2A 2WEBA 4COEA 3DM6A 5OZTA 2G26A 5OYRA 5P53A 2AOIA 5P07A 5P6PA 5P7EA 2P3DA 3DV1A 3OU4A 3O9AA 4BELA 3KDCA 4E43A 3ZPSA 4PZWA 5P4SA 4FS4A 5OYTA 5P66A 5P8HA 3VSWA 2H6TA 1XS7D 5P1AA 4DQBA 3UTLA 3PI0A 5HU1A 5DQ1A 3OXCA 3S43B 4PEPA 5P5YA 4EJ8A 1AXAA 1K6CA 5DR4A 1DP5A 5IVTA 5P43A 2QMGA 4Y54A 1BVGA 4L7GA 5P0KA 5JG1A 3UDKA 4Y41A 4Y4AA 3L3AA 2WF3A 5P48A 4DVFA 3NUJA 4Y4GA 4DQEA 3OGPA 5P7FA 4Y36A 2OHKA 4Y3JA 2I4VA 4J5JA 4RLDA 3IN4A 2O4KA 5P8CA 5P0IA 3LITA 2O4LA 2JYSA 3VV6A 1FLHA 4I8ZA 3CKPA 5P5VA 5P3EA 4CKUA 4DJXA 2NXLA 4OBJA 1BBSA 4OBZA 4EJKA 3ECGA 3FNTA 4YOAA 2O4PA 1FMBA 5ER1E 3OUBA 3TOHA 2I4QA 3B80A 4Y4TA 4GJ5A 1GNOA 4EPJA 2J9JB 4X7IA 5AH6A 5P5MA 4YHQA 5HE5A 1FFFC 1TSUA 3SA8A 4RRNA 4FIVA 2PQZA 2QZXA 1M0BA 5P0AA 4NPTA 5I3XA 5P4NA 1Z1HA 2VJ9A 3L5DA 5P6VA 2IGXA 5P8RA 3ZKQA 1EPNE 5DQCA 4J0TA 5OZ0A 4L6BA 3HDKA 5P83A 4QJ9A 2PH6A 5P8VA 2ANLA 3HAUA 4MC6A 5P79A 4DPFA 4L7HA 5P6CA 5P7RA 4ER1E 1IZHA 4OBKA 3F9QA 3TTPA 3L5CA 1HVKA 4FGXA 5P4CA 5AH9A 5CLMA 4Y39A 1APTE 4QJ8A 4F74A 3PCWA 4R8YA 3ZL7A 1SIPA 5P4FA 3GI0A 3O9IA 1CZIE 4YBFA 5DR7A 3Q3TA 5P7NA 1C6XA 5P62A 2R43A 1M4HA 1XE5A 5P6RA 5P6XA 5P89A 2ZJLA 4M8XA 2PYMA 4TRZA 3FKTA 2QMDA 3NSHA 4RRSA 1IDBA 5P20A 5HCTA 4EXHA 2ZYEA 3OAGB 3S2OA 5P5WA 4U8WA 5P2IA 4Y56A 4UPJA 3EKPA 5P17A 2F3EA 5OZZA 1QBRA 2R3TA 1IBQA 4TRWA 5COKA 4DQGA 5DGWA 3VG1A 5P3MA 4MC1A 5P6YA 3S53A 5C9BA 2OHLA 3KYRA 5P3DA 1SGZA 4XX3A 5P7GA 1FQ8A 5P54A 5P77A 1J71A 5COOA 5P8GA 4GJ9A 5HDVA 1HPOA 5P6FA 4N00A 3OU1B 5P2LA 4APRE 3U71A 2QCIA 5P5JA 2VJ6A 3FSMA 1PFZA 3HZCA 5P84A 4ER4E 2OHRA 3GGXA 3QRVA 4Q1WA 2VIJA 5P76A 1YG9A 2G1SA 4Y3QA 5P3OA 3SA4A 2Q55A 4HDFA 3FX5A 3UHLA 3VF5A 3BRAA 4J0PA 5P8AA 3QVCA 4Y4XA 5P47A 1RNEA 1HPSA 5P1VA 3APPA 3EMYA 3LZVA 4TRYA 5KR8A 4J1HA 5P61A 3CYWA 5P6DA 5P1ZA 3VV7A 3JVWA 2HC0A 5P7XA 5P0GA 2Q3KA 5P5XA 4FSEA 4Y5GA 1YTIA 2QMPA 1SGUA 1B5FA 4LXKA 2A1EA 3R0YA 3OQDA 3NDXA 1GVUA 4DJWA 2O4SA 5OZ4A 1HVLA 4YD4A 3BUFA 2AZCA 1PPLE 1GNMA 4CPWA 4Q5MA 2SAMA 3KT2A 4FM7A 4R5NA 4K4QA 1W5YA 1SDTA 5P06A 2FGVA 2QNNA 2ZHSA 4L7JA 5EZXA 5P1SA 1NPAA 1IIQA 1YM4A 4J1KA 2AVVA 5OZRA 2P8HA 3URJA 2QI4A 5OZNA 3D1ZA 4DJYA 5OZUA 5P3AA 4LXMA 3OXXA 5P7LA 5P3ZA 3PSYA 5P4LA 1MTRA 3I7EA 5P3BA 4ZE6A 2HPFA 5P4UA 3QIHA 5P3SA 4I8WA 4GJCA 1E5OE 3OU4B 4DJUA 4ACUA 4B77A 5P8FA 2JE4A 5HDXA 5P1WA 1BILA 3OTYA 3PBZA 5P0WA 2F3FA 4EWOA 3EXOA 3L5BA 5P64A 3EL9A 3URIA 5P50A 5P5RA 2G1NA 1YTGA 3H5BA 2HB2A 2OHQA 5CONA 1HIHA 4FAFA 3B7VA 4OC6A 2AOEA 3PMYA 4J54A 3EL0A 5P41A 3EL5A 2IEOA 5P2JA 1BDQA 1HWRA 5P3FA 5P73A 4DI2A 1XL5A 2V0ZC 4DJPA 3OWNA 5P5BA 3R1GB 3UQUA 5P0OA 5OZ3A 1CPIA 3D3TA 4B70A 5P1JA 1APUE 1LEEA 5P7JA 2NNKA 4I0EA 3TLHA 1A8GA 4CPTA 2BPZA 5P4KA 5P6OA 4ZPEA 3I8WA 2ZJNA 1E80E 1KJFA 4Y5NA 2FDDA 3L58A 4EJDA 2OHPA 5OYUA 5P6GA 3GI5A 5OZLA 3KFPA 5I3YA 1AAQA 5OZKA 3GW5A 2ER9E 3OXWA 4FM8A 1MVPA 1BWAA 5P2XA 5P5HA 4Z2ZA 3KMYA 5P31A 5P35A 5HCOA 1HOSA 2VS2A 3DOXA 1LS5A 1HRNA 4J1EA 4YD3A 5KOSA 4DQFA 3OTSA 4Y5CA 2NMZA 3OUDA 4Y3XA 2ZJKA 5ENKA 1HEGE 5HU0A 1A94A 2R8NA 4X2LA 2JXRA 2Q54A 1W5XA 2VIEA 1NSOA 2PSGA 5HDUA 2XYEA 4YE3A 2QZKA 5KR2A 5P56A 4YCYA 1GVVA 5OZHA 1MPPA 4H3FA 1ZJ7A 5P57A 3SA5A 3VLAA 3S8IA 6UPJA 5KAOA 4RYCA 4HA5A 5P0EA 1YTHA 1Z8CA 1HSHA 2IKOA 4FE6A 2BKTA 5AHBA 4Y3NA 5P7BA 3UDQA 2HS1A 5P2YA 3ZKNA 2QK5A 5P37A 1FGCC 2F8GA 4I0IA 3O9DA 3RVIA 1KJGA 2PK6A 2WF0A 3HLOA 3OQKA 5P7DA 3HVGA 4D8CA 1SIVA 1QBSA 5P58A 1ZPAA 5JFUA 4JECA 5OZOA 3OOZA 1MRXA 5P8KA 3VUCA 5P3RA 4HZTA 5P14A 3GI4A 4JPEA 5P68A 5P1NA 4H1EA 2WEAA 4Z50A 5P51A 5P1DA 3SM2A 4GIDA 4Y5LA 3NR6A 3HD8A 5OZ2A 3EKWA 4WY1A 4J1IA 3URLA 4KUPA 5P8BA 3KFRA 4RCDA 4R93A 5P18A 4GJ8A 2PWCA 2HM1A 3VSXA 5P5NA 3SPKA 5P8NA 2AZBA 3T11A 3D20A 2UPJA 1UH7A 2RENA 1BAIA 5OZ5A 2J9KA 4EXGA 1EPME 1DMPA 2Q15A 2NXMA 5E5KA 3TPPA 5OZ9A 3U7SA 1EC0A 2F81A 4Y57A 5P6ZA 2G20A 3WB5A 1LZQA 5P08A 4Y43A 5P6IA 5P4AA 5P7HA 2VA6A 5P44A 5P5FA 5P7KA 2I0AA 3T3CA 1ME6A 5P05A 3WZ8A 1AJXA 3LIQA 1BXOA 2XFJA 3CMSA 3EL1A 5AHCA 2PYNA 1B5FB 5OYWA 3OQ7A 3AIDA 1EBZA 5JFPA 2WEDA 2VJ7A 3S54A 5PEPA 1PPME 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QDM A;  5HTZ A;  4PHV A;  3IGB A;  1FB7 A;  5P00 A;  5P4E A;  3OXV A;  3LZY A;  3T7X A;  1D4S A;  2ZGA A;  4Y5E A;  1FF0 C;  3QVI A;  1EBK C;  3SQF A;  5P82 A;  2QI5 A;  5P22 A;  1W5V A;  1K6V A;  3IAW A;  2H6S A;  5P1M A;  5P6A A;  3TH9 A;  3WZ6 A;  1IDA A;  5P7A A;  3LNK A;  4J0V A;  5P01 A;  4RCE A;  1N49 A;  3BC4 A;  5P69 A;  5P3T A;  2FMB A;  5P59 A;  4Y3F A;  1MRW A;  3K5C A;  3C9X A;  3TPR A;  1YT9 A;  1SMR A;  1GNN A;  5P4G A;  5P6W A;  1SBG A;  4GMI A;  5OZP A;  1IZD A;  5SXN A;  5P0N A;  4LL3 A;  5HE7 A;  1FQX A;  4Y4D A;  3OUD B;  5P1F A;  3N3I A;  5P2G A;  2I0D A;  2WHH A;  3PVK A;  2G94 A;  3PWW A;  4WY6 A;  4A4Q A;  2FDP A;  1MSM A;  2B8V A;  1SME A;  3QBH A;  5P8P A;  3VYF A;  5ISJ A;  3UFL A;  4CMS A;  2Q64 A;  5P8E A;  3LZU A;  1W6H A;  2BKS A;  1GKT A;  2IKU A;  4Y3Z A;  2OAH A;  3CIC A;  5OZB A;  1BDR A;  2FS4 A;  3SFC A;  3EBZ A;  5AGZ A;  1IVQ A;  3A2O A;  1W6I A;  4AA8 A;  4Y45 A;  5P0D A;  3MXE A;  2OHM A;  2F3K A;  2AZ9 A;  1XN3 A;  1E82 E;  3R2F A;  1HVI A;  4YD7 A;  1APV E;  4F73 A;  2QP8 A;  5KQX A;  2CEM A;  2FXD A;  5P6J A;  3ZKX A;  1ZSR A;  4YD6 A;  5ISK A;  2CEJ A;  3TPL A;  4Y4E A;  3IN3 A;  3S7L A;  4NJT A;  2O40 A;  3OAD B;  4Y3E A;  5P27 A;  5P7Y A;  2P3C A;  5P81 A;  3JVY A;  4OBD A;  1YM2 A;  5P0Q A;  1EC1 A;  5P3X A;  1HXB A;  2NXD A;  1D4I A;  2IDW A;  2ER6 E;  2VIZ A;  1BWB A;  2FXE A;  3ZOV A;  3UDN A;  3K4V C;  2UY0 A;  5HDZ A;  2R9B A;  3KMX A;  2B60 A;  3Q5H A;  4J55 A;  5OZ6 A;  5P0Z A;  5BRY A;  1FEJ C;  2G27 A;  1HSI A;  1LV1 A;  1GVT A;  5P4R A;  4Y47 A;  4JPC A;  2V00 A;  2FIV A;  4Y53 A;  4HDP A;  3SAC A;  2B7Z A;  2WKZ A;  5P3C A;  1RPI A;  2BBB A;  1XE6 A;  3PI5 A;  5T4S A;  4YOB A;  3CID A;  4AZY A;  2OHN A;  5DR8 A;  3KDB A;  4DJO A;  2WF2 A;  5FIV A;  4XXS A;  4DH6 A;  5P0H A;  1DPJ A;  1QS8 A;  4K4P A;  3VYE A;  1K1T A;  2WJO A;  2ER0 E;  4Y35 A;  2AID A;  3EL4 A;  5P1B A;  5OZQ A;  5P1P A;  1MET A;  5B18 A;  5DPZ A;  2ZDZ A;  5P0T A;  2F80 A;  4Y3H A;  1T7J A;  4GYE A;  2IGY A;  3UDP A;  4ACX A;  2VNM A;  3OGQ A;  5BWY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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