3K4VA

New crystal form of hiv-1 protease/saquinavir structure reveals carbamylation of n-terminal proline
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Carbamylation of N-terminal proline.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords HIV-1 Protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3k4vA00
2OHLA 4FSLA 1F34A 5P40A 1M43A 1SMRA 1SGZA 3UQPA 1A8GA 3IXJA 2QNNA 2AQUA 3PJ6A 5P2BA 1W5WA 7HVPA 5DR7A 5P7BA 1HPOA 1PSAA 4J1FA 4GMIA 5P7CA 3EL0A 2AVSA 4R95A 3NXEA 2FNTA 5P6LA 2FXEA 5ER1E 3FV3A 4CPXA 5P0AA 1HSHA 3WZ6A 3MWSA 4I0JA 4FM7A 2BPYA 1ODXA 3C9XA 1RL8A 4Y3FA 5P4PA 2G22A 5KR2A 1XN3A 5P6EA 3R0YA 5P5VA 5P2NA 3RSVA 1D4KA 2Q64A 4OBKA 4Z22A 8HVPA 3O9LB 3M9FA 5P1KA 5JG1A 3S8IA 2Q63A 5P25A 3B80A 4EXHA 1WKRA 4GJ6A 3TLHA 5P3NA 4FM8A 5ENMA 1MSMA 2QP8A 1QBUA 1RNEA 3LZUA 2QI0A 5E5JA 3IVIA 1HIVA 1J71A 1B5FA 4GJ5A 5P4CA 5P2IA 3UHLA 3VCMA 3ZKSA 3GW5A 5P1MA 5P28A 3SA9A 3GGVA 3VFAA 4Y44A 4DQFA 3QBHA 5P6OA 4DJWA 5EZZA 4ACUA 3OTSA 3U6AA 4QLHA 5P4GA 5P3MA 5P4KA 1LEEA 1SH9A 2QI1A 2RKFA 3ZPTA 3UTLA 4L7GA 2B8VA 4RLDA 4TVHA 1IZIA 4CPSA 5KQYA 3UF3A 1G2KA 1EBZA 1MRXA 5P58A 3L59A 5P1DA 3VF7A 5P1BA 5P8OA 4Y58A 3GGUA 3EKPA 3G6ZA 5P7QA 2PYMA 4Y3DA 3K4VA 6FIVA 3PB5A 5P74A 3HW1A 4WY6A 5OYXA 4GJ7A 5KR0A 2AVMA 2QMDA 3LPKA 3QI1A 3KMYA 2V12C 3NLSA 4Y3QA 1TQFA 1ZSFA 2P83A 5P0VA 2IGYA 3VEUA 2B7FA 2OF0A 5P7PA 2AZ8A 3EM6A 2XFJA 5IVQA 5OZ0A 3QPJA 5P0RA 1EC2A 1GNOA 5P0OA 1AJVA 1HVSA 5P5MA 1E81E 1AAQA 3EL1A 3Q70A 1UPJA 4Y35A 3GI0A 4ER2E 5P0DA 3R1GB 5P5BA 3Q5HA 3OQFA 5P60A 3EL9A 4OBGA 5P0SA 5P6DA 3NU6A 4DJXA 5KOSA 5P35A 3URIA 5P5HA 2VIEA 4R8YA 4I10A 4K4RA 3CIDA 5OZ2A 3SA8A 1EC1A 1ZPAA 4DJUA 3CKRA 5JODA 3DJKA 2QK5A 3FNUA 1HBVA 5P2SA 1C6YA 1FGCC 5P7JA 2APRA 4D89A 1EPQE 3FSMA 4Y38A 2HS2A 5OZQA 4NJSA 1HOSA 2CEMA 4DJYA 1HTGA 3RSXA 3FX5A 1AZ5A 2ZJMA 1U8GA 3NWXA 5P1AA 5HE4A 5P2GA 3HLOA 5BWYA 4Y5MA 4ZE6A 4ZSRA 4NJUA 2JJIA 4EJKA 6APRE 5OYSA 5P0QA 5P82A 4J54A 5OZNA 4NPUA 2FXDA 4FM6A 4J1CA 2G1RA 4Y3GA 5P7HA 1T7IA 5P88A 4J17A 4I0FA 1QDMA 1HSIA 2P4JA 5P7NA 2I0AA 1A9MA 4QJ2A 2HB2A 2NNPA 2QMPA 1HHPA 5HU1A 1HTEA 3OQAA 5C9BA 1FF0C 4HVPA 5P5PA 5P4UA 2F81A 1HPXA 1APWE 1CMSA 4ER4E 3PBDA 4DJVA 3VF3A 1W6HA 1DMPA 2BQVA 1MSNA 4DPIA 5P4AA 5T4SA 3UDKA 5HTZA 3OUBA 4DV9A 5P6RA 2ZHVA 3RTMA 2VS2A 3PSUA 5P16A 5P1UA 3OGQA 4B1DA 1HTFA 5P0WA 2R38A 1B6LA 3OXXA 3PWMA 3L5DA 2P3AA 4DH6A 3HVPA 3ZKGA 3KFSA 4HDFA 5P62A 1IDBA 3BXRA 4DJQA 3LNKA 1FMXA 5P86A 4GJCA 5P3TA 5C9FA 5P63A 5P03A 4BFBA 2JJJA 4EJ8A 4DQEA 4H3GA 3S2OA 5P3IA 2PK6A 1ZTZA 4KUPA 2BPVA 2OAHA 4RRSA 5P84A 3MXEA 5P71A 1SDTA 1PROA 1HEGE 2ER6E 5P22A 5P8SA 3O9DA 4AA9A 4I1CA 5P7TA 5OYUA 5P34A 4Y5CA 1HEFE 2QU3A 2QZKA 3BGBA 5DQ1A 3LIZA 4Y5BA 5HDZA 3L5FA 4Q1XA 3PSGA 1K1UA 2AZBA 3S7LA 5IVTA 4OC6B 4X2LA 3T7XA 1SP5A 3QRVA 3O9HA 5P8RA 1B6JA 2NXMA 4ZEAA 2FGUA 3S45A 4I0GA 1BDLA 3LZVA 4RCFA 5P17A 4DJPA 5P5ZA 3QVIA 5COOA 1T3RA 3IGBA 3EL4A 3ZKMA 2FGVA 4Y56A 3O9IA 3DV5A 4A6BA 5P8AA 3UDMA 4Y57A 2WJOA 5P0TA 3OQDA 5P3RA 5OZ1A 2BPWA 2FDEA 5HVPA 3PCWA 3PM4A 3ZKXA 1ZSRA 7UPJA 5P1TA 5UPJA 1IVQA 4Y3SA 3ZPUA 1KZKA 3OHHA 5IE1A 4YBFA 4LC7A 4KB9A 2HIZA 5P2FA 5CONA 5P06A 3VSXA 4TRZA 4RROA 5AHAA 4Y5AA 2BJUA 2ZJHA 4FAFA 1YM4A 5P67A 1QBRA 5HE5A 2H6TA 2QHCA 3TH9A 4Y5NA 4YE3A 4DI2A 2EWYA 4U7QA 1UH9A 1YM2A 2NR6A 2PSUA 5P7DA 5P8GA 2JE4A 5P8JA 5P6VA 5DR4A 3ZMGA 4GZFA 3MSKA 5P1LA 3TPJA 4YOBA 5P0CA 3EKWA 5P33A 3OK9A 3RTHA 3UFNA 5P4BA 3QBFA 2AOHA 4OBJA 2R3TA 4GB2A 4Y3TA 5P2VA 1JLDA 1ODWA 3O9AA 2RMPA 1YT9A 1T6EX 3BVAA 4FRKA 5P7LA 5HD0A 2P3BB 1XN2A 1AVFA 5SY2A 1G35A 5P4NA 3UDYA 4Y4JA 2HC0A 3KA2A 1A94A 4H3FA 5COKA 5P3GA 1YTJA 4PEPA 4QJ9A 2OHRA 5E5KA 3LIYA 3UPJA 4OD9B 5F01A 2BBBA 4YA8A 2QNPA 3OUDB 4AA8A 5KQXA 3SKGA 4QJ6A 3OOZA 4Y4XA 5P6GA 3AIDA 1ZBGA 4YCYA 3OU4B 3GGAA 3DM6A 5OYWA 4U7VA 2F80A 2ZJNA 4RVXA 3I8WA 3KN0A 4LHHA 5P4YA 5P7WA 5P4DA 4I8ZA 3OGPA 4QJ7A 5P0XA 5P4RA 4DQHA 2UXZA 4B1CA 2G69A 5I3VA 5P75A 3SPKA 1HVCA 4K4QA 3NU4A 4J1EA 5P2XA 2HB3A 1D4IA 1EPNE 2G26A 1KJ7A 5P5UA 1FQ8A 5P26A 3TTPA 3QROA 5P6SA 3KF0A 2G20A 4KE1A 5P8QA 3SQFA 2QI3A 4J1KA 3I6OA 4Z2ZA 3VFBA 3QIHA 3KDBA 4I0DA 3PWWA 1ME6A 4YHQA 2NXDA 5P1GA 3SABA 3U7SA 1YTGA 1AXAA 1N49A 4BEKA 3EMYA 2H6SA 5P6YA 5KR8A 3FNTA 1W5YA 3MXDA 4J0YA 5P38A 3WZ7A 1PSOE 5P8CA 1IIQA 5P7VA 4HLAA 4CPQA 3N3IA 2VJ9A 5P18A 5OZHA 3OQKA 1IZEA 1MERA 1K6VA 3NR6A 2F3FA 4Y3LA 3LHGA 2QHZA 1MTRA 5OZDA 5P43A 3NSHA 4I11A 5P76A 1RQ9A 5P80A 3UQUA 4HDPA 1HVHA 4EHCA 1SIPA 2OHSA 3TPLA 5DGUA 5P6JA 3KDDA 5P0ZA 2ER0E 2ER9E 3KFRA 4Y3RA 3F9QA 5P5AA 5TOLA 5P2EA 5P0UA 1MRWA 1IZDA 2XYEA 4HEGA 3VYDA 3VG1A 3LZYA 4TRYA 2FDDA 2WF3A 3WB4A 3NDWA 3O9FA 2UY0A 3SM2A 3R0WA 3K4VC 1MEUA 4HDBA 3G72A 5P6AA 5P4IA 4Y3MA 4F75A 3INDA 2ANLA 3CYXA 5P1NA 1KJGA 1QBSA 3EBZA 5P1ZA 2HB4A 2IEOA 4XKXA 5P6QA 4QJ8A 1LV1A 1T7KA 5DR3A 4Y3XA 2AVVA 4Q5MA 5P2KA 2QZXA 3TNEA 3NDTA 4Y4ZA 5P2RA 4Y9WA 5P6CA 3APRE 3EXOA 5OZBA 4OBZB 3PWRA 2G94A 1NH0A 2G1NA 4J1IA 1EBYA 2PWCA 3CKTA 3L5CA 3O99A 4YD4A 1META 1MT7A 1AIDA 2WEDA 5HDUA 4K4PA 3RU1A 4GYEA 4D88A 4XXSA 5P3SA 5P01A 5PEPA 3NWQA 5P19A 3UFLA 1RV7A 4Y5LA 5P5KA 2BPXA 1LYWB 5P5RA 1BXOA 4L7JA 4Y3HA 1OHRA 1BIMA 2VA6A 4Y3EA 1AM5A 5P2UA 4WY1A 3DCKA 3LIXA 2AZ9A 5BRYA 1SIVA 4Y5PA 1APVE 4B1EA 2IGXA 5P23A 3SA3A 4Y36A 4J1HA 5P0NA 3OU3A 3INHA 5DGWA 2VIZA 1XDHA 5KAOA 4Y53A 1CPIA 5P5SA 3BUFA 5P20A 5P7XA 1YTIA 4EP2A 5P0LA 3ER5E 1C6ZA 4Y3AA 4EYRA 1GKTA 3LINA 5P6XA 5P6PA 4ZPGA 5OZ3A 5P83A 5SXNA 2PYNA 4FAEA 1HVIA 6UPJA 1SMEA 4ACXA 2QMFA 4FRSA 5P65A 5DQCA 1HWRA 5OYRA 2ZHRA 4LBTA 4AZYA 5P8KA 2Q3KA 3K1WA 5P5XA 4PHVA 1EAGA 4OC6A 5P7AA 4Y5EA 3MSLA 5P57A 1W6IA 3D1YA 3VUCA 1FEJC 1KJ4A 1K6CA 3BVBA 5P1FA 5OZ5A 5P47A 3JVWA 1HTRB 5APRE 5P1EA 5P2YA 5P1SA 4Y4EA 4CPTA 1W5VA 3Q6YA 4L6BA 3OAGB 5P6MA 3OY4A 5P4QA 1EC3A 4TRWA 2Q55A 2PC0A 3LIVA 3NU9A 3TPPA 3KMXA 5P87A 1NPVA 1ODYA 1EEDP 5P09A 3NYGA 4X7IA 3PLDA 1G6LA 1HVJA 3QAAA 3H0BA 5P7FA 4Y5GA 3IXOA 3ZKNA 2V11C 5P1JA 4AMTA 3T7PA 5ER2E 3WB5A 4L1AB 1ZAPA 2VNMA 5DQ5A 5P77A 3FIVA 5P5LA 3PGIA 4J55A 5DR1A 1LF4A 5P2CA 5OZ8A 4Y39A 1E80E 1FMBA 5P0GA 3S7MA 1C6XA 3SACA 1UH7A 5HE7A 4XX3A 3HD8A 5P42A 5P7GA 3BGCA 2A4FA 5COPA 3S54A 5P1HA 3I25A 3IN3A 3URLA 4YD5A 4B0QA 2RENA 3QRSA 3K5GA 4Y50A 1HVLA 3VLBA 4RYCA 5P2MA 1MESA 5P4JA 5P7RA 1D4JA 5P3HA 1ENTE 3FKTA 4F76A 1GVWA 2O4SA 3TKGA 1D4LA 3FNSA 2P3BA 2G21A 2VA5A 5JFUA 5P7IA 1XE5A 3OOTA 4Y41A 4YD7A 5P5CA 1A8KA 2JXRA 1OEWA 2QZLA 4OD9A 1TSUA 5OZAA 4B72A 2PK5A 3T3CA 3OUDA 1KJFA 3UDJA 4FRIA 2OHPA 1LYAB 5OZ6A 1HPSA 2AOCA 3PHVA 5P1PA 5P4HA 5P53A 3OU4A 2WF0A 1K6PA 4RRNA 2R8NA 5P7UA 5P2QA 5P0PA 3VYFA 4Y37A 5P1VA 1DP5A 2HPFA 3OADB 5OZIA 2ZJKA 4GJ9A 4R92A 2HM1A 5P78A 4UPJA 5P0IA 3CICA 5P46A 2IENA 4IVTA 1K2CA 3JVYA 1QS8A 5OZKA 1GVVA 1W5XA 2WF2A 5P5YA 4PZWA 5P7OA 4RCDA 3IXKA 5HU0A 2QI4A 3ZOVA 3L5EA 5OZCA 2F3KA 4R93A 3Q4BA 2IS0A 5P3AA 4HA5A 5P7SA 4RYGA 2HS1A 2AODA 4LXAA 4I0EA 5P3LA 3VF5A 3SAAA 2VA7A 2BKSA 2PH8A 5P8VA 5DQ2A 4B77A 5P6FA 5P81A 3BRAA 5P3BA 5P55A 3ZKQA 2I4WA 3IAWA 2R3WA 3S43A 1XS7D 3WSJA 2QI5A 4ER1E 2WEAA 1NSOA 5P5WA 1HVRA 9HVPA 3WZ8A 3OUAA 2WF1A 4E43A 5P8MA 2AOFA 3ZKIA 1EPRE 5F00A 1FFIC 5HCOA 2O40A 2I0DA 1A30A 5P12A 3GGXA 5DQ4A 3T11A 5OZ9A 3R4BA 5P3CA 4ZIPA 1SDUA 3MSJA 1B6MA 1EPOE 3OXVA 2FLEA 4Q1NA 4EXGA 2I1AA 2OHQA 5OYZA 2ZGAA 5P3ZA 5P1WA 2R5QA 2WEZA 4BELA 5ISKA 2AOIA 5P4LA 4KE0A 4HE9A 5P5OA 3NXNA 3PCZA 4ZSPA 5P85A 5ISJA 3QP0A 4D83A 5HDXA 5P4ZA 3OTYA 3U71A 4MC2A 4B05A 5P2JA 5SY3A 5P4FA 3PLLA 4D8CA 4D85A 5P5DA 5P30A 3BUHA 4M8XA 5ENKA 1M4HA 3OXWA 4QGIA 5P2LA 1KJHA 1FQ7A 4WTUA 2HAHA 3VSWA 5P6ZA 2PH6A 2ZJLA 4ZSQA 4L7HA 5OZJA 1PPKE 4OBZA 2IDWA 1XE6A 5OZRA 1IBQA 5P32A 1RPIA 3KM4A 1BVEA 5P79A 4XX4A 3QRMA 5P5GA 1FQ4A 4CPWA 4YD3A 1D4SA 5P2WA 5P7KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OHL A;  4FSL A;  1F34 A;  5P40 A;  1M43 A;  1SMR A;  1SGZ A;  3UQP A;  1A8G A;  3IXJ A;  2QNN A;  2AQU A;  3PJ6 A;  5P2B A;  1W5W A;  7HVP A;  5DR7 A;  5P7B A;  1HPO A;  1PSA A;  4J1F A;  4GMI A;  5P7C A;  3EL0 A;  2AVS A;  4R95 A;  3NXE A;  2FNT A;  5P6L A;  2FXE A;  5ER1 E;  3FV3 A;  4CPX A;  5P0A A;  1HSH A;  3WZ6 A;  3MWS A;  4I0J A;  4FM7 A;  2BPY A;  1ODX A;  3C9X A;  1RL8 A;  4Y3F A;  5P4P A;  2G22 A;  5KR2 A;  1XN3 A;  5P6E A;  3R0Y A;  5P5V A;  5P2N A;  3RSV A;  1D4K A;  2Q64 A;  4OBK A;  4Z22 A;  8HVP A;  3O9L B;  3M9F A;  5P1K A;  5JG1 A;  3S8I A;  2Q63 A;  5P25 A;  3B80 A;  4EXH A;  1WKR A;  4GJ6 A;  3TLH A;  5P3N A;  4FM8 A;  5ENM A;  1MSM A;  2QP8 A;  1QBU A;  1RNE A;  3LZU A;  2QI0 A;  5E5J A;  3IVI A;  1HIV A;  1J71 A;  1B5F A;  4GJ5 A;  5P4C A;  5P2I A;  3UHL A;  3VCM A;  3ZKS A;  3GW5 A;  5P1M A;  5P28 A;  3SA9 A;  3GGV A;  3VFA A;  4Y44 A;  4DQF A;  3QBH A;  5P6O A;  4DJW A;  5EZZ A;  4ACU A;  3OTS A;  3U6A A;  4QLH A;  5P4G A;  5P3M A;  5P4K A;  1LEE A;  1SH9 A;  2QI1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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