3K5DA

Crystal structure of bace-1 in complex with ahm178
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
388
structure length
375
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure-based design and synthesis of novel P2/P3 modified, non-peptidic beta-secretase (BACE-1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 92
structure length 375
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3k5dA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3k5dA02
2O4LA 3HD8A 4I12A 4RRSA 3IAWA 4NKKA 5DR1A 5JFUA 5P7NA 5P63A 5P7AA 5C9BA 2IGXA 1IZEA 1QBUA 3IXKA 3R0WA 3OY4A 5P1RA 3DCRA 5P1YA 4Y3ZA 1YTIA 1G6LA 3EKYA 3UQXA 4HVPA 5BS4A 4R92A 3QIHA 5P7JA 1TSQA 3TOGA 2AOIA 4J17A 3ZL7A 4DVFA 3O9GA 1OEXA 2Q3KA 2QP8A 5OZMA 5P03A 5P6KA 4ZIPA 2ER9E 2VNMA 1XS7D 5P3HA 2B42A 1HPXA 3D3TA 3LPKA 3QRVA 2VA6A 4RRNA 2NR6A 3OU4A 3KFRA 4LBTA 5P6WA 5P6PA 2QD8A 3HZCA 2HB2A 4Y5GA 3SLZA 3WB5A 4RVXA 3KDDA 2I1AA 3LHGA 5P4GA 4YDFA 3OUDA 4LAPA 2P83A 3DUYA 3KT2A 4Y4ZA 4Y4AA 3NXEA 5DQ4A 2WJOA 4LL3A 3VV7A 1C6YA 3L5EA 1EC3A 4F76A 3HVPA 5OZ9A 2BKSA 2G1NA 2EWYA 4FRSA 5DQCA 5P7ZA 2P3DA 3VLAA 2QAKA 4LHHA 3KDCA 3OUAA 5P5EA 3S2OA 2HB4A 1FKNA 3R0YA 5P3UA 2BPYA 5P8LA 3UDRA 2FDPA 5P85A 1PSOE 1BAIA 5DR7A 5DQ1A 4J1CA 4ZPEA 5P6YA 4HEGA 5P0VA 3L3AA 5HCOA 3I25A 4FRJA 3IVIA 5P2UA 5P7DA 1PFZA 4B1EA 3K5GA 2QCIA 3FNSA 3O9EA 4RCDA 5P4BA 2J9JB 5P1VA 1K6CA 5P8TA 3NWQA 1MESA 3VG1A 4Y39A 1HBVA 4F74A 2QU2A 5SXNA 1IBQA 1FGCC 2AODA 2VIYA 3RU1A 3SA6A 3NXNA 1T7KA 3I2LA 4Y9WA 2HM1A 1AZ5A 5P8BA 4FM6A 5IE1A 3TPJA 5ER2E 5P6GA 1BBSA 5P4XA 3EC0A 2IS0A 3KN0A 5IVTA 3S56A 3NUOA 5P4JA 3APPA 1FQ5A 4J0PA 4U8WA 2RMPA 5P4UA 3HVGA 2AVMA 4K8SA 2J9KA 2VIEA 4EYRA 4LXMA 4I0HA 3ZPTA 4DQCA 5P66A 5OZLA 1RPIA 4DJYA 1YG9A 2HS2A 1TSUA 4J1KA 5P7IA 3SM1A 5OZEA 5P7OA 4EJKA 2CEMA 5P1HA 1UH8A 3PSGA 5OZIA 4Y4XA 5P75A 1IDAA 5ISKA 3DK1A 5P3GA 5P4KA 5P8OA 2AZ8A 1KJFA 2QHCA 2ZJJA 5P53A 5P3BA 3S7MA 5P34A 4JOOA 3EKTA 2I4VA 5P42A 5P7TA 1ZP8A 4B78A 5COOA 3OQ7A 3RTHA 5P1FA 3PEPA 3UDNA 5P6IA 5OYTA 4YA8A 4H3FA 5P5SA 4Y4BA 1GKTA 5P6JA 2ZJKA 4GJ7A 3GI0A 5P12A 3HLOA 2BQVA 2CEJA 1KJHA 2WF1A 3LZYA 5P19A 5P4QA 2JXRA 3ECGA 2I4QA 4ACUA 2F8GA 1Z1HA 3KYRA 2AVQA 3NWXA 2AVVA 3AIDA 5P3TA 5P7YA 1FEJC 5P7BA 3LIXA 3S45A 2QD7A 4EJ8A 4Y4WA 5P5MA 1FQ4A 4FGXA 5HDZA 5P43A 1HXWA 3Q4BA 3PBZA 2ER6E 2O40A 3MWSA 2FLEA 1ZTZA 5P4VA 1FQXA 3BGBA 4YHQA 2AIDA 1NPVA 1IZIA 1U8GA 1XN2A 3CKTA 2NXMA 3SA3A 4Y48A 5OYQA 5P0JA 2ZJMA 3NDXA 3MSKA 2F80A 3GI4A 4L7JA 5P89A 2AZ9A 4I0ZA 5AH9A 1LYWB 2AZBA 1MTRA 3UQUA 1LYBB 5ER1E 4DJXA 1APWE 1LYAB 1D4IA 2R43A 4DQHA 4Y3QA 5OZGA 2Z54A 1GVVA 2HAHA 2H6SA 2R9BA 5KR2A 4YD3A 3OU1A 4EXGA 1NSOA 5AH7A 5P69A 4Q1YA 4N00A 3OTSA 2ZE1A 5F01A 1OEWA 5P5GA 1WBMA 4DPIA 1PPME 1SMRA 5P5ZA 4FCOA 5P1BA 5JFPA 1RQ9A 2QNQA 4Y51A 4ZSQA 5P88A 4A6BA 4IVSA 2WEBA 3APRE 5JODA 3PRSA 1FQ7A 5APRE 4ZPFA 4Y47A 5I3YA 5P71A 1BILA 4Y3DA 5P5BA 5P7HA 2I0AA 5P76A 4LXAA 3ZKXA 5P1OA 1ZJ7A 1B11A 1PSAA 5P5AA 4KB9A 4EHCA 3PGIA 2IKOA 1PSNA 4ZLSA 1XDHA 5P64A 2VNNA 4L1AA 2FXEA 1K6TA 4LP9A 4DFGA 4GJAA 5P3JA 3WZ7A 2AZCA 2VIZA 4M8XA 3PBDA 5P00A 5P1UA 1D4HA 3VUCA 3QS1A 5CLMA 1F34A 4Y5PA 4FE6A 3VSWA 5OZ2A 3INFA 4HDFA 5HU1A 3PJ6A 5P2VA 2BBBA 5P6VA 5P6RA 5OYYA 5P8SA 3OXWA 3EL4A 1YTHA 3EBZA 3VV6A 3LIYA 5DR8A 3KT5A 5P2QA 5P5UA 5P48A 5KR8A 1A9MA 5P3FA 4DJOA 3CKRA 4FM7A 5P8IA 4Y54A 3ZKSA 2HC0A 2PWCA 3ZMGA 2XYEA 4Y5AA 4RVIA 5OZHA 3K4VA 4Y50A 5AHCA 2WF2A 3VF5A 3OAGB 5P6LA 4J0ZA 4Y36A 5P3LA 3PLLA 2OHRA 5HVPA 2Q15A 4HDBA 5P6CA 1VIKA 3ZPSA 4OC6B 4RLDA 5P41A 1FLHA 2IDWA 4RYCA 3T7QA 5OZPA 2I4DA 5BWYA 4AMTA 1ZSRA 3OXCA 1HVKA 1W6IA 4BEKA 3B7VA 4Y3EA 5P0UA 3ER5E 5P06A 1RV7A 2UY0A 4GJ8A 4R8YA 3UFLA 1K2CA 5P8DA 2APRA 2WHHA 4H3IA 4JP9A 3DV1A 3D1ZA 4I0GA 3UDJA 5P3OA 5P1CA 2QZKA 5P7SA 5OZTA 5P5CA 2VJ7A 2QMDA 5P6QA 1B6JA 3O99A 5P1LA 5P1KA 4CPUA 2R5PA 3BVBA 1YT9A 2ER0E 2G1OA 3JVYA 2QZXA 3O9LB 3QBHA 5P7QA 2FNTA 4GYEA 1YM2A 4XX3A 3T3CA 1KJ4A 3OK9A 3UDQA 5P4AA 3KMYA 1EPQE 4MC9A 2ANLA 3LZVA 2P3BB 2OHSA 1AVFA 5P2TA 5P8KA 4H3GA 3DCKA 3PSYA 3D1YA 2ZHSA 2QZWA 2Q64A 5P6UA 5P0TA 5P38A 2ZHTA 4X2LA 4FLGA 5KOQA 5P16A 4WY1A 2AOFA 5DPZA 4EJLA 1DAZC 1ODWA 2AOHA 2XFKA 4S1GA 5P0YA 5JG1A 1MRXA 3RVIA 5P1DA 3PWWA 4R91A 5P3PA 1K2BA 4HLAA 2R5QA 3PI5A 5B18A 2P4JA 3FNUA 4PZWA 4RCEA 1SGUA 1D4KA 3R2FA 3L5CA 1YTJA 2G20A 5OZVA 4ZSRA 3MXDA 3SM2A 4Q1NA 3H0BA 3UDHA 3D1XA 5P5RA 5P8EA 3ZKNA 4CPWA 1C6XA 2FDDA 3UDKA 5I3WA 4MC1A 4BELA 4Y5EA 4Y38A 1B6PA 1XE5A 4Y4GA 4ZSMA 5P2RA 4YBFA 4EXHA 2FGUA 1MEUA 2G1SA 4K4PA 5P10A 2R38A 3LPIA 5P3IA 1HIVA 4Y3WA 5OZBA 3ZKIA 4APRE 1DP5A 2V11C 5F00A 2CENA 2XFIA 3K5FA 1EPLE 4QJ8A 4D83A 5P54A 2OF0A 4R95A 3PMYA 1FF0C 1LF4A 3HDKA 5P7PA 5P5KA 4EQ0A 5P73A 1VIJA 5BRYA 4R5NA 2JJJA 4Y3RA 2QK5A 2F81A 1HVRA 3RSVA 3MXEA 3HW1A 5OZ4A 4TRYA 5OYVA 1W5WA 4QJ7A 5FIVA 4DJQA 5P4TA 4DI2A 3TL9A 3F9QA 4CPQA 1EBYA 3SPKA 5P8CA 1HSIA 1HOSA 4GJCA 3TPPA 1F7AA 1SIPA 5PEPA 4YE3A 3EL0A 5OZ1A 4QJAA 5EZZA 1IDBA 5P3EA 5TOLA 2PSGA 3OXVA 1HTRB 2G94A 2IENA 1B5FA 1BV7A 1EEDP 3QBFA 5P0PA 4CPRA 4Y3MA 4Y43A 5OZ5A 4Y45A 3CIDA 5KR0A 5P31A 5P57A 3C9XA 2R3WA 2JE4A 3U71A 4DJVA 4CPSA 1B6LA 5KQYA 2QI1A 5P6NA 4F73A 3QAAA 3L59A 5P81A 2G26A 4RVJA 4AZYA 5P24A 5KR1A 1IZHA 5P8UA 1HVLA 3BUFA 5P1JA 1LYBA 1B6KA 5P5NA 2IL2A 4B1DA 4B0QA 4K4QA 5OZRA 1EBWA 5AHAA 5P29A 1MPPA 1ZLFA 1MVPA 2Z4OA 5P4OA 4QJ6A 1BDLA 4OBDA 5DR0A 1EPPE 2PH8A 5P2FA 3NSHA 3S43A 4Y56A 5P7LA 4KE1A 1EPME 3CIBA 4DJWA 2B7FA 2P8HA 1ZPKA 5P0IA 2QMFA 4I0DA 5P3AA 5P7RA 3NYGA 5P62A 2QHYA 4BFBA 5P0MA 3SFCA 2WL0A 1FFIC 4Y3XA 4Y37A 4QLHA 5P47A 1PROA 5P2MA 4QJ9A 3ST5A 5P4ZA 3HBOA 3K5CA 4APEA 1LV1A 1UH7A 1FQ8A 3L5BA 4OBJA 3TPRA 1HXBA 4Y44A 3NDUA 5P1SA 1FB7A 2ZGAA 3SA8A 5P20A 4AA9A 4Y3JA 3EKQA 1HVHA 2ZDZA 4Q1WA 4DH6A 5P0NA 2ZJHA 2PSVA 5P5QA 2WEAA 2G1YA 4RROA 4GIDA 5IS4A 4EP3A 2QU3A 5P07A 5P3VA 4FS4A 1BVEA 1QBSA 5P15A 2O4PA 5P23A 3OAGA 3PB5A 4EWOA 1K6PA 4Y4UA 5P46A 4YD6A 5P84A 3PM4A 3M9FA 1GVXA 4MC2A 4Q1XA 5HDXA 3UDMA 5OZ0A 4OC6A 5P2CA 4D8CA 2QI5A 5P3DA 2FMBA 3EL1A 1ODYA 5HE5A 2BPXA 5P8HA 3PCZA 5P4YA 2V0ZC 3I6OA 5OYRA 3BHEA 4DJRA 5P6ZA 4D89A 5P26A 4BFDA 4MC6A 3INDA 4FIVA 3NDWA 3GGAA 4Y6MA 5P3WA 1FG6C 5OZXA 5C9FA 5KOSA 1D4JA 1SBGA 3OUBA 2VJ6A 5OYUA 5P3MA 3WB4A 4DQEA 5P2AA 5P37A 5P3RA 2FGVA 5P5FA 2ZHUA 2HB3A 1APUE 5P7KA 3KMXA 3OGQA 3UQWA 1EPOE 1W5YA 3T6IA 2FXDA 4K9HA 3TLHA 5P4RA 2O4SA 1Z8CA 4I8WA 3O9LA 4Y5LA 2OHQA 5P5TA 1HIHA 5OZ3A 3WZ8A 5P0BA 2P3BA 5P3XA 4CP7A 4OD9A 5P1AA 3D20A 3SACA 5P2OA 3VLBA 4PZXA 3QVCA 1HVSA 4ACXA 3OGPA 1T3RA 3NU9A 4IVTA 2NTRA 4D85A 3GGVA 5P4FA 2NNKA 4GJDA 1CPIA 4LC7A 1HIIA 2NXDA 3UHLA 2IGYA 5DR4A 2AQUA 5P0KA 1QBRA 2I4XA 2QI6A 5P0XA 4CPXA 2OHUA 2G22A 2ZYEA 4Z2ZA 5P8MA 1T6GA 4DJUA 1C70A 1EC1A 4B77A 4PHVA 3Q5HA 5P1XA 1MT9A 5HD0A 2A1EA 3PWRA 1OD1A 4Y57A 5P44A 9HVPA 1HVCA 1PPKE 1IZDA 3MSLA 5P52A 3SA5A 3LNKA 3QP0A 3OXXA 3UQPA 3SKGA 4YOBA 5IVRA 3FKTA 4NJSA 5P05A 5P40A 1FG8C 4COEA 3PWMA 2OHNA 4U7QA 4I0FA 2NNPA 4GJ9A 5P4DA 1HPOA 4OBFA 2WF4A 3BUHA 5OYWA 5AH8A 3KF0A 5P83A 5P2IA 3PHVA 3I8WA 5P87A 3SA9A 3MSJA 3QVIA 4EPJA 5P3QA 5P4LA 2V10C 4I0IA 1MIQA 1MSMA 2ER7E 3ZKQA 4FAEA 1AM5A 3H5BA 1KJ7A 3U6AA 4YD4A 4EJDA 1GNMA 5P4MA 1AIDA 5P8FA 1CZIE 3VFAA 2Q5KA 1A94A 1ZBGA 3O9CA 1D4LA 2ZJNA 4HDPA 2WF3A 2OHKA 3KM4A 1KJGA 5HU0A 3HAWA 2BB9A 4DJPA 1T7IA 5P2LA 5HE4A 5P50A 3OADB 5P8PA 5OZKA 5P8GA 1BDQA 1ZSFA 2PYNA 3LIVA 1DPJA 3FV3A 2O4NA 4Y5BA 5P6XA 5P8RA 4TRZA 4YD7A 3SO9A 3BUGA 2PWRA 4GJ5A 5P0DA 4I1CA 4JECA 2B7ZA 1W50A 5P7VA 3UCBA 4Y5MA 1AXAA 3OQAA 5P18A 5P1GA 5P82A 5P5WA 4XX4A 1TCWA 5P39A 1UH9A 1G2KA 5P0WA 5I3XA 3KA2A 1HSHA 1EC0A 2V13A 3VCMA 4ER1E 5OYSA 5HDVA 3UFNA 3CKPA 3OWNA 3UDPA 3NU5A 4DV9A 1HSGA 3Q70A 5OZDA 3S85A 4FRKA 1G35A 2A4FA 1BVGA 1EPRE 1N49A 3LZUA 5OZYA 2PC0A 3VF7A 2B60A 4CMSA 3G70A 3TKGA 5P35A 4FSLA 5P0AA 1HEGE 4Y3GA 5OZNA 2BPWA 2HS1A 3OU1B 4D88A 4I0JA 4DQBA 3HAUA 4WTUA 2ZJIA 2ZJLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2O4L A;  3HD8 A;  4I12 A;  4RRS A;  3IAW A;  4NKK A;  5DR1 A;  5JFU A;  5P7N A;  5P63 A;  5P7A A;  5C9B A;  2IGX A;  1IZE A;  1QBU A;  3IXK A;  3R0W A;  3OY4 A;  5P1R A;  3DCR A;  5P1Y A;  4Y3Z A;  1YTI A;  1G6L A;  3EKY A;  3UQX A;  4HVP A;  5BS4 A;  4R92 A;  3QIH A;  5P7J A;  1TSQ A;  3TOG A;  2AOI A;  4J17 A;  3ZL7 A;  4DVF A;  3O9G A;  1OEX A;  2Q3K A;  2QP8 A;  5OZM A;  5P03 A;  5P6K A;  4ZIP A;  2ER9 E;  2VNM A;  1XS7 D;  5P3H A;  2B42 A;  1HPX A;  3D3T A;  3LPK A;  3QRV A;  2VA6 A;  4RRN A;  2NR6 A;  3OU4 A;  3KFR A;  4LBT A;  5P6W A;  5P6P A;  2QD8 A;  3HZC A;  2HB2 A;  4Y5G A;  3SLZ A;  3WB5 A;  4RVX A;  3KDD A;  2I1A A;  3LHG A;  5P4G A;  4YDF A;  3OUD A;  4LAP A;  2P83 A;  3DUY A;  3KT2 A;  4Y4Z A;  4Y4A A;  3NXE A;  5DQ4 A;  2WJO A;  4LL3 A;  3VV7 A;  1C6Y A;  3L5E A;  1EC3 A;  4F76 A;  3HVP A;  5OZ9 A;  2BKS A;  2G1N A;  2EWY A;  4FRS A;  5DQC A;  5P7Z A;  2P3D A;  3VLA A;  2QAK A;  4LHH A;  3KDC A;  3OUA A;  5P5E A;  3S2O A;  2HB4 A;  1FKN A;  3R0Y A;  5P3U A;  2BPY A;  5P8L A;  3UDR A;  2FDP A;  5P85 A;  1PSO E;  1BAI A;  5DR7 A;  5DQ1 A;  4J1C A;  4ZPE A;  5P6Y A;  4HEG A;  5P0V A;  3L3A A;  5HCO A;  3I25 A;  4FRJ A;  3IVI A;  5P2U A;  5P7D A;  1PFZ A;  4B1E A;  3K5G A;  2QCI A;  3FNS A;  3O9E A;  4RCD A;  5P4B A;  2J9J B;  5P1V A;  1K6C A;  5P8T A;  3NWQ A;  1MES A;  3VG1 A;  4Y39 A;  1HBV A;  4F74 A;  2QU2 A;  5SXN A;  1IBQ A;  1FGC C;  2AOD A;  2VIY A;  3RU1 A;  3SA6 A;  3NXN A;  1T7K A;  3I2L A;  4Y9W A;  2HM1 A;  1AZ5 A;  5P8B A;  4FM6 A;  5IE1 A;  3TPJ A;  5ER2 E;  5P6G A;  1BBS A;  5P4X A;  3EC0 A;  2IS0 A;  3KN0 A;  5IVT A;  3S56 A;  3NUO A;  5P4J A;  3APP A;  1FQ5 A;  4J0P A;  4U8W A;  2RMP A;  5P4U A;  3HVG A;  2AVM A;  4K8S A;  2J9K A;  2VIE A;  4EYR A;  4LXM A;  4I0H A;  3ZPT A;  4DQC A;  5P66 A;  5OZL A;  1RPI A;  4DJY A;  1YG9 A;  2HS2 A;  1TSU A;  4J1K A;  5P7I A;  3SM1 A;  5OZE A;  5P7O A;  4EJK A;  2CEM A;  5P1H A;  1UH8 A;  3PSG A;  5OZI A;  4Y4X A;  5P75 A;  1IDA A;  5ISK A;  3DK1 A;  5P3G A;  5P4K A;  5P8O A;  2AZ8 A;  1KJF A;  2QHC A;  2ZJJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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