3K5FA

Human bace-1 complex with ayh011
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
388
structure length
373
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure-based design and synthesis of novel P2/P3 modified, non-peptidic beta-secretase (BACE-1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 93
structure length 373
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3k5fA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3k5fA02
1UH8A 4GZFA 4YD7A 4JPCA 2QK5A 5HU0A 5P01A 4DVFA 5P6UA 4Q1NA 2IKUA 2AODA 3PSYA 1T7JA 6APRE 3QVCA 5P6OA 1GNOA 3KA2A 5P55A 2VA6A 1M43A 3BVBA 3KN0A 3LPJA 2WL0A 4F74A 4FM6A 5P7YA 1E5OE 4DJXA 4HZTA 1MERA 1SDTA 5P8LA 1LYBA 2BPVA 5P7QA 1SIPA 2J9JA 3EM6A 5OZAA 4FRSA 5P81A 9HVPA 5P0CA 2UPJA 3WB5A 4Q5MA 1FFFC 1EPPE 3UQUA 2I0DA 1EC0A 3LNKA 1GVWA 3PBDA 1IZDA 2ZJJA 1XE5A 3MSLA 3EBZA 4OBZB 2XYFA 3ZKQA 3A2OA 4GJ5A 5ENKA 2VJ9A 3VYDA 2P3CA 3IXKA 4KUPA 3EKPA 3SKFA 5OZQA 1YX9A 5HVPA 3MXEA 3AUPA 1ZP8A 5KQXA 1HVJA 2R5QA 4K4QA 1D4HA 2AOJA 1GVUA 3UF3A 3LHGA 3H0BA 3VFAA 1A30A 4NPUA 3QI1A 3OU1B 3ZLQA 5P2YA 3R0YA 5F01A 1A8GA 4Y5MA 4GJ7A 4FAFA 4F75A 3D20A 5P7GA 2VIEA 5P1TA 1Q9PA 1FG8C 3LINA 7UPJA 3SLZA 2QP8A 3Q6YA 5P3RA 4RYCA 3PGIA 5P1FA 1B6MA 2VNNA 4ZSPA 5P8FA 5BRYA 5P7FA 3ZKGA 3NWQA 5P84A 4R92A 5P0ZA 1MT9A 4FSEA 2JYSA 5AH8A 4X7IA 4ZPEA 4D8CA 5P3FA 3IXOA 5OZFA 3HZCA 4IVTA 3PMUA 5P0KA 1FMXA 2PSGA 3H5BA 3T7XA 3UDMA 2IDWA 5P26A 1UPJA 1APWE 5P3LA 4R8YA 2P3AA 5T4SA 4BFDA 5P7LA 3KFNA 1TCXA 2WKZA 5DQ1A 1ODXA 1XDHA 4Y4XA 4ZEAA 4DJQA 1DW6C 2OHRA 5P0VA 5P71A 1YM4A 3R1GB 2AVMA 2QI1A 4NPTA 3T6IA 3IAWA 3NU9A 3VYEA 4DJYA 4OBFA 5OZIA 4WTUA 5P14A 1Z1HA 5P76A 1YG9A 3BUGA 1EPNE 5HD0A 5P2OA 5C9BA 1HOSA 1PSNA 4I0DA 1TSUA 3QPJA 5P56A 4DH6A 2R38A 2ZJLA 3CICA 1BWAA 3CYWA 3LITA 1HVSA 5P75A 3NWXA 2CENA 5P00A 3NSHA 4YOBA 2PK5A 3WZ7A 2PYNA 4AMTA 2AZBA 3PLDA 3D1ZA 1HTEA 1C70A 2OAHA 5P6NA 2RKFA 4EXGA 1BILA 3TKWA 5P24A 5P89A 1AJXA 5P0FA 3KDCA 1OEWA 2QZWA 3RSVA 1SMRA 1B6PA 5P3JA 2G27A 4YD5A 1YTHA 5P6DA 4DV9A 2R9BA 3VV7A 5P6WA 2V10C 2FIVA 3VEUA 1ZJ7A 3L38A 5P80A 3DV5A 2NMZA 3VLAA 3B80A 1IDAA 3DV1A 5P2NA 5OZ8A 1BWBA 3ZKXA 3D3TA 5P8QA 1YTIA 2ZJHA 2P3DA 4FRJA 4U7QA 5KR1A 2P83A 3N4LA 4J5JA 3SACA 2I4VA 1XN2A 4Y50A 3SKGA 2CEMA 5P7JA 5OZ3A 5OYQA 3O9LB 4B78A 1G2KA 5P3VA 2AVSA 4Y3FA 2FDPA 2WF1A 4FM8A 3NXEA 3O9FA 1B6LA 5P2GA 5P0AA 2ZJKA 5P2FA 5P2UA 5P2IA 4FIVA 4YOAA 1IZIA 1FF0C 4GB2A 2VS2A 5HE7A 1IVQA 3CKTA 5CLMA 1FLHA 4FCOA 5P0JA 1PPME 2V0ZC 4DQCA 2ZGAA 4GJ9A 2RMPA 3R4BA 5P45A 4Y4BA 1B11A 5KQFA 5P4JA 5OZPA 4EP2A 2IGXA 3O9HA 5DQCA 5OZRA 3K4VC 4K4PA 1Z1RA 3G6ZA 5C9FA 5P15A 3RTMA 5P0TA 3K5DA 1HSGA 3QIHA 5DGWA 3KF0A 3HAWA 2Q63A 4I0FA 2FXEA 2HB2A 1EBWA 4LC7A 3S56A 4Y3HA 5P4TA 2B7ZA 2AVQA 3PI0A 5P2AA 1ER8E 4RYGA 1EPLE 5OZEA 5P6RA 2HS1A 2WF2A 4OBHA 4ZSQA 5P3HA 5I3VA 1LYAA 2QMDA 2VJ7A 1SBGA 2Q15A 1FQ5A 3ZPSA 3WB4A 1GVVA 1YM2A 4LXMA 1HIVA 4LP9A 4YHQA 3OOTA 5SXNA 5P06A 1SGZA 1VIJA 1BDRA 2JXRA 5P6YA 5P64A 5P03A 5BWYA 5P2SA 1ZPAA 2ZHUA 2JJIA 3T7QA 1A9MA 5DR3A 3HBOA 2IKOA 3U6AA 3GI4A 1FQXA 2B8VA 4FE6A 3OUDA 4M8YA 5P5QA 4CPTA 5P28A 5P4MA 5IVSA 2QI6A 5HCTA 3UDPA 3LIVA 5P4VA 3PRSA 4D89A 1OHRA 5P5EA 4JECA 1HTFA 3NDTA 2NMYA 2AVVA 3PSUA 3QP0A 5OYVA 3BXRA 1KJ7A 3KM4A 2ZYEA 3ZKMA 5P8BA 3ST5A 3NDXA 2OHUA 3R0WA 3IN4A 5P2BA 1GVXA 1RQ9A 2G22A 5I3WA 5P4FA 3VV6A 5OZSA 1TQFA 4EYRA 3NDWA 2NNKA 4EJDA 4LXAA 1W6IA 5OZ0A 2F3EA 3EMYA 2WF4A 3O9BA 3OQDA 5P8CA 8HVPA 1B5FA 2XFKA 3I8WA 1RL8A 5P11A 5P0OA 5OZLA 3PWWA 1BDLA 5EZXA 2ER6E 1QBUA 1LS5A 5P04A 1F7AA 4Y3WA 4Z2ZA 2PMAA 1HRNA 3SA3A 3IA9A 5OZ9A 3Q4BA 1FGCC 4L6BA 3GI0A 5P5IA 1D4IA 4NJTA 2J9JB 3OOZA 1IDBA 5P5JA 2I0AA 3JVWA 1ZTZA 5OYWA 1KJHA 2PH6A 2H6SA 1T6GA 2FLEA 3PM4A 5P7IA 5P50A 5P5YA 5COKA 1PROA 2NNPA 5AHCA 5P8JA 2BJUA 2PSUA 1HEGE 4FM7A 1E80E 3OAGA 1VIKA 5E5KA 3SM2A 5P69A 1KJ4A 3MWSA 4OBJA 3SM1A 3ZKIA 3UQPA 3OUBA 3KT5A 2BPYA 3TOGA 5BS4A 2R3TA 4AA9A 3CIDA 2ANLA 2IL2A 4KE0A 5P1KA 4COEA 3GGXA 4GMIA 2HB4A 5P23A 2AOCA 5P83A 2V00A 3KDDA 3Q70A 1F34A 1K6CA 1HSIA 4CP7A 4KE1A 4OBKA 4I0HA 2QZLA 4H3GA 3PJ6A 5I70A 1C6XA 2AOFA 1BVEA 2QHCA 2IENA 4XKXA 1MEUA 3UFLA 1MVPA 1EBZA 4Y44A 3U7SA 3C9XA 2Z4OA 4J0VA 4TVHA 3BRAA 3HAUA 2JE4A 5DPZA 3EL5A 5P1YA 4JOOA 2Q54A 5OYYA 2P4JA 4TRYA 5OZOA 4HDBA 5DR8A 4Y5EA 5P85A 2I4WA 5P58A 5P74A 5OYUA 2AQUA 4H3JA 4HDFA 5P43A 2APRA 1CMSA 1AM5A 5P3KA 4RZ1A 5P8IA 1BV7A 1MSNA 5P3UA 5P0QA 3FX5A 3RTNA 1HVHA 4Y45A 1K6VA 4F76A 5P60A 3UDKA 1RV7A 3DJKA 4FRIA 5OZDA 3RTHA 4D88A 3SAAA 5ENMA 5P48A 1NSOA 5P54A 4Z4XA 3K5CA 4QJ9A 3TPLA 3S45A 4Y3AA 5P3GA 3O9EA 5P0UA 2I1AA 4Z22A 2PWCA 2OHPA 5P25A 5P82A 2P3BA 2HPFA 2QI4A 2FXDA 5P1GA 3KT2A 4PHVA 1OD1A 3LIQA 2G1SA 3OU4A 5P22A 5P4NA 5JFUA 5P8KA 3PCZA 4J1IA 4TRZA 4Y38A 4OBGA 1PPKE 1PSAA 3LZVA 4RLDA 1W6HA 4Y5BA 5P6SA 4D85A 2G26A 5P33A 4ZE6A 4DPIA 2JJJA 5P5ZA 3L5EA 3ZKSA 3SA8A 5P7NA 2HPEA 5P08A 1XS7D 5P3XA 2OHTA 1SGUA 1MTBA 4ER2E 3CYXA 4DJVA 4CPRA 1FQ7A 4Y54A 5P53A 5KR2A 3QRSA 5P5AA 5I3YA 5AHAA 4QGIA 2QD6A 1FG6C 5AH6A 4Y3DA 4Y3QA 2QU2A 5P0MA 4I10A 5P6BA 4CPWA 3L59A 5J25A 5P3QA 2Q11A 4HVPA 3VSXA 2HAHA 1D4LA 4FL8A 3KFPA 2AOEA 1G6LA 5P8PA 2F8GA 3DCRA 3PB5A 5P0YA 5P4DA 5P41A 1TCWA 5AH7A 5P5VA 1M4HA 4R95A 5P2ZA 4Y4DA 1LF4A 2ZHVA 3DOXA 3OQAA 1YTJA 3DCKA 2AZ9A 5P0WA 4GYEA 3S43A 3EKQA 1C6YA 2QNPA 5P6QA 3OK9A 7HVPA 1YT9A 3OWNA 4YBFA 5P3EA 4K4RA 5P5NA 1EPQE 3EL9A 1FB7A 4LHHA 2O4KA 1BAIA 4UPJA 1DP5A 5P8VA 4L1AA 4Y3SA 5PEPA 2B7FA 5P42A 5P78A 5P4IA 2QAKA 1SIVA 1HTRB 1D4JA 1K2CA 1NPAA 5P0IA 5IE1A 4LXKA 4GJCA 4HEGA 1NPWA 2BPWA 6UPJA 3ZPUA 4Y53A 4J0PA 5P34A 3BUHA 5P46A 2Q64A 4EQJA 2WF3A 3SA4A 4Y3EA 2BKTA 5OZXA 5UPJA 4DJPA 4RRNA 2FNSA 4FRKA 5P6FA 3QS1A 1T3RA 5OYTA 1B6JA 5P0DA 1FQ8A 1ZSFA 2F80A 3GGAA 4A6BA 3FNSA 5P1IA 4DQBA 4OC6B 5P5CA 1QBSA 3BGCA 5OZCA 3DUYA 5P6JA 1APUE 3S7MA 1HHPA 3QAAA 2QNQA 2WECA 3OUDB 3L58A 2QMPA 2RKGA 1CPIA 4OD9B 5P3YA 4QJ8A 4QJ6A 5P67A 2XFJA 3F9QA 5P57A 5P86A 1RNEA 1D4SA 3UQRA 5P6ZA 5IS4A 1BIMA 4HLAA 5P4EA 2B60A 2IQGA 4RVXA 1LF2A 4ER1E 5HE5A 4NJVA 2H6TA 3RVIA 4QJ7A 1QBRA 3OU1A 3GW5A 5P77A 4DI2A 4XX4A 3IXJA 2V12C 3QBHA 3FKTA 3MSKA 5P7KA 3APRE 2BKSA 4RRSA 3KYRA 3FSMA 4Y39A 1EPRE 4B1EA 4FLGA 1HEFE 5P0EA 5P3PA 1XL5A 2QI0A 4RCDA 5HTZA 3OQKA 5P8NA 3PI5A 5P13A 1HPOA 3O9AA 4EJ8A 3L5DA 4R93A 2CEJA 1EC3A 5P0PA 3HVGA 3K4VA 5SY2A 3EC0A 2AIDA 5F00A 2HC0A 3VUCA 3VF7A 3BVAA 3BHEA 3VLBA 2FS4A 5P1NA 1D4KA 5P2WA 5OZNA 2Q3KA 5APRE 3OTYA 2ZHTA 2PC0A 5P79A 5P5XA 2ER9E 3O99A 1UH9A 4U7VA 3OU3A 5P6MA 5P5SA 3TOHA 3LPIA 5C9DA 2OHMA 1G35A 2G1YA 2I4DA 5P6EA 5P5RA 4NJUA 2ER0E 2UY0A 2ASIA 4DQGA 2BPZA 4Y58A 1YTGA 5OZJA 2QHZA 4KB9A 3S85A 5P3TA 2O40A 5P4GA 4B00A 2G20A 1SP5A 1TZSA 4MC9A 5P6TA 4L7HA 5P8HA 3IVHA 5P65A 2O4SA 5P38A 5P5KA 2VIJA 1QDMA 3ZKNA 4Z50A 5P1QA 5E5JA 4PYVA 4I0IA 2R5PA 3D1XA 4LAPA 2NXDA 5P3CA 1EEDP 1WBKA 5P2HA 1A94A 3PMYA 2MIPA 5P4CA 1LYWA 5P0XA 5P4ZA 5OZ7A 3LZYA 3GI6A 3I25A 3UDRA 3OADB 5P6CA 5P30A 4Y3LA 3PSGA 5P1UA 2G1OA 4ZLSA 2PYMA 4R5NA 5P4KA 3DM6A 5IVRA 1MRWA 4I0EA 3Q5HA 2FGUA 5P5BA 3UFNA 3TKGA 5OZHA 4APRE 2PWRA 5P17A 4DJWA 4Y4ZA 5P2TA 4A6CA 3UDHA 1MIQA 3O9LA 4B77A 5OZMA 1BVGA 1MT8A 2VNMA 5ISJA 4MC2A 4J0ZA 2I4UA 5P4OA 4YCYA 3FNUA 3B7VA 3SA5A 5COPA 5P49A 5P36A 4Y3PA 1CZIE 5P1AA 1HPSA 3INDA 5P8OA 5OZYA 5P0GA 5P7AA 5ER2E 4FGXA 3OXVA 4ZIPA 1DPJA 5P3DA 2EWYA 4DUSA 3TH9A 4Y4AA 3EL1A 5P2LA 4Q1WA 5P31A 2WEDA 4YA8A 1EC2A 3BC4A 4NJSA 5P2MA 2V13A 3VYFA 3ER5E 1IIQA 1LYBB 1E82E 1IBQA 3S8IA 1IZEA 3VF3A 2PQZA 5I3XA 1C6ZA 4HDPA 5OZGA 4BFBA 5AGZA 5OYRA 3TLHA 4GJBA 5P05A 3PHVA 4ZSMA 3SQFA 2RSPA 1W5WA 2P3BB 5P73A 5KQYA 3L5FA 5P18A 3SA9A 4Y4EA 3M9FA 4DPFA 3VG1A 5P32A 3OY4A 4BELA 2AOHA 1NPVA 1XL2A 3MXDA 1T6EX 4H3IA 4Y5GA 3WZ6A 4FAEA 3TNEA 5P2RA 1B6KA 4YCTA 3MSJA 4FSLA 4X2LA 4Y3YA 5P5UA 5P1PA 3TPPA 1PSOE 3OHHA 1HXWA 1HVCA 2I4XA 5OZUA 2WEBA 4I8ZA 4Y5AA 4Y3NA 4Y3GA 4Y4GA 2ZDZA 1PFZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UH8 A;  4GZF A;  4YD7 A;  4JPC A;  2QK5 A;  5HU0 A;  5P01 A;  4DVF A;  5P6U A;  4Q1N A;  2IKU A;  2AOD A;  3PSY A;  1T7J A;  6APR E;  3QVC A;  5P6O A;  1GNO A;  3KA2 A;  5P55 A;  2VA6 A;  1M43 A;  3BVB A;  3KN0 A;  3LPJ A;  2WL0 A;  4F74 A;  4FM6 A;  5P7Y A;  1E5O E;  4DJX A;  4HZT A;  1MER A;  1SDT A;  5P8L A;  1LYB A;  2BPV A;  5P7Q A;  1SIP A;  2J9J A;  3EM6 A;  5OZA A;  4FRS A;  5P81 A;  9HVP A;  5P0C A;  2UPJ A;  3WB5 A;  4Q5M A;  1FFF C;  1EPP E;  3UQU A;  2I0D A;  1EC0 A;  3LNK A;  1GVW A;  3PBD A;  1IZD A;  2ZJJ A;  1XE5 A;  3MSL A;  3EBZ A;  4OBZ B;  2XYF A;  3ZKQ A;  3A2O A;  4GJ5 A;  5ENK A;  2VJ9 A;  3VYD A;  2P3C A;  3IXK A;  4KUP A;  3EKP A;  3SKF A;  5OZQ A;  1YX9 A;  5HVP A;  3MXE A;  3AUP A;  1ZP8 A;  5KQX A;  1HVJ A;  2R5Q A;  4K4Q A;  1D4H A;  2AOJ A;  1GVU A;  3UF3 A;  3LHG A;  3H0B A;  3VFA A;  1A30 A;  4NPU A;  3QI1 A;  3OU1 B;  3ZLQ A;  5P2Y A;  3R0Y A;  5F01 A;  1A8G A;  4Y5M A;  4GJ7 A;  4FAF A;  4F75 A;  3D20 A;  5P7G A;  2VIE A;  5P1T A;  1Q9P A;  1FG8 C;  3LIN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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