3KA2A

Crystal structure of chemically synthesized 203 amino acid 'covalent dimer' [l-ala;gly51']hiv-1 protease molecule complexed with mvt-101 reduced isostere inhibitor at 1.4 a resolution
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
203
structure length
192
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIAGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNFGGGGPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords [L-Ala51;Gly51']HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 43
structure length 192
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ka2A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ka2A02
3OXVA 4Y50A 4COEA 1D4SA 4Y54A 4HDBA 2FDDA 1NSOA 3NDTA 5OZTA 1PFZA 5P15A 1IZIA 5P5OA 1A8GA 2ZHSA 5P7DA 3S85A 5P0NA 2WF1A 3OU4A 3PVKA 2Q55A 3GGXA 5P6MA 5ER1E 4GJCA 2WF2A 5P14A 1MESA 5P0XA 2P3CA 2FMBA 2FGVA 7UPJA 1K6TA 4Y4ZA 5P5FA 2G20A 4DVFA 1PPME 3NU5A 1T7IA 4Y36A 5P51A 4FCOA 5P0KA 1SBGA 4ER2E 1JLDA 3SLZA 5P67A 5P1CA 4WY1A 5OYWA 4NPTA 5P60A 1HBVA 1TCWA 4NJSA 3TPRA 4B70A 3R0YA 5P56A 4FS4A 1A8KA 3JVWA 4TRZA 1NPWA 4GJBA 4Y3NA 3U71A 1UH8A 5P87A 1MT9A 2WEAA 5OZRA 4L7GA 1MRWA 2G22A 3LZSA 1FQ8A 3TPJA 4YDFA 5P8PA 1FQ5A 5FIVA 3T7PA 2RKGA 4RYCA 5P3VA 4NJUA 4ZLSA 3OTYA 3LPKA 3GI4A 3UTLA 2Z54A 4E43A 2H6SA 4H1EA 3VFAA 4Y58A 1FMXA 2ZGAA 2I1AA 2NTRA 4YHQA 5P3FA 5P81A 2ZJHA 2VJ9A 4J0TA 4OD9A 3VYFA 3EKYA 4LHHA 1MRXA 5P5NA 5P7AA 5P2IA 5P4SA 4ZSRA 5P0FA 1PSNA 3OU3A 5P4NA 5P6XA 3HD8A 1YTIA 2OHSA 4PEPA 3BVBA 2A4FA 4GJ6A 4I0DA 5P29A 1YX9A 4R8YA 4XX4A 2G24A 1HIVA 3NUJA 1AJVA 5P5MA 3U6AA 1MSNA 5P88A 3I25A 5P43A 5P1BA 4Y53A 2AOGA 5OZSA 4QJAA 3NR6A 3I2LA 3QS1A 5P4UA 3CICA 1LYAA 2O4PA 5P79A 5P1QA 5P4YA 3ZKNA 1IZEA 3UFNA 5P34A 1T6EX 5P3NA 2AZBA 2XYEA 1T3RA 5P1VA 2WF3A 3TPLA 2NMZA 2P3BA 5P3TA 1Z1HA 2R8NA 3WB5A 3CIDA 1SGUA 4EYRA 7HVPA 5DR8A 4K4QA 3CYWA 1PPKE 5P2ZA 2PQZA 3PBZA 3SKGA 5DQ1A 4DI2A 4DJQA 2AOJA 3ZMGA 1MUIA 5P2LA 4ZPEA 4Y47A 1QBTA 2R9BA 5DQ5A 5P63A 4RZ1A 2HS1A 5ISKA 1W5VA 3QBFA 5OZFA 3Q3TA 3PRSA 3ZL7A 5P65A 4Z2ZA 4I0ZA 3UQUA 4MC9A 5P1WA 3D20A 1IVQA 1AZ5A 4RYGA 5P4CA 2ZJMA 3KMYA 4D83A 2VIEA 4Y4XA 3OUDB 1MPPA 1WBMA 1QBUA 2H6TA 3VSXA 1BWAA 2WEZA 4EJLA 1HVKA 5P04A 5OZ2A 1EPME 1GVWA 3K5DA 2AVSA 4Y5GA 5P8RA 5P19A 5HDXA 3EKWA 5P6IA 2O4NA 3OQ7A 2VNNA 5P24A 3QIHA 3OUBA 1HTRB 4FE6A 4Y3LA 4I0EA 3IVHA 1B11A 3PBDA 1EAGA 3QPJA 1DP5A 3R0WA 2I0AA 3OU1A 1QRPE 3QAAA 3L5CA 4D89A 1MERA 3NLSA 3DOXA 1W5XA 3DJKA 2ER7E 3PMUA 1IBQA 2ZHTA 2BKTA 5P6NA 5P5IA 5IE1A 3BHEA 1ER8E 5IVTA 4F73A 5P8VA 1RV7A 5P4IA 2P83A 5P0MA 4GJ9A 5P05A 5P4GA 2VIYA 4TRWA 3Q4BA 4HVPA 3KN0A 3O9GA 2QHCA 3RSVA 1NPVA 3LPIA 4Y3XA 3KM4A 2ANLA 3PCWA 3PMYA 5P0GA 3FV3A 3OQKA 2I0DA 4LXAA 2WECA 4FAFA 1IZDA 3UDKA 1HXBA 4J0YA 5P0DA 4Y4BA 5OYXA 3ZKMA 5OZGA 5P3WA 1HTFA 2P8HA 5P7KA 2F8GA 2PWCA 5P2OA 3KFPA 1B5FA 2NPHA 3DCKA 2BB9A 3O9FA 4Y4DA 3PI0A 5P59A 2PYNA 1PPLE 1T7JA 1APUE 2G1NA 4TRYA 4K4RA 3PGIA 3K4VC 4Y3SA 1LF2A 4RVXA 5KQYA 2I4DA 4J17A 3RU1A 2ER6E 4OBGA 3NWXA 1YM2A 4EXHA 4Y4JA 3LZVA 4ACXA 2PC0A 1D4HA 2SAMA 5P3KA 2ER0E 3T3CA 2QZWA 5P8JA 1GVXA 1ENTE 2QAKA 5P46A 5P5GA 3IVIA 2WKZA 5P28A 3EM3A 4BELA 1EEDP 5P6WA 5P2AA 3H5BA 5P01A 1TSUA 4LXKA 5P2NA 5P45A 2Q5KA 5P2TA 1E5OE 1HWRA 5HTZA 2NNKA 5KR2A 4ZPGA 1XN2A 2IKUA 3DV5A 1FF0C 5P8CA 5HDZA 4GJAA 1KZKA 4R95A 3OY4A 3C9XA 3PSUA 3LZYA 1PSAA 3ZOVA 5P4DA 3WSJA 4APEA 1MT8A 1FIVA 4QJ2A 3WZ7A 1HIIA 4MC1A 1SDTA 2G27A 4OC6B 1AXAA 5P6CA 3VF3A 5P8GA 1KJHA 1XS7D 5P2EA 3CKRA 5OYTA 4Q1XA 3TPPA 3OGPA 5P41A 5P71A 5P4FA 2PWRA 2IENA 2J9KA 3UQWA 4CPSA 2FNSA 5P1UA 1MTRA 5P6AA 3ER5E 5P6GA 3VLBA 4I12A 5P2JA 3PI5A 1K6CA 3VLAA 3SA6A 1AIDA 2HPEA 1BDQA 3AIDA 1BBSA 5P8NA 5P68A 4FRJA 5P5KA 3VV6A 1ZTZA 1YT9A 1KJGA 5P3JA 5C9FA 3NUOA 2F3FA 3PWWA 5OZHA 4FSEA 1SMRA 3B7VA 1EPOE 4AMTA 4I0JA 2O4SA 4DJXA 5P1FA 5P6QA 4YDGA 5P1XA 1BDLA 4ER4E 1VIJA 3QN8A 5P1MA 1GVTA 5P06A 4H3JA 9HVPA 3EL5A 4Y5BA 5C9BA 5EZXA 3RTMA 5P0EA 1HOSA 4HZTA 5KR1A 5P70A 3PB5A 5OZQA 1FFIC 5P39A 1XE6A 2B7FA 5P61A 5P0PA 5P1HA 1W5YA 1SDUA 5HDVA 1TZSA 4J5JA 5P6VA 1XDHA 3O9AA 4ZPFA 1W6IA 1NH0A 2AOCA 5OZDA 1D4IA 5P6BA 3CIBA 5P31A 3SQFA 1XL5A 1ME6A 5P37A 5P6YA 4F75A 5TOLA 5OZVA 5P00A 5P8IA 3S53A 4HLAA 3OHFA 3L5EA 3UQRA 2OAHA 2QI7A 3LIVA 1EPQE 4YD6A 1D4KA 2UY0A 2NMYA 4KE1A 5P5AA 1FQXA 5OZ7A 3SA4A 1APVE 5DPZA 5P8MA 2QI6A 5IVQA 4Y4GA 2J9JA 4L1AA 1EPPE 3SA5A 2R5QA 1G35A 5HD0A 2IL2A 2HB2A 5KOQA 5P5VA 4FRSA 4J55A 2WF4A 1XN3A 5I3WA 3RSXA 1LYBB 2BKSA 2WEBA 1LS5A 1FMUA 5DQ2A 1YTJA 5P4JA 2AOEA 5P6ZA 4APRE 4KE0A 4RGHA 4EQJA 3LHGA 5OYRA 5P1ZA 3S43B 4YCYA 3INEA 3VF7A 4MC2A 3CYXA 1KJFA 2CEJA 4GZFA 5DQ4A 4B1CA 1J71A 2BPVA 5P09A 2V0ZC 1BAIA 1HVSA 1ZBGA 3WZ8A 3WB4A 4GJ7A 4FSLA 5P7RA 5P3LA 4PZWA 4I0IA 1Z8CA 1META 2VKMA 4U7QA 5P80A 1AM5A 3OU4B 5P4RA 2OF0A 5P6TA 4DJPA 2QHZA 4B77A 3SFCA 2PMAA 3OTSA 1GNNA 3T7XA 5P3EA 1ZP8A 2IRZA 3O9LA 3LIZA 3NU4A 5DQCA 3VCMA 1EBKC 2G1OA 3CKTA 1BVEA 4JPEA 3HAUA 3S54A 5SY3A 2HB3A 5P2QA 2FDPA 5OYYA 5P1JA 5P64A 2PK5A 4IVTA 5P1IA 1K1TA 5P7EA 5P7ZA 3ZKSA 4A6BA 3U7SA 1BXOA 4JPCA 3QRVA 5P2MA 3R4BA 5P17A 3UDNA 3K5CA 2Q3KA 5P08A 3L5FA 2AOFA 1ZPKA 2QI1A 5P1YA 5HE4A 5P5WA 2QZLA 5F01A 2QD7A 3KYRA 1SH9A 5F00A 2CEMA 3LIQA 5P2GA 3KFNA 1LF3A 2P4JA 5P2VA 2I4QA 5P0UA 3EXOA 2OHRA 3NYGA 2APRA 5COOA 2Q11A 1FG8C 4QLHA 5OZMA 3HDKA 1SGZA 3TOHA 3QRSA 3B80A 5P6DA 1GNOA 1QBSA 4DJWA 1FFFC 1RQ9A 5HCTA 5P13A 1U8GA 5P6PA 5P3MA 4I10A 5P26A 4B05A 2PSGA 4QJ9A 4R5NA 4OD9B 2ZHUA 4Y3TA 5P0OA 1ODWA 4AA9A 1EBWA 2JE4A 2R5PA 3S2OA 3IGBA 4Y3QA 4HEGA 5P2YA 4PYVA 3EL9A 3FIVA 5P2KA 5OZCA 5OZ0A 1GKTA 5P48A 1BWBA 4D85A 4Y3JA 4HDPA 3DV1A 4J1CA 5P4VA 3EL0A 3PLDA 1IIQA 5P6SA 4TVGA 4HDFA 3S7LA 3NXEA 4K9HA 4EQ0A 4L7JA 1HHPA 4MC6A 2JYSA 3PWMA 4RCDA 1C6ZA 4EXGA 5P73A 1HVRA 1LYAB 3URLA 4A4QA 2OHMA 1W50A 3TTPA 5OZIA 4GJDA 5P7IA 1QBRA 1B6PA 2QMPA 2QMDA 2P3BB 1HVIA 4GYEA 5P3OA 4ACUA 5P3BA 4JOOA 5SZ9A 4Y5CA 3BUHA 5P23A 5P1OA 1YTGA 3TL9A 5DGUA 4RRNA 4Y9WA 1K6VA 5P2HA 4B1DA 5JFPA 5P85A 2P3AA 4ZSPA 5P4EA 1HRNA 5P7TA 5I3YA 3O9CA 4PZXA 5P8AA 1HVLA 5P55A 4Y5NA 2V16C 1IVPA 3O9EA 5P1GA 5P7JA 1FG6C 4J0PA 3RTNA 1UH9A 2O40A 1EBZA 4XXSA 3OQAA 4NJVA 5HCOA 3S8IA 4GJ8A 1HVCA 3NDXA 5P8EA 4J1FA 4YD5A 3UDMA 3RTHA 5P0RA 5P8SA 2Q15A 3BRAA 2IGYA 1MIQA 2VA7A 4YE3A 2QMFA 5P69A 3LIXA 2O4KA 5P62A 5P5HA 2V11C 3HW1A 4J1KA 2P3DA 5P4MA 2G69A 1CPIA 5OZNA 3HLOA 1AAQA 3GGUA 1QDMA 1N49A 2ZE1A 5P2BA 4JECA 4BFBA 4FIVA 2UPJA 5P3QA 1OD1A 4RROA 3OU1B 4N00A 2Q63A 4YOAA 5P5TA 3URJA 3G72A 3KT2A 5P8BA 4BFDA 3ER3E 5CONA 5BRYA 2OHTA 4Q5MA 3APRE 4Y3HA 4LBTA 4F74A 2B60A 5P42A 2JXRA 5P7NA 4YOBA 2RMPA 3UQPA 2AVOA 2BQVA 4Q1NA 3WZ6A 5P5BA 5P3DA 1LZQA 1MSMA 1ZSRA 2BPZA 5OZZA 3APPA 3TKWA 5P5DA 5P2XA 2NXMA 4Y4AA 5P84A 5AHAA 4QJ7A 4JP9A 1HSGA 5OZ8A 4K4PA 1EC1A 1B6MA 3L59A 3RVIA 1C6XA 2AVVA 5P0IA 5P6RA 3M9FA 2QK5A 5P12A 4J0VA 5P5UA 4PHVA 1B5FB 5P4XA 3O99A 3IA9A 3FNSA 5P03A 4ZIPA 3L3AA 4EWOA 3S45A 5DR1A 1IDAA 1XE5A 5P2UA 3MSLA 3T7QA 5P78A 2IKOA 1D4JA 1HEFE 3R2FA 3MXEA 1BIMA 1ODYA 5P8OA 3CMSA 3KT5A 5P36A 4Y5AA 5CLMA 5KOSA 5P8DA 1ZSFA 2A1EA 4Y4TA 5P32A 5P7GA 4AA8A 5P07A 4DJRA 2EWYA 3VV8A 1FMBA 5KQFA 4YCTA 3NDWA 1E81E 2ZJIA 4Y35A 4Y57A 4Y3ZA 3PM4A 3EKTA 4PPHA 5PEPA 1MEUA 1PSOE 1MVPA 4CPTA 2IDWA 5OZAA 4X2LA 1LF4A 5P7OA 5I70A 2IEOA 1EC3A 4DQHA 2MIPA 4LXMA 3D3TA 5UPJA 3FSMA 4J1EA 4L7HA 4Q1YA 4U8WA 1D4LA 4Y3GA 2XFJA 4QJ6A 5AH6A 1APWE 3R1GB 4DPIA 4DQBA 1FQ4A 5OZ6A 2QMGA 3TLHA 2FIVA 4Y3FA 3L58A 3KFSA 2F80A 1HVJA 4Y44A 4R92A 1OHRA 4GMIA 3NXNA 3S56A 2IQGA 4L6BA 4D88A 3D1YA 5P30A 5P8HA 5P7QA 3D1ZA 3VG1A 1HTGA 3NWQA 5P0AA 4B72A 4B1EA 3KDBA 5P7PA 5ISJA 2BPWA 3SKFA 4NKKA 5I3VA 1PROA 5IS4A 1E80E 1TCXA 5P6KA 2I4UA 3L5DA 3SABA 2G1YA 4RVIA 4DQEA 3VYDA 3INFA 5P4KA 1B6JA 5ER2E 2PH8A 5P0JA 4Y6MA 5KR0A 5P8KA 2Q54A 2VS2A 2G21A 2RSPA 3INHA 2XYFA 3I8WA 4Y3DA 3QI1A 1XL2A 2QU2A 5P0TA 3SAAA 5P5YA 5AH8A 3SA9A 4LL3A 1YG9A 5P7MA 4Z4XA 4GIDA 1KJ7A 3KMXA 2AVMA 5P53A 4Y5PA 3BC4A 4Y4EA 3T6IA 5HDUA 4I0HA 5P6JA 2VIZA 3D91A 3UDRA 2FXDA 2ZJLA 5P0YA 2VJ7A 5P1KA 1ZLFA 3K5FA 5AHCA 3AUPA 4OBZA 3UCBA 4H3FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OXV A;  4Y50 A;  4COE A;  1D4S A;  4Y54 A;  4HDB A;  2FDD A;  1NSO A;  3NDT A;  5OZT A;  1PFZ A;  5P15 A;  1IZI A;  5P5O A;  1A8G A;  2ZHS A;  5P7D A;  3S85 A;  5P0N A;  2WF1 A;  3OU4 A;  3PVK A;  2Q55 A;  3GGX A;  5P6M A;  5ER1 E;  4GJC A;  2WF2 A;  5P14 A;  1MES A;  5P0X A;  2P3C A;  2FMB A;  2FGV A;  7UPJ A;  1K6T A;  4Y4Z A;  5P5F A;  2G20 A;  4DVF A;  1PPM E;  3NU5 A;  1T7I A;  4Y36 A;  5P51 A;  4FCO A;  5P0K A;  1SBG A;  4ER2 E;  1JLD A;  3SLZ A;  5P67 A;  5P1C A;  4WY1 A;  5OYW A;  4NPT A;  5P60 A;  1HBV A;  1TCW A;  4NJS A;  3TPR A;  4B70 A;  3R0Y A;  5P56 A;  4FS4 A;  1A8K A;  3JVW A;  4TRZ A;  1NPW A;  4GJB A;  4Y3N A;  3U71 A;  1UH8 A;  5P87 A;  1MT9 A;  2WEA A;  5OZR A;  4L7G A;  1MRW A;  2G22 A;  3LZS A;  1FQ8 A;  3TPJ A;  4YDF A;  5P8P A;  1FQ5 A;  5FIV A;  3T7P A;  2RKG A;  4RYC A;  5P3V A;  4NJU A;  4ZLS A;  3OTY A;  3LPK A;  3GI4 A;  3UTL A;  2Z54 A;  4E43 A;  2H6S A;  4H1E A;  3VFA A;  4Y58 A;  1FMX A;  2ZGA A;  2I1A A;  2NTR A;  4YHQ A;  5P3F A;  5P81 A;  2ZJH A;  2VJ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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