3KDBA

Crystal structure of hiv-1 protease (q7k, l33i, l63i) in complex with kni-10006
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title How much binding affinity can be gained by filling a cavity?
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Protease
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kdbA00
3S2OA 3NXEA 1Z8CA 3UDPA 5P2HA 3EL1A 4GJDA 2FNTA 5P6EA 5KR8A 4OBZB 5P85A 2BPWA 4HDPA 5P30A 2QMPA 2QI1A 1DMPA 2AZBA 5P8EA 3TPRA 4J1HA 5P1PA 5P88A 2AIDA 4NPUA 5P01A 3HAWA 1ZLFA 5P8LA 5KAOA 5P70A 4Y6MA 1LF3A 2H6TA 5P7PA 4LP9A 4J0YA 5OZ8A 1FQ4A 4GIDA 3OHHA 4HLAA 3VYEA 2IL2A 3OAGA 2G1YA 5P4WA 4E43A 3GGVA 5P8UA 3PSYA 1LYAA 5P4YA 3LITA 5DGWA 4DQFA 1YM4A 3T7QA 5P2VA 4LC7A 1FMXA 3OXCA 1XS7D 4F76A 3OADB 5P8AA 5OZHA 1GVWA 3IAWA 4JP9A 5P60A 3RSVA 1E81E 5CLMA 5P52A 1GVTA 4Y53A 2XFJA 1LF4A 5P6CA 4I10A 1LF2A 3EBZA 5P5EA 5P20A 5P8VA 2HPFA 3APPA 5DR3A 3LPJA 5P7UA 3LHGA 1T6EX 2AOHA 5P86A 1Z1RA 2G1SA 5P16A 2RMPA 1UPJA 3L5BA 3OTSA 1FG6C 3FNUA 3HVGA 4OBKA 2FXDA 1AAQA 2RKGA 1BDQA 2BBBA 1K6PA 2QCIA 1HHPA 1APUE 1XL2A 5OYYA 4PYVA 5P58A 4Y37A 5AHCA 2PSUA 3O9LA 5P87A 5P3TA 3UTLA 4I8ZA 1TQFA 3ZMGA 5P7FA 3QIHA 5P14A 4Q1WA 4QJ6A 1JLDA 5P7TA 4K8SA 4Y5GA 4DUSA 4FM8A 1HTEA 4RVXA 4DJRA 2OHTA 3EM6A 1D4SA 3URJA 5P7IA 1NPAA 3SA3A 3BUHA 1HIIA 2IKUA 4OBFA 5P6FA 2AZ9A 3U71A 4HVPA 5P5YA 5SXNA 4B77A 5P7BA 3CKTA 4NJUA 2FDDA 4DJXA 5P10A 4DJVA 5P8RA 1NH0A 3DOXA 5P8KA 4J1KA 3QVCA 1SDTA 5P34A 4OBDA 4DJQA 4OC6B 2G1NA 5P6QA 5P65A 4D83A 4CPTA 1SMEA 5P1NA 5AHAA 3L3AA 5P8FA 3D20A 3O9CA 4J0VA 5HE4A 5P35A 3LIYA 3IN3A 5E5KA 5I3XA 2Q11A 1GVVA 1PROA 3EM4A 3QBFA 4MC2A 4QJ8A 4RGHA 3O9GA 5P0EA 4B0QA 5C9FA 1ODYA 1PSOE 4GJ9A 4MC9A 2JJJA 4I0IA 1M0BA 3HLOA 1MEUA 4A6CA 3Q4BA 3CKPA 4Y4UA 5OZSA 3TKWA 1APWE 2ZGAA 1K1TA 5P3XA 3BC4A 5P3GA 5P12A 5P5LA 3VF3A 2FLEA 4Y58A 1W5XA 5P53A 5P04A 4X7IA 2B60A 2AVVA 5P0WA 6APRE 5P80A 5P6XA 2P83A 5OZLA 5AH9A 3VSWA 5P5NA 5JFPA 2V0ZC 2QNNA 5P1WA 3D1ZA 1FQ6A 2QMDA 2XFIA 1XN2A 3PLLA 5P79A 2V11C 3PGIA 1Q9PA 5P5VA 2JJIA 5OYUA 2J9JA 2FDPA 1OD1A 1T3RA 3QI1A 5OZKA 5UPJA 5KQYA 3AIDA 2HIZA 2I0AA 4MC1A 3BGBA 2VNNA 4LXKA 4WY1A 3UDYA 4DFGA 4PZXA 2G69A 4RCFA 2JXRA 2QI6A 4FSLA 5OYWA 1IZEA 3SA6A 5P1RA 4DQEA 3PB5A 4I0DA 5P0VA 3NXNA 1W6HA 1KJGA 1G2KA 1LYWA 2P3CA 2B7FA 1BV9A 5P89A 4GJ7A 3PBZA 1FG8C 3CICA 4Y3EA 1HEFE 1FQXA 1GNMA 4JECA 4OBZA 4GZFA 1NPWA 5P5PA 5P4VA 4LBTA 4QGIA 2OHSA 5F00A 1KJ7A 4APEA 4DJUA 5P1XA 4I12A 1C6XA 4HA5A 4RVIA 4RRNA 4ACXA 1EPOE 2NPHA 2RSPA 4EQ0A 4R5NA 5P50A 5KQXA 5P5TA 1ME6A 5P1CA 1ZSFA 4Y3QA 1RL8A 1IZHA 2I4VA 1ZP8A 2PYNA 5KOQA 2WF4A 5P5XA 4LXMA 4Y5LA 5OZGA 4KE0A 2PSGA 2WEBA 5P2QA 1BILA 5P0HA 3S7LA 4IVSA 5ER2E 2JE4A 5HDXA 5P1BA 5OZWA 3S54A 2I4XA 4Y4GA 2FIVA 2IGYA 3ER3E 4NPTA 4RRSA 2HAHA 3OQ7A 1G0VA 3L59A 4Y4TA 5P03A 4U7VA 4GJBA 3UHLA 4BFDA 4DPFA 5P26A 5OZ0A 4XXSA 2QD8A 3R1GB 4L7HA 2VJ7A 5OZCA 3SA5A 5P5MA 5P68A 3QBHA 4D8CA 2IENA 3EKWA 6FIVA 1K6VA 2QZKA 3HW1A 5P5IA 3NU5A 2G1OA 3PSGA 5P6VA 1QS8A 3K5DA 3NWQA 4YE3A 3K1WA 5OZFA 4LHHA 3OU4B 3OUDA 1SDUA 3EKPA 3F9QA 5HD0A 5OZTA 3SA8A 4NJTA 3WSJA 3LZUA 3WB4A 2OHUA 5AGZA 1MT9A 3INEA 3PMUA 4F73A 4Y50A 5PEPA 4IVTA 3L38A 2WL0A 5DR7A 1RNEA 5P8CA 2ZHVA 5P49A 2QU2A 5IS4A 4DI2A 5P7RA 2A1EA 2QZLA 5P1YA 4RCEA 3HBOA 4Y35A 2ANLA 3SABA 5OYXA 5P6JA 1OEXA 5OZAA 5P4AA 1VIJA 5P28A 5P2JA 1W5YA 1FF0C 3SFCA 2NMZA 5P5UA 4Y5CA 5P4XA 4Y3WA 5P2NA 5P8BA 3TOFA 4OC6A 5DR4A 4ZSPA 3KT2A 5P4KA 4OBJA 5OYVA 1HXWA 4J1IA 1WBKA 1LEEA 3NU6A 4R93A 3NDWA 3KFPA 4Y5KA 4RVJA 5SZ9A 3TL9A 8HVPA 4EJ8A 2P3AA 2AVSA 3DK1A 1QBRA 1D4LA 1TCWA 3KYRA 1IDAA 4DJPA 1F7AA 3T3CA 4PHVA 1BWBA 4I0EA 1TSQA 4H3JA 3SKGA 3OHFA 3NU3A 3UDRA 5P8QA 2Q54A 4EHCA 4EQJA 2R38A 1PPKE 3DV5A 3JVWA 4DVFA 5P3JA 4FCOA 4B70A 3KFRA 2OHQA 5P3VA 3UF3A 3OUBA 2UPJA 2BKSA 2NXMA 2I4UA 4Y3GA 3JW2A 4Y3FA 2APRA 1D4IA 3EKQA 3UDQA 3KT5A 3SM2A 2PH8A 4GJ6A 7HVPA 1BIMA 4KE1A 1M43A 5DR0A 1NPVA 1ER8E 1UH9A 4GYEA 4R95A 1C6YA 3I2LA 4D88A 3PMYA 1MSMA 3G70A 3BVBA 4Y5NA 5P6RA 4YD7A 4CPQA 1QDMA 4Y3MA 3ZPUA 1AJXA 5P31A 3GGAA 5P3QA 5P38A 3IXJA 5P8JA 5HDZA 1MRXA 1FGCC 4ACUA 3SAAA 3S43B 5P78A 2WEAA 4BEKA 5P23A 2CEJA 3PEPA 5P4TA 2R9BA 2FS4A 3K4VC 2VKMA 4FGXA 1ZBGA 1KJHA 2PMAA 5P4FA 1WKRA 2XYEA 5ISJA 5OZNA 2WJOA 3BGCA 5P0CA 5P8GA 3SLZA 2O40A 1N49A 5P4DA 3ECGA 3MSKA 3A2OA 7UPJA 2O4PA 3UDNA 3ZKNA 1VIKA 5P7JA 3OQKA 4Y4DA 2BPXA 2R8NA 4YD3A 5OZQA 1G35A 2QK5A 5P36A 2ZE1A 4ZSMA 4CPUA 3NLSA 3RTHA 4YCKA 3SACA 3GW5A 4XX4A 5P5AA 5P6ZA 5P4CA 4YD5A 1B6KA 5P2MA 1HTFA 3L5DA 5DPZA 2FGVA 1CPIA 5P4EA 4NKKA 3WB5A 1U8GA 5P1OA 2QD7A 5OZZA 1FIVA 4UPJA 4CPSA 3SA4A 4YA8A 5P3OA 3KMXA 3ZKXA 5P7YA 3I6OA 3FIVA 4Y5PA 5P56A 5P6IA 3KDDA 5I70A 4J1EA 5P0LA 1FMBA 5P7HA 5P0KA 3UQPA 2IEOA 5P6BA 4QJ2A 5OZXA 4J5JA 2ZHTA 1SGZA 3B7VA 3UFNA 5P1VA 2BB9A 4Y3XA 1EPRE 3ZKIA 3OXXA 1SBGA 5P1TA 2QMGA 4Y3RA 2F81A 1SIPA 5HU1A 1FQ8A 4Y3LA 1E82E 3OU4A 3PI0A 5P3LA 3CYXA 3WZ7A 1HVJA 5P54A 3S53A 2G26A 3I25A 4YHQA 1IVQA 5P4UA 5P4IA 2HC0A 3Q70A 2RKFA 1MIQA 1RPIA 3BRAA 2HM1A 4S1GA 3OXWA 4R92A 2B7ZA 5P0XA 1HPSA 1UH8A 2P4JA 5P7GA 1CMSA 2HPEA 1D4JA 3OGPA 4Y3JA 2AVOA 5P7AA 3VV6A 4FM6A 5P0TA 2P3BB 5P7MA 1MTRA 3UDMA 4ZPGA 3EL5A 5P02A 5J25A 2QI4A 2OF0A 3O9FA 5P3SA 1NSOA 4U7QA 2IQGA 2WKZA 3URIA 5P41A 4ZE6A 1MESA 2BPYA 3IA9A 4TVGA 3I7EA 1EBWA 4I11A 2G94A 3VF5A 4DJOA 4OD9B 1G6LA 1LV1A 5DQCA 3OQDA 3LPIA 1LZQA 2V12C 4B00A 4GB2A 2AZ8A 4AZYA 5P5CA 4TVHA 1D4YA 3EMYA 4Y3HA 2O4KA 4EPJA 4Z4XA 1EAGA 4JPCA 5DQ4A 5OZ2A 4CPXA 2QD6A 3H5BA 1B6LA 5P0RA 1EBKC 3ZKGA 3LNKA 2ER9E 2ASIA 1CZIE 5IVTA 5HCOA 5P1QA 5P6TA 4Y3SA 5P29A 5P7EA 1Z1HA 3GI0A 5P2LA 3EL4A 2I0DA 5P3DA 3T7PA 1IBQA 3LINA 3QP0A 5P25A 2VJ6A 5P0DA 3VYDA 4Y4ZA 1T7JA 1BVGA 5P6SA 1ENTE 3INFA 3K5GA 2Z4OA 3LIZA 1HTRB 4FAEA 3D3TA 3L5FA 1HVCA 3PVKA 4ER2E 1IZIA 4L7JA 5P84A 3UCBA 5P2EA 3OU1A 4Y56A 4H3IA 1B5FB 4R91A 5P5OA 4YCYA 5P77A 5AH6A 2SAMA 5P75A 4COEA 3EKXA 1W5WA 5P5ZA 4XKXA 3PM4A 3NUJA 1K6TA 2ZJNA 3M9FA 5P5KA 1OEWA 1GNNA 4YCTA 1HVLA 4FIVA 5P4OA 2R43A 1W51A 3TNEA 5P6LA 3SO9A 3LZYA 3BXSA 5P8NA 4Q1XA 3G72A 5COPA 4Y44A 2R3TA 2V16C 5P3BA 3ZLQA 2VIYA 2PYMA 3UDKA 1K2BA 5P8DA 2FNSA 3T11A 3O99A 1OHRA 3OUAA 4FLGA 2G20A 2F3FA 4GJCA 2WF1A 4AA9A 5ENKA 1HIVA 5P0BA 5P5HA 5P5RA 1FFIC 1ODWA 2NNKA 1KZKA 2WF0A 4HDFA 5AHBA 5OZ9A 5P13A 5C9DA 5HE5A 3QVIA 3O9EA 5CONA 3EKVA 4Y3NA 3EKTA 1PPLE 3AUPA 3KDCA 1AVFA 3S7MA 2AZCA 4PEPA 5DQ2A 4J1CA 3N4LA 5OZJA 3N3IA 3CIBA 4FSEA 5DQ5A 4JOOA 3KF0A 3INHA 1APTE 4M8YA 5P2GA 3EL9A 2AOGA 5OZMA 5P5WA 3S8IA 2Q55A 3CKRA 4H3GA 3OAGB 2WF2A 4Y39A 3LIQA 4FS4A 4FL8A 2B42A 1LYAB 3VG1A 5BS4A 1RV7A 3GI4A 4APRE 3OADA 1EBZA 3NR6A 4Y4WA 5P8IA 5I3YA 2OHNA 1T7IA 5P1FA 1QBSA 3BUGA 4H1EA 2QNPA 4Y3DA 5P0JA 2AOEA 4Y3TA 5P0IA 4TRZA 5P2CA 3Q6YA 5KR2A 1HPVA 4Y36A 3SQFA 1FFFC 1D4KA 4FAFA 3HDKA 5P39A 5P08A 4J17A 4Y5AA 2P3DA 4YOAA 4FRKA 5DGUA 2Q3KA 2QU3A 5BRYA 3UQRA 2VJ9A 3TOHA 4D89A 3UDJA 4L1AB 4YDGA 3SKFA 4WTUA 5P7XA 1HSIA 2UY0A 3HAUA 5P6WA 3VF7A 1BAIA 4JPEA 1EBYA 1ZJ7A 2VIEA 3T7XA 4DQGA 5P0FA 3O9AA 1SDVA 3R0WA 5P2ZA 1IVPA 5P0AA 2VIJA 5P1EA 5JODA 5P45A 2QMFA 5P11A 5P7LA 2B8LA 1DP5A 2ER0E 5AH8A 2OHPA 3R4BA 1B6MA 5P1UA 3ST5A 2I1AA 5OZ3A 3KMYA 5P3IA 1FEJC 4J54A 5P1HA 5DQ1A 2ZHUA 5P6GA 2G24A 5P7DA 3SA7A 2QHYA 2P3BA 2XFKA 4EP3A 3TKGA 1T7KA 3S45A 3BXRA 1BDLA 1LYBB 4PPHA 2ZJKA 5OZBA 1XDHA 1YT9A 3TH9A 5P1LA 2ZJMA 2I4DA 5P0ZA 5P6UA 3O9BA 4DQBA 2NXLA 2MIPA 4OD9A 4RYCA 5P4HA 5P7NA 5P46A 5F01A 3EM3A 3BHEA 5P6AA 5T4SA 1HVIA 4HZTA 2AOIA 1QBTA 4QJ9A 5SY2A 5P2WA 5ISKA 5OZYA 5C9BA 1KJ4A 3NU9A 4Y3AA 4X2LA 4YBFA 3RSXA 3VV7A 4I0GA 2BPZA 5P09A 4B1CA 1WBMA 3IN4A 1C70A 4Y5EA 2B8VA 5HTZA 5P32A 5P6KA 2QNQA 1J71A 4J55A 3U6AA 2ZJLA 3L5EA 3LZSA 5P6DA 3H0BA 2WEDA 2BJUA 3GGUA 4I8WA 4EJKA 1F34A 4TRYA 3UQUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3S2O A;  3NXE A;  1Z8C A;  3UDP A;  5P2H A;  3EL1 A;  4GJD A;  2FNT A;  5P6E A;  5KR8 A;  4OBZ B;  5P85 A;  2BPW A;  4HDP A;  5P30 A;  2QMP A;  2QI1 A;  1DMP A;  2AZB A;  5P8E A;  3TPR A;  4J1H A;  5P1P A;  5P88 A;  2AID A;  4NPU A;  5P01 A;  3HAW A;  1ZLF A;  5P8L A;  5KAO A;  5P70 A;  4Y6M A;  1LF3 A;  2H6T A;  5P7P A;  4LP9 A;  4J0Y A;  5OZ8 A;  1FQ4 A;  4GID A;  3OHH A;  4HLA A;  3VYE A;  2IL2 A;  3OAG A;  2G1Y A;  5P4W A;  4E43 A;  3GGV A;  5P8U A;  3PSY A;  1LYA A;  5P4Y A;  3LIT A;  5DGW A;  4DQF A;  1YM4 A;  3T7Q A;  5P2V A;  4LC7 A;  1FMX A;  3OXC A;  1XS7 D;  4F76 A;  3OAD B;  5P8A A;  5OZH A;  1GVW A;  3IAW A;  4JP9 A;  5P60 A;  3RSV A;  1E81 E;  5CLM A;  5P52 A;  1GVT A;  4Y53 A;  2XFJ A;  1LF4 A;  5P6C A;  4I10 A;  1LF2 A;  3EBZ A;  5P5E A;  5P20 A;  5P8V A;  2HPF A;  3APP A;  5DR3 A;  3LPJ A;  5P7U A;  3LHG A;  1T6E X;  2AOH A;  5P86 A;  1Z1R A;  2G1S A;  5P16 A;  2RMP A;  1UPJ A;  3L5B A;  3OTS A;  1FG6 C;  3FNU A;  3HVG A;  4OBK A;  2FXD A;  1AAQ A;  2RKG A;  1BDQ A;  2BBB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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