3KDCA

Crystal structure of hiv-1 protease (q7k, l33i, l63i) in complex with kni-10074
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title How much binding affinity can be gained by filling a cavity?
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kdcA00
5P3XA 4OC6A 5OZXA 4B05A 3KFNA 1Z8CA 3IAWA 3NR6A 4NPUA 3KFSA 4EJLA 5IS4A 5P5SA 1HIIA 2VIEA 2WJOA 1XS7D 5P7MA 1PSAA 4LBTA 1FQ6A 1TW7A 2HB3A 2JJJA 3O9FA 1PPME 2Z4OA 1KJFA 2ZJJA 1HTFA 3RTHA 2QK5A 3PWMA 3Q5HA 5P6SA 5P81A 2OHMA 1C6XA 1CMSA 4NKKA 5P7UA 3EL9A 4JOOA 5P88A 5P29A 3SA7A 4Y58A 5P1VA 2R43A 4ER4E 5P5LA 4Y4GA 5OZQA 5P8SA 3TNEA 5P8VA 1LYAA 5COKA 1HIVA 3PSUA 5P4AA 5P83A 4EWOA 3OQFA 6FIVA 5SY2A 5C9BA 1J71A 3MSLA 2FXEA 4ZSQA 4DQCA 4NJTA 5AH9A 4DJRA 3D91A 5P2WA 4F74A 1WKRA 3QPJA 5P5OA 2WF4A 1W6HA 2EWYA 3O9EA 1HOSA 2Q5KA 3WB5A 2VJ6A 2HAHA 2G24A 3I8WA 1FQ7A 2I4UA 3OUDB 1FFFC 1GNNA 3GGXA 4FSEA 3ZKNA 1EAGA 2IKUA 3PCZA 4COEA 5P3IA 3B7VA 4H3IA 1E82E 1ZBGA 4Y36A 1MUIA 1PSNA 4Y3ZA 3UQUA 2ZHTA 1MESA 5OZPA 4EXGA 4LL3A 5E5KA 5P7AA 2FIVA 3L3AA 3ZLQA 1QBSA 4BEKA 2G1OA 1FKNA 2QI7A 3IXKA 5P1KA 5HDUA 3SM2A 3OHHA 3GGVA 3OWNA 5P13A 4Z50A 3K4VA 1HRNA 1MRWA 3H0BA 5P6VA 1RQ9A 2BJUA 3PJ6A 5P0DA 4RYGA 5PEPA 5P6IA 4B0QA 5P0CA 4CPXA 3U6AA 3KN0A 3S43A 5P8GA 2IKOA 2G1SA 3DOXA 3IN3A 5P32A 5P1IA 1B6LA 4DQHA 5COPA 3JVWA 3L38A 1YG9A 2PMAA 3INDA 5P0GA 1HEFE 4PZWA 5P85A 4RROA 3DCKA 3QAAA 5P4PA 2AVQA 5P36A 5P71A 5P3JA 2V11C 4ZSPA 4TRYA 5P5GA 1SIPA 1YM2A 5JFPA 2QZKA 2V00A 2CEMA 5TOLA 4ER2E 1HIHA 4RGHA 3APPA 3D1ZA 1ZTZA 2IQGA 2PQZA 2BPXA 1XN2A 3QP0A 5P1FA 4ZSRA 6APRE 4Y5EA 3I6OA 4DJOA 2JE4A 1QBUA 5OZHA 3QBFA 1T6GA 2Q54A 2RKGA 5P2QA 2QZXA 2RSPA 2F3KA 2NXDA 5P6BA 1HPSA 5E5JA 1U8GA 4DQGA 1D4SA 2QI4A 5KOSA 5P10A 2OHQA 1EBKC 1XL5A 3D1XA 2APRA 3SACA 3NU6A 2VS2A 2NXMA 5P0LA 3EKYA 4GB2A 5OZBA 4PHVA 5HDXA 5P07A 1HVJA 3EKWA 1B5FA 5P5EA 5P58A 4DI2A 3RTNA 4Y43A 2WEBA 1RV7A 1FEJC 1GKTA 5P1TA 5P12A 5P7YA 5P67A 4CPTA 4WY1A 2RMPA 5P3ZA 4LAPA 1ENTE 3OXCA 2FDPA 4QJ7A 4Y48A 5P1UA 5P73A 3ER5E 1D4YA 4J0VA 2NNKA 3S45A 3WZ8A 1W51A 5P43A 1SDVA 3CMSA 5DQCA 4EXHA 2HB2A 2ZHVA 3EKQA 5P3LA 3CKTA 3GI4A 4XKXA 3TL9A 5SXNA 5P3YA 1NPAA 1W50A 5P62A 3UTLA 3T3CA 4Y4UA 2UPJA 1BV9A 2CENA 5P74A 4Y41A 1AJVA 1LF3A 1QBRA 5HVPA 3AIDA 4OD9A 3HZCA 5P4GA 5P7NA 3I25A 1T7KA 1EC3A 2G21A 1AXAA 4X7IA 4Y51A 3ZPTA 5JFUA 3NU3A 5P8CA 2NMYA 3MWSA 5JG1A 3LIVA 3PLLA 3RSVA 2BPZA 3OQAA 1GVXA 3QN8A 3O9IA 3HVPA 2I4QA 4J5JA 3DJKA 3OU4B 2QMGA 5OYYA 2ZJIA 1IZDA 4OBZA 4E43A 5P8LA 4K8SA 2BKSA 5P4OA 1FQXA 3LZYA 3QROA 3UQWA 4EP2A 3CIDA 5P4EA 3OXVA 1LF4A 2B60A 4Y56A 1ZSFA 4Y3XA 3HLOA 5P1XA 2BKTA 3N3IA 4EJDA 4Y3EA 1C70A 1BWAA 5P35A 2P3BB 4EP3A 2B7ZA 5BWYA 2G1RA 4OBDA 5P2LA 3EM3A 2OHKA 4Y5GA 4Y6MA 1A8KA 2HPEA 5P4XA 2QZWA 4ZSMA 1MEUA 2I4VA 2R5PA 1FIVA 1ZPKA 3VSXA 4D8CA 3VV8A 5P2VA 4GIDA 2QCIA 3R1GB 4DJVA 4N00A 2FLEA 5P84A 1G0VA 5B18A 5P4CA 1DMPA 5P6CA 5P8OA 2RKFA 5EZZA 5P7ZA 1SH9A 3K5CA 3KM4A 3MSKA 2Z54A 4JPCA 3EKPA 4RCDA 1EEDP 2O4LA 2AZBA 5P3EA 4R93A 1DAZC 5P49A 3K5DA 4FRSA 3URJA 1HBVA 4GZFA 1WBKA 2PK6A 1UPJA 1LS5A 3K5FA 5P8TA 2ER7E 2HC0A 5DR1A 3NLSA 4GJBA 3I7EA 4EJKA 5P0KA 4FM8A 3O9CA 2WECA 5OYRA 5C9DA 5ER1E 3KDDA 4LXMA 3OHFA 4H3GA 3ZOVA 4CPUA 5P03A 4PPHA 2B8VA 2PYNA 4GJAA 5P1PA 4B00A 2AOCA 5P60A 1BBSA 2PK5A 2P3DA 3OOTA 3WZ7A 5IVQA 2AVVA 5EZXA 1DP5A 1G35A 3NDUA 2P4JA 3OU1A 2ZDZA 2NTRA 4FLGA 4ZEAA 5P66A 3TH9A 4A6BA 2AOEA 4EPJA 2VA6A 1K1TA 5P24A 3S54A 3S2OA 3I2LA 5P6WA 3M9FA 5DQ5A 3BGCA 3L59A 3S8IA 5P6UA 3S56A 2VNMA 2WF1A 3TPLA 3KF0A 2I4WA 1PFZA 4Y3RA 4ZLSA 3G6ZA 3SAAA 5P4SA 3KT2A 4K9HA 3A2OA 1PROA 5P2HA 1ZSRA 4HDPA 1FLHA 5P1CA 4RRSA 1APUE 2ZJKA 3SA8A 3KMYA 4Y5AA 5P6LA 2AZ9A 2IRZA 4Y57A 3OQKA 1HTEA 3OTSA 4U7VA 2G22A 3CYWA 5P5ZA 1AM5A 4I0IA 3VCMA 2NR6A 3LINA 4BFDA 5P23A 1XN3A 2AOIA 5P1QA 3VYDA 2FXDA 3UHLA 5P3PA 1YTHA 2ZHSA 4YD4A 1E80E 5P6DA 3DM6A 5P6JA 3K5GA 4AA9A 1TSQA 3NWXA 4J1HA 1MPPA 3MSJA 3FSMA 5P86A 3BVBA 5P48A 2FNTA 4APEA 3LNKA 5P7JA 2VIYA 1D4JA 2Q15A 1GVUA 5P7LA 3VYFA 1HSIA 3LPKA 3PM4A 2O40A 4D83A 5P39A 5HDZA 3R0WA 5P72A 2R3WA 4QLHA 1E81E 4B72A 3HAWA 2VA5A 3PWRA 5FIVA 1MTRA 5P0IA 5P0PA 2IENA 3CKPA 1K6VA 3RU1A 3LIYA 3TKWA 1APTE 3BVAA 3SFCA 2QAKA 2OHSA 4I1CA 4CPRA 3B80A 5BS4A 2AZCA 4Y9WA 5AGZA 4YD7A 5P4TA 3R0YA 3K1WA 2Q55A 4FCOA 1W5VA 5P4LA 2AVSA 5OYUA 1A9MA 5P1SA 2AOJA 2FGVA 1EBWA 2PC0A 1BVGA 2QI0A 1KJ4A 3UDRA 1SGUA 5P5PA 1T7JA 3QBHA 3ZPUA 2F81A 3QVIA 5P5CA 3HD8A 4J1EA 8HVPA 3TPJA 2IGYA 5ENMA 2WF3A 5P51A 4Y3WA 2QI1A 4J0PA 5P5NA 3EMYA 1EPME 2OHLA 3QRMA 5P3GA 1T3RA 4QJ2A 1OD1A 2B42A 4OC6B 5KQYA 4R8YA 2QI3A 3QVCA 2FDEA 4FIVA 5DR4A 5OZNA 4R5NA 5P5VA 5P77A 4CPSA 1IIQA 1CZIE 4S1GA 5P06A 3OY4A 2WL0A 3UDYA 3OUAA 5HE5A 2QZLA 2SAMA 5P40A 3GGAA 5P89A 5P1DA 4J17A 1FQ8A 1MSNA 5P0TA 4ZIPA 5P3CA 3WB4A 5P41A 5HDVA 5P4QA 1LYAB 5P04A 5OZLA 5P3NA 5P63A 4Y5MA 4KE1A 1B6MA 3HDKA 5OZIA 5OZ3A 1IZEA 4GJCA 5P3HA 4FRJA 5OZCA 4GYEA 3L5FA 4Y5BA 3LIQA 5P79A 4Y53A 5P8JA 1K6TA 2OHTA 4HVPA 3OAGA 1UH9A 5P5FA 5OZ6A 2G1NA 2HB4A 3TKGA 5P0QA 5P6TA 5P3OA 3SO9A 3ZKGA 1AAQA 4LP9A 5P3QA 4HDFA 3SA4A 4Y5NA 5P5KA 3WSJA 5P1HA 4QJ8A 1LYWB 4Z4XA 5P2BA 3UF3A 4Y5CA 4J55A 4D89A 5OZYA 3SA3A 4ACXA 5P6NA 1OEXA 2Q3KA 1TCXA 2V0ZC 3FNUA 4A4QA 3SQFA 3U7SA 5P5AA 4I0DA 5P1OA 5P4KA 1LZQA 1G6LA 1RL8A 3NU4A 5P5YA 5P2ZA 3IVHA 2IL2A 3T7PA 4NJSA 4ACUA 5P3FA 4ZE6A 5P7OA 5AHCA 1HTRB 5P70A 2G20A 5ISJA 5OZAA 2I4DA 5P6MA 4Z2ZA 1LYBA 5HE4A 5C9FA 1NSOA 3S43B 3SA6A 4NPTA 5OYQA 5OZTA 3UDQA 1W5XA 2QNPA 3PI0A 5P4MA 3SLZA 5P5QA 4I0EA 5P78A 5P50A 1TSUA 2J9KA 5DQ1A 5P8FA 1ODYA 5P5JA 5P1GA 5P56A 5HD0A 2OHRA 2VA7A 4YOBA 3UDHA 5P69A 2G94A 3LZUA 4YDFA 3UDJA 4EQJA 3ECGA 3UQXA 2ASIA 3PI5A 4GJ7A 3TPRA 3PEPA 3GI6A 3FV3A 5P0EA 1MVPA 5OZKA 3GW5A 4EJ8A 3JW2A 2Q64A 1F7AA 3INEA 3ZKIA 3OGPA 4PZXA 5OYXA 4B1EA 2AZ8A 2R3TA 3TOGA 5P8UA 2WEDA 4B1DA 4Y45A 5P11A 4QJAA 1M0BA 2HS1A 1FGCC 5P4IA 5P2DA 5P75A 3BUFA 3BRAA 5P22A 1Z1RA 3DUYA 3SA9A 3RVIA 5P47A 2O4KA 1D4KA 3CKRA 2ZJNA 3VFAA 5P6XA 2A4FA 5P7SA 2ZJMA 3EC0A 1LEEA 5P1RA 1B5FB 5DGWA 4Y50A 1HVCA 5P0AA 4MC2A 5J25A 5P7QA 5P4JA 2QNNA 2PSUA 2ZHUA 2XYEA 3ZKSA 4XX4A 3UCBA 5HU0A 4Y39A 1HVHA 5KR1A 4RLDA 5P0NA 4YCTA 4FGXA 1SGZA 2G27A 5KQXA 4Y4DA 5DQ2A 2HPFA 3MXDA 4Q5MA 5P65A 4L7JA 4Y3JA 3LZVA 5P7BA 5P01A 1W5WA 2IGXA 4YD3A 3SKFA 2H6TA 4I8ZA 2QU3A 5P0SA 4F73A 2G26A 2R38A 3F9QA 4J0ZA 2QU2A 1FMBA 3SM1A 5P2FA 5P59A 4YDGA 4Y4WA 1YT9A 4PYVA 3FNTA 2J9JA 1MT7A 4L7HA 4X2LA 3VLBA 2IDWA 5P3UA 3OUBA 3FIVA 5P8MA 4FAEA 1QS8A 3G70A 5P8AA 2VIJA 4Y3LA 3ST5A 2AOFA 4MC1A 4Y4XA 1ME6A 4HEGA 4F75A 2O4SA 2QP8A 5P5IA 5P6EA 4AMTA 5AHAA 1TCWA 3ZPSA 3SPKA 1B6PA 2A1EA 1YM4A 3FKTA 5P8EA 3DV1A 3NWQA 5P31A 1IVPA 5OZ7A 1GVTA 3OADB 4IVTA 2I0DA 5AH6A 5P68A 3VV6A 1MRXA 5P30A 1HVLA 4DJPA 4GJDA 3URIA 2QHZA 4JP9A 3QRVA 3IA9A 1K6PA 1C6ZA 4I0FA 2ZHRA 1G2KA 5I3VA 4AZYA 3IVIA 1M43A 2B7FA 1K2BA 5P2XA 5KQFA 1FB7A 3INHA 7UPJA 3UFLA 4JECA 2B8LA 1LV1A 4CMSA 5P2KA 2QI5A 3DCRA 3VF5A 5COOA 5P61A 2PSVA 5OZ9A 5P3DA 4FS4A 1QRPE 1IDAA 2QI6A 5KQZA 5P6GA 1AVFA 4J1IA 1QDMA 5P0RA 4BFBA 3UFNA 4DPFA 1FG8C 1HPVA 4Y4TA 5P1MA 5P7VA 5DGUA 3LPIA 5P5WA 5DQ4A 4DVFA 1DPJA 5KAOA 5P26A 3OXWA 2BBBA 1GNOA 1KJGA 4H3FA 3CICA 3EXOA 3OQ7A 5P2SA 1APVE 3QIHA 4FM7A 4RZ1A 4I0HA 5P57A 4WTUA 5P0OA 3PBZA 3L5DA 2I4XA 4OBJA 5OZUA 3NUOA 1NPWA 2WEAA 4Y3FA 5OZWA 5P5XA 5P82A 3WZ6A 3OU1B 5ENKA 3H5BA 1FQ4A 3JVYA 5I3WA 3OUCA 4M8YA 5OZMA 1BILA 2IS0A 1BIMA 4RVXA 3NU9A 5CONA 5OYVA 4Q1NA 5OZ2A 4Y3YA 2BPVA 3T7QA 5P1EA 2QHYA 3VF3A 1A94A 4I0GA 2HIZA 1AIDA 4YCKA 2AVMA 1IZHA 5KR2A 5P3AA 4QJ9A 3L5EA 3CIBA 3UQPA 3LZSA 3QI1A 5P8KA 5I70A 2ER0E 3NDXA 3O9LA 5P87A 1XE5A 4MC6A 5P8IA 5APRE 4DPIA 5P38A 3ZKQA 2P83A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3X A;  4OC6 A;  5OZX A;  4B05 A;  3KFN A;  1Z8C A;  3IAW A;  3NR6 A;  4NPU A;  3KFS A;  4EJL A;  5IS4 A;  5P5S A;  1HII A;  2VIE A;  2WJO A;  1XS7 D;  5P7M A;  1PSA A;  4LBT A;  1FQ6 A;  1TW7 A;  2HB3 A;  2JJJ A;  3O9F A;  1PPM E;  2Z4O A;  1KJF A;  2ZJJ A;  1HTF A;  3RTH A;  2QK5 A;  3PWM A;  3Q5H A;  5P6S A;  5P81 A;  2OHM A;  1C6X A;  1CMS A;  4NKK A;  5P7U A;  3EL9 A;  4JOO A;  5P88 A;  5P29 A;  3SA7 A;  4Y58 A;  5P1V A;  2R43 A;  4ER4 E;  5P5L A;  4Y4G A;  5OZQ A;  5P8S A;  3TNE A;  5P8V A;  1LYA A;  5COK A;  1HIV A;  3PSU A;  5P4A A;  5P83 A;  4EWO A;  3OQF A;  6FIV A;  5SY2 A;  5C9B A;  1J71 A;  3MSL A;  2FXE A;  4ZSQ A;  4DQC A;  4NJT A;  5AH9 A;  4DJR A;  3D91 A;  5P2W A;  4F74 A;  1WKR A;  3QPJ A;  5P5O A;  2WF4 A;  1W6H A;  2EWY A;  3O9E A;  1HOS A;  2Q5K A;  3WB5 A;  2VJ6 A;  2HAH A;  2G24 A;  3I8W A;  1FQ7 A;  2I4U A;  3OUD B;  1FFF C;  1GNN A;  3GGX A;  4FSE A;  3ZKN A;  1EAG A;  2IKU A;  3PCZ A;  4COE A;  5P3I A;  3B7V A;  4H3I A;  1E82 E;  1ZBG A;  4Y36 A;  1MUI A;  1PSN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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