3KDDA

Crystal structure of hiv-1 protease (q7k, l33i, l63i) in complex with kni-10265
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title How much binding affinity can be gained by filling a cavity?
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kddA00
3BC4A 3R2FA 5P1GA 3T7PA 4PZWA 2F81A 2OHUA 5JFUA 4DUSA 1B6MA 4J0YA 3DJKA 5KR0A 5P1ZA 5IE1A 1CMSA 1IIQA 2QU3A 1Z8CA 2FNSA 3JVWA 3O9LB 3INDA 1K6VA 3UF3A 1DIFA 5J25A 1HEFE 4YOBA 4ZSQA 3BGCA 3Q3TA 2ER9E 1NSOA 5P5UA 2BPXA 3WZ7A 4FE6A 2BB9A 4OBGA 5ER1E 4OBDA 2VJ7A 2F3EA 4Y4BA 5OZYA 2QNNA 1XL5A 4HDBA 5AHAA 2V11C 4ZIPA 1W51A 2HPEA 1UH8A 3ER5E 5P78A 4R8YA 1OEXA 3EKWA 5OZMA 1LF2A 2WECA 4I8ZA 3DV1A 5P1LA 1PSOE 5P7WA 3APRE 5IVSA 2ZJLA 2OHKA 3K5DA 4L6BA 5P6AA 4I0FA 3ECGA 5P0JA 1ODYA 4Y57A 4AA8A 2V12C 3OU1B 3KFNA 1BDQA 3L38A 5OZ3A 2I1AA 5DQ5A 3SAAA 5P17A 3LITA 4GYEA 5P64A 1HVJA 1VIKA 5P4BA 1AVFA 2O4KA 1MTRA 3OY4A 5P88A 5P49A 2G1OA 5P8BA 4Y50A 5P5PA 2PQZA 3TL9A 1ZJ7A 4FSEA 4K8SA 5P5SA 4EYRA 2VJ6A 5P7NA 4F75A 2HAHA 5P5GA 1MEUA 3EL9A 3RVIA 1FQXA 2QI6A 1K1TA 5KAOA 2PSGA 4QJ8A 5P66A 2FGUA 1YTHA 4F73A 3SKGA 1EPME 1HIHA 1CZIE 4LXAA 4GJBA 5P6GA 3SABA 3TKWA 1HHPA 4TVGA 2WF3A 5HDVA 5AH7A 5P1FA 3QRSA 1T7IA 4HDPA 5P4LA 2ZHUA 1SGZA 4Y4TA 1BV7A 3ZKIA 1META 4DFGA 1ZAPA 1BVGA 3OXXA 3I2LA 4Y41A 1HSHA 3PCZA 2P3AA 4R5NA 2WKZA 3TLHA 4OC6A 1HPVA 2FXDA 5OZ0A 4Z22A 2F3KA 3IGBA 1WKRA 3ZKQA 4QGIA 1LEEA 4E43A 3IN4A 4L1AA 4Y3HA 3EM6A 5P82A 5C9FA 3GI0A 5P5EA 5JG1A 5P60A 3L3AA 4L7GA 4KE0A 5P5MA 5P7GA 5JFPA 1ME6A 2HB3A 5P4EA 3ZKMA 2QNPA 1EBWA 2CENA 3KM4A 5P42A 2ZE1A 7UPJA 5IVRA 3SA7A 3I25A 3T7QA 1CPIA 5P13A 1B6JA 1LYWA 1J71A 3I6OA 5OZEA 1HTFA 2NPHA 1A94A 4H3GA 4Y4WA 3ST5A 4H3IA 3Q5HA 4I0DA 5P0FA 5P40A 3NU5A 4LXKA 1LYAB 2A1EA 5P1NA 9HVPA 4Y3AA 4FCOA 5KOSA 1PPME 2SAMA 3LIXA 4YDFA 1EBKC 5P5DA 3T11A 1QBSA 3I7EA 1QDMA 4GJ7A 5P85A 3VCMA 5P32A 4PYVA 5P0OA 4J1EA 5DQ2A 5P0UA 5P7AA 3PRSA 3UPJA 5EZZA 1QBTA 3VLAA 4I8WA 2QMGA 3KMXA 4CPXA 5P3CA 1B6KA 1LF4A 5P0CA 2OHRA 3S7LA 5DGWA 4CPWA 4OBJA 3LPJA 3HW1A 4B1EA 4N00A 4I0HA 3CICA 1HVSA 4Y39A 3O9HA 5P5XA 1D4SA 3K1WA 5P4CA 5P8LA 2NNKA 4NKKA 1HPSA 4D89A 5P3EA 4GJ6A 4HE9A 4JP9A 4Y44A 5P0ZA 5P4AA 3NU3A 4Y3WA 4CPTA 2Q3KA 4I0GA 2IL2A 5P2QA 3GI4A 4GZFA 5P2XA 1QS8A 3QI1A 1APWE 1T7KA 5SY3A 5P23A 5P2BA 5OZOA 3ZPSA 2OHSA 3KT2A 5P1BA 1BIMA 4R91A 4JECA 2ZJNA 1IVPA 5P3BA 5OZ6A 1SMRA 5HE7A 3H0BA 4IVSA 5P0WA 5P7UA 5P6OA 5P5TA 4Y3TA 2AZBA 3OU4A 3NDTA 1B5FA 4WY6A 2IKOA 4J1KA 3OWNA 1RPIA 5P84A 2QD6A 5P5WA 4BFDA 5P08A 4H1EA 2AOCA 3OADB 3SM2A 5P10A 3FX5A 1PSAA 4DQGA 2VJ9A 4FLGA 3BHEA 1SGUA 5P6RA 4RROA 2XYEA 3IAWA 4PZXA 5P05A 5P6HA 3G72A 4APEA 1XE6A 3EKTA 3PWWA 5P8OA 5P62A 2QI4A 1KJ7A 4OBHA 2OF0A 2OHTA 1VIJA 2HB4A 1W6IA 2G22A 1ZPKA 2BPYA 1HBVA 4J0ZA 2PH8A 1T6GA 1GNOA 1LYBB 1FQ5A 5P4MA 5P7JA 5P3JA 4EWOA 5P4DA 5P0KA 1EBYA 3GW5A 2BQVA 5P1JA 5OZDA 3IVIA 3SM1A 4YCKA 4EQ0A 1A8KA 3IVHA 5P2IA 5P25A 1RNEA 4HDFA 2PH6A 5P50A 3FNSA 2QP8A 4RGHA 2NXDA 2WEDA 3PBDA 1ER8E 5P06A 1MPPA 4A4QA 5P24A 4Z4XA 1EC3A 4Q1WA 4R92A 2ZYEA 3KDDA 1IZDA 4B05A 3NDUA 1HWRA 5P7EA 1EC2A 1UH9A 5P1AA 3NUJA 3TPJA 3R4BA 5OZVA 4FRKA 2B7FA 4L7JA 1Q9PA 3M9FA 3WB4A 3URLA 5OYQA 1MRWA 3K5GA 4YD6A 5OZ4A 3PEPA 3UDMA 3GGUA 1BAIA 4ZSPA 2IRZA 4YCYA 3CYXA 4FRSA 4L1AB 5P8KA 4WY1A 4CPQA 5EZXA 3UFNA 5P6DA 5P6WA 5P7KA 2NMZA 3VF5A 3Q6YA 1IBQA 2Z4OA 5P4FA 2FGVA 1WBKA 5I3VA 4Y4XA 1DMPA 1K2BA 2AODA 4DVFA 6UPJA 2ZHSA 4Y6MA 1FFFC 3R0YA 2P83A 2AOEA 3MSLA 1SDVA 5P6SA 3SLZA 5P0QA 5P8EA 4J0VA 3RSXA 4FM6A 4ZE6A 1M0BA 2J9JA 4I0JA 1LYWB 5OZNA 3S45A 3D1ZA 3O9BA 2QMFA 3L59A 4FAFA 2VIEA 2ER6E 5P03A 5P12A 5P4WA 5E5JA 1HVRA 1GKTA 1D4IA 2VKMA 3UHLA 5P1SA 4D8CA 1M4HA 4RCDA 5SY2A 4DI2A 3OXVA 4Q5MA 3UDYA 5P36A 1SBGA 1EBZA 3O9DA 3ER3E 5C9BA 1DPJA 2P3BA 3EL5A 3BGBA 2FS4A 5P5AA 5CLMA 3NYGA 5DQ4A 5P8TA 4EPJA 3HBOA 5P0MA 1GNMA 2F80A 1N49A 2JE4A 3NWQA 2I0DA 3WZ6A 1FQ6A 2V0ZC 3KT5A 5COPA 3HVPA 4Y53A 4MC9A 5AHCA 5P70A 3HLOA 3NU6A 4RCFA 2NTRA 4F74A 2QI3A 5P2GA 5ER2E 4KUPA 3SA8A 1RV7A 2IKUA 4Y4ZA 3T3CA 1SIPA 4DJVA 4J5JA 5P0VA 4R95A 4YD7A 2AQUA 4LP9A 4Y4GA 5OYRA 5P81A 4QJ7A 5P0NA 5P67A 1AIDA 2ANLA 3NDXA 2R5QA 3WZ8A 3KF0A 5P51A 3AIDA 4J0TA 4TRZA 5P29A 3K4VC 1BXOA 4Y5KA 5P07A 5P5JA 3QIHA 4ZPGA 2ER0E 5P7CA 5HU1A 4K9HA 5P3HA 4ZSRA 3IXKA 1M43A 2AVVA 2WF4A 5DR7A 3FKTA 2A4FA 4H3FA 1WBMA 2VIZA 5P1CA 3BRAA 3OU4B 1B5FB 3ZKNA 4Y35A 3MSKA 5P6ZA 3UDQA 5P0EA 3KA2A 1EEDP 5P14A 4HVPA 5ENMA 1PPLE 5P1XA 2FDEA 5P3GA 5P68A 3ZLQA 2NXMA 1XL2A 2R3WA 5HE4A 5P0TA 5OZFA 3OQ7A 5P3KA 3LZYA 1AJVA 2ZDZA 5P3FA 4L7HA 1FQ8A 1HEGE 2V00A 3OAGA 5P73A 3KDCA 2B42A 4Y9WA 4DQFA 4LBTA 1D4LA 1U8GA 1OHRA 4Y4UA 1EPQE 3O9CA 1W5YA 4APRE 2G94A 1TCWA 2AOFA 4Y47A 4QJAA 2ER7E 5P3MA 4RZ1A 3PGIA 1C6YA 1MSNA 1MUIA 2QCIA 3PCWA 5P5OA 2ZJKA 4Y5EA 3VSXA 3D91A 4NJSA 4XX3A 2O4LA 5P0AA 5P8JA 3QVIA 3RTMA 5P2MA 5P5HA 1YTIA 3OOZA 5P0GA 1RQ9A 2WEZA 3B7VA 2Q55A 1FF0C 1IZIA 2QU2A 3EXOA 4EJDA 3NWXA 5P8QA 4CKUA 2R38A 2IENA 1OEWA 5BS4A 5APRE 5P6VA 5P8NA 3B80A 3S43A 3O99A 3MSJA 2BKSA 3GI6A 3PI0A 3QN8A 5PEPA 3FNUA 5KR2A 2QHZA 3EM4A 3OTSA 5HU0A 5P52A 1ZTZA 1BBSA 5P7VA 3PMYA 3VV7A 1XDHA 3OOTA 1TSQA 3K5FA 1HIVA 4JPEA 5KQFA 5P1OA 5P4SA 3SA5A 1EAGA 1W5XA 5P20A 5P0BA 5P57A 4S1GA 5P3WA 4GJCA 5P4UA 3G6ZA 3S53A 1KJHA 2QZWA 5AGZA 3VF3A 1EPNE 2AZ8A 2NR6A 2OAHA 4XX4A 7HVPA 2F3FA 4K4PA 3PI5A 2QK5A 1MERA 4FM8A 5P4XA 5ISKA 5P5FA 2I4VA 3D1XA 3OQAA 5BRYA 5P61A 2P3CA 2QZKA 3RU1A 5I70A 4GJ9A 1APVE 1XN3A 5P6EA 3IXOA 4I0IA 5P4HA 4YD5A 4DQHA 3LHGA 2J9JB 1SDUA 3QP0A 1PSNA 3JVYA 2PWCA 5P2UA 1K1UA 1AXAA 1LF3A 2B60A 4Y3YA 5OZ1A 3OUBA 5OZBA 3O9IA 3TPRA 1HVLA 3QPJA 1D4YA 5AHBA 5P30A 1GVTA 1FQ7A 4YBIA 5P1RA 5P5NA 5JODA 3QVCA 4LC7A 2IEOA 2P3BB 5HTZA 4ER2E 3PWMA 5P48A 5P8MA 3KN0A 4DJUA 1MTBA 3EKXA 4Y4JA 5P7BA 3UCBA 5P2NA 5P5IA 3O9GA 4Y3FA 1B6PA 1HXBA 4OD9A 3VG1A 5P38A 3OUDA 1HXWA 3VYEA 3INHA 4ZLSA 4ACXA 1APUE 2PC0A 5P53A 3BXRA 4GJ8A 1FMXA 2BJUA 3CKPA 3VLBA 1MVPA 5P34A 5P8CA 1TSUA 5P5CA 1F34A 2RKFA 5KOQA 5P37A 2V13A 1W5VA 5T4SA 1SP5A 3EL4A 5DR3A 2OHNA 2QAKA 1KJGA 3UQWA 1OD1A 1XS7D 3U7SA 5P00A 3SKFA 5P8RA 1GNNA 3S7MA 1FKNA 2PSUA 5P7QA 5AH6A 2QI0A 4TRWA 2O40A 5DR0A 4Y38A 3UDRA 5HD0A 2HS1A 2O4PA 3TPLA 3EKPA 5FIVA 2QMPA 5P4GA 5P09A 5I3XA 4BELA 5P04A 5P43A 5P2EA 8HVPA 3INFA 3URJA 2HS2A 5P4QA 3QRVA 3O9AA 2NMYA 3UDNA 1T6EX 3VFBA 3EKVA 1APTE 5HDUA 3PVKA 2RENA 1ODWA 2AOIA 4ACUA 2ZGAA 3D3TA 3F9QA 2PK6A 4NPTA 5P41A 5CONA 3MWSA 2XYFA 1HOSA 5P72A 1YTGA 4K4QA 3AUPA 4Y3SA 4QJ9A 1HVHA 4Y5MA 5P8SA 3DUYA 1SH9A 5B18A 3NU4A 2VNNA 1FFIC 4GJDA 5P0HA 3OAGB 4GJAA 4F76A 1K6CA 4BFBA 4GB2A 3TOFA 2G21A 3UFLA 3BUFA 5P54A 2IGYA 2AOGA 5P6TA 6FIVA 3KYRA 4Y56A 5DPZA 4YBFA 2XFIA 1D4KA 4Y4AA 5ISJA 2OHMA 2QHCA 4Y3LA 5P31A 4B72A 5OZHA 4DJXA 1FGCC 4D83A 4CMSA 5P7SA 2V16C 3OU3A 3EC0A 5UPJA 4DV9A 3VFAA 3OHFA 1BXQA 5P5VA 1FMBA 4IVTA 5IVTA 1Z1RA 2FIVA 2VA7A 5P27A 3L58A 4FRIA 3S85A 1SMEA 1HSGA 3K4VA 3EBZA 3VSWA 3CKRA 2AZCA 2B7ZA 5P35A 4ER1E 3OHHA 5P11A 5P1PA 3NXEA 5OZCA 3S43B 3INEA 2WF1A 5P6IA 5P45A 5P7HA 3OGQA 3EM3A 2G20A 1K6PA 5C9DA 5P2JA 3FIVA 2HB2A 1HVKA 5P2RA 4HEGA 3VV6A 4RYGA 1G35A 1LV1A 5OYTA 1BDRA 2Z54A 1D4HA 5OZTA 3SA6A 5P33A 4Y5GA 1IZHA 2AVSA 2I4XA 3LNKA 4COEA 2Q15A 1ZBGA 5P3DA 3D1YA 2PYNA 4D85A 3OUCA 2I4WA 2IGXA 5OZ7A 5P0SA 4DJPA 5P4ZA 3L5CA 3PWRA 4B78A 2FLEA 3CMSA 5P5RA 4OC6B 4B77A 6APRE 1NPAA 3OK9A 4DH6A 2QI5A 3PSUA 5OZIA 2QI7A 5DQCA 3FNTA 4Y37A 5P89A 1A8GA 4ZPEA 4MC6A 2PK5A 1E5OE 2G1NA 4H3JA 1NPWA 3EL1A 1G6LA 3VEUA 2AIDA 3IXJA 5P79A 3GGAA 4R93A 5KR8A 4M8XA 3KFSA 4ZPFA 1FG8C 3ZMGA 4GIDA 1BV9A 1IDAA 4DJWA 2QNQA 5P3UA 4J1IA 3URIA 4Y4DA 2HIZA 5P0XA 3TOHA 4MC2A 5P6CA 1ZSFA 4OD9B 1ZLFA 1JLDA 2MIPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BC4 A;  3R2F A;  5P1G A;  3T7P A;  4PZW A;  2F81 A;  2OHU A;  5JFU A;  4DUS A;  1B6M A;  4J0Y A;  3DJK A;  5KR0 A;  5P1Z A;  5IE1 A;  1CMS A;  1IIQ A;  2QU3 A;  1Z8C A;  2FNS A;  3JVW A;  3O9L B;  3IND A;  1K6V A;  3UF3 A;  1DIF A;  5J25 A;  1HEF E;  4YOB A;  4ZSQ A;  3BGC A;  3Q3T A;  2ER9 E;  1NSO A;  5P5U A;  2BPX A;  3WZ7 A;  4FE6 A;  2BB9 A;  4OBG A;  5ER1 E;  4OBD A;  2VJ7 A;  2F3E A;  4Y4B A;  5OZY A;  2QNN A;  1XL5 A;  4HDB A;  5AHA A;  2V11 C;  4ZIP A;  1W51 A;  2HPE A;  1UH8 A;  3ER5 E;  5P78 A;  4R8Y A;  1OEX A;  3EKW A;  5OZM A;  1LF2 A;  2WEC A;  4I8Z A;  3DV1 A;  5P1L A;  1PSO E;  5P7W A;  3APR E;  5IVS A;  2ZJL A;  2OHK A;  3K5D A;  4L6B A;  5P6A A;  4I0F A;  3ECG A;  5P0J A;  1ODY A;  4Y57 A;  4AA8 A;  2V12 C;  3OU1 B;  3KFN A;  1BDQ A;  3L38 A;  5OZ3 A;  2I1A A;  5DQ5 A;  3SAA A;  5P17 A;  3LIT A;  4GYE A;  5P64 A;  1HVJ A;  1VIK A;  5P4B A;  1AVF A;  2O4K A;  1MTR A;  3OY4 A;  5P88 A;  5P49 A;  2G1O A;  5P8B A;  4Y50 A;  5P5P A;  2PQZ A;  3TL9 A;  1ZJ7 A;  4FSE A;  4K8S A;  5P5S A;  4EYR A;  2VJ6 A;  5P7N A;  4F75 A;  2HAH A;  5P5G A;  1MEU A;  3EL9 A;  3RVI A;  1FQX A;  2QI6 A;  1K1T A;  5KAO A;  2PSG A;  4QJ8 A;  5P66 A;  2FGU A;  1YTH A;  4F73 A;  3SKG A;  1EPM E;  1HIH A;  1CZI E;  4LXA A;  4GJB A;  5P6G A;  3SAB A;  3TKW A;  1HHP A;  4TVG A;  2WF3 A;  5HDV A;  5AH7 A;  5P1F A;  3QRS A;  1T7I A;  4HDP A;  5P4L A;  2ZHU A;  1SGZ A;  4Y4T A;  1BV7 A;  3ZKI A;  1MET A;  4DFG A;  1ZAP A;  1BVG A;  3OXX A;  3I2L A;  4Y41 A;  1HSH A;  3PCZ A;  2P3A A;  4R5N A;  2WKZ A;  3TLH A;  4OC6 A;  1HPV A;  2FXD A;  5OZ0 A;  4Z22 A;  2F3K A;  3IGB A;  1WKR A;  3ZKQ A;  4QGI A;  1LEE A;  4E43 A;  3IN4 A;  4L1A A;  4Y3H A;  3EM6 A;  5P82 A;  5C9F A;  3GI0 A;  5P5E A;  5JG1 A;  5P60 A;  3L3A A;  4L7G A;  4KE0 A;  5P5M A;  5P7G A;  5JFP A;  1ME6 A;  2HB3 A;  5P4E A;  3ZKM A;  2QNP A;  1EBW A;  2CEN A;  3KM4 A;  5P42 A;  2ZE1 A;  7UPJ A;  5IVR A;  3SA7 A;  3I25 A;  3T7Q A;  1CPI A;  5P13 A;  1B6J A;  1LYW A;  1J71 A;  3I6O A;  5OZE A;  1HTF A;  2NPH A;  1A94 A;  4H3G A;  4Y4W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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