3KF0A

Hiv protease with fragment 4d9 bound
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based screen against HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kf0A00
5P2YA 4OD9A 3I25A 4J1HA 1EPRE 5AHCA 3S45A 2J9JA 2QAKA 3TKGA 1K1TA 1ZPAA 4EJ8A 5IVQA 3HW1A 2F3EA 1CPIA 1W5YA 2BPXA 5P2SA 3SA5A 3IGBA 2VA5A 5DR3A 4OD9B 5OZHA 1M0BA 5P7AA 1META 3VUCA 2J9JB 5P5PA 5P8MA 1FMXA 2PWRA 3PCZA 3SA8A 4A6BA 3O9HA 1A30A 5P5XA 2FDPA 1AXAA 4PEPA 4Y47A 2HS2A 3INHA 3KFPA 5P11A 1AM5A 2F81A 4MC1A 5P0EA 4QJ2A 4QJ8A 3LITA 3TLHA 5OZ9A 2R8NA 1W5VA 1ZJ7A 1PSOE 3D1YA 3OUAA 5P4CA 3EL4A 3JVWA 4H3IA 6APRE 5P6IA 3O9BA 5P30A 3GGVA 2FNTA 2G1SA 2WF2A 5P3CA 4FRSA 1PPKE 5P52A 4PZWA 5P7MA 3UQWA 2JYSA 3NDUA 3ECGA 5P7CA 2EWYA 5OZIA 4Y5BA 1ER8E 5P6PA 5HU1A 2G1OA 1MSNA 4GMIA 5P73A 5P72A 4EJKA 2WKZA 1T6GA 3BHEA 4XXSA 4ZSQA 1IZIA 5AH8A 3BXRA 2RMPA 1HPVA 3EKTA 5P3JA 2Q55A 4N00A 2FNSA 3OUBA 1EC3A 4FM6A 3DJKA 2IRZA 4DH6A 2OF0A 5P5AA 4Q1WA 4Y3XA 1EEDP 2OHLA 5P7IA 4Q1NA 4Y54A 5P6NA 4JECA 5HDXA 5P8VA 2RKFA 2CEJA 3KDBA 4OBGA 2BJUA 1BWBA 1FQ8A 3TPPA 5SY2A 2HPFA 3NU5A 3DOXA 5P29A 5OZLA 2AOJA 4GJ8A 5ISKA 4Y4JA 2PK5A 4FS4A 3OY4A 1SDUA 3H0BA 1BVEA 4Y35A 3OXWA 2IGYA 1AJVA 3K5CA 5P38A 3GI4A 4DJPA 5KQXA 5P3WA 4Y3ZA 2XFJA 5OZPA 4RRSA 3OXVA 4EQ0A 5P12A 4I0HA 2B8LA 5P06A 1HVJA 5P3BA 2G1RA 5COKA 5P2AA 1JLDA 4J17A 1LYWA 4I0ZA 5P1KA 5P3FA 4ZPGA 1EBWA 2VJ6A 2FDEA 1EPME 3BVBA 3NWQA 1LYWB 2G27A 5P0XA 5P49A 5HCOA 2VS2A 5P69A 1LF3A 1BXOA 5EZZA 3PI5A 3HAUA 3BXSA 5P5BA 3PRSA 4K9HA 3NDTA 3O9LA 3BUHA 5P1LA 1FLHA 3D1ZA 4I0GA 4Y3PA 4AZYA 4TRWA 4Y44A 1ENTE 5AHBA 5HDVA 4I0DA 5P7XA 3NXNA 3O9LB 5HDUA 3UDPA 1MUIA 3IN4A 1A8KA 4DJXA 5P2CA 4EWOA 3CYXA 2Q64A 2R3WA 4CP7A 1HSIA 3OOZA 5OZFA 3EXOA 3TPLA 1IZHA 5P31A 4HDFA 3KT2A 3LIQA 3RTNA 4R5NA 1TSQA 1WBMA 2JJIA 3KA2A 4H1EA 5B18A 2UY0A 2PSVA 3TPRA 5HCTA 3IVIA 5ISJA 2P3AA 1LYBB 2QHZA 2PYMA 4DQFA 4I12A 1MVPA 4Y5KA 4Y5AA 5P8JA 5P1MA 5OZMA 5F01A 1HVSA 1KJ7A 2R38A 4I1CA 2RSPA 5P24A 3D91A 4FSLA 2OHUA 3OADA 4ER1E 4YD3A 3SLZA 5OZKA 3UQUA 3T6IA 1C6YA 2QNQA 3ZMGA 3NDWA 5UPJA 5IVTA 5P5GA 4RCFA 2AZ9A 3UDQA 3OADB 5P0JA 3MSLA 5P66A 5P6QA 5P0YA 5P4WA 4DJYA 4APRE 1BILA 5P6SA 3SA6A 1W6HA 1LYAB 4Y5LA 2ZJKA 1YTIA 1UH7A 1QS8A 1LV1A 2ASIA 4R95A 2QU2A 5P3YA 5OZAA 3UDJA 5P35A 2V11C 3PHVA 5P43A 4GJ9A 3HLOA 4YHQA 2OAHA 3APRE 3TPJA 5P2QA 5P8UA 4DUSA 5IE1A 5P3MA 3BVAA 4YBIA 3VG1A 5P6HA 3QBHA 1QBRA 1B6JA 2OHTA 5P3AA 2NNPA 2PH8A 3URIA 2V12C 5P20A 6UPJA 5P59A 3N4LA 3OTSA 2AOGA 2ER9E 2Z54A 5P7GA 3K5DA 4TVHA 5P1OA 3I6OA 4FCOA 5P0DA 3HDKA 5P0FA 2A4FA 2HAHA 5P5NA 4DQGA 1F7AA 3ZPUA 3PWMA 2IS0A 3OK9A 1FG8C 4YE3A 5OZQA 4PHVA 1YTGA 5P05A 5P62A 4BFDA 2O4LA 3UQRA 1KJ4A 3EKYA 5P6ZA 3OXCA 3O9EA 2QP8A 1PFZA 4ZPEA 5P8TA 3TL9A 5P0BA 3L5EA 1C70A 5P1AA 3WSJA 1HPOA 2VJ9A 4R8YA 5P4GA 2V0ZC 3EMYA 5P44A 5P0VA 5KOSA 3GGXA 5P3SA 1RPIA 5P83A 5P6OA 5P6MA 4R91A 1B6KA 5P0MA 2ZJJA 5P1UA 1LZQA 3L5DA 3HVGA 2RKGA 5P1ZA 5P5ZA 4Y45A 1APVE 4M8YA 1QBSA 2WL0A 5P5IA 3N3IA 1T7IA 5P0TA 4YDFA 4B00A 2HS1A 2BB9A 3PEPA 5FIVA 4LHHA 3B80A 1UH9A 5P2FA 2F3FA 4OBJA 5P15A 4FRJA 3OGPA 4J0VA 3S53A 3NYGA 1ZPKA 3L3AA 5P60A 2AIDA 3Q6YA 5P0SA 4B0QA 3ZKXA 5AH6A 3T7QA 2H6SA 4J1KA 4TRZA 4JPCA 4I8WA 3TTPA 5PEPA 2G94A 5DPZA 5KQZA 5P6UA 2O4SA 5P19A 1SMEA 2PWCA 1K6CA 3UDKA 3DV1A 5P7YA 1AZ5A 4I0EA 3HBOA 5P3NA 4EPJA 3QPJA 1RL8A 5P7QA 2CEMA 2MIPA 3VYEA 1MEUA 3OU4B 4B05A 1LS5A 4OBZA 5OZCA 5P8HA 1APWE 1PROA 4CPQA 4Z4XA 1G0VA 5P0OA 4XKXA 3R1GB 4Y58A 4L6BA 4YD7A 2V16C 5P48A 1DMPA 2B8VA 3EL0A 3UCBA 3QI1A 3S8IA 4Y57A 2J9KA 5OZUA 1ODXA 4FE6A 3VV8A 4A4QA 1U8GA 5P5SA 1TCWA 4Y3FA 3UQXA 5P6LA 3ZKQA 1EPLE 3UDRA 2Q3KA 1IBQA 5DQ4A 4Y4XA 1FFIC 3GI5A 5P08A 1IDAA 4RZ1A 1GVWA 5OYYA 5P8RA 1IZEA 5P4KA 5P2BA 2F80A 4QJAA 3PM4A 5BRYA 4ACXA 4BEKA 3T11A 3SKGA 2V13A 5P41A 5COPA 4Y50A 1K2CA 4Y4ZA 1DPJA 3C9XA 4DPIA 1A94A 4QGIA 2I0DA 2P3DA 2OHNA 2QMDA 4YOAA 3LZYA 2VA6A 5P1YA 3KYRA 2VA7A 5P4LA 5P5LA 5P4ZA 1OHRA 5P1RA 3R0WA 1B6MA 3LIZA 4RGHA 1XL2A 2AZBA 4L1AA 4OBFA 1K6PA 5KR2A 4EXHA 3H5BA 5HU0A 5KR1A 1OEXA 2B7ZA 5P28A 2IENA 4Y4GA 3O9GA 5P78A 4HDBA 2PC0A 1BDLA 1KJFA 3MXEA 5P2RA 2ZHVA 4D89A 5P4HA 1RNEA 3D20A 5P42A 3ZKNA 1CZIE 1HSHA 5P0QA 3K5GA 2HB4A 5P64A 3SO9A 4FRIA 4QJ9A 5P2DA 3RTMA 3NU6A 4DQBA 3KFNA 1XDHA 5P3LA 3PSYA 5P33A 4ZEAA 4IVSA 2WHHA 4GJ7A 5P4EA 3B7VA 2QZKA 2G1YA 2PSUA 4Y51A 1XN2A 5P56A 4CPRA 4HE9A 4XX4A 5P6DA 3K4VA 5P5MA 5P51A 5P1SA 3UDMA 4GJDA 2VKMA 1J71A 3SM2A 2AVOA 3CKTA 3OQ7A 2NXLA 3OAGA 5P0NA 1FB7A 2ZJMA 2FDDA 2JE4A 3CIDA 2QI0A 1W5WA 5AHAA 3VF7A 3UF3A 4LXKA 5P0GA 1D4JA 4GJAA 3KFRA 3S43A 3Q70A 3IXJA 2WEDA 3T3CA 3EM3A 5P2UA 5P6KA 1B6PA 2R43A 3U7SA 4APEA 4MC9A 3EL1A 2G69A 2ZHRA 4EP2A 2HPEA 2FIVA 5P4DA 5P6AA 3VLAA 5DQ5A 5P5RA 3S43B 4RROA 5P6YA 3CKRA 1RV7A 1HIIA 3SA7A 5KOQA 4HA5A 3O9CA 5P16A 3BUGA 5P7TA 1HVRA 5P26A 1EPNE 4WY1A 5P0KA 3L5BA 5P2IA 1HXBA 2QI7A 5P4FA 3DV5A 2I4WA 3CYWA 4J1CA 5IVSA 1BXQA 2BPYA 5J25A 2WECA 4Y3YA 4QJ7A 3OUDA 1ZAPA 2WEZA 5C9BA 2AVMA 2G26A 3BC4A 1SDTA 2WJOA 3IXOA 1ZP8A 4ZLSA 1PSNA 3QRMA 5P6CA 3T7XA 3OUDB 5P2ZA 3NLSA 2B7FA 3O9IA 3VEUA 4DPFA 3ZKIA 4ZSRA 3VFAA 5P68A 3VYDA 1HHPA 1SIPA 3K5FA 3L38A 2I4XA 1ZSFA 3WB4A 3QVCA 1HVKA 2OHKA 5I70A 3QS1A 5OZYA 2PK6A 4JP9A 2OHRA 4EP3A 2P83A 3LHGA 5P00A 1YTJA 1MERA 5P3HA 4Y5PA 1NPAA 1DW6C 1M4HA 5P0UA 4BELA 1C6ZA 2ZJHA 5P8LA 3EC0A 3FNUA 3G6ZA 4J1FA 3DCKA 3O9DA 4U8WA 2F3KA 4Y4EA 4I11A 3ZLQA 6FIVA 3MXDA 2ANLA 2AVQA 4AMTA 5P0AA 1NPVA 4Y4WA 1TZSA 2Z4OA 4DQEA 3S2OA 1HXWA 5P4TA 1KJHA 5P14A 4A6CA 2ER6E 5P84A 4Y3SA 4MC2A 1XS7D 5P0WA 5JFUA 4I0IA 1FMUA 2QMGA 5OYRA 3OQDA 3OQAA 3JVYA 2G21A 5P5VA 4EJDA 1E80E 2AVVA 5P3ZA 1UPJA 1MPPA 3CKPA 4EQJA 2QMFA 1EBZA 5OYSA 3HVPA 1PPLE 4D88A 3NDXA 4B77A 3PGIA 3S7MA 4F74A 4CPUA 5P1JA 3LPIA 5P4MA 5OZ7A 4YCTA 2AQUA 2ER0E 1E82E 1K1UA 2I1AA 4KUPA 1ZSRA 3LIVA 3GI6A 2ZE1A 4Y56A 5P5HA 5P2NA 5OZVA 5P5UA 5JG1A 4EHCA 5P8CA 1HSGA 4FRKA 2QCIA 1SMRA 5P63A 5P10A 2QNPA 3OGQA 2I4DA 5P5EA 3NU3A 4YDGA 4Y3QA 2BPVA 4B1EA 5ENMA 4B70A 5P40A 2IKOA 5P3UA 5P3QA 4I10A 5P58A 4PPHA 4Z50A 4Y3JA 3TOHA 4Y5NA 1D4YA 2Q5KA 4YD6A 5P7EA 4JOOA 3UFLA 4LXAA 5P6JA 3CICA 3PMYA 3S54A 1HBVA 3BGCA 3SKFA 3CIBA 2BPZA 2NXMA 4FAFA 4GJ6A 4R93A 5KR0A 3S85A 4LXMA 1HTFA 3VSWA 1EAGA 4LBTA 4NPUA 2QI4A 5P5TA 5P67A 3SAAA 1D4LA 1GNNA 3HD8A 1DIFA 2NMYA 3UPJA 5P5JA 5P01A 5TOLA 5DR0A 1HTRB 1SDVA 5OYQA 5P5OA 3D3TA 4Y3WA 4DFGA 1XE5A 1HVLA 3LZVA 4ACUA 1OEWA 5KQYA 3RSXA 3S56A 1Z1HA 5P6GA 5P4IA 1NSOA 3K1WA 2AOHA 4J0YA 3ZKMA 4J0TA 3QIHA 5P70A 1IIQA 4QJ6A 2HIZA 1ZTZA 4HDPA 3NSHA 5P8EA 2V10C 3NUOA 1GVVA 3EBZA 5P7OA 5P50A 3JW2A 4Y3LA 3KF0A 5P36A 5P47A 3BGBA 1MESA 2FLEA 4RVJA 1NPWA 3AIDA 5P04A 2XYEA 1E5OE 3FKTA 5HE7A 5C9FA 5KR8A 5KQFA 4DVFA 3EKQA 4Y3NA 3EKVA 4PYVA 3ZPSA 5JFPA 1GVUA 4DQHA 4FAEA 5P1VA 4GB2A 5P75A 5P4PA 5OZ4A 5CONA 4Y5CA 3PJ6A 5P03A 2QHYA 3KN0A 3EKPA 2FXDA 4Q1XA 5P22A 1IZDA 1BV7A 3PLLA 5P4QA 5BS4A 2HC0A 4ER4E 1G35A 1FG6C 5BWYA 8HVPA 4Y4BA 4NKKA 2R3TA 4YBFA 5P5CA 3OTYA 2FXEA 2WF1A 5P6BA 4GIDA 1K6VA 4EXGA 3S7LA 1EC2A 3G72A 4FM7A 4RRNA 2P4JA 5P8SA 5EZXA 5DR4A 5P45A 4RVXA 1HOSA 2QI6A 5HTZA 1YM2A 3O99A 2AZ8A 2JXRA 3EKXA 3EM6A 3URJA 4CPWA 3WB5A 3INEA 4WTUA 2QHCA 2PH6A 5P6VA 3AUPA 4BFBA 5P4XA 4Q5MA 2QI3A 3NWXA 2G22A 2APRA 3R2FA 4R92A 2ZGAA 5P6EA 1ZBGA 2UPJA 2IL2A 5DGWA 5E5JA 5P7BA 3UFNA 1BVGA 4ZPFA 1HVCA 5P81A 3DUYA 2ER7E 2OHQA 5P54A 3SA4A 1W51A 4LAPA 1APUE 1OD1A 3UHLA 5P7SA 3WZ8A 5P8PA 4DJWA 5P46A 5P8FA 5P88A 2CENA 2QI5A 4I0JA 3OQFA 3TOFA 2QI1A 3I8WA 5P8IA 1HVIA 1FEJC 3LZUA 4LL3A 5P7KA 2BKSA 5P1NA 1ODYA 4K4QA 2ZJNA 4OBZB 2O40A 5P8NA 1SGUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2Y A;  4OD9 A;  3I25 A;  4J1H A;  1EPR E;  5AHC A;  3S45 A;  2J9J A;  2QAK A;  3TKG A;  1K1T A;  1ZPA A;  4EJ8 A;  5IVQ A;  3HW1 A;  2F3E A;  1CPI A;  1W5Y A;  2BPX A;  5P2S A;  3SA5 A;  3IGB A;  2VA5 A;  5DR3 A;  4OD9 B;  5OZH A;  1M0B A;  5P7A A;  1MET A;  3VUC A;  2J9J B;  5P5P A;  5P8M A;  1FMX A;  2PWR A;  3PCZ A;  3SA8 A;  4A6B A;  3O9H A;  1A30 A;  5P5X A;  2FDP A;  1AXA A;  4PEP A;  4Y47 A;  2HS2 A;  3INH A;  3KFP A;  5P11 A;  1AM5 A;  2F81 A;  4MC1 A;  5P0E A;  4QJ2 A;  4QJ8 A;  3LIT A;  3TLH A;  5OZ9 A;  2R8N A;  1W5V A;  1ZJ7 A;  1PSO E;  3D1Y A;  3OUA A;  5P4C A;  3EL4 A;  3JVW A;  4H3I A;  6APR E;  5P6I A;  3O9B A;  5P30 A;  3GGV A;  2FNT A;  2G1S A;  2WF2 A;  5P3C A;  4FRS A;  1PPK E;  5P52 A;  4PZW A;  5P7M A;  3UQW A;  2JYS A;  3NDU A;  3ECG A;  5P7C A;  2EWY A;  5OZI A;  4Y5B A;  1ER8 E;  5P6P A;  5HU1 A;  2G1O A;  1MSN A;  4GMI A;  5P73 A;  5P72 A;  4EJK A;  2WKZ A;  1T6G A;  3BHE A;  4XXS A;  4ZSQ A;  1IZI A;  5AH8 A;  3BXR A;  2RMP A;  1HPV A;  3EKT A;  5P3J A;  2Q55 A;  4N00 A;  2FNS A;  3OUB A;  1EC3 A;  4FM6 A;  3DJK A;  2IRZ A;  4DH6 A;  2OF0 A;  5P5A A;  4Q1W A;  4Y3X A;  1EED P;  2OHL A;  5P7I A;  4Q1N A;  4Y54 A;  5P6N A;  4JEC A;  5HDX A;  5P8V A;  2RKF A;  2CEJ A;  3KDB A;  4OBG A;  2BJU A;  1BWB A;  1FQ8 A;  3TPP A;  5SY2 A;  2HPF A;  3NU5 A;  3DOX A;  5P29 A;  5OZL A;  2AOJ A;  4GJ8 A;  5ISK A;  4Y4J A;  2PK5 A;  4FS4 A;  3OY4 A;  1SDU A;  3H0B A;  1BVE A;  4Y35 A;  3OXW A;  2IGY A;  1AJV A;  3K5C A;  5P38 A;  3GI4 A;  4DJP A;  5KQX A;  5P3W A;  4Y3Z A;  2XFJ A;  5OZP A;  4RRS A;  3OXV A;  4EQ0 A;  5P12 A;  4I0H A;  2B8L A;  5P06 A;  1HVJ A;  5P3B A;  2G1R A;  5COK A;  5P2A A;  1JLD A;  4J17 A;  1LYW A;  4I0Z A;  5P1K A;  5P3F A;  4ZPG A;  1EBW A;  2VJ6 A;  2FDE A;  1EPM E;  3BVB A;  3NWQ A;  1LYW B;  2G27 A;  5P0X A;  5P49 A;  5HCO A;  2VS2 A;  5P69 A;  1LF3 A;  1BXO A;  5EZZ A;  3PI5 A;  3HAU A;  3BXS A;  5P5B A;  3PRS A;  4K9H A;  3NDT A;  3O9L A;  3BUH A;  5P1L A;  1FLH A;  3D1Z A;  4I0G A;  4Y3P A;  4AZY A;  4TRW A;  4Y44 A;  1ENT E;  5AHB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3GI0 A;  3PB5 A;  3R4B A;  1DAZ C;  1SP5 A;  4NJS A;  3MWS A;  2SAM A;  5F00 A;  4OBH A;  5OYT A;  5P61 A;  3ZKG A;  1D4I A;  4MC6 A;  5I3X A;  3UQP A;  5P3E A;  2V00 A;  1HVH A;  4DQC A;  5P2V A;  3QRS A;  3VYF A;  2ZJI A;  5P5F A;  3L5C A;  4NJU A;  4Y3G A;  3Q3T A;  5I3W A;  5P0P A;  3UDN A;  2R5P A;  1BV9 A;  1GVT A;  4Z2Z A;  1HPX A;  1TSU A;  4D83 A;  5DQC A;  3EL9 A;  1B5F A;  2AOI A;  5P02 A;  3HAW A;  5P1P A;  2OHM A;  4IVT A;  1YX9 A;  5P25 A;  5P13 A;  1IVQ A;  1GVX A;  4F76 A;  3Q5H A;  4HEG A;  2ZHS A;  5P7V A;  5P7P A;  3VV7 A;  5P4A A;  1QBT A;  2BPW A;  1B5F B;  5OZ5 A;  2NMZ A;  5ER2 E;  3GW5 A;  4YD5 A;  3RU1 A;  2JJJ A;  3NU9 A;  4B72 A;  2NXD A;  1MTR A;  2I4Q A;  4TVG A;  3DCR A;  5DQ1 A;  3LNK A;  5P2W A;  5P7F A;  5P65 A;  1FQ4 A;  3L58 A;  4JPE A;  1MRW A;  1LEE A;  2R5Q A;  4EYR A;  1EBY A;  1TCX A;  1SH9 A;  5P77 A;  3FX5 A;  3PSG A;  5OZ0 A;  2HM1 A;  1WBK A;  3GGA A;  2XFK A;  5P4B A;  1HIV A;  3NR6 A;  4D85 A;  5AH7 A;  2PMA A;  1HIH A;  2IQG A;  4RVI A;  5SXN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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