3KF0A

Hiv protease with fragment 4d9 bound
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based screen against HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kf0A00
1G6LA 1D4LA 2P3BA 1DMPA 5P0QA 5P5KA 5P65A 6FIVA 5P38A 2ZDZA 3RTNA 1EC2A 5P7BA 5P3AA 2NMZA 1ZPKA 4E43A 2CENA 2NNKA 1G0VA 3L5EA 2QNQA 3O9LB 5AHBA 4Y3GA 1BIMA 1HSIA 2AVOA 4GMIA 5P5AA 5DGUA 5DR0A 5SY2A 5P2DA 2ER7E 4GYEA 2RKGA 4I8ZA 1FMUA 4J0VA 5P0ZA 5P4FA 5P6GA 5P1YA 3PHVA 5P15A 3UQXA 3UHLA 3ER5E 5P8KA 4Z50A 5P7UA 5C9DA 1FQ7A 3UDRA 5P0IA 5P0FA 3VV8A 2ER6E 4OD9A 5KR0A 5P42A 3VLBA 3B80A 3VYDA 1UH8A 2MIPA 3GI5A 3OQKA 1VIKA 1APWE 5P77A 5I3YA 1D4HA 2ER9E 3G6ZA 3D20A 5P7GA 2UY0A 2J9KA 5P8LA 3L59A 1XL2A 5P09A 3WZ6A 4K4QA 5P32A 1EC1A 2IGYA 3GI0A 2OHMA 1PFZA 2UPJA 3LITA 1EBKC 4RYGA 3SPKA 1M43A 5P0GA 4AA9A 2NMYA 3H0BA 4OBDA 4B70A 4Q1XA 1OHRA 4TRYA 4QJAA 5P0EA 3IN4A 3PSYA 4HDPA 5DR4A 4R93A 3MXEA 2I4UA 3DV1A 1RL8A 1UH9A 5P49A 5HDUA 3TOGA 4DJXA 1B5FA 1ZLFA 2QHYA 4Y47A 1WBKA 3CIDA 4QLHA 4YCYA 5C9BA 5P7WA 3S7MA 4J1EA 5HE4A 5P83A 3EMYA 3PJ6A 5P01A 2V12C 3QI1A 4CPXA 3LNKA 5OZ6A 2QCIA 5P5WA 3AUPA 2BKSA 3OK9A 5P60A 5DR3A 1D4SA 2CEJA 4YBIA 5APRE 4Y5KA 5KAOA 4JPEA 2ZHTA 1EBZA 5P73A 5F01A 1GVTA 5P5SA 1HVKA 1LYBB 3N3IA 5E5KA 3MWSA 4DJOA 5P1UA 5CONA 1KZKA 1K6TA 2AVVA 1W5VA 1GNOA 5P4NA 3SA7A 2HM1A 3F9QA 3FNTA 3CKPA 5P3KA 4Y3MA 5P7CA 3S7LA 3OADB 3FX5A 5I3VA 1G35A 3QN8A 3QROA 4TRWA 1FG8C 2A1EA 4GJBA 3INEA 2P3AA 4YD5A 2B7ZA 1HEGE 5P51A 3SM1A 5P0HA 3KMYA 2AOHA 1BXOA 2Q5KA 2AODA 3UDHA 3KFSA 3NU6A 3NYGA 5P6OA 4YDGA 5P5VA 2I4WA 3TH9A 5P53A 4ER2E 1Z1RA 1HTGA 5P44A 5P5PA 3EM6A 4NKKA 4DJWA 2VJ9A 5P6QA 2JYSA 1UH7A 1TQFA 3LIVA 5ENMA 7HVPA 4OBZB 1C6XA 3HVPA 4GJ9A 3L58A 1YM4A 2WEZA 1N49A 3TLHA 5P1WA 5P6VA 2Q15A 5P84A 1KJ4A 1TCXA 2JJIA 5OYSA 2PC0A 3EL4A 3PLDA 3Q5HA 2JXRA 2BJUA 3VCMA 1PSNA 3OQFA 5P62A 3S8IA 1W5XA 2VJ6A 2ZJIA 3OUDB 2VA6A 5KOSA 4YHQA 5P81A 4Y44A 5P4TA 1GVVA 5P6AA 2XFIA 1EPPE 1ODYA 3UQWA 4DPIA 2IENA 4FS4A 3OXXA 3EC0A 1BDQA 2AZ9A 3OOTA 5P1AA 5P4SA 3OGPA 2FMBA 5P6SA 1XN3A 4Q5MA 2O4PA 5COOA 2V00A 4OC6A 5P0SA 2FIVA 3I8WA 1Z1HA 2G27A 3KMXA 1DPJA 3KT5A 3APPA 3MSKA 5ER1E 3S45A 1B6JA 5P5DA 3OAGB 2QI3A 3TPPA 4LC7A 1K6VA 3UDJA 5DGWA 5P0JA 2ASIA 4Y3SA 1WBMA 1IDBA 2AQUA 5P39A 2OHPA 1LEEA 1RNEA 3S43B 5P10A 5P6XA 4Y51A 2WF1A 4NJVA 5P7NA 4WTUA 5UPJA 2WEAA 1SMEA 1W6IA 1MESA 1W6HA 2PQZA 5P7SA 3EKWA 1M0BA 3JW2A 5DQ4A 2UXZA 2WF3A 5P8DA 5OZLA 3PSGA 1EC0A 1HVIA 5HCOA 4OBJA 1KJ7A 5ISKA 4COEA 5P2JA 3OHFA 2VA5A 4QGIA 3G70A 4LL3A 5P1JA 3Q3TA 6APRE 2WF2A 3N4LA 5OZBA 1LYWB 2ANLA 2QD6A 5AHCA 1FQXA 4APRE 5AH6A 5OZ2A 2AZ8A 2R8NA 1AIDA 2FXDA 2BQVA 2HB3A 4CP7A 5HCTA 5P5FA 3L38A 3MXDA 2ZJMA 3EBZA 5P6NA 5P88A 3EL9A 2WHHA 1HIIA 2O4LA 4HVPA 3KDBA 4J1IA 3GGXA 1IDAA 1MTBA 3SACA 3OXVA 1ZSRA 5OZMA 4H3JA 5P1LA 2P8HA 4XKXA 5P8VA 1LF2A 4DVFA 5P0MA 5P1EA 4PZWA 1DP5A 2BPZA 3IXJA 4I0JA 3VF3A 2ZGAA 2APRA 2FDDA 5P6FA 3CYWA 1C6YA 4DQFA 3URJA 2B7FA 3KDCA 4Y5PA 4EJLA 4R95A 5P02A 5P12A 3BC4A 2F3KA 4Y3YA 4K9HA 3OU4B 1HSGA 1W50A 5P0UA 2O4KA 2OHTA 1B6KA 3RU1A 4L7JA 2WKZA 1BVGA 4GJ5A 1IBQA 2V13A 5P47A 4FE6A 3ZKSA 3SA3A 2IEOA 4A6CA 5P85A 2VJ7A 3KYRA 3D1ZA 5P68A 4YE3A 2PYNA 3VG1A 1QRPE 3O9EA 5P1IA 1YTGA 4RCEA 4RVXA 5P2RA 1HTFA 4J1FA 5COPA 2V0ZC 1MT7A 5P7EA 1BXQA 5SY3A 5P1TA 2QU3A 3LIQA 2R3TA 3UQPA 4Y5CA 5P5IA 4YD6A 5P13A 1SIPA 1HWRA 3URIA 3ZMGA 4J55A 4EXHA 5P8RA 4YBFA 1FQ4A 5P0RA 2Z54A 1RQ9A 4B72A 3OU1B 3T7PA 5DR1A 1YM2A 5HDVA 4M8XA 4B77A 5P31A 3HD8A 4EJ8A 2I4XA 5ENKA 1BDRA 2QZWA 2QI1A 5P3FA 4QJ8A 2R38A 1PROA 1HSHA 4YOBA 5IVTA 4Y39A 2QMPA 4J5JA 3NDXA 2P4JA 5P0OA 4Y48A 1FKNA 5DR7A 3QAAA 4FLGA 5P40A 3GGAA 3OU3A 5P1XA 4HDFA 4Y4JA 5P6RA 5JG1A 5P74A 2B60A 3PRSA 2HIZA 3WZ8A 1SH9A 2FDPA 1TSUA 2G22A 4Q1WA 4DQEA 2RSPA 5P03A 1VIJA 3IXOA 4KE0A 3R0YA 4Y4ZA 5OYUA 5OZUA 5P58A 5OYYA 3O9LA 1ZBGA 4LXMA 5P6YA 1EBWA 5HU1A 2G24A 3C9XA 3HAWA 4Z4XA 2AVQA 3BXRA 2AZBA 3O99A 3VSXA 5OYRA 4LP9A 4Y3TA 5OYVA 5OYXA 4ZLSA 4GIDA 5KR2A 3OTYA 5OZRA 3INFA 2ZHSA 2IQGA 5PEPA 1D4JA 1LS5A 2QU2A 5P2GA 5P36A 3PSUA 4WY1A 3SO9A 5F00A 3EKVA 5P5BA 5P6CA 2G1NA 5P89A 3GGVA 3JVWA 1HVLA 1MVPA 5B18A 4Y5AA 1E80E 1QBSA 1MRWA 2VS2A 5P5YA 2NXDA 4GJAA 3ZKQA 1SIVA 3K5CA 3MSJA 3DV5A 4PEPA 5P3BA 3ZPUA 2BBBA 5OYWA 2P3CA 3S54A 5P8QA 1PPLE 1SGUA 5P04A 5OZ4A 1K2BA 5P4LA 5P50A 3L5FA 4OBFA 4Y3QA 5P64A 5P5CA 5P5RA 1HBVA 1C70A 3RVIA 5P8OA 4FRKA 3QPJA 1HPSA 1YT9A 4I12A 4EXGA 1IZIA 3BUFA 2AOFA 2SAMA 5P6BA 1ZP8A 3K5DA 5OZWA 3ZPSA 4Y43A 4NPUA 2VIJA 5P4RA 2Q55A 1A8GA 1APTE 2HB2A 1HPOA 1D4IA 1E81E 2EWYA 5P6WA 4I0ZA 3T7QA 3EL5A 3VF7A 4Y6MA 5P4PA 5P4CA 2J9JA 4KUPA 2JE4A 4YCTA 5P0NA 4BFDA 1MUIA 5P4OA 3OUBA 3K5FA 3OTSA 4FAFA 3NU5A 1FGCC 5P8GA 4APEA 2PSUA 4Y57A 3VF5A 1EBYA 5HDZA 2AOEA 4Y50A 4I1CA 5KQZA 1IVQA 1T7IA 3WB5A 2FXEA 5HTZA 5IVRA 4D88A 2F80A 4AZYA 3ZKMA 3VV7A 4XX4A 2WJOA 1EPLE 2QK5A 1SBGA 2BB9A 3VEUA 3UDYA 3K1WA 1FQ5A 5P8SA 4EYRA 3QRMA 3RSXA 3ER3E 4ER4E 5P7LA 2QHZA 5P2NA 2IDWA 2NNPA 2R5QA 4R5NA 1ODWA 3S53A 3OWNA 3KN0A 5P1FA 1YTJA 2VKMA 3ZOVA 4H1EA 5P4AA 3DJKA 5P23A 3NDUA 2VIEA 3R1GB 4LXKA 1K1UA 3FNSA 1QBUA 3O9HA 2VIZA 5P1KA 4B1DA 2CEMA 5P8IA 1DIFA 3PWRA 4K4RA 4RRSA 3NWQA 2BPXA 5OZOA 5P7VA 1F34A 5OZ8A 5C9FA 4OBZA 5P3WA 4Y35A 5P1NA 5P4UA 3PWMA 4J17A 2OHKA 4YD3A 5P54A 3UFLA 1IZEA 4Y4GA 3CICA 4RYCA 3WB4A 2R5PA 4BEKA 1GNMA 4NJUA 5JODA 3CMSA 5P33A 1B6PA 1FF0C 2NPHA 3PBZA 2QNPA 4QJ6A 5P0PA 5P7AA 3UDNA 1ZPAA 4J0ZA 5COKA 3VLAA 2QP8A 5P25A 4ZSRA 3BXSA 3KT2A 4ZEAA 5P5GA 4ZPEA 4EJKA 5FIVA 4N00A 4DV9A 5I70A 4K8SA 4J0TA 3NWXA 1HHPA 4DJRA 1NPWA 3R2FA 3ZKXA 1B11A 3LIZA 2HAHA 5BWYA 4B1CA 5P3YA 5P79A 4EQJA 5AH8A 5P8AA 4TRZA 3K4VA 4L1AB 3SKFA 4LAPA 1SDUA 4Y3XA 1A30A 4FRSA 1AJVA 5P1BA 5P3RA 4YCKA 5P3MA 1HIHA 3OQAA 3KFPA 3OAGA 2ZHVA 4YOAA 2RMPA 5P37A 5P7IA 1HOSA 5P2MA 1MIQA 5P19A 4L7HA 5P0DA 4JPCA 5ER2E 4DJVA 4I8WA 4D83A 1SDVA 1HXBA 3IVIA 4LHHA 5P3DA 1LF4A 5P5QA 5P2YA 3OXWA 5P3PA 4B00A 5P17A 3I7EA 5AH9A 3Q4BA 2WEDA 3PGIA 1RPIA 4TVGA 2ZJJA 3EKTA 4NJTA 5EZXA 3UCBA 2PK6A 3QBHA 4Y5EA 4R92A 2QZKA 4A4QA 2FNSA 3EXOA 2O4SA 1ENTE 1XN2A 5P6LA 2G1OA 3VSWA 2QI5A 3KDDA 4YA8A 3GGUA 1LYWA 5P1VA 1CZIE 1E82E 1T6EX 2PSVA 5P3NA 1OEXA 5J25A 3DK1A 4Q1NA 3PI5A 1E5OE 5P34A 3TKWA 4KB9A 4CPTA 5P5UA 3LIYA 3BRAA 5P6HA 1ZSFA 4XXSA 3UDMA 3UDKA 3T3CA 4I0GA 4X7IA 4IVSA 4DQBA 5OZAA 5SZ9A 2QZLA 4ER1E 4CMSA 5P5OA 5HE5A 5P05A 3LIXA 4L6BA 3U7SA 4FIVA 5P7QA 3UPJA 3H5BA 3KFRA 5OZ0A 5P7PA 5P18A 4B05A 1MERA 3AIDA 1SDTA 4Y5NA 2QZXA 2QD7A 2I4VA 3OU4A 5P56A 4Y3LA 4YD7A 1GVWA 3O9BA 1HVSA 3UTLA 4EHCA 3QVIA 2QNNA 1MRXA 4U7QA 3LPJA 5P2SA 4OC6B 2QI6A 4FSEA 4J54A 2AOIA 4OBHA 4I0EA 5P0AA 5AHAA 4DJYA 5P2CA 3O9FA 5OZGA 5P2TA 4Y36A 5P3UA 5OZHA 3RTHA 5P3IA 3PWWA 1PSOE 1FMBA 4MC2A 5P72A 3O9AA 1B6MA 3CIBA 5I3XA 5P86A 4Y4EA 5P3JA 3EKYA 5P67A 2PH6A 5P4HA 4AMTA 2F8GA 1MT9A 2G1YA 5OZ9A 4NPTA 1LV1A 5P5JA 5DPZA 3WZ7A 3QS1A 5KR8A 5P1RA 5P8JA 3BUHA 3DOXA 5P2FA 1JLDA 3B7VA 3CKRA 4DH6A 4RROA 1HTEA 5DR8A 4Y3HA 5P8NA 3GW5A 5P4XA 3O9IA 3HAUA 4R8YA 1YG9A 2ZJHA 4Y4DA 5P3CA 5P3XA 3KFNA 3HLOA 1UPJA 3ECGA 2WF4A 5P8BA 5P0TA 4JOOA 2PK5A 2PYMA 2V10C 1IZDA 5P3GA 3INHA 5P3HA 1IIQA 2PWRA 4I10A 3JVYA 4FRJA 1ME6A 5BRYA 4Y53A 3NR6A 5E5JA 2G94A 2BPYA 3L3AA 1KJGA 4ZSQA 3TOFA 5OZXA 3BVAA 5P1MA 3I2LA 4D8CA 1A8KA 3IAWA 1MTRA 4I0IA 5TOLA 4DFGA 4FSLA 5P0CA 4Y9WA 3URLA 4Y4TA 4ZPGA 4PPHA 2F3EA 1LZQA 2B42A 1FG6C 3BGCA 1EPNE 3NU9A 2RENA 2ZHRA 5P3OA 5DQ1A 5OZ1A 2FS4A 4BFBA 1PSAA 3PI0A 3IA9A 3BGBA 5P8FA 5P2OA 1BWAA 3DUYA 2IS0A 1HVHA 3PM4A 3S2OA 1KJHA 3R4BA 1LF3A 5P4WA 4YD4A 4MC9A 3QIHA 3VYEA 5P63A 1BAIA 3IXKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1G6L A;  1D4L A;  2P3B A;  1DMP A;  5P0Q A;  5P5K A;  5P65 A;  6FIV A;  5P38 A;  2ZDZ A;  3RTN A;  1EC2 A;  5P7B A;  5P3A A;  2NMZ A;  1ZPK A;  4E43 A;  2CEN A;  2NNK A;  1G0V A;  3L5E A;  2QNQ A;  3O9L B;  5AHB A;  4Y3G A;  1BIM A;  1HSI A;  2AVO A;  4GMI A;  5P5A A;  5DGU A;  5DR0 A;  5SY2 A;  5P2D A;  2ER7 E;  4GYE A;  2RKG A;  4I8Z A;  1FMU A;  4J0V A;  5P0Z A;  5P4F A;  5P6G A;  5P1Y A;  3PHV A;  5P15 A;  3UQX A;  3UHL A;  3ER5 E;  5P8K A;  4Z50 A;  5P7U A;  5C9D A;  1FQ7 A;  3UDR A;  5P0I A;  5P0F A;  3VV8 A;  2ER6 E;  4OD9 A;  5KR0 A;  5P42 A;  3VLB A;  3B80 A;  3VYD A;  1UH8 A;  2MIP A;  3GI5 A;  3OQK A;  1VIK A;  1APW E;  5P77 A;  5I3Y A;  1D4H A;  2ER9 E;  3G6Z A;  3D20 A;  5P7G A;  2UY0 A;  2J9K A;  5P8L A;  3L59 A;  1XL2 A;  5P09 A;  3WZ6 A;  4K4Q A;  5P32 A;  1EC1 A;  2IGY A;  3GI0 A;  2OHM A;  1PFZ A;  2UPJ A;  3LIT A;  1EBK C;  4RYG A;  3SPK A;  1M43 A;  5P0G A;  4AA9 A;  2NMY A;  3H0B A;  4OBD A;  4B70 A;  4Q1X A;  1OHR A;  4TRY A;  4QJA A;  5P0E A;  3IN4 A;  3PSY A;  4HDP A;  5DR4 A;  4R93 A;  3MXE A;  2I4U A;  3DV1 A;  1RL8 A;  1UH9 A;  5P49 A;  5HDU A;  3TOG A;  4DJX A;  1B5F A;  1ZLF A;  2QHY A;  4Y47 A;  1WBK A;  3CID A;  4QLH A;  4YCY A;  5C9B A;  5P7W A;  3S7M A;  4J1E A;  5HE4 A;  5P83 A;  3EMY A;  3PJ6 A;  5P01 A;  2V12 C;  3QI1 A;  4CPX A;  3LNK A;  5OZ6 A;  2QCI A;  5P5W A;  3AUP A;  2BKS A;  3OK9 A;  5P60 A;  5DR3 A;  1D4S A;  2CEJ A;  4YBI A;  5APR E;  4Y5K A;  5KAO A;  4JPE A;  2ZHT A;  1EBZ A;  5P73 A;  5F01 A;  1GVT A;  5P5S A;  1HVK A;  1LYB B;  3N3I A;  5E5K A;  3MWS A;  4DJO A;  5P1U A;  5CON A;  1KZK A;  1K6T A;  2AVV A;  1W5V A;  1GNO A;  5P4N A;  3SA7 A;  2HM1 A;  3F9Q A;  3FNT A;  3CKP A;  5P3K A;  4Y3M A;  5P7C A;  3S7L A;  3OAD B;  3FX5 A;  5I3V A;  1G35 A;  3QN8 A;  3QRO A;  4TRW A;  1FG8 C;  2A1E A;  4GJB A;  3INE A;  2P3A A;  4YD5 A;  2B7Z A;  1HEG E;  5P51 A;  3SM1 A;  5P0H A;  3KMY A;  2AOH A;  1BXO A;  2Q5K A;  2AOD A;  3UDH A;  3KFS A;  3NU6 A;  3NYG A;  5P6O A;  4YDG A;  5P5V A;  2I4W A;  3TH9 A;  5P53 A;  4ER2 E;  1Z1R A;  1HTG A; 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 4NJV A;  5P7N A;  4WTU A;  5UPJ A;  2WEA A;  1SME A;  1W6I A;  1MES A;  1W6H A;  2PQZ A;  5P7S A;  3EKW A;  1M0B A;  3JW2 A;  5DQ4 A;  2UXZ A;  2WF3 A;  5P8D A;  5OZL A;  3PSG A;  1EC0 A;  1HVI A;  5HCO A;  4OBJ A;  1KJ7 A;  5ISK A;  4COE A;  5P2J A;  3OHF A;  2VA5 A;  4QGI A;  3G70 A;  4LL3 A;  5P1J A;  3Q3T A;  6APR E;  2WF2 A;  3N4L A;  5OZB A;  1LYW B;  2ANL A;  2QD6 A;  5AHC A;  1FQX A;  4APR E;  5AH6 A;  5OZ2 A;  2AZ8 A;  2R8N A;  1AID A;  2FXD A;  2BQV A;  2HB3 A;  4CP7 A;  5HCT A;  5P5F A;  3L38 A;  3MXD A;  2ZJM A;  3EBZ A;  5P6N A;  5P88 A;  3EL9 A;  2WHH A;  1HII A;  2O4L A;  4HVP A;  3KDB A;  4J1I A;  3GGX A;  1IDA A;  1MTB A;  3SAC A;  3OXV A;  1ZSR A;  5OZM A;  4H3J A;  5P1L A;  2P8H A;  4XKX A;  5P8V A;  1LF2 A;  4DVF A;  5P0M A;  5P1E A;  4PZW A;  1DP5 A;  2BPZ A;  3IXJ A;  4I0J A;  3VF3 A;  2ZGA A;  2APR A;  2FDD A;  5P6F A;  3CYW A;  1C6Y A;  4DQF A;  3URJ A;  2B7F A;  3KDC A;  4Y5P A;  4EJL A;  4R95 A;  5P02 A;  5P12 A;  3BC4 A;  2F3K A;  4Y3Y A;  4K9H A;  3OU4 B;  1HSG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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