3KFNA

Hiv protease (pr) with inhibitor tl-3 and fragment hit 4d9 by soaking
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based screen against HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kfnA00
4F74A 1IBQA 3QVCA 1HPSA 5P55A 5P5AA 3ZOVA 4DJOA 5P5VA 5P11A 1HEGE 4OBDA 1K6VA 5P4RA 2PK5A 4HLAA 1SH9A 5P6GA 2PC0A 2QK5A 1MESA 4DJYA 1LV1A 2JJJA 2QHYA 4L6BA 3NSHA 3INDA 2F3KA 4GJBA 1D4LA 1W6IA 1HIIA 5P7WA 2RENA 5I3WA 2FNTA 5P38A 1K6CA 4NJUA 4YD6A 5P1HA 4ZLSA 5COKA 2WL0A 4ZSPA 5BS4A 2O4LA 4TRZA 4YA8A 4GJCA 3KDCA 1U8GA 4B05A 2HB3A 2R3TA 5P54A 3OQDA 2IKUA 4RRSA 4CPUA 5P2IA 5P5WA 2F3EA 5P51A 5P2BA 4FM6A 4ZPFA 5P1NA 2J9JA 5FIVA 1T6EX 3UDPA 2HIZA 5HVPA 3L5EA 1G2KA 5DQ4A 3LPKA 4YDGA 3S7LA 2P83A 3I8WA 5P61A 4BFBA 2QCIA 4D8CA 3GGUA 5P1MA 2FDDA 1FQ6A 1NH0A 3PGIA 5OZRA 2I4XA 1LF2A 3R0YA 2G21A 2AVQA 4E43A 2Z54A 5OZLA 5IVRA 1PFZA 3RSXA 4J55A 1IZEA 4J0PA 1TZSA 3SA5A 1SGUA 4EYRA 4BELA 5P1JA 2QU2A 3FX5A 5P8BA 3INEA 4L7GA 3TH9A 1XL2A 5P2TA 3UDKA 5P7BA 5P3FA 1CPIA 3L5FA 5P5RA 5P33A 3OUDB 4LBTA 3SAAA 3RTNA 3SM2A 2APRA 4YBFA 5ISJA 3ZKSA 5KOQA 3FNUA 5IVSA 3U6AA 2G1RA 5HE7A 5P8SA 3K5CA 4OBZA 1MSNA 2PWRA 3URIA 3EBZA 1HSIA 2UPJA 1K2CA 2VIZA 5P00A 4Z22A 3QPJA 4L1AA 5P0FA 2BBBA 5P52A 4FM8A 5KR8A 4K9HA 4Q1XA 5P25A 5P7ZA 3ER3E 2VNNA 5P07A 4DQBA 5P56A 2PYMA 3FNTA 3TL9A 4Y39A 1HEFE 3BHEA 1OEXA 5P7RA 3UDMA 4JECA 4I10A 3VLAA 1N49A 1YTIA 5OYXA 3TPRA 1BXQA 4R91A 3DM6A 4EHCA 3SA3A 1FQ5A 4LXAA 3C9XA 4J0TA 5P1FA 2OHLA 3HVGA 3EM3A 1ZBGA 4J0ZA 1LF3A 1GVXA 2AQUA 3G72A 5ER2E 4CPXA 5P6XA 4APRE 2AOIA 1TSQA 3CKPA 3KMXA 3GI4A 5OYQA 2FXDA 3ZPTA 4I12A 4Y4ZA 3K5GA 3PB5A 5P7HA 1ZPKA 3D1XA 4LXKA 2I0DA 4GJDA 4S1GA 1IDAA 1DW6C 3O9GA 1FEJC 3K4VA 3SACA 5OZXA 5P5QA 4EP2A 5HE5A 1Z8CA 1IZHA 5P3IA 1K1UA 2AOFA 3I25A 1E81E 4Y43A 4OBJA 4DQEA 3IVHA 5P40A 1MSMA 2WEBA 4GZFA 5P32A 2NTRA 2ZGAA 4YOAA 2F3FA 3NU4A 4Y4JA 1EC2A 4DJUA 4Y45A 2QI5A 2FNSA 4M8YA 3IN4A 4XX3A 1W5WA 5P0RA 4B0QA 5P3PA 1SDUA 3NYGA 3EL1A 4Y4TA 5COOA 2R38A 5JFPA 4LXMA 5P44A 5P53A 5P2FA 2AZ9A 4LHHA 2G27A 3ECGA 3NUJA 4QJ2A 4HA5A 1ENTE 4Q5MA 3KA2A 4DQHA 5OZ0A 1WKRA 2HS2A 2V13A 2R3WA 5P4JA 1B11A 1FF0C 5P6JA 4NPUA 1IVQA 5P4TA 3MWSA 4Y3SA 3O9CA 3WB5A 5DQ2A 3WB4A 2A4FA 4FL8A 5P2KA 5P8OA 4DQCA 4DVFA 1FLHA 4Y3LA 3EM6A 2A1EA 5DR8A 5P5XA 3DOXA 5P0AA 4DJXA 5P82A 4Y53A 3T7XA 1HVCA 5DR0A 4FRJA 3FNSA 5P65A 4Y5KA 1PPME 2VNMA 3S8IA 3NDTA 1FQ4A 2ZJJA 5P0DA 3MXEA 1YM4A 4QJ9A 3CMSA 1LYBA 1JLDA 5P1YA 2IL2A 5P1AA 5P7GA 1ZAPA 5DR7A 1BILA 1EC3A 4KUPA 2HM1A 1FG6C 1MT7A 1SDVA 3VSXA 3OADA 3RU1A 3GW5A 1A8KA 5P83A 3IN3A 1QBTA 2MIPA 4DI2A 4DQGA 5OYUA 5P6ZA 3OUBA 4TVGA 5P6OA 5OYWA 1MTBA 5P0LA 2WJOA 5P5MA 5AHCA 3PVKA 4B77A 5CLMA 3S53A 3HW1A 2I0AA 5P34A 3L5BA 1HTRB 2G22A 3NU6A 5P70A 2OHRA 4K4RA 1BV7A 3LIQA 5HU1A 4KE0A 2P3BB 1ODWA 3UDRA 1A8GA 5OYYA 5ENKA 1ZTZA 5C9FA 2BPVA 4Y57A 3R4BA 2ZE1A 4U8WA 3IVIA 5P1OA 5P5PA 4J1KA 2IGXA 5OZ8A 4I0EA 5SY3A 3SA9A 4Y3TA 4J0VA 5P0IA 5P1TA 4TVHA 2QNPA 3HAUA 4DQFA 1UPJA 4QJAA 4Y4BA 3VFAA 4ACUA 4DJPA 3BUGA 5P18A 3VYDA 5DR4A 4J54A 5P0SA 2ZHVA 3UFNA 2QZWA 5P6AA 5OZ9A 1OEWA 5BWYA 4Y5CA 5P2RA 5P28A 2ER0E 4RLDA 3QBHA 3CKTA 4Y9WA 4OD9B 1ZPAA 4X7IA 3O9HA 4Y35A 1MVPA 5P5UA 1NPWA 2NXLA 1B5FB 3BC4A 5KR1A 5P6BA 3UQXA 4B00A 2ZJIA 5P3GA 1LYWB 3T11A 5P0VA 3PEPA 5P4UA 1EBWA 1CZIE 2PSGA 5P7UA 5P7OA 3OQKA 3L59A 4PHVA 2I4UA 3OK9A 1W51A 3D1YA 4EJ8A 5P3UA 2QP8A 2OHUA 5HDUA 5P71A 2B7ZA 5OZQA 1B6JA 5ER1E 1YTHA 4APEA 5P0MA 5P4QA 5P5JA 5P1PA 3PBDA 5P8HA 5P0ZA 5P17A 1RPIA 2HPEA 1FQ8A 3BXRA 3OWNA 1Q9PA 4DH6A 4R95A 5P6KA 2BKSA 2BB9A 5JG1A 5P8MA 3KFSA 5P02A 5P63A 3KFPA 5P6LA 3U7SA 3ZMGA 2H6TA 3UHLA 6APRE 1KZKA 2NR6A 4UPJA 4JPCA 2ZJNA 3CICA 1GVUA 4D88A 5P75A 4Y4AA 2WF3A 4YD4A 1E5OE 1SP5A 3WSJA 3WZ6A 1HTEA 4TRWA 4EQJA 5J25A 3LIVA 5T4SA 2FGVA 1ZSRA 4I0IA 4H1EA 4Q1YA 2QHCA 5JODA 2RSPA 3OHHA 5P0PA 3N4LA 4IVTA 2ASIA 2O4PA 5P4NA 1EBZA 3O9FA 2AOHA 2WEDA 2WF4A 1BWAA 3INHA 2WKZA 3UQUA 5P57A 5P2LA 1D4HA 4Y3MA 5OZHA 4EPJA 1YTGA 5P7AA 1MRWA 2BJUA 4B72A 3SPKA 3KM4A 4H3IA 4NJTA 3KF0A 4GJ5A 3VLBA 5P7MA 5P4KA 5P45A 5OYZA 2XYFA 3TOFA 3KT2A 4Y3PA 2P3BA 3R0WA 5DGWA 5P0YA 3QI1A 4Y56A 1J71A 3PLDA 3OQFA 1XN2A 3QAAA 2G20A 2VJ9A 3LPIA 3OUAA 5P09A 2H6SA 5AH8A 5AHAA 3WZ8A 4CMSA 4Y36A 3PRSA 5P6CA 2RMPA 2QU3A 3OTYA 3L38A 1APWE 3EKWA 4Y3WA 2Q55A 5P0EA 4CPQA 3TPPA 3UDNA 1F34A 2WEZA 4RRNA 4NJVA 5P0KA 3EKYA 1APUE 5P6HA 5P5YA 2O40A 1PPLE 5P0TA 5DQCA 5P3QA 2QD7A 2QMFA 1HHPA 5P73A 2WF2A 4J0YA 4Y5BA 5OZWA 2G1NA 4HVPA 4U7VA 3ZKXA 1SGZA 5AH6A 5COPA 5P1KA 5P8AA 2G1OA 1B5FA 4Y4WA 1T7KA 5P4PA 5HDVA 3MXDA 5OZEA 5P06A 4GB2A 4YD3A 5P3EA 3R1GB 1E80E 2ZHRA 3HZCA 3OU1A 3IAWA 3NUOA 3ZPUA 4EXGA 2NPHA 2JXRA 3QN8A 3EXOA 3VF3A 1IIQA 4PZXA 2PWCA 5C9BA 1AJVA 1EPME 3S43B 5CONA 5P2HA 5P6QA 5F00A 3QBFA 3O9LB 3VV7A 5P3RA 5P1VA 5P1BA 3NWXA 5P1CA 3NDXA 3L5DA 1FMBA 3QRMA 1HOSA 3ZKQA 2V12C 2FGUA 3BXSA 1GNMA 2OHMA 4H3GA 4YD5A 3NDWA 3OXCA 4GYEA 4R5NA 2OHNA 2AVSA 5P35A 5C9DA 5KQFA 3ZKMA 3LZYA 3O9AA 4ZPGA 1HPVA 5P03A 1AVFA 3K1WA 2VIYA 5P8UA 2OF0A 2AVMA 5P2EA 4Z4XA 5E5KA 5P4XA 1PROA 3VFBA 1XN3A 1DIFA 4I8ZA 5P49A 3URJA 2P3AA 2QHZA 5P80A 1GNNA 2R5QA 1HIVA 3DJKA 5P0GA 3SKFA 3VV6A 5P4WA 1BVGA 5P8DA 3VEUA 5P4SA 2XFJA 1IVPA 5P8FA 1XDHA 3OAGA 4I0JA 5P7DA 4I1CA 2XFKA 4DJQA 2ER6E 5P6WA 1BIMA 1YX9A 3KFRA 2UY0A 1EBYA 4CPTA 5OZSA 1LF4A 2HB2A 1CMSA 3HDKA 1META 1W50A 5P1QA 5P87A 5HCTA 1YM2A 5P6EA 4EXHA 3OQ7A 5P22A 3OGQA 3DUYA 5P85A 5P2WA 1M4HA 4FRSA 1VIJA 5P5HA 3CYWA 5KAOA 3SLZA 3KMYA 1IZDA 5OZGA 3N3IA 3OU3A 5P42A 4Y3JA 5P8QA 3UDQA 1QDMA 2R5PA 3EL0A 2QI6A 5P4MA 3OGPA 5HCOA 5P8PA 3SABA 5I3YA 1ODYA 1BDLA 3O9EA 1XE5A 1EC0A 2AZBA 4K4QA 3SO9A 5KR0A 4Y4EA 3LIZA 5P3YA 1HVIA 3TNEA 1YG9A 4RCDA 4Y4XA 5P2ZA 5P1LA 3HLOA 2QMPA 4I8WA 5P89A 5P13A 3PSGA 1BDRA 2OHTA 4J5JA 1HTFA 5P2YA 4R8YA 1C6YA 3TLHA 1HVLA 2Q3KA 2ZJKA 3T6IA 3SA4A 1QBUA 2PK6A 3R2FA 4L7HA 5UPJA 5IVTA 2WHHA 2Q64A 5OZYA 5P6VA 3Q4BA 5P8NA 5P2GA 4ER2E 1G0VA 4MC6A 1ZP8A 3VCMA 2PH6A 1W6HA 5P7EA 1IZIA 4OBKA 3Q6YA 4DJWA 1QBSA 4H3FA 1B6PA 1LZQA 1EPPE 2Q15A 4NKKA 1MIQA 1MTRA 5OZFA 3T7QA 3D20A 5P6RA 1BVEA 2R8NA 2O4SA 3S7MA 3L58A 4HEGA 5P59A 4XKXA 1T7IA 4ZE6A 2XYEA 4J1EA 1NPAA 5P5OA 3RVIA 5EZXA 3S43A 3NDUA 5P7JA 3SA7A 7UPJA 2AODA 5OZUA 4EP3A 3D3TA 3KT5A 1EPQE 3INFA 5P36A 3PHVA 1XE6A 5OYRA 2JJIA 4YDFA 5P0CA 4J1HA 3VV8A 4Y44A 3KN0A 4EJKA 4Y38A 3OUDA 5P8JA 5KQXA 3B80A 5P7FA 3K4VC 5P0UA 5I3VA 5OZMA 3Q3TA 5HTZA 3LIYA 1A9MA 3HAWA 3LIXA 5P6SA 3ZKIA 1A30A 1QRPE 3EC0A 1HPXA 2HC0A 5P5DA 5P4IA 4EJLA 5P0NA 1FKNA 1AAQA 2I4WA 4YCKA 5P4ZA 4YBIA 3PMUA 4Y6MA 5P4DA 1DMPA 3OU4B 3S56A 1TCXA 1HRNA 3UDJA 4Y50A 3ST5A 2I4DA 5P5TA 5P8GA 2EWYA 5P76A 3GGVA 2G94A 1UH9A 3TTPA 1TSUA 2ANLA 5P3XA 5P5IA 5P4EA 2FMBA 2IGYA 4NPTA 1WBMA 2JE4A 4AA9A 5P5GA 1TW7A 2AVOA 5P4HA 1C6XA 3OTSA 3JVWA 4LAPA 4FAEA 3LZSA 3EKPA 5P2CA 3HBOA 4FSLA 4YCYA 4Y48A 5P3NA 1EPNE 4J1CA 2FDPA 5P3MA 5DPZA 5P4OA 7HVPA 5P3WA 1D4SA 4FAFA 5P66A 4FRKA 1T6GA 1DAZC 3KYRA 2V11C 3CIDA 1EEDP 2V10C 3NXEA 2WEAA 5OZDA 3PSUA 4A4QA 4MC1A 5P77A 4Y3GA 3BGBA 2PSUA 1LEEA 3VSWA 5OYVA 5P7QA 3D1ZA 1LYAB 5P68A 2QZLA 1SBGA 1GNOA 2AOCA 3LPJA 5EZZA 4B1DA 3EKXA 1KJ4A 1NPVA 4ER1E 5OZTA 1HXBA 1GVTA 2WECA 2VIJA 3I6OA 3TPLA 2HS1A 4Y4DA 5P7LA 4Z50A 5P7CA 4DPFA 5P3BA 5P3KA 3DV5A 4J1FA 4ZSRA 1D4JA 5OZ1A 2PH8A 3GI5A 2J9JB 5P74A 1LS5A 1UH8A 4FGXA 5P7PA 4LP9A 1C6ZA 2G24A 5ENMA 3PBZA 3O9BA 5P0JA 4R93A 3GGXA 1XL5A 3IXOA 1TCWA 3OXWA 5P1RA 4CPRA 4X2LA 3DCRA 5P1SA 3SM1A 5P26A 3VG1A 5OZBA 4PZWA 2IQGA 5P4LA 5P6DA 3BUFA 4BFDA 1K2BA 2BQVA 2QMGA 5P6NA 1XS7D 3FSMA 1DP5A 2FLEA 2I4QA 4R92A 1GVVA 1EPOE 4DUSA 1FQ7A 4RZ1A 2ZHSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4F74 A;  1IBQ A;  3QVC A;  1HPS A;  5P55 A;  5P5A A;  3ZOV A;  4DJO A;  5P5V A;  5P11 A;  1HEG E;  4OBD A;  1K6V A;  5P4R A;  2PK5 A;  4HLA A;  1SH9 A;  5P6G A;  2PC0 A;  2QK5 A;  1MES A;  4DJY A;  1LV1 A;  2JJJ A;  2QHY A;  4L6B A;  3NSH A;  3IND A;  2F3K A;  4GJB A;  1D4L A;  1W6I A;  1HII A;  5P7W A;  2REN A;  5I3W A;  2FNT A;  5P38 A;  1K6C A;  4NJU A;  4YD6 A;  5P1H A;  4ZLS A;  5COK A;  2WL0 A;  4ZSP A;  5BS4 A;  2O4L A;  4TRZ A;  4YA8 A;  4GJC A;  3KDC A;  1U8G A;  4B05 A;  2HB3 A;  2R3T A;  5P54 A;  3OQD A;  2IKU A;  4RRS A;  4CPU A;  5P2I A;  5P5W A;  2F3E A;  5P51 A;  5P2B A;  4FM6 A;  4ZPF A;  5P1N A;  2J9J A;  5FIV A;  1T6E X;  3UDP A;  2HIZ A;  5HVP A;  3L5E A;  1G2K A;  5DQ4 A;  3LPK A;  4YDG A;  3S7L A;  2P83 A;  3I8W A;  5P61 A;  4BFB A;  2QCI A;  4D8C A;  3GGU A;  5P1M A;  2FDD A;  1FQ6 A;  1NH0 A;  3PGI A;  5OZR A;  2I4X A;  1LF2 A;  3R0Y A;  2G21 A;  2AVQ A;  4E43 A;  2Z54 A;  5OZL A;  5IVR A;  1PFZ A;  3RSX A;  4J55 A;  1IZE A;  4J0P A;  1TZS A;  3SA5 A;  1SGU A;  4EYR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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