3KFNA

Hiv protease (pr) with inhibitor tl-3 and fragment hit 4d9 by soaking
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based screen against HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kfnA00
3D3TA 3OAGA 5OZ6A 3INEA 4B1EA 4EXHA 3OK9A 4J0ZA 5P27A 1SDTA 5OYSA 1BWAA 3WB5A 3NWQA 3D91A 5P8VA 1D4SA 3ZPSA 5P5JA 4DPIA 2V00A 5HE7A 5P30A 2PWCA 2WF2A 3EKXA 5OZLA 2ZJNA 5P7OA 1ME6A 3CKPA 1B6KA 1M4HA 1W5XA 2FDEA 5P75A 3GGUA 5P7BA 5P5TA 1F7AA 1LYAB 5P24A 3VG1A 1HVCA 3L5DA 1GVWA 3HD8A 4RRSA 5OZ2A 5P4BA 5P4IA 1EC2A 3ECGA 4FGXA 2JJJA 1W50A 5P8IA 4FL8A 4K8SA 3PBZA 2I4QA 3PJ6A 6APRE 3LHGA 5P5CA 5P14A 5P41A 3BVBA 3TH9A 1EPPE 4PPHA 4DJYA 1XE5A 3ZL7A 3O9GA 4Y4EA 1EBKC 4K4PA 4I0ZA 4GJCA 1D4LA 3QRMA 1T7IA 3OXWA 5P2DA 3TLHA 3PMYA 3ZOVA 5SY2A 2F80A 5I3YA 4B77A 2Q11A 1RQ9A 3O9DA 5P6YA 3RVIA 1QBTA 1GNNA 3GGAA 3SKFA 5DGUA 3UPJA 2QZKA 1A8KA 4Y3GA 5P6QA 3OU1A 2AOHA 2XYEA 5OZRA 2I4WA 1FKNA 4BELA 5OZ8A 1MT8A 5P7GA 1E82E 5P28A 3ZKQA 3UDJA 4GJBA 1FEJC 1HTEA 5P05A 4NJSA 2BPYA 3MSLA 4H3GA 3BHEA 5P38A 3BUHA 5P1SA 1XE6A 2AOFA 2I4VA 2MIPA 4FM6A 5P6JA 5P82A 3N3IA 5P78A 3S54A 2AZ8A 2VIZA 3KFRA 4Y3XA 4LC7A 2FS4A 2QAKA 3LINA 4I0FA 2G21A 5ER1E 5P7TA 1NPWA 1SDVA 5ENMA 5P5QA 3ZLQA 5COOA 3VSWA 3VV7A 4FRJA 4DQBA 1ZLFA 5DR3A 2R43A 2FIVA 4FRIA 2BKSA 3DUYA 7UPJA 3OTSA 3BXRA 3HZCA 5P8QA 2BBBA 2NTRA 5P5GA 3KYRA 5P2YA 1IZIA 3D20A 4TRZA 4J1EA 1W6IA 2XFIA 2OHLA 2Z54A 3LPIA 3NDTA 4ZPEA 1OD1A 5P4ZA 2B8VA 1QBUA 1SGZA 4YD5A 4JECA 5TOLA 1XN3A 4TRYA 1FLHA 4ER1E 1AZ5A 5IVSA 4CPUA 3QRVA 4DVFA 3GGVA 5P5VA 4Y3MA 3OWNA 4GJ9A 3WZ6A 1ZBGA 3NDWA 4D83A 5P8BA 4OC6B 1HHPA 1B6LA 5P69A 1ZPKA 4Y43A 4AA8A 2WKZA 5HU0A 3R2FA 5HD0A 5OZOA 3VFBA 3GI6A 4XXSA 2QI4A 5OZ1A 1HIIA 5P01A 2ZJMA 4JPCA 3G70A 1W51A 3DK1A 5C9DA 5HCTA 2V11C 1B6MA 4PZWA 4I0HA 4ZIPA 5P2VA 4Y3RA 5P6SA 1TCXA 3OADB 1KZKA 2QMGA 4EJKA 2I1AA 4OBJA 3D1YA 3VSXA 1HPSA 5FIVA 2R5PA 2EWYA 5P8FA 5P7RA 3BUFA 3PWRA 3TNEA 5P3GA 2B60A 2AIDA 5P70A 4DQHA 1EPME 1Z1RA 4Y4DA 3LIQA 5P22A 2F8GA 3K5CA 4B1CA 3PCWA 5P2LA 4CPXA 1HVSA 1BV7A 2ZHTA 1BIMA 2VJ6A 5OYQA 2JE4A 3SPKA 5OZDA 5OZVA 3ZKSA 2XYFA 5P7IA 4Y5GA 1AXAA 2Q54A 5P4JA 4EP3A 2O4NA 5P5BA 4L6BA 5P4FA 2VKMA 3CIDA 1K2BA 4XX3A 4KUPA 3R4BA 5P5XA 2O40A 4BFBA 5KR8A 5P1PA 4TVGA 5P61A 5DQ1A 1EPNE 3UQUA 5P45A 3S2OA 5P1NA 3PSYA 3OU4B 4Y4XA 3B7VA 5P2ZA 4HVPA 1C70A 5P2EA 5OZUA 1IZHA 5P76A 2QMDA 2QI0A 4APRE 1YT9A 5P8GA 3O9CA 4FIVA 3BXSA 2QMPA 4GJAA 5KQYA 3RTNA 4EJ8A 2ER6E 3PM4A 3PRSA 3PSUA 4R8YA 2QNPA 1AAQA 5P3YA 3OUAA 5P7NA 4GB2A 5P1LA 2HB4A 5P6NA 2Q3KA 1KJ7A 3HBOA 5P3KA 5P44A 2WEBA 4QJ6A 3DCRA 2I4XA 2I4DA 3GGXA 4J0TA 2NPHA 3CICA 2RMPA 2VIJA 4F76A 4EQJA 3EL0A 3TPPA 3KM4A 2FNTA 5P5SA 1MSNA 4FCOA 5P0UA 4KE0A 3PLDA 4I8WA 5P49A 5P0ZA 1TQFA 2ZJLA 5P2FA 3Q6YA 5P04A 5P60A 2VJ9A 4GJ6A 3B80A 1K6TA 5P3OA 1SDUA 4PYVA 1BAIA 5P6LA 3T6IA 3IAWA 4F74A 3LZVA 4X2LA 2CENA 3NUOA 3UDPA 5F00A 5P4KA 5P3QA 4DFGA 1ZAPA 1HSHA 5P26A 4Y5CA 2ANLA 4FLGA 3SO9A 1TZSA 2PQZA 5P4CA 4COEA 2Z4OA 2P4JA 1AM5A 2QHCA 1PPKE 3OHFA 5P8MA 4B0QA 4Y36A 5DGWA 3NU4A 3SLZA 3DCKA 1T6GA 5T4SA 3EM6A 4IVSA 1LF2A 1BDQA 2Q5KA 3NXEA 5AHAA 2RKGA 3UQRA 4FM8A 3HAWA 1APVE 5P1ZA 5P4VA 1HOSA 4KE1A 5KOQA 1YTGA 5P7PA 4FSEA 3VEUA 3OQAA 1TCWA 5KQFA 1Z1HA 4YD3A 3NU3A 4YD7A 1IBQA 2AOGA 2V13A 4RVXA 1U8GA 4Q1XA 4A4QA 5I3WA 4YCTA 5P4HA 4DQGA 1UPJA 2ZYEA 4ZSRA 3KFSA 1DW6C 1GNMA 1QBSA 2OHUA 2I0AA 1HEGE 1HEFE 2AVQA 2APRA 5OZ7A 3INFA 5P6KA 1BVEA 5P6BA 2G1OA 5OZJA 4DJUA 3QAAA 1C6XA 4YBFA 1EEDP 3EKYA 3Q70A 5P3IA 2OHSA 2UPJA 3INHA 3NSHA 5P6HA 5P7QA 4Y3EA 3BGCA 3VV8A 2QD8A 4I0EA 2AVSA 5P7VA 1ZJ7A 5KOSA 2Q64A 2AZ9A 3QP0A 2ASIA 5OZ3A 5P73A 5P0LA 3VCMA 2ZHVA 1NH0A 5ENKA 2JYSA 5KR2A 5P2AA 4RCFA 5P2KA 3O9FA 2QI5A 4JOOA 5P7YA 5P6EA 1NPVA 5ISJA 3EKTA 4Y3HA 3VF5A 5P77A 3IN4A 1LS5A 4WY1A 5JFUA 3I8WA 2F3KA 2AZBA 5P8OA 8HVPA 5P0YA 5DR7A 1MIQA 3SQFA 4Z4XA 2V0ZC 3I6OA 4HDPA 4I12A 1APTE 1HPVA 5P3HA 1FQ6A 4Y47A 2G22A 4Y50A 5P0WA 3UQXA 4EJDA 3KA2A 1ZSFA 3LIVA 5BWYA 1HPXA 2FGUA 1UH8A 1EC3A 2PSGA 1TW7A 3Q3TA 2F3EA 3OUCA 5P47A 4Y5KA 3EKWA 2NXMA 5HDXA 5P1FA 2QU2A 1HSIA 3LIZA 4Z22A 2Q55A 1K1UA 2H6SA 1M0BA 1GVVA 4TRWA 5P4UA 4MC2A 5P15A 3BUGA 2HS2A 3UHLA 6FIVA 3L3AA 3PHVA 1HPOA 5P2QA 1PSOE 5OZCA 5OZNA 5P7SA 5P2MA 4Y48A 5P8TA 4CMSA 4OBZB 5P74A 1OHRA 3O9LB 1SMRA 2BB9A 2WF4A 5OZGA 3G6ZA 4AA9A 1PFZA 2G24A 4Y51A 3PMUA 3HVGA 3KFPA 4B70A 3RSVA 4Y4BA 3OU1B 1VIJA 1HXBA 4U7VA 4J1HA 4I0DA 5F01A 4L7HA 5OYZA 1RV7A 2VIEA 5P0VA 5P23A 5P4RA 5P5FA 3T7PA 6UPJA 4DJVA 4NJTA 5P3TA 4Y3WA 5I70A 5P6PA 2QD7A 1HIHA 1E81E 1K6CA 1FF0C 3HW1A 4OD9B 3D1ZA 4Y5MA 2QI1A 1GNOA 1YM2A 3TPRA 4FSLA 3LZYA 1T3RA 3OUDB 1PSNA 1LYWB 3TOHA 3O9EA 3KMYA 2VIYA 2FXEA 1D4IA 5P1CA 1W5VA 4CP7A 1FQ5A 3KDDA 5P7HA 3M9FA 4OBZA 2G1RA 4UPJA 2WL0A 3PEPA 1MRWA 5P71A 1F34A 3O9LA 4YCYA 3S43B 5P0AA 5P6GA 2A4FA 1XL2A 5P4SA 3OOZA 5KR0A 2ZJJA 4DJQA 1N49A 3EL1A 2P3BA 3H0BA 1OEWA 1QS8A 2G94A 3F9QA 4DI2A 1QRPE 5P7DA 1HBVA 3D1XA 1C6YA 3BC4A 3EKPA 3WSJA 3NYGA 2PK5A 5P1VA 4Y3QA 5P4EA 4DV9A 4MC1A 4Y3LA 5P0NA 3EM4A 1VIKA 4YBIA 1KJ4A 5P5DA 3FIVA 1D4YA 3DOXA 3IVHA 5P6TA 2QNNA 3ST5A 3EMYA 1D4HA 1QBRA 4OD9A 4DJWA 1FMUA 2BQVA 4Q1YA 5P46A 5P79A 4B00A 3FNSA 4Y5AA 2QZXA 3G72A 4J5JA 5P0SA 2FLEA 3OUDA 4EQ0A 1DMPA 1LYWA 5P2OA 1GVUA 5AH9A 4PEPA 5OZWA 4Z50A 2VNMA 5P36A 5P5KA 1B5FA 3L38A 2RKFA 4Y44A 1JLDA 4Y41A 4J0PA 1A30A 1EAGA 3T11A 2B7FA 2WHHA 2HPFA 3UDMA 1UH9A 5P7ZA 3IA9A 3OQDA 3S43A 3WZ7A 5P48A 5DQ5A 2HB2A 4YE3A 3VF3A 2QP8A 5P0KA 1BXQA 3JW2A 1PROA 4DH6A 4Y37A 2IEOA 3IXOA 5P0HA 1K6VA 5AGZA 4GZFA 4Y4ZA 4L1AB 2VJ7A 1D4KA 5P0TA 4RYCA 3MSJA 5P56A 2AVVA 5IVQA 4EYRA 3SA8A 1MTRA 5P16A 4YOAA 5P7XA 5P7UA 5P00A 3JVWA 2IGYA 1IDBA 2FGVA 3SA6A 1TSQA 2O4SA 1NPAA 3OQFA 2ZHSA 5P4AA 5P1OA 3S8IA 5P6FA 2P8HA 4EXGA 5ISKA 5OZBA 3EM3A 5P31A 3R0YA 5P1XA 4LXAA 5P8DA 2ER9E 3RTMA 2R8NA 5P4MA 5P6ZA 4LXKA 5P3EA 1A94A 3O9BA 5P4DA 1EPRE 3SFCA 5P43A 3Q5HA 5P4WA 3FX5A 2PWRA 5OZIA 4L7JA 5P5UA 3UFLA 3TPJA 5OZMA 4RZ1A 1HIVA 4A6CA 3TL9A 3L58A 2CEJA 3APPA 4U8WA 3EL9A 5P29A 5P4LA 2VA6A 5OYYA 4QJ7A 4DPFA 2J9JA 1B11A 5OZ4A 3T3CA 4L1AA 5C9BA 1SIVA 2OHQA 3UDKA 4I0GA 1GKTA 2PK6A 1J71A 5DR4A 1ENTE 5P35A 2HAHA 4FE6A 1RNEA 5COKA 5P0CA 4OBGA 1W5YA 4I0JA 2ZGAA 4QJ9A 1K1TA 4YD4A 5P3UA 4Y3SA 3O99A 4ER4E 4GIDA 4X7IA 4XKXA 1HTGA 5CLMA 1BVGA 2NR6A 3VV6A 5PEPA 4J1CA 3QRSA 4Q1NA 2ZJKA 4LAPA 1HVLA 3UQWA 3BGBA 5P10A 1IDAA 2A1EA 5HDUA 2P3AA 5OYXA 2QD6A 5E5KA 4H3JA 4AZYA 4Y45A 3QVIA 4Y38A 1T6EX 4Y58A 3SM1A 4HDBA 2P83A 2PMAA 4CPRA 3EL4A 3R0WA 3UDHA 1FGCC 4S1GA 4J0VA 3KN0A 9HVPA 4GMIA 4RROA 1YTJA 5P68A 5P0EA 3U7SA 3S56A 3I25A 1LF3A 1KJGA 2V16C 5P57A 2QNQA 5HCOA 2NNKA 4HZTA 1T7KA 1PPLE 3NLSA 3NUJA 3U71A 3IXJA 3UTLA 2PH6A 3ZKNA 1SP5A 4Y5LA 1SIPA 5OYWA 2FDPA 5P6CA 3EC0A 5P3LA 1ZP8A 3PVKA 4ZEAA 4YA8A 1BILA 2PSUA 4Y39A 2BJUA 2G26A 3KF0A 1ZSRA 2NXDA 4DJXA 3C9XA 2HC0A 3PWWA 4J54A 1G2KA 2WF3A 5P7AA 1ZTZA 2NNPA 3PSGA 3GW5A 4WTUA 3EL5A 4YD6A 5P0FA 1BWBA 1HVKA 2P3DA 3SM2A 4Y5EA 3UQPA 5P64A 3ZKXA 2QZLA 1CMSA 3PCZA 5P2RA 4PZXA 1MSMA 3VLBA 5P8JA 5P3AA 3KT2A 3N4LA 4I8ZA 1RPIA 1ER8E 2I0DA 1EPLE 1FB7A 1FQXA 5P5EA 1ODWA 1MESA 1MUIA 5P6DA 3OHHA 4NKKA 1LEEA 1EPQE 1HVRA 4J1FA 5P8SA 4XX4A 5P2UA 3IGBA 3O9AA 4GJ5A 4RCEA 2WEZA 5P8UA 5P1UA 1FG6C 3QVCA 5P1AA 2OHNA 3TKWA 4LBTA 4LP9A 4HE9A 4FRSA 2QCIA 4NPUA 5P08A 1W5WA 3TPLA 3UF3A 3GI0A 1ODYA 3HLOA 5P8AA 2JJIA 3VFAA 5DR1A 4R92A 1B6PA 5SY3A 2ZJHA 5P63A 5OZSA 5IVTA 4EPJA 5CONA 3K1WA 3RU1A 5P3DA 3WZ8A 2JXRA 3LIXA 3L5EA 3URJA 5IS4A 4MC6A 3IVIA 3SKGA 4NJVA 4I11A 3NU9A 3TOGA 5P0OA 5P6IA 5P5OA 3PLLA 5OYTA 1SMEA 2HM1A 5P7FA 5P4PA 5P88A 2AOCA 5P12A 5E5JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3D3T A;  3OAG A;  5OZ6 A;  3INE A;  4B1E A;  4EXH A;  3OK9 A;  4J0Z A;  5P27 A;  1SDT A;  5OYS A;  1BWA A;  3WB5 A;  3NWQ A;  3D91 A;  5P8V A;  1D4S A;  3ZPS A;  5P5J A;  4DPI A;  2V00 A;  5HE7 A;  5P30 A;  2PWC A;  2WF2 A;  3EKX A;  5OZL A;  2ZJN A;  5P7O A;  1ME6 A;  3CKP A;  1B6K A;  1M4H A;  1W5X A;  2FDE A;  5P75 A;  3GGU A;  5P7B A;  5P5T A;  1F7A A;  1LYA B;  5P24 A;  3VG1 A;  1HVC A;  3L5D A;  1GVW A;  3HD8 A;  4RRS A;  5OZ2 A;  5P4B A;  5P4I A;  1EC2 A;  3ECG A;  4FGX A;  2JJJ A;  1W50 A;  5P8I A;  4FL8 A;  4K8S A;  3PBZ A;  2I4Q A;  3PJ6 A;  6APR E;  3LHG A;  5P5C A;  5P14 A;  5P41 A;  3BVB A;  3TH9 A;  1EPP E;  4PPH A;  4DJY A;  1XE5 A;  3ZL7 A;  3O9G A;  4Y4E A;  1EBK C;  4K4P A;  4I0Z A;  4GJC A;  1D4L A;  3QRM A;  1T7I A;  3OXW A;  5P2D A;  3TLH A;  3PMY A;  3ZOV A;  5SY2 A;  2F80 A;  5I3Y A;  4B77 A;  2Q11 A;  1RQ9 A;  3O9D A;  5P6Y A;  3RVI A;  1QBT A;  1GNN A;  3GGA A;  3SKF A;  5DGU A;  3UPJ A;  2QZK A;  1A8K A;  4Y3G A;  5P6Q A;  3OU1 A;  2AOH A;  2XYE A;  5OZR A;  2I4W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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