3KFPA

Hiv protease (pr) with inhibitor tl-3 bound, and dmsos in exo site
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based screen against HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kfpA00
4Y43A 1E82E 5P86A 3K1WA 1A30A 3QRVA 3OY4A 5P2XA 5P4RA 5P3QA 3T6IA 5SXNA 2R43A 3PCWA 5P3TA 5P47A 5P2AA 5P0HA 2QI4A 5P72A 5B18A 4Y54A 2B7FA 4ZPGA 5OZ7A 3PMYA 5P3JA 2V16C 4BEKA 3LPIA 3UPJA 3UDRA 2QMGA 3HLOA 1LV1A 4NKKA 1UH9A 4NJTA 3CMSA 3DV5A 5P0PA 2XFIA 1PSOE 3QIHA 1B6KA 1ODXA 3O9GA 3ZKQA 4R93A 2R5QA 5P38A 2BKSA 3D1ZA 5P23A 1META 1HPVA 2AZ9A 2ZJHA 5P1RA 5P7TA 3O9AA 4NJVA 3PEPA 5DQCA 4R92A 4Y51A 1IZHA 1HIVA 2IKUA 5P7SA 4FCOA 2QZXA 5P7MA 1KJ4A 4Y5KA 1JLDA 3I2LA 3ZMGA 4S1GA 1HTFA 4KUPA 5P6CA 4Q1WA 1MT7A 4YBFA 5P61A 3ZPUA 2QHZA 5P5ZA 3WB5A 5DR7A 5P7LA 5TOLA 4YD4A 2O4LA 5KQXA 5P4TA 4QJAA 3INEA 1D4IA 2QU2A 2HC0A 4Y4ZA 4FS4A 1MESA 2EWYA 2ZE1A 6APRE 4NPTA 3TOHA 1BILA 4EYRA 5SY2A 3ZKSA 1QBUA 5P88A 1A94A 5P0IA 3HAWA 5P2EA 5EZXA 4YHQA 4B78A 4APEA 1ZP8A 1W50A 2IEOA 3DV1A 2R9BA 3NLSA 1W6HA 5DR1A 5OZIA 3I25A 4GJ6A 5P5LA 3PSUA 3BVAA 3TH9A 5P4GA 4JPEA 4HDFA 3M9FA 1HTGA 3LINA 3LIXA 4H3FA 2G69A 5P6RA 1T6EX 2QD8A 5P5RA 1XE5A 3QN8A 1XS7D 3UDQA 5P46A 5P1MA 5PEPA 4LXAA 5P7NA 3LZYA 1TQFA 5F01A 5CLMA 3UQPA 2OHLA 5AH7A 5P16A 1KJHA 2P83A 2FXEA 3OU3A 3UDMA 1HXWA 3QRSA 4PZXA 3EBZA 5OZCA 2V0ZC 5P03A 1HVIA 4Y4XA 1FFIC 4Y3DA 4Y5NA 2O40A 3PMUA 2ZJIA 4Y35A 5ENKA 4QJ8A 3EM3A 1A8KA 4B1CA 1DPJA 2I4WA 5P5CA 2O4PA 4RROA 3OAGA 5P73A 2VJ6A 1HVKA 2JJIA 2RSPA 4K8SA 3MSKA 1FQ5A 5OZYA 3EKYA 2BKTA 4DH6A 2BPZA 4Y3SA 3VSXA 5P71A 3UHLA 4UPJA 5P1DA 3WZ8A 2JJJA 5P1GA 3UCBA 5P39A 4J1FA 3FV3A 3QBFA 2NR6A 4HZTA 3T3CA 1PSNA 5P0BA 5P11A 2G24A 1AM5A 3KA2A 1Z8CA 1B6LA 5P1EA 5P5VA 4PZWA 3LHGA 2PSUA 4A6CA 5HE7A 4OBDA 5OZNA 1GKTA 2G22A 2B60A 5P5QA 1QBRA 1LYWA 3TPPA 3ECGA 4B05A 1QBTA 2PQZA 4J55A 4AA8A 1BDRA 1K6CA 4Y47A 2AOCA 1RPIA 2IS0A 5P4YA 5OZBA 5P36A 5AHAA 4HLAA 3BRAA 2BPWA 5P51A 3O9DA 3TKGA 2OHTA 3RTNA 5P0SA 4R8YA 4Y4TA 5P15A 3BGCA 5P06A 1MRXA 3OU4B 5E5JA 5P10A 4GMIA 5P29A 4D85A 1BAIA 2FS4A 1ZLFA 3GGUA 3H0BA 3UQWA 3KMXA 3MWSA 3ST5A 3D1XA 5P2DA 5OZFA 4Y48A 2XYFA 5P28A 3Q3TA 2G20A 4Y3PA 1HIHA 5ISJA 4Y3FA 4DJOA 5DR0A 1SP5A 5P6ZA 2VA5A 2XYEA 4YE3A 1RL8A 4Z2ZA 2H6TA 3HD8A 3RSVA 2IQGA 1QDMA 4KE1A 5P4MA 2J9JB 3QVCA 1KJGA 5P6WA 3ZOVA 4DJRA 4HE9A 3QP0A 1IZDA 2ER0E 1OD1A 4AUCA 5P0XA 5HDVA 1T7KA 3IAWA 5P8KA 4Y5GA 2QHYA 2SAMA 3AUPA 4PYVA 2I0DA 5AH6A 5P2UA 5P2KA 5OZ6A 1WBKA 1MPPA 1UH7A 2ZHRA 2NXLA 5P7QA 1FG8C 3OU4A 2QU3A 4DV9A 3NXEA 2P3CA 1MIQA 3S56A 4PHVA 5P35A 1NPWA 4OD9B 3KFSA 5OZOA 2HAHA 1UH8A 1SDUA 1MEUA 4NPUA 4OC6B 1HEGE 3SA8A 3CYXA 3NU5A 5P0YA 5P6BA 3OQKA 3IXJA 1MSNA 5OZWA 3OK9A 5P3SA 1XN2A 3VF3A 1SGZA 3OWNA 5P2MA 4GIDA 3SFCA 1SH9A 5OZPA 2QCIA 4ER4E 3NU3A 5OZXA 3PLLA 2J9JA 3QVIA 1W51A 4WY6A 4Y44A 2WF3A 1RNEA 3FNUA 2QZKA 4DVFA 3GI6A 4AA9A 5P7OA 3URLA 5P5DA 4XX3A 2WHHA 2WF1A 4XKXA 3NDWA 4WTUA 1IDBA 3PBDA 5P2GA 5P3DA 5P56A 3UQUA 5P7RA 4YA8A 2NMYA 1FG6C 1K6PA 1FEJC 4YDGA 1K6VA 4RCEA 5P0TA 5P6EA 4RCFA 3PSGA 5KOSA 4FGXA 4YOAA 4FRKA 1EPRE 5JFUA 1FQ6A 4QLHA 5OZ2A 4OD9A 2JYSA 1E80E 5P4HA 3KN0A 4I0IA 4LBTA 5P1VA 5P7FA 2VNNA 2R8NA 5P8UA 4OC6A 4GJDA 2G1RA 3VV6A 1AZ5A 2ZDZA 4Y3JA 3U71A 3FNSA 3KT2A 5HVPA 3EKWA 3INFA 2VA7A 2G1SA 5P1UA 3K4VC 1YX9A 2PSGA 1HVLA 2P8HA 5P83A 3PWRA 3BXSA 3ZKGA 3ZLQA 2NPHA 3WZ6A 3UQRA 1EC1A 4CPXA 3SA6A 1LF4A 3VF7A 5P49A 1XL5A 3DJKA 2G94A 3QRMA 2AVVA 3KDDA 5P8DA 5C9BA 4CMSA 1HVCA 4DJWA 4HDBA 3O9FA 1EC2A 5OZMA 1LF3A 3K5GA 5P0DA 4MC6A 4Y3YA 1GVXA 2V10C 3VF5A 5AGZA 3S54A 5P5JA 5P22A 5OYVA 5P2QA 4GYEA 5AH9A 5P6LA 1M43A 5UPJA 5P6IA 5P8FA 4EP3A 4MC9A 4M8YA 5ISKA 3TKWA 4Y6MA 3DOXA 4N00A 4NJUA 4EP2A 4LXMA 2FLEA 1BVGA 5P3WA 1FQ4A 2PH8A 4FM6A 2WJOA 3O9HA 3EKXA 3TL9A 2NNKA 3WZ7A 5P26A 3S43B 4LHHA 5I3XA 4PPHA 5P4ZA 5SY3A 1PROA 2BQVA 4WY1A 3O9EA 3UDKA 5C9FA 1IVQA 1MRWA 3L5EA 2QNPA 4Y5PA 2QI0A 1D4LA 2NXDA 5P8EA 4J0VA 1MVPA 2IDWA 1Z1HA 2Z4OA 5P5GA 4JP9A 3CKRA 5P7BA 5P0EA 1HHPA 2XFJA 4ZSMA 5P7WA 4Y3HA 4FL8A 4YD3A 5DGWA 2QK5A 4FRJA 4FSEA 5KQZA 2PYMA 1NPVA 2QI6A 3S7LA 1ZPAA 5OZ5A 4EXGA 2BPXA 3KF0A 2G1OA 3L59A 3SM2A 3HW1A 2OAHA 1A9MA 5P6AA 3SAAA 2R38A 3EKQA 8HVPA 3OQ7A 4NJSA 1FQXA 3TTPA 1SIVA 3OOZA 4EJKA 5P5YA 4IVTA 1MT9A 5P3KA 5P3NA 3S43A 3OUBA 5P3IA 3UTLA 3B7VA 4CPSA 1APTE 5P59A 1EPME 2PK6A 1FQ7A 3IGBA 1ODYA 4GJ5A 5P4PA 2B8VA 2ER7E 4Y3TA 3NR6A 3IN4A 1W6IA 5KR2A 4H3IA 2F3EA 4JPCA 1OEXA 5P1KA 5P01A 5P3PA 4FRSA 3C9XA 3G70A 2QHCA 5HE5A 2HPFA 5IVQA 1HVRA 5P0JA 1APWE 3BUGA 1AJXA 2RKFA 4GJBA 4RGHA 2WF4A 5P5UA 4APRE 4I0ZA 5E5KA 1LF2A 3EM4A 5P6XA 3LITA 5P2YA 5P8LA 1PPLE 2PSVA 5P1WA 3VLAA 5P6SA 4L1AB 2HB4A 1Z1RA 5P81A 5P8NA 4B72A 2HPEA 1G0VA 5HCTA 4D8CA 4D88A 3SACA 3ZKXA 1MSMA 4K9HA 2WL0A 5P70A 3HAUA 4CPUA 2QMPA 1BXOA 1W5XA 4RVJA 5P0UA 4TRYA 2I4QA 4Y53A 1HVHA 1YM2A 4X2LA 5P8PA 1AIDA 1EBYA 2P3AA 5P8QA 2AZCA 4Z50A 5P7YA 3G72A 3L3AA 3NWXA 5P2VA 1QS8A 3VYFA 5KQYA 5P57A 4E43A 5P2WA 3KDBA 2PYNA 3PWMA 2QNQA 3ZL7A 5OZSA 4LC7A 4ZSQA 5P8BA 4ZLSA 4J17A 3VYEA 1SGUA 1EEDP 1AJVA 3NSHA 2P3BB 1MUIA 2V11C 3O9LB 4L1AA 4EQJA 3KM4A 4Y39A 4A4QA 2VS2A 3FX5A 4HEGA 1N49A 1TZSA 4FRIA 1APVE 4H1EA 3UFNA 4DQBA 1ZJ7A 5P8SA 1FB7A 5OZUA 1SMRA 1DMPA 5P2HA 1XN3A 4Y57A 1FF0C 3DM6A 5P0MA 5P0QA 3JVYA 1LZQA 3CIBA 5OZ8A 3PRSA 2ASIA 5P2NA 1K1UA 3K5CA 4ZPFA 1TSUA 5P30A 5P6GA 3LIQA 5P2CA 2HB2A 2ER6E 3CYWA 3OXCA 5P4LA 5P0AA 2O4SA 1ME6A 2AVQA 5P44A 3PM4A 4Y4DA 4U7QA 3VV8A 4DPIA 4I12A 5P6FA 5P3BA 3R4BA 2FXDA 2FIVA 3CKPA 2BJUA 2VJ9A 5P6OA 2Z54A 4LAPA 4RCDA 3NWQA 4CP7A 3GI5A 1C6YA 2OHPA 2P3BA 3F9QA 4Y5LA 3O9LA 3EXOA 1YG9A 5P8MA 1SIPA 2ZYEA 5OZHA 5I3VA 4OBFA 3L5CA 3TPLA 3KFRA 2QI7A 4YCYA 5P5OA 1D4SA 5P6NA 5P66A 3RVIA 2QD7A 2UXZA 5P3EA 1B6JA 5I3WA 1EC0A 3TNEA 3L58A 4QJ6A 5P24A 5JG1A 4OBHA 2MIPA 1G2KA 1VIJA 5P3RA 1HEFE 4Q1XA 1ER8E 3LIZA 5DR4A 4K4QA 5P14A 3SA7A 5P4QA 2Q11A 5P4SA 1XL2A 3SPKA 3ZPTA 3OXXA 4YD7A 5J25A 5P6MA 5P0ZA 5P7CA 3SM1A 1OHRA 4I0EA 4K4PA 3CIDA 3EKTA 3GI0A 5OZDA 1WKRA 1HSGA 4Y4JA 5P2LA 5P4CA 4RLDA 5P1BA 2WEZA 5P64A 5I3YA 3KYRA 5KOQA 3EKPA 3L38A 5P60A 2VKMA 5IVRA 5P4KA 4RZ1A 2G21A 5OYWA 5P42A 4Y3EA 3RU1A 3NXNA 3Q70A 4ER1E 2QI5A 3UDHA 3T11A 3R2FA 5P7UA 3IVIA 2V12C 2Q15A 3FIVA 1FMXA 3OHHA 5HD0A 3K5FA 5P6HA 4JECA 1BBSA 5OYXA 5HU1A 1RQ9A 2A4FA 5P8OA 5P85A 2NTRA 2OHMA 3D3TA 3I6OA 5P2OA 4L7HA 3LIYA 2FGVA 1T7JA 1W5WA 1C6ZA 1K2BA 2QZLA 4KE0A 5P67A 2R5PA 5P68A 3SABA 4Y37A 1EPQE 2I4VA 4Y4EA 5OYZA 5DGUA 2F8GA 4DJXA 1PPME 3S2OA 5P1AA 1FIVA 4Y4UA 2NNPA 3VCMA 2HB3A 4Z22A 2F80A 3MXEA 2FDEA 5P2TA 5AHCA 1DP5A 4F76A 3OGQA 1VIKA 4J5JA 1PPKE 4L6BA 4TRWA 5P0WA 3SA9A 2QMFA 2I4DA 3VFBA 1BVEA 5ER2E 1ZAPA 1GNMA 5P5FA 2RKGA 3NDTA 3EL9A 2WECA 1AAQA 3EC0A 4FAEA 5P6UA 3ZPSA 4FIVA 3S7MA 2VIYA 2QP8A 1ODWA 1D4HA 2AODA 4J1IA 2HM1A 3D91A 1B5FB 5P5XA 2Q5KA 5P6JA 4FAFA 4J0PA 4EJ8A 2OHNA 3BVBA 1EBZA 5KR0A 1M0BA 4FE6A 5P0RA 4ER2E 3KT5A 1RV7A 5P27A 1LYBB 2B42A 1IVPA 5P0FA 5P3OA 4Y41A 1HRNA 5P2JA 4B1DA 1K6TA 3OXWA 5P5MA 4I8WA 1NH0A 2Q55A 5P7JA 3PCZA 5P18A 4EPJA 3O99A 1C6XA 3MSJA 3ZKMA 2VA6A 5P5KA 2G1NA 3HZCA 5OZ4A 3OQAA 2ZJLA 5P6VA 5P80A 2NMZA 2F81A 4Y3AA 5P7DA 3L5FA 4ZSRA 5OZZA 4F74A 2RMPA 4F75A 4AZYA 3LZVA 3KFNA 2J9KA 1HOSA 4Y3XA 3NDXA 4OBZB 2AOGA 1BXQA 3RTHA 5P3CA 3LIVA 5P5EA 3PLDA 1HPXA 1B5FA 1HPSA 1EBWA 4J0ZA 3DCKA 4CPQA 5OYSA 4LP9A 1B6MA 4XXSA 1KJFA 1LYBA 4HDPA 3URJA 2P4JA 5P8HA 5F00A 5P79A 5P50A 1AVFA 5P7KA 3BUHA 3GGAA 5HTZA 3K5DA 4EHCA 3TPRA 1HVSA 2XFKA 1B6PA 3UDNA 4DFGA 4YD6A 1FLHA 1BV7A 2QD6A 5ER1E 3U6AA 3WB4A 3JVWA 2AOFA 2AVSA 2AVOA 3ER3E 3Q5HA 5IS4A 3GGXA 2B7ZA 1FQ8A 4J54A 4B0QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y43 A;  1E82 E;  5P86 A;  3K1W A;  1A30 A;  3QRV A;  3OY4 A;  5P2X A;  5P4R A;  5P3Q A;  3T6I A;  5SXN A;  2R43 A;  3PCW A;  5P3T A;  5P47 A;  5P2A A;  5P0H A;  2QI4 A;  5P72 A;  5B18 A;  4Y54 A;  2B7F A;  4ZPG A;  5OZ7 A;  3PMY A;  5P3J A;  2V16 C;  4BEK A;  3LPI A;  3UPJ A;  3UDR A;  2QMG A;  3HLO A;  1LV1 A;  4NKK A;  1UH9 A;  4NJT A;  3CMS A;  3DV5 A;  5P0P A;  2XFI A;  1PSO E;  3QIH A;  1B6K A;  1ODX A;  3O9G A;  3ZKQ A;  4R93 A;  2R5Q A;  5P38 A;  2BKS A;  3D1Z A;  5P23 A;  1MET A;  1HPV A;  2AZ9 A;  2ZJH A;  5P1R A;  5P7T A;  3O9A A;  4NJV A;  3PEP A;  5DQC A;  4R92 A;  4Y51 A;  1IZH A;  1HIV A;  2IKU A;  5P7S A;  4FCO A;  2QZX A;  5P7M A;  1KJ4 A;  4Y5K A;  1JLD A;  3I2L A;  3ZMG A;  4S1G A;  1HTF A;  4KUP A;  5P6C A;  4Q1W A;  1MT7 A;  4YBF A;  5P61 A;  3ZPU A;  2QHZ A;  5P5Z A;  3WB5 A;  5DR7 A;  5P7L A;  5TOL A;  4YD4 A;  2O4L A;  5KQX A;  5P4T A;  4QJA A;  3INE A;  1D4I A;  2QU2 A;  2HC0 A;  4Y4Z A;  4FS4 A;  1MES A;  2EWY A;  2ZE1 A;  6APR E;  4NPT A;  3TOH A;  1BIL A;  4EYR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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