3KFRA

Hiv protease (pr) dimer with inhibitor tl-3 bound and fragment 1f1 in the outside/top of flap
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based screen against HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kfrA00
3N3IA 3RTMA 3PSUA 2FLEA 2IGYA 1FF0C 4A6BA 1HEGE 3SA8A 1HTRB 5TOLA 5P3ZA 4YD7A 4TRYA 3BGCA 1W5WA 2QZKA 4L1AA 4CPUA 5P3YA 5P3MA 5KOSA 3APRE 3CYXA 3KDDA 4HDBA 5P76A 2FIVA 4RVIA 2AZ8A 2B60A 5P2LA 2R8NA 4TVHA 5P63A 3NU5A 5P7ZA 3TNEA 2Q64A 3NDTA 4DQHA 4AA8A 3O9EA 4DJYA 5P52A 1YM2A 2QCIA 4Y44A 3ECGA 4EXHA 5P0OA 4R8YA 3K4VA 4FRSA 5P8NA 4U7VA 3FV3A 1RPIA 2ER0E 2IKOA 3TPPA 3PHVA 1APVE 3L5BA 2CEJA 5P1NA 4JP9A 2O40A 5JG1A 2Z4OA 5P5SA 2HPFA 3S8IA 5P1GA 3PWRA 1B5FB 3QRSA 1B6MA 1A30A 1LYBB 2NNPA 5OZXA 3UDPA 3UDRA 3SA3A 1HVJA 5P45A 2ZJMA 4J17A 1W5VA 4YCTA 5P29A 2F81A 3NU4A 2Q5KA 4EPJA 5P0AA 4Y5PA 5P0SA 5P5AA 1SMRA 4OBJA 5P1CA 2VA7A 5BS4A 4Y5EA 3KDBA 1HVRA 2FMBA 5P7PA 4Y56A 3O9LA 3BHEA 1SMEA 5DR1A 2QD7A 3MXEA 4UPJA 5P12A 1C6YA 2QZWA 1IZIA 4DQEA 5P6LA 5P6DA 4Q1YA 4B70A 4PYVA 3ZPSA 5DQ5A 3DUYA 3TTPA 4GJDA 4NJSA 4Y4WA 4ZLSA 5P7SA 5P6FA 2ZHUA 3QAAA 2ZHTA 4MC2A 1UPJA 3VEUA 2V16C 3UCBA 5P4DA 1FMUA 2I4XA 5HE5A 5P43A 3TPRA 4YOAA 1GVUA 3QS1A 4Y4XA 3NUJA 5P0BA 3PSGA 3JW2A 3FX5A 1GVXA 4Y5BA 4FLGA 5OZKA 3H5BA 3RVIA 2V12C 1YTJA 1FGCC 5P33A 1EPLE 1PSNA 4YDGA 1HPOA 2QHYA 4YD4A 4ZSQA 5P8VA 5P54A 4F74A 1FKNA 3KFSA 3L59A 3CMSA 4OC6B 5OZPA 1PPME 4LBTA 3G6ZA 4FAEA 1HXBA 4EYRA 2QP8A 3VF5A 2FDPA 1BDRA 3KFNA 2VIZA 3S53A 1Z1HA 1HSHA 1K6CA 3NWQA 5P01A 4M8YA 5P58A 3LNKA 4JECA 1XDHA 1YTHA 2R43A 4CPQA 4YDFA 3INDA 5P0DA 3EBZA 3S2OA 5P0IA 4KE0A 4PEPA 3OXWA 5P66A 3OY4A 5P5TA 4GJ8A 4RGHA 5HDXA 2G22A 3VSWA 4EQ0A 1K6VA 2FNSA 3FKTA 5PEPA 4D88A 5P7WA 2RMPA 3OU4A 2Q63A 5P6QA 5OZGA 5P6UA 4Y4UA 5P15A 5P73A 3SABA 4FS4A 5P0YA 5P2FA 1ZPAA 2PYNA 2ZE1A 4PHVA 5OZSA 3VFAA 3VYFA 2WF2A 5P8SA 4DV9A 2WF3A 5HE4A 5P6XA 2G1RA 3OK9A 4HA5A 3RU1A 5OYTA 3NLSA 2FXEA 4D89A 1META 1BV9A 5OZZA 5P2IA 3OQAA 5OZVA 2Q15A 5P42A 3IGBA 3SAAA 4RCDA 3U71A 4ZEAA 1MTRA 3GGUA 5E5JA 3O99A 5P1YA 1EBKC 3L3AA 5P7OA 2BPXA 3PWWA 1B6LA 5P4QA 1EEDP 1VIJA 4I0IA 5OZ0A 4AUCA 2UY0A 4F75A 5P08A 4HZTA 5P2YA 2I4WA 4DQCA 4HDFA 5I3WA 4Y43A 4R5NA 5F00A 3O9IA 5P4SA 4OBZA 4Y3LA 4B78A 1HPXA 1XE6A 1AIDA 2ANLA 4EP3A 2BQVA 2ER6E 3QBHA 2H6SA 1HVCA 3OTSA 1FQ4A 4Y57A 1EBWA 1G0VA 3RSVA 3D1XA 2J9KA 5P2SA 4I0ZA 5P2UA 3HZCA 3EKYA 5P3GA 4FE6A 4Y38A 3C9XA 3PBZA 4RCFA 2QI5A 4J0PA 1PSOE 4GMIA 3QPJA 3VYEA 4EQJA 2Q55A 3DV1A 4Y3HA 3Q4BA 5P2ZA 4B00A 3KA2A 4FM7A 2OHQA 5P3OA 1K6PA 1BV7A 4YHQA 1XL2A 1EPQE 3NU6A 3LZVA 2OHKA 1BVEA 1MSMA 1MIQA 4Y3GA 1U8GA 4OBKA 5DQ4A 5HDVA 5P0LA 1FFIC 4Y3RA 3GGAA 3BUGA 5OYRA 3TOFA 4DQBA 3ZMGA 3SA4A 5OZQA 5P5ZA 4TRWA 4ER2E 3F9QA 2ZJIA 4K4PA 4Y3PA 3ZKMA 1ZBGA 5P10A 5P5XA 4Y48A 5P1AA 5P87A 1AJXA 1HXWA 5P5OA 5P06A 5P6HA 2QU3A 4J0VA 4Y5NA 1B6KA 2F3KA 5OZ4A 1K1TA 5P5NA 2HC0A 5P3VA 1FLHA 3TKGA 5OZMA 3OHHA 3ZKNA 3O9AA 3N4LA 5P77A 3VG1A 1LS5A 2PSVA 1PROA 2BKSA 3SO9A 2PQZA 1FQ7A 3OADB 4B1EA 5P2QA 4A4QA 2PSGA 2ZJHA 1DP5A 1FQXA 4FRIA 4Z22A 3I7EA 1CMSA 2QMFA 3FNUA 4R93A 4GYEA 4B1DA 3OXXA 1HPVA 1WBKA 3PLDA 3AIDA 5P4WA 3O9CA 4GJ7A 5P4CA 1KZKA 4RYCA 3Q6YA 1EPME 1FIVA 5P5CA 4ZPEA 5P5MA 2QI6A 3LPKA 1ME6A 4RVXA 1PPKE 2NXMA 3OGPA 3ZOVA 5P7KA 5KAOA 5P8LA 5OYUA 5BWYA 5P2AA 1E80E 3QIHA 4J5JA 1W51A 3VLAA 5P71A 1D4LA 5P31A 3EKTA 1YTIA 4J0YA 4FCOA 2QD8A 3INFA 2NTRA 1EPNE 5OZ3A 5OZJA 3D91A 1F34A 2WECA 5DQCA 5UPJA 4WTUA 2V10C 4GJ9A 4ZSRA 2PC0A 2XFIA 1IBQA 4DQGA 5OZUA 3HW1A 1W6IA 1FB7A 4I0GA 2NNKA 4DPIA 3UQRA 3G70A 5P5IA 3I2LA 2V00A 2ZHRA 3IN4A 5P7HA 5P83A 3QVIA 4HEGA 5P70A 5OZYA 5P67A 3WZ7A 4HDPA 1DW6C 4Y51A 3SQFA 4Q1NA 5P1EA 5P3DA 3WB4A 4A6CA 4Y41A 3CKTA 3R4BA 5AH8A 5EZZA 4DJUA 1IDAA 4OD9B 3LPIA 1QS8A 3R0WA 1NPAA 3ZKXA 5P13A 2QHZA 1K2CA 2IL2A 3ZKIA 5P5VA 3L58A 2OHNA 4DJVA 3Q70A 5P4FA 1QBRA 2HS2A 5P1QA 2G94A 4ZE6A 3OQ7A 4Y3WA 4QJ9A 4I0DA 5OZCA 5P1LA 1ODWA 2NMYA 5OZ2A 1W6HA 3PLLA 1LF2A 2CENA 3SA6A 3S43B 3CICA 4HE9A 2FDEA 5P3LA 3EL0A 5ISJA 5P44A 5SY3A 1OD1A 1PFZA 3DV5A 3NUOA 5P6MA 4DUSA 5AGZA 1RNEA 3OU1A 3QRVA 5P0EA 3LPJA 1APUE 3GW5A 4Y3XA 3KMYA 3O9DA 1NPWA 4FRKA 5P8OA 1K6TA 5P1HA 1QBSA 5P7LA 3SPKA 3ZPUA 1E81E 5P65A 5P4PA 2V0ZC 4I12A 4CPSA 1BWAA 4U7QA 5I3XA 2P3DA 4YOBA 1MT9A 4FGXA 5P4GA 2WKZA 5P4BA 4AMTA 3NXEA 3TKWA 2OAHA 1MESA 2ER9E 4J0ZA 4EJKA 4MC1A 4Z2ZA 1XE5A 3PWMA 5DR7A 1M0BA 1BDQA 5OZ6A 4S1GA 1BAIA 5P4MA 1FQ8A 4AZYA 3K5GA 2G1YA 3OUCA 1D4IA 4RYGA 1CPIA 1LF4A 1D4HA 3BUHA 5COKA 4L7JA 5P84A 4Y6MA 5OZBA 5P4YA 3VFBA 4BFDA 5P82A 1C6XA 4KB9A 1LYWA 1F7AA 5P1MA 2J9JB 2WL0A 3K5FA 4YCYA 1T6GA 1IVPA 1EAGA 2AVSA 5P7TA 4H3FA 2O4PA 2WEDA 2QZLA 4K8SA 4Y3FA 5DQ1A 4Y4GA 5P3UA 1BIMA 5KQXA 2P3AA 5P19A 5KOQA 1GNNA 3EKWA 3HBOA 5IVTA 3K5CA 1W50A 5P49A 5P6JA 5IVQA 5DGUA 4DJXA 4Y50A 5P47A 2AOEA 5P1ZA 3Q3TA 2IGXA 3EXOA 1WKRA 4EJ8A 1MRXA 4NPUA 4EP2A 5P4IA 3UQUA 4Y3YA 2HS1A 4IVTA 1UH7A 3LZUA 3KN0A 3R0YA 4J1KA 5OZAA 4GZFA 4RCEA 2F3FA 3BVAA 3IXKA 1HEFE 1LYAB 3NWXA 5P5WA 2UPJA 4Z50A 1A94A 1Z8CA 1NSOA 1N49A 2PH8A 3CYWA 4RRNA 2JJIA 1HTGA 4EJDA 1EBYA 5P4NA 2BPYA 4CPTA 3LIQA 5P07A 5HDZA 5P0UA 4ACXA 2PWRA 4MC9A 3DOXA 2JYSA 3OAGB 5P1XA 5P4AA 3KFRA 1B6JA 3VCMA 1MT7A 2AVVA 3T11A 5HVPA 4Y3AA 3RSXA 3PMUA 5P4JA 4ZSMA 3ST5A 3OWNA 5P3NA 3DCKA 3T7QA 4I0HA 8HVPA 3UQPA 5P2JA 5SZ9A 3KM4A 4GJ6A 1DMPA 5P7DA 2V11C 5IVRA 3QI1A 5P7MA 5P11A 2G26A 4Y3DA 1MRWA 3PBDA 2AOHA 5AHBA 2AZ9A 3RTNA 3EKVA 1YX9A 3L5FA 4NJTA 1NH0A 1BXOA 1MPPA 2I4DA 3CKPA 5P4UA 4HLAA 3OOTA 1HVIA 1ER8E 5P3KA 5P69A 5P36A 5KQFA 3VF7A 4DFGA 1RL8A 1T7JA 5P8JA 2AODA 2QI7A 5P18A 2QD6A 3PI5A 4EHCA 4Y3ZA 5P79A 4FIVA 3U7SA 5P0HA 2R3WA 5P6YA 3O9HA 4ZPFA 1EC0A 3LIXA 5P5UA 5P32A 5P4EA 3QRMA 5FIVA 3D1YA 3HLOA 1QDMA 1D4KA 5P6CA 4I0EA 2IENA 2NXDA 3EL9A 5B18A 1AAQA 1TCXA 3IXOA 2PYMA 4I0FA 5AH6A 5P8MA 5I70A 1B11A 5P5HA 5P5KA 3K4VC 3EL5A 2RKGA 4IVSA 1LF3A 3UDYA 2QI1A 5P04A 2VNMA 3QP0A 3L5DA 3TH9A 2F8GA 1Q9PA 3OUDB 5P2VA 1SDTA 1B5FA 1LYBA 4GJAA 4XKXA 4DJRA 4Z4XA 1ZTZA 3NU9A 1MTBA 1C70A 4Y9WA 5P0MA 5JFUA 5HU0A 4Q1XA 2R9BA 3LINA 3RTHA 3D20A 5OYSA 2A1EA 5P1OA 2G1OA 1MEUA 1T3RA 5P4LA 2ASIA 1KJFA 4QJ7A 2QHCA 5E5KA 5OZRA 1GKTA 1K2BA 1BBSA 1MERA 5P2OA 4Y5CA 3IVHA 3GGVA 1AXAA 5P3QA 5OZFA 1SDVA 2ZHVA 4FM8A 2B42A 2RKFA 1B6PA 3TPJA 5COOA 5HD0A 5ER2E 3VV8A 2QI3A 5P0ZA 1BDLA 5P75A 1FQ6A 3OXCA 2G69A 5P1IA 2RENA 5P0VA 3NR6A 3S56A 4RZ1A 2HM1A 1XS7D 2ZJNA 5P0GA 4Q5MA 1MUIA 5P64A 2O4NA 4Y3QA 4ZSPA 2AIDA 2B8LA 2PWCA 3OTYA 5P7AA 5COPA 2O4LA 5P89A 2XFKA 5JFPA 5P7QA 3OU3A 4PZWA 4BFBA 4J1IA 1MVPA 4B77A 2ZJLA 4YD5A 2R38A 1TSUA 5P8AA 5P3JA 2ZHSA 5KQZA 4GJCA 3SFCA 5P53A 4Y37A 2FXDA 1T7KA 5BRYA 3NSHA 4QGIA 3FIVA 3OAGA 3O9FA 4OC6A 4H3IA 4YBIA 5P80A 2MIPA 3UDJA 2WEAA 4JPCA 4WY1A 3M9FA 5P0RA 2FGUA 5OYVA 3UDQA 5ER1E 2PMAA 3EM4A 3CIDA 2QNNA 1HHPA 2A4FA 4Y54A 3IAWA 5P55A 5I3YA 5P2KA 2VIEA 3LIZA 3IN3A 1EC2A 2APRA 2G24A 4Y5LA 5P1JA 3VYDA 4Y3TA 3BUFA 5JODA 4Y4TA 1TQFA 3WZ6A 1AM5A 4I0JA 5P2CA 4XX3A 5OZEA 4FAFA 1K1UA 2IKUA 4GIDA 1D4YA 1RQ9A 2SAMA 2JE4A 1FQ5A 5OYXA 5P35A 2VS2A 4CPXA 2PH6A 5P3PA 5AHCA 5P7XA 5P20A 1HIHA 3OHFA 7HVPA 4KE1A 3URLA 5P0CA 4GJBA 2CEMA 1BXQA 5DR3A 5P8RA 1C6ZA 1HVLA 3NXNA 4LHHA 4J55A 3UF3A 1UH9A 1HTEA 3VV6A 5T4SA 2HPEA 5OZ1A 2AZCA 5P4KA 4Y3MA 3TL9A 7UPJA 4QLHA 4I11A 3FNTA 5OZ7A 2G27A 2QZXA 5P3IA 5P4ZA 5HE7A 2OHTA 3EKPA 2IS0A 3S7MA 3LIVA 4PPHA 4ZPGA 1ZPKA 5P05A 4I8WA 3VLBA 3VSXA 3BC4A 5P7VA 1QRPE 3IXJA 5OZ5A 1KJ4A 3O9LB 2FNTA 2PK6A 5P6PA 4B1CA 1W5XA 3B7VA 5OZ9A 1ZSRA 1DAZC 3OUBA 3ZKSA 1A9MA 4K4RA 3APPA 5P25A 1TZSA 6FIVA 3PB5A 1YM4A 5P28A 4F73A 1SDUA 1QBTA 4EXGA 3MSKA 3NU3A 5P2EA 3A2OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3N3I A;  3RTM A;  3PSU A;  2FLE A;  2IGY A;  1FF0 C;  4A6B A;  1HEG E;  3SA8 A;  1HTR B;  5TOL A;  5P3Z A;  4YD7 A;  4TRY A;  3BGC A;  1W5W A;  2QZK A;  4L1A A;  4CPU A;  5P3Y A;  5P3M A;  5KOS A;  3APR E;  3CYX A;  3KDD A;  4HDB A;  5P76 A;  2FIV A;  4RVI A;  2AZ8 A;  2B60 A;  5P2L A;  2R8N A;  4TVH A;  5P63 A;  3NU5 A;  5P7Z A;  3TNE A;  2Q64 A;  3NDT A;  4DQH A;  4AA8 A;  3O9E A;  4DJY A;  5P52 A;  1YM2 A;  2QCI A;  4Y44 A;  3ECG A;  4EXH A;  5P0O A;  4R8Y A;  3K4V A;  4FRS A;  5P8N A;  4U7V A;  3FV3 A;  1RPI A;  2ER0 E;  2IKO A;  3TPP A;  3PHV A;  1APV E;  3L5B A;  2CEJ A;  5P1N A;  4JP9 A;  2O40 A;  5JG1 A;  2Z4O A;  5P5S A;  2HPF A;  3S8I A;  5P1G A;  3PWR A;  1B5F B;  3QRS A;  1B6M A;  1A30 A;  1LYB B;  2NNP A;  5OZX A;  3UDP A;  3UDR A;  3SA3 A;  1HVJ A;  5P45 A;  2ZJM A;  4J17 A;  1W5V A;  4YCT A;  5P29 A;  2F81 A;  3NU4 A;  2Q5K A;  4EPJ A;  5P0A A;  4Y5P A;  5P0S A;  5P5A A;  1SMR A;  4OBJ A;  5P1C A;  2VA7 A;  5BS4 A;  4Y5E A;  3KDB A;  1HVR A;  2FMB A;  5P7P A;  4Y56 A;  3O9L A;  3BHE A;  1SME A;  5DR1 A;  2QD7 A;  3MXE A;  4UPJ A;  5P12 A;  1C6Y A;  2QZW A;  1IZI A;  4DQE A;  5P6L A;  5P6D A;  4Q1Y A;  4B70 A;  4PYV A;  3ZPS A;  5DQ5 A;  3DUY A;  3TTP A;  4GJD A;  4NJS A;  4Y4W A;  4ZLS A;  5P7S A;  5P6F A;  2ZHU A;  3QAA A;  2ZHT A;  4MC2 A;  1UPJ A;  3VEU A;  2V16 C;  3UCB A;  5P4D A;  1FMU A;  2I4X A;  5HE5 A;  5P43 A;  3TPR A;  4YOA A;  1GVU A;  3QS1 A;  4Y4X A;  3NUJ A;  5P0B A;  3PSG A;  3JW2 A;  3FX5 A;  1GVX A;  4Y5B A;  4FLG A;  5OZK A;  3H5B A;  3RVI A;  2V12 C;  1YTJ A;  1FGC C;  5P33 A;  1EPL E;  1PSN A;  4YDG A;  1HPO A;  2QHY A;  4YD4 A;  4ZSQ A;  5P8V A;  5P54 A;  4F74 A;  1FKN A;  3KFS A;  3L59 A;  3CMS A;  4OC6 B;  5OZP A;  1PPM E;  4LBT A;  3G6Z A;  4FAE A;  1HXB A;  4EYR A;  2QP8 A;  3VF5 A;  2FDP A;  1BDR A;  3KFN A;  2VIZ A;  3S53 A;  1Z1H A;  1HSH A;  1K6C A;  3NWQ A;  5P01 A;  4M8Y A;  5P58 A;  3LNK A;  4JEC A;  1XDH A;  1YTH A;  2R43 A;  4CPQ A;  4YDF A;  3IND A;  5P0D A;  3EBZ A;  3S2O A;  5P0I A;  4KE0 A;  4PEP A;  3OXW A;  5P66 A;  3OY4 A; 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 2QMF A;  3FNU A;  4R93 A;  4GYE A;  4B1D A;  3OXX A;  1HPV A;  1WBK A;  3PLD A;  3AID A;  5P4W A;  3O9C A;  4GJ7 A;  5P4C A;  1KZK A;  4RYC A;  3Q6Y A;  1EPM E;  1FIV A;  5P5C A;  4ZPE A;  5P5M A;  2QI6 A;  3LPK A;  1ME6 A;  4RVX A;  1PPK E;  2NXM A;  3OGP A;  3ZOV A;  5P7K A;  5KAO A;  5P8L A;  5OYU A;  5BWY A;  5P2A A;  1E80 E;  3QIH A;  4J5J A;  1W51 A;  3VLA A;  5P71 A;  1D4L A;  5P31 A;  3EKT A;  1YTI A;  4J0Y A;  4FCO A;  2QD8 A;  3INF A;  2NTR A;  1EPN E;  5OZ3 A;  5OZJ A;  3D91 A;  1F34 A;  2WEC A;  5DQC A;  5UPJ A;  4WTU A;  2V10 C;  4GJ9 A;  4ZSR A;  2PC0 A;  2XFI A;  1IBQ A;  4DQG A;  5OZU A;  3HW1 A;  1W6I A;  1FB7 A;  4I0G A;  2NNK A;  4DPI A;  3UQR A;  3G70 A;  5P5I A;  3I2L A;  2V00 A;  2ZHR A;  3IN4 A;  5P7H A;  5P83 A;  3QVI A;  4HEG A;  5P70 A;  5OZY A;  5P67 A;  3WZ7 A;  4HDP A;  1DW6 C;  4Y51 A;  3SQF A;  4Q1N A;  5P1E A;  5P3D A;  3WB4 A;  4A6C A;  4Y41 A;  3CKT A;  3R4B A;  5AH8 A;  5EZZ A;  4DJU A;  1IDA A;  4OD9 B;  3LPI A;  1QS8 A;  3R0W A;  1NPA A;  3ZKX A;  5P13 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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