3KN0A

Structure of bace bound to sch708236
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Application of Fragment-Based NMR Screening, X-ray Crystallography, Structure-Based Design, and Focused Chemical Library Design to Identify Novel muM Leads for the Development of nM BACE-1 (beta-Site APP Cleaving Enzyme 1) Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 104
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kn0A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kn0A02
5P0YA 5P5BA 3S45A 1XE5A 5P6JA 3GI6A 2PC0A 3HDKA 5P6NA 2AZCA 1BDLA 5P35A 4I8ZA 3EM3A 5P5AA 3WB5A 5P6TA 3R4BA 1HVLA 5OYXA 4LHHA 5P7BA 3ER3E 1EBKC 5P22A 5P4YA 1QRPE 3QRMA 4J1HA 1CMSA 4R8YA 1FMUA 5P1PA 1YM4A 1CPIA 5P46A 5P3SA 1W6IA 2WEZA 2NXDA 5P16A 3UQRA 3U71A 2ER9E 5P56A 2J9JB 2RMPA 4ACUA 3EL0A 3DK1A 1IIQA 5P1FA 3OXWA 1HXBA 2ZGAA 2P8HA 5P71A 3SM2A 5P85A 3QP0A 5HTZA 3TTPA 4GJ9A 1HWRA 2I4WA 5AH6A 3EL9A 5P2NA 3G70A 3RVIA 1UH7A 4HDPA 2P4JA 5P23A 5P2SA 3UDRA 1K6CA 3KYRA 3D1ZA 5P8KA 2VA6A 2QD7A 5OZEA 5P5UA 4NJUA 2OF0A 4TVGA 5P3EA 4B78A 5SXNA 4J17A 4R95A 5P5TA 5OZ7A 1T7JA 2BPZA 1SP5A 1EAGA 1YTIA 1G0VA 1N49A 4Q1NA 4YD3A 3TL9A 3FSMA 5P68A 4U7VA 5P36A 3UF3A 4APEA 2R3TA 3CIBA 5P2WA 1LYBA 5C9FA 5P0FA 3FNTA 2Q15A 4YHQA 3L5EA 5P7ZA 2F80A 2QZXA 4DJPA 2JXRA 3FIVA 5P2KA 4Y6MA 5OZUA 5P8TA 4R93A 3ZOVA 2FMBA 5OZYA 3KA2A 2QI7A 3SA6A 4Y5MA 5P64A 3EKVA 2Q3KA 2QI6A 1B6MA 3DM6A 5P0ZA 3NU6A 4FRJA 5AGZA 2FGUA 5P7FA 5P58A 5P39A 3GI4A 2BKSA 3TKWA 2OHPA 3VFBA 4J55A 3MSKA 1ZTZA 4I0EA 2VS2A 1HEFE 2B60A 5KOQA 5P4FA 4EHCA 1AIDA 4YD7A 2PK5A 2FIVA 2G26A 5P7LA 1PFZA 5P60A 3INHA 3QBFA 4L1AB 1ZPAA 4QJ9A 4A6CA 5P4KA 5P8QA 4H3FA 1HTEA 4Y4ZA 5P43A 1PROA 4Y56A 2AZ9A 2QZLA 2P3BB 4L7GA 4Y3HA 1WBMA 5P1JA 3PMUA 3GW5A 5P6RA 2QCIA 5P87A 1SBGA 2AZBA 1ZSFA 1BWBA 2CENA 5P7MA 5DQ5A 3BGCA 6APRE 1FKNA 5P0IA 5FIVA 2NR6A 4DJVA 1K6TA 2G1NA 2WJOA 5P7JA 5JFPA 4TRZA 1IVPA 2IS0A 4EJ8A 4CMSA 3R0YA 3OUAA 5P1BA 1C6YA 3I2LA 3ZKMA 3VF3A 2WEBA 4I12A 5P4VA 2B8VA 4F76A 4Y4BA 4CPSA 3QROA 3T7PA 5P1LA 2UPJA 4YD5A 4Y4UA 5P7IA 3NWQA 2QI5A 4Y44A 1EPPE 2OHSA 1FMBA 1SMEA 5I70A 5P49A 5DR0A 4Y4GA 1QBSA 3UQWA 9HVPA 5P54A 4Y3NA 4J0ZA 5P3FA 1BIMA 1BILA 3VSWA 4EXHA 5P1TA 1D4KA 1M4HA 1NH0A 5P7GA 3K5GA 4OBKA 4YDFA 5P29A 5OZXA 5OZDA 3CKTA 1PSAA 3URLA 1NPVA 5P7YA 1HSHA 3TOHA 5P06A 3OHFA 1RL8A 5P6IA 5P2DA 2VKMA 5OZIA 3UDQA 3OU4A 3URIA 2FDPA 2H6TA 4DQGA 1OEXA 5OZ9A 4RYCA 1B6PA 4ER2E 4NPTA 5P0BA 4DQHA 3WSJA 2WEDA 3OADB 3HW1A 3T7XA 5P2TA 5P0PA 4WY1A 4LXMA 1A9MA 2R9BA 4RRSA 3L5BA 5P1HA 1GVTA 4EJDA 5APRE 2PH8A 3UDPA 4Z22A 5P6CA 1G35A 3R2FA 5P5CA 5B18A 4I0JA 5P5SA 1YTHA 4ZSQA 2Z54A 3TH9A 5P65A 2NXMA 2OHMA 3IVHA 5P0VA 5P4NA 2I4UA 5P81A 4MC2A 1HOSA 1IDBA 5P59A 3KFPA 3QN8A 2R3WA 4Q1WA 4Y3AA 5P0LA 3TNEA 3OXXA 4K4RA 3S43B 1LZQA 4H3GA 5P5FA 2IGXA 2NMZA 4TRYA 5P4LA 1B5FA 4D89A 3EKPA 1FQXA 5EZZA 5P6UA 3OY4A 2WF2A 5DGUA 3VCMA 4U8WA 3RTHA 4IVTA 2ZHUA 5P3NA 3I25A 2XFJA 2B8LA 3CICA 5P5XA 4N00A 5C9DA 3CKPA 5P7HA 3BGBA 4DUSA 5HDZA 2XYFA 4YBIA 3TLHA 2B7FA 3Q5HA 1G2KA 5P1CA 4CP7A 5P83A 4J1IA 2ZJMA 5P2UA 5P18A 5P7AA 3LZUA 4RLDA 5P7SA 5P7NA 1TW7A 1EC3A 1PSOE 3F9QA 3SPKA 4EWOA 4QGIA 1OEWA 3OUCA 5DPZA 5P4UA 4GJ6A 2JJIA 4L6BA 2G1SA 4OD9B 4FSEA 4Y38A 3L3AA 5HE5A 1GVUA 3NUOA 3S54A 5KR2A 3UDKA 2P3CA 3VV7A 3EKQA 4Y4EA 3D3TA 2QHYA 3IAWA 1ZSRA 5P2AA 5P5DA 4Y3GA 5P5KA 4B1DA 2CEMA 2R8NA 4Y3YA 2OHRA 5OZ8A 4LC7A 1LV1A 5OZ2A 1HIIA 5IE1A 5P0UA 3PRSA 1VIKA 4L7HA 3VYFA 3PSYA 5P5NA 3H5BA 4Y37A 3KT5A 4ZPEA 3GGVA 3OUBA 1QBRA 2QI0A 5P13A 3PWMA 3NSHA 5P5RA 5P3GA 3K4VC 4GJ7A 5ENKA 4FRSA 1T7KA 4Y3ZA 1U8GA 2NNPA 3O9EA 1GKTA 5P63A 1TSQA 2A1EA 5IVQA 5P7UA 3UFNA 5P8BA 5P5OA 1HTGA 1KJGA 1XE6A 3U6AA 5AHBA 5P50A 2I0AA 3QS1A 1ENTE 5P5YA 4DJXA 3GGUA 5HE7A 2I4VA 4OBZA 2WHHA 1AXAA 2HB3A 5P7OA 5P1ZA 4RVJA 2WEAA 3PJ6A 5P1KA 4DJYA 4EQ0A 3UDMA 4MC6A 5P80A 4I1CA 3OTYA 4Y3MA 3IGBA 4QJ8A 4ZSPA 5P2XA 5P7DA 2G27A 2HIZA 1T6GA 3GI5A 3O9FA 2ZHSA 4I0HA 5P6SA 4J0PA 5P5VA 1YT9A 4Y5AA 4PPHA 3LPJA 4ZPFA 1ZLFA 5OZHA 1QDMA 1PPME 1FQ8A 2BPYA 4Y3FA 3OAGB 1MIQA 4DJRA 1MERA 2PWRA 4FIVA 5DQ1A 4GZFA 5C9BA 4Y43A 2IKUA 4XX3A 4NJSA 5P0SA 5P5PA 3BXRA 4RRNA 5BWYA 5KQXA 1NPWA 4EJLA 5P3XA 1ME6A 4Y5NA 5IS4A 1HTRB 1FEJC 5P14A 2WF4A 3QAAA 1TZSA 1LEEA 3NDTA 4J0YA 3NXEA 5P7WA 3EM4A 2PMAA 2BJUA 3LINA 4PZXA 4HDFA 2F81A 1PPKE 1YX9A 5SZ9A 5P8UA 5HDXA 5P76A 1WBKA 5OZ1A 3UDNA 2QHZA 2QNPA 4KB9A 3OU1B 1K2BA 2VJ6A 5OYUA 3FNUA 4J0VA 2OHQA 4Y3XA 4ZPGA 4CPRA 2I4QA 2VJ7A 2HS2A 3DOXA 1E5OE 5P0WA 1FIVA 3QPJA 4Y9WA 5P01A 5HCTA 3S8IA 4EXGA 1BAIA 5P8HA 3IN3A 4GJ8A 4WY6A 5P8VA 5OZAA 4B05A 5P3IA 4B1CA 3LIZA 4DH6A 1HBVA 3D91A 3CMSA 5KR0A 1D4YA 5P1SA 2QU3A 1TSUA 5P82A 3L59A 3OUDB 4NPUA 4AA8A 2WF0A 2IL2A 2QZWA 2Q11A 4DI2A 5P7RA 3VYEA 3DUYA 2VA7A 1HVRA 2ER0E 5AHAA 3PM4A 4D8CA 5P3ZA 1SIPA 3QBHA 5P6DA 4J1FA 1XDHA 2AODA 4LXAA 4OC6A 2WF3A 1K1TA 2I4XA 1IBQA 5OZWA 4I0FA 5OZKA 4JPCA 3SKGA 1ZPKA 2IEOA 3SQFA 1ODXA 1W5WA 5P4AA 1F34A 3VUCA 5P2VA 4FGXA 3PBZA 4ZLSA 2HM1A 5P6HA 3BVBA 5P3OA 4DJWA 5P6AA 1HIHA 5P00A 1RQ9A 3R0WA 4PYVA 5KR8A 3ZLQA 1HSIA 5P33A 5P10A 5P0JA 1HVKA 1YM2A 4PEPA 4Q1YA 3EL4A 1SGZA 1LYAB 3OQAA 5OZFA 3PSUA 5EZXA 4B77A 2VA5A 2VNNA 5OZPA 1Q9PA 5HDVA 2ER6E 4B0QA 4GYEA 4U7QA 5P8FA 3SA5A 1HEGE 5P6EA 3URJA 2ZJKA 4B70A 5I3YA 4ZE6A 2G1YA 3RU1A 4HZTA 2APRA 5P2ZA 1HPOA 1ER8E 3QRSA 3OGQA 4DPIA 5DQ4A 5OYWA 3S85A 4OBFA 4B00A 2QU2A 2G1OA 1EBZA 4J0TA 4Z2ZA 2BKTA 5P3KA 5ISJA 5P4OA 5IVSA 3UQPA 3L5FA 5P89A 5DQ2A 3SFCA 1EC2A 3ZKXA 5P1DA 1OHRA 5P0HA 5P09A 3NDXA 4R91A 2G1RA 1IZIA 3O9IA 4HE9A 3DJKA 3DCKA 3BHEA 5P6MA 2AOHA 2BPWA 5P4TA 5P6YA 3WZ8A 5I3XA 3EKTA 2F3EA 3EKWA 3K1WA 4FM6A 2WF1A 2V00A 1IZHA 2Z4OA 3CKRA 3NLSA 3RSVA 1IDAA 3MSLA 3BRAA 5P84A 5P1EA 5P2EA 3NDUA 5ER1E 4E43A 1XN3A 4M8YA 3VEUA 5IVRA 1MRXA 4FLGA 4FAEA 1UH9A 4RROA 4Y4WA 3KDBA 5P8IA 5P8MA 3SACA 2PK6A 3WZ6A 3B7VA 5P69A 5P2RA 5JG1A 3FV3A 1ODWA 4Y3WA 5HVPA 1E81E 1BBSA 2OHUA 4EQJA 3NUJA 1W6HA 1AJXA 4RZ1A 4Y5CA 5P17A 5ENMA 5P0TA 3KFRA 3UTLA 5P37A 1HRNA 2PSUA 5P55A 4Y4XA 3K5DA 3Q3TA 5P8RA 3SA9A 3N4LA 5P3LA 5OYVA 5BS4A 5P61A 3S7LA 1DAZC 1EBYA 4H3JA 3KDDA 3NU9A 4H1EA 5P41A 2NPHA 4YE3A 3EC0A 3K4VA 1UPJA 3BUGA 4B72A 1MTBA 3TPPA 4RVIA 1BWAA 2WECA 1ZP8A 1GVWA 1A8KA 2AQUA 4OBGA 3G6ZA 1C70A 5P0CA 2FS4A 5I3WA 4OD9A 4AA9A 1KJ4A 4Y4JA 2QD6A 1K1UA 3ZKGA 3L58A 2AOJA 5OZ5A 4GMIA 4CPQA 3OTSA 4OBJA 3RTNA 3AUPA 5SY2A 2HB2A 2OHNA 2IENA 4CPUA 4XKXA 4FE6A 2QD8A 4RYGA 5P5JA 3SAAA 3O9DA 2AIDA 3VFAA 5P1RA 1FG8C 2J9KA 2QI3A 1M0BA 2O40A 5DR8A 2HAHA 5DR4A 4QLHA 2VIEA 4F75A 4Y4DA 4EJKA 5P3PA 2QI4A 1MRWA 2AVQA 2P3DA 1J71A 5P0KA 5OYSA 3VYDA 1DP5A 2PWCA 2V11C 4F74A 1M43A 3MSJA 1MT8A 1ZJ7A 2AOGA 5P4QA 5P3MA 1GVVA 4QJ7A 3PVKA 5P52A 3PCZA 5P4RA 4NJTA 5P2CA 4ER1E 5P24A 4A4QA 2NNKA 3UFLA 2VNMA 3G72A 1K6PA 3EXOA 4Y3EA 2EWYA 1YTJA 2HPEA 4ZIPA 1NSOA 1QS8A 4APRE 4YCTA 4GB2A 1HIVA 2VIZA 1MSMA 4GJ5A 5P19A 3SA7A 1W51A 5P51A 1FFFC 3SM1A 4JP9A 2AOCA 3MWSA 2UY0A 4Z50A 5P66A 3M9FA 1SDTA 2AVSA 2AZ8A 5P5LA 4FL8A 5P57A 4AUCA 1LYWA 1TCXA 3HZCA 3BVAA 5DR7A 3NU3A 3PWWA 1KJ7A 2P83A 5P8CA 3IXJA 4X2LA 3UHLA 5P4PA 2B7ZA 4FCOA 5CONA 5P3HA 4FRKA 4Y35A 5P4WA 5P0GA 3UCBA 3PBDA 4JOOA 5P5HA 1AM5A 4HDBA 5P6XA 1MTRA 1SMRA 7UPJA 2QNNA 5P40A 1RPIA 5F01A 5OYZA 3PMYA 3MXDA 2F8GA 2QMGA 5OZCA 1RV7A 5OZLA 3OXCA 2JE4A 1HPSA 5KR1A 3R1GB 4FM8A 4I0GA 3O9BA 2FNTA 1D4IA 2XFKA 1HVIA 5OZQA 4R5NA 6FIVA 3SABA 5P3AA 4Y5KA 1APWE 4I0DA 2B42A 1QBTA 5P3QA 5P8JA 2ZHTA 5HCOA 5P6PA 5P3UA 3OU4B 1Z1RA 1RNEA 2Q54A 4Y5EA 5P8GA 1D4JA 3TOFA 5P6FA 5P0XA 4I10A 1DIFA 6UPJA 1D4LA 3ZPTA 3EMYA 4YCKA 2UXZA 4KUPA 4QJ6A 5OYQA 1A94A 1PPLE 1APVE 5P79A 1T7IA 3SA3A 4S1GA 2J9JA 2F3KA 4FSLA 5P2BA 2BPVA 5P4DA 5P78A 3BXSA 3VLAA 3I7EA 5P0EA 5P8SA 2QZKA 2RKFA 1EPME 3JVYA 3LNKA 4XX4A 5OYRA 5P12A 5P3YA 3GGXA 3I8WA 4K4PA 5P74A 5P73A 1FF0C 3KFSA 4GJAA 1XL5A 1B5FB 5IVTA 1XL2A 5P0RA 3UDYA 2SAMA 1ODYA 4PHVA 4PZWA 5HD0A 4IVSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0Y A;  5P5B A;  3S45 A;  1XE5 A;  5P6J A;  3GI6 A;  2PC0 A;  3HDK A;  5P6N A;  2AZC A;  1BDL A;  5P35 A;  4I8Z A;  3EM3 A;  5P5A A;  3WB5 A;  5P6T A;  3R4B A;  1HVL A;  5OYX A;  4LHH A;  5P7B A;  3ER3 E;  1EBK C;  5P22 A;  5P4Y A;  1QRP E;  3QRM A;  4J1H A;  1CMS A;  4R8Y A;  1FMU A;  5P1P A;  1YM4 A;  1CPI A;  5P46 A;  5P3S A;  1W6I A;  2WEZ A;  2NXD A;  5P16 A;  3UQR A;  3U71 A;  2ER9 E;  5P56 A;  2J9J B;  2RMP A;  4ACU A;  3EL0 A;  3DK1 A;  1IIQ A;  5P1F A;  3OXW A;  1HXB A;  2ZGA A;  2P8H A;  5P71 A;  3SM2 A;  5P85 A;  3QP0 A;  5HTZ A;  3TTP A;  4GJ9 A;  1HWR A;  2I4W A;  5AH6 A;  3EL9 A;  5P2N A;  3G70 A;  3RVI A;  1UH7 A;  4HDP A;  2P4J A;  5P23 A;  5P2S A;  3UDR A;  1K6C A;  3KYR A;  3D1Z A;  5P8K A;  2VA6 A;  2QD7 A;  5OZE A;  5P5U A;  4NJU A;  2OF0 A;  4TVG A;  5P3E A;  4B78 A;  5SXN A;  4J17 A;  4R95 A;  5P5T A;  5OZ7 A;  1T7J A;  2BPZ A;  1SP5 A;  1EAG A;  1YTI A;  1G0V A;  1N49 A;  4Q1N A;  4YD3 A;  3TL9 A;  3FSM A;  5P68 A;  4U7V A;  5P36 A;  3UF3 A;  4APE A;  2R3T A;  3CIB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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