3KT2A

Crystal structure of n88d mutant hiv-1 protease
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGMTLNFPQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGMTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Resistance mechanism revealed by crystal structures of unliganded nelfinavir-resistant HIV-1 protease non-active site mutants N88D and N88S.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 46
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-11-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kt2A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kt2A02
4Y6MA 5P17A 3OWNA 5P3VA 1B6LA 1EC0A 3BC4A 3T7QA 3BGBA 5P67A 4DH6A 2ER0E 3K1WA 2H6TA 2I4VA 3G72A 5P47A 2Q64A 4CPXA 1GNOA 2V10C 3OXWA 3SACA 2QI1A 1FMBA 1HIHA 1Z1RA 5P6TA 2AOGA 2FNTA 5OZQA 5P5UA 5P7JA 5P1XA 1DAZC 5P6DA 3LIVA 3EL4A 3LHGA 3EL0A 5OZ3A 2AVSA 4ZE6A 1EPPE 4B72A 5OZ4A 3LZSA 3NLSA 4ZEAA 4YE3A 2BKSA 4Y3ZA 1XS7D 1HBVA 3K5CA 4TVGA 2QD7A 1EBZA 5P6BA 2F3KA 5P3WA 1K2CA 2Q5KA 4FSEA 5P5OA 5IVRA 1DP5A 4DQEA 2QHZA 5P68A 3DCRA 3O9EA 3KFNA 5P00A 3ZKGA 3SAAA 4GB2A 3QAAA 5T4SA 4CKUA 5OYRA 4FLGA 4L7GA 3K4VA 1B6MA 5P8FA 5P8AA 4OBJA 5P3HA 4XX3A 4OD9B 5DR3A 4F74A 1YTJA 5P02A 1HVIA 4AA9A 1A9MA 4Y3LA 5P44A 4I0EA 4Z50A 2ZJJA 3OK9A 4F75A 3OU3A 1DPJA 5P2ZA 2PSUA 3PSUA 1CPIA 2VIZA 3HLOA 3O9GA 3TOFA 4PZWA 2CEMA 4ZSRA 1HPVA 3PI0A 5P2SA 1CMSA 1LS5A 5JFPA 3QRMA 5APRE 5P4XA 1GVUA 3INDA 4Y4AA 5P7BA 5C9DA 5P23A 3UDKA 4NJUA 2R5PA 4OBFA 4Y3PA 4BFBA 3OU4A 3HAUA 1T3RA 4S1GA 1HEFE 2I4DA 3APRE 1G6LA 2R43A 4I8ZA 3WSJA 3INFA 2JJJA 5EZZA 4J1CA 4XX4A 2OHPA 5P4GA 1B6PA 2WF0A 2XYFA 3CKPA 2QZXA 2UY0A 4Y43A 3NR6A 3VSWA 4DJWA 1G2KA 5KQFA 3PLDA 5AH6A 1UH9A 5P89A 2BPWA 2R3TA 5AHBA 1IVPA 3BHEA 4Y4DA 3OXVA 4DV9A 1ZTZA 3I7EA 5P7MA 2HM1A 1C6XA 4PZXA 3DCKA 5P0WA 5P2JA 5P0AA 1EPQE 3Q3TA 3NUJA 1APWE 1B6JA 4DJPA 1HTRB 5P3LA 5IVQA 1IDBA 5DR0A 5P6XA 3VV6A 3ZKNA 2IDWA 4H1EA 3FNUA 1E82E 5P0JA 5P4YA 4B1EA 2B7FA 3KFSA 3KFPA 2XYEA 4Y45A 4J55A 6UPJA 2G22A 5COKA 4Y3WA 3OQDA 1FLHA 2WHHA 5P4OA 1NPAA 2B8VA 1ODYA 1YTGA 2BPXA 4J0VA 3OU4B 5P39A 4I0GA 1YTHA 4GJCA 5HVPA 5P2NA 2WEDA 1FF0C 4ZSMA 3HAWA 4YD5A 5P1WA 1HRNA 2AOIA 4Y3NA 3MXEA 3EKQA 5P8RA 4DUSA 1NSOA 1IIQA 5P2YA 5EZXA 5P0PA 1IZHA 3FNTA 4MC6A 1XN3A 5KR0A 2QD8A 5P4LA 1MRWA 3HD8A 1AAQA 4GJ9A 1UPJA 3K5FA 5KR8A 2G24A 5P5YA 5P5XA 1F7AA 1MEUA 4Y3SA 2RENA 5P05A 2HC0A 1KJFA 1D4KA 3AIDA 3OQFA 2QHYA 3DM6A 5P5SA 3RU1A 3WB4A 3DJKA 5P3NA 1GVVA 5P5BA 4J1KA 5P3OA 4U8WA 2FMBA 3PSYA 2J9KA 2HS2A 2ZJMA 2R38A 2V0ZC 1FB7A 5HDUA 2B7ZA 2PK6A 3OOTA 3NU4A 4JOOA 3KDDA 2Q54A 4ER4E 4Y3JA 1FG6C 2PMAA 3FKTA 5P1ZA 5P15A 5P42A 1C6ZA 3NDXA 4J0PA 4OBDA 3ER3E 3VV7A 2V00A 3BUGA 1GVXA 4Y5EA 3UTLA 1HIIA 3WB5A 3ECGA 4R8YA 4OBHA 1W5YA 5OZDA 4RRSA 5TOLA 5P0HA 5P32A 1LYAA 3LINA 5OZIA 2R9BA 3LZVA 1TZSA 5P1JA 1VIJA 3DK1A 2RKGA 4R92A 4RYGA 2Q55A 2F81A 3L5EA 1APTE 4YBIA 4FRJA 3OY4A 1Z1HA 2O4LA 3B80A 4HA5A 4K4RA 5P4AA 1E80E 5P8DA 5P0QA 5P3BA 3LIZA 3S54A 5OZBA 4Y4ZA 2QP8A 4Z22A 1EPLE 1QBRA 5P8IA 1XL5A 2G69A 4AMTA 2OHTA 3GGAA 4IVTA 2NTRA 4GJBA 4DJRA 4EJ8A 2AZ9A 3WZ6A 5P7AA 4AZYA 4Y35A 2QK5A 5SXNA 1FQXA 5P0TA 5P0VA 2G1NA 2I4WA 5P6FA 5OZCA 2WJOA 4YD6A 3CICA 3KF0A 4LHHA 4PYVA 5P1FA 4YBFA 2QI5A 1PPLE 5P7QA 2QI3A 2PK5A 1T7JA 3VEUA 4Y3TA 4EJKA 2VA6A 1HPSA 5OZNA 1META 4EYRA 2IL2A 5ER2E 1FQ5A 5P4DA 3AUPA 3ZKMA 1K1TA 4NJTA 5P25A 2WF4A 2QMDA 5P0KA 3S56A 1SMRA 5P4QA 1FMXA 1T7IA 3OUDA 4R91A 1ZPAA 4QLHA 4DVFA 5DQ1A 5AH9A 5P4MA 4HLAA 4Y47A 3IVIA 5P2FA 3ZKXA 3UQPA 5P59A 4FGXA 4A6BA 4KUPA 1SIPA 3EL1A 2WEAA 1PSAA 1LYAB 5P2UA 1FIVA 5P69A 5P4FA 4Y39A 2PYNA 2FDPA 5P3EA 2PYMA 5P36A 1GVWA 2P3AA 5P74A 4YD7A 5P5ZA 4APRE 5P81A 5OZYA 3KYRA 1SDUA 5P75A 1BWBA 2ZJNA 4JECA 5OYYA 4FAFA 3QS1A 5P62A 5P7UA 1SDVA 5P07A 5P0YA 1B5FA 4B70A 2Z54A 2FGUA 3Q5HA 1W6HA 4Y5NA 1HPXA 4Y5AA 3TKWA 3EC0A 4K8SA 2APRA 3L5DA 2B42A 1ZLFA 3TNEA 1W51A 1KJGA 2AOJA 4N00A 4BFDA 1Q9PA 3S53A 5P5VA 4M8YA 1SGUA 5P16A 1HVKA 2FGVA 4UPJA 1W5XA 3JVYA 1RV7A 5P48A 4EQ0A 4EP3A 3PMUA 1YG9A 4DQGA 4YOBA 3PVKA 3ZL7A 3F9QA 1KJ4A 3OTYA 1OEWA 3O9DA 4XXSA 4GYEA 4CPWA 1EPOE 4OC6A 2FDEA 3TPLA 3GI0A 3EBZA 2IQGA 1NH0A 5P2DA 3IXKA 1XDHA 3SA6A 5AGZA 4L7HA 2RKFA 3U71A 4CP7A 3OUDB 4HDFA 1TSQA 1MSNA 1IVQA 2VS2A 1HSHA 5C9FA 5DR7A 1J71A 4Y50A 5P4VA 5I3VA 5P0UA 4ER1E 1JLDA 5P7VA 5P5LA 4J1HA 1HIVA 3VF3A 1YTIA 4I12A 5P31A 3QIHA 5P7OA 1A8GA 5P26A 5P4HA 5P7CA 2F3EA 4Y3YA 3ZKIA 3OHHA 3VFAA 3CKRA 1WKRA 4L7JA 5IVTA 1DW6C 4DFGA 2PSVA 4JPEA 1NPWA 2O4SA 2QAKA 5P2QA 3L5BA 1ZPKA 2AVQA 5P8LA 5OYTA 3MSLA 3L3AA 5KQYA 1B5FB 4ZSPA 5P34A 1FQ4A 3I25A 2OHNA 4Y57A 5OZTA 2UPJA 3UHLA 3SABA 2FNSA 3A2OA 5HDXA 5P0CA 3MXDA 2Q3KA 4LL3A 4Y56A 5P2VA 2A4FA 1MPPA 1AXAA 1D4YA 5P41A 3UDMA 5ENMA 1K6PA 2JJIA 2AOHA 5P0MA 5P7GA 1EBKC 3TPRA 1BV7A 4KE1A 4J1EA 5P1VA 1M43A 5JG1A 3D3TA 3EKYA 5P4IA 6APRE 1LYWA 4K4QA 3EL5A 4ZLSA 2BPZA 4Y5MA 1MUIA 5P5JA 3RSVA 4FS4A 3R1GB 2G27A 4GJAA 4GZFA 5COOA 3DV1A 3O9IA 4OC6B 4RRNA 4RCFA 5P70A 5P52A 3EKXA 4HZTA 3OUBA 1M0BA 2IKOA 2Q11A 2BKTA 4WY6A 2IKUA 5P20A 2VNMA 3NWXA 5P5TA 5P51A 4GJ5A 3FSMA 4I0IA 3OAGA 3RVIA 4CPRA 2OHQA 2VJ7A 5P7PA 3GI6A 5P1MA 4RYCA 5P1EA 5P6AA 4YCYA 1RL8A 2ZHVA 2AVVA 5P56A 3T11A 5P2CA 5BS4A 5E5KA 5P40A 2OHSA 4Y5PA 3CKTA 4LBTA 4TRWA 4X2LA 1HVRA 1HVHA 5P3ZA 5P65A 5P03A 4GMIA 4CMSA 3GGVA 4OBZA 5P45A 3M9FA 3N4LA 5P5MA 4ACUA 2FXDA 4CPSA 3HZCA 3O9HA 4FSLA 1TCWA 4I8WA 4DQHA 2QD6A 5P2OA 5P0GA 3PLLA 3PMYA 4KB9A 4EJDA 2ZJHA 3VLBA 1HVSA 1D4JA 5SZ9A 1BAIA 2QI7A 4Y3RA 3O9AA 1T7KA 5P8HA 5P6EA 4HDBA 1OEXA 3LPJA 3NYGA 4YD4A 4ZPFA 4ACXA 5F01A 1LYWB 2PH6A 1APUE 1E5OE 5P0NA 2QNPA 3PSGA 5P8KA 3LPIA 4DJXA 4DQBA 5P7WA 5P14A 3OGPA 3INEA 4Y5BA 3OUAA 2F8GA 5P04A 3PM4A 4Y9WA 5P5PA 1XN2A 1GNMA 1FGCC 3H0BA 5OZOA 5ENKA 2NXMA 3NU6A 3O9LA 1K6CA 2IEOA 1SGZA 3PCZA 3KA2A 3WZ8A 5P4NA 3OAGB 1AJVA 5P5AA 4MC9A 5P2AA 5P66A 3QRSA 4I10A 3BXRA 1FQ6A 1BXQA 4EPJA 4K4PA 2V11C 4Y37A 4MC1A 3PEPA 4PHVA 4YCKA 2O4KA 5P63A 3EXOA 4LAPA 4GIDA 5P4JA 2VNNA 5OZVA 3LIXA 4Q5MA 3SPKA 5DGWA 5P8UA 5OYZA 2XFJA 3JW2A 1MSMA 3JVWA 3MSKA 5PEPA 5E5JA 5P80A 2I0DA 2QZWA 2I0AA 4I0HA 3OXCA 4FRKA 2ZE1A 3CIDA 5P3QA 3IXOA 5P18A 2VIEA 2ZJKA 3DV5A 1QRPE 3VF7A 5C9BA 1G35A 1AVFA 4OBZB 1HPOA 4M8XA 4B78A 5P0OA 3L5CA 5P11A 2AIDA 1MESA 3PGIA 1BXOA 3VCMA 4Y3HA 5ISJA 1IZEA 1C70A 1AZ5A 2QI4A 1QBSA 3QPJA 2PC0A 3PJ6A 2JXRA 1LF2A 3HVPA 3SA5A 4Z2ZA 1SMEA 1W5VA 4L1AA 2VKMA 2WF1A 2P3CA 3S7LA 2FIVA 3LNKA 1HXBA 2FS4A 5P1UA 1EC3A 1FMUA 3O9LB 1F34A 3TOGA 5HU0A 3ZPTA 2ZJLA 3CMSA 1HOSA 5P5QA 5P2WA 3SM2A 3SA4A 1U8GA 3NDTA 2AOFA 2V13A 5HE7A 3GI4A 4Y44A 5HCTA 5P4TA 4H3JA 3CYWA 2SAMA 1LF3A 3UDRA 3EM6A 3ER5E 4RCDA 2G20A 4Y3EA 1GNNA 3I6OA 5P6HA 3SM1A 3I2LA 3T3CA 5P8BA 4APEA 2ER6E 1OHRA 5P0ZA 1A94A 3S2OA 1YM2A 4QJ8A 4J1IA 1EBYA 1KJ7A 5P1DA 1RQ9A 3UQXA 1ZP8A 5P8PA 5DQ4A 4Y54A 5DGUA 3G70A 4Y5KA 3HW1A 2VJ9A 4FM7A 5ER1E 3NXNA 2WECA 2NNKA 1FFIC 3QBFA 2P3DA 1Z8CA 5P1RA 3RTMA 5P3DA 4I11A 4EJLA 4DPIA 2WEZA 1MRXA 1BDLA 3PCWA 3OOZA 1N49A 2WEBA 5P1TA 3NDWA 1D4HA 3IN3A 3APPA 5BWYA 1MTRA 5P7TA 3K5DA 3O9FA 5P4KA 4L1AB 4Y4WA 4U7QA 3NDUA 4DI2A 5P3XA 5IE1A 4Q1XA 1BIMA 3KN0A 3L5FA 1DMPA 3UCBA 3OUCA 2ER9E 4XKXA 3BXSA 5OZWA 3MWSA 3OQKA 4AA8A 4CPTA 4ER2E 1W5WA 5OZLA 4RCEA 5P6VA 1ENTE 5HDZA 2VIJA 1BDRA 1EEDP 7UPJA 3S7MA 2PWRA 4RVIA 5KOSA 4B1DA 5P3KA 3GGUA 4Y4EA 4RZ1A 4DJQA 3VYDA 2NR6A 1MT8A 2HB4A 4KE0A 2I4XA 3NSHA 1HXWA 4FRSA 1FG8C 1PPKE 3K5GA 3FIVA 2F80A 2G1RA 4IVSA 4I0ZA 2NPHA 2OF0A 5ISKA 5HTZA 2NXLA 5OZFA 3UDPA 5KOQA 5P1AA 4J17A 3VUCA 5P1PA 3IN4A 4J0TA 1AM5A 3QP0A 4Y53A 4Y4UA 4NPUA 5P33A 1EPME 4YDGA 1HSGA 4Y3MA 3SLZA 8HVPA 2G26A 2HPEA 5P6PA 3UDJA 5P28A 5P5EA 2AZBA 9HVPA 3UPJA 3VYFA 2QMPA 6FIVA 2MIPA 1UH7A 4FCOA 4EHCA 4WTUA 5OYVA 4Y38A 3HVGA 4EXHA 5IS4A 1SDTA 5OZKA 2O40A 4DQFA 5P2HA 5OZ0A 1PPME 2P8HA 5P3FA 3BUFA 3N3IA 5P3JA 3VYEA 3KT5A 2Q15A 2IGXA 2G1YA 5P79A 3D1ZA 5P0RA 3LPKA 3VLAA 3URIA 5OZ7A 5I3XA 3IA9A 4ZIPA 5P7ZA 3TLHA 5P1OA 3Q6YA 5CLMA 3ZOVA 1HVJA 2G94A 5P73A 3H5BA 1G0VA 2RSPA 2AOCA 3SO9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y6M A;  5P17 A;  3OWN A;  5P3V A;  1B6L A;  1EC0 A;  3BC4 A;  3T7Q A;  3BGB A;  5P67 A;  4DH6 A;  2ER0 E;  3K1W A;  2H6T A;  2I4V A;  3G72 A;  5P47 A;  2Q64 A;  4CPX A;  1GNO A;  2V10 C;  3OXW A;  3SAC A;  2QI1 A;  1FMB A;  1HIH A;  1Z1R A;  5P6T A;  2AOG A;  2FNT A;  5OZQ A;  5P5U A;  5P7J A;  5P1X A;  1DAZ C;  5P6D A;  3LIV A;  3EL4 A;  3LHG A;  3EL0 A;  5OZ3 A;  2AVS A;  4ZE6 A;  1EPP E;  4B72 A;  5OZ4 A;  3LZS A;  3NLS A;  4ZEA A;  4YE3 A;  2BKS A;  4Y3Z A;  1XS7 D;  1HBV A;  3K5C A;  4TVG A;  2QD7 A;  1EBZ A;  5P6B A;  2F3K A;  5P3W A;  1K2C A;  2Q5K A;  4FSE A;  5P5O A;  5IVR A;  1DP5 A;  4DQE A;  2QHZ A;  5P68 A;  3DCR A;  3O9E A;  3KFN A;  5P00 A;  3ZKG A;  3SAA A;  4GB2 A;  3QAA A;  5T4S A;  4CKU A;  5OYR A;  4FLG A;  4L7G A;  3K4V A;  1B6M A;  5P8F A;  5P8A A;  4OBJ A;  5P3H A;  4XX3 A;  4OD9 B;  5DR3 A;  4F74 A;  1YTJ A;  5P02 A;  1HVI A;  4AA9 A;  1A9M A;  4Y3L A;  5P44 A;  4I0E A;  4Z50 A;  2ZJJ A;  3OK9 A;  4F75 A;  3OU3 A;  1DPJ A;  5P2Z A;  2PSU A;  3PSU A;  1CPI A;  2VIZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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