3KT5A

Crystal structure of n88s mutant hiv-1 protease
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRSLLTQIGATLNFPQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRSLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Resistance mechanism revealed by crystal structures of unliganded nelfinavir-resistant HIV-1 protease non-active site mutants N88D and N88S.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Protease
total genus 43
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-11-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kt5A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kt5A02
4HLAA 5P7MA 4FRSA 3HAWA 3ECGA 3Q4BA 1EC2A 2FLEA 5ENKA 2I0AA 3UDYA 3OXXA 4Y3GA 3SABA 3SO9A 2V11C 3CIBA 4RCFA 5P12A 3RSXA 5P84A 3ER3E 5P5ZA 3NDUA 3KFSA 3OUBA 3NUJA 3TNEA 1DPJA 5P31A 2HM1A 1EPME 3ZKMA 4HDFA 2QNQA 3MSKA 4I0IA 5P7YA 1SBGA 5P2CA 3ZOVA 5P52A 4EXHA 5P2TA 4A6CA 1YG9A 5P0DA 3ER5E 1FLHA 5P4RA 1IBQA 4LXMA 5P2EA 1B6PA 3PCWA 3U7SA 5P61A 2NNKA 5P1KA 3I8WA 3EMYA 5P1NA 5P5AA 3R1GB 2JJIA 3O9HA 1FIVA 4GJ8A 1HXWA 1XDHA 5P6BA 1IZHA 4AA9A 5P3VA 3KFNA 5P05A 1BDQA 3DV1A 2ZHTA 1BWBA 4GZFA 4DH6A 5P7IA 4ZSQA 3OGQA 1HPSA 5P23A 2H6TA 4FRKA 4AZYA 1A9MA 2ER0E 3KDCA 3LPIA 5AHAA 2ZHVA 2OHSA 3VF3A 5P35A 4NJVA 4DFGA 4Y3ZA 3LZSA 4XKXA 3VEUA 2V0ZC 3LHGA 3BC4A 3URJA 1Z8CA 5OYZA 3MSLA 3IXJA 1SMEA 4N00A 5P30A 3SA6A 5P5TA 4LXAA 2NXDA 5P1BA 1TCXA 2VIYA 5P2XA 5P86A 3O9CA 4QGIA 5P54A 3UDNA 5CLMA 1TZSA 5HVPA 5EZZA 1AAQA 5P7XA 2R8NA 3O9LA 1GVUA 4I12A 3LIZA 4CPWA 4B77A 3PWWA 2VA6A 3PMUA 3QI1A 5IVTA 4LL3A 5P1UA 1Z1RA 3OQAA 1GNNA 1XE6A 1WKRA 4Y53A 1EBWA 5P1EA 2I4WA 4J55A 5P3WA 1HVSA 5P44A 1B6LA 4CPQA 3K5FA 4Y3JA 5P6PA 3AUPA 5P4OA 1OEWA 2NMZA 5I70A 5P7AA 3NXNA 5IS4A 5P50A 4ZSRA 2XYFA 9HVPA 2V12C 4X7IA 3GGVA 2RMPA 5P53A 2ZJJA 4FRJA 4L7JA 1QRPE 3QROA 1M0BA 3INHA 4HE9A 1BV9A 4DVFA 5COOA 4YD5A 3VLAA 1C6XA 1QDMA 2OF0A 2QD7A 5KQXA 4Y5KA 1IVQA 3T3CA 5P0CA 2HPEA 3VV8A 5P6NA 3TPRA 4F74A 3L5DA 5P0MA 5P3DA 3TLHA 3B80A 3ZPSA 6APRE 1G6LA 5AGZA 2OHUA 5HDZA 2MIPA 2PH6A 2PYMA 2AOJA 5FIVA 5P3BA 4FL8A 1K2CA 4L7GA 4LBTA 1FG8C 3UDRA 2I4XA 2UPJA 2WF1A 2QI7A 3DV5A 2Q5KA 5C9DA 4JPEA 1LS5A 4Y5GA 4PPHA 4LP9A 5P01A 5KOSA 2VIJA 5OZOA 4DQFA 3DCRA 2V10C 2FIVA 4I8WA 4FSLA 4J1HA 3MWSA 5P71A 5P5SA 5P5PA 2G24A 5HDXA 2IQGA 2J9JA 4YD7A 3D3TA 3KA2A 3D1YA 4Z2ZA 2BPWA 3QRSA 3SLZA 3A2OA 5P33A 5P18A 2AOIA 4I0FA 2QD8A 3OXVA 3OU3A 2G1NA 4FAFA 2QI4A 5OZVA 5P46A 4QLHA 1K6PA 1TCWA 4OBFA 5COKA 3O9GA 3KT2A 2P3BB 1ZSRA 1HVJA 2RSPA 5P5QA 2RKFA 3GGAA 5P0UA 1RL8A 3APPA 3O9BA 3OQKA 2Z54A 4GJCA 5PEPA 3S43B 5B18A 3F9QA 3BXRA 3OU4A 4Y5BA 5P2BA 2G94A 4CPTA 4HVPA 3TOGA 4B1DA 3R0YA 3EKPA 5P6HA 5P7EA 2UY0A 5P4TA 4FM6A 5P8IA 2QCIA 5P1LA 2IKOA 4H3GA 3SKGA 3FNSA 5P04A 3LIQA 4E43A 5P3OA 1T7KA 5P8GA 5SY2A 1EPLE 3UPJA 5I3WA 4ZIPA 5P73A 1YTIA 5OZ6A 3QP0A 4ZPEA 5JODA 5P3PA 4Y4EA 5HE5A 5OZAA 4RRSA 1HIHA 2B7ZA 4OBZB 5P28A 4RRNA 4ACXA 4J1EA 2BPXA 1PPLE 2VA7A 2APRA 5P3NA 2F3EA 4L7HA 4U8WA 5P2NA 4LHHA 5P00A 3SA4A 5P4UA 1T7JA 1TW7A 2QMGA 4GJ5A 3ZKNA 4YCYA 1DMPA 2JYSA 2ZE1A 2QU2A 5P89A 4Y3NA 3OUAA 4Y3LA 2P83A 5P64A 1EPQE 5OZNA 5P4AA 4Y39A 2QMFA 5P0FA 3KFRA 3IN3A 3PI0A 1LZQA 1HVRA 1PSAA 3OXCA 3PBDA 5COPA 1VIJA 2FMBA 4J5JA 5OYSA 5OZTA 3C9XA 4NJTA 4BEKA 2HS1A 3UQUA 5KQZA 4Y3HA 1HTEA 2QMPA 5P1QA 5P6FA 1BWAA 4CPXA 1XN3A 4OD9A 2NMYA 3WZ7A 4FSEA 4I0EA 3Q5HA 3K4VA 1SH9A 5P3MA 3IGBA 2AOEA 2FXDA 2VNMA 1TQFA 4DPFA 1UH9A 5P7FA 2IL2A 1EC1A 5P0VA 1EPRE 5P68A 5P70A 5OZRA 2AZ9A 5P0HA 4MC1A 2G1SA 4Y4DA 2QZXA 3GW5A 1MRXA 1FGCC 5P4LA 5DQCA 1APTE 5P8MA 2QI6A 3VSXA 3FX5A 2HB3A 5OZIA 4YOAA 4TRZA 2OHPA 2WECA 3VF5A 1SIVA 5P4FA 4GMIA 4FE6A 3BUGA 3ST5A 4RLDA 5DR7A 5P3CA 5P1MA 5P2IA 2ER9E 1BVGA 3UF3A 3L5EA 2JE4A 1G2KA 4AA8A 3HBOA 4DJYA 2J9KA 5E5JA 3G72A 5P34A 3IAWA 5ISKA 5IVSA 4RYCA 2I4DA 1BVEA 4Y4BA 4IVTA 4OC6B 2AOHA 3JW2A 1SDVA 3RTNA 5P0RA 3NYGA 1PPME 3DM6A 5HCTA 4KUPA 3OU1B 2A4FA 1XL2A 4WY6A 4QJ2A 2I4VA 4D85A 3BVBA 2O4PA 4R5NA 2I4UA 1EC0A 2OAHA 5P1PA 5P2DA 3VG1A 3ZPTA 3OK9A 3APRE 2QAKA 1CMSA 5P4CA 3KMYA 5P4PA 1BXQA 4YOBA 3TOHA 1FQ4A 5P4JA 1HVLA 2F81A 3GI4A 5DR0A 4YBFA 5P8KA 3ZKGA 5P4MA 4DQGA 4Y4ZA 5HE4A 4I0ZA 3QRVA 4Y3DA 3UCBA 3S8IA 1W6IA 2BQVA 4DV9A 2G20A 2WF2A 2Q64A 4FRIA 5P10A 3INEA 5P5IA 2FNSA 5OZZA 5P7LA 2QK5A 3SKFA 3OADA 1PFZA 4YCKA 5P29A 3HVPA 5AHBA 4Y3MA 3KDDA 5APRE 5P1IA 3D20A 4GJBA 2R38A 4K8SA 5P5LA 5P65A 2FDPA 4Q1WA 1LYBB 3SM1A 1E5OE 4FCOA 3TL9A 3EL5A 1IZIA 4A6BA 5OZ8A 5P09A 4Y5MA 3NDTA 4FIVA 5P6YA 4XX3A 1MTRA 4OBKA 1EPOE 5OZ0A 5DR4A 5P1WA 3PMYA 4Y38A 5P0PA 3S43A 3K1WA 3HLOA 1W5YA 2NNPA 3Q6YA 5P8UA 5I3XA 5P3YA 1NPWA 5P3JA 3NSHA 5P0NA 1LYWB 4OBGA 3QBHA 4YCTA 5P0WA 3OQFA 1HBVA 3BVAA 3URIA 5P8SA 7UPJA 1C6YA 5P4WA 5P3RA 5P4EA 2O4NA 3UHLA 1BIMA 1HRNA 1HSHA 2QNPA 4QJ8A 1SIPA 5OZ2A 3DOXA 4Y56A 5AH8A 5ER2E 5P4YA 3ZKIA 1BV7A 5P0IA 1G35A 1YTJA 4Y4TA 3RTHA 5OZJA 3Q3TA 4JECA 1EBYA 2V00A 3GI0A 3PEPA 5P2AA 3NU3A 3D1ZA 2F8GA 7HVPA 4Y3TA 5P6GA 5P3FA 3LIVA 4EP3A 4OBZA 5P1VA 4OBHA 2WF0A 5P37A 1OHRA 4FM7A 5P66A 3WSJA 3DJKA 5P5MA 4RGHA 1LF3A 5SXNA 4RCDA 2OHKA 5ENMA 5P4XA 3ZLQA 4EWOA 4HDBA 5P11A 4XXSA 3QBFA 3VV7A 3QVCA 5KR8A 1OD1A 5P14A 5P32A 5P88A 2ZDZA 4EJ8A 5F01A 1MRWA 5OZXA 2JJJA 3PSYA 3UDKA 1D4SA 5P3GA 1ENTE 4KE0A 3L5BA 8HVPA 4Y5LA 4F76A 1FF0C 5P7SA 2OHMA 4RVXA 1ZP8A 2B7FA 5P06A 1YX9A 3INDA 4ZPGA 3BRAA 2PWRA 3CYXA 5JFUA 1M43A 3JVWA 3KYRA 3FNTA 5DQ4A 5DR3A 3K5DA 5EZXA 2VIEA 4BELA 3KMXA 5JG1A 4M8YA 3EKQA 4B72A 4D83A 2B8VA 4FGXA 5DQ2A 3L5CA 4MC6A 4ER2E 3GGUA 3NDWA 3I7EA 5P8LA 4HZTA 3WZ6A 3IN4A 4DJVA 5HD0A 5P8CA 5P2QA 3RU1A 4DJPA 3MXEA 3HAUA 5P0OA 5P7HA 1HXBA 5TOLA 5CONA 3GI6A 2IENA 1B11A 1EPPE 4J0VA 5P5HA 2AODA 1PPKE 4Z22A 4RZ1A 5P8OA 1B5FA 1FQXA 2ZJMA 2QZKA 5P1XA 2F80A 3EL0A 3UDPA 3SA7A 2WF4A 5P8BA 2CEJA 1FMXA 2OHNA 1BDLA 3H5BA 5P69A 4J0PA 3FNUA 1G0VA 1ZTZA 4CPRA 1W5WA 3GI5A 1MSNA 3EC0A 4J0YA 4JPCA 4QJ7A 2R3WA 1MERA 4OC6A 4R93A 1F7AA 4PYVA 4PEPA 4R91A 2AOCA 3OU1A 1PROA 4R95A 5P51A 3NU6A 5AHCA 3R2FA 4LAPA 4YD6A 1HVHA 2FS4A 1YTGA 5P36A 2Q15A 2O40A 3MSJA 3ZMGA 3BHEA 1UH8A 3WZ8A 1TSQA 2FNTA 4I0DA 5P25A 3NDXA 4L6BA 2UXZA 5P8PA 2V16C 3PM4A 2VJ7A 3U6AA 3G6ZA 2XFIA 3HDKA 1QBSA 4Y4XA 5P77A 4U7QA 4Y4UA 3L58A 5KR0A 1W6HA 4X2LA 1EBZA 1U8GA 2AZCA 1NH0A 4RROA 5P27A 2ZJKA 5KQYA 2PH8A 4I0JA 3ZKSA 4APEA 5KOQA 5P4HA 5P72A 3OOZA 4GB2A 1RNEA 3OHHA 3NU5A 5DGUA 5P3KA 5P48A 1HTGA 5P74A 2BKTA 2F3KA 5P6EA 3SA3A 1HPXA 1LYAB 4EYRA 5P8JA 5HCOA 4YDGA 4B78A 3CIDA 4CMSA 2O4SA 3OWNA 1K2BA 4Q1XA 3BXSA 2IEOA 5IE1A 4TRYA 4DQHA 1K1UA 4GJAA 3CKPA 4K4PA 1ODWA 5ER1E 1D4HA 1C70A 5OYRA 4ACUA 4LXKA 3OTSA 5P2SA 4EJDA 4J1FA 1T6EX 5OZGA 1LYWA 3D91A 1FQ6A 3NLSA 5P8VA 1HEFE 1B6KA 1W5XA 2AOGA 3MXDA 1SP5A 5P8RA 1HIVA 3IXKA 5P20A 5P76A 5HU1A 4NJUA 5P17A 3EKVA 3L38A 1UPJA 2HB4A 5P1TA 3Q70A 3T7PA 4TRWA 4RVIA 2AZBA 5BRYA 3VFAA 5P2GA 4KB9A 3QS1A 2BJUA 3NWXA 4J0TA 5P02A 5J25A 5P78A 4DJOA 3KM4A 5T4SA 1EEDP 2AVMA 3PRSA 3TKWA 4HDPA 4Y3RA 1JLDA 5OZCA 3PB5A 3TPLA 5OZ7A 3TPJA 5P4VA 1HSIA 1LF2A 2BKSA 1HEGE 2HIZA 1SGZA 2HB2A 2JXRA 5OZ4A 5OZEA 3UDHA 5IVRA 4Y47A 1D4JA 1N49A 1ZPAA 5P6WA 5P1GA 2Q63A 5AH9A 3VSWA 2G26A 3EM3A 5P2OA 3O9FA 2O4KA 5P4QA 5OZYA 1E80E 1VIKA 5P8HA 3LIXA 4Z50A 1ZLFA 1W5VA 5P19A 4PZWA 4Y3XA 3O99A 3PHVA 3PSUA 2WF3A 3R0WA 2QHYA 1GVVA 1NPAA 4NKKA 3UQWA 2NR6A 1FQ5A 4ZLSA 5OYXA 1MPPA 5OZFA 3LPKA 4S1GA 2ZJLA 3K4VC 3O9LB 5P5RA 4Y3EA 1XN2A 5P3EA 3OOTA 4Y4WA 4J1KA 1HVCA 3LZUA 3S53A 1XS7D 4FS4A 5P81A 3EL4A 1D4IA 5HTZA 3SPKA 5OYTA 3DCKA 3PLLA 5P5KA 4FAEA 5P6CA 4CPUA 5BS4A 4L1AB 2B60A 5I3YA 4Y45A 4B05A 5P3XA 1W50A 3M9FA 1E81E 4CP7A 5OYQA 3TH9A 2P3CA 1ZSFA 1WBKA 5DPZA 3I6OA 3R4BA 4WY1A 3OAGB 5P7UA 3OHFA 3UQRA 2WL0A 1MTBA 5P67A 4DQCA 5P79A 2B8LA 4J54A 5KR1A 3SA8A 5P3IA 4B1EA 5P85A 1TSUA 2VS2A 3T6IA 2VNNA 5OZ9A 5P5VA 1KJHA 5P87A 3S56A 5HDUA 1HPVA 5P0SA 1RV7A 2WJOA 4Y44A 5P8NA 2RKGA 4J17A 1XL5A 1T6GA 5P22A 5P6LA 2Q11A 4CKUA 1BDRA 5P6IA 2OHTA 4F73A 5C9FA 5P5YA 4AUCA 5P5WA 1MT8A 1AVFA 2P3DA 5P2RA 5P24A 5P4IA 2NXMA 4B0QA 4TVHA 5P16A 5I3VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HLA A;  5P7M A;  4FRS A;  3HAW A;  3ECG A;  3Q4B A;  1EC2 A;  2FLE A;  5ENK A;  2I0A A;  3UDY A;  3OXX A;  4Y3G A;  3SAB A;  3SO9 A;  2V11 C;  3CIB A;  4RCF A;  5P12 A;  3RSX A;  5P84 A;  3ER3 E;  5P5Z A;  3NDU A;  3KFS A;  3OUB A;  3NUJ A;  3TNE A;  1DPJ A;  5P31 A;  2HM1 A;  1EPM E;  3ZKM A;  4HDF A;  2QNQ A;  3MSK A;  4I0I A;  5P7Y A;  1SBG A;  5P2C A;  3ZOV A;  5P52 A;  4EXH A;  5P2T A;  4A6C A;  1YG9 A;  5P0D A;  3ER5 E;  1FLH A;  5P4R A;  1IBQ A;  4LXM A;  5P2E A;  1B6P A;  3PCW A;  3U7S A;  5P61 A;  2NNK A;  5P1K A;  3I8W A;  3EMY A;  5P1N A;  5P5A A;  3R1G B;  2JJI A;  3O9H A;  1FIV A;  4GJ8 A;  1HXW A;  1XDH A;  5P6B A;  1IZH A;  4AA9 A;  5P3V A;  3KFN A;  5P05 A;  1BDQ A;  3DV1 A;  2ZHT A;  1BWB A;  4GZF A;  4DH6 A;  5P7I A;  4ZSQ A;  3OGQ A;  1HPS A;  5P23 A;  2H6T A;  4FRK A;  4AZY A;  1A9M A;  2ER0 E;  3KDC A;  3LPI A;  5AHA A;  2ZHV A;  2OHS A;  3VF3 A;  5P35 A;  4NJV A;  4DFG A;  4Y3Z A;  3LZS A;  4XKX A;  3VEU A;  2V0Z C;  3LHG A;  3BC4 A;  3URJ A;  1Z8C A;  5OYZ A;  3MSL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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