3L58A

Structure of bace bound to sch589432
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
395
structure length
395
Chain Sequence
EPGRRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of Cyclic Acylguanidines as Highly Potent and Selective beta-Site Amyloid Cleaving Enzyme (BACE) Inhibitors: Part I-Inhibitor Design and Validation
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 104
structure length 395
sequence length 395
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3l58A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3l58A02
1BBSA 1GVXA 5T4SA 3L5BA 3K5CA 5I3WA 4Y4BA 4Y3DA 5P47A 5P8HA 5P7AA 3QVCA 2ZE1A 1HIIA 2AOJA 3Q70A 5COKA 3EL5A 1QBTA 1YM4A 3DCKA 4AUCA 5P6CA 4XX3A 4Y39A 4PHVA 5P2ZA 2ZGAA 2HC0A 4KB9A 5P81A 3QVIA 4J1CA 2XFIA 5P0GA 5P3NA 3VF3A 1EBKC 3OQFA 4FIVA 2QI1A 5DQCA 1FMBA 4Z22A 2QMGA 4DH6A 1MSNA 3K5DA 1A8KA 4MC9A 5P6OA 1HXBA 5P6BA 4Z50A 4TRYA 5P4UA 5P78A 5P64A 1Q9PA 3DJKA 1YTIA 1GVWA 1ZSFA 4EQ0A 3QS1A 3OUBA 2ASIA 1W5YA 3OAGB 1HIVA 3TOGA 4ZPGA 4OC6B 5SZ9A 2BB9A 5P16A 3NWQA 2IDWA 1GNOA 2OHQA 5P3WA 1RL8A 2HPEA 3IN4A 5DPZA 5P1KA 1TZSA 3EXOA 2IKOA 3L5FA 4Y5NA 5P5KA 4DQFA 1EAGA 1XDHA 4TVHA 1E82E 4GJCA 1BDRA 4OBFA 5AH8A 4DVFA 4DQGA 5P2NA 3VYFA 3PMYA 3ZKGA 5P17A 4WY6A 1TCWA 1QDMA 5P72A 3LHGA 2BJUA 2Q64A 3PWMA 5I3XA 1ZPAA 3O9BA 2OHPA 1KJFA 3TKWA 1HTRB 1ZAPA 1EC3A 3OQKA 3DM6A 4B05A 2VJ7A 1IDAA 3OXXA 5P4WA 4Y57A 4XX4A 2OHNA 5P6IA 1B6JA 1HPOA 4I1CA 2XYEA 3KM4A 4I10A 4I8WA 4I0GA 5C9BA 5OZRA 2OF0A 4LXMA 5P4FA 2NR6A 3O9HA 5P8VA 4NJTA 5P1QA 1VIJA 4F74A 2PK5A 4LXAA 5P66A 1B11A 4NJUA 5P7RA 4ER4E 3Q4BA 2HAHA 5P4BA 1C6ZA 2QNQA 3URLA 2ZJLA 4HA5A 4GJAA 1SMEA 5P37A 5P8OA 2WKZA 2AZ8A 1K2BA 3IXKA 1KJ4A 5P4AA 2B8LA 5HDXA 4EXGA 1AM5A 3GI5A 3PI0A 5P5NA 5P4NA 5P7TA 3SA7A 3UDPA 5P30A 1EC0A 4LC7A 1MUIA 5P2LA 3UQUA 3SKGA 1C6XA 4YD4A 3O9GA 5DGUA 2PK6A 3BVBA 1XL5A 5P2SA 5P5QA 1OHRA 3OXCA 5OZAA 5AGZA 3EBZA 3SA6A 2FMBA 4OD9A 3IA9A 5P29A 4D83A 4ZSMA 5P4TA 4Y3EA 2AQUA 5ENKA 1DP5A 1HSIA 1HVSA 4TVGA 1PSAA 3HLOA 4FRSA 4DI2A 1FMUA 2G1OA 1AAQA 1B5FA 4UPJA 4COEA 1QS8A 2AZ9A 4Y43A 3CMSA 3FX5A 5P4PA 5P0AA 4YBIA 5P3JA 5P6HA 1YM2A 4Z2ZA 4F76A 4EJ8A 1LS5A 2FDPA 1OEXA 1FB7A 1PSOE 3OU1A 1ZTZA 3TLHA 4Y3JA 5OZDA 4Y3LA 5P7JA 4I0FA 5J25A 5P0BA 1BILA 5HTZA 3U71A 1FKNA 3OY4A 5FIVA 5P1JA 3ZPTA 1FF0C 2VKMA 3EMYA 3GI6A 4ZLSA 5P3LA 5P6VA 2G22A 5P86A 2QNPA 4I0IA 4Y5PA 1IVQA 1QRPE 3NDWA 1W5WA 5P1WA 7HVPA 5P6SA 4FSLA 4FLGA 1BV7A 2VIYA 3JVWA 2FNTA 5P1CA 5P6GA 1C70A 2IL2A 4Y53A 5APRE 1ODWA 5P7KA 5P5WA 3NU6A 2XFJA 4EP2A 5KQYA 5P36A 1LF4A 4RYCA 2NPHA 1LYAA 3B80A 5OZZA 4FRKA 4K4QA 4EYRA 5ER1E 4S1GA 4CPXA 3INFA 1EPNE 5P5YA 5P7CA 1IZHA 1HPXA 3NDUA 2HS1A 4IVSA 3QI1A 2WJOA 1LZQA 3INDA 3KMXA 2VIEA 2ER0E 3GGUA 5P7YA 2QNNA 4Y5KA 5P1NA 3NDTA 2O4NA 4PPHA 1BWAA 5P6YA 3OTYA 5P4CA 5P32A 4TRZA 3WZ7A 4YCYA 4DJOA 4GJ7A 4Y47A 2R43A 3BUGA 1FIVA 1FFFC 1MESA 2G69A 3L59A 5DGWA 1HPVA 3QRVA 3SO9A 4NJVA 1HVIA 4DJWA 3SA9A 5P69A 4CMSA 3ZOVA 1CMSA 2PWRA 1ZPKA 2PYNA 2G24A 1GNNA 3T7XA 3PHVA 1PPLE 2VIJA 3UDMA 3OAGA 4Y4TA 4Q1NA 5P6WA 5OZ3A 1UH7A 4OC6A 5OYSA 2R5PA 3I2LA 1ME6A 3ZMGA 3OUDA 3IAWA 1DW6C 1OEWA 5P0YA 1YT9A 3RVIA 5OZWA 3APRE 5OZLA 4PEPA 4DV9A 5F01A 4J0PA 2IKUA 4Y37A 4B77A 2WF1A 3OQDA 2G1RA 5C9FA 4Y3XA 3L3AA 4FGXA 5KR0A 5P6KA 3URJA 5P1PA 5P31A 5P11A 5OZ2A 1A94A 3R2FA 5P6UA 4R91A 3ZKQA 2VA5A 4Y3YA 4OBDA 3L38A 5P5PA 5CLMA 3RSVA 5P0TA 3TL9A 5P8RA 3NU3A 4Y4AA 3K4VC 2QK5A 5P5ZA 2IGYA 2VJ9A 3BGCA 1DMPA 4YD3A 1IDBA 3IN3A 2FS4A 3NWXA 3QRMA 3INEA 4GYEA 5P2OA 1UH8A 1M0BA 3HDKA 5P2RA 3HZCA 2CEJA 5P2AA 2Q11A 1JLDA 4B1CA 3NYGA 3VYDA 2WHHA 3EL9A 3GGAA 3LZVA 5P4ZA 5P7DA 2VS2A 4J1FA 5P1IA 1TSQA 3NLSA 4Y5BA 4HE9A 1B6PA 1C6YA 1ZP8A 3ECGA 1IZEA 5OZ0A 3H5BA 2NTRA 4D89A 5P2HA 2BPZA 4OBZB 3HD8A 4Y6MA 1MVPA 1W50A 4Q1YA 3S53A 1HTEA 5KQXA 5E5JA 1PFZA 4FSEA 4I0JA 1RV7A 1D4YA 2QZWA 3OXWA 1IZIA 5OYTA 4DUSA 3S7MA 3T7PA 4GJ6A 1HOSA 5P44A 3ER3E 3O9CA 3L5EA 3CKTA 4J1EA 8HVPA 4I0HA 4XKXA 3I7EA 2PQZA 5P4XA 4J0TA 2HIZA 3KDCA 2ZJJA 4GJ9A 3WB4A 4QJ6A 4ZEAA 1XS7D 4YDFA 1HIHA 5CONA 5P5UA 4EPJA 5P73A 1G6LA 4A4QA 3UDNA 5P58A 4JPCA 2P8HA 1HVLA 5P8TA 5P60A 2QD7A 5P3HA 5P1UA 4OBGA 5P7OA 3KFSA 5P53A 2QI5A 1ZLFA 1ER8E 5AH6A 3VCMA 5P5OA 5P2QA 4DQEA 4Y4JA 5P1EA 5P88A 5P0ZA 3IVIA 2QHZA 1A9MA 1U8GA 3PMUA 5BRYA 5P26A 1K6TA 4DJXA 1EPRE 1RNEA 3QN8A 3SA3A 2F80A 3TTPA 3BHEA 1HSHA 5P23A 5HDUA 4B72A 3UQRA 4ZSRA 5EZXA 2VJ6A 4XXSA 2G21A 1LYBB 3T7QA 2G1SA 4H1EA 4Y3HA 1HBVA 3NUOA 5P8NA 4Y5EA 2QU2A 3PCWA 5OZ9A 2ZHVA 1SIVA 5OZCA 3OGQA 4J1HA 3TPPA 5AHCA 3VLBA 2B60A 4CPQA 4HLAA 4Y3FA 5P10A 5P2YA 2ZJMA 1BXOA 5P1VA 1MT9A 3LINA 3AUPA 4FCOA 1LF2A 2QI6A 3EM6A 4LXKA 2VA7A 3NDXA 5P07A 3NU4A 1KJHA 4OBHA 4L7HA 5P1RA 5DR3A 1EPPE 1HRNA 5OZ4A 3SLZA 2FGUA 4DQHA 3KDDA 4EHCA 5P89A 3EL1A 5P1YA 2HB2A 1SDUA 5P5IA 3OHFA 3OTSA 5OZVA 2OHTA 2NNKA 2R3TA 5P05A 3S43A 4Y4XA 5P4VA 1HTFA 1RQ9A 2OAHA 3SAAA 2FIVA 2V10C 3VFBA 2G1YA 5P7EA 5DQ1A 4EJDA 2WEBA 1AZ5A 2NMZA 3OU3A 5P62A 2F3EA 3OU4B 5P34A 5P3MA 2AOGA 5P7VA 3UDKA 2QI0A 2F81A 5P3QA 2I4VA 5OZNA 5P2DA 1HVRA 4ZPFA 2MIPA 5OZ7A 4DJVA 5P2TA 3UDRA 4K8SA 5P4KA 2ZJKA 4RLDA 1Z8CA 1ZBGA 3BXRA 5OZPA 3UTLA 5HE5A 4Y3QA 4RCDA 5P7FA 3NR6A 1W6HA 2I4WA 1RPIA 5P5RA 1HXWA 5P3ZA 1D4SA 2ER9E 4RCFA 5P79A 1T3RA 2NXDA 3O99A 5OZOA 5P4MA 3TPRA 3PSUA 4Y3TA 2P3DA 5P2EA 5P84A 1MRXA 3TH9A 4BELA 5P7LA 4FM8A 1FQ5A 5P2UA 3O9EA 5KQFA 1BIMA 3VEUA 4JECA 2OHLA 4K9HA 4K4RA 5P5XA 5SXNA 4IVTA 3URIA 3LZUA 2Q15A 4QJ2A 5HDZA 4K4PA 5HE7A 4APEA 4PZXA 5P8IA 5AHBA 4RVJA 2PWCA 3SACA 1AVFA 5P59A 5IS4A 3CIBA 3UF3A 1BWBA 4F73A 5P5SA 1FQ7A 5P5MA 4Y3WA 5P6LA 3ZL7A 2ZHRA 5JFUA 4J54A 1LV1A 5P8CA 3FNTA 4YBFA 5P3RA 5P7QA 2QCIA 5P3YA 6UPJA 5P49A 2R5QA 2O4KA 3TOHA 3CICA 3UPJA 3N4LA 3ZPSA 3K1WA 4FM6A 1MT7A 5P41A 1FQ6A 1AJVA 4Y4UA 2PC0A 1HEFE 2BKTA 3N3IA 4I12A 5P0OA 2G20A 5P8MA 5P20A 2WF0A 5P5GA 4ZE6A 2R38A 4RZ1A 5P3BA 3NXEA 5P0UA 2JJIA 4U7VA 3BRAA 5P4SA 2R3WA 2AVQA 3D91A 5P3GA 4MC1A 2FXDA 4HDBA 1T7IA 2QHCA 1FFIC 3GW5A 4Y48A 5HE4A 5P6FA 1G2KA 5KR8A 4YHQA 5P1ZA 5P1HA 2UXZA 5HCOA 1YTHA 2B42A 2F3FA 4DPFA 5AH7A 3O9IA 3OOTA 5P38A 1W6IA 3BUHA 3UDYA 4GJBA 3G6ZA 3GGXA 4TRWA 5P0NA 4N00A 4JOOA 1KZKA 1EBZA 3VYEA 3BUFA 4EXHA 3UFLA 4FS4A 3UDQA 3S7LA 2I4DA 4FL8A 6APRE 2Q3KA 3ZKSA 4ACUA 1MEUA 1LYBA 3PSGA 3LIYA 5P5TA 3OADB 5P63A 4CPTA 3SM2A 2V11C 5P3DA 3OUCA 5KOSA 5P28A 2HPFA 3SFCA 2FDEA 5OZ1A 5HCTA 2QZXA 5P8JA 2VNNA 5P5FA 3TKGA 5P50A 5P0JA 3IXJA 3BVAA 3SPKA 3T6IA 3G70A 2BPYA 3EL4A 1SBGA 2NMYA 3LITA 2I0DA 3ZKMA 4Y4WA 2UY0A 3EKVA 3KDBA 3PBZA 3SABA 3FIVA 4QJAA 2VNMA 4YD6A 4Z4XA 5P51A 4Y3ZA 3PBDA 4YD5A 1EPLE 2I0AA 4Q5MA 4FRJA 3VSWA 1NH0A 5HU1A 3LPIA 5P4OA 3OGPA 3HVGA 5P87A 4CPRA 5P0EA 2HB3A 3UQPA 4Y3RA 3HW1A 2QD6A 3GI0A 4CKUA 4DFGA 4EJKA 5ISJA 1A8GA 1YX9A 5P7UA 1D4HA 5P4LA 5P8AA 4RRSA 1T7JA 2IEOA 3S8IA 5P6EA 5P3TA 4U8WA 2AOEA 2Q54A 1MERA 1HVJA 1BVGA 3EKPA 4PYVA 5OZ6A 5P25A 4HDFA 4ER2E 5P6TA 1MT8A 3UHLA 4RROA 4NJSA 5P24A 1GVTA 5AH9A 5P2IA 3PLLA 2OHKA 4JPEA 5P70A 3JW2A 3K5FA 1APWE 5DQ5A 2AOFA 3OHHA 5DR4A 1M43A 4H3GA 5SY3A 2PH6A 2AVOA 3Q6YA 4RVXA 5P7HA 1BV9A 5KQZA 2VIZA 5JFPA 3HAWA 5ENMA 2ZHTA 5P2FA 2B7ZA 3KFNA 5P5EA 3NUJA 4CPUA 1HSGA 2FGVA 5P2WA 1NPWA 4R92A 2HS2A 1QBRA 5P2MA 5HD0A 5P1MA 1D4JA 2BBBA 5P06A 3LPKA 3KFRA 4YOAA 3QRSA 5HDVA 1YG9A 2Q63A 3BXSA 2IQGA 5P03A 3C9XA 5P7WA 4X2LA 1BVEA 2J9KA 5IVQA 3CKRA 1ODXA 1FG6C 5P7BA 1K1UA 4Y56A 5P8PA 4LBTA 5P3SA 3GI4A 2HB4A 4Q1WA 5TOLA 5IE1A 4L1AB 4Y3MA 3S85A 4WTUA 2QZKA 2AOCA 3VF5A 5P83A 5P8FA 5P1LA 2UPJA 2BPVA 3PVKA 3U7SA 3L58A 3OUAA 1APUE 1DPJA 3PLDA 5P7IA 1EPOE 3LIZA 5OZMA 3MXDA 4HEGA 4RVIA 5P8GA 2SAMA 1KJ7A 4QJ9A 4RRNA 5P00A 5P4EA 3QROA 2R8NA 4GB2A 5P71A 1D4IA 5P8SA 5DQ2A 3D1XA 5JG1A 1MSMA 4HVPA 1EBYA 3PWRA 2WEAA 3RSXA 4I11A 5OZEA 5OYQA 5P6QA 5F00A 5P8UA 5PEPA 3ZKNA 5P3VA 2BQVA 5P7NA 3EKXA 2QMDA 5OYXA 2PSUA 1T6GA 4DJYA 5IVTA 1XN3A 5P14A 5P46A 5P5JA 1E81E 1K2CA 5P0VA 1NPVA 5P7XA 3EKQA 4ZIPA 4GJ8A 3KT5A 5P22A 4CPWA 2I4XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BBS A;  1GVX A;  5T4S A;  3L5B A;  3K5C A;  5I3W A;  4Y4B A;  4Y3D A;  5P47 A;  5P8H A;  5P7A A;  3QVC A;  2ZE1 A;  1HII A;  2AOJ A;  3Q70 A;  5COK A;  3EL5 A;  1QBT A;  1YM4 A;  3DCK A;  4AUC A;  5P6C A;  4XX3 A;  4Y39 A;  4PHV A;  5P2Z A;  2ZGA A;  2HC0 A;  4KB9 A;  5P81 A;  3QVI A;  4J1C A;  2XFI A;  5P0G A;  5P3N A;  3VF3 A;  1EBK C;  3OQF A;  4FIV A;  2QI1 A;  5DQC A;  1FMB A;  4Z22 A;  2QMG A;  4DH6 A;  1MSN A;  3K5D A;  1A8K A;  4MC9 A;  5P6O A;  1HXB A;  5P6B A;  4Z50 A;  4TRY A;  5P4U A;  5P78 A;  5P64 A;  1Q9P A;  3DJK A;  1YTI A;  1GVW A;  1ZSF A;  4EQ0 A;  3QS1 A;  3OUB A;  2ASI A;  1W5Y A;  3OAG B;  1HIV A;  3TOG A;  4ZPG A;  4OC6 B;  5SZ9 A;  2BB9 A;  5P16 A;  3NWQ A;  2IDW A;  1GNO A;  2OHQ A;  5P3W A;  1RL8 A;  2HPE A;  3IN4 A;  5DPZ A;  5P1K A;  1TZS A;  3EXO A;  2IKO A;  3L5F A;  4Y5N A;  5P5K A;  4DQF A;  1EAG A;  1XDH A;  4TVH A;  1E82 E;  4GJC A;  1BDR A;  4OBF A;  5AH8 A;  4DVF A;  4DQG A;  5P2N A;  3VYF A;  3PMY A;  3ZKG A;  5P17 A;  4WY6 A;  1TCW A;  1QDM A;  5P72 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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