3LPJA

Structure of bace bound to sch743641
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Piperazine sulfonamide BACE1 inhibitors: design, synthesis, and in vivo characterization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 108
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2010-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lpjA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lpjA02
5DR3A 5P7VA 3O9AA 3SACA 3C9XA 2WF3A 3PRSA 1W5VA 3S7LA 3VF7A 3HLOA 3HVGA 1JLDA 4LC7A 5OZ7A 1MT7A 4K4QA 3OHHA 3GGXA 4ACUA 5P0HA 3L59A 1T7KA 5OZ5A 5P67A 3PI0A 5P5OA 3PMUA 1PSAA 1KJGA 4ZPFA 3OGPA 3I2LA 4DQFA 2HS2A 4I8WA 3O99A 1OHRA 1YTIA 5P8QA 4RLDA 2I4QA 4CPWA 5P2OA 5P29A 3GI6A 2QI7A 3FNTA 1D4SA 3B80A 2NXMA 3K5DA 3FKTA 1FQ6A 5P8RA 3SA7A 1LEEA 2CEMA 4FRSA 3WZ7A 5P3YA 1EEDP 3L5CA 4Y3ZA 3BVBA 5P2QA 4DFGA 5P5IA 2FGUA 2AOGA 2P3BB 3OUDA 2QNPA 2P4JA 3FX5A 3DOXA 3EM3A 2QU2A 1QS8A 4S1GA 5P44A 3NDTA 4LXKA 2G1YA 5P6GA 4JPEA 4HA5A 5HU1A 5IVRA 2PWRA 4Q1YA 5P8JA 4B78A 4B72A 2WF2A 5P6EA 5P78A 4PHVA 4L7GA 1B6JA 1MT8A 3IGBA 5P7LA 1QBSA 5OZEA 5P1KA 1QBRA 4RCEA 4NJUA 3DK1A 4I1CA 3OUAA 4R5NA 3KDCA 3EL0A 4Y44A 3PWMA 5P3FA 5CLMA 5P3TA 1GVWA 5F01A 5OZAA 5P08A 2QHCA 5HDZA 4FAEA 5DGWA 3DV1A 1META 5P6HA 2IGXA 3SLZA 3BUHA 4FRJA 4JPCA 4OBKA 1LYBB 1A30A 2JE4A 5P3UA 5COOA 5P2TA 5P5GA 3L5FA 2G1SA 1ODWA 2R43A 1BDLA 4GIDA 5P1QA 1BAIA 3N3IA 4YD5A 4WY6A 1DIFA 5JFUA 1HVHA 5P79A 3ZKMA 4Y3DA 1SGUA 1APUE 2Z4OA 2AVQA 1SDVA 3PWRA 5P7EA 1HVKA 2QMDA 3PVKA 5P5KA 3PSGA 5P8EA 5P4DA 4CKUA 5P16A 5P2XA 3O9CA 5P6XA 5P1ZA 4RZ1A 4Z2ZA 3JVWA 5P88A 2ZGAA 5P5YA 4DJRA 4LXMA 5I3YA 5P23A 1Z1RA 5P7FA 5P4TA 4BFBA 2R38A 5P6UA 5P20A 4Y4AA 2ER0E 4Y50A 4ZSQA 4GJ7A 3O9HA 1ODXA 2XYEA 2J9JB 4OC6A 3IXKA 5P5HA 5T4SA 1HPOA 5P3PA 5P47A 2HPFA 4Q1XA 2VA5A 4Y3GA 4GMIA 2IGYA 3Q6YA 5P07A 1Z1HA 5P60A 5P7TA 1EPOE 1BWBA 5P04A 5P5XA 1BDRA 5P6TA 4R91A 2I4WA 1ME6A 2PSUA 2UPJA 2WKZA 5P8GA 3QRVA 4JOOA 1F34A 1OEWA 3EKYA 3O9IA 5P2VA 2MIPA 2Q54A 1FB7A 3SA4A 4ZSPA 5OZTA 5OYWA 5P1AA 5DR0A 2P83A 1NH0A 1W50A 3CKRA 2WEAA 5P31A 1RPIA 8HVPA 5P30A 5AHAA 2FLEA 2OHQA 3OXVA 3B7VA 1C6ZA 3SPKA 2HPEA 1YX9A 2I0DA 3RTHA 2WJOA 4APEA 2ZJNA 1ZSFA 4HDBA 2AVSA 5P0JA 2ZE1A 3R1GB 3NLSA 3PCWA 4ZE6A 3EBZA 3NU9A 5OZMA 3O9GA 5OZVA 5P6WA 4YOAA 5F00A 5P5LA 3SM1A 5P1MA 3KT5A 5P03A 1FQXA 3UPJA 2Q5KA 5P1CA 3L5EA 4Y3AA 1KJFA 3OUDB 5AH8A 5P3XA 1SH9A 1MRXA 3TTPA 5KQXA 4MC9A 3HAUA 5P5NA 4I12A 3ZMGA 1BILA 4EXHA 5P0YA 3WZ6A 3SKFA 5P6ZA 5P50A 1AJXA 1AM5A 1SDTA 1XN2A 5HD0A 4Y3QA 2R3TA 4BEKA 4CP7A 3APPA 3R0WA 1K6VA 3I7EA 3I6OA 5P7XA 3AUPA 1IDBA 5P2IA 3MSLA 5P3QA 1OD1A 4Y5MA 2QI5A 2RENA 1T7IA 4N00A 4RGHA 1TSUA 2O4PA 1C6XA 2R3WA 5P2RA 2SAMA 3LPJA 5HVPA 4J0PA 5P5PA 5OZ6A 3K5GA 4APRE 2QHZA 4QGIA 5ER2E 2AVMA 3AIDA 4Y53A 3LNKA 2O4LA 2NMZA 4D8CA 5P45A 3ZPUA 4FLGA 1HEFE 3OUCA 4J17A 3UDQA 5P3VA 1HTEA 4PPHA 5P00A 1W6IA 4TVHA 3EM4A 5P2NA 3ER5E 5P1IA 3BUGA 4Y37A 3EKPA 4GJAA 3PI5A 2XYFA 1HVRA 3TNEA 3S56A 1G6LA 3PLDA 3URJA 1LYWA 3LIYA 4OBZA 1E5OE 5P3LA 2WEDA 5C9BA 2HB4A 2QD8A 5KR0A 2NXLA 3DJKA 3KFNA 4OC6B 3QN8A 3APRE 3U6AA 1RL8A 4Y4BA 2HB2A 5OZ8A 2ER9E 2HIZA 2HAHA 3LIVA 4LXAA 5B18A 3KM4A 3S45A 2JJIA 1FQ5A 2I0AA 3FNSA 3NYGA 5HTZA 4GJ6A 1F7AA 4Y5EA 3MXEA 1SIPA 3VLAA 4NPTA 2VS2A 2Q64A 1EPPE 1M43A 4Y9WA 5P8NA 5P0DA 1D4JA 1MEUA 5P0RA 3EL9A 5ER1E 5OZOA 3EKTA 5P0QA 5P2JA 3SA6A 5OZCA 1FMXA 4HLAA 4RYGA 2IS0A 1YM2A 5P57A 5P68A 2B7FA 5P11A 2FDEA 4R93A 5P3IA 2QI6A 2HM1A 1UH9A 1EBKC 4RRSA 4Z50A 3PJ6A 5P5FA 1BWAA 2AOEA 2VKMA 4I0FA 4DJQA 1AIDA 5P6FA 1SMEA 5P4LA 2PSGA 2Q11A 5P85A 4FRIA 4RROA 3ZKNA 5OZPA 4Y3FA 4Y54A 2QI4A 4DJOA 2QNQA 5P0LA 4J54A 1G35A 1CPIA 4LL3A 5AHBA 1EC3A 2IEOA 3KFPA 4B0QA 5P8VA 4YCTA 4FGXA 3ZPSA 2QMPA 2R5QA 3NUJA 5P7YA 5P5JA 3UCBA 5P71A 3OTYA 1DAZC 4Y41A 3BXRA 3CKTA 4YCKA 4A6BA 4U8WA 3S43A 5P7JA 5P8AA 1EPLE 5DQ5A 5IVQA 3SQFA 3NU3A 1FQ7A 1EAGA 3PBZA 4WTUA 2ZHUA 5P2FA 3NWQA 5P5AA 2QHYA 4Y5PA 2QZXA 4QJ2A 4GB2A 1BVGA 3KMXA 5P12A 1EBZA 1EPNE 3A2OA 3QS1A 5P5ZA 5OZ4A 2AZCA 2WHHA 4DQGA 2G27A 5P6KA 5DR1A 5P2BA 5P80A 2Z54A 2B8LA 5P2DA 3SKGA 5P75A 4DJUA 2F80A 4DPFA 5OZBA 1VIKA 3UQRA 5P4PA 5P59A 4Y4GA 5OZDA 5P5CA 3VSWA 2RSPA 4EXGA 3SM2A 1IDAA 3NUOA 3OOTA 1HXBA 4H3GA 1RNEA 1D4HA 5P1RA 5P3SA 4Y6MA 5P6IA 4Y5LA 3QRSA 1QRPE 4U7QA 3BRAA 4COEA 5OZZA 2VNMA 1HVCA 1W5YA 5HE5A 3EL5A 5P58A 3MSJA 4EJDA 2F3EA 2G94A 3RSXA 5P6BA 3UHLA 2PYMA 4Y4ZA 4B1EA 4JECA 1LYWB 4Y38A 2NNPA 3KN0A 4OBFA 4OBZB 5P3NA 3RVIA 5P15A 1BXQA 5P3DA 3OQDA 4J1EA 1ZLFA 2EWYA 3FSMA 1EBWA 4L6BA 4DJYA 9HVPA 1IZDA 5P7WA 4K4RA 2BPWA 4D89A 5P4IA 3CIBA 2Q3KA 4FS4A 4QJ9A 1AAQA 5OYXA 1QBTA 1PSNA 2OF0A 1EBYA 1PPME 4Y5NA 4AA9A 5OYQA 5P8LA 1EC2A 2BQVA 4RCDA 5J25A 5P87A 4I11A 5I3XA 4I8ZA 5P7AA 3MXDA 3FV3A 4KE1A 1XDHA 2G1OA 1FQ4A 1KJ7A 5P2LA 1W6HA 2QMGA 2WEZA 3KA2A 5P56A 7UPJA 5ISKA 4YBFA 2VIZA 4Y4EA 4A6CA 1TQFA 2ZHVA 3BC4A 1SMRA 2VIJA 1YT9A 4HZTA 4E43A 1GNOA 3RTMA 1FGCC 3ZLQA 2O4NA 5P8BA 5FIVA 5P0FA 5P1VA 3INFA 1DP5A 3UTLA 2H6SA 3QPJA 3ZKSA 3EM6A 5DR7A 4CPSA 4R95A 3T7PA 4Y5BA 3SO9A 1IZHA 1D4IA 5P8UA 3S7MA 5OZUA 4J1KA 4Y3JA 2ZJKA 5P4FA 3WB5A 1J71A 3CYWA 3UF3A 4FM8A 5E5JA 2OHKA 3S43B 1DMPA 3GI4A 5P0EA 3CKPA 3EKWA 3INDA 5P8PA 2P3CA 3BHEA 4NJTA 3KFRA 5P1DA 5KR1A 5P35A 5IE1A 1LF3A 2JYSA 2APRA 5P4NA 4HEGA 5DPZA 1SP5A 2NPHA 5P84A 1MESA 4PEPA 4XX3A 5DQ4A 3CICA 1HWRA 4M8YA 4AMTA 1GVTA 3PWWA 3K5CA 3LPKA 3WZ8A 5P24A 2G24A 5P6CA 2I1AA 1A8KA 5P7KA 1D4LA 1E80E 5P28A 5P22A 3HAWA 1W5XA 4ZPGA 2IKUA 3LITA 5P6LA 3ZOVA 5P1WA 1FMBA 5P4AA 5C9FA 1ZJ7A 5OZ0A 1K6CA 4D88A 5P42A 5OZQA 5ENKA 4F75A 3VFAA 3CYXA 2OHUA 4FSLA 2FGVA 4YD3A 5DQ2A 2HS1A 2QMFA 3SA5A 3DUYA 5P6AA 3S54A 2JJJA 3KYRA 3MWSA 5P63A 4I0IA 4ZSMA 5P7CA 2B7ZA 2G1RA 2FNTA 2PH6A 2QI0A 1W5WA 4Z4XA 1MT9A 3VCMA 5SXNA 1BDQA 1ZBGA 5OZRA 1TZSA 2QI1A 3D91A 2QD6A 5P5WA 4Y5KA 2BB9A 4Y47A 3Q70A 5HE7A 3TKGA 2G21A 1A94A 3SA8A 1K1UA 5P2GA 4CPRA 2FXDA 3L5DA 5P4VA 1MPPA 4QJAA 4FSEA 2I4DA 5P1BA 1TW7A 4Z22A 5P6PA 4CMSA 2RMPA 5P8TA 1NPAA 2XFJA 3O9BA 2WECA 5P3GA 4B00A 1ODYA 3Q5HA 3LZYA 3LZSA 5HCOA 4Y4UA 4Y5CA 3QIHA 3RSVA 5P4KA 2PK5A 3NDWA 2AOCA 4ZSRA 1K1TA 1K6PA 2PYNA 3EKVA 1YM4A 4J0YA 3Q3TA 2CEJA 4I0ZA 2V11C 2UY0A 4WY1A 4Y3TA 4H3JA 5P0GA 5P66A 1FMUA 4FCOA 4Y4DA 3GGVA 5P0SA 2F3FA 5P4CA 5P5SA 4ZLSA 4Y3RA 2B60A 3TOHA 1T3RA 1HPSA 2PWCA 4Y3XA 3T7QA 4FE6A 5P0TA 4FM7A 3BXSA 3G72A 4GJDA 5COKA 4UPJA 2JXRA 1MTBA 3S2OA 3UDJA 4K4PA 2QCIA 4FM6A 2ANLA 1EPQE 5P54A 1HHPA 1APTE 4YCYA 2PC0A 4DJXA 2VJ6A 4Q5MA 5KQZA 1CMSA 2XFIA 5OYSA 5I3WA 5P33A 5P4WA 3T7XA 1FFFC 5AGZA 2P8HA 2IDWA 2R9BA 1EPRE 3PBDA 4J0VA 1M4HA 2VA6A 1HBVA 4LP9A 5P1UA 1RV7A 1MERA 1Q9PA 1VIJA 5P2SA 4XX4A 5P36A 1DPJA 3ECGA 1NSOA 2ZHTA 1HVLA 5P0PA 4H3IA 4GJCA 2BPVA 3PCZA 1HEGE 4FRKA 3GI0A 2OHRA 5P7PA 3UFNA 3IN4A 2WEBA 5AH7A 4Y48A 3NDUA 4J55A 5P1OA 5P2KA 4B05A 2J9KA 3K4VA 5P6QA 5P26A 5IS4A 5DQCA 2QZKA 3QVCA 5OZ1A 2BKTA 1NPWA 3TLHA 1GNMA 5P5UA 5P43A 2F3KA 5P8KA 3PMYA 5P3JA 5P6DA 1ZPKA 3IVIA 4EP2A 3BVAA 3G6ZA 3UDMA 5P2AA 5SY3A 5P72A 5P3CA 1HSHA 5P13A 1XL2A 4A4QA 3EKQA 5AHCA 2WF0A 2FNSA 2B42A 1FG8C 3NXNA 5P01A 4LBTA 4Y51A 5P38A 4ACXA 4MC6A 3LIQA 4B70A 1PROA 2QK5A 2IENA 5HDVA 5P1YA 3SFCA 5OYYA 3BGCA 3PB5A 3RU1A 3VV8A 1A8GA 3R0YA 3T3CA 5P0XA 5P34A 4XXSA 3UDYA 3QRMA 4EHCA 5P4YA 5P3BA 2PQZA 3GGUA 3NU4A 5P3RA 1GKTA 5IVSA 3JW2A 4DVFA 5P6JA 4Y58A 3TOGA 5P05A 3EXOA 4L1AA 5OZKA 3NSHA 5P6RA 5P52A 5P3MA 3UDRA 5BRYA 3PGIA 1B6PA 5KR8A 4OBDA 1C70A 5KR2A 1E81E 2OHSA 4QJ7A 3O9LA 4FL8A 1MTRA 5P2WA 4HVPA 3K4VC 5P4QA 3VG1A 5P7GA 3VLBA 4GJ9A 1ZTZA 2G69A 5P5BA 1IBQA 4CPQA 1ER8E 4I0GA 3NWXA 4NJSA 3O9EA 3K5FA 2PSVA 5DQ1A 5P0ZA 3NR6A 3OK9A 4DQCA 4DJWA 1TCXA 3VYFA 4Q1WA 3S85A 2R8NA 5P65A 1FLHA 3LHGA 1HRNA 5P3WA 3OXWA 5P1NA 2FXEA 1AVFA 4GJ8A 2ZJMA 4YDFA 3VFBA 4ER1E 5P62A 5DGUA 1YTGA 2UXZA 5P4XA 4EWOA 1HSGA 3D1XA 5P3OA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DR3 A;  5P7V A;  3O9A A;  3SAC A;  3C9X A;  2WF3 A;  3PRS A;  1W5V A;  3S7L A;  3VF7 A;  3HLO A;  3HVG A;  1JLD A;  4LC7 A;  5OZ7 A;  1MT7 A;  4K4Q A;  3OHH A;  3GGX A;  4ACU A;  5P0H A;  3L59 A;  1T7K A;  5OZ5 A;  5P67 A;  3PI0 A;  5P5O A;  3PMU A;  1PSA A;  1KJG A;  4ZPF A;  3OGP A;  3I2L A;  4DQF A;  2HS2 A;  4I8W A;  3O99 A;  1OHR A;  1YTI A;  5P8Q A;  4RLD A;  2I4Q A;  4CPW A;  5P2O A;  5P29 A;  3GI6 A;  2QI7 A;  3FNT A;  1D4S A;  3B80 A;  2NXM A;  3K5D A;  3FKT A;  1FQ6 A;  5P8R A;  3SA7 A;  1LEE A;  2CEM A;  4FRS A;  3WZ7 A;  5P3Y A;  1EED P;  3L5C A;  4Y3Z A;  3BVB A;  5P2Q A;  4DFG A;  5P5I A;  2FGU A;  2AOG A;  2P3B B;  3OUD A;  2QNP A;  2P4J A;  3FX5 A;  3DOX A;  3EM3 A;  2QU2 A;  1QS8 A;  4S1G A;  5P44 A;  3NDT A;  4LXK A;  2G1Y A;  5P6G A;  4JPE A;  4HA5 A;  5HU1 A;  5IVR A;  2PWR A;  4Q1Y A;  5P8J A;  4B78 A;  4B72 A;  2WF2 A;  5P6E A;  5P78 A;  4PHV A;  4L7G A;  1B6J A;  1MT8 A;  3IGB A;  5P7L A;  1QBS A;  5OZE A;  5P1K A;  1QBR A;  4RCE A;  4NJU A;  3DK1 A;  4I1C A;  3OUA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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