3LZSA

Crystal structure of hiv-1 crf01_ae protease in complex with darunavir
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTVKIGGQLKEALLDTGADDTVLEDINLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGKKAIGTVLVGPTPVNIIGRNMLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The Effect of Clade-Specific Sequence Polymorphisms on HIV-1 Protease Activity and Inhibitor Resistance Pathways.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lzsA00
1D4LA 2OHUA 5P05A 5AHAA 5HCTA 2CEJA 5OZUA 2HB2A 4Y41A 3VFAA 2IRZA 3OQAA 4LL3A 4Y57A 3GI0A 7UPJA 1LF3A 3LIXA 5P7ZA 4FAFA 2Q3KA 4FL8A 3NU6A 1UPJA 4JPEA 1EBKC 5OZZA 5OZSA 4Y36A 1PPLE 5P18A 3TTPA 4D88A 1DAZC 1GVUA 2VA7A 1SP5A 2O4PA 1EBWA 4Y3PA 1RNEA 3UDQA 2QZKA 2QI3A 2WF2A 4F73A 5B18A 2VA5A 4Y5LA 4PHVA 1XDHA 5DQ2A 1IBQA 4J5JA 5ENKA 2HPFA 5P63A 1BAIA 3RTNA 5P6FA 3L5DA 5SZ9A 5HU1A 2PH6A 2XFKA 5P28A 5KQXA 5OYTA 4FRIA 3K5FA 3OAGB 3SFCA 3CKTA 2XFJA 2IGYA 2OHNA 1XN2A 4Y4AA 3S53A 5OZVA 5P3CA 5P80A 5KQZA 3D1XA 4Y53A 4RVIA 2ZJLA 5P6UA 3KMYA 5P5DA 4D8CA 5P29A 5P8IA 5P1CA 3KFPA 1F34A 1C6YA 2I0DA 3ZPUA 3KDCA 1K6CA 5OZFA 5P4JA 1HTRB 3VFBA 4J0ZA 4EJDA 1MESA 2FGUA 4IVTA 3BRAA 2QMDA 1CPIA 3NU9A 1HBVA 1EPME 1BBSA 1K1TA 4DQCA 1MEUA 3O99A 3H0BA 5P2QA 3PSYA 3VG1A 5P2DA 5P06A 3T7PA 2JE4A 4K4PA 1IVQA 2WEAA 5P8GA 4K8SA 1ZSFA 2G22A 4U7VA 3KF0A 2AVQA 3Q4BA 2AVMA 1MERA 5OYRA 1BILA 3PEPA 5P8JA 2G21A 5P1BA 5P6GA 3I7EA 5P81A 3ZPSA 1YM2A 3DJKA 3F9QA 3DCRA 5P8SA 4XXSA 3WZ6A 2NPHA 3SA7A 2XYFA 3WSJA 3BHEA 3VEUA 1IZHA 3QP0A 3NWQA 4Y4XA 5P08A 5COPA 3FX5A 5P1QA 3K1WA 5AHBA 3OHHA 3INFA 5P61A 1QBUA 2G20A 5P2TA 3INHA 4I12A 4EP3A 3OU1A 1LEEA 4I0DA 1GVTA 1FQ4A 5P6KA 4DQEA 3OUDB 5OZ5A 1NPVA 1SBGA 2ANLA 3PVKA 1AJVA 4ER2E 4Q5MA 2I4DA 5JODA 3NSHA 4ACUA 4B00A 1META 3LPKA 4Y3FA 5P66A 2G1SA 1APVE 1M43A 5P2SA 3MWSA 3IVHA 2PSUA 5P1VA 2QMPA 2O4KA 5I3WA 3OWNA 4QJ8A 5P85A 3OQ7A 1E80E 2O4SA 4H3JA 4Y3LA 5P2CA 1ODWA 5OZ3A 1MTBA 4YD6A 1HTEA 4YCKA 3S56A 3ZLQA 3PBDA 3SQFA 2P3DA 3QRVA 3R4BA 1LV1A 3BVBA 3FNTA 2XFIA 1JLDA 3RSXA 3CMSA 4Y3QA 1NH0A 2VIJA 5P52A 5P27A 1MRWA 5P3KA 2IS0A 3OXXA 2WF0A 4Y3SA 2RMPA 4ZLSA 1RV7A 1FQ8A 4I1CA 4RCEA 5P4SA 3NR6A 2JJJA 4OD9A 3OY4A 5P5RA 4KB9A 5P1WA 4LAPA 5P5NA 4GZFA 4Y4ZA 3SO9A 2XYEA 5P7VA 3VF7A 2AOIA 2WECA 4JECA 5P62A 3I2LA 5P74A 1RPIA 4Y5AA 4U8WA 1HVKA 3VV7A 3UDMA 5UPJA 5OZTA 1VIJA 2HM1A 4Z2ZA 3SPKA 1MT9A 5CLMA 3OXCA 5DR1A 2V11C 5P7GA 5P09A 1AVFA 1FFFC 2IDWA 4R95A 1G2KA 2SAMA 3KA2A 5AHCA 2BKSA 4EJ8A 1A94A 4Y37A 5P8AA 4I8WA 4APEA 3Q6YA 2ZHRA 5P8NA 1BDRA 3SLZA 1PSNA 1FMXA 4B1CA 1DMPA 3AIDA 5P75A 1OD1A 3OUAA 4LXMA 3TH9A 3OQDA 4Y3TA 4Y4UA 5OZAA 4Y54A 3SA5A 5P77A 2G27A 2RKGA 5P59A 5P4GA 1SDUA 2F3KA 3EM6A 2R8NA 3TOFA 2A4FA 4HE9A 2R3WA 3S43A 1B6PA 3TKWA 3N4LA 1TCXA 4Y9WA 3LZVA 2AQUA 1HVLA 4EP2A 2V16C 5P1IA 1QBRA 5P6YA 4I8ZA 2QP8A 4MC2A 5IVTA 1FKNA 3I6OA 3VUCA 4BEKA 3K5DA 4LHHA 4HDPA 3ZKGA 5P32A 3I25A 2FXEA 3SAAA 2B8LA 3DV5A 5P1UA 2BJUA 4OBJA 3VCMA 5P1HA 3NDTA 3O9EA 5P58A 5P67A 3L58A 3SA9A 3HZCA 4FS4A 3EL4A 8HVPA 3DV1A 5P4HA 2IEOA 5P5YA 4GJ9A 2VIEA 3VSXA 5E5KA 4F75A 5C9DA 3CKRA 3WZ7A 4NKKA 3UQUA 5P4OA 3RTHA 1HVIA 3OU1B 1K6VA 3EKYA 3OGQA 4YCTA 3ZL7A 4YA8A 5P8QA 4ER1E 5P0MA 5P5LA 5P7KA 4CPUA 4FSLA 5JG1A 1ZAPA 2HPEA 4Y45A 1E81E 3PI0A 3TKGA 5IE1A 3QIHA 5P1PA 2PK6A 3KT5A 4NPTA 3SKFA 1FB7A 5P1DA 4ZE6A 2F81A 1YTJA 5P3SA 1WKRA 1MPPA 4Z4XA 5P0LA 3PMUA 4Y38A 5P01A 3EM3A 2PSGA 5TOLA 2J9KA 3I8WA 4RROA 2ZHSA 4J0YA 5PEPA 3L5CA 2QZWA 1K2BA 3CIBA 1W5YA 3CIDA 5CONA 1OHRA 4DQGA 2FIVA 2VS2A 5OZHA 5P3VA 5P03A 2R9BA 2Q63A 2QI4A 3EXOA 5P3XA 4QJ9A 4J54A 1EPQE 4PZWA 5P7JA 5IVSA 5DPZA 1T7JA 4OD9B 3SABA 2H6TA 5P7PA 2FLEA 5P3ZA 1A30A 2VJ9A 1W51A 3OTSA 3NXEA 3BXRA 2F8GA 3PB5A 3IGBA 3BGBA 2NMZA 5OZMA 2PK5A 2B42A 2R38A 3K4VC 3KT2A 4U7QA 2IQGA 3UHLA 5P4FA 3UDJA 4J1EA 5I3VA 6APRE 4Q1YA 4MC6A 4WY1A 3NUOA 4A6CA 2ZE1A 1YT9A 1KJHA 1W5VA 2Q54A 2WEDA 3EC0A 5P37A 2BBBA 2QD8A 5OZYA 4Y5PA 1BXQA 5OYSA 3O9CA 2AOHA 3OUDA 5P3NA 3Q70A 4DVFA 5OZ0A 1UH8A 1HSIA 5P39A 3NU4A 5P00A 3UDKA 2I4VA 4TRYA 5P3WA 5P4TA 3ST5A 2V0ZC 4EWOA 1T7IA 4Y44A 4N00A 3O9BA 3MXDA 3DCKA 4FE6A 5P8UA 4CPSA 2A1EA 5P41A 5P5FA 4DV9A 3S43B 2CEMA 1NSOA 3N3IA 3O9IA 5SY3A 2QNPA 5P8DA 3O9LB 5JFUA 3QS1A 4GJCA 5OZ6A 1KJFA 1FQ6A 4GB2A 3OTYA 5IS4A 3SA4A 1WBKA 5P1JA 1BDLA 1SDVA 1KJGA 2AODA 3HD8A 1HIVA 4K4QA 5P4RA 3ZKXA 1IDBA 4Y58A 5OZNA 5P46A 2HB4A 3CICA 3GGXA 2QHCA 5P0RA 1YG9A 4FGXA 5P19A 2IENA 1YTIA 3L5BA 5KOQA 4BFBA 3ZMGA 5P7RA 4EQ0A 3QI1A 4EPJA 3IAWA 2P8HA 1PROA 1EBYA 3G70A 5P6IA 4Y5MA 5ENMA 3ZKIA 2ASIA 2P4JA 4Y3YA 2BPZA 5OZXA 3OXVA 5DQ5A 5P86A 5P68A 2V10C 5P8PA 3LIYA 5P87A 5P5BA 2OHRA 1G35A 2PSVA 5P3HA 1HVRA 5P7YA 4Y3RA 2O4LA 2QMFA 1ENTE 3HVPA 4L7GA 2QD7A 3ER5E 5P1RA 5P4XA 3SM1A 1DW6C 5P5MA 5P0YA 1MUIA 4DJPA 2WL0A 4R5NA 3EL9A 2ER6E 5OYUA 5P4NA 5BRYA 2HIZA 2QK5A 5P5WA 2G1NA 1B6JA 1DPJA 3PHVA 3L38A 1BV9A 1HSHA 2WHHA 4HEGA 2OHTA 4DI2A 5P40A 3TPRA 1ODXA 3ER3E 3FIVA 5P89A 3D3TA 3VYDA 4Y3MA 2QU3A 1HXBA 1HVCA 3PCWA 1A8KA 4RYCA 5COOA 4OBFA 1LS5A 5P0ZA 3LIQA 3M9FA 1AJXA 4DQFA 4RRNA 1ZPKA 4COEA 4Y5NA 4I0FA 5P7OA 3VYEA 4F76A 2FDEA 3PWWA 5P8LA 4DJVA 1BIMA 3D20A 4YDFA 1SDTA 4PEPA 3PCZA 4XX3A 5DR8A 3KN0A 5KOSA 1HEFE 3VF5A 1YM4A 3TNEA 5AH9A 3OOTA 2AZBA 1FEJC 1SIPA 3WZ8A 5P3GA 3BUHA 4EXGA 3LPIA 3MSJA 5P15A 2QI7A 4I0IA 2B60A 2JYSA 2NXMA 2AZ8A 1LF4A 3NUJA 5P83A 4EYRA 3KDBA 5OZQA 3LNKA 3BVAA 5P3QA 4Y4DA 3IXOA 2G1OA 3PRSA 5OZ2A 3PMYA 5P3UA 5P3TA 2B8VA 1XL2A 5P65A 5BS4A 5EZZA 4Y3WA 3S54A 5P31A 1EC2A 1BWAA 4ACXA 5SY2A 3S7LA 4YOAA 5C9BA 5ISKA 1QBTA 3DOXA 5P5CA 5P7FA 4KUPA 3DUYA 3IN4A 5P3JA 4RCFA 4ZPEA 4DH6A 5HE5A 5P04A 1QDMA 4B1DA 5P35A 3T3CA 5P0SA 4DPFA 5P7CA 2PYNA 3H5BA 3LZYA 4IVSA 4EXHA 5KR0A 3SM2A 4H3GA 5P48A 5I3YA 5P43A 5EZXA 1HVHA 1SMEA 2UY0A 3APRE 5KQFA 1M0BA 3GGAA 2BKTA 4D85A 1KJ7A 3GGUA 4L1AB 3IXJA 4GJ8A 2QD6A 3OUBA 4QJ6A 4Y50A 3GI6A 5P6LA 1ODYA 3PJ6A 3EL0A 3NYGA 5P23A 1ZTZA 4D89A 4AZYA 5HVPA 2ZYEA 5P7UA 1OEWA 4DJOA 3HW1A 3L59A 4APRE 1WBMA 3LZSA 1APUE 4FM7A 5P1NA 2NR6A 5P13A 3KFNA 3NWXA 3Q5HA 4X2LA 3TPJA 4BFDA 3FSMA 4HDFA 3EM4A 3HAWA 4J0VA 5P6XA 1B11A 4Y4JA 4B78A 3NU3A 4GIDA 4J1FA 5P0PA 2QI1A 1KJ4A 1PSOE 4NJTA 5P1AA 2H6SA 3LIZA 1XS7D 5P1TA 3QVCA 2ZHUA 5HDVA 5OYWA 3SKGA 4DQBA 3T6IA 5P34A 2RENA 3O9HA 1XN3A 3PGIA 5HDZA 2G24A 4MC1A 5P7WA 3CYWA 3OADB 1ZLFA 4Y35A 4S1GA 1EC1A 4DJQA 1LYAB 1ZPAA 5OZPA 5P8KA 3SACA 5P22A 5P73A 4GYEA 1BDQA 3VYFA 3FNSA 5P5SA 4L7HA 1IZEA 2QNNA 2WJOA 4M8YA 1NPWA 3APPA 5P6AA 2AOCA 2APRA 2F3EA 4J55A 3UTLA 3ZPTA 5P3OA 3TPPA 5OZBA 2OF0A 5P5ZA 5P60A 5OZEA 1J71A 4Y48A 1ME6A 3K5GA 1W6HA 3TOHA 2UXZA 3IXKA 5P8RA 5P5QA 4DPIA 2I4WA 4YD3A 3JVWA 5P5EA 1HOSA 3O9DA 1SH9A 4K9HA 5KQYA 3O9LA 5P6MA 2V12C 2J9JA 5P36A 1IZDA 4CP7A 1TQFA 4CPWA 5P64A 4GJAA 2FDDA 5P0UA 2OHPA 3OU4A 3ZKSA 3JVYA 4J0PA 5P3AA 4Y3HA 3TL9A 2V13A 3UDYA 5HE7A 1A8GA 2QI0A 2I0AA 5P7XA 5P4DA 3PSGA 3TOGA 5P7MA 5P0DA 4E43A 5P5GA 3EKTA 3GI4A 2QI5A 3INEA 5P2RA 2AOGA 5P47A 5P2OA 1EEDP 1T7KA 2ZJKA 5P3BA 5E5JA 1FQXA 1KZKA 3KDDA 4OBZB 1G0VA 4I0JA 5P7BA 1OEXA 4CPTA 5BWYA 2P83A 2ZJHA 1HPVA 1MSMA 1HTGA 5P4EA 3OGPA 2R5QA 5DQ4A 4J17A 5P2GA 4CMSA 1LYWB 4DJUA 4JOOA 5P1SA 4WTUA 2WEZA 5ER1E 1DIFA 1E5OE 2WEBA 2QI6A 2VNMA 5P0HA 2ZHVA 4WY6A 1K1UA 1B5FA 3D1ZA 5P8CA 5P1XA 4ZSQA 4A4QA 3LITA 5J25A 1HEGE 4Y4WA 3FNUA 4NJUA 5P6HA 5OZRA 1ZBGA 3UCBA 4PYVA 5AH6A 4LXKA 5P6NA 4FSEA 3PM4A 4L6BA 3HLOA 1TSUA 1B6KA 4HLAA 2AVSA 5P2FA 1K2CA 3DM6A 5P7SA 4QGIA 1N49A 5I3XA 3URIA 4Y3AA 1HPSA 4OBGA 2HAHA 3FV3A 5P57A 4RZ1A 5P1MA 2B7ZA 5P8EA 3BUFA 5P2ZA 4JP9A 4Y5CA 1D4JA 5JFPA 5P0BA 1MT8A 5P6TA 1QBSA 2JJIA 4DUSA 1SGUA 3QRMA 2G1RA 4TRWA 4FRKA 5APRE 1U8GA 4R93A 5DQ1A 1HRNA 4RVJA 4J1KA 4Y4EA 4Q1WA 2BPXA 3BC4A 1RL8A 5P5XA 1APTE 2P3CA 5P45A 1EC3A 4LP9A 5P1FA 5P2IA 4QJAA 2Q55A 5P1KA 4PZXA 1PFZA 4YD5A 5P7QA 4B77A 4L7JA 2G69A 3R0WA 5P88A 3SA6A 2OHMA 4TVHA 1BV7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1D4L A;  2OHU A;  5P05 A;  5AHA A;  5HCT A;  2CEJ A;  5OZU A;  2HB2 A;  4Y41 A;  3VFA A;  2IRZ A;  3OQA A;  4LL3 A;  4Y57 A;  3GI0 A;  7UPJ A;  1LF3 A;  3LIX A;  5P7Z A;  4FAF A;  2Q3K A;  4FL8 A;  3NU6 A;  1UPJ A;  4JPE A;  1EBK C;  5OZZ A;  5OZS A;  4Y36 A;  1PPL E;  5P18 A;  3TTP A;  4D88 A;  1DAZ C;  1GVU A;  2VA7 A;  1SP5 A;  2O4P A;  1EBW A;  4Y3P A;  1RNE A;  3UDQ A;  2QZK A;  2QI3 A;  2WF2 A;  4F73 A;  5B18 A;  2VA5 A;  4Y5L A;  4PHV A;  1XDH A;  5DQ2 A;  1IBQ A;  4J5J A;  5ENK A;  2HPF A;  5P63 A;  1BAI A;  3RTN A;  5P6F A;  3L5D A;  5SZ9 A;  5HU1 A;  2PH6 A;  2XFK A;  5P28 A;  5KQX A;  5OYT A;  4FRI A;  3K5F A;  3OAG B;  3SFC A;  3CKT A;  2XFJ A;  2IGY A;  2OHN A;  1XN2 A;  4Y4A A;  3S53 A;  5OZV A;  5P3C A;  5P80 A;  5KQZ A;  3D1X A;  4Y53 A;  4RVI A;  2ZJL A;  5P6U A;  3KMY A;  5P5D A;  4D8C A;  5P29 A;  5P8I A;  5P1C A;  3KFP A;  1F34 A;  1C6Y A;  2I0D A;  3ZPU A;  3KDC A;  1K6C A;  5OZF A;  5P4J A;  1HTR B;  3VFB A;  4J0Z A;  4EJD A;  1MES A;  2FGU A;  4IVT A;  3BRA A;  2QMD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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