3LZSA

Crystal structure of hiv-1 crf01_ae protease in complex with darunavir
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTVKIGGQLKEALLDTGADDTVLEDINLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGKKAIGTVLVGPTPVNIIGRNMLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 protease
publication title The Effect of Clade-Specific Sequence Polymorphisms on HIV-1 Protease Activity and Inhibitor Resistance Pathways.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lzsA00
4CMSA 1K2CA 3T11A 5P48A 5P1MA 5P7YA 3KDDA 4I8ZA 1HPOA 4QGIA 1C6ZA 4FSEA 2I4WA 4OD9A 1Z1RA 2PH8A 2Q11A 1C70A 1HSHA 2UXZA 3MSLA 4RRSA 3QIHA 4GJ7A 4RVIA 5I3XA 1VIKA 5APRE 5P8PA 5EZXA 3CYXA 5OYWA 5P2OA 2RMPA 4Y35A 3SKGA 4F73A 4Z2ZA 1XL2A 5P3EA 3UDMA 4J17A 1EC2A 2WECA 2FNSA 4QJ8A 1FFFC 2J9JB 4I0JA 2VNNA 3IXJA 4EP2A 3HBOA 4ZSRA 2G26A 3BGBA 4BFBA 2AOHA 2HB2A 1GVWA 3UF3A 3L5DA 9HVPA 3WB5A 2IDWA 4Y4AA 2PWCA 3VYFA 5HE4A 1ODXA 3JVWA 5CONA 3PCWA 3FV3A 2AVVA 3UDHA 4ZSPA 5P1HA 4LXAA 5P8QA 5P5EA 5P4FA 3R4BA 4CPUA 1T7IA 3OOTA 4KE0A 2AOCA 5P62A 2FS4A 5ENKA 5HDZA 4R91A 2QI6A 4LL3A 3CYWA 4DQGA 4K4QA 5P2VA 3WZ8A 3EKVA 3ZKIA 4COEA 3OADA 3Q4BA 3NWQA 4WY6A 3UHLA 3PB5A 1SIPA 3INEA 1FQ7A 3WZ7A 4TRZA 2XYFA 3QRMA 3S53A 5P72A 2Q15A 1OEWA 2ZHRA 4H3FA 4Y5AA 5P0CA 3S43B 5P6FA 4CPQA 3SA4A 3GI0A 5AHCA 4AA9A 4KB9A 4ZPGA 5OYXA 5P1LA 3PBDA 1F7AA 2RKFA 3AUPA 1RV7A 1J71A 1APUE 4OBJA 1T6EX 3HD8A 4J0YA 3VLBA 4B1CA 2JJIA 1FMBA 3OK9A 5OZXA 1K1UA 1RNEA 5P40A 4LC7A 3NYGA 5P54A 2PSUA 4I1CA 4R8YA 3DV5A 2HPEA 4HA5A 2ER6E 4XX3A 2ZE1A 6FIVA 3M9FA 3INFA 5P35A 2HB3A 3R0WA 2IL2A 2AVQA 5P2FA 5P6RA 2G21A 4OD9B 5P4IA 3LZVA 5P6QA 4EYRA 3ECGA 5P73A 4ZPEA 1B11A 4Y5LA 2G69A 4E43A 4LBTA 4Y4GA 3SQFA 5P3OA 2NTRA 2JXRA 2O4SA 5OYZA 4FE6A 5OZVA 5P15A 3LIXA 3PMUA 4RLDA 1IDAA 5BWYA 5AH9A 4YD3A 3EL5A 5ER1E 2QZWA 5F01A 3ZPTA 5P5HA 4B00A 4NKKA 5P3CA 4J0TA 4MC9A 1T3RA 2PYMA 1QBRA 2Z54A 5P5WA 5P8DA 5P8SA 2WEAA 4Y6MA 5P3NA 2OHSA 1LYAA 5P8TA 4R93A 3LITA 1YG9A 4NJTA 5OZNA 4Y4JA 5P56A 4HVPA 2ER9E 5P4MA 3TPLA 1PPKE 4Q1NA 2NMZA 5P83A 5P4CA 5P32A 2F8GA 1FQ4A 2MIPA 4Y3QA 4Y5EA 2RKGA 3Q6YA 5P1IA 5P8KA 3T7XA 3OADB 5P70A 1W5VA 5P7NA 1FB7A 1FF0C 3O9FA 1LYBA 3UQRA 4U7QA 1CPIA 1TSUA 1ZAPA 4GYEA 1SGUA 2PC0A 3CKRA 4OBHA 3BHEA 4D88A 3EL9A 2QP8A 1TCWA 5P55A 4FRKA 3K5CA 1WBKA 5P0RA 3VYEA 5IVRA 1K2BA 1IZEA 5P41A 3BUFA 5P4LA 1IIQA 5OZAA 5OYVA 3K5FA 1CMSA 1B6LA 2AODA 4J0VA 5P0YA 2IRZA 3KFSA 4D85A 1XL5A 3PLDA 1YM2A 3L5CA 1D4KA 5KAOA 3GI6A 1ZLFA 4DJYA 1M4HA 5KOQA 4Y3LA 5T4SA 4Y48A 2P4JA 5FIVA 3UQPA 1GVTA 2AOEA 5P4XA 5P5RA 2XYEA 2QI7A 3PHVA 3DV1A 5PEPA 2ZJMA 4ER1E 3O9DA 5P43A 4NPTA 3EBZA 5P4ZA 1HHPA 1G35A 3IVIA 3D1ZA 2IKOA 5OZWA 1AIDA 5P6LA 4J1HA 3EM4A 4HEGA 1QS8A 2QMDA 5P3LA 2QZKA 3O9LA 3L59A 3SPKA 2BKSA 5SXNA 5P6UA 1SGZA 2P3AA 2I0DA 3LIQA 1LZQA 3LZSA 1XE5A 3UDKA 4A6BA 5P2YA 3DUYA 5OZDA 1SDTA 5P8RA 1W5XA 3T3CA 1HPSA 5IVSA 2AZ9A 5P42A 4BEKA 5P8IA 4Y36A 2I4VA 3L38A 2AOJA 4APRE 2Q5KA 5OZQA 1LYAB 3ZKNA 5P5OA 5P1XA 1FIVA 4Y3RA 4TVGA 3D91A 4QLHA 4ZEAA 4DJXA 4AZYA 1MSMA 5E5KA 5P81A 4FRJA 2P83A 2QNPA 2Q55A 3CICA 1HVJA 2NXLA 2CEJA 2A4FA 5P8NA 1FG6C 1LYBB 5P06A 6UPJA 4NJSA 1AAQA 3QP0A 5P20A 5P6OA 3KDBA 2BPXA 1E5OE 5SZ9A 3SA7A 2IGXA 3NR6A 1YM4A 3MSJA 5P1EA 4PEPA 3CIDA 3UDJA 1FQXA 3TTPA 3H0BA 1BWBA 2VA5A 3APRE 5I3WA 3OU4B 4A6CA 2R38A 1YTIA 3H5BA 5P12A 5P18A 3NU6A 3B80A 3L5FA 4GB2A 1B5FA 1EBZA 3UQXA 1HSIA 4Y3YA 2JJJA 4F75A 5P34A 1K6CA 1A8KA 2ZDZA 5P7EA 5SY2A 4B78A 5DGWA 2WF1A 4Y43A 3U71A 3RVIA 2WEDA 2Z4OA 1BVEA 3NDUA 3INHA 2RENA 3SA5A 2V12C 2J9JA 4I0HA 5P0VA 2IEOA 5P4SA 5P5UA 3QRVA 5P57A 3WSJA 1HVKA 3IXOA 2FDPA 5P82A 5P8UA 4YE3A 3D20A 5P5TA 3AIDA 4FL8A 2IGYA 3UQWA 5P0XA 2FLEA 5P78A 3KMYA 4QJAA 4S1GA 5P61A 5P5QA 5P26A 4TRWA 5CLMA 5P2DA 3ZKQA 5P49A 2P8HA 7UPJA 5P8GA 2BPZA 2ZHSA 5P3GA 2H6TA 5P4RA 5P74A 3PWRA 4FIVA 4Y4XA 4Y3GA 5P4EA 3BVBA 2VIYA 1NSOA 5P7ZA 3TH9A 3I8WA 3SA9A 3OTYA 1HVSA 3DJKA 5P22A 1JLDA 4J5JA 5OZCA 5DQ4A 1KJGA 3TPJA 1C6YA 3UDPA 4FRSA 4DPFA 5P8BA 1EPQE 1LV1A 5P75A 1GKTA 3TPRA 2NXMA 5BRYA 4GMIA 5KR0A 1FG8C 3L5BA 4Y3NA 4Y3TA 4RYCA 2G1NA 5KQXA 2AOGA 5P0EA 5P6VA 5P7CA 5P77A 4YHQA 3UFLA 2G27A 3VEUA 4EWOA 5P0UA 5P6YA 2PYNA 5P36A 2WKZA 5I3VA 3MXEA 1D4SA 5DR4A 1PPME 5P67A 4CPWA 1UPJA 4CPSA 5P7GA 5OZLA 5P1UA 2Q63A 2HAHA 3BRAA 2O4LA 5ISKA 4DJRA 5P3FA 1MT9A 4R95A 5P1OA 2I4UA 5P86A 3VF3A 4ZLSA 2BJUA 2FDEA 5P37A 3TPPA 1EAGA 5OYYA 3HW1A 1B5FB 3VSWA 4PPHA 3BUHA 5E5JA 1HTFA 3EKWA 4Y5PA 1B6KA 3S85A 4H1EA 5P08A 3S45A 3UDYA 5OZMA 1ER8E 2VJ7A 5P4JA 2B60A 3EM6A 5C9BA 1EBYA 4EXHA 4LXMA 5C9FA 5P02A 3KFRA 3EKTA 4GIDA 2IKUA 5P5BA 5OZKA 5AHBA 5I3YA 4L7JA 1GVVA 3EMYA 2R3TA 4J1EA 1AVFA 4J1IA 1NPAA 3OY4A 2FGUA 4B77A 3FNTA 4ZSMA 5P5YA 5P8JA 5OZZA 4Y3WA 2BQVA 3VV7A 1K6TA 5P0QA 3NU4A 2AZCA 4DUSA 2HM1A 2ZJNA 5KOSA 3NDTA 5P5FA 4ZSQA 5P30A 3FKTA 3O9CA 3NU3A 1PSOE 3EM3A 3RSVA 3R2FA 3NLSA 2NR6A 5P05A 2AQUA 4CKUA 5P8HA 2WF2A 5IS4A 5DPZA 2AZBA 5P4AA 3SA6A 3OXWA 1DIFA 5OYRA 1SMRA 3ST5A 3TLHA 2ASIA 1EC0A 1B6PA 2G1OA 5P10A 1K6PA 5DR1A 5HU1A 1ODWA 3A2OA 8HVPA 2PK6A 3S54A 4RZ1A 2F3KA 4K8SA 4NPUA 5OZIA 4RVJA 1LF4A 1HIHA 3O99A 1ZBGA 1XS7D 5OZ8A 5JODA 1G6LA 5P2WA 5P8CA 1EPLE 1FQ6A 2UY0A 1F34A 3DOXA 5P5SA 1UH9A 1B6MA 4CPXA 2OHTA 4Y4UA 2I1AA 1EPOE 2HB4A 4I0DA 2WF4A 5AH8A 4Y5MA 5P3VA 2F81A 2G22A 3ZPUA 5P3YA 2O4KA 1K6VA 2ZHVA 3K1WA 2B42A 5HE5A 2QI5A 2G1RA 3PSUA 5P5XA 2G24A 1KJ4A 1E82E 5P7AA 5P2KA 4H3IA 3ZMGA 2OHMA 1YT9A 5P6HA 2B8LA 5P38A 5P44A 4YOBA 4Y5NA 3OXCA 5COKA 5P5ZA 3VLAA 2WEBA 2G94A 4GJ9A 4R5NA 5JFPA 5DGUA 5P0JA 3KN0A 2WL0A 1QBUA 3T7PA 5P7LA 4DVFA 2ZJHA 4YD7A 5P0TA 2AVSA 3VFAA 1W50A 3OQAA 4I10A 5P47A 3EKQA 3NDXA 1MERA 3SA3A 2R43A 5P1YA 4RRNA 2QD8A 4DQCA 5P59A 5P13A 5P5GA 5AH6A 3EL1A 5IVTA 3MWSA 4K4RA 5P2TA 5P2GA 5P01A 4OBKA 5P7OA 5P80A 4DJWA 4U7VA 5P23A 2QK5A 1MESA 3K5DA 4Y57A 4TVHA 5P7MA 2QU3A 3OHHA 3IGBA 2QHZA 3BXRA 2V00A 3PWMA 4OBDA 2XFKA 3IXKA 3LPIA 1BILA 3IVHA 5IE1A 4RYGA 5HDUA 4AMTA 1DP5A 2G1SA 1K1TA 1ZP8A 5P79A 5P2ZA 5P2UA 4Y5CA 2QHYA 1DMPA 4Y3SA 4OBZA 3U6AA 3BVAA 3O9BA 1EEDP 2NNPA 3KDCA 1YTGA 4UPJA 2QU2A 4AA8A 1DAZC 2ER0E 2I4QA 3I7EA 2R8NA 5P3RA 1MTBA 5P4NA 2QNQA 1HVRA 4J0ZA 2FXDA 5ISJA 5P8EA 1T7KA 3OU4A 4YD5A 4DH6A 4ZIPA 5HTZA 2HPFA 5P31A 2NMYA 2P3BA 5P0IA 1XN3A 3OGQA 1FFIC 5P85A 5DQ5A 5P27A 5P6GA 4IVTA 1YX9A 5P6NA 1IDBA 3OGPA 2BKTA 1BDRA 5P5KA 2BB9A 1WBMA 5P64A 5P68A 3MSKA 5EZZA 5P0LA 4XKXA 3ER5E 5P6ZA 5P6KA 3INDA 4I0IA 5P25A 3SACA 3NWXA 1W6IA 3SM2A 3URLA 5JG1A 4B1EA 1RL8A 1HIVA 3I6OA 1BXOA 1U8GA 5P5AA 3URIA 1ZPAA 3LIYA 5P4VA 1EPPE 5DR8A 3I2LA 4Y45A 2VJ6A 4BELA 5P2QA 3ZKMA 3TKWA 1MPPA 1YTHA 4DJOA 5P19A 4JOOA 3EKPA 2QI0A 5DQ1A 3RU1A 4HE9A 1AJXA 2WEZA 5P5MA 4GJBA 5OZYA 5AHAA 4RGHA 3DK1A 5P4TA 4YCTA 4EJDA 2F3EA 4I11A 3VG1A 4JP9A 5P4DA 5P8FA 1BAIA 3K4VA 5P2AA 2PK5A 4Y50A 2R5QA 2QNNA 3BC4A 4EJLA 3HAUA 3T7QA 5P3XA 3ZKGA 4HLAA 5P4WA 3WB4A 4Y51A 2AOIA 2PSGA 3OHFA 2WF0A 3EL0A 3LHGA 4Y4WA 5P4UA 5P8LA 1BDQA 3GW5A 3CKPA 2NNKA 4B72A 4J1KA 1CZIE 1FLHA 4OBZB 1EC3A 5P6DA 3HZCA 5P6CA 1TSQA 3PSGA 3WZ6A 2XFIA 3SA8A 2ZJJA 3IN4A 5DR0A 5P1PA 3LPKA 4GJAA 1W51A 1C6XA 2ER7E 5P7PA 2APRA 3PBZA 4YD6A 5P2SA 2R3WA 3SFCA 4N00A 3LIZA 1EPRE 1SIVA 2QMGA 1GNMA 5DQCA 1D4IA 5P1WA 4FRIA 1A30A 5P1SA 5P88A 1UH8A 2VIEA 2AVOA 2QI1A 4RROA 2P3BB 3PCZA 1M0BA 4FM8A 3QN8A 5P1RA 4MC2A 2QI4A 4K9HA 5P8OA 4J0PA 5P5JA 5P0FA 3NDWA 4I0EA 4J55A 5P3DA 3EL4A 3KF0A 4K4PA 4L7HA 5ENMA 2F80A 2R5PA 5OZBA 4U8WA 5P7QA 4R92A 3UTLA 5P5DA 1BDLA 2JYSA 3DCRA 4Y54A 5P1VA 3PM4A 1IVPA 2PMAA 4PZWA 5HCOA 5P7BA 1PSNA 5OZ7A 3EXOA 4PYVA 5C9DA 3QROA 1HSGA 4JECA 4L1AA 2ZHUA 3ZKSA 4Y9WA 2V0ZC 2G1YA 5P39A 1BXQA 2OHRA 2UPJA 4Y3FA 3ZLQA 5P03A 1MTRA 4ACXA 5P1BA 3OQFA 5P6TA 1SH9A 2WHHA 1LYWA 4GJ8A 3R0YA 3OQKA 4ER2E 5P2XA 1EBWA 4Q1YA 2V13A 5P1CA 3QPJA 2J9KA 4FSLA 5KQZA 2AOFA 3PGIA 4Y3EA 3QBHA 5P1ZA 1TCXA 5BS4A 1FMUA 1HIIA 5OZTA 2QAKA 5P6SA 3VYDA 3S8IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CMS A;  1K2C A;  3T11 A;  5P48 A;  5P1M A;  5P7Y A;  3KDD A;  4I8Z A;  1HPO A;  4QGI A;  1C6Z A;  4FSE A;  2I4W A;  4OD9 A;  1Z1R A;  2PH8 A;  2Q11 A;  1C70 A;  1HSH A;  2UXZ A;  3MSL A;  4RRS A;  3QIH A;  4GJ7 A;  4RVI A;  5I3X A;  1VIK A;  5APR E;  5P8P A;  5EZX A;  3CYX A;  5OYW A;  5P2O A;  2RMP A;  4Y35 A;  3SKG A;  4F73 A;  4Z2Z A;  1XL2 A;  5P3E A;  3UDM A;  4J17 A;  1EC2 A;  2WEC A;  2FNS A;  4QJ8 A;  1FFF C;  2J9J B;  4I0J A;  2VNN A;  3IXJ A;  4EP2 A;  3HBO A;  4ZSR A;  2G26 A;  3BGB A;  4BFB A;  2AOH A;  2HB2 A;  1GVW A;  3UF3 A;  3L5D A;  9HVP A;  3WB5 A;  2IDW A;  4Y4A A;  2PWC A;  3VYF A;  5HE4 A;  1ODX A;  3JVW A;  5CON A;  3PCW A;  3FV3 A;  2AVV A;  3UDH A;  4ZSP A;  5P1H A;  4LXA A;  5P8Q A;  5P5E A;  5P4F A;  3R4B A;  4CPU A;  1T7I A;  3OOT A;  4KE0 A;  2AOC A;  5P62 A;  2FS4 A;  5ENK A;  5HDZ A;  4R91 A;  2QI6 A;  4LL3 A;  3CYW A;  4DQG A;  4K4Q A;  5P2V A;  3WZ8 A;  3EKV A;  3ZKI A;  4COE A;  3OAD A;  3Q4B A;  3NWQ A;  4WY6 A;  3UHL A;  3PB5 A;  1SIP A;  3INE A;  1FQ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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